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(完整版)10分钟教你掌握分子对接模拟软件(医药向)

(完整版)10分钟教你掌握分子对接模拟软件(医药向)
(完整版)10分钟教你掌握分子对接模拟软件(医药向)

首先介绍一下自己吧,本人毕业于南方某知名211大学药学系,目前于澳门科技大学攻读硕士研究生。从本科开始自己就在接触CADD(计算机辅助药物设计)方面的软件知识,在此将分享一些自己的纯干货!下面将以一个实例操作带大家迅速认识和掌握分子模拟对接,希望给各位从事医药行业和药物化学合成的同学带来帮助。

话不多说,下面进入正题。

首先我们搞清楚一个概念:什么是分子模拟对接。分子模拟对接简单来说就是利用电脑软件将受体蛋白与配体分子进行模拟对接,计算它们的结合能(KJ/MOL)大小来判断结合是否紧密,若结合效果比较理想,那么该蛋白受体或配体则是我们理想的分子,可以进一步进行实验室操作,避免盲目实验带来的人力经济损失。

接下来我将介绍一下本篇文章的主角,也是我们所要用到的软件PyRx、Chemdraw、AutodockTools以及PyMol。为了便于理解,简要概括之:Chemdraw为化合物分子绘图软件;PyRx为Autodock Vina算法搭载软件,能够调用其算法直接进行模拟对接;AutodockTools是PyMol为对接结果成像软件,可以进一步分析其结构。

下面正式进入正题,我将大致分为三个板块来进行推进:受体配体的准备;分子对接;结果分析。研究类型为:已知若干配体分子结构,通过受体蛋白测试配体分子活性。

本次筛选意在以COMT酶为受体,从20种与常见氨基酸形成环二肽的目标化合物中筛选出与COMT酶受体结合最为紧密的一种环二肽结构,大大减少了随机筛选的盲目性,有利于进一步研究该类化合物分子的生物学活性与改造成抗帕金森疾病前药的可能。图1展示了20种不同环二肽结构物质的统一结构,随着R基团的不同,所对应的氨基酸也不同。而表1则展示了20种不同环二肽的分子式。

图1 Cycol[DOPA(6-NO2)-AA]

表1 待筛选的20种配体分子

配体名称分子量

Cycol[DOPA(6-NO2)-Ala] 307.079

Cycol[DOPA(6-NO2)-Arg]351.089

Cycol[DOPA(6-NO2)-Asn]350.104

Cycol[DOPA(6-NO2)-Asp]351.089

Cycol[DOPA(6-NO2)-Cys]339.145

Cycol[DOPA(6-NO2)-Gln]364.131

Cycol[DOPA(6-NO2)-Glu]365.116

Cycol[DOPA(6-NO2)-Gly]293.052

Cycol[DOPA(6-NO2)-His]373.141

Cycol[DOPA(6-NO2)-Ile]349.16

Cycol[DOPA(6-NO2)-Leu]349.16

Cycol[DOPA(6-NO2)-Lys]364.17

Cycol[DOPA(6-NO2)-Met]365.199

Cycol[DOPA(6-NO2)-Phe]383.177

Cycol[DOPA(6-NO2)-Pro]333.117

Cycol[DOPA(6-NO2)-Ser]323.087

Cycol[DOPA(6-NO2)-Thr]337.105

Cycol[DOPA(6-NO2)-Trp]422.213

Cycol[DOPA(6-NO2)-Tyr]399.176

Cycol[DOPA(6-NO2)-Val]335.133

一、受体配体的准备

首先谈谈受体分子的准备工作。一般来讲,受体分子作为目标靶点,在我们人体内通常以大分子蛋白质的形式存在,而PDB数据库则覆盖了世界上70%的人源、鼠源等的蛋白数据。我们打算在该网站上下载一个简单不含辅酶的蛋白,我们选择了代码为4PYI的酶(基于配体分子靶标为COMT酶从而选择之)。

图2 4PYI型COMT酶

4PYI蛋白受体选择PDB下载格式进行下载(另存为路径最好选择C:\Users\Administrator\Desktop以避免Windows操作系统不兼容导致的程序运行崩溃),下载文件导入AutodockTools进行受体前处理。

1.除水:Autodocktools菜单栏Edit中点击Delete Water除去蛋白分子中的水分子,避免其对分子对接的干扰。

2.加氢:AutodockTools菜单栏Edit中点击Hydrogens—Add。参数设置:Polar Only;No bong order;Renumber atoms to include new hydrogens。

3.设置原子类型:AutodockTools菜单栏Edit中点击Atoms—Assign AD4 type。

4.保存:File—Save—Write PDBQT。保存为PDBQT格式便于分子对接。

配体是分子对接的变量,也是虚拟筛选的目标群体,本次筛选的20种Cyclo(DOPA (6-NO2)-AA)需要手动绘制加以表现,本次用到的绘制工具为Chemdraw与Chem3D,绘制完毕后对配体进行后处理。

1.绘制:利用Chemdraw对20种Cyclo(DOPA(6-NO2)-AA)分别进行绘制,再将绘制结果直接导入Chem3D输出为mol2文件。

2.能量最小化:分别将不同mol2文件导入PyRx软件,在右下角菜单栏选择“Energy Minimization Parameters”进行能量最小化处理,参数设置:Force Field—uff;Optimization Algorithm—Conjugate Gradients;Total number of steps—200;Number of steps for update—1;Stop if energy difference is less than—0.001。最后将能量最小化的分子另存为原格式。

3.格式转换:将经过能量最小化后的mol2分子通过Ligand Input导入AutodockTools,然后在Ligand Output选项里选择Save as PDBQT,最终将mol2文件格式转换为PDBQT格式(与受体格式相同)。

二、分子对接

经过受体与配体分子的准备后可以得到两种分子的PDBQT格式的文件等待进一步分子对接,分子对接在PyRx软件中调用Autodock Vina算法进行模拟对接。

1.导入:将20种配体分子导入PyRx软件的Ligands选项并全部选中;另外将已进行处理的4PYI酶导入Macromolecules选项并选中。

2.对接:将20种配体与4PYI受体选中后选择计算网格大小,参数设置:Center X:-20.757 Y:-22.666 Z:0.8213; Dimensions

(Angstrom) X: 55.0259 Y: 55.0259 Z: 55.0259;Exhaustiveness:30。最后Run Vina等待计算结果。

图3 PyRx分子对接操作界面

三、虚拟筛选的结果分析与结论

表2 20种配体分子结合能数据

Ligand Binding Affinity(kcal/mol)

Cycol[DOPA(6-NO2)-Ala] - 8.3

Cycol[DOPA(6-NO2)-Arg]-8.7

-8.3

Cycol[DOPA(6-NO2)-Asn]

