GC-MS数据处理系统 一、GC-MS数据的处理 GC-MS以其优异的分离定性特点，被广泛地应用于分析复杂混合物中的挥发性组分。然而，其质谱图会包含一些来自于离子源污染物、柱流失物、基质干扰物所产生的离子，导致定性准确性降低。在分析复杂基质中的痕量物质时，这一现象尤为突出。例如，在食品中农药多残留的分析中，为了确保各种极性的农药都有很好的回收，样本中的基质都会不可避免地被引入检测过程中，对目标化合物的质谱图产生严重的干扰。同时某些保留时间相近的化合物的质谱图也会叠加在一起，相互干扰。这些问题的存在使农药确认变得更为困难。因此，通过对质谱数据的后处理，将目标化合物的质谱图从原始谱图中提取出来，根据新建的“纯净”的质谱图对目标化合物进行确证将更有实际应用的价值。 通常提取“纯净”的质谱图的方法是扣除“本底”的方法，主要过程为从目标化合物的质谱图中减去其周围本底的质谱图。然而其效果只能去除那些相对丰度较低的本底干扰离子（例如柱流失物所产生的碎片离子）。对于丰度较高的共流出物及复杂基质干扰物的离子，扣“本底”的方法无能为力。为了能够达到更好的“净化”效果，化学计量学的方法被应用于质谱数据后处理中，通过数学计算对质谱数据进行退卷积处理，以提取“纯净”的质谱图。 这里，基于美国国家标准技术研究院(NIST)开发的一套软件AMDIS(Automated Mass Spectral Deconvolution & Identification System)，对质谱数据的处理分为三个部分： 1、噪声分析（Noise Analysis）：对数据文件的噪声进行分析，从中提取意 义的特征离子，从而排除噪音对后续工作的干扰。即从数据文件中提取 信号特征，供随后的噪声处理及阈值设定之用。 2、化学成分扫描（Component Perception）：对整个数据文件进行分析，扫 描每个化合物色谱峰以检测其模型离子（Model Peak）及其峰形。 3、谱图退卷积（Spectrum Deconvolution）：模型离子确立后，将其峰形与 其它离子进行比较，将在此时间范围内与模型离子（Model Peak）峰型
有机质谱解析 第一章导论 第一节引言 质谱，即质量的谱图，物质的分子在高真空下，经物理作用或化学反应等途径形成带电粒子，某些带电粒了可进一步断裂。如用电子轰击有机化合物（M），使其产生离 子的过程如下： 每一离子的质量与所带电荷的比称为质荷比(m/z ,曾用m/e)。不同质荷比的离子经质量分离器一一分离后，由检测器测定每一离子的质荷比及相对强度，由此得出的谱图称为质谱 质谱分析中常用术语和缩写式如下： 游离基阳离子，奇电子离子（例如CH4） (全箭头) 电子对转移 钩）单个电子转移 α断裂αY ；与奇电子原子邻接原子的键断裂（不是它们间 的键断裂） “A”元素只有一种同位素的元素（氢也归入“A”元素）。 “A+1”元素某种元素，它只含有比最高丰度同位素高1amu 的同位素。 “A+2”元素某种元素，它含有比最高丰度同位素高2 amu的同位素。 A峰元素组成只含有最高丰度同位素的质谱峰。 A+1峰比A峰高一个质量单位的峰。 分子离子（M）失去一个电荷形成的离子，其质荷比相当于该分子的分子量。 碎片离子：分子或分子离子裂解产生的离子。包括正离子（A+）及游离基离子（A+.）。 同位素离子：元素组成中含有非最高天然丰度同位素的离子。 亚稳离子（m*）离子在质谱仪的无场漂移区中分解而形成的较低质量的离子。 质谱图上反应各离子的质荷比及丰度的峰被称为某离子峰。 基峰：谱图中丰度最高离子的峰 绝对丰度：每一离子的丰度占所有离子丰度总和的百分比，记作%∑。 相对丰度：每一离子与丰度最高离子的丰度百分比。
