长链非编码RNA肺腺癌转移相关转录本1介导的内源竞争性RNA网络研究重点

ｍｉＲＴａｒＢａｓｅ ａｎｄ ｆｉｌｔｅｒｅｄ ｂｙ ｇｅｎｅｓ ｐｏｓｉｔｉｖｅｌｙ ｃｏｒｒｅｌａｔｅｄ ｗｉｔｈ ＭＡＩＡＴｌ．Ｔｈｕｓ．３２３ ｇｅｎｅｓ ｗｅｒｅ ｆｉｎａｌｌｙ ｆｉｌｔｅｒｅｄ ｏｕｔ．Ｔｈｅｎ ｔｈｅ ｃｏｍｐｅｔｉｎｇ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ＲＮＡ（ｃｅＲＮＡ）ｎｅｔｗｏｋ ｏｆ ＭＡＬＡＴｌ ｗａｓ ｂｕｉｌｔ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ ４８ ｍｉＲＮＡｓ ａｎｄ ３２３ ｇｅｎｅｓ．Ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎ Ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ ＭＡＬＡＴｌ一ｍｅｄｉａｔｅｄ ｅｅＲＮＡ ｎｅｔｗｏｒｋ ｂｙ ｂｉｏｉｌｆｆｏｒｍａｔｉｃｓ ｍｅｔｈｏｄｓ．ｐｒｏｖｉｄｉｎｇ ｆｏｒ ｆｕｒｔｈｅｒ ｒｅｓｅａｒｃｈ． ｌｕｎｇ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ
ＤＯＩ．１０．ｉ０３８／ｎａｔｕｒｅｌ２７８５
［２］
Ｐａｎ
Ｗ，Ｌｉｕ Ｌ，Ｗｅｉ Ｊ，ｅｔ ａ１．Ａ ｆｕｎｏｔｉｏｎａｌ ｌｎｃＲＮＡ ＨＯＴＡＩＲ ｇｅｎｅｔｉｃ
ｔｏ
ｖａ—
ｒｉａｎｔ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｅｓ
ｇａｓｔｒｉｃ
ｃａｎｃｅｒ
ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ［Ｊ Ｊ
ＭｏＩ
Ｃａｒｃｉｎｏｇ，
２０１６．５５（１）：９０－９６．
ｃｅＲＮＡ网络中的ｍｉＲＮＡ。
根据ｃｅＲＮＡ假说推论，与ＭＡＬＡＴｌ存在ｃｅＲＮＡ 关系的基因，其表达与ＭＡＬＡＴｌ呈正相关。因此首先 通过ＳｔａｒＢａｓｅ网站下载５２８个与ＭＡＬＡＴｌ表达呈正相 关的基因，ＭＡＬＡＴｌ与这些基因的表达相关性由ＴＣＧＡ 数据计算而得。根据假说，ｃｅＲＮＡ网络中的基因应是
ＭＡＬＡＴｌ介导的ｃｅＲＮＡ调控网络。 材料与方法
注：ｃｅＲＮＡ：内源竞争性ＲＮＡ；ｍｉＲＮＡ：微小ＲＮＡ；ＭＡＬＡＴｌ：肺 腺癌转移相关转录本１；ＣＬＩＰ—ｓｅｑ：紫外交联免疫共沉淀一高通 连测序
图１
１．ｍｉＲＮＡ结合位点预测：ｍｉＲＮＡ结合位点预测通 过ＧｅｎｅＢａｎｋ数据库查找ＭＡＬＡＴｌ转录本全长，使用 ｍｉＲａｎｄａ算法预测ＭＡＬＡＴｌ序列上可能存在的ｍｉＲＮＡ 结合位点，通过自由能和结合系数来评估ｍｉＲＮＡ结合
万方数据
・１９２６・
生垡塞验处型苤圭！！！！生！旦筮！！鲞笙！塑坠ｉ！』垦婴！！堡：垒！艘坠垫！！：！！！：！！方法系统验证了与ＭＡＬＡＴＩ
存在ｃｅＲＮＡ机制的ｍｉＲＮＡ和基因，并构建了ＭＡＬＡＴｌ 的ｃｅＲＮＡ网络，为研究ＭＡＬＡＴｌ的ｃｅＲＮＡ机制提供 资源。
ＤＯＩ：１０ １００２／ｍｃ．２２２６１．
［３］
Ｔｈｏｍｓｏｎ ａｎｄ
ＤＷ．Ｄｉｎｇｅｒ ＭＥ．Ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ｍｉｃｒｏＲＮＡ ｓｐｏｎｇｅｓ：ｅｖｉｄｅｎｃｅ
ｐａｒｔｍｅｎｔ
ｌｏｎｇ ｎｏｎ—ｃｏｄｉｎｇ
ＲＮＡ ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ
Ｚｈａｎｇ Ｈａｉｔｉａｎ，Ｗａｎｇ Ｇｕｏｘｉａｎｇ，Ｙｉｎ
Ｒｏｎｇ，Ｑｉｕ Ｍａｎｔａｎｇ，Ｘｕ
Ｌｉｎ
ｏｆ
Ｃ１ｉｎｉｃａｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｘｕｚｈｏｕ Ｍｅｄｉｃａｆ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｘｕｚｈｏｕ
１；
ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ
【Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ】
ＲＮＡ： ＭｉｃｒｏＲＮＡ
Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ
Ｃｏｍｐｅｔｉｎｇ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ
Ｆｕｎｄ ｐｒｏｇｒａｍ：Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｎａｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｈｉｎａ（８１３７２３２ｌ，８１２０１８３０，８１４７２２００， ８１５０１９７７）：Ｎａｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｈｉｇｈ Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｊｉａｎｇｓｕ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ（１３ＫＪＢ３２００１０）；Ｊｉａｎｇｓｕ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ ＢｉｏＢａｎｋ ｏｆ Ｍａｊｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ｆ ＢＭ２０１ ５００４）
１
根据ｍｉＲａｎｄａ算法，ＭＡＬＡＴｌ序列上存在
０５１个ｍｉＲＮＡ结合位点，结合ＭＡＬＡＴｌ的ＣＬＩＰ．ｓｅｑ数据进一步筛选，得到４８个ｍｉＲＮＡ。与
ＭＡＬＡＴｌ表达呈正相关的基因有５２８个；从ｍｉＲＴａｒＢａｓｅ数据库中筛选上述４８个ｍｉＲＮＡ的靶基因， 与正相关基因取交集，更获得３２３个基因。基于４８个ｍｉＲＮＡ和３２３个基因构建ＭＡＬＡＴｌ的ｃｅＲＮＡ 网络。结论通过生物信息学方法可构建ＭＡＬＡＴｌ介导的ｃｅＲＮＡ调控网络。
院心胸外科（王国祥）；２１０００９南京医科大学附属江苏省肿瘤医院胸外科江苏省恶性
肿瘤分子生物学及转化医学重点实验室（尹荣、邱满堂、许林）
通信作者：许林，Ｅｍａｉｌ：ｘｕｌｉｎ８３ｃｎ＠ｇｍａｉｌ．ｃｏｒｎ
ＤＯＩ：１０．３７６０／ｃｍａ．ｊ．ｉｓｓｎ．１００１－９０３０．２０１６．０８．０１２
【摘要】
ｍｉＲａｎｄａ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｗａｓ ｕｓｅｄ
ｓｉｔｅｓ）．Ｔｈｅ
ｃｒｏｓｓ—ｌｉｎｋ ｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ
ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（ＣＬＩＰ—ｓｅｑ）ｄａｔａ
ｔｈｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ ＭＡＬＡＴｌ（１ ０５ ｌ ｔａｒｇｅｔ ｗｅｒｅ ｄｏｗｎ—
ａ—
ｌｏａｄｅｄ ｆｒｏｍ ＳｔａｒＢａｓｅ ｄａｔａｂａｓｅ．Ｔａｒｇｅｔ ｇｅｎｅｓ ｏｆ ｍｉＲＮＡｓ ｔｈａｔ ｈａｖｅ ｂｅｅｎ ｖａｌｉｄａｔｅｄ ｂｙ ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ ｗｅｒｅ
能力大小，并进一步筛选。
ｃｅＲＮＡ调控网络构建流程图
ｍｉＲＮＡ的靶基因。因此，从ｍｉＲＴａｒＢａｓｅ网站筛选这
４８个ｍｉＲＮＡ的靶基因（表１），得到５ ５９５个。将 ＳｔａｒＢａｓｅ与ｍｉＲＴａｒＢａｓｅ得到的基因取交集，所得即为
ＭＡＬＡＴｌ
２．ｍｉＲＮＡ和ｍＲＮＡ相关数据下载：ｍｉＲＮＡ和 ｍＲＮＡ相关数据下载ＭＡＬＡＴｌ的紫外交联免疫共沉 淀．高通连测序（ＣＬＩＰ．ｓｅｑ）数据下载自ＳｔａｒＢａｓｅ
ｖ２．０
ｃｅＲＮＡ网络中的基因，获得３２３个基因。
表１
ＭＡＬＡＴｌ
ｃｅＲＮＡ网络中的ｍｉＲＮＡ