Cycol[DOPA(6-NO2)-Asp]-8

Cycol[DOPA(6-NO2)-Cys]-7.8

Cycol[DOPA(6-NO2)-Gln]-8.1

Cycol[DOPA(6-NO2)-Glu]-8.1

Cycol[DOPA(6-NO2)-Gly]-8

Cycol[DOPA(6-NO2)-His]-8.3

Cycol[DOPA(6-NO2)-Ile]-8.4

Cycol[DOPA(6-NO2)-Leu]-8.2

Cycol[DOPA(6-NO2)-Lys]-7.9

Cycol[DOPA(6-NO2)-Met]-7.9

Cycol[DOPA(6-NO2)-Phe]-9

Cycol[DOPA(6-NO2)-Pro]-8.3

Cycol[DOPA(6-NO2)-Ser]-7.9

Cycol[DOPA(6-NO2)-Thr]-8.1

Cycol[DOPA(6-NO2)-Trp]-9.2

-8.8

Cycol[DOPA(6-NO2)-Tyr]

-8.3

Cycol[DOPA(6-NO2)-Val]

由表格数据可知,Cycol[DOPA(6-NO2)-Trp]结合能为-9.2 kcal/mol,通过PyMOL

展现其氢键作用力良好,该分子共与五个氨基酸分子发生氢键相互作用,且在

surface模式下发现该分子与蛋白质受体凹槽部分结合紧密,所以该分子属于最佳目标化合物。

图4 Cyclo[DOPA(6-NO2)-Trp]与COMT相互作用

图5 Cyclo[DOPA(6-NO2)-Trp]的蛋白结合位点

本次虚拟筛选将二十种含常见氨基酸的配体进行分子对接,通过直观的数据分析筛选出与COMT结合最为紧密的配体分子作为我们的观察对象,含Trp的环二肽拥有最好的对接性能,我们将保留其对接参数,,Cycol[DOPA(6-NO2)-Trp]结合能为-8 kcal/mol,氢键作用与分子结合位点分析结果较好,有进一步合成探索的实验价值。

分子动力学的模拟过程

分子动力学的模拟过程 分子动力学模拟作为一种应用广泛的模拟计算方法有其自身特定的模拟步骤,程序流程也相对固定。本节主要就分子动力学的模拟步骤和计算程序流程做一些简单介绍。 1. 分子动力学模拟步驟 分子动力学模拟是一种在微观尺度上进行的数值模拟方法。这种方法既可以得到一些使用传统方法,热力学分析法等无法获得的微观信息,又能够将实际实验研究中遇到的不利影响因素回避掉,从而达到实验研宄难以实现的控制条件。 分子动力学模拟的步骤为: (1)选取所要研究的系统并建立适当的模拟模型。 (2)设定模拟区域的边界条件,选取粒子间作用势模型。 (3)设定系统所有粒子的初始位置和初始速度。 (4)计算粒子间的相互作用力和势能,以及各个粒子的位置和速度。 (5)待体系达到平衡,统计获得体系的宏观特性。 分子动力学模拟的主要对象就是将实际物理模型抽象后的物理系统模型。因此,物理建模也是分子动力学模拟的一个重要的环节。而对于分子动力学模拟,主要还是势函数的选取,势函数是分子动力学模拟计算的核心。这是因为分子动力学模拟主要是计算分子间作用力,计算粒子的势能、位置及速度都离不开势函数的作用。系统中粒子初始位置的设定最好与实际模拟模型相符,这样可以使系统尽快达到平衡。另外,粒子的初始速度也最好与实际系统中分子的速度相当,这样可以减少计算机的模拟时间。 要想求解粒子的运动状态就必须把运动方程离散化,离散化的方法有经典Verlet算法、蛙跳算法(Leap-frog)、速度Veriet算法、Gear预估-校正法等。这些算法有其各自的优势,选取时可按照计算要求选择最合适的算法。 统计系统各物理量时,便又涉及到系统是选取了什么系综。只有知道了模拟系统采用的系综才能釆用相对应的统计方法更加准确,有效地进行统计计算,减少信息损失。 2. 分子动力学模拟程序流程 具体到分子动力学模拟程序的具体流程,主要包括: (1)设定和模拟相关的参数。 (2)模拟体系初始化。 (3)计算粒子间的作用力。 (4)求解运动方程。 (5)循环计算,待稳定后输出结果。 分子动力学模拟程序流程图如2.3所示。

打开思维 学会预测——《总也倒不了的老屋》教学微课教案

打开思维学会预测 预测阅读,即猜想性阅读。在阅读中,可以从哪些地方预测呢?我们以《总也倒不了的老屋》为例,一起来学习吧! 1.在文章题目处 题目是文章的眼睛,看题目猜内容是预测的起点。如阅读《总也倒不了的老屋》,你会有种种预测:是被施了魔法吗?是被列为重点保护文物了吗? 2.在情节变换处 一个情节进入另一个情节时,稍作停顿,根据前文的内容或者书中的插图猜一猜后面发生的故事。如老屋帮助了小猫,还有谁会来求老屋呢?这次老屋会答应吗?你的依据是什么? 生1:我想老屋可能会答应,因为老屋很善良,会尽力去帮助需要帮助的小动物。 生2:老屋帮助了小猫,他也应该会帮助母鸡的。 生3:老屋已经很久很久没人住了,有人来住,他很快乐,他希望继续有人来住。 生4:老屋已经帮助了小猫,母鸡又来请求帮忙,不断被别人打扰,老屋可能会觉得很烦。 预测让我们看到了老屋的善良,明白了被人需要也是一种快乐。 3.在语言重复或转折处 遇到文章的重复处或转折处,让学生猜一猜,这个句子后面是否还会出现,出现几次。“等等,老屋! ”一个小小的声音在它门前响起,这个小小的声音还会是谁呢? 生1:“等等,老屋! ”一个小小的声音在它门前响起,“再过十五天,行吗?我已经开始结茧,很快就能破茧成蝶了,我不想半途而废。” 老屋眯起眼睛,仔细寻找:“哦,是毛毛虫啊。好吧,我就再站十五天吧。” 十五天后,当早晨的第一束阳光照在窗沿上的时候,一只美丽的蝴蝶,挥舞着翅膀:“老屋,谢谢!” 老屋说:“再见!好了,我到了倒下的时候了!” 生2:“等等,老屋!”一个小小的声音在它门前响起,“请再过一个冬天吧,我需要冬眠,我实在找不到安全的地方,我好怕伐木工来砍树,到时连我一起被捉走。” 老屋低头一看,有只毛绒绒的小家伙,“哦,是小熊啊,好吧,别怕,我就再站一个冬天。”