第二章谱图中的离子 第一节分子离子 分子离子（M+）是质谱图中最有价值的信息，它不但是测定化合物分子量的依据，而且可以推测化合物的分子式，用高分辨质谱可以直接测定化合物的分子式。 一、分子离子的形成 分子失去一个电子后形成分子离子。一般来讲，从分子中失去的电子应该是分子中束缚最弱的电子，如双键或叁键的π电子，杂原子上的非键电子。失去电子的难易顺序为： 杂原子> C = C > C —C > C —H 易难 分子离子的丰度主要取决于其稳定性和分子电离所需要的能量。易失去电子的化合物，如环状化合物，双键化合物等，其分子离子稳定，分子离子峰较强；而长碳链烷烃，支链烷烃等正与此相反。有机化合物在质谱中的分子离子稳定度有如下次序：芳香环> 共轭烯> 烯>环状化合物> 羰基化合物> 醚>酯> 胺> 酸> 醇>高度分支的烃类。
质谱及综合谱图解析 1、在质谱中，一个化合物的M+和(M+2)+峰强度几乎相等，预示着它含有哪种元素( ) A. N B. O C. Br D. Cl 1、已知某化合物的化学式为C4H8O。现已测得它的各种谱图如下，试确证其结构。
2、未知物为无色液体，沸点144℃，其四谱数据如下： 质谱： m/z M的含量% 114(M) 100 115(M+1) 7.7 116(M+2) 0.46 可能分子式：Beynon表 分子式M+1 M+2 C4H10O2 6.72 0.59 C6H14N27.47 0.24 C7H14O 7.83 0.47 C7H2N38.36 0.37 紫外光谱： EtOH λmax/nm εmax/L?mol-1?cm-1 275 12 红外和核磁：
3、某化合物，分子式C10H14O，能溶于NaOH，不能溶于NaHCO3，能使溴水褪色，该化合物的IR和1H NMR如下： IR：3250 cm-1有宽峰，830 cm-1有吸收 1H NMR：δ1.3(s，9H)，δ4.9(s，1H)，δ7.0(m，4H) 4、某化合物，分子式为C8H10O，质谱得到m/z122(M+)，IR在3600~3200 cm-1有强的宽峰，在3000 cm-1和750~700 cm-1处也有强的吸收，1H NMR显示：δ2.5(s，1H)，δ2.7(t，2H)，δ3.7(t，2H)，δ7.5(m，5H)，请推测其结构。 5、分子式为C9H10O的化合物有如下信号： 1H NMR：δ2.0(s，3H)，δ3.75(s，2H)，δ7.2(s，5H) IR：3100，3000，1720，740，700 cm-1和其他峰 试推断结构。
质谱介绍及质谱图的解析（来源：小木虫）质谱法是将被测物质离子化，按离子的质荷比分离，测量各种离子谱峰的强度而实现分析目的的一种分析方法。质量是物质的固有特征之一，不同的物质有不同的质量谱——质谱，利用这一性质，可以进行定性分析（包括分子质量和相关结构信息）；谱峰强度也与它代表的化合物含量有关，可以用于定量分析。 质谱仪一般由四部分组成：进样系统——按电离方式的需要，将样品送入离子源的适当部位；离子源——用来使样品分子电离生成离子，并使生成的离子会聚成有一定能量和几何形状的离子束；质量分析器——利用电磁场（包括磁场、磁场和电场的组合、高频电场、和高频脉冲电场等）的作用将来自离子源的离子束中不同质荷比的离子按空间位置，时间先后或运动轨道稳定与否等形式进行分离；检测器——用来接受、检测和记录被分离后的离子信号。一般情况下，进样系统将待测物在不破坏系统真空的情况下导入离子源（10-6～10-8mmHg），离子化后由质量分析器分离再检测；计算机系统对仪器进行控制、采集和处理数据，并可将质谱图与数据库中的谱图进行比较。 一、进样系统和接口技术 将样品导入质谱仪可分为直接进样和通过接口两种方式实现。 1. 直接进样 在室温和常压下，气态或液态样品可通过一个可调喷口装置以中性流的形式导入离子源。吸附在固体上或溶解在液体中的挥发性物质可通过顶空分析器进行富集，利用吸附柱捕集，再采用程序升温的方式使之解吸，经毛细管导入质谱仪。 对于固体样品，常用进样杆直接导入。将样品置于进样杆顶部的小坩埚中，通过在离子源附近的真空环境中加热的方式导入样品，或者可通过在离子化室中将样品从一可迅速加热的金属丝上解吸或者使用激光辅助解吸的方式进行。这种方法可与电子轰击电离、化学电离以及场电离结合，适用于热稳定性差或者难挥发物的分析。 目前质谱进样系统发展较快的是多种液相色谱/质谱联用的接口技术，用以将色谱流出物导入质谱，经离子化后供质谱分析。主要技术包括各种喷雾技术（电喷雾，热喷雾和离子喷雾）；传送装置（粒子束）和粒子诱导解吸（快原子轰击）等。
