首先介绍一下自己吧，本人毕业于南方某知名211大学药学系，目前于澳门科技大学攻读硕士研究生。从本科开始自己就在接触CADD（计算机辅助药物设计）方面的软件知识，在此将分享一些自己的纯干货！下面将以一个实例操作带大家迅速认识和掌握分子模拟对接，希望给各位从事医药行业和药物化学合成的同学带来帮助。
话不多说，下面进入正题。
首先我们搞清楚一个概念：什么是分子模拟对接。分子模拟对接简单来说就是利用电脑软件将受体蛋白与配体分子进行模拟对接，计算它们的结合能（KJ/MOL）大小来判断结合是否紧密，若结合效果比较理想，那么该蛋白受体或配体则是我们理想的分子，可以进一步进行实验室操作，避免盲目实验带来的人力经济损失。
接下来我将介绍一下本篇文章的主角，也是我们所要用到的软件PyRx、Chemdraw、AutodockTools以及PyMol。为了便于理解，简要概括之：Chemdraw为化合物分子绘图软件；PyRx为Autodock Vina算法搭载软件，能够调用其算法直接进行模拟对接；AutodockTools是PyMol为对接结果成像软件，可以进一步分析其结构。
下面正式进入正题，我将大致分为三个板块来进行推进：受体配体的准备；分子对接；结果分析。研究类型为：已知若干配体分子结构，通过受体蛋白测试配体分子活性。
本次筛选意在以COMT酶为受体，从20种与常见氨基酸形成环二肽的目标化合物中筛选出与COMT酶受体结合最为紧密的一种环二肽结构，大大减少了随机筛选的盲目性，有利于进一步研究该类化合物分子的生物学活性与改造成抗帕金森疾病前药的可能。图1展示了20种不同环二肽结构物质的统一结构，随着R基团的不同，所对应的氨基酸也不同。而表1则展示了20种不同环二肽的分子式。
图1 Cycol[DOPA（6-NO2）-AA]
表1 待筛选的20种配体分子
配体名称分子量
Cycol[DOPA（6-NO2）-Ala] 307.079
Cycol[DOPA（6-NO2）-Arg]351.089
Cycol[DOPA（6-NO2）-Asn]350.104
Cycol[DOPA（6-NO2）-Asp]351.089
Cycol[DOPA（6-NO2）-Cys]339.145
Cycol[DOPA（6-NO2）-Gln]364.131
Cycol[DOPA（6-NO2）-Glu]365.116
Cycol[DOPA（6-NO2）-Gly]293.052
Cycol[DOPA（6-NO2）-His]373.141
Cycol[DOPA（6-NO2）-Ile]349.16
Cycol[DOPA（6-NO2）-Leu]349.16
Cycol[DOPA（6-NO2）-Lys]364.17
Cycol[DOPA（6-NO2）-Met]365.199
Cycol[DOPA（6-NO2）-Phe]383.177
Cycol[DOPA（6-NO2）-Pro]333.117
Cycol[DOPA（6-NO2）-Ser]323.087
Cycol[DOPA（6-NO2）-Thr]337.105
Cycol[DOPA（6-NO2）-Trp]422.213
Cycol[DOPA（6-NO2）-Tyr]399.176
Cycol[DOPA（6-NO2）-Val]335.133
一、受体配体的准备
首先谈谈受体分子的准备工作。一般来讲，受体分子作为目标靶点，在我们人体内通常以大分子蛋白质的形式存在，而PDB数据库则覆盖了世界上70%的人源、鼠源等的蛋白数据。我们打算在该网站上下载一个简单不含辅酶的蛋白，我们选择了代码为4PYI的酶（基于配体分子靶标为COMT酶从而选择之）。
图2 4PYI型COMT酶
4PYI蛋白受体选择PDB下载格式进行下载（另存为路径最好选择C:\Users\Administrator\Desktop以避免Windows操作系统不兼容导致的程序运行崩溃），下载文件导入AutodockTools进行受体前处理。
1.除水：Autodocktools菜单栏Edit中点击Delete Water除去蛋白分子中的水分子，避免其对分子对接的干扰。
2.加氢：AutodockTools菜单栏Edit中点击Hydrogens—Add。参数设置：Polar Only；No bong order；Renumber atoms to include new hydrogens。
3.设置原子类型：AutodockTools菜单栏Edit中点击Atoms—Assign AD4 type。
4.保存：File—Save—Write PDBQT。保存为PDBQT格式便于分子对接。
配体是分子对接的变量，也是虚拟筛选的目标群体，本次筛选的20种Cyclo（DOPA （6-NO2）-AA）需要手动绘制加以表现，本次用到的绘制工具为Chemdraw与Chem3D，绘制完毕后对配体进行后处理。
1.绘制：利用Chemdraw对20种Cyclo（DOPA（6-NO2）-AA）分别进行绘制，再将绘制结果直接导入Chem3D输出为mol2文件。
2.能量最小化：分别将不同mol2文件导入PyRx软件，在右下角菜单栏选择“Energy Minimization Parameters”进行能量最小化处理，参数设置：Force Field—uff；Optimization Algorithm—Conjugate Gradients；Total number of steps—200；Number of steps for update—1；Stop if energy difference is less than—0.001。最后将能量最小化的分子另存为原格式。
3.格式转换：将经过能量最小化后的mol2分子通过Ligand Input导入AutodockTools，然后在Ligand Output选项里选择Save as PDBQT，最终将mol2文件格式转换为PDBQT格式（与受体格式相同）。
二、分子对接
经过受体与配体分子的准备后可以得到两种分子的PDBQT格式的文件等待进一步分子对接，分子对接在PyRx软件中调用Autodock Vina算法进行模拟对接。
1.导入：将20种配体分子导入PyRx软件的Ligands选项并全部选中；另外将已进行处理的4PYI酶导入Macromolecules选项并选中。
