PDB数据库中查找蛋白质结构数据
一、引言
本文档提供了使用PDB数据库查找蛋白质结构数据的详细步骤
和注意事项。
二、检索蛋白质结构数据的基本步骤
⒈打开PDB数据库网站（）。
⒉在主页上的搜索框中输入蛋白质的名称或相关关键词。
⒊“搜索”按钮进行查询。
三、搜索结果页面解读
⒈结果列表：显示与搜索关键词相关的蛋白质结构数据的列表。
⒉结果过滤器：可根据不同的标准对结果进行筛选，如生物大
分子类型、解析度等。
四、查看蛋白质结构信息
⒈在结果列表中选择感兴趣的蛋白质结构数据。
⒉以查看蛋白质结构的详细信息，如分子组成、结构分辨率等。
五、蛋白质结构数据
⒈在蛋白质结构详细信息页面中，“”按钮。
⒉选择所需的文件格式（如PDB格式）进行。
六、其他功能介绍
⒈Blast：通过比较已知蛋白质结构与数据库中其他蛋白质的相似性，进行序列比对和功能注释。
⒉Ligand Explorer：通过查找与蛋白质结合的小分子配体，探索蛋白质与配体的相互作用。
七、注意事项
⒈结构解析度：选择高分辨率的蛋白质结构数据，以获得更准确的信息。
⒉数据可信度：注意查看数据的实验验证水平，选择经过充分验证的数据。
⒊数据使用限制：了解任何与的蛋白质数据相关的使用限制或协议。
八、附件
本文档未包含附件，请参阅相关涉及的文档和网站。
九、法律名词及注释
⒈PDB数据库：蛋白质数据银行（Protein Data Bank），存储全球蛋白质结构数据的公共数据库。
蛋白质结构、分类和相互作用数据库 蛋白质一级结构是氨基酸的排列顺序,二级结构主要是由氢键维持的alpha螺旋和beta片,三级结构是完全折叠好的蛋白质的空间结构,四级结构是多个蛋白质亚基组成蛋白质复合体的结构。在最细的层次,由X射线衍射和核磁共振(NMR)等实验方法确定的蛋白质中原子的三维坐标,构成PDB[R-519]这样的蛋白质结构数据库的主要内容.二级结构和三级结构之间的模体(motif)、结构域(domain)和“折叠”或“折叠单元”(fold),对于蛋白质结构的分类和预测有重要作用。 R-519 PDB,蛋白质结构数据库(Protein Data Bank)。1971年建立于美国布鲁克海文国家实验室[R-171],当时只有7个结构。它搜集由X射线衍射和核磁共振实验测定的生物大分子三维结构数据。从1998年10月1日起PDB的管理交给RCSB[R 520]。2002年8月13日PDB库中有18 464个条目。2001年每月新增约275个结构。关于PDB库的较近介绍见: J.Westbrook et al., Nucl.Acids Res.30(2002)245-248. 网址: http:/https://www.doczj.com/doc/cc19080550.html,/(自动转如下网址:) https://www.doczj.com/doc/cc19080550.html,/pdb/ 在世界许多地方设有PDB镜像点。 R-520 RCSB,结构生物信息学合作研究组织(Research Collaboration for Structural Bioinformatics),现在是PDB[R-519]数据库的管理者。网址: https://www.doczj.com/doc/cc19080550.html,/ R-521 MSD,大分子结构数据库(Macromolecular Structure Database),乃是交由RCSB 管理后的PDB库的正式名称,不过PDB仍然是当前通用的名字。请看PDB[R-519]。R-522 PDBNEW,下一版PDB库正式发布前收到的全新或更新条目。网址: https://www.doczj.com/doc/cc19080550.html,/ R-523 PDBFinder,在PDB[R-519]、DSSP[R-546]、HSSPIR-547]基础上建立的二级库,它包含PDB序列、作者、R因子、分辨率、二级结构等。