1.质谱就是真空中，利用电子束轰击待测化学物质的分子，将该分子打散，打成一个一个的带电荷的分子离子片段，再根据质谱仪上各个分子离子片段的出峰位置和强度，最终显示出各个离子的分子量以及相应浓度。 2.最右面的峰是全分子的离子峰，是化学物质的分子失去1个质子产生的峰，最右面的分子量最大了，显然分子片段不可能比全分子的分子量大，所以最右侧峰应该是大约相对分子量的数值。 3.氧上面加上正号，不一定是失去电子，多数情况下是氧又和一个质子(H+)结合了，从而多了一个正电荷。 4.看质谱图，只要看特征峰就好了，不要每个峰都知道是什么，只有有自己想要的峰，就行了。化学物质的分子中，单纯依靠质谱来判断是否有某种化学分子存在的情况几乎不存在，更重要的是做为一种辅助监测手段。不过懂得看质谱图，利用质谱分析，还是有必要的 什么是质谱图中的分子碎片，怎么写出它们的化学式？ 不同质荷比质荷比（mass-to-charge ratio）指带电粒子的质量与所带电荷之比值。以m/e表示。是质谱分析中的一个重要参数，不同m/e值的粒子在一定的加速电压 V和一定磁场强度E下，所形成的一个弧形轨迹的半径r与m/e成正比。90年代时IUPAC规定用以表示质荷比的m/e改为m/z。更多>> 的离子经质量分析器分开后，到检测器被检测并记录下来，经计算机处理后以质谱图的形式表示出来。在质谱 图中，横坐标表示离子的质荷比（m/z）值，从左到右质荷比的值增大，对于带有单 电荷的离子，横坐标表示的数值即为离子的质量；纵坐标表示离子流的强度，通常用 相对强度来表示，即把最强的离子流强度定为100%，其它离子流的强度以其百分数 表示，有时也以所有被记录离子的总离子流强度作为100%，各种离子以其所占的百 分数来表示。编辑本段质谱中主要离子峰从有机化合物的质谱图中可以看到许 多离子峰.这些峰的m/z和相对强度取决于分子结构,并与仪器类型,实验条件有关.质谱
仪器参数解读：气质联用参数全解析总结篇 1.质量范围不同对检测样品有什么不同吗?单电荷和多电荷在描述质量范围上有什么不同吗? A:质量范围越小，所得的信号越强。B:质量范围不同应用领域不同，比如高质量范围仪器的可用于多肽蛋白质等大分子的测定，而低质量范围的就不能够了。单电荷和多电荷是对离子源而言的，带多电荷可以理解为在一定程度上降低了质荷比，可使原本超出检测质量范围的离子质荷比减低，落入检测范围内。C:质量范围越大检测样品的种类越多，但在设置时可以根据自己的需要设置质量范围。比如：常规的样品检测设置50-350就ok，你如果设置到1000，就浪费了扫描。对蛋白质多肽类就需要高质量端，或者液质才能解决。 2.质量准确性怎么理解?越小越好吧? A：即测定质量与理论质量值的接近程度，质量精度越小，说明测定准确度越高，如高分辨要求质量精度小于10ppm 3.灵敏度的描述都是以具体的样品来说明吗?其他样品能行吗?利血平是行业公认的检测样品吗? A：得用实际样品说明，一般需给出测试条件，如检测样品，检测峰，分辨率和信噪比。 4.分辨率的大小对样品检测的影响有多大?小于0.5和小于0.7的差别有大? A：分辨率指质谱对相邻质荷比峰的分离能力，国际上有两种定义，10%谷和50%谷，即相邻质荷比峰谷的重叠部分与峰高的比值为10%或50%。对同位素的测定和化合物结构解析有较大意义。0.5和0.7都不能很好的分辨出同位素离子吧。 5.扫描速率有的是15000，有的是6000，相差如此之大对图谱是否影响很大呢? A：只知道扫描速率快频率高在色谱质谱联用中对峰较窄的物质有利，能避免漏信息，不知道具体对信号强度影响大不大。 B:加入要测定的质量范围是300，则扫描速率如果是15000，15000/300=50, 即每秒钟最多可扫描50次，扫描速率如果是6000，6000/300=20, 即每秒钟最多可扫描20次显然每秒钟最多可扫描50次比每秒钟最多可扫描20次的图谱的质量要好。 