微卫星序列分析GeneMapper 使用教程(中文版)
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ABI PRISM® GeneMapper™ Software Version 3.0微卫星分析使用教程（中文版）SSR条带读取设置向导© Copyright 2002, Applied Biosystems. All rights reserved.For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.Information in this document is subject to change without notice. Applied Biosystems assumes no responsibility for any errors thatmay appear in this document. This document is believed to be complete and accurate at the time of publication. In no event shallApplied Biosystems be liable for incidental, special, multiple, or consequential damages in connection with or arising from the useof this document.Notice to Purchaser: License DisclaimerPurchase of this software product alone does not imply any license under any process, instrument or other apparatus,system, composition, reagent or kit rights under patent claims owned or otherwise controlled by Applera Corporation,either expressly, or by estoppel.TRADEMARKS:ABI PRISM and its design, Applied Biosystems, GeneScan, Genotyper, SNaPshot, LIZ, and VIC are registered trademarks ofApplera Corporation or its subsidiaries in the U.S. and certain other countries.AB (Design), ABI, Applera, GeneMapper, NED, PET, ROX, and 6-FAM are trademarks of Applera Corporation or its subsidiariesin the U.S. and certain other countries.Macintosh is a registered trademark of Apple Computer, Inc.All other trademarks are the sole property of their respective owners.Part Number 4335525 Rev. B09/2002目录：第一章总论关于微卫星分析使用教程------------------------1-1数据提供---------------------------------------------1-2操作流程---------------------------------------------1-3第二章创建Custom Kits，Panels，and Markers 操作流程--------------------------------------------2-1创建Kits，Panels，and Markers----------------2-2第三章运用Panels，Bins进行数据分析操作流程--------------------------------------------3-1导入Panels------------------------------------------3-2导入和设定相关数据------------------------------3-3创建Bits---------------------------------------------3-4附录：Panel，Bin结构认识总论本章内容主要包括：关于微卫星分析使用教程-----------------------1-1数据提供--------------------------------------------1-2操作流程--------------------------------------------1-3关于微卫星分析使用教程概述：微卫星分析方法可以让您高效快速的运用ABIPRISM®GeneMapper™ Software Version 3.0.对微卫星进行分析目标：通过学习微卫星分析方法，您可以●建立GeneMapper 分析项目●导入样本文件进行数据分析●利用自动bin功能创建bin如何使用此教程：当您按照后面几个章节中的流程操作时，切记：●按照顺序进行每一步操作●不要导入其他无关样本和bins所有的操作过程都按照菜单操作方式编写，如：选择Tools > GeneMapper Manager当然您也可以点击工具菜单上的快捷按钮教程中的术语：教程中使用以下术语表格1-1 术语和定义表格1-1 术语和定义数据提供概述：GeneMapper Software Version 3.0包括以下数据Panel 信息：主要提供：●LMS-HD5 Version 2.5 and LMS-MD10 Version 2.5 kits●GeneScan™ Installation Standard DS-33 (6-FAM™, VIC®,NED™, and PET™ dyes)●GeneScan™ Installation Standard DS-30 (6-FAM™, HEX™,NED™, and ROX™ dyes)●This tutorial注意：更多信息请阅读您说使用的Kit所对应Panel信息，若要需要创建Custom Kit，请阅读第二章Bin 信息：Bin 信息对应GeneScan Installation Standard DS-33, 采用GeneScan™ 500LIZ_3730 标准，只用于Applied Biosystems3730/3730xl DNA Analyzer默认设置：提供下列默认设置表1-2 默认设置带型标准设置：为微卫星数据分析提供下列带型标准：●GeneScan™ 400HD size standard●GeneScan™ 500 size standard●GeneScan™ 500 (-250) size standard●GeneScan™ 500 (-250) LIZ® size standard●GeneScan™ 500 LIZ® size standard注意：可以设定用户带型标准，阅读ABI PRISM® GeneMapper™Genotyping Software User’s Manual (PN 4335526). 样本文件：本教程提供四种微卫星样本文件，它们均采用5个客户PETmarker ，利用LMSMD-10 panel 9在3100型仪器上产生操作流程：分析微卫星数据：以下表格为运用GeneMapper 软件分析微卫星数据的流程概述，请链接相关章节，阅读详细流程。
创建Custom Kits，Panels，and Markers2本章内容主要包括：操作流程--------------------------------------------2-1创建Kits，Panels，and Markers----------------2-2操作流程创建项目以下表格为当您建立一个Custom kits ， panels ，以及markers 后建立一个分析项目的流程概述创建Kits，Panels，and Markers概述：创建特定的Kits，Panels，and Markers需要：●创建微卫星kit●创建panel●创建markers注意：一个panel是一个marker集，其中的marker由Kit 提供者或者用户选择创建微卫星kit：操作流程创建panel操作流程创建markers 操作流程运用Panels，Bins进行数据分析3本章内容主要包括：操作流程--------------------------------------------3-1导入Panels------------------------------------------3-2导入和设定相关数据------------------------------3-3创建bin sets-----------------------------------------3-4操作流程创建项目以下表格为当您导入一个GeneMapper 软件自带的LMS kit panels 或特定的panels 后建立一个分析项目的流程概述导入panel导入panel导入LMS panels（软件自带的panels）或您需要的panel 操作流程：导入和调整相关数据概述：要求导入和调整相关数据:●转换文件格式（可选）●导入相关数据●对相关数据进行带型分析（结果可用于创建bins）转换文件格式：阅读ABI PRISM®GeneMapper™ Genotyping Software User’sManual (PN 4335526)导入相关数据：操作流程条带分析：操作流程创建bin sets概述：当您导入了panel相关数据后，就准备好了创立bin sets，需要：●创建一个bin set●运行autobinning创建bin sets：运行autobinning操作流程附录4本章内容主要包括：Panel结构认识------------------------------------4-1 Bin结构认识--------------------------------------4-2Panel结构认识Panel认识：以下例子简单介绍了GeneMapper software v3.0软件使用的Panel结构，它是由记事本或写字板形成的txt格式文件，一定的格式的MS Excel中的表格也可以保存为txt文件格式，供软件使用。