这些信息不易从PDB 中直接读取。请参看: R.W.W.Hooft,C.Sander,M.Scharf,G.Vriend,CABIOS 12(1996)525-529. 网址: http://www.sander.embl-heidelberg.de/pdbfinder/(自动转到下面的当前网址；) http://www.cmbi.kun.nl/gv/pdbfinder R-524 PDB ataGlance清单。PDB[R-519]数据库中的每个条目由4位数字和字母编号,无法简单地从编号看出是什么样的蛋白质。NIH的分子模拟网页上名为“PDB at a Glance”的这个超文本清单,帮助用户按蛋白质的功能分类迅速查找其PDB编号。网址: http://cmm,https://www.doczj.com/doc/cc19080550.html,/modeling/pdb_at_a_glance.html R-525 PDBselect数据库。PDB库中有大量同源蛋白的数据。研究工作中往往需要从中挑选出每个同源家族的代表,形成不含高度同源蛋白的结构数据子集合。PDBselect库就是这样一个子集合。其最初描述见: U.Hobohm,C.Sander,Protein Science 3(1994)522. 网址: http://swift.embl-heidelberg.de/pdbsel/ ftp://ftp.embl-heidelberg.de(/pub/databases/protein_extras/pdb~elect)
PDB数据库蛋白结合位点 简介 蛋白结合位点是指蛋白质与其他分子相互作用的区域，它在生物学中起着重要的作用。了解蛋白结合位点的信息可以帮助我们理解蛋白质的功能和相互作用网络，从而有助于药物设计、蛋白工程等领域的研究。 PDB（Protein Data Bank）数据库是一个收集并存储蛋白质结构信息的国际性数据库。它包含了大量蛋白质的三维结构数据，其中包括蛋白质的结合位点信息。通过访问PDB数据库，我们可以获取并分析蛋白结合位点的相关信息。 本文将介绍PDB数据库蛋白结合位点的相关内容，包括PDB数据库的概述、蛋白结合位点的定义和分类、蛋白结合位点的分析方法等。 PDB数据库概述 PDB数据库是一个由多个国际组织共同维护的数据库，旨在存储和发布蛋白质、核 酸和其他生物大分子的结构信息。该数据库提供了蛋白质结构的三维坐标数据、结合位点的信息以及相关的文献引用等内容。 PDB数据库中的每个结构都有一个唯一的标识符，称为PDB ID。该ID由四个字母 组成，代表了蛋白质结构的来源和类型。通过PDB ID，我们可以在数据库中检索 和查找特定的蛋白质结构。 蛋白结合位点的定义和分类 蛋白结合位点是指蛋白质与其他分子相互作用的区域。蛋白结合位点通常由一系列的氨基酸残基组成，这些残基能够与其他分子发生相互作用。 根据蛋白结合位点的性质和功能，可以将其分为以下几类： 1.基质结合位点：用于结合小分子基质，如药物、阳离子等。这些位点通常位 于蛋白质的凹陷区域，通过非共价键或离子键与基质相互作用。 2.蛋白结合位点：用于结合其他蛋白质。这些位点通常位于蛋白质的表面区域， 通过非共价键形成蛋白质间的相互作用。 3.DNA/RNA结合位点：用于结合DNA或RNA分子。这些位点通常位于蛋白质的 凹陷区域，通过氢键、离子键或范德华力与核酸相互作用。 4.金属结合位点：用于结合金属离子。这些位点通常由蛋白质中的残基提供配 位位点，通过配位键与金属离子相互作用。
