第九届功能磁共振数据处理基础班
思影科技将于2018年9月26日--2018年9月30日(周三-周日)举办第九届功能磁共振数据处理基础班（详见课表安排）。
1、培训简介
功能神经影像技术已成为研究认知和脑疾病的重要手段。利用神经影像技术（如静息态和任务态fMRI、弥散张量成像DTI、脑网络、脑结构等），研究人员可以更深入地理解脑疾病及寻找治疗靶点，近10年来，国际上基于该技术在脑疾病、心理与认知科学、人工智能等领域发表的论文数量呈指数级上升趋势，国内医学界也开始在脑科学研究领域发力。然而许多临床医生及研究者对数据处理并不十分了解，限制了科研进度。
扎实掌握相关数据处理技术是脑影像研究的关键，为此，思影科技拟举办磁共振脑成像数据处理分析基础班，通过手把手教学，帮助临床医生与初入门的科研人员快速掌握磁共振脑影像数据处理分析操作技能，从而提高专业人员开展神经影像相关研究工作的水平。
2、培训对象与内容
此次培训的对象是希望利用脑影像技术进行脑科学研究的医生、高校教师与在校学生等，思影科技一直坚持小班教学的方式，并配备教辅人员，后续提供在线支持，及时解决学员数据处理中存在的问题。
培训内容主要包括：fMRI技术的基础知识、实验设计、静息态数据预处理与统计检验(初步、高级统计及多重比较校正），软件作图，任务态数据处理，脑结构数据处理,SPM、VBM操作，独立成分分析（ICA）等。
注：如方便，请于会议开始前一天到达会场（10:00-20:00）熟悉场地及安装软件、拷贝资料等事宜。
4、培训人数
此次培训限定人数20人左右，报名敬请从速。
5、培训地点
重庆市渝中区青年路38号重庆国贸中心2004#，具体见会议指南。
6、培训费用
所有参会人员3000/人（含资料费、培训费，交通及食宿费自理）。
7、报名方式
请将报名回执发送至：syfmri@https://www.doczj.com/doc/a44265610.html,，我们会第一时间联系您。
8、缴费方式
银行转账（转账信息见回执表）或者支付宝（185*******，户名：杨晓飞），谢绝录像，主办方提供发票。
9、联系方式
联系人：杨晓飞。
电话：023-********/185**********。
10、备注
请各位培训学员自带笔记本电脑（Windows64位系统、i5、4G内存、50G 剩余存储空间等基本配置；苹果Mac电脑用户如方便请提前使用Bootcamp加装Windows64位系统）；学员自己有数据的可以带3-5例进行现场处理；并在9月10日前进行缴费及将回执表发给彭小姐，便于培训安排。
报名回执表
注：请完整填写回执表后回传给我们，以便给你发送确认函，谢谢支持！11、在线支持服务
思影科技将为参加培训的学员提供免费的在线支持与合作，确保学员能够熟练掌握脑影像数据处理方法。
12、培训人员简介：
朱佳佳，博士，安徽医科大学第一附属医院放射科，医师、助理研究员、校聘副教授。主要研究方向为利用多模态磁共振成像（MRI）技术研究精神分裂症及其他神经精神疾病的发病机制及早期诊断方法。自2014年至今，以第一作者或通讯作者在SchizophreniaBulletin，British Journal of Psychiatry等期刊发表SCI 论文17篇，累计影响因子64。目前担任Neuroimge-Clinical，Psychiatry Research 等杂志审稿人。