2.对接：将20种配体与4PYI受体选中后选择计算网格大小，参数设置：Center X：-20.757 Y：-22.666 Z:0.8213; Dimensions
(Angstrom) X: 55.0259 Y: 55.0259 Z: 55.0259；Exhaustiveness：30。最后Run Vina等待计算结果。
图3 PyRx分子对接操作界面
三、虚拟筛选的结果分析与结论
表2 20种配体分子结合能数据
Ligand Binding Affinity（kcal/mol）
Cycol[DOPA（6-NO2）-Ala] - 8.3
Cycol[DOPA（6-NO2）-Arg]-8.7
-8.3
Cycol[DOPA（6-NO2）-Asn]
Cycol[DOPA（6-NO2）-Asp]-8
Cycol[DOPA（6-NO2）-Cys]-7.8
Cycol[DOPA（6-NO2）-Gln]-8.1
Cycol[DOPA（6-NO2）-Glu]-8.1
Cycol[DOPA（6-NO2）-Gly]-8
Cycol[DOPA（6-NO2）-His]-8.3
Cycol[DOPA（6-NO2）-Ile]-8.4
Cycol[DOPA（6-NO2）-Leu]-8.2
Cycol[DOPA（6-NO2）-Lys]-7.9
Cycol[DOPA（6-NO2）-Met]-7.9
Cycol[DOPA（6-NO2）-Phe]-9
Cycol[DOPA（6-NO2）-Pro]-8.3
Cycol[DOPA（6-NO2）-Ser]-7.9
Cycol[DOPA（6-NO2）-Thr]-8.1
Cycol[DOPA（6-NO2）-Trp]-9.2
-8.8
Cycol[DOPA（6-NO2）-Tyr]
-8.3
Cycol[DOPA（6-NO2）-Val]
由表格数据可知，Cycol[DOPA（6-NO2）-Trp]结合能为-9.2 kcal/mol，通过PyMOL
展现其氢键作用力良好，该分子共与五个氨基酸分子发生氢键相互作用，且在
surface模式下发现该分子与蛋白质受体凹槽部分结合紧密，所以该分子属于最佳目标化合物。
图4 Cyclo[DOPA(6-NO2)-Trp]与COMT相互作用
图5 Cyclo[DOPA(6-NO2)-Trp]的蛋白结合位点
本次虚拟筛选将二十种含常见氨基酸的配体进行分子对接，通过直观的数据分析筛选出与COMT结合最为紧密的配体分子作为我们的观察对象，含Trp的环二肽拥有最好的对接性能，我们将保留其对接参数，，Cycol[DOPA（6-NO2）-Trp]结合能为-8 kcal/mol，氢键作用与分子结合位点分析结果较好，有进一步合成探索的实验价值。
分子动力学的模拟过程 分子动力学模拟作为一种应用广泛的模拟计算方法有其自身特定的模拟步骤,程序流程也相对固定。本节主要就分子动力学的模拟步骤和计算程序流程做一些简单介绍。 1. 分子动力学模拟步驟 分子动力学模拟是一种在微观尺度上进行的数值模拟方法。这种方法既可以得到一些使用传统方法,热力学分析法等无法获得的微观信息,又能够将实际实验研究中遇到的不利影响因素回避掉,从而达到实验研宄难以实现的控制条件。 分子动力学模拟的步骤为: (1)选取所要研究的系统并建立适当的模拟模型。 (2)设定模拟区域的边界条件,选取粒子间作用势模型。 (3)设定系统所有粒子的初始位置和初始速度。 (4)计算粒子间的相互作用力和势能,以及各个粒子的位置和速度。 (5)待体系达到平衡,统计获得体系的宏观特性。 分子动力学模拟的主要对象就是将实际物理模型抽象后的物理系统模型。因此,物理建模也是分子动力学模拟的一个重要的环节。而对于分子动力学模拟,主要还是势函数的选取,势函数是分子动力学模拟计算的核心。这是因为分子动力学模拟主要是计算分子间作用力,计算粒子的势能、位置及速度都离不开势函数的作用。系统中粒子初始位置的设定最好与实际模拟模型相符,这样可以使系统尽快达到平衡。另外,粒子的初始速度也最好与实际系统中分子的速度相当,这样可以减少计算机的模拟时间。 要想求解粒子的运动状态就必须把运动方程离散化,离散化的方法有经典Verlet算法、蛙跳算法(Leap-frog)、速度Veriet算法、Gear预估-校正法等。这些算法有其各自的优势,选取时可按照计算要求选择最合适的算法。 统计系统各物理量时,便又涉及到系统是选取了什么系综。只有知道了模拟系统采用的系综才能釆用相对应的统计方法更加准确,有效地进行统计计算,减少信息损失。 2. 分子动力学模拟程序流程 具体到分子动力学模拟程序的具体流程,主要包括: (1)设定和模拟相关的参数。 (2)模拟体系初始化。 (3)计算粒子间的作用力。 (4)求解运动方程。 (5)循环计算,待稳定后输出结果。 分子动力学模拟程序流程图如2.3所示。
打开思维学会预测 预测阅读，即猜想性阅读。在阅读中，可以从哪些地方预测呢？我们以《总也倒不了的老屋》为例，一起来学习吧！ 1.在文章题目处 题目是文章的眼睛，看题目猜内容是预测的起点。如阅读《总也倒不了的老屋》，你会有种种预测：是被施了魔法吗？是被列为重点保护文物了吗？ 2.在情节变换处 一个情节进入另一个情节时，稍作停顿，根据前文的内容或者书中的插图猜一猜后面发生的故事。如老屋帮助了小猫，还有谁会来求老屋呢？这次老屋会答应吗？你的依据是什么？ 生1：我想老屋可能会答应，因为老屋很善良，会尽力去帮助需要帮助的小动物。 生2：老屋帮助了小猫，他也应该会帮助母鸡的。 生3：老屋已经很久很久没人住了，有人来住，他很快乐，他希望继续有人来住。 生4：老屋已经帮助了小猫，母鸡又来请求帮忙，不断被别人打扰，老屋可能会觉得很烦。 预测让我们看到了老屋的善良，明白了被人需要也是一种快乐。 3.在语言重复或转折处 遇到文章的重复处或转折处，让学生猜一猜，这个句子后面是否还会出现，出现几次。“等等，老屋! ”一个小小的声音在它门前响起，这个小小的声音还会是谁呢？ 生1：“等等，老屋! ”一个小小的声音在它门前响起，“再过十五天，行吗?我已经开始结茧，很快就能破茧成蝶了，我不想半途而废。” 老屋眯起眼睛，仔细寻找:“哦，是毛毛虫啊。好吧，我就再站十五天吧。” 十五天后，当早晨的第一束阳光照在窗沿上的时候，一只美丽的蝴蝶，挥舞着翅膀:“老屋，谢谢!” 老屋说:“再见!好了，我到了倒下的时候了!” 生2：“等等，老屋！”一个小小的声音在它门前响起，“请再过一个冬天吧，我需要冬眠，我实在找不到安全的地方，我好怕伐木工来砍树，到时连我一起被捉走。” 老屋低头一看，有只毛绒绒的小家伙，“哦，是小熊啊，好吧，别怕，我就再站一个冬天。”