pdb蛋白质结构 PDB蛋白质结构：解析生命密码的关键 引言： 蛋白质是生命体中的重要组成部分，它们在细胞中扮演着各种重要的功能角色。了解蛋白质的结构对于揭示其功能和相互作用机制至关重要。PDB（Protein Data Bank）是一个全球性的蛋白质结构数据库，它收集并存储了大量蛋白质的结晶和核磁共振数据。本文将以PDB蛋白质结构为主题，介绍PDB数据库的重要性以及蛋白质结构在生命科学中的应用。 一、PDB数据库的重要性 PDB数据库是目前最大的蛋白质结构数据库，它收集了全球范围内的蛋白质结晶和核磁共振数据。这些数据以PDB文件的形式存储，包含了蛋白质的原子坐标以及结构信息。通过PDB数据库，科学家可以获取到大量的蛋白质结构数据，为他们研究蛋白质的结构与功能关系提供了重要的资源。此外，研究者还可以通过PDB数据库进行蛋白质结构的比对和分析，探索蛋白质的进化关系和结构保守性。 二、蛋白质结构的解析方法 1. X射线晶体学：这是目前最常用的蛋白质结构解析方法。科学家将蛋白质进行结晶，并通过X射线衍射得到衍射图像。通过解析衍射图像，可以确定蛋白质的原子坐标和结构信息。
2. 核磁共振：核磁共振技术可以通过测量蛋白质中原子核的信号来获取蛋白质的结构信息。这种方法适用于无法结晶的蛋白质或大分子复合物的结构解析。 3. 电子显微镜：电子显微镜可以通过观察蛋白质的电子密度图像来获取其结构信息。这种方法适用于大分子复合物或无法通过其他方法解析的蛋白质。 三、蛋白质结构在生命科学中的应用 1. 药物设计：了解蛋白质的结构可以帮助科学家设计和优化药物分子，以更好地与靶蛋白相互作用。通过结合蛋白质结构和计算模拟技术，药物研发可以更加高效和精确。 2. 生物催化：许多生物催化反应依赖于特定的蛋白质结构。通过研究蛋白质的结构和催化机制，科学家可以设计出更高效的酶催化反应体系，从而在工业生产中发挥重要作用。 3. 分子诊断：蛋白质结构的变化与一些疾病的发生和发展密切相关。通过研究疾病相关蛋白质的结构变化，科学家可以开发出更精确的分子诊断方法，为疾病的早期检测和治疗提供依据。 4. 生命起源与进化：通过对不同生物种类的蛋白质结构进行比对和分析，科学家可以研究生命起源和进化的过程。蛋白质结构的保守性和变异性揭示了生物进化的发展规律和机制。
PDB数据库中查找蛋白质结构数据 正文： 1.简介 1.1 PDB数据库简介 1.2 目的和用途 2.访问PDB数据库 2.1 网页界面 2.2 编程接口 3.数据搜索与筛选 3.1 关键字搜索 3.2 高级搜索 3.3 过滤和排序 4.数据浏览与可视化 4.1 蛋白质结构展示 4.2 结构对比和比对 4.3 可视化工具介绍 5.数据与导出 5.1 单个结构 5.2 批量数据 5.3 数据格式转换 6.数据分析与挖掘 6.1 结构功能预测 6.2 蛋白质家族分析
6.3 结构互作网络构建 7.注释与文献引用 7.1 结构注释 7.2 文献数据库 8.数据质量与验证 8.1 数据质量评估 8.2 结构验证工具 9.数据更新与版本控制 9.1 数据库更新频率 9.2 PDB版本控制 10.数据共享与知识产权 10.1 数据共享原则 10.2 PDB数据使用条款 法律名词及注释： ●PDB（Protein Data Bank）：蛋白质数据银行，是全球共享蛋白质结构信息的数据库，由多个国家和组织合作维护。 ●数据共享：指将数据向公众或特定用户共享，使其可以自由获取和使用的行为。 ●知识产权：指人类创造的知识和智力成果的产权，包括专利权、著作权、商标权等。 ●数据使用条款：规定了使用PDB数据库数据的条件和限制，包括使用目的、共享要求等。 法律名词及注释： ●PDB（Protein Data Bank）：蛋白质数据银行，是全球共享蛋白质结构信息的数据库，由多个国家和组织合作维护。 ●数据共享：指将数据向公众或特定用户共享，使其可以自由获取和使用的行为。