何清华，北京师范大学理学博士，美国南加州大学博士后、访问学者，西南大学心理学部教授、博士生导师，重庆市脑科学协同创新中心西南大学分中心课题组长(PI)，国家自然科学基金通讯评审专家，中国心理学会决策心理学专业委员会委员，中国心理学会青年工作委员会委员，重庆心理学学会第五届国际学术交流工作委员会副主任，西南大学心理学部国际合作与交流中心主任，SSCI收录1区杂志Frontiers inPsychiatry和Frontiers in Psychology副主编，获得2017年获重庆市留学回国人员创业创新支持计划的支持。以第一作者和通讯作者的形式在国内外高水平杂志或SCI/SSCI杂志上发表论文20余篇，包括Brain Structure &Function、The Journal of Neuroscience、NeuroImage、Neuropharmacology、Progress inNeuropsychopharmacology&Biological Psychiatry等。论文的总计被引次数为1000余次，H指数为18，H-10指数为30。担任Biological Psychiatry、NeuroImage、Cortex、Journal of PersonalityDisorders等国际知名杂志审稿人。
龙治良，博士，西南大学，讲师。具有应用数学（本科，硕士）和生物医学工程（博士）交叉学科背景。研究方向为基于多模态脑网络水平的脑疾病病理机制研究。在英国牛津大学做访问学者一年。目前参与多项国家自然科学基金项目，发表学术论文10余篇，第一作者论文5篇，包括MovementDisorders，Scientific Report。论文被引537次（googlescholar）。擅长脑形态学分析、功能连接分析和脑网络分析。
数据处理基本流程 由于MRI是断层扫描，耗费时间较长，患者在进行MRI扫描的时候不可避免的会头部挪动，导致照射出来的图像不能一一映射；不同人的头颅，脑部大小，形状都会有所差异，获得的MRI图像也千差万别，无法对其进行对比。所以我们就必须用一种算法将所有的MRI图像进行空间转换到一个比较标准的空间（目前使用较多的是被神经学家广泛认可的Talairach坐标系）将各个解剖结构一一对应后，再与标准化图谱或者不同个体之间相互比较（目前使用的是Talairach-Tournoux图谱） 本文使用的是SPM软件和MRIcro软件处理图像数据，将MRI图像进 行数据分析。 数据分析的基本流程： （1）数据预处理：○1图像格式转换○2slice timing获取时间校正○3realign头动校正○4Coregister不同成像方法间的图像融合○5nomalize 不同被试之间的图像标准化(归一化）○6smooth空间平滑《2 3 4统称图像的空间变换》 （2）模型构建与参数估计：○:1建立统计模型○2将数据应用于统计模型○3进行参数统计得到单个被试的结果，多个被试的组分析 数据预处理 SPM是一款以MATLAB为平台的软件，所以使用SPM前一定要安装MATLAB。打开MATLAB软件，界面如下：
1.图像格式转换。 在进行数据预处理第一步要先将图像格式转换成SPM可以识别的ANALYZE格式。转换之前先将原始数据放在MATLAB下面的mri image文件夹下，将路径设置成D：\MATLAB\work\mri image\ 设置过程如下： 点击红色方块所指的按钮，在弹出的窗口中选择工作路径，按确定按钮即可。 设置完工作路径后，利用如下方法，将SPM2及其所有子文件夹添加到MATLAB的搜索途径中（1.点击file按钮，在下拉菜单选择set path2.在弹出的路径设置窗口点击"Add Folder"浏览并选择目标文件夹，eg:D:\spm2\3.点击save按钮4.点击close按钮,完成添加） 在打开SPM之前，应先确定默认变量的设置是否准确，具体做法如下：1.在matlab命令窗口输入“edit spm_defaults"打开spm_defaults.m文件2.查看defaults.analyze.flip条目，确认defaults.analyze.fip值是否为1，若不是，改成1 打开SPM：在matlab命令窗口输入“spm"回车后出现下面窗口，按黄色长方形覆盖的按钮，方可打开SPM软件（或者直接输入spm fmri即可打开）