十分钟学会右脑图像式记忆法 多少同学在背诵记忆的过程中重复着使用低效的方法?下面是的小编为你们整理的文章，希望你们能够喜欢 这个大概数不胜数，努力是好事，但如果能在努力背诵记忆的基础上，去学习和使用一些新的方法去背诵，就能够显著的提高效率。学习不是单纯的体力活，方法的优劣很大程度上会决定我们的效率和一段时间内的发展上限。 一般的背诵方法是怎样的呢? 是不停的念诵，一遍又一遍的大声的吼出来。这是初中高中很常见的记忆方法。但是我们想要提高效率，就得了解下更多的一些个方面。比如人到底是怎么去记忆的? 在NLP看来，人获取外界信息主要通过五感。视听嗅味触这五感在人的主观经验中，又可以分为三种内感官，即视觉内感官、听觉内感官和感觉内感官。 我们的记忆和背诵，就是从外界获取信息，并牢固建立起链接的过程。那么信息在人的大脑中主要呈现为视觉、听觉和感觉，而一般的背诵方法，主要利用的是我们的听觉进行记忆。 一遍遍的背诵，建立起来的就是听觉的记忆。 那么在这三种内感官中哪一种比较发达呢?其实是视觉! 不同人的感官类型敏感度各有不同，但从中国人普遍的情况来看，
视觉更为发达。同样的表达方式，写下来的文字表达的信息量更大且更精准，视觉获取的信息更快。而如果通过语音念出文字，获取的速度会慢很多，而且有相当多的字词同音必须通过字形来区分。 所以，视觉的记忆是比听觉的记忆更有优点的。但是为什么大部分学校里还是利用听觉背诵居多呢? 我认为主要有这几点原因： 从历史上，就是以听觉背诵为主。古人的文章是合辙押韵的，利用听觉背诵就很有优势，而现代的文章有几个合辙押韵? 看起来热闹。如果是静静的看不出声，老师们总觉得你没在背 惯性。改变传统做法是很困难的。 那么我们到底应该怎么去背诵呢? 并不是只单纯的用其中一种方式，而是在我们已经惯用听觉记忆的基础上，增加视觉记忆的方法，两者同时进行。通过两个渠道获取并且巩固记忆，就能更好的增加我们的效率。 右脑图像式记忆法 右脑图像式记忆法有其适用的范围，适合精确度高的逐字的记忆。 主要的原理，是在我们的头脑中形成我们所要背诵文字的视觉印象后，通过正倒背加强文字的形象。当视觉记忆巩固的时候，重复进行听觉的背诵，就能够非常的流畅。可以很好的解决背一半儿想不起来的问题。 在回忆的时候，就能够看到大概的文字的影像，背出来就会比较流畅。
一、NAMD NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场，如Amber，CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹。[1] 1. 软件所能模拟的体系的尺度，如微观，介观或跨尺度等 微观。 是众多md 软件中并行处理最好的，可以支持几千个cpu 运算。在单机上速度也很快。 模拟体系常为为10,000-1,000,000 个原子。 2. 软件所属的类型，如MD，DPD，DFT，MC，量化，或交叉等 全原子md，有文献上也用它做过cgmd。 3. 软件能研究的相关领域，使用者的背景最好是？ 使用的力场有charmm,x-plor,amber 等，适合模拟蛋白质，核酸，细胞膜等体系。 也可进行团簇和CNT 系统的模拟 软件原理经典，操作简单。但需要对体系的性质足够了解。 4. 软件中主要涉及的理论方法范畴 经典的md，以及用多种方法计算自由能和SMD模拟。 数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理，但知道一些最好。 5.软件主要包含的处理工具
namd 是计算部分，本身不能建模和数据分析（unix 的哲学kiss）。但vmd 同namd 系出同门，已同namd 实现无逢链接。 vmd 的tcl 脚本一定要搞懂，别的就不多介绍了。[2] 6.与此软件密切相关的软件 vmd，及其他数据统计分析软件（excel，OOo-calc 等足够了）NAMD在window环境下的编译安装 1.下载NAMD_ 2.7b2_Win32 2.解压到任意目录下（建议最好直接是C：或D：下） 3.添加windows的环境变量：右键单击我的电脑----属性-----高级-----环境变量(在右下角)-----在系统的Path变量里添加你NAMD所在文件夹，比如我 的%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\Syste m32\Wbem;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan \Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32 注意：添加的变量名称要和文件夹得名称一致（如果文件夹得名称你改为namd，那么变量名称为C：NAMD） 文件才可以正确运行，并且要在conf文件所在目录执行命令。如：我的命令窗口显示C:\Documents and Settings\HP> 因此我的conf文件要放在C:\Documents and Settings\HP 这个文件夹下，然后执行命令C:\Documents and Settings\HP> C:\NAMD_2.7b2_Win32\namd2 da.conf 即可。 二、GROMACS
