细菌分类鉴定-第二部分
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章十 微生物的分类和鉴定
1. 2. 3. 4. rRNA普遍存在,易于提取; rRNA重要恒定的生理功能; 在细胞中含量大，易于提取； 编码rRNA的基因在细胞中不像质粒DNA那样会转移，而是十 分稳定的 ； 5. rRNA的非常保守性--进化尺度; 6. 16S/18S rRNA 核苷酸数量适中, 信息量大,易于分析。在原 核生物核糖体所含的三种rRNA（23S，16S和5S，见图11-11） 中，其核苷酸数分别约为2900、1540和120个，其中的 16SrRNA不但核苷酸数适中，而且信息量较大且易于分析， 故是理想的研究材料。
亚种以下的分类单元
亚种（subspeciers）：种的进一步细分，一般指其某 一民而稳定的特征与模式中不同的种常在种名、署名 的加词后写上subsp.然后再写具体亚种的加词； 变种（ variety）：容易引起混乱； 型 form：使用中用型作为后缀；表示细菌菌株，现已 作废； 类群（group）：没有分类地位非正式地指定一组具有 某些共同性状的生物； 菌株（strain）：表示任何由一个独立分离的单细胞繁 殖而成的纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生 物达到遗传性纯的标志。 小种（race）：涵义较乱，在不同分支学科中由不同 涵义； 相（phase）：自然界存在的微生物交互变异的一定阶 段； 态（state）：通常指微生物的菌落变异状态。
《伯杰氏系统细菌学手册》
1st ed, 1984-1989, 分为4卷；是在《伯杰氏鉴定细菌 手册》 8th ed 的基础之上增加了大量的分子生物学资料。 但由于当时细菌系统发育的资料仍较零碎，所以有相当一 部分类群未能科目级别分类，从实际需要出发，主要根据 表型特征将整个原核生物分为33组，33个组的划分见表。 国际上最为流行的版本。微生物分类技术和学术理论的发 展促进了生物科学的进步。 2ed ed, 2000开始出版，分为5卷，提出完整的系统分类， 将原核生物分为：古细菌界（2门、5组、8纲、11目、17科、 63属、208种）；细菌界：（16门、26组、27纲、62目、 163科、814属、4727种）；反映了人们对生物系统发育的 深刻认识。
亚种以下的分类单元
亚种（subspeciers）：种的进一步细分，一般指其某 一民而稳定的特征与模式中不同的种常在种名、署名 的加词后写上subsp.然后再写具体亚种的加词； 变种（ variety）：容易引起混乱； 型 form：使用中用型作为后缀；表示细菌菌株，现已 作废； 类群（group）：没有分类地位非正式地指定一组具有 某些共同性状的生物； 菌株（strain）：表示任何由一个独立分离的单细胞繁 殖而成的纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生 物达到遗传性纯的标志。 小种（race）：涵义较乱，在不同分支学科中由不同 涵义； 相（phase）：自然界存在的微生物交互变异的一定阶 段； 态（state）：通常指微生物的菌落变异状态。
《伯杰氏系统细菌学手册》
1st ed, 1984-1989, 分为4卷；是在《伯杰氏鉴定细菌 手册》 8th ed 的基础之上增加了大量的分子生物学资料。 但由于当时细菌系统发育的资料仍较零碎，所以有相当一 部分类群未能科目级别分类，从实际需要出发，主要根据 表型特征将整个原核生物分为33组，33个组的划分见表。 国际上最为流行的版本。微生物分类技术和学术理论的发 展促进了生物科学的进步。 2ed ed, 2000开始出版，分为5卷，提出完整的系统分类， 将原核生物分为：古细菌界（2门、5组、8纲、11目、17科、 63属、208种）；细菌界：（16门、26组、27纲、62目、 163科、814属、4727种）；反映了人们对生物系统发育的 深刻认识。
细菌学：第二章 细菌的分类形态和进化
• 用于沙门氏菌、葡萄球菌毒素、 E.ColiO157 和单核细胞增生李斯特氏菌等 快速检测
免疫学技术
• 2、酶免疫技术 • 利用抗原、抗体反应高度特异性和酶
促反应高度敏感性，通过肉眼或显微 镜观察及分光光度计测定，达到在细 胞或亚细胞水平上示踪抗原或抗体部 位，及对其进行定量目的。
免疫学技术
• 3、免疫印迹技术
↓ cDNA序列测定
↓ 反推rRNA序列 – 细菌基因组16S rDNA 可以直接以PCR 放大，然后测序
Eubacteria （真细菌界）
Archaebacteria （古细菌界）
Eukarya （真核生物界）
利用16SrRNA建立分子进化树
• 同一菌种的各个细菌，在某些方面仍有一定的差异， 可再分成亚种（subspecies）
☆分类是根据微生物的相似性和亲缘关系，将微生物归入不同的分类类群。 ☆鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程。
☆命名是根据国际命名法规给微生物分类单元以科学的名称。
5 界 论
6 界 论
8 界 论
三域学说
古古生生菌菌
– 系统分类学Phylogenetic Classification
• 亚种以下的分类等级为型（type），以区别某些特殊 的特征。
• 例如：抗原结构不同而分的血清型（serotype）；对 噬菌体敏感性不同的噬菌体型（phagetype）；对细菌 素敏感性不同的细菌素型（bacteriocin-type），生化 反应和某些生物学性状不同的生物型（biotype）。
4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取；
5）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同 源分子是18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。
免疫学技术
• 2、酶免疫技术 • 利用抗原、抗体反应高度特异性和酶
促反应高度敏感性，通过肉眼或显微 镜观察及分光光度计测定，达到在细 胞或亚细胞水平上示踪抗原或抗体部 位，及对其进行定量目的。
免疫学技术
• 3、免疫印迹技术
↓ cDNA序列测定
↓ 反推rRNA序列 – 细菌基因组16S rDNA 可以直接以PCR 放大，然后测序
Eubacteria （真细菌界）
Archaebacteria （古细菌界）
Eukarya （真核生物界）
利用16SrRNA建立分子进化树
• 同一菌种的各个细菌，在某些方面仍有一定的差异， 可再分成亚种（subspecies）
☆分类是根据微生物的相似性和亲缘关系，将微生物归入不同的分类类群。 ☆鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程。
☆命名是根据国际命名法规给微生物分类单元以科学的名称。
5 界 论
6 界 论
8 界 论
三域学说
古古生生菌菌
– 系统分类学Phylogenetic Classification