●知识产权：指人类创造的知识和智力成果的产权，包括专利权、著作权、商标权等。 ●数据使用条款：规定了使用PDB数据库数据的条件和限制，包括使用目的、共享要求等。
pdb数据库使用方法 PDB数据库（Protein Data Bank）是一个著名的生物科学数据库，收录了各种生物大分子三维结构的信息。本文将介绍PDB数 据库的使用方法，帮助读者更好地利用这个有用的资源。 一、了解PDB数据库及其结构 PDB数据库是由许多研究机构、大学和政府机构建立和维护的，收录了全球范围内各种生物大分子的三维结构数据，如蛋白质、 核酸和复合物等。PDB数据库中每一项数据都对应一个唯一的 PDB ID号码，并且提供了该生物大分子的结构信息、序列信息、 实验条件及解析方法等详细的数据。为方便使用，PDB数据库的 数据以PDB格式存储。 二、使用PDB数据库的搜索功能 PDB数据库提供了一系列搜索选项，让用户按需查询数据。用 户可以按照PDB ID、蛋白质名字、结晶学条件等多种方式进行搜索。在PDB数据库的主页页面，用户可以看到搜索选项，点击“Search”按钮即可进入搜索页面进一步操作。 三、使用PDB格式数据文件 PDB格式数据文件是PDB数据库中唯一的数据类型，存储了 生物大分子的结构信息、序列信息等所有数据。这些数据可以通
过下载PDB文件的方式进行获取。用户可以在PDB数据库中找到对应的数据，进入数据详情页面后，点击“Download Files”按钮即 可下载PDB格式的文件。 四、使用PDB格式数据文件的软件 PDB格式的数据文件可以在很多软件上进行解析和编辑，包括 众所周知的PyMol、Chimera等生物大分子分析软件，也有很多其 他免费的软件可以用来查看或编辑PDB文件，如UCSF ChimeraX、MSM格式转换器等。用户可以根据自己的需要选择合适的软件进 行使用。 五、常用生物大分子分析软件介绍 1. PyMol PyMol是一款非常流行的分子可视化软件，用于可视化、分析 和编辑生物大分子的三维结构。该软件具有强大的分子动画和交 互式残基操作功能，可以进行序列对齐、氨基酸置换等功能，适 合于研究生物分子结构和功能。 2. Chimera Chimera是另一款功能强大的生物大分子可视化软件，支持多 种文件格式的导入和导出，可以进行分子可视化、序列对齐、分 子表面计算等工作，涵盖了很多的精通的分子分析算法。该软件 适合于研究生物大分子的三维结构和功能。
pdb蛋白质结构 PDB蛋白质结构是指通过核磁共振（NMR）或X射线晶体学等技术测定并记录在蛋白质数据库（Protein Data Bank，PDB）中的蛋白质结构。PDB蛋白质结构的研究对于理解蛋白质的功能和生物学过程具有重要意义。本文将介绍PDB蛋白质结构的重要性、研究方法和应用前景。 一、PDB蛋白质结构的重要性 蛋白质是生物体内最基本的功能分子，具有极为复杂的空间结构。蛋白质的结构决定了其功能和相互作用方式。通过研究PDB蛋白质结构，可以揭示蛋白质的三维构象、动态变化以及与其他分子的相互作用，从而深入理解蛋白质的功能机制和生物学过程。 二、PDB蛋白质结构的研究方法 1. X射线晶体学：通过蛋白质晶体的X射线衍射图案，确定蛋白质的原子坐标和结构。 2. 核磁共振（NMR）：利用蛋白质溶液中的核磁共振信号，确定蛋白质的原子坐标和结构。 3. 电子显微镜：通过电子束对蛋白质样品进行成像和分析，得到蛋白质的三维结构信息。 4. 模拟计算：利用计算机模拟方法，预测蛋白质的结构和动态变化。 三、PDB蛋白质结构的应用前景 1. 药物研发：通过研究蛋白质的结构，可以设计和发现具有特定作