6.真空度是什么意思啊?代表的是仪器的哪个部分啊? A:“真空度”顾名思义就是真空的程度。所谓“真空”，是指在给定的空间内，压强低于101325帕斯卡(也即一个标准大气压强约101KPa)的气体状态。 在GC-MS中，有二个部分对真空有要求，离子源要求10-3到10-5之间;质量分析器需达到10-6 B:真空腔内的气压的一种表示，质谱的离子源部分。真空越好，响应越高 C：离子源、质量分析器、检测器是需要高度抽真空的，原理是以免气体分子与飞行中的离子发生碰撞使离子产生能量的变化，改变离子飞行轨迹，表现在真空度高能降低本底噪音和记忆效应，从而能一定程度提高灵敏度。 7.普库检索是个什么功能?我们能用的到吗? A:方便定性分离得到的色谱峰，计算机可自动在谱库内搜索与样品谱图相似的谱图，给出结果; 对于已知化合物定性十分方便，尤其对质谱裂解掌握不好的情况下，使用很方便;但是有一个缺点，谱库内的化合物数量有限，因此也不是万能的。 B：貌似很多公司都有自己的标准图库，对于高分辨质谱也有标准谱库，对未知结构的化合物，由高分辨质谱得到其精确分子量，输入谱库可方便查的其可能的化合物分子式。 C:检测出物质的特征峰的谱图以后，可以通过普库检索看其匹配度检索是否是该物质。 版友提出问题及相关解答汇总： 8.气质联用接口与液质有什么不同，是否需要设置特别的参数? A:气质联用接口作用：
质谱分析方法解析 质谱仪种类很多，不同类型的质谱仪主要差别在于离子源。离子源的不同决定了对被测样品的不同要求，同时，所得信息也不同。质谱仪的分辨率同样十分重要，高分辨质谱仪可给出化合物的组成式，对于未知物定性至关重要。因此，在进行质谱分析前，要根据样品状况和分析要求选择合适的质谱仪。 目前，有机质谱仪主要有两大类： 气相色谱-质谱联用仪与液相色谱-质谱联用仪，现就这两类仪器的分析方法叙述如下： GC-MS分析条件的选择 在GC-MS分析中，色谱的分离与质谱数据的采集同时进行，为了使每个组分都得到分离和鉴定，必须设备合适的色谱和质谱分析条件： 色谱条件包括色谱柱类型（填充柱或毛细管柱），固定液种类，汽化温度，载气流量，分流比，温升程序等。 设置原则是： 一般情况下均使用毛细管柱，极性样品使用极性毛细管柱，非极性样品采用非极性毛细管柱，未知样品可先用中等极性毛细管柱，试用后再调整。当然，如果有文献可以参考，就采用文
献所用条件。 质谱条件包括： 电离电压，电子电流，扫描速度，质量范围，这些都要根据样品情况进行设定。为了保护灯绿和倍增器，在设定质谱条件时，还要设置溶剂去除时间，使溶剂峰通过离子源之后再打开灯绿和倍增器。在所有的条件确定之后，将样品用微量注射器注入进样口，同时，启动色谱与质谱，进行GC-MS分析。 GC-MS数据采集 有机混合物样品用微量注射器由色谱仪进样口注入，经色谱柱分离后进入质谱仪离子原在离子源被电离成离子。离子经质量分析器，检测器之后即成为质谱仪信号并输入计算机。样品由色谱柱不断流入离子源，离子由离子源不断进入分析器并不断得到质谱，只要没定好分析器扫描的质量范围和扫描时间，计算机就可以采集到一个个的质谱。如果没有样品进入离子源，计算机采集到的质谱各离子强度均为0。当有样品过入离子源时，计算机就采集到具有一定离子强度的质谱。并且计算机可以自动将每个质谱的所有离子强度相加。显示出总离子强度，总离子强度随时间变化的曲线就是总离子色谱图，总离子色谱图的形状和普通的色谱图是相一致的，它可以认为是是用质谱作为检测器得到的色谱图。
1、某未知物分子式为C5H12O，它的质谱、红外光谱以及核磁共振谱如图，它的紫外吸收光谱在200 nm以上没有吸收，试确定该化合物结构。 1 : 2 : 9 [解] 从分子式C5H12O，求得不饱和度为零，故未知物应为饱和脂肪族化合物。 未知物的红外光谱是在CCl4溶液中测定的，样品的CCl4稀溶液的红外光谱在3640cm-1处有1尖峰，这是游离O H基的特征吸收峰。样品的CCl4浓溶液在3360cm-1处有1宽峰，但当溶液稀释后复又消失，说明存在着分子间氢键。未知物核磁共振谱中δ4. 1处的宽峰，经重水交换后消失。上述事实确定，未知物分