教你10分钟学会微信排版 一、要不要排版？ 当然要。 有人鼓吹不要排版，说人家许多大V都没怎么排版。 别学。 首先，没有硬货，再不排版，就是找死。长得一般，再不打扮，能行？ 其次，六神磊磊、小道消息的Fenng和环时的老金，随便写点啥，阅读和转发量都比你的硬货多。为啥？因为人家的内容有资历和名气加持啊，所谓一句顶一万句。 问你一句：是真的没时间排版，还是懒，宁可在群里吹水？ 二、用什么编辑器？ 第三方编辑器没必要折腾。多一种工具，多一些麻烦。 那用什么？ 微信公众号后台自带的编辑器就行。虽然简陋了点，但是足够用了。 就像你手里有一把简单的刀，还不满足，到处去找花里胡哨的刀，却没把时间用在练功夫上。何苦？ 我问你： 手中这把简单的刀，你都摸熟了？ 微信自带编辑器的每个功能，你都试了一遍？ 每个功能的排版效果你都知道了？ 如果没有，即便给你一个顶级编辑器，你也只会其中几项基本功能。 排版讲求美感，恕我直言，各种编辑器很多，排出来花样不少，但，美感好的文章，真的不多。 三、怎样才算好的排版？ 其实，排版很简单，目的就两点： 一、让读者眼睛爽，印象深； 二、更重要的，为了突出内容，让读者专注于内容，读完文章，知道你到底传达了什么意思或者什么情感。 所以，评估一个排版的好坏，不是单纯看花样、看创意，而是，是否有助于实现这两点目的。如果没有，那么花样越多，反而造成干扰。 排版要注意三点： 颜色和字号，突出重点内容； 段间距和行间距，形成平衡的布局； 线条和符号，引导视线。 简约、突出重点内容、实现必要的引导，即可。 四、怎么利用微信编辑器的各个功能呢？ 复制文字，粘贴到微信编辑器中。 记住，不要用ctrl+v，这样会保留原来的样式，调整起来麻烦， 要用ctrl+shift+v。 全选正文，设定行间距。 微信默认的行间距是1，这样太拥挤，最好调为1.5或者1.75。 如果文字少，那就调为2倍，这样让文章显得不那么单薄。
首先介绍一下自己吧，本人毕业于南方某知名211大学药学系，目前于澳门科技大学攻读硕士研究生。从本科开始自己就在接触CADD（计算机辅助药物设计）方面的软件知识，在此将分享一些自己的纯干货！下面将以一个实例操作带大家迅速认识和掌握分子模拟对接，希望给各位从事医药行业和药物化学合成的同学带来帮助。 话不多说，下面进入正题。 首先我们搞清楚一个概念：什么是分子模拟对接。分子模拟对接简单来说就是利用电脑软件将受体蛋白与配体分子进行模拟对接，计算它们的结合能（KJ/MOL）大小来判断结合是否紧密，若结合效果比较理想，那么该蛋白受体或配体则是我们理想的分子，可以进一步进行实验室操作，避免盲目实验带来的人力经济损失。 接下来我将介绍一下本篇文章的主角，也是我们所要用到的软件PyRx、Chemdraw、AutodockTools以及PyMol。为了便于理解，简要概括之：Chemdraw为化合物分子绘图软件；PyRx为Autodock Vina算法搭载软件，能够调用其算法直接进行模拟对接；AutodockTools是PyMol为对接结果成像软件，可以进一步分析其结构。 下面正式进入正题，我将大致分为三个板块来进行推进：受体配体的准备；分子对接；结果分析。研究类型为：已知若干配体分子结构，通过受体蛋白测试配体分子活性。 本次筛选意在以COMT酶为受体，从20种与常见氨基酸形成环二肽的目标化合物中筛选出与COMT酶受体结合最为紧密的一种环二肽结构，大大减少了随机筛选的盲目性，有利于进一步研究该类化合物分子的生物学活性与改造成抗帕金森疾病前药的可能。图1展示了20种不同环二肽结构物质的统一结构，随着R基团的不同，所对应的氨基酸也不同。而表1则展示了20种不同环二肽的分子式。 图1 Cycol[DOPA（6-NO2）-AA]
10分钟教你如何学会号脉 脉象的产生与心脏的波动，心气的盛衰，脉道的通利和气血的盈亏直接相关。所以，心、脉是形成脉象的主要脏器。气血是形成脉象的物质基础。下面，我们且看看专家们是如何对此做解释的吧。 同时，血液循行脉道之中，流布全身，运行不息，除心脏的主导作用外，还必须有各脏器的协调配合：肺朝百脉，肺气敷布，血液方能布散;脾统血，为气血生化之源，血液靠脾气的充养和统摄得以运行;肝藏血，主疏泄以调节血量;肾藏精，精能生血，又能化气，肾气为各脏腑组织功能活动的原动力。故能反映全身脏腑、气血、阴阳的综合信息。当脏腑、气血发生病变后，必然从脉搏上表现出来，呈现病理脉象，成为诊断疾病的重要依据。 1、大小： 管察气：大气旺，小气虚。 2、快慢： 管察精：快精虚，慢精足。 3、硬软： 管察火：硬火多，软火少。 4、浮沉： 管表里：[亦可说阴阳]浮表症，沉里症。
5、匀乱： 管察安危：匀则生命及心脏平安，乱则生命及心脏危险。 号脉方法详解： 早期的切脉方法比较复杂，要切按头颈、手、足等多处部位的脉动。以后逐渐简化为只切按手腕部的脉搏，称为“寸口”诊法。在这短短寸许长的脉动部位上，古代医家做足了文章。他们将腕横纹向上约一寸长的这段脉动分成了三“寸、关、尺”三部。 左右手的寸、关、尺部位分属不同的脏腑，认为可以反映相应脏腑的病变。其中右寸反映肺的情况，右关反映脾胃，右尺反映肾(命门);左寸反映心，左关反映肝，左尺反映肾与膀胱。 仔细观察，大家可以发现：远端的寸部对应的是人体最上部的心、肺(上焦，呼吸与循环系统);中间的关部，对应肝、脾胃(中焦，消化系统);近端的尺部对应肾、膀胱(下焦，泌尿生殖系统)。如此，小小的“寸口”，却俨然成为人体五脏六腑的全息窗口。 仅此还不够，在切脉的时候，还要用三种不同的指力去按压脉搏，轻轻用力按在皮肤上为“浮取”;中等度用力按至肌肉为“中取”;重用力按至筋骨为“沉取”。寸、关、尺三部，每一部有浮、中、沉三候，合称为“三部九候”。不同手法取到的脉，临床意义不同。通常，脉浮于外者，病位浅，沉于里者病位深。
10分钟教会你调卫星天线 准备工作: 1.免费套站一套(我用的是长虹数字接收机+美国普瑞C高频头+铝锌合金1.2米天线),有线电视线若干,F头2个和防水胶带若干(电器赠送),调试用电源线若干!(C波段免费套站系列接亚洲3S卫星) 开始安装: 1.先选择合适长度的有线电视线,两头都如图接上F头 2.把抛物面天线如图装好,固定上高频头,高频头要按图示的角度和长度
3.连接 把刚才接好F头的有线电视线分别接在高频头和机器后面的端子上!
4.然后就开始要寻星了,不要紧张哦! (1)先把机器和一个微型黑白电视放在天线附近,通上电源,连上信号线(没有小电视时,可以直接看接收机显 示的P00,P后的数字就是信号质量 (2).打开电视和接收机,用遥控器把接收机调在5 频道(辽宁台,因本台信号最强,调星容易些),按遥控器上的信号强度显示键! 屏幕上会显2个指示条,上面的信号强度只是证明高频头连接正确,关键看下面的信号质量,显示如图:
此时信号质量显示会很低,请不要着急,把天线的伸缩杆调整一下(尺寸如图),本尺寸是在鲁南地区,不同的地方会有些差异,但照此尺寸如图安装离星肯定不会很远,北方的朋友安装时要把伸缩杆的尺寸缓慢加长些!反之,南方的朋友要缩短!然后把天线按照软件中的参数放好,方位角可根据软件中的参数大体确定(因极化角和仰角已大体确定,因此调节方位角的时候只要缓慢的转动天线就可以了,关注屏幕信号质量变化,只要有些上升,就放慢调整的幅度,一般信号质量超过20%时就会出现图象!继续缓慢调整,直到最高为止!