用靶点的药物，提高药物的疗效和选择性。 2. 生物工程：利用蛋白质的结构信息，设计和改造具有新功能的蛋白质，用于生物工程和生物制造。 3. 分子诊断：通过研究蛋白质的结构，可以开发出基于蛋白质的诊断方法，用于疾病的早期诊断和治疗监测。 4. 生物能源：研究蛋白质结构有助于理解生物体内的能量转化机制，为开发新型的生物能源技术提供理论基础。 PDB蛋白质结构研究是现代生命科学和药物研发领域的重要支撑。通过研究PDB蛋白质结构，可以深入了解蛋白质的功能和相互作用方式，为药物研发、生物工程和生物能源等领域的应用提供理论基础和技术支持。随着科技的不断进步，研究PDB蛋白质结构的方法和应用前景将会更加广泛和深远。
pdb数据库使用指南 Protein Data Bank（PDB）是一个生物化学数据库，它收集了全球范围内研究者发布的由蛋白质、核酸和糖结构组成的生物大分子的三维结构信息。本文旨在介绍PDB 数据库的使用指南，以帮助研究者更好地使用PDB数据库。 首先，要了解PDB数据库的功能。PDB数据库是一个全球性资源，它提供了来自各种生物体的蛋白质、核酸和糖结构的三维结构信息。它还提供了一些其他类型的结构信息，如分子结构图、衍生结构、结合位点等。此外，它还提供了一些额外的信息，如结构分析、结构准确性评估、蛋白质表征等。 其次，要学习PDB数据库的使用方法。PDB数据库的使用方法相对简单，主要有以下几种： 1. 通过网页浏览器搜索PDB数据库：可以通过网页浏览器访问PDB数据库，然后输入所需的结构信息进行搜索，可以快速找到想要的数据。 2. 通过FTP服务器访问PDB数据库：可以通过FTP服务器连接PDB数据库，然后通过命令行输入所需的结构信息进行搜索，可以快速找到想要的数据。
3. 通过程序访问PDB数据库：可以使用Python或Perl等脚本语言来编写程序，并通过API接口访问PDB数据库，可以快速获取想要的结构信息。 最后，要了解PDB数据库的数据格式。PDB数据库存储的结构信息是以PDB格式存储的，它是一种文本文件格式，由若干行组成，每行以空格分隔，每行前6个字段是必须填写的，其中前4个字段是表明原子类型的，最后2个字段是原子的坐标。此外，还可以使用PDB Viewer来查看PDB文件的内容。 总之，PDB数据库是一个重要的生物化学数据库，它提供了蛋白质、核酸和糖结构的三维结构信息，可以帮助研究者更好地理解生物大分子的结构和功能。本文介绍了PDB数据库的使用指南，希望能帮助研究者更好地使用PDB 数据库。
蛋白三级结构pdb文件 简介 蛋白是生物体内的重要组成部分，它们扮演着许多关键生物功能的角色，比如催化化学反应、传递信号和维持细胞结构等。了解蛋白的结构对于理解其功能以及设计新药物等具有重要意义。在蛋白领域，pdb文件被广泛用于表示蛋白的结构信息。 本文将深入探讨蛋白三级结构pdb文件的相关知识。 三级结构和pdb文件的定义 三级结构 蛋白的三级结构是指蛋白质链上不同部分的折叠方式和排列顺序。它由多个二级结构（α-螺旋，β-折叠等）组成，同时还包括各个二级结构之间的连接和排列方式。三级结构对于蛋白的功能和稳定性至关重要。 pdb文件 pdb文件是蛋白三级结构的标准文件格式，它以文本形式存储蛋白的结构信息。每 个pdb文件对应一个蛋白质，其中包含了描述其结构的坐标和拓扑信息。pdb文件 的内容包括蛋白的原子坐标、残基标识、结构域等信息。 pdb文件的组成 HEADER HEADER记录包含了pdb文件的描述信息，比如标题、蛋白质名称等。 ATOM ATOM记录包含了蛋白质中原子的坐标信息。每一行都代表了一个原子的位置，包 括其X、Y、Z坐标以及元素类型等。