网站¨ｏ｜，分析ＭＡＬＡＴｌ ＣＬＩＰ．ｓｅｑ数据中ｍｉＲＮＡ的片 段数（ｒｅａｄｓ ｎｕｍｂｅｒ），筛选出ｒｅａｄｓ ｎｕｍｂｅｒ＞８０的 ｍｉＲＮＡ。分析肿瘤基因组图谱（ＴＣＧＡ）数据库中与 ＭＡＬＡＴｌ表达呈正相关的基因，并通过ＳｔａｒＢａｓｅ
【关键词】
肺腺癌转移相关转录本１；
内源竞争性ＲＮＡ；微小ＲＮＡ
基金项目：国家自然科学基金（８１３７２３２１、８１２０１８３０、８１４７２２００、８１５０１９７７）；江苏省高校自然科学 基金（１３ＫＪＢ３２００１０）；江苏省重大疾病生物资源样本库（ＢＭ２０１５００４）
Ｃｏｍｐｅｔｉｎｇ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ＲＮＡ ｎｅｔｗｏｒｋ ｍｅｄｉａｔｅｄ ｂｙ ｌｕｎｇ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ １ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ
万方数据
生堡塞堕处型盘查！Ｑ！！生！旦箜！！鲞笠！塑￡堕！』垦堑！！强：垒！艘坠！Ｑ！！：！！！：！！：盟！：！
・１９２５・
内源竞争性ＲＮＡ（ｃｅＲＮＡ）假说认为不同ＲＮＡ转 录本之问可以通过序列上共有的微小ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ， ｍｉＲ）结合位点进行相互调控。在此之后，已经有越来 越多的证据支持ｃｅＲＮＡ假说¨引。长链非编码ＲＮＡ
参考文献
Ｋｕｍａｒ ＭＳ，Ａｒｍｅｎｔｅｒｏｓ—ＭｏｎｔｅｌＴＯＳＯ Ｅ。Ｅａｓｔ Ｐ，ｅｔ ａ】．ＨＭＧＡ２ ｆｕｎｏｔｉｏｎｓ
ａｓ ａ
ｃｏｍｐｅｔｉｎｇ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ
ＲＮＡ
ｔｏ
ｐｒｏｍｏｔｅ ｌｕｎｇ
ｃａｎｃｅｒ
ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ
Ｊ １．Ｎａｔｕｒｅ，２０１４，５０５（７４８２）：２１２－２１７
ｔｈｅ ｃｏｍｐｅｔｉｎｇ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ
ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｌｕｎｇ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ １（ＭＡＬＡＴｌ）ｂｙ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ｐｒｅｄｉｃｔ ｍｉＲＮＡ ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅｓ ｈｉｇｈ ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ
ｏｎ
ＲＮＡ（ｃｅＲＮＡ）ｎｅｔｗｏｒｋ ｏｆ ｍｅｔａｓ— ｍｅｔｈｏｄｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｔｈｅ
目的使用生物信息方法构建长非编码ＲＮＡ肺腺癌转移相关转录本１（ＭＡＬＡＴｌ）介
导的内源竞争性ＲＮＡ（ｃｅＲＮＡ）网络。方法通过ｍｉＲａｎｄａ算法预测，ＭＡＬＡＴｌ序列上存在１ ０５１个 微小ＲＮＡ（ｍｉＲＮＡｓ，ｍｉＲ）结合位点；ＳｔａｒＢａｓｅ数据库下载ＭＡＬＡＴｌ的紫外交联免疫共沉淀一高通量测 序（ＣＬＩＰ—ｓｅｑ）数据；检索ｍｉＲＴａｒＢａｓｅ，筛选有文献证实的ｍｉＲＮＡ靶基因５ ５９５个；下载ＳｔａｒＢａｓｅ数据 库中与ＭＡＬＡＴｌ表达存在正相关的基因５２８个。结果
法预测ＭＡＬＡＴｌ序列上存在的ｍｉＲＮＡ结合位点，通过
筛选后得到１ ０５１个可能的ｍｉＲＮＡ。通过ＳｔａｒＢａｓｅ下 载ＭＡＬＡＴｌ的ＣＬＩＰ—ｓｅｑ数据，按照上述标准筛选得到 ７４个ｍｉＲＮＡ，进一步使用ＣＬＩＰ—ｓｅｑ实验数据对预测结 果进行验证，得到４８个同时被ｍｉＲａｎｄａ和ＣＬＩＰ证据 支持的ｍｉＲＮＡ，这４８个ｍｉＲＮＡ被确认为ＭＡＬＡＴｌ
ｗｅｒｅ