此时,你就准确的对准卫星了!怎么样?简单吧!
3D分子图形显示工具 (RasMol and OpenRasMol)(免费) AMBER (分子力学力场模拟程序) autodock (分子对接软件)(免费) GROMACS (分子动力学软件)(免费) GULP (General Utility Lattice Program)(免费) NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(Research Tools on the Web) X-PLOR (大分子X光晶体衍射、核磁共振NMR的3D结构解析)(免费) 高通量筛选软件PowerMV (统计分析、分子显示、相似性搜索 等)(免费) 化合物活性预测程序PASS(部分免费) 计算材料科学Mathub C4：Cabrillo学院化学可视化项目以及相关软件(免费) Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment(三维蛋白质结构对比)(免费) Democritus (分子动力学原理演示软件) DPD应用软件cerius2(免费) EMSL Computational Results DataBase (CRDB) MARVIN'S PROGRAM (表面与界面模拟)(免费) XLOGP(计算有机小分子的脂水分配系数)(免费) 量子化学软件中文网 美国斯克利普斯研究院：金属蛋白质结构和设计项目(免费) https://www.doczj.com/doc/a62116998.html,/(免费) 3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术) 3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D 分子对接)(免费)
3分钟教你学会画趋势线，简单实用！ 趋势线是一个很容易实用性也比较强的股市技巧，因为它对股价波动、止盈止损及其支撑和压力等有着重要的参考意义。今天就给大家风险下趋势线的画法及其注意点，供大家参考。 1、1、什么是趋势线? 趋势线是上涨行情中两个以上的低点的连线以及下跌行情中两个以上高点的连线,前者是上升趋势线,后者是下降趋势线。上升趋势线的功能在于能够显示出价格上升的支撑位,一旦价格在波动过程中跌破此线,就意味着行情可能会出现反转,由涨转跌;下跌趋势线的功能在于能够显示出价格下跌过程中回升的阻力,一旦价格在波动向上突破此线,就意味着价格可能会止跌回涨。 2、2、趋势线的画法 1、上升趋势:股价逐渐上升的趋势(山峰与山峰相连) 2、水平趋势:也就是所谓的无趋势,横盘(山峰与山峰相连或谷底与谷底相连) 3、下跌趋势:股价逐渐下跌的趋势(谷底与谷底相连) 上升趋势线:
水平趋势线(无趋势,横盘): 下跌趋势线: 画出一条直线之后,最关键的问题是正确确定趋势线的高点和低点。 根据两点决定一条直线的基本原理,画出任何趋势必须选择两个有决定意义的高点或低点。一般情况下,上升趋势线的两个低点,应该是两个反转低点,就是下跌到了某一个低点开始回升,再下跌设有跌破前一低点又开始回升,则这两个低点就是两个反转低点(底部抬高) 同理,下跌趋势也是两个反转高点,就是上升到了某一高点之后开始下跌,回升未达到前一高点又开始回跌,则这两个高点就是反转高点(顶部降低) 画出直线之后,应该得到第三个点的验证才能确认这条趋势线是有效的。一般来说,所画出的直线被触及次数
越多,其作为趋势线的有效性越能得到确认,用它进行预测越准确有效。这根趋势线延续时间越长,就越具有有效性。 3、3、画趋势线注意要点 1、趋势线根据价格波动时间的长短分为长期趋势线、中期趋势线和短期趋势线,时间周期约长,趋势线有效性就越高。 2、趋势线连接的高点或低点的数量越多,有效性就越强。 3、对趋势线的短暂突破不被认为价格将改变运行的轨迹。 4、趋势线不应过于陡峭,否则很容易被横向整理突破,就失去了分析的意义。 趋势线深入理解: 有很多人在绘制趋势线时,不明白到底是连接股价最高或者最低点还是后盘价,还有一个普遍遇到的问题就是比如说遇到带影线的K线,该怎么画? 比较常见的趋势线画法就是连接影线的最高或最低点,但是通过在股市对价格与趋势线的关系反应情况来看,可以用八个字概括“买点靠后,卖点靠前”,这八字就映射了一条趋势线的正确画法理论。 如果你在绘制上轨线时,加入两个最高点都是影线,那你就将两个影线最高点连接起来,就得到紫色上轨线,如果你将股价收盘价连接起来,就得到黄色上轨线。 你看到绿色箭头那个部位,如果你画的趋势线是紫色上轨线,那么很容易导致你期待值过大,容易导致错失一个卖出机会;但是如果你连接收盘价,就得出黄色上轨线,则很容易把握最佳买点机会。就算股价有希望冲到紫线部分,你还是有机会卖出。所以,这个就是“卖点靠前”的概念,买点靠后,与卖点靠前相反。学知识要懂得举一反三。
三种常用分子模拟软件介绍 一、NAMD NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场，如Amber，CHARMM和Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹。 1. 软件所能模拟的体系的尺度，如微观，介观或跨尺度等 微观。 是众多md 软件中并行处理最好的，可以支持几千个cpu 运算。在单机上速度也很快。 模拟体系常为为10,000-1,000,000 个原子。 2. 软件所属的类型，如MD，DPD，DFT，MC，量化，或交叉等 全原子md，有文献上也用它做过cgmd。 3. 软件能研究的相关领域，使用者的背景最好是？ 使用的力场有charmm,x-plor,amber 等，适合模拟蛋白质，核酸，细胞膜等体系。 也可进行团簇和CNT 系统的模拟 软件原理经典，操作简单。但需要对体系的性质足够了解。 4. 软件中主要涉及的理论方法范畴 经典的md，以及用多种方法计算自由能和SMD模拟。 数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理，但知道一些最好。
5.软件主要包含的处理工具 namd 是计算部分，本身不能建模和数据分析（unix 的哲学kiss）。但vmd 同namd 系出同门，已同namd 实现无逢链接。 vmd 的tcl 脚本一定要搞懂，别的就不多介绍了。[2] 6.与此软件密切相关的软件 vmd，及其他数据统计分析软件（excel，OOo-calc 等足够了）NAMD在window环境下的编译安装 1.下载NAMD_ 2.7b2_Win32 2.解压到任意目录下（建议最好直接是C：或D：下） 3.添加windows的环境变量：右键单击我的电脑----属性-----高级-----环境变量(在右下角)-----在系统的Path变量里添加你NAMD所在文件夹，比如我 的%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\Syste m32\Wbem;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan \Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32 注意：添加的变量名称要和文件夹得名称一致（如果文件夹得名称你改为namd，那么变量名称为C：NAMD） 4.namd2.7需要后面跟conf 文件才可以正确运行，并且要在conf 文件所在目录执行命令。如：我的命令窗口显示C:\Documents and Settings\HP> 因此我的conf文件要放在C:\Documents and Settings\HP 这个文件夹下，然后执行命令C:\Documents and Settings\HP> C:\NAMD_2.7b2_Win32\namd2 da.conf 即可。 二、GROMACS