• 亚种以下的分类等级为型（type），以区别某些特殊 的特征。
• 例如：抗原结构不同而分的血清型（serotype）；对 噬菌体敏感性不同的噬菌体型（phagetype）；对细菌 素敏感性不同的细菌素型（bacteriocin-type），生化 反应和某些生物学性状不同的生物型（biotype）。
4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取；
5）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同 源分子是18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。
2第二章 原核生物
如果泛指某一属的微生物，或某菌种，知 其属但种名未定，可用“sp” “spp”作加词 如 Bacillus sp：一个尚未定名的芽胞杆菌 Bacillus spp：泛指芽胞杆菌属的菌种
同一菌种在一篇文章中首次出现时写全称， 第二次出现时，属名可缩写： Escherichia coli 缩写为E. coli
一、生物的系统发育与进化计时 形态学特征分类存在的问题： 1、微生物可利用的形态特征少，很难将所 有生物放在同一水平上比较。 2、形态特征在不同类群中进化速度差异很 大。
生物进化计时器：蛋白质、DNA、RNA 选择合适分子标尺： 1、普遍存在与各个生物类群中。 2、各个生物中功能同源的大分子。 3、既有保守序列又有可变序列。 4、序列变化缓慢，变化进程应覆盖整个进化 历史。 5、大小适中。
（三）分子分类法
G+C百分比测定 核酸杂交：DNA与DNA杂交 16SrRNA碱基测序 RAPD （随机扩增多态性DNA） 遗传重组：接合、转化等重组方式只 发生在同源的染色体之间，如：转化 通常只在同属内的不同种之间发生， 很少在属间出现
数据库和计算机程序的应用 数据库： NCBI GenBank EMBL 分析软件： Vector NTI ; Winplas ; ClustalX; 生物软件网 Emboss
（二）三名法
学名=属名+种加词+符号subsp.或var.+亚种或变种加词
斜体字
正体字（一般省略）
斜体字
例1.苏云金芽孢杆菌腊螟亚种
Bacillus thuringiensis subsp. galleria
例2. 丁香假单胞烟草致病变种 Pseudomonas syringae pv. tabaci
微生物的分类与鉴定
因此1980年起开始编《伯杰氏系统细菌学手 册》简称《系统手册》
23
➢ 《伯杰氏系统细菌学手册》1984-1989（第一版） ➢ 1986年第一卷 :一般医学上或工业的重要的革兰
氏阴性菌 ➢ 1988年第二卷:除了放线菌之外的革兰氏阳性菌 ➢ 1989年第三卷:古细菌、蓝细菌和第一卷以外的
其余的G-菌 ➢ 1989年第四卷:放线菌
生物分类的传统指标
形态学特征、 生理学特征、 生态学特征
从不同层次(细胞的、分子的)，用不同学科(化学、物理学、遗传 学、免疫学、分子生物学等)的技术方法来研究和比较不同微生 物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现的反映微生物类群特征 的资料。
在现代微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料， 都有分类学意义，都可以作为分类鉴定的依据。
生物分类学上种以下的分类单位。但其基本特征仍未超脱原种范 围的一群个体。
种内某一个体可能由于突变而发生变异，在自然选择和人工选择 下，这种变异会在种内不断扩散，最后形成某些遗传性不同于原 种的一个群体。
变种仍能和原种进行基因交流。 变种和亚种没有本质差别，有时常混用。
指某一明显而稳定的特征与模式种不同的种，有时称 小种。
一、分类单元及其等级
界 （Kingdom） (Regnum) 门 （Phylum） (Phylum) 纲（Class） (Classis) 目（Order） (Ordo) 科（Family） (Familia)
属（Genus） (Genus) 种（Species） (Species)
微生物的分类单位
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
23
➢ 《伯杰氏系统细菌学手册》1984-1989（第一版） ➢ 1986年第一卷 :一般医学上或工业的重要的革兰
氏阴性菌 ➢ 1988年第二卷:除了放线菌之外的革兰氏阳性菌 ➢ 1989年第三卷:古细菌、蓝细菌和第一卷以外的
其余的G-菌 ➢ 1989年第四卷:放线菌
生物分类的传统指标
形态学特征、 生理学特征、 生态学特征
从不同层次(细胞的、分子的)，用不同学科(化学、物理学、遗传 学、免疫学、分子生物学等)的技术方法来研究和比较不同微生 物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现的反映微生物类群特征 的资料。
在现代微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料， 都有分类学意义，都可以作为分类鉴定的依据。
生物分类学上种以下的分类单位。但其基本特征仍未超脱原种范 围的一群个体。
种内某一个体可能由于突变而发生变异，在自然选择和人工选择 下，这种变异会在种内不断扩散，最后形成某些遗传性不同于原 种的一个群体。
变种仍能和原种进行基因交流。 变种和亚种没有本质差别，有时常混用。
指某一明显而稳定的特征与模式种不同的种，有时称 小种。
一、分类单元及其等级
界 （Kingdom） (Regnum) 门 （Phylum） (Phylum) 纲（Class） (Classis) 目（Order） (Ordo) 科（Family） (Familia)
属（Genus） (Genus) 种（Species） (Species)
微生物的分类单位
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
细菌分类分类学
第二节细菌分类分类学内容涉及三个相互依存又有区别的组成部分:分类(classification)是根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定；命名(nomenclature)是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称；鉴定(identification或determination)则是指借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。
一、分类单元及其等级分类单元(taxon,复数taxa)是指具体的分类群，如原核生物界(Procaryotae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)等都分别代表一个分类单元。