子中存在着羟基。 未知物核磁共振谱中δ0.9处的单峰，积分值相当3个质子，可看成是连在同一碳原子上的3个甲基。δ3.2处的单峰，积分值相当2个质子，对应1个亚甲基，看来该次甲基在分子中位于特丁基和羟基之间。 质谱中从分子离子峰失去质量31（－CH 2OH ）部分而形成基峰m/e57的事实为上述看法提供了证据，因此，未知物的结构是 C CH 3 H 3C CH 3 CH 2OH 根据这一结构式，未知物质谱中的主要碎片离子得到了如下解释。 C CH 3 H 3C CH 3 CH 2OH +. C + CH 3 CH 3 H 3C CH 2 OH +m/e31m/e88 m/e57 -2H -CH 3 -CH 3-H CH 3 C CH 2 + m/e29 m/e73 m/e41 2、某未知物，它的质谱、红外光谱以及核磁共振谱如图，它的紫外吸收光谱在210nm 以上没有吸收，确定此未知物。
2 2 6 3 [解] 在未知物的质谱图中最高质荷比131处有1个丰度很小的峰，应为分子离子峰，即未知物的分子量为131。由于分子量为奇数，所以未知物分子含奇数个氮原子。根据未知物的光谱数据亚无伯或仲胺、腈、酞胺、硝基化合物或杂芳环化合物的特征，可假定氮原子以叔胺形式存在。 红外光谱中在1748 cm -1处有一强羰基吸收带，在1235 cm -1附近有1典型的宽强C －O －C 伸缩振动吸收带，可见未知物分子中含有酯基。1040 cm -1处的吸收带则进一步指出未知物可能是伯醇乙酸酯。 核磁共振谱中δ1.95处的单峰(3H ），相当1个甲基。从它的化学位移来看，很可能与羰基相邻。对于这一点，质谱中，m/e43的碎片离子(CH 3C=O)提供了有力的证据。在核磁共振谱中有2个等面积(2H)的三重峰，并且它们的裂距相等，相当于AA ’XX'系统。有理由认为它们是2个相连的亚甲－CH 2－CH 2，其中去屏蔽较大的亚甲基与酯基上的氧原子相连。 至此，可知未知物具有下述的部分结构： CH 2 CH 2 O C O CH 3 从分子量减去这一部分，剩下的质量数是44，仅足以组成1个最简单的叔胺基 CH 3CH 3 N ，正好核磁共振谱中δ2. 20处的单峰(6H )，相当于2个连到氮原子 上的甲基。因此，未知物的结构为 CH 2 CH 2 O C O CH 3 CH 3CH 3 N 此外，质谱中的基峰m /e 58是胺的特征碎片离子峰，它是由氮原子的β位上的碳碳键断裂而生成的。结合其它光谱信息，可定出这个碎片为 CH 2 CH 3CH 3 N 3、待鉴定的化合物（I ）和（II ）它们的分子式均为C 8H 12O 4。它们的质谱、红外光谱和核磁共振谱见图。也测定了它们的紫外吸收光谱数据：(I)λmax 223nm ，
质谱——质谱图解析流程 未知样的质谱图解析流程 (一)解析分子离子区 (1) 标出各峰的质荷比数，尤其注意高质荷比区的峰。 (2) 识别分子离子峰。首先在高质荷比区假定分子离子峰，判断该假定分子离子峰与相邻碎片离子峰关系是否合理，然后判断其是否符合氮律。若二者均相符，可认为是分子离子峰。 (3) 分析同位素峰簇的相对强度比及峰与峰间的Dm值，判断化合物是否含有 C1、Br、S、Si等元素及F、P、I等无同位素的元素。 (4)推导分子式，计算不饱和度。由高分辨质谱仪测得的精确分子量或由同位素峰簇的相对强度计算分子式。若二者均难以实现时，则由分子离子峰丢失的碎片及主要碎片离子推导，或与其它方法配合。 (5)由分子离子峰的相对强度了解分子结构的信息。分子离子峰的相对强度由分子的结构所决定，结构稳定性大，相对强度就大。对于分子量约200的化合物，若分子离子峰为基峰或强蜂，谱图中碎片离子较少、表明该化合物是高稳定性分子，可能为芳烃或稠环化合物。例如：萘分子离子峰m/z128为基峰，蒽醌分子离子峰m/z 208也是基峰。分子离子峰弱或不出现，化合物可能为多支链烃类、醇类、酸类等。 (二)、解析碎片离子 (1) 由特征离子峰及丢失的中性碎片了解可能的结构信息。若质谱图中出现系列CnH2n+1峰，则化合物可能含长链烷基。若出现或部分出现m/z77，66，65，51，40，39等弱的碎片离子蜂，表明化合物含有苯基。若m/z91或105为基峰或强峰，表明化合物含有苄基或苯甲酰基。若质谱图中基峰或强峰出现在质荷比