10分钟教你学会简单的起卦、断卦！ 以巳年七月辰日辰时问卦为例，如果不懂的可以查出当日农历。以当天的年、月、日、时起卦。巳为6数，七为7数，辰为5数。以年+月+日为上卦，以年+月+日+时为下卦，取天轻地重之意。 上卦之和为18，下卦之和为23，卦以8除，18除以8余2，2为兑卦，23除以8余7，7为艮卦。所以上卦为兑卦，下卦为艮卦，得本卦为泽山咸，变卦是雷山小过，互卦是天风姤。 本卦代表事物的开始，互卦代表事物的中间状态，变卦代表事物的结果，你看古人就是通过这些简单的卦象来理解事物。本卦与变卦之间没有发生变化的卦为体卦，由图可知上卦为用，下卦为体卦。体就是代表本体，用是代表作用。在结卦的时候，体代表自己，代表问事人，代表静止的。用就是你问的这件事。本卦为体生用，互卦为用克体，变卦为用克体。体生用的意思就是：为办这件事劳心、劳财、劳力、劳神。用克体的意思就是你去办这件事没有办成，反而对自己构成了伤害，这就是用克体，不吉利的意思。用生体，这件事容易成，对你有帮助，吉利的意思。这种可以通过八卦、易象来分析事物发生、发展、终结的规律的预测就是八卦象数，八卦象数的起源是古人仰观天象，俯察地理，远
取诸物，近取诸身，然后吉凶易见。谈到八卦象数，古人有一种易学思维方式就是简易、变易和不易。如果你想通易理、通术数，首先要从简易入手，取象要直观的入象，就是你打卦的时候看到第一眼的东西，要简易的去取象，然后变易呢，是要看它的生克，中间环节的运作流程和流向，一些事物都在变易中，得到了变易就是不易的道理。用简易的思维方式，看变易的事物，最后得出变易就是不易的、永恒的一种规则。三易是培养大家如何断卦，看事物。有了这种思维模式，你就有做事的方向。三易这种思维方式是每一位易学工作者都必须要训练掌握的一种成型的思维方式。卦又分为先天卦和后天卦之说。以数得卦叫先天卦，先卦后数叫后天卦，易经是一切事物发展的规律，宇宙是先有数后有八卦的。比如说有人报数是3、6，三是离卦，六是坎卦，加上时就可以取变卦。直接就可以通过卦相生克读出事物所反应出的信息流向，而不需要去查卦辞和爻辞。比如说看到一个老人，老人定位为乾，乾为一数。他坐到了正西方，西是兑，兑是二数，像刚才一样得出卦来，这叫后天卦，以卦得数为后天卦。后天卦除了五行生克外，还要去查一查卦辞和爻辞是怎么解释的，以辅助断卦的结果。这就叫后天卦。这种简单的起卦、结卦、断卦方式就叫梅花易数，由邵康节所创，是周易预测术中的数学，入手简单。相传邵康节在观赏梅花时，看见树上有二雀相争，心血来潮便起卦推算，推知第二
新手重装系统教程 重装系统不求人，本教程适合新手学习，10分钟即可学会重装系统，从此您不用再抱着电脑东奔西跑，一次学习，终生受用！ 整个过程只需三步，无需光盘无需优盘，只需根据下面步骤操作即可！第一步：下载系统 首先，通过以下地址下载含安装工具的专用系统。 1、百度网盘一：https://www.doczj.com/doc/a62116998.html,/s/19XCT1 百度网盘二：https://www.doczj.com/doc/a62116998.html,/s/1zOOMj 2、请根据需要下载系统，我们以XP系统为例，双击Wind owsXP 3、选择相应的XP系统，点击下载。
4、无论用什么方式下载，建议保存在D盘上（重要）。 5、请等待系统下载完成… 第二步：安装系统 1、下载完成后右键选择“解压到当前文件夹”。 2、打开解压出来的文件夹WINGHO。
3、首先打开说明仔细阅读，然后再打开GHOST安装器。 4、这步是重点，请根据下图做好选择。 注意：在执行重装系统之前，请您退出杀毒软件，取出光驱里的光盘及USB口的优盘等设备并仔细阅读全文再执行操作！ 注：执行就是将D盘WINGHO文件夹中的WinXP映像还原到C盘。
重点注意：电脑安装系统会清空您C盘所有数据，包括桌面、收藏夹、及我的文档，安装前请备份好您的重要资料！ 5、按上图设置好之后点击《执行》，电脑将重启并进入安装，接下来的所有步骤电脑将全自动完成，无需人工操作。 6、电脑重启后电脑自动进入第一阶段安装，当进度条到100%完成后，电脑将再次重启。（此过程约2-5分钟） 7、电脑再次重启后自动进入第二阶段安装，如下图（实际安装界面可能略有区别），此过程约4-9分钟，我们只要等待系统自动完成，直到安装完成进入桌面。
十分钟教你学会预测 [图片] 中华侍统数术文化博大精深，源远流长。随着当代易经热的兴起，各种预测法亦开始从民间走入大雅之堂。易经研究也从半公开、半隐半现，逐步走向现代化和规范化。 易经的科学性及其所蕴含的巨大的科学价值和社会价值亦被更多人所接受和认识中华预测学体系庞大，理论严密，方法众多。其预测的准确性，科学性、广泛性及其蕴含的丰富的信息量令人叹为观止，亦叫人为之深思。中华预测学虽然方法众多，但不外可以分为两大类： 正统如三式、紫微，六爻等。预测范围包罗万象，天地万事无所不能。其预测判断的深度、广度和精密度；准确性代表了中华预测学的最高层次。 小成亦不难，大成并非易事。 另一类推算方法比较简单，但十分实用快速准确性亦令人信服。本人传授的就是其中的一种：小六壬预测法；这是我在前几年修真访道过程中遇一道人所教。后经大量实践，进一步加以补充，丰富和完善，
并有所创新。现将其法和诀窍及个人经验和心得整理成册，奉献给各位同道。其法无需借助任何工具，资料，预测时随手取数。掐指一算，几秒钟之内即知结果。简单实用明了但效果神奇，本法尤其是在外出偶然碰到有事，或突然有人求测时，更显方便实用。大量的实践验证，其惊人的准确性，每每使人不得不赞叹中华数术文化的神奇与伟大。本法保证一学就会，不会让你失望，熟练掌握，终生受益。望珍惜之! 第一节基础知识 1、月份：正月，二月，……，十二月； 2、日辰：初一，初二，……，二十八(二十九、三十)。 8、时辰：用十二支表示：(1)子时(23点～1点)；（2）丑时(1点－3点)；(2)寅时(3点－5点)；(4)卯时(5点～7点)；（5）辰时(7点－9点)(6)巳时(9点～11点)；(7)午时(1l点～13点)；(8)未时(13点－15点)；(9)申时(15点～17点)；（10）酉时(17 点－19点)；（11）戌时(19点～2l点)；（12）亥时(21点～24点 4、六神。依次为大安、留连、速喜、赤口、小吉、空亡。 5、六种掌诀定位。