细菌的分类单元分为七个基本的分类等级(rank或category)或分类阶元，由上而下依次是：界、门、纲、目、科、属、种在分类中，若这些分类单元的等级不足以反映某些分类单元之间的差异时也可以增加"亚等级"即：亚界、亚门……亚种，在细菌分类中，还可以在科(或亚科)和属之间增加族和亚族等级。
值得强调的是，分类单元的等级(阶元)只是分类单元水平的概括，它并不代表具体的分类单元。
在细菌分类中，还使用一些非正式的类群术语。
(1)培养物(culture)，是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。
如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
如果某一培养物是由单一微生物细胞繁殖产生的，就称之为该细菌的纯培养物(pure culture)。
（2）菌株(strain)，从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物或用实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型，（但为另一新菌种）菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。
菌株名称常用数字编号、字母、人名、地名等表示。
简述细菌种属的分类鉴定流程
简述细菌种属的分类鉴定流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。
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在进行细菌种属的分类鉴定之前，需要进行充分的准备工作。
细菌的分类和鉴定
（一）生理学与生化学分类法
主要以细菌的形态、染色以及细菌的特 殊结条件等等。 主要有两种方法 1、传统分类法
2、数值分类法
1、传统分类法
主要以细菌的形态、生理特征为分类基 础，选择一些较稳定的生物学性状如细菌的 形态结构、染色性、培养特性、生化反应、 抗原性等作为依据，然后按主次顺序逐级区 分。
（二）生理生化特征
包括营养类型、与氧的关系、对温度的适应 性、碳水化合物的代谢试验、蛋白质和氨基酸的 代谢试验及的碳源和氮源利用试验、各种酶类试 验、抑菌试验等等。 生理生化特征特点： 对微生物生理生化特征的比较也是对微生物 基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易；
六、微生物分类鉴定的依据
根据微生物分类学中使用的技术和方法，可 把它们分成四个不同的水平：
①细胞形态和行为水平； ②细胞组分水平； ③蛋白质水平； ④基因组水平。
在微生物分类学发展的早期，主要的分类鉴 定指标是以在细胞形态和习性为主，可称为经典 的分类鉴定法
七、细菌的分类方法
生物分类的传统指标
1、DNA G+C mol%测定
DNA分子两条链上4种碱基的总分子量 为100，测定其中G+C或A+T摩尔百分比， 能反应出细菌间DNA分子的同源程度，习惯 上以G+C 作为细菌的分类标记。 不同菌属间的G+C mol%范围很大，在 25%~75%之间，但同一种细菌G+C mol% 相当稳定，不受菌龄、培养条件和其它外界 因素影响，亲缘关系越近的细菌，它们G+C mol%越接近（但并非G+C mol%越接近， 亲缘关系就越近？？？）。
细菌的命名依据“国际细菌命名法规” 的规 定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。即每一种 细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属
实验二 革兰氏(Gram)染色法、芽孢染色法
实验报告
• 1 绘图表示大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的形 并注明两菌的革兰氏染色结果。 态，并注明两菌的革兰氏染色结果。 • 2 绘图表示你所观察到的枯草芽孢杆菌的芽 孢形态特征（ 注意芽孢的形状、 孢形态特征 （ 注意芽孢的形状 、 着生位置 及芽孢囊的形态特征） 及芽孢囊的形态特征）
预 习
细菌的荚膜染色法和鞭毛染色法
革兰氏染色法（ 革兰氏染色法（Gram Stain） ）
步骤：
涂片固定 结晶紫初染 碘液媒染 乙醇脱色 番红复染
关键步骤及注意事项
1、涂片时，生理盐水及取菌不宜过多，涂片 、涂片时，生理盐水及取菌不宜过多， 应尽可能均匀。 应尽可能均匀。 2、乙醇脱色是革兰氏染色的关键环节，严格 、乙醇脱色是革兰氏染色的关键环节， 掌握脱色时间。 掌握脱色时间。
芽孢染色结果
（芽孢呈绿色，营养体及芽孢囊呈红色） 芽孢呈绿色，营养体及芽孢囊呈红色）
实验器材
1.菌种：枯草芽孢杆菌斜面培养物 菌种： 菌种 2.染色剂：5%孔雀绿水溶液，0.5%番红 染色剂： 孔雀绿水溶液 孔雀绿水溶液， 染色剂 番红 水溶液 3.仪器或其他用具：载玻片，木夹子， 仪器或其他用具： 仪器或其他用具 载玻片，木夹子， 酒精灯，显微镜等。 酒精灯，显微镜等。
实验方法： 实验方法：
切勿让染 料干涸
制片→染色（孔雀绿加热 水洗→ 制片 染色（孔雀绿加热5min）→水洗 染色 ） 水洗 复染（番红 水洗→干燥 复染（番红2-3min）→水洗 干燥 镜检 ） 水洗 干燥→镜检
思考题
（1）作革兰氏染色涂片为什么不能过于浓厚？其 ）作革兰氏染色涂片为什么不能过于浓厚？ 染色成败的关键为什么是乙醇脱色？ 染色成败的关键为什么是乙醇脱色？ （2）当你对一株未知菌进行革兰氏染色时，怎样 ）当你对一株未知菌进行革兰氏染色时， 能确证你的染色技术操作正确，结果可靠？ 能确证你的染色技术操作正确，结果可靠？ （3）若涂片中观察到的只是大量游离芽孢，很少 ）若涂片中观察到的只是大量游离芽孢， 看到芽孢囊及营养细胞，你认为这是什么原因？ 看到芽孢囊及营养细胞，你认为这是什么原因？
实验二 细菌的鉴定方法
❖ 目前应用较多的自动化鉴定系统主要有：
Vitek—AMS(Automated Microbic System ) 、Biolog、MicroScan、 Enterotube、MIDI、Sensititte、 Autoseeptor、Crystal等鉴定系统。
❖ 法国生物一梅里埃(Bio—Merieux)公司的Vitek—AMS系统 是应用最普遍的细菌自动化鉴定系统之一，可鉴定18 000多 种细菌。全自动鉴定是从接种、培养、读数到报告的全过程 自动完成，利用负压将菌液加入测试卡各孔，封口机封口， 置孵箱孵育，阅读器以665 nm波长每小时将测试卡拉出1次 对各孔底物进行光扫描，动态观察其变化，计算机将判读结 果与标准数据库比较得出鉴定结果。
4. 放射免疫测定技术。放射免疫测定(RIA，Radio immuno assay)是用放射性同位素标记抗原或抗 体，与相应的抗体或抗原结合后通过放射自显影 定性和定量抗原或抗体。
5. 免疫胶体金标记技术。胶体金是继酶、荧 光素和放射同位素后免疫标记技术中令人 瞩目的新标记物。胶体金是氯金酸 (HAuC14)在还原剂如白磷、枸橼酸钠等的 作用下，聚合成特定大小的金颗粒，通过 静电作用与抗体或抗原形成一种稳定的胶 体状态，即为免疫金，免疫金与相应的抗 原抗体结合后，呈现特定的颜色反应。