的中部，而其它碎片离子峰少，则化合物可能由两部分结构较稳定，其间由容易断裂的弱键相连。 (2)综合分析以上得到的全部信息，结合分子式及不饱和度，提出化合物的可能结构。 (3)分析所推导的可能结构的裂解机理，看其是否与质谱图相符，确定其结构，并进一步解释质谱，或与标准谱图比较，或与其它谱(1HNMR、13CNMR、IR)配合，确证结构。
1 液相色谱/质谱 LCMS-IT-TOF 操作指南 岛 津 公 司
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i LCMS-IT-TOF 的控制软件LCMSsolution 的功能非常强大，因此我们可能会产生诸如怎样才能完成某一特定分析，某一特定的操作过程是否能够为我们带来期望的结果之类的疑问。此指南将不介绍LCMSsolution 的所有功能，而是针对分析过程中用到LCMSsolution 的分析流程加以介绍。 首次应用LCMSsolution 时，此指南不但能使您了解到此软件所能提供的功能，还将能使您了解到如何运用这些功能提高您的工作效率。 这些功能的具体描述请您参考以下的操作说明。 仪器硬件的介绍，请您参考“Shimadzu High-Performance Liquid Chromatograph/Mass Spectrometer LCMS-IT-TOF Operation Manual ”（225-18046）。 仪器软件的介绍，请您参考“Shimadzu High-Performance Liquid Chromatograph/Mass Spectrometry Workstation [LabSolutions /LCMSsolution] Operation Manual ”（225-18036）。 注意 ? 2008 岛津公司。 保留所有权利。 ● 本手册的内容更改恕不另行通知，我们对说明书中所描述内容的后果不承担任何责任 ● 在撰写时，已经尽力保证本说明书内容的正确性。一旦发现任何错误或疏漏，即 使不是急需更改的小错误，我们做到了尽快更正。 ● 本说明书的版权由岛津公司所有，严禁在没有岛津公司的许可下以任何形式复制 此说明书或其中的部分内容。 ● Microsoft 和Windows 是微软公司在美国和/或其它国家的商标。本说明书中其它 公司名或产品名是各自公司的商标或注册商标。 TM 和?在本说明书中省略
质谱数据分析资源 1 数据库 （1）蛋白质序列数据库： https://www.doczj.com/doc/c212408391.html,/ https://www.doczj.com/doc/c212408391.html,/sites/entrez?db=Protein https://www.doczj.com/doc/c212408391.html,/IPI/IPIhelp.html （2）实验数据： https://www.doczj.com/doc/c212408391.html,/pride/startBrowse.do https://www.doczj.com/doc/c212408391.html,/OPD/ https://www.doczj.com/doc/c212408391.html,/ https://www.doczj.com/doc/c212408391.html,/data.jsp Adipose Proteome Database: http://proteome.biochem.mpg.de/adipo Organellar Map