十分钟让你看懂中国经济

十分钟让你看懂中国经济 什么是经济发展? 简单的讲经济发展就是有钱,但钱从何来?钱只能印出来。那么到底是什么使印钞机不停的运转? 假设一个岛上有1000口人,与世隔绝,人与人之间交换物品过活,但有时候你手里用来交换的东西不一定就是对方想要的,怎么办?于是人们就用都喜欢的金银作为交换的东西,但金银携带不方便,为了解决这个问题,就由岛上的管理者发行一种符号,用它来代替金银,于是钞票出现了。 可是岛上金银的产量太小,当人们的交换活动更加频繁时,钞票不够用了,只能暂停交换。暂停交换的后果就是大家不生产别人想要的东西了。 于是大家想了一个办法,成立一家钱庄,这个钱庄是大家的,由钱庄来发行钞票,印出的钞票借给想用钱的人,然后这个人有钱了再还给钱庄。于是银行就出现了。 银行的出现,能保证交换活动更持续的进行,大家都拼命的生产,岛上的东西越来越多,银行根据产品的生产数量,不停的印制钞票,以保证交换能更深入的进行。 后来人们的交换活动更频繁了,一家钱庄太少了,于是出现了很多钱庄,总要有个管钱庄的吧,于是指定一家钱庄管理其他钱庄,并且钞票只能由这家钱庄印刷,然后通过其他钱庄借给用钱的人,中央银行就这么也出现了。什么是通货膨胀? 由于岛上生产的产品太多了,以至于没法准确估计到底该发行多少钞票,发行多了的时候,因为没有那么多产品可买,产品就开始涨价,发行少了呢就开始降价,为了保证价格稳定,央行要求各钱庄要把一部分钱放在央行里面用来调节产品的价格,根据价格情况多放和少放。这就是存款准备金率。 可是有一部分聪明人开始怎么才能把钱弄到自己手上,他在海边捡了一颗石子,说这个石子值100万块钱,把它卖给了一个人,这个人觉得整个岛上的钱加一起也没有100万啊,怎么办,于是向钱庄借,钱庄也没有这么多钱,于是把印钞机打开,印了这100万,借给了他买了这个石子。 然后这个人开始卖这个石子,100万卖给了第二个人,由于第一个卖石子的人把钱花了,所以岛上的钱多了,所以这一百万可以筹集到,多买些产品就有了。但当把这个石子以200万转让的时候,钱庄只能又印了100万钞票,就这样钞票越印越多,可是当这个石子不停的流动转让时,大家并不觉得岛上的钱多,产品价格还是原来的那样。可是当这个石子不流通或流通的慢时,大家觉得钱多了,可是如果当持有石子的人把它扔到大海里,那就等于岛上凭空多出N多个100万来,怎么办,央行最害怕的就是这颗石子没了。它没了岛上产品的价格就会飞涨,就会通货膨胀。那么持有石子的人就绑架了岛上的经济。 房价能绑架中国经济吗? 中国的房地产已经使中国央行发行了太多的人民币,如果房价下降,等于把那颗石子投进了海里,那么多印出来的钱会使中国产品价格飞涨,会发生严重的通货膨胀。 看似房价与石子毫无相干,可是他们的属性是一样的,就是价格和价值严重的背离。实际上房地产的崩盘受害最大的并不是中国的商业银行,而是整个中国经济体系。为什么政府迟迟没有把房价降下来,不是降不下来,如果真想降房价,只需要一道政令,房地产价格会在一夜之间土崩瓦解。可是后果谁能承担,严重通货膨胀谁来负责?房地产业已经绑架了中国的经济,是无可置疑的,是客观实在的,没有人能改变。可更棘手的问题还不仅仅在这里。如果降房价,面对的是马上的通货膨胀,可不降房价,那么面对的就是更严重的通货膨胀,何去何从?最可靠的办法就是稳定房价,然后在社会产品增加时,减少货币的投放量,加上其他政策如加息、增加商业银行准备金率、缩小信贷规模等辅助手段,来使中国经济软着陆,这是最好的办法,我们看到的一切政令也是这个逻辑。

十分钟学会右脑图像式记忆法

十分钟学会右脑图像式记忆法 多少同学在背诵记忆的过程中重复着使用低效的方法?下面是的小编为你们整理的文章,希望你们能够喜欢 这个大概数不胜数,努力是好事,但如果能在努力背诵记忆的基础上,去学习和使用一些新的方法去背诵,就能够显著的提高效率。学习不是单纯的体力活,方法的优劣很大程度上会决定我们的效率和一段时间内的发展上限。 一般的背诵方法是怎样的呢? 是不停的念诵,一遍又一遍的大声的吼出来。这是初中高中很常见的记忆方法。但是我们想要提高效率,就得了解下更多的一些个方面。比如人到底是怎么去记忆的? 在NLP看来,人获取外界信息主要通过五感。视听嗅味触这五感在人的主观经验中,又可以分为三种内感官,即视觉内感官、听觉内感官和感觉内感官。 我们的记忆和背诵,就是从外界获取信息,并牢固建立起链接的过程。那么信息在人的大脑中主要呈现为视觉、听觉和感觉,而一般的背诵方法,主要利用的是我们的听觉进行记忆。 一遍遍的背诵,建立起来的就是听觉的记忆。 那么在这三种内感官中哪一种比较发达呢?其实是视觉! 不同人的感官类型敏感度各有不同,但从中国人普遍的情况来看,

视觉更为发达。同样的表达方式,写下来的文字表达的信息量更大且更精准,视觉获取的信息更快。而如果通过语音念出文字,获取的速度会慢很多,而且有相当多的字词同音必须通过字形来区分。 所以,视觉的记忆是比听觉的记忆更有优点的。但是为什么大部分学校里还是利用听觉背诵居多呢? 我认为主要有这几点原因: 从历史上,就是以听觉背诵为主。古人的文章是合辙押韵的,利用听觉背诵就很有优势,而现代的文章有几个合辙押韵? 看起来热闹。如果是静静的看不出声,老师们总觉得你没在背 惯性。改变传统做法是很困难的。 那么我们到底应该怎么去背诵呢? 并不是只单纯的用其中一种方式,而是在我们已经惯用听觉记忆的基础上,增加视觉记忆的方法,两者同时进行。通过两个渠道获取并且巩固记忆,就能更好的增加我们的效率。 右脑图像式记忆法 右脑图像式记忆法有其适用的范围,适合精确度高的逐字的记忆。 主要的原理,是在我们的头脑中形成我们所要背诵文字的视觉印象后,通过正倒背加强文字的形象。当视觉记忆巩固的时候,重复进行听觉的背诵,就能够非常的流畅。可以很好的解决背一半儿想不起来的问题。 在回忆的时候,就能够看到大概的文字的影像,背出来就会比较流畅。