2. 免疫酶技术。免疫酶技术(EIA，Enzyme immuno assay) 是将酶标记的抗抗体与抗原一抗体复合物结合形成抗原一 抗体一酶标记抗抗体复合物，加入酶底物产生有色产物。 以酶联免疫吸附测定(ELISA)和斑点酶联免疫吸附技术 (Dot—EusA)应用较广泛。
3. 免疫荧光技术 免疫荧光技术(FIA，Fuorescence immunoassay)是将一抗滴加于待检抗原上，再 加一抗的荧光抗体(二抗)，呈现特异性的荧光抗原 抗体复合物以鉴定病原菌。此法比ELISA更直观， 可直接观察到菌体形态。
考研必备《微生物》第10章微生物分类鉴定
(根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)
主要以细菌为例介绍微生物分类、命名和鉴定的有关知识
一、分类单元及其等级
界
门
纲
目
科 属
（参见P339）
种
根据Carl Woese的 理论，现在还在界 之上使用域(domain)
（把全部生物先分为 古生菌域、细菌域和 真核生物域， 域下面再分界。）
（参见P346）
（参见P360）
16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”
1）rRNA普遍存在于一切细胞内； 2）它们的生理功能既重要又恒定； 3）16SrRNA在细胞中含量较高、较易提取；
4）编码rRNA的基因十分稳定；
5）rRNA的某些核苷酸序列非常保守; 6）相对分子量适中。
利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家
(根据现有数据建立系统的过程)
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有 的名称；
(分类系统建立过程中的步骤之一)
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类
系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类
地位的微生物所应归属分类群的过程。
第10章
微生物的分类和鉴定
第一节：细菌分类
（参见P339）
分类是认识客观事物的一种基本方法。我们要认识、 研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。
分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：
分类、
命名、
鉴定
分类(classification)：根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育 相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成 系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的 微生物进行鉴定；
【微生物学检验】知识点整理(第二部分)
【微生物学检验】知识点整理（第二部分）室内质量控制的内容包括哪些？答：室内质量控制的内容包括：⑴人员与组织管理⑵操作手册⑶培养基的质量控制⑷试剂、抗血清和染色液的质量控制⑸抗生素与抗生素纸片⑹仪器⑺标本检验过程的质量控制⑻室内全面质量控制⑼标准菌株的来源和保存。
对于不同种类的培养基，应如何进行无菌试验？⑴对分装后灭菌的培养基：随机5%～10%的量，35℃，培养24h；⑵无菌操作分装的培养基对全部培养基35℃，培养24h；⑶选择培养基部分加入10～20倍无抑制性肉汤35℃，培养24h；以上情况证明无菌生长为合格。
K-B法质控结果出现错误，试分析其原因？⑴质控结果记录错误⑵量取抑菌环直径时读数错误⑶标准菌株被污染或其他改变⑷接种的菌悬液太浓或过淡⑸ 0.5管麦氏浊度标准管未摇匀或已过期失效⑹孵育温度或气体环境不正确⑺MH培养基质量有无问题⑻含药纸片失效。
细菌耐药机制？主要有四种①产生一种或多种水解酶钝化酶和修饰酶。
②抗生素作用的靶位改变，包括青霉素结合蛋白位点和DNA解旋酶的改变。
③细菌膜的通透性下降，包括细菌生物被膜的形成和通道蛋白丢失。
④细菌主动外排系统的过度表达。
超广谱β内酰胺酶检测分为纸片检测和液体稀释法检测，检测对象为肺炎克雷伯菌，产酸克雷伯菌，大肠埃希菌和奇异变形杆菌。
结果判读：肺炎克雷伯菌，头孢泊肟抑菌环直径≦17mm;头孢他啶抑菌环直径≦22mm;氨曲南抑菌环直径≦27mm;头孢噻肟抑菌环直径≦27mm;头孢曲松抑菌环直径≦25mm.K-B法（纸片扩散法）检测原理及影响因素？原理:将含有定量抗菌药物的纸片贴在已接种测试菌的琼脂平板上。
纸片中所含的药物吸取琼脂中的水分溶解后不断地向纸片周围区域扩散形成递减的梯度浓度。
在纸片周围抑菌浓度范围内测试菌的生长被抑制,从而形成透明的抑菌圈。
抑菌圈的大小反映测试菌对测定药物的敏感程度,并与该药对测试菌的最低抑菌浓度(MIC)呈负相关关系,即抑菌圈愈大,MIC愈小。
临床微生物学检验理论课：02细菌鉴定试验-涂片染色
涂片抗酸染色结果观察
镜检时，油镜下仔细查遍整个涂片或至少100个视野； 抗酸性菌呈红色，其它细菌及细胞呈蓝色； TB为细长，着色不均匀，可2个以上的菌形成V、Y、T
等或平行排列等。
涂片抗酸染色结果报告
结果报告，1984年国内统一暂行规定报告方式： 未找到抗酸菌-； 找到抗酸杆菌1或2个，全视野发现1或2个； 找到抗酸杆菌+，全视野发现3-9个； 找到抗酸杆菌++，全视野发现10-99个； 找到抗酸杆菌+++，每视野发现1-9个： 找到抗酸杆菌++++，每视野发现10个以上。
（二）蛋白质和氨基酸的代谢试验
吲哚（靛基质或蛋白胨水）试验： 阳性：色氨酸酶，分解蛋白胨水中的色氨酸生成吲哚，
加入指示剂形成红色界面； 阴性：加入指示剂不变色； 区分普通变形杆菌（+），奇异变形杆菌（-）。
尿素分解试验： 阳性：尿素分解酶分解尿素产生大量的氨，使培养基
呈碱性，加入指示剂为红色； 阴性：加入指示剂不变色。
4、墨汁染色查隐球菌
新生隐球菌广泛分布于自然界，也可存在于人体体表、 口腔及肠道中；
经呼吸道侵入人体，由肺经血行播散时，可侵犯所有脏 器组织，主要侵犯肺、脑及脑膜；
好发于细胞免疫功能低下者，如AIDS、恶性肿瘤、糖尿 病、器官移植及大剂量使用糖皮质激素者；
临床上怀疑脑膜炎时，常抽取脑脊液检查细菌真菌、抗 酸菌、隐球菌。
3、涂片抗酸染色：检查抗酸杆菌
据世界卫生组织估计，全球每年增加结核病人约800万 1000万，死亡病人约300万；
全人类的三分之一即17亿人曾感染过结核杆菌； 结核病人主要见于发展中国家，尤其经济落后地区； 我国是结核病高发国家，广东地区发病率较高。
细菌的分类与鉴定
*种名：说明微生物皀颜色、形状、用途，有时用
人名、地名、微生物寄生皀宿主名称和致病皀性 质来表示。字母小写。
*黑曲霉 —— 颜色 *巴斯德酵母 —— 人名 *北京棒杆菌 —— 地名 *猪霍乱沙门氏菌 —— 寄生皀宿主名称和致病性质
*种名未确定：属名加 sp.（单数）或 spp.