HETATM HETATM记录包含pdb文件中非蛋白原子的信息，比如水分子、小分子配体等。 SEQRES SEQRES记录包含了蛋白质的氨基酸序列信息。它标识出了每个结构域中的残基编号和对应的氨基酸类型。 CONNECT CONNECT记录包含了蛋白质原子之间的连接信息。它描述了非共价键的连接关系，比如氢键、离子键等。 MASTER MASTER记录包含了pdb文件的整体信息，比如原子总数、链的数量等。 END END标志着pdb文件的结束。 pdb文件的解析和应用 解析pdb文件的工具 解析pdb文件需要使用特定的工具和库，比如Bio.PDB库。该库提供了用于解析pdb文件的各种函数和方法，可以轻松地读取pdb文件并提取相关的结构信息。 pdb文件的应用 pdb文件在蛋白领域有广泛的应用。它们可以用于蛋白结构预测、药物设计和生物大数据分析等方面。通过分析pdb文件，科学家们可以更好地理解蛋白的结构和功能，为研究各种生物过程提供重要线索。
蛋白质结构 pdb 蛋白质结构PDB：探究生命的奥秘 蛋白质是构成生命体的重要组成部分之一，具有多种生物功能。了解蛋白质的三维结构对于理解其生物学功能和药物设计等方面具有重要意义。而蛋白质数据库(PDB)则是全球范围内最重要的蛋白质结构数据库，为研究者提供了海量的蛋白质结构数据资源。 一、蛋白质结构的重要性 蛋白质是生命体的重要组成部分之一，不仅仅是构成细胞和组织的基础，还具有多种生物学功能，如酶催化、信号传导、运输等。蛋白质的生物功能与其结构密切相关，而蛋白质结构的研究也是生命科学的重要研究方向之一。了解蛋白质的三维结构不仅有助于我们理解其生物学功能，而且还可以为药物设计提供参考。 二、蛋白质结构研究的方法 主要的蛋白质结构研究方法包括：X射线晶体学、核磁共振、电子显微镜等。其中，X射线晶体学是目前最常用的蛋白质结构研究方法，可以得到高分辨率的蛋白质结构信息。 三、蛋白质数据库PDB 蛋白质数据库(PDB)是全球范围内最重要的蛋白质结构数据库。该
数据库由全球多个国家和地区的研究机构共同维护，包含了大量的蛋白质结构数据。在PDB中，每个蛋白质结构都有一个唯一的标识符，称为PDB ID。以PDB ID为索引，可以在PDB数据库中找到对应的蛋白质结构数据。 四、PDB的应用 PDB数据库提供了海量的蛋白质结构数据资源，为研究者开展蛋白质结构研究和药物设计提供了重要的支持。利用PDB数据库，研究者可以进行蛋白质结构分析、构建蛋白质结构模型、设计药物分子等。此外，PDB数据库还提供了一些常用的工具和软件，如Pymol、Chimera等，方便研究者进行蛋白质结构分析和可视化。 五、结语 蛋白质结构是生命体的重要组成部分之一，了解其结构对于理解其生物学功能和药物设计等方面具有重要意义。蛋白质数据库PDB则是全球范围内最重要的蛋白质结构数据库，为研究者提供了海量的蛋白质结构数据资源。通过利用PDB数据库，研究者可以深入探究生命的奥秘，为人类的健康和生命科学的进步做出贡献。
蛋白质pdb 蛋白质结构数据库(ProteinDataBank,简称PDB)是美国纽约Brookhaven国家实验室于1971年创建的。为适应结构基因组和生物信息学研究的需要，1998年10月由美国国家科学基金委员会、能源部和卫生研究院资助，成立了结构生物学合作研究协会(ResearchCollaboratoryforStructuralBioinformat，ics,简称RCSB)。 PDB数据库改由RCSB管理，目前主要成员为拉特格斯大学(RutgersUniversity)、圣地亚哥超级计算中心(SanDiegoSupercomputerCen，ter,简称SDSC)和国家标准化研究所(NationalInsti，tutesofStandardsandTechnology,简称NIST)。和核酸序列数据库一样，可以通过网络直接向PDB数据库提交数据。 PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库，是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。随着晶体衍射技术的不断改进，结构测定的速度和精度也逐步提高。90年代以来，随着多维核磁共振溶液构象测定方法的成熟，使那些难以结晶的蛋白质分子的结构测定成为可能。蛋白质分子结构数据库的数据量迅速上升。据2000年5月统计，PDB数据库中已经存放了1万2千多套原子坐标，其中大部分为蛋白质，包括多肽和病毒。此外，还有核