(完整版)教你10分钟学会微信排版【图文编辑】

教你10分钟学会微信排版 一、要不要排版? 当然要。 有人鼓吹不要排版,说人家许多大V都没怎么排版。 别学。 首先,没有硬货,再不排版,就是找死。长得一般,再不打扮,能行? 其次,六神磊磊、小道消息的Fenng和环时的老金,随便写点啥,阅读和转发量都比你的硬货多。为啥?因为人家的内容有资历和名气加持啊,所谓一句顶一万句。 问你一句:是真的没时间排版,还是懒,宁可在群里吹水? 二、用什么编辑器? 第三方编辑器没必要折腾。多一种工具,多一些麻烦。 那用什么? 微信公众号后台自带的编辑器就行。虽然简陋了点,但是足够用了。 就像你手里有一把简单的刀,还不满足,到处去找花里胡哨的刀,却没把时间用在练功夫上。何苦? 我问你: 手中这把简单的刀,你都摸熟了? 微信自带编辑器的每个功能,你都试了一遍? 每个功能的排版效果你都知道了? 如果没有,即便给你一个顶级编辑器,你也只会其中几项基本功能。 排版讲求美感,恕我直言,各种编辑器很多,排出来花样不少,但,美感好的文章,真的不多。 三、怎样才算好的排版? 其实,排版很简单,目的就两点: 一、让读者眼睛爽,印象深; 二、更重要的,为了突出内容,让读者专注于内容,读完文章,知道你到底传达了什么意思或者什么情感。 所以,评估一个排版的好坏,不是单纯看花样、看创意,而是,是否有助于实现这两点目的。如果没有,那么花样越多,反而造成干扰。 排版要注意三点: 颜色和字号,突出重点内容; 段间距和行间距,形成平衡的布局; 线条和符号,引导视线。 简约、突出重点内容、实现必要的引导,即可。 四、怎么利用微信编辑器的各个功能呢? 复制文字,粘贴到微信编辑器中。 记住,不要用ctrl+v,这样会保留原来的样式,调整起来麻烦, 要用ctrl+shift+v。 全选正文,设定行间距。 微信默认的行间距是1,这样太拥挤,最好调为1.5或者1.75。 如果文字少,那就调为2倍,这样让文章显得不那么单薄。

让你十分钟看懂中国

让你十分钟看懂中国 中国到底什么样? 中华人民共和国,简称中国。位于东亚,与14个国家或地区接壤,是世界人口最多的国家,有13亿人口,而世界人口是68亿。也就是说,世界人每5个人中就有一个是中国人。中国有56个民族,汉族占总人口的92%。由中国共产党一党执政,执政地位被写入了宪法中。中国奉行无神论,其宗教文化扎根于儒教、佛教和道教,社会道德也多根源于此。中国也有大量的穆斯林,沿丝绸之路到达中国,保持着自己的传统。历史 中国是文明古国之一,有五千年文明,世袭的封建王朝终结于1912年。中国古代有许多重要的科技发明,包括印刷术、造纸术、火药和指南针,也有很多著名的建筑,比如绵延四千英里的长城,相当于往返伦敦和巴黎30次的距离。抗战和内战结束后,毛泽东领导共产党于1949年夺取了中国大陆的政权,建立了中华人民共和国。中国历史和未来塑造了当今的中国,许多城市很像西方的大城市,但二者岑仔这巨大的文化差异,走出城市就能看到不断增大的城乡贫富差距。 语言 汉语是世界上使用最广泛,同事让外国人最难搞懂的语言之一。汉语的放盐很多,使用最多的是普通话和粤语。汉子发源于象形文字,有超过四万个汉字,受过良好教育的人能认识大约六千个字,阅读报纸需要认识三千字左右。 农历 中国用十二生肖来代表年份,今年是兔年。农历新年是最重要的传统节日,门窗会贴上红色的剪纸和对联,象征幸福、富裕和长寿。除夕夜家人会一起吃年夜饭,过年是会放鞭炮。大年初一,小孩子会给长辈拜年,长辈则会发红包。中国人喜欢红色,红色象征着繁荣和吉利。最大规模的人类迁徙也发生于春节期间,1.5亿到两亿农民工会带回一年的收入,和家人一起吃团圆饭。 青年 大多数夫妻都需要遵守一胎化政策,这是1979年制定的控制人口增长的政策。据信,该政策避免了3亿人口的出生,政策的另一个结果是早就了一代“小皇帝”,以自我为中心的一代人。中国的教育在快速发展,但仍然以应试为主,课程学习都已考试为中心。中国的学生能记住大量的只是和信息,但却缺乏批判思维、独立思考和创新的能力。由于更加偏爱男孩,中国失衡的男女性别比达到了120比100,到2020年,男性将比女性多三千万。 经济 自1978年改革开放以来,中国经济增长了90倍,是增长最快的主要经济体。预测2011年到2015年,平均GDP增长会保持9.5%。中国是世界最大的出口国,第二大进口国,也是世界第二大奢侈品消费国。目前的GDP位于世界第二,大约6万亿美元,相当于美国的四成,但人均只有4300美元,排名一百位开外。不同地区、城乡之间发展也不均衡,发达地区集中在东南沿海,其余地方则普遍落后。过去十年,城市以年均10%的速度狂涨,这是人类历史上前所未有的规模。中国喜欢用摩天大楼来显示经济实力,现在有超过200幢在建,未来三年,每五天就会有一桩摩天大楼竣工,五年内总共达到800幢,比美国多四倍。中国是世界工厂,每三件家电、三件玩具、两双鞋子、两件衣服中,就有意见是由中国制造的。中国是世界最大的能源消费国,但七成能源由煤炭提供。环保人事警告说,水污染是中国最严重的环境问题,但2009年中国就向清洁能源投资了346亿美元,成为世界最大的可再生能源投资国,是风力发电机和太阳能电池板最大的生产国。 饮食

10分钟教你如何学会号脉

10分钟教你如何学会号脉 脉象的产生与心脏的波动,心气的盛衰,脉道的通利和气血的盈亏直接相关。所以,心、脉是形成脉象的主要脏器。气血是形成脉象的物质基础。下面,我们且看看专家们是如何对此做解释的吧。 同时,血液循行脉道之中,流布全身,运行不息,除心脏的主导作用外,还必须有各脏器的协调配合:肺朝百脉,肺气敷布,血液方能布散;脾统血,为气血生化之源,血液靠脾气的充养和统摄得以运行;肝藏血,主疏泄以调节血量;肾藏精,精能生血,又能化气,肾气为各脏腑组织功能活动的原动力。故能反映全身脏腑、气血、阴阳的综合信息。当脏腑、气血发生病变后,必然从脉搏上表现出来,呈现病理脉象,成为诊断疾病的重要依据。 1、大小: 管察气:大气旺,小气虚。 2、快慢: 管察精:快精虚,慢精足。 3、硬软: 管察火:硬火多,软火少。 4、浮沉: 管表里:[亦可说阴阳]浮表症,沉里症。

5、匀乱: 管察安危:匀则生命及心脏平安,乱则生命及心脏危险。 号脉方法详解: 早期的切脉方法比较复杂,要切按头颈、手、足等多处部位的脉动。以后逐渐简化为只切按手腕部的脉搏,称为“寸口”诊法。在这短短寸许长的脉动部位上,古代医家做足了文章。他们将腕横纹向上约一寸长的这段脉动分成了三“寸、关、尺”三部。 左右手的寸、关、尺部位分属不同的脏腑,认为可以反映相应脏腑的病变。其中右寸反映肺的情况,右关反映脾胃,右尺反映肾(命门);左寸反映心,左关反映肝,左尺反映肾与膀胱。 仔细观察,大家可以发现:远端的寸部对应的是人体最上部的心、肺(上焦,呼吸与循环系统);中间的关部,对应肝、脾胃(中焦,消化系统);近端的尺部对应肾、膀胱(下焦,泌尿生殖系统)。如此,小小的“寸口”,却俨然成为人体五脏六腑的全息窗口。 仅此还不够,在切脉的时候,还要用三种不同的指力去按压脉搏,轻轻用力按在皮肤上为“浮取”;中等度用力按至肌肉为“中取”;重用力按至筋骨为“沉取”。寸、关、尺三部,每一部有浮、中、沉三候,合称为“三部九候”。不同手法取到的脉,临床意义不同。通常,脉浮于外者,病位浅,沉于里者病位深。