（复数）表示。
*Bacillus *Bacillus
*
（一）生物分类皀两种基本原则 （二）细菌分类鉴定皀指标 （三）细菌分类鉴定皀实验室技术
*根据表型(phenetic)特征皀相似程度分群归类，这种表
型分类重在应用，不涉及生物迚化或不以反映生物亲
缘关系为目标。
*按照生物系统収育相关性水平来分群归类，其目标是
探寻各种生物乊间皀迚化关系，建立反映生物系统収 育皀分类系统。
标准化成品鉴定产品 （如：API试剂条）
半自动细菌鉴定仪 （如：ATB Expression）
全自动细菌鉴定仪 （如：VITEK 2）
分子生物 学技术
人工鉴定 培养基皀微量化、标准化和商品化 数码分类鉴定技术（生化反应皀数字化） 自动化鉴定技术（生物信息皀电脑化） 细菌皀鉴定和药敏试验都实现了自动化
sp. spp.
一种芽孢杆菌 若干芽孢杆菌
* 亚种：subspecies，简称“subsp.”
* 变种：variety，简称“var.” * 命名：三名法
属名 + 种名 + （subsp.或var.）+ 亚种（或变种）可省略
如：Saccharomyces cerevisiae var. ellipsoideus 酿酒酵母椭圆变种 Bacteroides fragilis subsp. Ovatus 脆弱拟杆菌卵形亚种
细菌分类鉴定规程
细菌分类鉴定规程细菌分类鉴定规程杜艳、余翔、罗国升新菌鉴定主要流程：1、潜在新菌的确定拿到拼接好的16Sr RNA gene序列后，进入NCBI blastN ()或EzTaxon server 2.1() 进行比较，同源性低于98%的序列(同源性处于98-97%之间的序列最好少于3株)，可初步判断存在新菌的可能。
2、选择标准菌株构建进化树选择参考菌株构建三种进化树(NJ、MP和ML)，构建进化树是需要注意以下几点：1）所选择的序列必须都是在IJSEM上正式发表的序列，2）所选择的参考菌株必须包含新菌所在属的所有标准菌株，3）需要选择新菌所在科的一些与新种所在属相近的属的type species作为参考菌株，4）需要选择一个远源的菌株作为参考菌株，如：E. coli。
3、购买标准菌株根据进化树位置和同源性高低选择标准菌株作为参考菌株，联系相关保藏机构购买标准菌株。
具体信息可以在上查找。
标准菌株的选择需遵循以下几点：1) 如果要用到不同的属但不是用这些属的所有的种，则要选择这些属的模式种，并且要选择模式种的模式菌株。
2) 一个属的模式种是最重要的参照微生物，如果一个新种被认为属于这个属，就一定要与该属的模式种进行比较，而其他的种可能分类时出现错误，可能将来会被重新分类。
总之，进行种、属、甚至是科的比较研究时，都要用模式微生物，这就涉及到模式属的模式种，模式种的模式菌。
4、表型特征实验培养特征：菌落特征(如菌落的形状、大小、颜色、隆起、表面状况、质地、光泽、水溶性色素等)。
细胞形态：形态(球形、杆状、弧形、螺旋形、丝状、分枝及特殊形状)，大小，排列(单个、成对、成链或其他特殊排列方式)。
特殊的细胞结构：鞭毛(着生位置、数量)，芽胞(形状、着生位置、是否膨大)，孢子(孢子形状、着生位置、数量、排列)，其它 (荚膜、细胞附属物为柄、丝状物、鞘、蓝细菌的异形胞、静止细胞和连鞘体等)。
超微结构：细胞壁、细胞内膜系统、放线菌抱子表面特征等。
细菌分类分类学
（3）居群，每一个物种在自然界中的存在，都有一定的空间 结构，在 其分散的、不连 续的居住场所或分布区域内， 形成不同的群体单元
（4）型(form或type)，常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌 株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。
例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解反应的不同分为 不同的噬菌型等等。
Pseudomonas aeruginosa(铜绿色假单胞菌)。其中Pseudomonas是属名 (假单胞菌属)(阴性 )；aeruginosa是种名加词，是拉丁语形容词(阴 性)，原意为"铜绿色的"。
Mycobacterium tuberculosis(结核分枝杆菌)。其中Mycobacterium是 属名(分枝杆菌属)， 系希腊词源的复合词(中性)，tuberculosis是种 名加词，是希腊词和拉丁词缀合成的名词所属格形式，意为"结核病的"。
旧时衙门里草拟文牍、掌管档案的幕僚，其地位比一般属吏高。《老残游记》第四回:"像你老这 样抚台央出文案老爷来请进去谈谈，这面子有多大!"夏衍《秋瑾传》序幕:"将这 阮财富 带回衙 门去，要文案给他补一份状子。"
文案音译
文案英文:copywriter、copy、copywriting
文案拼音:wén àn
(1)培养物(culture)，是指一定时间一定空间内微生物的细胞 群或生 长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。 如果某一培养物是由单一微生物细胞繁殖产生的，就称之为该细菌的纯 培养物(pure culture)。
（2）菌株(strain)，从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养 物或用实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型，（但为另一 新菌种）
（4）型(form或type)，常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌 株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。
例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解反应的不同分为 不同的噬菌型等等。
Pseudomonas aeruginosa(铜绿色假单胞菌)。其中Pseudomonas是属名 (假单胞菌属)(阴性 )；aeruginosa是种名加词，是拉丁语形容词(阴 性)，原意为"铜绿色的"。
Mycobacterium tuberculosis(结核分枝杆菌)。其中Mycobacterium是 属名(分枝杆菌属)， 系希腊词源的复合词(中性)，tuberculosis是种 名加词，是希腊词和拉丁词缀合成的名词所属格形式，意为"结核病的"。
旧时衙门里草拟文牍、掌管档案的幕僚，其地位比一般属吏高。《老残游记》第四回:"像你老这 样抚台央出文案老爷来请进去谈谈，这面子有多大!"夏衍《秋瑾传》序幕:"将这 阮财富 带回衙 门去，要文案给他补一份状子。"
文案音译
文案英文:copywriter、copy、copywriting
文案拼音:wén àn
(1)培养物(culture)，是指一定时间一定空间内微生物的细胞 群或生 长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。 如果某一培养物是由单一微生物细胞繁殖产生的，就称之为该细菌的纯 培养物(pure culture)。
（2）菌株(strain)，从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养 物或用实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型，（但为另一 新菌种）
细菌鉴定手册（完整版）
细菌鉴定手册细菌鉴定手册[细菌鉴定手册]细菌鉴定手册一本有代表性的、参考价值极高、比较全面系统的细菌分类手册，细菌鉴定手册。
由美国布瑞德等人主编。
1923年第1版，后于1925、1930、 1934、1939、1948、1957、1974年相继出版了第2至第8版，每个版本都反映了当时细菌学发展的新成就。
其中第8版有美、英、德、法等 14个国家的细菌学家参加了编写工作，对系统内的每一属和种都做了较详细的属性描述。
近年来，由于细胞学、遗传学和分子生物学的渗透，大大促进了细菌分类学的发展，使分类系统与真正反映亲缘关系的自然体系日趋接近。
第9版(1984，1986)中实质性的变化，象征着细菌分类学的发展进入新的阶段。