10分钟教你用思维导图做计划 1、什么是思维导图 思维导图又叫心智图，是一种类似“树结构”的有效思维模式，应用于记忆、学习、思考等的思维“地图”，利于人脑的扩散思维的展开。 思维导图目前已经在全球范围得到广泛应用，包括大量的500强企业。 2、思维导图的形式 思维导图的形式并不拘泥于手写或是应用软件。手写适合于一些简单的内容，软件则可以添加更多内容，便于排版。 当然，有热衷手写并善于画画的高手往往会偏爱手写，因为他们可以画出优美的图片，这种效果是软件所达不到的。不过，在初学阶段，还是建议先注重内容而不是形式，通过软件作出的图更规整、易懂。 3、思维导图可以做什么 思维导图作为一款理顺思路，清晰逻辑的软件，它在整理方面有其独特的优势。边画思维导图的过程就是边整理的过程，整理成长、整理学习、整理工作、整理文件夹…...无论有形的还是无形的，整理是一个分析总结的过程，借由整理能更好的看清自己。 （1）列计划：待办事项的列表是思维导图最基础的一个功能，也是最常用的功能。 （2）写提纲：写方案、论文或者制作PPT时可以利用思维导图来罗列提纲，并且把每部分的素材获取方式都列出来，在撰写时思路会比较清晰。 （3）写读书笔记：可以通过思维导图将所读书的整体结构勾勒出来，真正做到把书读薄、提纲挈领的作用。 （4）成长分析：使用思维导图进行自我整理，包括有形的（电脑文件）、无形的（所需能力）。利用思维导图分析自己拥有什么、缺少什么、应该努力什么，在整理中不断进行成长回顾，自我模块的逻辑调整。 （5）理清思路：思维导图如同和自己在对话，当我们无法权衡事情利弊的时候，可以找一个安静舒适的环境，随手一杯香浓的咖啡，将自己能想到的问题都罗列出来，同时，将实施的方案也对应的列出来，当这一切信息都以思维导图的模式呈现时，你可以纵观全局来权衡利弊做决定，感觉像是开启了一种独特的模式。 4、思维导图计划 在我们的日常生活中，大到职业规划，小到超市购物都可以制定一个list做到心中有数。而
Below is presented a generalised procedure for performing a simulation. The exact steps and processes involved will vary depending on exactly what is being attempted. Use as a general guide only! 1> Clearly identify the property / phenomena of interest to be studied by performing the simulation. 2>Select the appropriate tools to be able to perform the simulation and observe the property / phenomena of interest. It is important to read and familiarise yourself with publications by other researchers on similar systems. Tools include: - software to perform the simulation with, consideration of force field may influence this decision. - force field which describes how the atoms / particles within the system interact with each other. Select one that is appropriate for the system being studied and the property / phenomena of interest. Very important and non-trivial step! 3>Obtain / generate the initial coordinate file for each molecule to be placed within the system. 4>Generate the raw starting structure for the system by placing the molecules within the coordinate file as appropriate. Molecules may be specifically placed or arranged randomly. 5>Obtain / generate the topology file for the system, using (for example) pdb2gmx, PRODRG or your favourite text editor in concert with chapter 5 of the GROMACS Manual. 6>Describe a simulation box (e.g. using editconf) whose size is appropriate for the eventual density you would like, fill it with solvent (e.g. using genbox), and add any counter-ions needed to neutralize the system (e.g. using grompp and genion). In these steps you may need to edit your topology file to stay
十分钟教你学会六壬预测法 中华侍统数术文化博大精深，源远流长。随着当代易经热的兴起，各种预测法亦开始从民间走入大雅之堂。易经研究也从半公开、半隐半现，逐步走向现代化和规范化。? 易经的科学性及其所蕴含的巨大的科学价值和社会价值亦被更多人所接受和认识中华预测学体系庞大，理论严密，方法众多。其预测的准确性，科学性、广泛性及其蕴含的丰富的信息量令人叹为观止，亦叫人为之深思。中华预测学虽然方法众多，但不外可以分为两大类：? 正统如三式、紫微，六爻等。预测范围包罗万象，天地万事无所不能。其预测判断的深度、广度和精密度；准确性代表了中华预测学的最高层次。? 小成亦不难，大成并非易事。? 另一类推算方法比较简单，但十分实用快速准确性亦令人信服。本人传授的就是其中的一种：小六壬预测法；这是我在前几年修真访道过程中遇一道人所教。后经大量实践，进一步加以补充，丰富和完善，并有所创新。现将其法和诀窍及个人经验和心得整理成册，奉献给各位同道。其法无需借助任何工具，资料，预测时随手取数。掐指一算，几秒钟之内即知结果。简单实用明了但效果神奇，本法尤其是在外出偶然碰到有事，或突然有人求测时，更显方便实用。大量的实践验证，其惊人的准确性，每每使人不得不赞叹中华数术文化的神奇与伟大。本法保证一学就会，不会让你失望，熟练掌握，终生受益。望珍惜之! ? 第一节基础知识? 1、月份：正月，二月，……，十二月；? 2、日辰：初一，初二，……，二十八(二十九、三十)。? 8、时辰：用十二支表示：(1)子时(23点～1点)；（2）丑时(1点－3点)；(2)寅时(3点－5点)； (4)卯时(5点～7点)；（5）辰时(7点－9点)(6)巳时(9点～11点)；(7)午时(1l点～13点)；(8)未时(13点－15点)；(9)申时(15点～17点)；（10）酉时(17点－19点)；（11）戌时(19点～2l点)；（12）亥时(21点～24点? 4、六神。依次为大安、留连、速喜、赤口、小吉、空亡。? 5、六种掌诀定位。? (J)大安定位--食指根部；? ①留连定位--食指指尖；? (3)速喜定位--中指指尖；? (4)赤口定位--无名指指尖；?