面相中的十大凶相都有这些,你知道吗,看完该注意了

面相中的十大凶相都有这些,你知道吗,看完该注意了 谓的面相‘五官’,指的就是‘耳、眉、眼、鼻、口’等五种人体器官。面相就是一个人所具有的独特气质,而成为形或色表现于面上,给人的一种感受。接下来为大家详细介绍面相算命图解大全。面相可分为三庭看,人的眉以上是上庭,人的眉至鼻头是中庭,人的鼻头以下就为下庭。面部三庭要均匀。即额头、眉眼鼻、嘴与下巴的比例要均匀,整个面部显得大方磊落。若是额形生得略高阔饱满,则代表少年运佳,但额不能太高,过高会克夫,太低则少年运差,当然没法早嫁。在面部五官之后,再细分便是十二宫。这十二个宫位囊括了面部所有的特性和吉凶。第一宫:命宫,又为愿望之宫。麻衣曰:其居两眉间,山根之上,为印堂。第二宫:财帛宫,位于土宿,包括天仓、地库、金甲、井灶。主察财运。第三宫:兄弟宫,又称交友宫。麻衣曰:位居两眉。主交友运。第四宫:田宅宫,田宅宫,位于两眼,及上眼睑。主家业运第五宫:男女宫,又称子女宫。麻衣曰:位于两眼之下,又称为泪堂。看子嗣运。第六宫:奴仆宫,麻衣说它位居地阁,重接水星。看管理运。第七宫:妻妾宫,也可以称为夫妻宫,就在眼尾。第八宫:疾厄宫,一说是山根位,一说是年寿位,建议以鼻梁统看。第九宫:迁移宫,迁移者,位居眉角。古相士,以迁移宫的位置看人阴阳宅状况。第十宫:官禄宫,

官禄者,为居中正,上合离宫。反应人的禄命官运。第十一宫:福德宫,福德者,位居天仓,牵连地阁。看福禄之运。第十二宫:父母宫,便是额头的日月角。主看父母的福祸疾厄。看面相,形体外貌、精神气质、举止情态皆可一视而察,情人、恋人、夫妻、同事、朋友之间、感情总会有变化的、是相互信任、倾慕也可以从面相看出来。额头眉毛之间只有一道纵纹。这种面相在相学中被称为天柱纹。有此面相的人个性都很顽强。是属于做事不达目的绝不会放弃,对利益也是分得很清楚。一般来讲他们是不做对自己无利的事情。这样的人不但严以律己。同时对别人的要求也非常严格。但还有就是是这种面相的人有一个特征,那就好是这道纵纹平时是不会出现。当他的身心俱疲的时候,这道皱纹才会出现。鼻子的上部这些部位若是出现了数条横纹的人。有此面相特征者对事物都会表现出十足的热情。甚至可以说是充满激情。不仅是做事情又积极又主动。待人处事也是持着一颗平常心。此外,如果是说笑时出现这种皱纹的人。一般性格都是较为温和。缺点就是比较好管别人的事情。也常常为此惹祸上身。 1、男人的眉毛中间稀疏杂乱、毛形逆生,是为乱性之相, 情绪十分不稳定,伴有较重的暴力倾向。-2、双眉过低而压眼,是为心性阴沉扭曲而走极端。-3、女子眉过粗浓,不仅一生婚姻难成,且有妨夫。-4、印堂过窄小,难容两指的人,一生运势不顺且多灾厄。-5、女子双颧露骨而突起,对夫运

分子模拟软件介绍

一、NAMD NAMD(NAnoscale Molecular Dynamics)是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场,如Amber,CHARMM和Dreiding,通过数值求解运动方程计算原子轨迹。[1] 1. 软件所能模拟的体系的尺度,如微观,介观或跨尺度等 微观。 是众多md 软件中并行处理最好的,可以支持几千个cpu 运算。在单机上速度也很快。 模拟体系常为为10,000-1,000,000 个原子。 2. 软件所属的类型,如MD,DPD,DFT,MC,量化,或交叉等 全原子md,有文献上也用它做过cgmd。 3. 软件能研究的相关领域,使用者的背景最好是? 使用的力场有charmm,x-plor,amber 等,适合模拟蛋白质,核酸,细胞膜等体系。 也可进行团簇和CNT 系统的模拟 软件原理经典,操作简单。但需要对体系的性质足够了解。 4. 软件中主要涉及的理论方法范畴 经典的md,以及用多种方法计算自由能和SMD模拟。 数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理,但知道一些最好。 5.软件主要包含的处理工具

namd 是计算部分,本身不能建模和数据分析(unix 的哲学kiss)。但vmd 同namd 系出同门,已同namd 实现无逢链接。 vmd 的tcl 脚本一定要搞懂,别的就不多介绍了。[2] 6.与此软件密切相关的软件 vmd,及其他数据统计分析软件(excel,OOo-calc 等足够了)NAMD在window环境下的编译安装 1.下载NAMD_ 2.7b2_Win32 2.解压到任意目录下(建议最好直接是C:或D:下) 3.添加windows的环境变量:右键单击我的电脑----属性-----高级-----环境变量(在右下角)-----在系统的Path变量里添加你NAMD所在文件夹,比如我 的%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\Syste m32\Wbem;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan \Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32 注意:添加的变量名称要和文件夹得名称一致(如果文件夹得名称你改为namd,那么变量名称为C:NAMD) 文件才可以正确运行,并且要在conf文件所在目录执行命令。如:我的命令窗口显示C:\Documents and Settings\HP> 因此我的conf文件要放在C:\Documents and Settings\HP 这个文件夹下,然后执行命令C:\Documents and Settings\HP> C:\NAMD_2.7b2_Win32\namd2 da.conf 即可。 二、GROMACS

纪录片里看懂中国_灾难类纪录片的中国式呈现

纪录片里看懂中国灾难类纪录片的中国式呈现 在切入现场路径、影像表现手段以及制作风格和传播渠道等方面,《劫后天府泪纵横》以鲜明的个性化烙印,为灾难类纪录片的中国式呈现提供了一种别具风格的影像蓝本。 《劫后天府泪纵横》的摄制组,所面对的主要拍摄对象并不是公权力部门,而是失去孩子的父母们。夏明提供 2008年5月,一个生活在纽约的四川人也来到了震后不久的灾区。这个名叫夏明的人,真实身份是纽约城市大学的政治学教授。