第二届动物磁共振脑影像数据处理班 思影科技有限公司将于2018年10月10日--2018年10月14日(周三-周日)举办第二届动物磁共振脑影像数据处理班（详见课表安排）。 1、培训简介 近年来，世界各国都颁布了各自的脑科学计划，旨在探究大脑运作的神经机制，以推动神经、精神疾病临床、人工智能等领域的发展。运用功能、DTI等磁共振成像技术，各国研究者已取得了广泛成就，顶级期刊上磁共振脑成像相关研究也屡见不鲜。人类磁共振研究虽占据主流，然而一些特殊工作只适合动物研究，因此，针对啮齿类、以及一些非人灵长类动物的研究得到了重视。目前，结合基因、光遗传等技术，基于动物模型的磁共振成像已在抑郁症、卒中、疼痛、老年退行性疾病等领域取得进展，为推动脑科学研究的发展起到了极大的作用。动物磁共振研究和人类具有差异，如脑结构的不同等等，因而数据分析成为了啮齿类动物磁共振脑影像研究者们的难题。 为此，思影科技拟举办动物磁共振脑影像数据处理培训班，欢迎致力于动物磁共振脑影像的研究者参加，希望通过此次培训，熟练掌握数据处理技能，为开展的研究项目助力。 2、培训对象 本次培训班面向的对象是一些希望利用动物磁共振脑影像进行科研的医生、研究人员等，培训班实行小班教学，授课、操作、指导及问题解决一体化，最终努力使参会学员达到能够独立进行数据处理的目的。 培训内容主要包括：MATLAB/Linux基础、Rat fMRI数据处理、Rat脑功能指标计算及其统计分析、Rat VBM分析、Rat DTI数据处理和基于ROI的脑影像分析、Rat概率性纤维束追踪等。 注：如方便，请于会议开始前一天到达会场（9:00-21:00）熟悉场地及安装软件、拷贝资料等事宜。 3、课程安排
光泵磁共振实验数据处理
作者: 日期:
光泵磁共振实验数据处理 观察光泵磁共振现象: 测量超精细结构因子及地磁场水平分量 、原始数据处理 水平场 电流I /mA B 直/ T (Ru85)/ K Hz (R u 8 7)/KH z 扫场方向 扫场方向 平均值 扫场方向 扫场方向 平均值 30 0 0.0 0 7 7 62.5 1 3 50 0. 3 947 87 06 400 0. 5 104 8 976.5 8. 5 450 0. 12 1 1 62 1 087 1. 5 5 0 0 0 . 22 127 2 11 9 7 1 6 89 1 90 3 1796 550 0. 3 6 20 6 1 1 953.5 其中，外加水平直流场 B 直 二16厂N 10 7T 5 r
、R u85数据线性拟合处理 1、线性拟合结果 Ru85数据线性拟合图 拟合结果为：=1 1 0. 2 2 0+ 4.682 106 B 直 KHz 2、根据二K+AB 直 得出 K=11 0.2 20, A = 4.682 1 06 。 /KHz 1300 - Equati on y = a + b*x Adj. R-Square 0.99996 Value Sta ndard Error A In tercept 110.22036 2.77776 A Slope 4.68175E6 13819.42851 1200 一 1100 1000 900 - 800 0.00014 0.00016 0.00018 0.00020 0.00022 0.00024 /T
静息态功能磁共振数据分析工具包 使用手册 宋晓伟（Dawnwei.song@https://www.doczj.com/doc/a44265610.html,） 文档版本: 1.3 文档修订日期: 2008-2-25 北京师范大学 认知神经科学与学习国家重点实验室
目录 一、开发背景介绍 (1) 二、软件用途和技术特点 (4) 三、设计与实现 (4) 四、测试 (5) 五、使用要求 (5) 六、使用方法演示 (6) (一)计算功能连接 (7) (二)计算局部一致性 (9) (三)计算低频振幅 (11) 七、详细使用说明 (13) (一)安装REST (13) (二)卸载REST (13) (三)启动REST (13) (四)在REST中设置待处理的数据目录 (16) (五)Mask 的设定 (16) (六)在REST中设定输出参数 (17) (七)可选项：去线性漂移 (18)