酸、蛋白和核酸复合物以及少量多糖分子。核酸三维结构测定进展迅速。PDB数据库中已经收集了800多套核酸结构数据。
蛋白质序列分析 蛋白质序列的基本性质分析是蛋白质序列分析的基本方面,一般包括蛋白质的氨基酸组成,分子质量,等电点,亲水性,和疏水性、信号肽,跨膜区及结构功能域的分析等到;蛋白质的很多功能特征可直接由分析其序列而获得;例如,疏水性图谱可通知来预测跨膜螺旋;同时,也有很多短片段被细胞用来将目的蛋白质向特定细胞器进行转移的靶标其中最典型的例子是在羧基端含有KDEL序列特征的蛋白质将被引向内质网;WEB中有很多此类资源用于帮助预测蛋白质的功能; 基本理化性质分析： 信号肽预测： 在生物内,蛋白质的合成场所与功能场所常被一层或多层细胞膜所隔开,这样就涉及到蛋白质的转运;合成的蛋白质只有准确地定向运行才能保证生命活动的正常进行;一般来说,蛋白质的定位的信息存在于该蛋白质自身结构中,并通过与膜上特殊的受体相互作用而得以表达;在起始密码子之后,有一段编码疏水性氨基酸序列的RNA片段,这个氨基酸序列就这个氨基酸序列就是信号肽序列;含有信号肽的蛋白质一般都是分泌到细胞外,可能作为重要的细胞因子起作用,从而具有潜在的应用价值; 糖基化位点预测： 跨膜区分析：TMORED 蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用,也可能是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等,从而,含有跨膜区的蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关; 蛋白酶的结构功能进行预测和分析： 同源建模分析： 二级结构及折叠类预测：Predictprotein 特殊结构或结构预测：COILS MacStripe 疏水性分析：ExPASy的ProtScale 基于序列同源性分析的蛋白质功能预测： 至少有80个氨基酸长度范围内具有25%以上序列一致性才提示可能的显着性意义;类似于核酸序列同源性分析,用户直接将待分析的蛋白质序列输入NCBI/BLAST,选择程序BLASTP就可网上分析; 基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测 蛋白质的磷酸化与糖基化对蛋白质的功能影响很大,所以对其的分析也是生物信息学的一个部分;同时,分子进化方面的研究表明,蛋白质的不同区域具有不同的进化速率,一些氨基酸必须在进化过程中足够保守以实现蛋白质的功能;在序列模式的鉴定方面有两类技术,第一类是依赖于和一致性序列consensus sequence或基序各残基的匹配模式,该技术可用于十分容易并快速搜索motif数据库;
随着核酸数据库不断发展以及数据库的建立，蛋白质序列、结构、功能不断引起人们的重视，生命科学的研究中蛋白质的研究显得尤为重要，一系列的蛋白质序列数据随之产生，数据库也在研究蛋白质的过程中有着不可或缺的地位。本文主要通过实验说明蛋白质序列数据库PIR及蛋白质结构数据库PDB的使用方法，返回结果的含义，以及如何下载数据和批量下载数据。