Database: http://proteome.biochem.mpg.de/ormd/ Body Fluid Database - Seminal: http://proteome.biochem.mpg.de/seminal/ Body Fluid Database - Tear: http://proteome.biochem.mpg.de/tear/ Body Fluid Database - Urinary: http://proteome.biochem.mpg.de/urine/ Red Blood Cell Database: http://proteome.biochem.mpg.de/rbc/ 2 数据分析工具 （1）蛋白质组专家系统：https://www.doczj.com/doc/c212408391.html,/tools/ 提供的工具链接： Aldente：利用PMF数据鉴定蛋白质，使用了Hough变换来处理图谱，对图谱进行再校正和异常值排除。提供单机版下载。 FindMod：利用PMF数据鉴定蛋白质中存在的修饰，考虑的修饰是Swiss-Prot数据库中包含的注释。 FindPept：利用PMF数据鉴定蛋白质，处理非特异性酶切的数据，考虑了化学修饰，翻译后修饰等因素。 GlycoMod：利用PMF数据预测蛋白质中可能发生的糖基化修饰，鉴定糖肽。 Mascot：商业化的数据库搜索软件，提供PMF搜库，PFF搜库以及混合搜库的功能，网站有大量的背景知识介绍。网址为：https://www.doczj.com/doc/c212408391.html,/。 PepMAPPER：PMF数据搜索软件。 PFMUTS：从PMF数据中寻找可能的肽段突变（1~2个）。 ProFound：基于贝叶斯模型的搜库软件。 ProteinProspector：系列搜库软件，包括MS-Fit, MS-Pattern, MS-Digest 等。 Popitam：从图谱数据中寻找未知修饰。 Phenyx：商业化串联质谱数据搜库软件。 OMSSA：开放源码的搜库软件，由NCBI提供。 PepFrag： 搜库软件。 SearchXLinks：搜索修饰、cross-linked的特殊搜库软件。 （2）系统生物学研究所：https://www.doczj.com/doc/c212408391.html,/software.php提供的连接： S E Q U E S T：https://www.doczj.com/doc/c212408391.html,/sequest/ 搜库软件SEQUEST的使用资料，十分详细。还同时提供extractms ，2to3，MS2，SQTSort，DTASelect，DaughterDB，RelEx等工具的使用说明，可以向网站维护者索要这些工具。
质谱法是将被测物质离子化，按离子的质荷比分离，测量各种离子谱峰的强度而实现分析目的的一种分析方法。质量是物质的固有特征之一，不同的物质有不同的质量谱——质谱，利用这一性质，可以进行定性分析（包括分子质量和相关结构信息）；谱峰强度也与它代表的化合物含量有关，可以用于定量分析。 质谱仪一般由四部分组成： 进样系统——按电离方式的需要，将样品送入离子源的适当部位； 离子源——用来使样品分子电离生成离子，并使生成的离子会聚成有一定能量和几何形状的离子束； 质量分析器——利用电磁场（包括磁场、磁场和电场的组合、高频电场、和高频脉冲电场等）的作用将来自离子源的离子束中不同质荷比的离子按空间位置，时间先后或运动轨道稳定与否等形式进行分离； 检测器——用来接受、检测和记录被分离后的离子信号。一般情况下，进样系统将待测物在不破坏系统真空的情况下导入离子源（10-6～10-8mmHg），离子化后由质量分析器分离再检测；计算机系统对仪器进行控制、采集和处理数据，并可将质谱图与数据库中的谱图进行比较。 一、进样系统和接口技术 将样品导入质谱仪可分为直接进样和通过接口两种方式实现。 1. 