１ ０５ ｌ ｍｉＲＮＡ ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅｓ ｗｅｒｅ ｆｏｕｎｄ ａｃｃｏｒｄｉｎｇ
ｔｏ
ｍｉ—
ｆｉｌｔｅｒｅｄ ｏｕｔ ｂｙ ＣＬＩＰ—ｓｅｑ ｄａｔａ ｏｆ ＭＡＬＡＴｌ．５２８ ｇｅｎｅｓ ｔｈａｔ
ｗｅｒｅ
ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ．Ｔａｒｇｅｔ ｇｅｎｅｓ ｏｆ ｔｈｅ ４８ ｍｉＲＮＡｓ ｗｅｒｅ ｓｅｌｅｃｔｅｄ ｆｒｏｍ ｔｈｅ
ｃｈｉｅｖｅｄ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｍｉＲＴａｒＢａｓｅ ｄａｔａｂａｓｅ（５ ５９５ ｇｅｎｅｓ）．Ｇｅｎｅｓ ｐｏｓｉｔｉｖｅｌｙ ｃｏ—ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｗｉｔｈ ＭＡＬＡＴｌ ｗｅｒｅ ｄｏｗｎｌｏａｄｅｄ ｆｒｏｍ ＳｔａｒＢａｓｅ（５２８ ｇｅｎｅｓ）．Ｒｅｓｕｌｔｓ Ｒａｎｄａ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ａｎｄ ｔｈｅｎ ４８ ｍｉＲＮＡｓ ｐｏｓｉｔｉｖｅｌｙ ｃｏｒｒｅｌａｔｅｄ ｗｉｔｈ ＭＡＬＡＴｌ
（１ｎｃＲＮＡ）是目前肿瘤研究的热点ＨＪ，肺腺癌转移相关
转录本１（ＭＡＬＡＴｌ）是表达丰度较高的一个ｌｎｃＲＮＡ， 很多研究结果已证实ＭＡＬＡＴｌ可以促进肿瘤的增殖 和侵袭能力¨引。虽然对ＭＡＬＡＴｌ的分子机制已有相 关报道［＂Ｊ，但是对ＭＡＬＡＴＩ的ｃｅＲＮＡ机制的系统性 研究报道尚少。我们通过生物信息学方法构建
ｏｆ Ｃａｒｄｉｏｔｈｏｒａｃｉｃ Ｓｕｒｇｅｒｙ，Ａｆｆｉｌｉａｔｅｄ Ｈｏｓｐｉｔａｌ ｏｆ Ｘｕｚｈｏｕ ｎａ（Ｗａｎｇ ＧＸ）；Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｔｈｏｒａｃｉｃ ５Ｍ唧可，№咖ｎｇ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ａｆｆｉｌｉａｔｅｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｈｏｓｐｉｔａｌ， Ｊｉａｎｇｓｕ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａ２ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｊｉａｎｇｓｕ Ｐｒｏｖ— ｉｒｉｃｅ，Ｎａ耐ｎｇ ２１０００９，Ｃｈｉｎａ（Ｙｉｎ Ｒ，Ｏｉｕ ＭＴ，Ｘｕ Ｌ）
Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ ａｕｔｈｏｒ：Ｘｕ
２２１００４，醌ｉｎａ（Ｚｈａｎｇ ＨＴ）；Ｄｅ— Ｍｅｄｉｃａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｘｕｚｈｏｕ ２２１０００，ｍｉ—
Ｌｉｎ．Ｅｍａｉｌ：ｘｕｌｉ棚ｃｎ＠ｇｍａｉｌ．ｃｏｍ
Ｔｏ
ｃｏｎｓｔｒｕｃｔ ｔｏ
【Ａｂｓｔｒａｃｔ】
ｔａｓｉｓ
Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ
・１９２４・
主堡塞堕处型盘查！！！！生！旦箜！！鲞箜！塑垦！鱼』堡翌！！垡，垒！脞堕！！！！：ｙ！！：！！：盟！：！
・胸一心夕卜科・
长链非编码ＲＮＡ肺腺癌转移相关转录本１ 介导的内源竞争性ＲＮＡ网络研究
张海天王国祥尹荣 邱满堂许林
作者单位：２２１００４徐州Ｉ医科大学Ｉ临床医学系（张海天）；２２１０００徐州医科大学附属医
ｖ２．０
网站下载这些基因。ｍｉＲＴａｒＢａｓｅ是１个收录已经被证
实的ｍｉＲＮＡ靶基因数据库，下载ｍｉＲＴａｒＢａｓｅ数据库
中已验证的靶基因¨１】。
３．构建调控网络：构建调控网络使用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ软 件构建ＭＡＬＡＴｌ介导的ｃｅＲＮＡ调控网络。
结 果
本研究的分析流程见图１。首先使用ＭｉＲａｎｄａ算