imagej使用手册

如何利用ImageJ测量显微图像的长度？

ImageJ是一款小巧开放的图像分析软件，可以从其官方网站上免费下载。

下面就对如何利用ImageJ进行图像测量作一简单介绍：

1、 从文件菜单打开你要测量的图像。

2、 从工具菜单选择，如果测量的是直接则选择直线工具（line tool），要不然则选择分段线工具（segemented line）或手写工具(freehand)。

3、 选择线形工具时，移动鼠标至需要测量长度的位置1，按下左键不放，拖动至测量位置2松开鼠标。 Line

Segemented

line freehand 4、 如果选择的是分段线工具时，在位置1按下鼠标没轨迹移动至要改变方向的位置2，点击鼠标，再移至位置3，点击鼠标，……，至终点位置X，双击鼠标。 位置1

位置2

5、 如果选择的是手写工具则，在位置1点鼠标不松开，然后按希望的轨迹移动，到目标位置2松开即可。 位置1 位置2

位置x 位置3

6、 在分析（analyze）菜单下，选择测量命令（measure）或按ctrl+M完成测量，长度单位是像素。 位置1

位置2

7、 测量结果以文本形式显示一个名为results的窗口中，可以选择保存为文本文件备用，图中结果为1348像素，利用原有的比例尺信息可计算出实际距离，关于比例尺的设置将另外撰文介绍。

ImageJ官方简体中文快速入门指南

ImageJ 入门

by tree_cmu 2011-10-20

1 Image J 是什么？

ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由National Institutes of Health开发的。可运行于Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和Sharp Zaurus PDA等多种平台。其基于java的特点，使得它编写的程序能以applet等方式分发。

ImageJ能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印8位，16位，32位的图片，支持TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式。ImageJ支持图像栈（stack）功能，即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像，并行处理。只要内存允许，ImageJ能打开任意多的图像进行处理。除了基本的图像操作，比如缩放，旋转，扭曲，平滑处理外，ImageJ还能进行图片的区域和像素统计，间距，角度计算，能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。[1]

2 ImageJ可以做什么？

概括一下，主要分为以下几个方面：

A)图像的区域和像素统计（大小）。长度，角度。阳性点密度和数量

B)光密度或辉度，并制备密度直方图和线性图。

C)两种蛋白共定位的程度（丁香园有篇专门介绍帖子

/bbs/thread/18145886?keywords=image%20J#18145886）

D)卷积，Sholl分析，傅里叶分析（这些还不会使用）

E)更多功能

3 Image 界面[2]

界面分为：菜单栏，工具栏和状态栏。 菜单栏

菜单栏从左至右分别是：文件，编辑，图形，处理，分析，插件，窗口，帮助。

文件和office word 等软件类似，主要有文件打开，关闭，保存等功能，比较特殊的一个功能是恢复功能（revert），可以直接回到上次保存过的状态。由于编辑菜单里的取消功能（undo）只能回退一步，所以revert有时会很有帮助。

真诚为您提供优质参考资料，若有不当之处，请指正。

1 / 4 1、

安装后首先打开ImageJ：

2、

打开要分析图片：File>open（热键为Ctrl+O）

3、 转换成8bit的灰度图：Image>Type>8-bit

4、 黑白反转（因为对于光密度（OD）来说越白数值越小，纯白为0；越黑数值越大，纯黑理论上是无限大。因此我们需要将上一步所转换的灰度图进行黑白反转，不然的话测出来的数值就会荧光越亮反而数值越小）：Edit>Invert（热键为Ctrl+Shift+I）

5、 校正光密度（软件默认为测量灰度，因此我们要改为更加适用的光密度，其中原理不是一两句话能说得清的，这里忽略）：Analyze>Calibrate

在弹出来的界面的Function选择Uncalibrated OD，并下界面左下方勾选Global calibration，然后点击右下角的OK

点击OK后会跳出校正后的光密度曲线：

如不勾选Global calibration，光密度的校正只对这张图片有效，一般分析都要分析多张图片，所以需要勾选，勾选后在打开另一图片时会提示是否将此校正应用于所有图片，不勾选Disable Global Calibration，勾选Disable these

Messages

6、 选择测量单位（一般选择象素，如有明确的比例，也可以选择相应单位）：Analyze>Set scale 真诚为您提供优质参考资料，若有不当之处，请指正。

点击后在弹出的界面里点击中间的click to Remove Scale，并勾选下面的Global（同样的，如不选Global这个测量单位的选择只对这张图片有效），最后点击OK

7、

选择测量项目：Analyze>Set Measurements

在弹出界面中选择我们需要测量的项目Area、Integrated density，并勾选下面的Limit to threshold（这个选项是指只测量我们选中的范围，如不勾选侧会测量整张图片数据），选择后点击OK

⽼司机带你解锁ImageJ长度分析 ImageJ分析长度⼀般⽅法最常见的长度分析为直线的长度分析，在ImageJ新建线段长短、粗细不⼀的图⽚：

分析步骤：1、点击Analyze -> Set Measurements进⼊测量参数界⾯，选择Bounding rectangle参数，Area与Limit to threshold，点击OK：2、Image -> Adjust -> Threshold选中五个不同的形状，红⾊代表选中：

3、Analyze -> AnalyzeParticles分析粒⼦，选择Display results、Add to Manager，点击OK:

得到测量结果，Width为各形状长度：

此外对于简单的长度测量还可以使⽤⼿动测量的⽅法，选择Straight直线⼯具沿着形状绘制直线后点击Analyze -> Measure进⾏测量形状1长度，与前述⽅法相同所得长度⼀致，均为97：

扩展：⾮直线的⼿动长度计算，以拟南芥初⽣根长度分析为例。步骤：1、使⽤ImageJ软件打开待分析图⽚：

2、选择⼯具栏Segmented line⼯具，⼿动确定锚点追踪主根长度：

这样追踪的主根长度不够平滑，可使⽤Edit-> Selection -> Fit Spline进⾏处理后点击Analyze ->Measure进⾏测量。对于Fit Spline处理的效果可见下图，右侧是原始折线，左侧为Fit Spline处理后的效果：

ImageJ计算植物根系长度以2016年Front Plant Sci⽂献【1】中的拟南芥初⽣根（primary root）长度分析为例给⼤家分享使⽤ImageJ计算曲线长度。

分析步骤：1、ImageJ软件（FiJi版本ImageJ 1.52 t）File -> Open打开⽰例图⽚（为RGB格式图⽚）。Process -> Enhance Contrast增强对⽐度，默认Saturated pixels 0.3%：