第一，手册更名，原书名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》，第9版由于内容增加，范围扩大，提高了手册的实用性，同时指出各类细菌间的关系，所以改名为《伯杰氏系统细菌学手册》;第二，由1卷分成4卷，这是考虑到能及时反映新进展和使用者的方便;第三，细菌在生物界的地位，8、9版间无变动，但它们的高级分类单位有很大变化，尤其嗜盐细菌和产甲烷细菌，根据胞壁分析和DNA序列分折，另列疵壁菌门，古细菌纲;第四，趋近自然体系，在各级分类单位中全面应用核酸研究;在表型特征的基础上，以DNA资料给予决定性的判断，鉴定材料《细菌鉴定手册》()。
使人为的分类体系过渡到自然体系的理想进一步付诸实现。
本书是在《一般细菌常用鉴定手册》一书的基础上编写而成的。
全书分两大部分:第一部分主要介绍了伯杰(Bergey)系统、常见细菌的检索表、属的提要及种的鉴别等;第二部分介绍了几种鉴定方法,包括常用的传统分类基本方法和目前通用的分子生物学方法及快速鉴定和自动化鉴定系统等。
常见细菌系统鉴定手册编者评论 -常见细菌系统鉴定手册在蓝岭香柏网上书店销售，读者在蓝岭香柏网还可了解到常见细菌系统鉴定手册作者、价格、内容介绍等信息。
欢迎购买常见细菌系统鉴定手册，蓝岭香柏 ... 阅读完整评论内容常见细菌系统鉴定手册-科学出版社- 梦迪知识堂- 食品伙伴个性空间食品 ...编者评论 - 常见细菌系统鉴定手册东秀珠蔡妙英等编著科学出版社目录序使用说明绪论第一部分常见细菌属的特征描述第一章光合细菌第二章产芽孢细菌第三章好氧或兼性厌氧发酵型革兰氏 ... 阅读完整评论内容常见细菌系统鉴定手册编者评论 - 常见细菌系统鉴定手册在蓝岭香柏网上书店销售，读者在蓝岭香柏网还可了解到常见细菌系统鉴定手册作者、价格、内容介绍等信息。
1.7原核微生物的分类鉴定(二)
将性状状态转变成计算机识别运算的符号,如 0、1
相似性计算：根据性状测定结果计算出被测菌株两两之间 的相似系数
聚类分析（cluster analysis）：是在考察各个OUT之间 的相似性后，按相似的大小进行分群分类
分类结果的表示3、化学分类法
依据微生物细胞壁组成、脂质、蛋白质等生化特征分类
粘质沙雷氏菌 （Serratia marcescens）
天蓝色链霉菌 （Streptomyces coelicolor）
3.1.1、形态学分类依据
群体培养特征：细菌在半固体、液体等培养条件下也有不 同生长特征，可作为分类鉴定的依据。
半固体：判断运动性 液体：混浊程度，沉淀形态，有无气泡，有无颜色等
相似值，以其相似值的大小决定细菌在分类学中的关系 ，并把它们分为各个类群。 特点：1、采用较多的分类性状
2、等重原则：对各个性状不分主次，同等对待
2.2.2、用数值分类法分类过程： 选择分类单元与分类性状:
分类单元（OUT)：属、种、菌株
性状：形态、生理生化、免疫.....
性状编码：
50个或者更多
2.1.4、噬菌体分型: 噬菌体侵染细菌宿主
具有较高特异性
2.1.5、生态环境： 不同细菌对生长的环境条件有不同要求：氧气、pH、
温度等。少数种类要生活在嗜盐、嗜酸、厌氧等极端环境 。
耐盐菌、嗜酸菌、 栖热菌、厌氧菌
......
高温强酸温泉
2.2、数值分类法
2.2.1、数值分类法（Numerical taxonomy）概念 概念：用数理统计的方法来处理细菌的各种特征，求出
•
复杂，分类的技术手段也多种多样
2.1.1、形态学分类依据 2.1.1.1、细胞形状：
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细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）；
亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）；
模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
新名称的发表
根据细菌命名法规的规定，有效发表新的细菌名称应在公 开发行的刊物上进行，在菌种目录 、会议记录、会议论文摘 要等均不能视为有效发表。此外，若新名称是在国际系统与 进化微生物学杂志(International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, IJSEM )以外的其他杂志上发表 的，要取得国际上承认和学名优先权，还必须经过新名称的 合格化发表，即将有效发表的英文附本送交IJSEM审查，被 认为合格后，在该杂志上定期公布，命名日期即从公布之日 算起，否则不算合格发表也不能取得国际上的承认。发表新 名称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词，如 新目“ord.nov.”、新属“gen.nov.”、新种“sp.nov.”等, 例如： Pyrococcus furiosus sp.nov.表明该菌(猛烈火球菌)是一个 新发表的种。
生物体基因在域和界水平即存在大量转移
2001年5月18日 美国《Science》周刊292卷 第5520期
人类基因组中的细菌基因？
一项新的研究指出，在我们体内的每个细胞中有40个左右的细菌基因。这个由细 菌到人类寄主的所谓的“横向转移(lateral transfer)”给进化生物学带来了极大的问题， 它可能意味着直到现在细菌可能一直在为其自身利益操纵着人类的基因组。
伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的
最重要依据，其特点是描述非常详细，包括对 细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验 的具体方法。
《伯杰氏鉴定细菌学手册》
(Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
1984~1989
《伯杰氏系统细菌学手册》
(Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示，
例如 Bacillus sp
1、属名 属名用一个单数主格名词或当作名词用的形容词
来表示，可以是阳性、阴性或中性，首字母要大写。 例如：Bacillus(芽孢杆菌属)(阳性)，拉丁词，原 意为“小杆菌”，因该属菌有芽孢而译为“ 芽孢杆菌 属”。 Clostridium(梭菌属)(中性)，源于希腊词， 原意为“纺缍状菌”。 Salmonella(沙门氏菌属)(阴 性)，以美国细菌学家D.E.Salmon的姓氏来命名的。
他类群的菌株有很明显的区别。
Section 4 Nomenclature of Bacteria
双名法(binomial nomenclature) ，由二个拉丁字或希腊字 或拉丁化了的其它文字组成，一般用斜体表示
属名在前，一般用拉丁字名词表示，首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写
Section 5 伯杰氏手册
60年代以前，国际上不少细菌分类学家都曾对细菌进行过全面 的分类，提出过一些在当代有影响的细菌分类系统。但70年代 以后，对细菌进行全面分类的、影响最大的是"伯杰氏手册 "。 所以该书目前已成为对细菌进行分类鉴定的主要参考书。
"伯杰氏手册"最初是由美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey) (1860-1937)及其同事为细菌的鉴定而编写的，名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey‘s Manual of Determinative Bacteriology)。该书自1923年问世以来， 已进行过九次修订。1957年第七版后，由于越来越广泛地吸收了国际上细菌 分类学家参加编写(如1974年第八版，撰稿人多达130多位，涉及15个国家； 现行版本撰稿人多达300多人，涉及近20个国家)，所以它的近代版本反映了 出版年代细菌分类学的最新成果，因而逐渐确立了在国际上对细菌进行全面 分类的权威地位。70年代以来该书所提出的分类系统已被各国普遍采用。尽 管该书编辑们一再坚决否认，还是被人称之为"官方的分类"。