(八)可选项：滤波 (19) (九)局部一致性计算参数的设定 (20) (十)低频振幅计算参数的设定 (21) (十一)功能连接参数的设定 (21) (十二)点击“Do all”开始计算 (23) (十三)耗时估计 (24) (十四)其它工具 (24) 八、附注说明 (26) 九、参考文献 (28)
一、开发背景介绍 大脑是人体中最迷人也是人们了解最少的部分，科学家哲学家们一直在寻找大脑与行为、情感、记忆、思想、意识等的关系，却缺少一个非侵入性的高分辨率的技术方法来直接观察并确立这种联系，直到上世纪末功能磁共振成像（functional magnetic resonance imaging, fMRI）的出现（Ogawa et al., 1990），既能让人们观察到大脑结构又能让人们观察大脑结构的某一部分所具有的特定功能（Clare, 1997）。fMRI机制是血氧水平依赖性（Blood oxygen level dependent, BOLD）信号的变化。 目前认识到的大多数的脑功能都是通过对任务或刺激的控制，并同时记录与任务或刺激相应的行为学上的变化和神经活动的变化来得到的。从Hubel和Wiesel电生理学上的实验，到现在神经影像学上的认知激活实验范式，都说明这种方法是很成功的。如图1被试睁眼或闭眼交替进行，这种简单的任务刺激范式所带来的BOLD信号的变化可以清楚地在大脑的特定区域看到（图1是在视觉区），从而把大脑的功能和解剖结构联系了起来（Fox et al., 2007）。这种基于任务刺激的实验范式一般都使用广义线性模型（General linear model, GLM）计算刺激或控制变量的效应，检测相应于刺激的大脑激活区，从而认识大脑的功能。 图1、传统fMRI任务激活范式的分析：睁眼闭眼任务范式和初级视觉皮层的某个体素的BOLD信号。 （引自Fox et al., 2007） 对任务状态fMRI数据的分析和处理，研究者现在一般都使用软件SPM（Friston, 1995）或AFNI（Cox, 1996），这两个软件都可以使研究者很方便地基于GLM模型来分析和处理任务状态的fMRI数据。如图2是包括2个控制变量的GLM模型，研究者需要提供给软件的是设计矩阵，即研究者的控制变量，然后使用软件SPM（Friston, 1995）或AFNI（Cox, 1996）就可以很方便地估计出控制变量的效应大小，进而找到受控制变量影响的脑区，即和任务刺激相对应而激活的脑区。
实验数据处理： 谐振频率ν=9053MHz 2.用非逐点调谐法测出I-B曲线，计算B ?和g因子
由上曲线可知：25.1r I A μ≈，315.0r B mT ≈ 0I = 48.754.6 51.72 A A μμ+=(取两侧最大值的平均值) 利用公式：1/2002/()r r I I I I I =+，计算可得：1/2002/()33.79r r I I I I I A μ=+= 则由数据和图可知: 26 B mT ?≈ 由公式 22B r r B g B g B μπν πνγγμ== = 及 可得， 查表知:226.58210MeV s -=??，1115.78810B MeV T μ--=??， 并且已求得9053MHz ν=，代入有： 622311 2905310 6.58210 2.05315.010 5.78810g π---????==??? 第二组数据如下 (反向由大到小测量) ：
