当前高等教育的财政支出在公平与效率方面存在的问题
（1）高等教育财政拨款方式不合理
由于高等教育经费拨款机制缺乏效益观念，采用“综合定额加专项补助”的方式，在校学生数量是拨款的基本依据，生均成本并不是对教育成本的合理计算，而是往年的决算数加上物价，上涨因素的资金增幅。特别是专项资金的安排，具有一定的随意性。同时，其不合理还体现在对重点高校的拨款中。国家将大量的经费划拨给有限的几所重点大学，拉大了不同高校获得教育经费的差距。
（2）高校收费标准的非市场化
我国现行教育法和有关行政规章均未对学费标准作出明确规定，《高等教育法》虽然提出应按国家规定缴纳学费，但对学费的收取原则、程序、基本依据等重要问题却没有做出明确规定，这就导致了操作上的主观性和随意性。而且在收费政策上我国还存在着较大非市场因素影响，其表现有：一是本专科学费由政府统一定价，成本与收费价值背离；二是研究生教育与本专科生教育实行双轨制，既不符合教育公平的原则，也不符合成本回收原则。
（3）高等教育资源分布不均
城市与农村，东部、中部与西部及沿海与内地之间存在的高等教育资源分布不均现象，不仅影响高等教育事业的长期均衡发展，而且也使“教育机会公平”难以实现。主要表现在：东部和中部经济较发达地区，政府对高校投入较多，高校数量多、规模大、办学质量相对较高，经过多年调整，高等教育结构趋于合理；西部地区政府投入较少，高
校数量少、规模小、效益低，高校人才流失严重
（4）高校经费使用效益低
政府对高等教育投入本来就不足，因此理应将有限的经费用在刀刃上，以提高教育资源配置效率。高校教职工包括教学人员行政人员和工勤人员。20世纪90年代以来，我国高校中行政人员和工人员占教职工比重没有明显下降，特别是行政人占教职工数还有所上升，在一定程度上说明了高资源的利用效率并没有明显提高。不仅如此, 高的维持性经费也高于发展性经费，表现在教育经支出中人员经费支出所占比例过高，而用于教学器、教学设施和教学活动的公用经费较为短缺。四优化高等教育的财政支出结构以实现公平与效率的对策选择
高等教育的公平与效率是既相互对立、又相互依存的有机统一。一方面，公平可能会因分配没有差别而使各高校缺乏办学积极性；讲效率则以贡献决定分配，这必然使高校经费差距扩大，教育资源分布不均。另一方面，公平与效率又相伴而生、相互依存，在效率提高的同时，公平也可能改进。在教育资源非常紧张的情况下，我们仍需坚持“效率优先，兼顾公平”的原则，追求效率优先的公平，着重考虑效率的公平。政府的任务就是在公平与效率之间，寻求它的平衡点。针对以上的问题，国家可以采取以下政策，使财政支出向最优的目标靠近，而不是在公平与效率之间顾此失彼甚至两盘皆输。
（1）制定和完善高等教育财政法规，加强对教育腐败的督查和惩处。现行教育财政法规政策不配套，对一些重大问题没有做出明确规定。首先应完善我国教育财政法规，使高等教育经费的筹集、负担、分配
和使用都有法可依，有法必依。规定教育经费在预算支出中的比例，教育经费在地区和学校之间分配等重大事项决策权应在同级人大领导下的拨款委员会，改变现行财政与教育部门权力过大、财政资金分配不透明的现状。对高校学费的制定程序要进行规范，各校应对教育成本进行核算，由有关部门进行审核，经过价格听证会听证，再由高校向社会公布实施。此外，还要建立内外监督的机制，坚决铲除教育腐败，坚决杜绝教育领域里的畸形经济行为，维护教育公平。
（2）改革高等教育经费的财政拨款方式和地方教育的筹资机制和支出体制。目前我国高校经费拨款实行“综合定额加专项补助”的分配方式，难以发挥政府通过财政拨款调节教育供求关系的能力。在当前高等教育财政管理体制深化改革的新形势下，我国的高等教育财政拨款模式必须依据公开、公平和效率的原则进行改革。尤其要加强绩效评价，增强拨款的科学性和透明度，使有限的资源发挥出更好的效益。另一方面，要加大教育投入，鼓励多渠道融资，建立保障教育投入政策，扩大教育公平的经济基础。在地方的教育投入上，首先政府应该采取施来监督地方政府的教育支出，以防止地方政府激励不足而造成的教育支出不足；其次要制定扶持贫困地区发展教育事业的计划，建立贫困地区教育发展基金，缩小地区间教育发展的差距。要彻底改革中国农村按人头进行教育经费分摊的体制，对一些特别贫困的地区，采取中央政府补贴的形式保证教育经费充足。
（3）积极建设规范的教育预算管理制度。教育预算的主要功能是保证财政性教育经费供给和资金的使用效率。在这一制度中，应明确教
育经费收入的渠道和支出的范围；规定教育预算在各院校之间的分配原则及人员经费和公用经费的分配比例；明确教育预算的执行和审计细节，如资金支付时限、手段和方法等。从高校人员结构上看，行政人员和教学人员比例失调，有必要调整人员配置和结构，提高教育经费使用效率。
（4）改革高校管理制度，加强教育合作与优质教育资源共享的制度建设。首先要改变因部门、行业的分割而造成的教育资源浪费，由教育部门统筹规划，按社会需求合理配置教育资源。随着我国高等教育大众化进程的不断加速，能否有机会接受高等教育的问题可望得到逐步解决，高等教育公平的主要阵地就会从校外转为校内。在校内，改变各自为政、互相封闭的局面，变分散为集中、变部门所有为学校所有。在高校之间，应该走多种形式联合办学之路，发挥各自的资源优势，扬长避短，实现资源共享，发掘资源的最大潜力，追求办学的规模效益。同时，高校的资源管理要体现统一规划、各部门分级负责的原则，对资源利用率实行相应的评估考核。