Steven L. Salzberg和他的同事们与过去的研究人员一样，将人类基因组和已经测 序的真核细菌基因组做比较，来识别同时在人类和细菌中出现的“细菌到脊椎动物转 移”的基因(bacteria to vertebrate transfers,简称BVTs)。Salzberg的小组分析的数据包 括了塞莱拉的基因组序列和过去没有被分析过的寄生物谱系的蛋白，但他们排除了在 序列还没有完全测出的真核细菌中有变异的基因。
致依病根据型据，基不p因同at序h型ov列的ar 来细分菌种之，间pa如t存ho把t在ypDe鉴N别A性杂特交征同对的源宿差主性致异在病，6性0命的~ 差7名0异%或以鉴上定，不 噬同菌或的型者型1必6pS需hraR有goNv分aAr类序学列依同据源pha。性go达typ9e7ly%so以typ上e 的对菌噬株菌体定溶为解一反应个的种差。异 形态微型生物m的o种rph：ova具r 有高度mo特rph征oty相pe似性的菌特株殊群的形，态这学个特征菌株群与其
(根据现有数据建立系统的过程)
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个 专有的名称；
(分类系统建立过程中的步骤之一)
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类 系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类 地位的微生物所应归属分类群的过程。
他们的结果建议，许多共有的基因在其他真核细菌中丢失了，在进化率不同的生 物体中有变化，采样大小的不同对结果也有影响。在一篇相关的研究评述中，JanO. Andersson和Camilla L. Nesbo进一步讨论了这些发现。
报告：Microbial Genes in the Human Genome: Lateral Transfer or Gene Loss?, by Steven L. Salzberg, et al.
categories of Bacteria 2000-2004 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd
1984 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, volume I- IV (33 sections in total) Volume I : Sections 1-11 Volume II : Sections 12-17 Volume III : Sections 18-25 Volume IV : Sections 26-33 Kingdom Procaryotae Division I Gracilicutes (薄壁细菌门) Division II Firmicutes (坚壁细菌门) Division III Tenericutes (柔膜细菌门) Division IV Mendosicutes(疵壁细菌门)
2、种ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ:
第二个词为种名，常用形容词(要与属名性别一致)，也可以用人名、地名、病 名或其他名词(名词用主格或所属格形式)，种名首字母不大写。例如： Pseudomonas aeruginosa。其中Pseudomonas是属名(假单胞菌属)(阴性 )； aeruginosa是种名加词，是拉丁语形容词(阴性)，原意为“铜绿色的”。 Mycobacterium tuberculosis。其中Mycobacterium是属名(分枝杆菌属)， 系 希腊词源的复合词(中性)，tuberculosis是种名加词，是希腊词和拉丁词缀合成 的名词所属格形式，意为“结核病的”。
Topic:
Classification and identification of Bacteria Department of Microbiology Faculity : Xiancai Rao
Discussion
Carl Woose的rRNA进化树完美无缺？
随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定，人们 发现生物在进化中存在着非常广泛的水平基因转移现 象，很多科学家都认为不能仅靠对16SrRNA的序列比 较来确定生物之间的亲缘关系，还必须借助各种信息 对这个进化树进行改进。
菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体
Bacillus subtilis ASI.398 生产蛋白酶 Bacillus subtilis BF7658 生产α淀粉酶
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种 不同菌株之间的性状差异，不足以分为 新的亚种时，可以细分为不同的型。
伯杰氏手册修订
1923 The first edition 1925 The second 1930 The third 1934 the fourth 1939 the fifth 1948 the sixth 1957 the seventh 1974 The eighth edition, 19 parts in total 1984 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 1994 Ninth edition, 35 Groups within 4 major
例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解 反应的不同分为不同的噬菌型等
4）中文种译（名spe推ci荐es使）用：的物名称种，以生前物使用分的类同中义基词本应的用分于类只单有元下列和性分状类的等菌级株 。 菌株与型的区别：
生血菌物清高株型型等之生间bs物不eiorv中o存avra，在r “鉴别生性殖特sb隔eior征otyt离yp的pee”差被异看，作命是名不特区不同殊分同的的抗生物的原理种菌特生的株征化标性无状准需分类学
种和亚种指定模式菌株（type strain）；
亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）；
模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
新名称的发表
根据细菌命名法规的规定，有效发表新的细菌名称应在公 开发行的刊物上进行，在菌种目录 、会议记录、会议论文摘 要等均不能视为有效发表。此外，若新名称是在国际系统与 进化微生物学杂志(International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, IJSEM )以外的其他杂志上发表 的，要取得国际上承认和学名优先权，还必须经过新名称的 合格化发表，即将有效发表的英文附本送交IJSEM审查，被 认为合格后，在该杂志上定期公布，命名日期即从公布之日 算起，否则不算合格发表也不能取得国际上的承认。发表新 名称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词，如 新目“ord.nov.”、新属“gen.nov.”、新种“sp.nov.”等, 例如： Pyrococcus furiosus sp.nov.表明该菌(猛烈火球菌)是一个 新发表的种。
生物体基因在域和界水平即存在大量转移
2001年5月18日 美国《Science》周刊292卷 第5520期
人类基因组中的细菌基因？
一项新的研究指出，在我们体内的每个细胞中有40个左右的细菌基因。这个由细 菌到人类寄主的所谓的“横向转移(lateral transfer)”给进化生物学带来了极大的问题， 它可能意味着直到现在细菌可能一直在为其自身利益操纵着人类的基因组。
伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的
最重要依据，其特点是描述非常详细，包括对 细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验 的具体方法。
《伯杰氏鉴定细菌学手册》
(Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
1984~1989
《伯杰氏系统细菌学手册》
(Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示，