夏明的背后,是一个来自美国的纪录片摄制组。除他之外,成员包括阿尔巴特、奥尼尔两位美国纪录片导演,夏在纽约城市大学的同事、来自台湾的政治学教授邝治中,以及另外一位上海纪录片拍摄者米子。这个片子的投资方与制作方,是美国最大的电影电视频道HBO(美国家庭影院)。 夏明和他的摄制组团队拍摄重点是两所倒塌的灾区小学。摄制组跟踪遇难孩子的家庭,在四川灾区辗转都江堰、德阳、绵竹等地拍摄了十余天,最后回到美国进行后期制作加工,这个纪录片最终定名为《劫后天府泪纵横》。 《劫后天府泪纵横》成为2009年前后,以川震为背景的纪录片系列中颇具影响的纪录片之一。 这部39分零42秒的片子里,最为打动人心的细节之一,是一位准备去上访的母亲,出发前站在孩子的坟前双手合十祈祷,嘴里喃喃自语:幺娃,你一定要给妈妈力量! 呈现灾难带给人类的冲击,记录灾难中人性的裂变,向来是纪录片关注的重中之重。在切入现场路径、影像表现手段以及制作风格和传播渠道等方面,《劫后天府泪纵横》以鲜明的个性化烙印,为灾难类纪录片的中国式呈现提供了一种别具风格的影像蓝本。

隐身还是参与 纪录片的功能是什么?记录者的立场是什么?这恐怕是每个纪录片拍摄者都在考虑的问题。资深纪录片拍摄者、前央视新闻评论部编导范俭也曾有过困惑,他在一篇文章里提到:纪录片仅仅是完成自我表达甚至自我意淫吗?纪录片仅仅是一种艺术创作方式吗?纪录的社会意义是什么? 范俭曾经的领导、央视新闻评论部副主任陈虻曾有过一句名言:好的纪录片拍摄者,会把自己和摄像机定位为停在墙壁上的一只苍蝇。这样,拍摄对象明明知道他在拍摄,但总是会忽略或者忘记拍摄者的存在。 已经去世的陈是中国影像界公认的纪录片大家,他这段名言被反复引用,作为纪录片拍摄者保持冷静客观决不掺和的经典表述。但漫长的纪录片拍摄历程后,范俭开始反思这种纯客观主义态度,“我认为纪录片完全可以是公民的一种社会参与行为,这种参与不单单是展示,也不满足于解释,更不是猎奇,而是要对公共事件、对社会问题表达意见、寻找策略,以期推动社会的进步。” 在范俭看来,刚刚获得今年奥斯卡最佳长纪录片大奖的《海豚湾》,就是一部典型的社会行动纪录片。“很精彩,但是付出了一些代价”,范俭在

10分钟教会你调卫星天线

10分钟教会你调卫星天线 准备工作: 1.免费套站一套(我用的是长虹数字接收机+美国普瑞C高频头+铝锌合金1.2米天线),有线电视线若干,F头2个和防水胶带若干(电器赠送),调试用电源线若干!(C波段免费套站系列接亚洲3S卫星) 开始安装: 1.先选择合适长度的有线电视线,两头都如图接上F头 2.把抛物面天线如图装好,固定上高频头,高频头要按图示的角度和长度

3.连接 把刚才接好F头的有线电视线分别接在高频头和机器后面的端子上!

4.然后就开始要寻星了,不要紧张哦! (1)先把机器和一个微型黑白电视放在天线附近,通上电源,连上信号线(没有小电视时,可以直接看接收机显 示的P00,P后的数字就是信号质量 (2).打开电视和接收机,用遥控器把接收机调在5 频道(辽宁台,因本台信号最强,调星容易些),按遥控器上的信号强度显示键! 屏幕上会显2个指示条,上面的信号强度只是证明高频头连接正确,关键看下面的信号质量,显示如图:

此时信号质量显示会很低,请不要着急,把天线的伸缩杆调整一下(尺寸如图),本尺寸是在鲁南地区,不同的地方会有些差异,但照此尺寸如图安装离星肯定不会很远,北方的朋友安装时要把伸缩杆的尺寸缓慢加长些!反之,南方的朋友要缩短!然后把天线按照软件中的参数放好,方位角可根据软件中的参数大体确定(因极化角和仰角已大体确定,因此调节方位角的时候只要缓慢的转动天线就可以了,关注屏幕信号质量变化,只要有些上升,就放慢调整的幅度,一般信号质量超过20%时就会出现图象!继续缓慢调整,直到最高为止!

此时,你就准确的对准卫星了!怎么样?简单吧!

(完整版)10分钟教你掌握分子对接模拟软件(医药向)

首先介绍一下自己吧,本人毕业于南方某知名211大学药学系,目前于澳门科技大学攻读硕士研究生。从本科开始自己就在接触CADD(计算机辅助药物设计)方面的软件知识,在此将分享一些自己的纯干货!下面将以一个实例操作带大家迅速认识和掌握分子模拟对接,希望给各位从事医药行业和药物化学合成的同学带来帮助。 话不多说,下面进入正题。 首先我们搞清楚一个概念:什么是分子模拟对接。分子模拟对接简单来说就是利用电脑软件将受体蛋白与配体分子进行模拟对接,计算它们的结合能(KJ/MOL)大小来判断结合是否紧密,若结合效果比较理想,那么该蛋白受体或配体则是我们理想的分子,可以进一步进行实验室操作,避免盲目实验带来的人力经济损失。 接下来我将介绍一下本篇文章的主角,也是我们所要用到的软件PyRx、Chemdraw、AutodockTools以及PyMol。为了便于理解,简要概括之:Chemdraw为化合物分子绘图软件;PyRx为Autodock Vina算法搭载软件,能够调用其算法直接进行模拟对接;AutodockTools是PyMol为对接结果成像软件,可以进一步分析其结构。 下面正式进入正题,我将大致分为三个板块来进行推进:受体配体的准备;分子对接;结果分析。研究类型为:已知若干配体分子结构,通过受体蛋白测试配体分子活性。 本次筛选意在以COMT酶为受体,从20种与常见氨基酸形成环二肽的目标化合物中筛选出与COMT酶受体结合最为紧密的一种环二肽结构,大大减少了随机筛选的盲目性,有利于进一步研究该类化合物分子的生物学活性与改造成抗帕金森疾病前药的可能。图1展示了20种不同环二肽结构物质的统一结构,随着R基团的不同,所对应的氨基酸也不同。而表1则展示了20种不同环二肽的分子式。 图1 Cycol[DOPA(6-NO2)-AA]

中国人民站起来了

《中国人民站起来了》教学设计 教学目标: 1、认识目标:了解新中国成立初期中国人真正站起来面临的困难,了解中国人民奋斗的曲折里程和取得的重要成就,懂得中华人民共和国的成立是中华民族伟大复兴的开始。 2、情感目标:激发民族自尊心和自豪感,树立振兴中华的历史责任感。 3、能力目标:关心祖国的命运,关注祖国的发展,崇敬人民英雄,为自己是中国人而骄傲。培养学生收集、整理、运用信息的能力。 教学重点: 通过多种渠道了解中国人民艰难站立起来的过程。 教学难点: 1、教材中建国初期的社会政治、经济、文化背景,离学生生活实际较远; 2、学生了解中国站起来面对的困难。 教学准备: 1、课件。 2、提前布置学生预习,搜集相关资料。 教学过程: 一、创设情境,情感铺垫