直接进样 在室温和常压下，气态或液态样品可通过一个可调喷口装置以中性流的形式导入离子源。吸附在固体上或溶解在液体中的挥发性物质可通过顶空分析器进行富集，利用吸附柱捕集，再采用程序升温的方式使之解吸，经毛细管导入质谱仪。 对于固体样品，常用进样杆直接导入。将样品置于进样杆顶部的小坩埚中，通过在离子源附近的真空环境中加热的方式导入样品，或者可通过在离子化室中将样品从一可迅速加热的金属丝上解吸或者使用激光辅助解吸的方式进行。这种方法可与电子轰击电离、化学电离以及场电离结合，适用于热稳定性差或者难挥发物的分析。 质谱进样系统发展较快的是多种液相色谱/质谱联用的接口技术，用以将色谱流出物导入质谱，经离子化后供质谱分析。主要技术包括各种喷雾技术（电喷雾，热喷雾和离子喷雾）；传送装置（粒子束）和粒子诱导解吸（快原子轰击）等。 2. 电喷雾接口 带有样品的色谱流动相通过一个带有数千伏高压的针尖喷口喷出，生成带电液滴，经干燥气除去溶剂后，带电离子通过毛细管或者小孔直接进入质量分析器。传统的电喷雾接口只适用于流动相流速为1～5μl/min的体系，因此电喷雾接口主要适用于微柱液相色谱。同时由于离子可以带多电荷，使得高分子物质的质荷比落入大多数四极杆或磁质量分析器的分析范围（质荷比小于4000），从而可分析分子量高达几十万道尔顿（Da）的物质。 3. 热喷雾接口 存在于挥发性缓冲液流动相（如乙酸铵溶液）中的待测物，由细径管导入离子源，同时加热，溶剂在细径管中除去，待测物进入气相。其中性分子可以通过与气相中的缓冲液离子（如NH4+）反应，以化学电离的方式离子化，再被导入质量分析器。热喷雾接口适用的液体流量可达2ml/min，并适合于含有大量水的流动相，可用于测定各种极性化合物。由于在溶剂挥发时需要利用较高温度加热，因此待测物有可能受热分解。 4. 离子喷雾接口 在电喷雾接口基础上，利用气体辅助进行喷雾，可提高流动相流速达到1ml/min。电喷雾和离子喷雾技术中使用的流动相体系含有的缓冲液必须是挥发性的。
高分辨质谱技术参数 一．应用范围 1．适用于食品中农兽残，环境污染物，非法添加药物、营养成分等快速筛查确证以及定量检测分析工作。 2．适用于新药研发，药物杂质鉴定、代谢物鉴定、研究与疾病有关的标记物和代谢组学、脂质组学、小分子和生物大分子的相互作用、天然产物结构分析等领域。 3．适用于蛋白质组学：蛋白质组学研究中的蛋白质鉴定、翻译后修饰、生物大分子相互作用、多肽和蛋白质的定量分析。 二．设备名称：高分辨质谱仪 1．工作条件 1.1电源：230V±10%，AC(交流)，50/60Hz 1.2环境温度：15-27℃（最优：18~21℃） 1.3相对湿度：20-80% 1.4气体需求：高纯氮气，最大消耗量不大于20L/min 2．质谱部分： 2.1 离子源部分 2.1.1 独立的可加热电喷雾离子源（ESI源），集成式气路电路设计，安装离子源时即可实 现气路电路连接，自动识别，无需进行额外操作； 2.1.2喷针采用60度喷雾设计，前后，左右，上下可调，正对废液出口。雾化后，废产物 直接进入废液出口，确保离子源腔体洁净； 2.1.3 具有雾化气和辅助雾化气，进一步提高雾化效率和稳定性，具有强的雾化效果抗污染能力； 2.1.4可加热ESI源，离子源加热温度最高可达600℃，不分流的情况下采用纯水作为溶剂，流速为1μl-2000μl/min；APCI流速为50μl-2000μl/min； 2.1.5 全自动注射泵实现质谱直接进样，自动调谐和校正，可通过软件自动切换模式； 2.1.6 质谱配置软件具备实时监控并反馈喷雾稳定性功能； 2.1.7离子源腔体具有观察窗口，可以直接观察喷雾效果以及离子源腔体洁净程度； 2.2 离子传输部分 2.2.1离子传输系统必须配有金属离子传输管设计，保护分子涡轮泵，减少真空负担； 2.2.2离子传输管独立加热，最高温度可达400℃，进一步提高去溶剂效果和确保离子传输系统抗污染能力； 2.2.3具有真空隔断阀设计，在移去、清洗离子传输部件时，不需破坏真空, 待机时不需要消耗氮气； 2.3 质量分析器部分