由上曲线可知：26.5r I A μ≈，308.0r B mT ≈ 0I = 53.855.0 54.42 A A μμ+=(取两侧最大值的平均值) 利用公式：1/2002/()r r I I I I I =+，计算可得：1/2002/()35.70r r I I I I I A μ=+= 则由数据和图可知: 27 B mT ?≈ 由公式 22B r r B g B g B μπν πνγγμ== = 及 可得， 查表知:226.58210MeV s -=??，1115.78810B MeV T μ--=??， 并且已求得9053MHz ν=，代入有： 622311 2905310 6.58210 2.10308.010 5.78810 g π---????==??? 由以上所得两组数据的结果求平均值得：
核磁共振实验报告及数据核磁共振实验报告及数据 2011年04月20日核磁共振1了解核磁共振的基本原理教学目的2学习利用核磁共振校准磁场和测量g因子的方法3理解驰豫过程并计算出驰豫时间。重难点1核磁共振的基本原理2磁场强度和驰豫时间的计算。教学方法讲授、讨论、实验演示相结合。学时3个学时一、前言核磁共振是重要的物理现象。核磁共振技术在物理、化学、生物、医学和临床诊断、计量科学、石油分析与勘探等许多领域得到重要应用。自旋角动量P不为零的原子核具有相应的磁距μ而且其中称为原子核的旋磁比是表征原子核的重要物理量之一。当存在外磁场B时核磁矩和外磁场的相互作用使磁能级发生塞曼分裂相邻能级的能量差为其中hh/2πh为普朗克常数。如果在与B垂直的平面内加一个频率为ν的射频场当时就发生共振现象。通常称y/2π为原子核的回旋频率一些核素的回旋频率数值见附录。核磁共振实验是理科高等学校近代物理实验课程中的必做实验之一如今许多理科 院校的非物理类专业和许多工科、医学院校的基础物理实验课程也安排了核磁共振实验或演示实验。利用本装置和用户自备的通用示波器可以用扫场的方式观察核磁共振现象 并测量共振频率适合于高等学校近代物理实验基础实验教 学使用。二、实验仪器永久磁铁含扫场线圈、可调变阻器、探头两个样品分别为、和、数字频率计、示波器。三、实
验原理一核磁共振的稳态吸收核磁共振是重要的物理现象核磁共振实验技术在物理、化学、生物、临床诊断、计量科学和石油分析勘探等许多领域得到重要应用。1945年发现核磁共振现象的美国科学家Purcell和Bloch1952年获诺贝尔物理学奖。在改进核磁共振技术方面作出重要贡献的瑞士科学家Ernst1991年获得诺贝尔化学奖。大家知道氢原子中电子的能量不能连续变化只能取分立的数值在微观世界中物理量只能取分立数值的现象很普通本实验涉及到的原子核自旋角动量也不能连续变化只能取分立值其中I称为自旋量子数只能取0123?6?7等整数值或1/23/25/2?6?7等半整数值公式中的h/2π而h为普朗克常数对不同的核素I分别有不同的确定数值本实验涉及质子和氟核F19的自旋量子数I 都等于1/2类似地原子核的自旋角动量在空间某一方向例如z方向的分量也不能连续变化只能取分立的数值Pzm 。其中量子数m只能取II-1?6?7-II-I等2I1个数值。自旋角动量不为零的原子核具有与之相联系的核自旋磁矩其大小为 1 其中e为质子的电荷M为质子的质量g是一个由原子核结构决定的因子对不同种类的原子核g的数值不同g称为原子核的g因子值得注意的是g可能是正数也可能是负数因此核磁矩的方向可能与核自旋动量方向相同也可能相反。由于核自旋角动量在任意给定z方向只能取2I1个分立的数值因此核磁矩在z方向也只能取2I1个分立的数值。2 原子核的磁
MRI基本知识总结 2014-09-05朗润医疗 1加权像高信号的产生机制 一般认为，T1加权像上的高信号多由于出血或脂肪组织引起。但近年来的研究表明，T1加权高信号尚可见于多种颅内病变中，包括肿瘤、脑血管病、代谢性疾病以及某些正常的生理状态下。 在射频脉冲的激发下，人体组织内氢质子吸收能量处于激发状态。射频脉冲终止后，处于激发状态的氢质子恢复其原始状态，这个过程称为弛豫。在弛豫过程中，氢质子将其吸收的能量释放到周围环境中，若质子及所处晶格中的质子也以与Larmor频率相似的频率进动，那么氢质子的能量释放就较快，组织的T1弛豫时间越短，T1加权像其信号强度就越高。