例如 Bacillus sp
1、属名 属名用一个单数主格名词或当作名词用的形容词
来表示，可以是阳性、阴性或中性，首字母要大写。 例如：Bacillus(芽孢杆菌属)(阳性)，拉丁词，原 意为“小杆菌”，因该属菌有芽孢而译为“ 芽孢杆菌 属”。 Clostridium(梭菌属)(中性)，源于希腊词， 原意为“纺缍状菌”。 Salmonella(沙门氏菌属)(阴 性)，以美国细菌学家D.E.Salmon的姓氏来命名的。
他类群的菌株有很明显的区别。
Section 4 Nomenclature of Bacteria
双名法(binomial nomenclature) ，由二个拉丁字或希腊字 或拉丁化了的其它文字组成，一般用斜体表示
属名在前，一般用拉丁字名词表示，首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写
Section 5 伯杰氏手册
60年代以前，国际上不少细菌分类学家都曾对细菌进行过全面 的分类，提出过一些在当代有影响的细菌分类系统。但70年代 以后，对细菌进行全面分类的、影响最大的是"伯杰氏手册 "。 所以该书目前已成为对细菌进行分类鉴定的主要参考书。
"伯杰氏手册"最初是由美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey) (1860-1937)及其同事为细菌的鉴定而编写的，名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey‘s Manual of Determinative Bacteriology)。该书自1923年问世以来， 已进行过九次修订。1957年第七版后，由于越来越广泛地吸收了国际上细菌 分类学家参加编写(如1974年第八版，撰稿人多达130多位，涉及15个国家； 现行版本撰稿人多达300多人，涉及近20个国家)，所以它的近代版本反映了 出版年代细菌分类学的最新成果，因而逐渐确立了在国际上对细菌进行全面 分类的权威地位。70年代以来该书所提出的分类系统已被各国普遍采用。尽 管该书编辑们一再坚决否认，还是被人称之为"官方的分类"。
Steven L. Salzberg和他的同事们与过去的研究人员一样，将人类基因组和已经测 序的真核细菌基因组做比较，来识别同时在人类和细菌中出现的“细菌到脊椎动物转 移”的基因(bacteria to vertebrate transfers,简称BVTs)。Salzberg的小组分析的数据包 括了塞莱拉的基因组序列和过去没有被分析过的寄生物谱系的蛋白，但他们排除了在 序列还没有完全测出的真核细菌中有变异的基因。
致依病根据型据，基不p因同at序h型ov列的ar 来细分菌种之，间pa如t存ho把t在ypDe鉴N别A性杂特交征同对的源宿差主性致异在病，6性0命的~ 差7名0异%或以鉴上定，不 噬同菌或的型者型1必6pS需hraR有goNv分aAr类序学列依同据源pha。性go达typ9e7ly%so以typ上e 的对菌噬株菌体定溶为解一反应个的种差。异 形态微型生物m的o种rph：ova具r 有高度mo特rph征oty相pe似性的菌特株殊群的形，态这学个特征菌株群与其
(根据现有数据建立系统的过程)
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个 专有的名称；
(分类系统建立过程中的步骤之一)
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类 系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类 地位的微生物所应归属分类群的过程。
他们的结果建议，许多共有的基因在其他真核细菌中丢失了，在进化率不同的生 物体中有变化，采样大小的不同对结果也有影响。在一篇相关的研究评述中，JanO. Andersson和Camilla L. Nesbo进一步讨论了这些发现。
报告：Microbial Genes in the Human Genome: Lateral Transfer or Gene Loss?, by Steven L. Salzberg, et al.
categories of Bacteria 2000-2004 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd
1984 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, volume I- IV (33 sections in total) Volume I : Sections 1-11 Volume II : Sections 12-17 Volume III : Sections 18-25 Volume IV : Sections 26-33 Kingdom Procaryotae Division I Gracilicutes (薄壁细菌门) Division II Firmicutes (坚壁细菌门) Division III Tenericutes (柔膜细菌门) Division IV Mendosicutes(疵壁细菌门)
2、种ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ:
第二个词为种名，常用形容词(要与属名性别一致)，也可以用人名、地名、病 名或其他名词(名词用主格或所属格形式)，种名首字母不大写。例如： Pseudomonas aeruginosa。其中Pseudomonas是属名(假单胞菌属)(阴性 )； aeruginosa是种名加词，是拉丁语形容词(阴性)，原意为“铜绿色的”。 Mycobacterium tuberculosis。其中Mycobacterium是属名(分枝杆菌属)， 系 希腊词源的复合词(中性)，tuberculosis是种名加词，是希腊词和拉丁词缀合成 的名词所属格形式，意为“结核病的”。
Topic:
Classification and identification of Bacteria Department of Microbiology Faculity : Xiancai Rao
Discussion
Carl Woose的rRNA进化树完美无缺？
随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定，人们 发现生物在进化中存在着非常广泛的水平基因转移现 象，很多科学家都认为不能仅靠对16SrRNA的序列比 较来确定生物之间的亲缘关系，还必须借助各种信息 对这个进化树进行改进。
菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体
Bacillus subtilis ASI.398 生产蛋白酶 Bacillus subtilis BF7658 生产α淀粉酶
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种 不同菌株之间的性状差异，不足以分为 新的亚种时，可以细分为不同的型。
伯杰氏手册修订
1923 The first edition 1925 The second 1930 The third 1934 the fourth 1939 the fifth 1948 the sixth 1957 the seventh 1974 The eighth edition, 19 parts in total 1984 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 1994 Ninth edition, 35 Groups within 4 major
例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解 反应的不同分为不同的噬菌型等
4）中文种译（名spe推ci荐es使）用：的物名称种，以生前物使用分的类同中义基词本应的用分于类只单有元下列和性分状类的等菌级株 。 菌株与型的区别：
生血菌物清高株型型等之生间bs物不eiorv中o存avra，在r “鉴别生性殖特sb隔eior征otyt离yp的pee”差被异看，作命是名不特区不同殊分同的的抗生物的原理种菌特生的株征化标性无状准需分类学