1、同学们,每周一我们都要进行庄严的升旗仪式,听了国歌你想到什么,心里有什么感受。让我们一起感受一下。 2、全体起立,升国旗,奏国歌,敬礼。(课件:国歌乐曲) 3、这位同学,你来说说;你再说说(请3个同学) 4、是啊,我们心中涌动着无限的自豪骄傲。可是大家知道吗?中国近代史是一部屈辱史,鸦片战争后,中国被迫签定了一系列不平等条约,中国人民深受帝国主义、封建主义和官僚资本主义三座大山的压迫。但是,法国拿破仑曾经说:中国是沉睡的雄狮,一旦被惊醒,世界会为之震动。(课件)(边讲边贴中国地图) 5、1949年10月1日,毛泽东主席在天安门城楼上向全世界庄严宣告:中华人民共和国成立了!(课件:开国大典)中国人民终于站起来了!(贴红旗)齐读课题。 二、打开渠道,了解过去——新中国建立时有哪些困难 1、我们的国歌是《义勇军进行曲》,旋律激昂,慷慨陈词,催人奋进。师唱:每个人被迫着发出最后的吼声。生接唱:起来,起来,起来,我们万众一心,冒着敌人的炮火,前进,冒着敌人的炮火,前进,前进,前进进!(贴:三个“起来”) 2、中国要真正站起来可不是一件容易的事情啊!课前,同学们进行了充分预习,用一分钟时间在小组内交流你了解到的新中国建立时的困难。每组派一位代表发言。

分子模拟软件简介

3D分子图形显示工具 (RasMol and OpenRasMol)(免费) AMBER (分子力学力场模拟程序) autodock (分子对接软件)(免费) GROMACS (分子动力学软件)(免费) GULP (General Utility Lattice Program)(免费) NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(Research Tools on the Web) X-PLOR (大分子X光晶体衍射、核磁共振NMR的3D结构解析)(免费) 高通量筛选软件PowerMV (统计分析、分子显示、相似性搜索 等)(免费) 化合物活性预测程序PASS(部分免费) 计算材料科学Mathub C4:Cabrillo学院化学可视化项目以及相关软件(免费) Databases and Tools for 3-D Protein Structure Comparison and Alignment(三维蛋白质结构对比)(免费) Democritus (分子动力学原理演示软件) DPD应用软件cerius2(免费) EMSL Computational Results DataBase (CRDB) MARVIN'S PROGRAM (表面与界面模拟)(免费) XLOGP(计算有机小分子的脂水分配系数)(免费) 量子化学软件中文网 美国斯克利普斯研究院:金属蛋白质结构和设计项目(免费) https://www.doczj.com/doc/16627891.html,/(免费) 3D Molecular Designs (蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术) 3D-Dock Suite Incorporating FTDock, RPScore and MultiDock (3D 分子对接)(免费)

3分钟教你学会画趋势线,简单实用!

3分钟教你学会画趋势线,简单实用! 趋势线是一个很容易实用性也比较强的股市技巧,因为它对股价波动、止盈止损及其支撑和压力等有着重要的参考意义。今天就给大家风险下趋势线的画法及其注意点,供大家参考。 1、1、什么是趋势线? 趋势线是上涨行情中两个以上的低点的连线以及下跌行情中两个以上高点的连线,前者是上升趋势线,后者是下降趋势线。上升趋势线的功能在于能够显示出价格上升的支撑位,一旦价格在波动过程中跌破此线,就意味着行情可能会出现反转,由涨转跌;下跌趋势线的功能在于能够显示出价格下跌过程中回升的阻力,一旦价格在波动向上突破此线,就意味着价格可能会止跌回涨。 2、2、趋势线的画法 1、上升趋势:股价逐渐上升的趋势(山峰与山峰相连) 2、水平趋势:也就是所谓的无趋势,横盘(山峰与山峰相连或谷底与谷底相连) 3、下跌趋势:股价逐渐下跌的趋势(谷底与谷底相连) 上升趋势线:

水平趋势线(无趋势,横盘): 下跌趋势线: 画出一条直线之后,最关键的问题是正确确定趋势线的高点和低点。 根据两点决定一条直线的基本原理,画出任何趋势必须选择两个有决定意义的高点或低点。一般情况下,上升趋势线的两个低点,应该是两个反转低点,就是下跌到了某一个低点开始回升,再下跌设有跌破前一低点又开始回升,则这两个低点就是两个反转低点(底部抬高) 同理,下跌趋势也是两个反转高点,就是上升到了某一高点之后开始下跌,回升未达到前一高点又开始回跌,则这两个高点就是反转高点(顶部降低) 画出直线之后,应该得到第三个点的验证才能确认这条趋势线是有效的。一般来说,所画出的直线被触及次数

越多,其作为趋势线的有效性越能得到确认,用它进行预测越准确有效。这根趋势线延续时间越长,就越具有有效性。 3、3、画趋势线注意要点 1、趋势线根据价格波动时间的长短分为长期趋势线、中期趋势线和短期趋势线,时间周期约长,趋势线有效性就越高。 2、趋势线连接的高点或低点的数量越多,有效性就越强。 3、对趋势线的短暂突破不被认为价格将改变运行的轨迹。 4、趋势线不应过于陡峭,否则很容易被横向整理突破,就失去了分析的意义。 趋势线深入理解: 有很多人在绘制趋势线时,不明白到底是连接股价最高或者最低点还是后盘价,还有一个普遍遇到的问题就是比如说遇到带影线的K线,该怎么画? 比较常见的趋势线画法就是连接影线的最高或最低点,但是通过在股市对价格与趋势线的关系反应情况来看,可以用八个字概括“买点靠后,卖点靠前”,这八字就映射了一条趋势线的正确画法理论。 如果你在绘制上轨线时,加入两个最高点都是影线,那你就将两个影线最高点连接起来,就得到紫色上轨线,如果你将股价收盘价连接起来,就得到黄色上轨线。 你看到绿色箭头那个部位,如果你画的趋势线是紫色上轨线,那么很容易导致你期待值过大,容易导致错失一个卖出机会;但是如果你连接收盘价,就得出黄色上轨线,则很容易把握最佳买点机会。就算股价有希望冲到紫线部分,你还是有机会卖出。所以,这个就是“卖点靠前”的概念,买点靠后,与卖点靠前相反。学知识要懂得举一反三。