由于蛋白质序列测定技术先于DNA序列测定技术问世，蛋白质序列的搜集也早于DNA序列。蛋白质序列数据库的雏形可以追溯到60年代。60年代中期到80年代初，美国国家生物医学研究基金会(National Biomedical Research Foundation，简称NBRF)Dayhoff领导的研究组将搜集到的蛋白质序列和结构信息以“蛋白质序列和结构地图集”(Atlas of Protein Sequence and Structure)的形式发表，主要用来研究蛋白质的进化关系。 时至今日，国际上已建立了许多关于生物分子的数据库，主要包括基因组图谱数据库、核酸序列数据库、蛋白质序列数据库、蛋白质结构数据库、生物大分子结构数据库等。这些数据库均为公共数据库，由特定的组织维护、以及发布相关序列信息，供生物研究学者使用，称为生物研究中的必要工具之一，随着科学技术的发展，这些数据库不断壮大，也为研究人员提供了大量有用的数据。 本文主要通过课程实验，展示蛋白质序列数据库PIR及蛋白质结构数据库PDB的相关使用方法。
本论 蛋白质序列数据库PIR介绍 1984年，“蛋白质信息资源”(Protein Information Resource，简称PIR)计划正式启动，蛋白质序列数据库PIR也因此而诞生。与核酸序列数据库的国际合作相呼应，1988年，美国的NBRF、日本的国际蛋白质信息数据库(Japanese International Protein Information Database，简称JIPID)和德国的慕尼黑蛋白质序列信息中心(Munich Information Center for Protein Sequences，简称MIPS)合作成立了国际蛋白质信息中心(PIR-International)，共同收集和维护蛋白质序列数据库PIR。 PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)三维结构的数据库,是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。随着晶体衍射技术的不断改进,结构测定的速度和精度也逐步提高。90年代以来,随着多维核磁共振溶液构象测定方法的成熟,使那些难以结晶的蛋白质分子的结构测定成为可能。蛋白质分子结构数据库的数据量迅速上升。据2000年5月统计，PDB数据库中已经存放了1万2千多套原子坐标,其中大部分为蛋白质，包括多肽和病毒。此外,还有核酸、蛋白和核酸复合物以及少量多糖分子。近年来,核酸三维结构测定进展迅速。PDB数据库中已经收集了800多套核酸结构数据。 PDB数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合(AND、OR和NOT)进行检索，可检索的字段包括功能类别、PDB代码、名称、作者、空间群、分辨率、来源、入库时间、分子式、参考文献、生物来源等项。用户不仅可以得到生物大分子的各种注释、坐标、三维图形、VAML等,并能从一系列指针连接到与PDB有关的数据库，包括SCOP、CATH、Medline、ENZYME、SWISS-3DIMAGE等。可通过FTP下载PDB数据。所有的PDB文件均有压缩和非压缩版以适应用户传输需要。PDB的电子公告版BBS和电子邮件兴趣小组(Mailing List)为用户提供了交流经验和发布新闻的空间。在PDB的服务器上还提供与结构生物学相关的多种免费软件如Rasmol、Mage、PDBBrowser、3DB Brower等。 PIR应用 首页介绍：主要包含以下几项： 1、About PIR：对网站历史、发展、及各类刊物的介绍； 2、Database：包括PIR-PSD、PIR-NREF、Uniprot等数据库； 3、Search/Analysis：对蛋白质序列分析的多种途径； 4、Download：网站提供的蛋白质下载； 5、Surpport：一些其他链接，包括支持等； 6、其他一些与PIR相关的介绍链接；