分子模拟技术在炼油领域的应用 摘要：分子模拟技术是近些年发展起来的一门新兴计算化学技术。本文简要介绍了近几年来分子模拟技术在炼油领域的应用，如炼油催化剂的开发、炼制过程反应化学研究以及油品添加剂分子设计等。分子模拟作为一种能模拟炼油过程细节的有效工具已经在炼油工业各个领域的研究中发挥了重大作用。 关键词：分子模拟技术；炼油领域；催化剂；反应化学；油品添加剂 1前言 20世纪80年代以来，随着计算机性能的提高以及各种计算化学方法的改进，分子模拟技术日渐成熟，并逐步发展成为人们进行科学研究的一项新的有效的工具。它借助计算机强大的计算能力和图像显示能力，从原子和分子水平上模拟分子的结构与行为，能够更好地帮助人们从微观角度认识物质的基本特征。分子模拟技术在炼油领域，如对各炼制过程核心转化规律的认识、渣油团聚物结构研究、油品添加剂分子设计以及分子筛催化剂等方面的应用，可以帮助研究人员更深人地理解所研究的体系，以便选择更合理的研发途径，更快地进行催化剂的改性和开发及改性以及油品添加剂新产品的研制，减少实验工作，推动炼油领域的技术进步。 2分子模拟技术简介 分子模拟是以计算机为工具，在原子水平上建立分子模型用以模拟分子的结构与行为，进而模拟分子体系的各种物理化学性质。具体而言，就是先在计算机屏幕上构建分子模型，包括对所研究对象的原子位置的详细描述和建立分子间相互作用力方程，然后用恰当的统计力学关系对分子的位置和运动情况进行统计平均以求算所需的宏观性质。分子模拟技术包括量子力学、分子力学、蒙特卡洛和分子动力学等方法。 2.1量子力学方法 量子力学[1](QM)认为微观粒子运动服从Schrêdinger方程，分子或原子处于(稳)定态的Schrêdinger方程为本征值的方程：?7=E7。式中：?表示Hamilton
分子动力学模拟 分子动力学是一门结合物理，数学和化学的综合技术。分子动力学是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，以在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。 这门技术的发展进程是： 1980年：恒压条件下的动力学方法（Andersenの方法、Parrinello-Rahman法） 1983年：非平衡态动力学方法(Gillan and Dixon) 1984年：恒温条件下的动力学方法（能势‐フーバーの方法） 1985年：第一原理分子动力学法（→カー?パリネロ法） 1991年：巨正则系综的分子动力学方法(Cagin and Pettit). 最新的巨正则系综，即为组成系综的系统与一温度为T、化学势为μ的很大的热源、粒子源相接触，此时系统不仅同热源有能量交换，而且可以同粒子源有粒子的交换，最后达到平衡，这种系综称巨正则系综。 进行分子动力学模拟的第一步是确定起始构型，一个能量较低的起始构型是进行分子模拟的基础，一般分子的其实构型主要是来自实验数据或量子化学计算。在确定起始构型之后要赋予构成分子的各个原子速度，这一速度是根据玻尔兹曼分布随机生成，由于速度的分布符合玻尔兹曼统计，因此在这个阶段，体系的温度是恒定的。另外，在随机生成各个原子的运动速度之后须进行调整，使得体系总体在各个方向上的动量之和为零，即保证体系没有平动位移。 由上一步确定的分子组建平衡相，在构建平衡相的时候会对构型、温度等参数加以监控。 进入生产相之后体系中的分子和分子中的原子开始根据初始速度运动，可以想象其间会发生吸引、排斥乃至碰撞，这时就根据牛顿力学和预先给定的粒子间相互作用势来对各个例子的运动轨迹进行计算，在这个过程中，体系总能量不变，但分子内部势能和动能不断相互转化，从而体系的温度也不断变化，在整个过程中，体系会遍历势能面上的各个点，计算的样本正是在这个过程中抽取的。 用抽样所得体系的各个状态计算当时体系的势能，进而计算构型积分。 作用势的选择与动力学计算的关系极为密切，选择不同的作用势，体系的势能面会有不同的形状，动力学计算所得的分子运动和分子内部运动的轨迹也会不同，进而影响到抽样的结果和抽样结果的势能计算，在计算宏观体积和微观成分关系的时候主要采用刚球模型的二体势，计算系统能量，熵等关系时早期多采用Lennard-Jones、morse势等双体势模型，对于金属计算，主要采用morse势，但是由于通过实验拟合的对势容易导致柯西关系，与实验不符，因此在后来的模拟中有人提出采用EAM等多体势模型，或者采用第一性原理计算结果通过一定的物理方法来拟合二体势函数。但是对于二体势模型，多体势往往缺乏明确的表达式，参量很多，模拟收敛速度很慢，给应用带来很大困难，因此在一般应用中，通过第一性原理计算结果拟合势函数的L-J，morse等势模型的应用仍非常广泛。 分子动力学计算的基本思想是赋予分子体系初始运动状态之后，利用分子的自然运动在相空间中抽取样本进行统计计算，时间步长就是抽样的间隔，因而时间步长的选取对动力学模拟非常重要。太长的时间步长会造成分子间的激烈碰撞，体系数据溢出；太短的时间步长会降低模拟过程搜索相空间的能力，因此一般选取的时间步长为体系各个自由度中最短运动周期的十分之一。但是通常情况下，体系各自由度中运动周期最短的是各个化学键的振动，而这种运动对计算某些宏观性质并不产生影响，因此就产生了屏蔽分子内部振动或其他无关运动的约束动力学，约束动力学可以有效地增长分子动力学模拟时间步长，提高搜索相空间的能