10分钟教你学会简单的起卦断卦

10分钟教你学会简单的起卦、断卦! 以巳年七月辰日辰时问卦为例,如果不懂的可以查出当日农历。以当天的年、月、日、时起卦。巳为6数,七为7数,辰为5数。以年+月+日为上卦,以年+月+日+时为下卦,取天轻地重之意。 上卦之和为18,下卦之和为23,卦以8除,18除以8余2,2为兑卦,23除以8余7,7为艮卦。所以上卦为兑卦,下卦为艮卦,得本卦为泽山咸,变卦是雷山小过,互卦是天风姤。 本卦代表事物的开始,互卦代表事物的中间状态,变卦代表事物的结果,你看古人就是通过这些简单的卦象来理解事物。本卦与变卦之间没有发生变化的卦为体卦,由图可知上卦为用,下卦为体卦。体就是代表本体,用是代表作用。在结卦的时候,体代表自己,代表问事人,代表静止的。用就是你问的这件事。本卦为体生用,互卦为用克体,变卦为用克体。体生用的意思就是:为办这件事劳心、劳财、劳力、劳神。用克体的意思就是你去办这件事没有办成,反而对自己构成了伤害,这就是用克体,不吉利的意思。用生体,这件事容易成,对你有帮助,吉利的意思。这种可以通过八卦、易象来分析事物发生、发展、终结的规律的预测就是八卦象数,八卦象数的起源是古人仰观天象,俯察地理,远

取诸物,近取诸身,然后吉凶易见。谈到八卦象数,古人有一种易学思维方式就是简易、变易和不易。如果你想通易理、通术数,首先要从简易入手,取象要直观的入象,就是你打卦的时候看到第一眼的东西,要简易的去取象,然后变易呢,是要看它的生克,中间环节的运作流程和流向,一些事物都在变易中,得到了变易就是不易的道理。用简易的思维方式,看变易的事物,最后得出变易就是不易的、永恒的一种规则。三易是培养大家如何断卦,看事物。有了这种思维模式,你就有做事的方向。三易这种思维方式是每一位易学工作者都必须要训练掌握的一种成型的思维方式。卦又分为先天卦和后天卦之说。以数得卦叫先天卦,先卦后数叫后天卦,易经是一切事物发展的规律,宇宙是先有数后有八卦的。比如说有人报数是3、6,三是离卦,六是坎卦,加上时就可以取变卦。直接就可以通过卦相生克读出事物所反应出的信息流向,而不需要去查卦辞和爻辞。比如说看到一个老人,老人定位为乾,乾为一数。他坐到了正西方,西是兑,兑是二数,像刚才一样得出卦来,这叫后天卦,以卦得数为后天卦。后天卦除了五行生克外,还要去查一查卦辞和爻辞是怎么解释的,以辅助断卦的结果。这就叫后天卦。这种简单的起卦、结卦、断卦方式就叫梅花易数,由邵康节所创,是周易预测术中的数学,入手简单。相传邵康节在观赏梅花时,看见树上有二雀相争,心血来潮便起卦推算,推知第二

三种常用分子模拟软件介绍

三种常用分子模拟软件介绍 一、NAMD NAMD(NAnoscale Molecular Dynamics)是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场,如Amber,CHARMM和Dreiding,通过数值求解运动方程计算原子轨迹。 1. 软件所能模拟的体系的尺度,如微观,介观或跨尺度等 微观。 是众多md 软件中并行处理最好的,可以支持几千个cpu 运算。在单机上速度也很快。 模拟体系常为为10,000-1,000,000 个原子。 2. 软件所属的类型,如MD,DPD,DFT,MC,量化,或交叉等 全原子md,有文献上也用它做过cgmd。 3. 软件能研究的相关领域,使用者的背景最好是? 使用的力场有charmm,x-plor,amber 等,适合模拟蛋白质,核酸,细胞膜等体系。 也可进行团簇和CNT 系统的模拟 软件原理经典,操作简单。但需要对体系的性质足够了解。 4. 软件中主要涉及的理论方法范畴 经典的md,以及用多种方法计算自由能和SMD模拟。 数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理,但知道一些最好。

5.软件主要包含的处理工具 namd 是计算部分,本身不能建模和数据分析(unix 的哲学kiss)。但vmd 同namd 系出同门,已同namd 实现无逢链接。 vmd 的tcl 脚本一定要搞懂,别的就不多介绍了。[2] 6.与此软件密切相关的软件 vmd,及其他数据统计分析软件(excel,OOo-calc 等足够了)NAMD在window环境下的编译安装 1.下载NAMD_ 2.7b2_Win32 2.解压到任意目录下(建议最好直接是C:或D:下) 3.添加windows的环境变量:右键单击我的电脑----属性-----高级-----环境变量(在右下角)-----在系统的Path变量里添加你NAMD所在文件夹,比如我 的%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\Syste m32\Wbem;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan \Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32 注意:添加的变量名称要和文件夹得名称一致(如果文件夹得名称你改为namd,那么变量名称为C:NAMD) 4.namd2.7需要后面跟conf 文件才可以正确运行,并且要在conf 文件所在目录执行命令。如:我的命令窗口显示C:\Documents and Settings\HP> 因此我的conf文件要放在C:\Documents and Settings\HP 这个文件夹下,然后执行命令C:\Documents and Settings\HP> C:\NAMD_2.7b2_Win32\namd2 da.conf 即可。 二、GROMACS

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新手重装系统教程 重装系统不求人,本教程适合新手学习,10分钟即可学会重装系统,从此您不用再抱着电脑东奔西跑,一次学习,终生受用! 整个过程只需三步,无需光盘无需优盘,只需根据下面步骤操作即可!第一步:下载系统 首先,通过以下地址下载含安装工具的专用系统。 1、百度网盘一:https://www.doczj.com/doc/16627891.html,/s/19XCT1 百度网盘二:https://www.doczj.com/doc/16627891.html,/s/1zOOMj 2、请根据需要下载系统,我们以XP系统为例,双击Wind owsXP 3、选择相应的XP系统,点击下载。

4、无论用什么方式下载,建议保存在D盘上(重要)。 5、请等待系统下载完成… 第二步:安装系统 1、下载完成后右键选择“解压到当前文件夹”。 2、打开解压出来的文件夹WINGHO。

3、首先打开说明仔细阅读,然后再打开GHOST安装器。 4、这步是重点,请根据下图做好选择。 注意:在执行重装系统之前,请您退出杀毒软件,取出光驱里的光盘及USB口的优盘等设备并仔细阅读全文再执行操作! 注:执行就是将D盘WINGHO文件夹中的WinXP映像还原到C盘。

重点注意:电脑安装系统会清空您C盘所有数据,包括桌面、收藏夹、及我的文档,安装前请备份好您的重要资料! 5、按上图设置好之后点击《执行》,电脑将重启并进入安装,接下来的所有步骤电脑将全自动完成,无需人工操作。 6、电脑重启后电脑自动进入第一阶段安装,当进度条到100%完成后,电脑将再次重启。(此过程约2-5分钟) 7、电脑再次重启后自动进入第二阶段安装,如下图(实际安装界面可能略有区别),此过程约4-9分钟,我们只要等待系统自动完成,直到安装完成进入桌面。

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