T1弛豫时间缩短者有3种情况：其一为结合水效应；其二为顺磁性物质；其三为脂类分子。 一．结合水效应 小分子的自由水（如脑脊液）具有非常高的运动频率，它的运动频率要远高于MRI的Larmor频率，其T1弛豫时间也远长于身体内其他组织，所以在T1加权像上呈低信号。如在水中加入大分子的蛋白质，那么具有极性的水分子会被带有电荷的蛋白质分子吸引而结合在蛋白质分子上，从而形成一个蛋白质水化层。在此蛋白分子水化层内的水分子受蛋白分子的吸引，致使水分子的运动频率下降，接近于Larmor频率。使其T1驰豫时间缩短，故T1加权成像时呈现出高信号改变。 二．顺磁性物质 顺磁性物质的特点是含有不成对的电子，常见的有铁、铬、钆、锰等金属、稀土元素及自由基。在磁场中顺磁性物质的磁进动与组织内质子进动相互作用，产生一个随机变化的局部微小磁场，这个微小磁场的变化频率与Larmor频率接近，从而使T1弛豫时间缩短。 三．脂类分子 纯水分子非常小，运动频率非常高，远高于Larmor频率。大分子如蛋白质和DNA分子运动频率较慢，低于Larmor频率。所以大、小分子在T1加权上均呈低信号。脂类分子为中等大小，其运动频率高于蛋白质，低于纯水，与Larmor频率相似，所以T1弛豫时间短，T1加权像呈高信号。 正常脑组织的MR信号特点 水 水分子较小，它们处于平移、摆动和旋转运动之中，具有较高的自然运动频率，这部分水在MRI称为自由水。如果水分子依附在运动缓慢的较大分子蛋白质周围而构成水化层，这些水分子的自然运动频率就有较大幅度的减少，这部分水又被称为结合水。自由水运动频率明显高于Larmor共振频率，因此，T1弛豫缓慢，T1时间较长；较大的分子蛋白质其运动频率明显低于Larmor 共振频率，故T1弛豫同样缓慢，T1时间也很长。 结合水运动频率介于自由水与较大分子之间，可望接近Larmor共振频率，因此T1弛豫颇有成效，T1时间也较上述二者明显缩短。局部组织含水量稍有增加，不管是自由水还是结合水，MR信号均可发生显而易见的变化，相比之下，后者更为明显。 认识自由水与结合水的概念有助于认识病变的内部结构，有利于对病变作定性诊断。CT检查由于囊性星形细胞瘤的密度与脑脊液密度近似而难以鉴别，而MRI检查由于囊性星形细胞瘤中的液体富含蛋白质，其T1时间短于脑脊液，在T1加权像中呈较脑脊液信号为高的信号。 又如，MRI较CT更能显示脑软化。脑软化在显微镜下往往有较多由脑实质分隔的小囊组成，这些小囊靠近蛋白质表面的膜状结构，具有较多的结合水，T1较短，其图像比CT显示得更清楚。所以MRI所见较CT更接近于病理所见。再比如，在阻塞性脑积水时，脑脊液（相当于自由水）由脑室内被强行渗漏到脑室周围脑白质后，变为结合水，结合水在T1加权像中信号明显高于脑脊液，而在T2加权像中又低于脑脊液信号。综上所述，局部组织水份增加可分为自由水和结合水，前者引起T1明显延长而远离Larmor共振频率，后者造成T1稍有延长而接近Larmor频率而致使T1加权像上信号增强。
静息态功能核磁共振技术发展及其应用 一、什么是静息态功能核磁共振技术 （一）、功能磁共振技术及其原理 人脑是自然界进化最为复杂的产物，揭示脑的奥秘是当代自然科学面临的最重大的挑战之一。近年来随着脑成像技术及神经科学的发展，人们对脑的研究已不仅局限于解剖定位，更多的是对脑功能活动基本过程的深入研究。功能磁共振成像是90年代以后发展起来的一项新技术，它结合了功能、影像和解剖三方面的因素，是一种在活体人脑中定位各功能区的有效方法，它具有诸多优势，如无创伤性、无放射性、具有较高的时间和空间分辨率、可多次重复操作等，因此，功能磁共振成像(functional magnetic resonance imaging，fMRI )作为脑功能成像的首选方法已被较广泛应用。功能磁共振成像主要是基于血流的敏感性和血氧水平依赖性(blood oxygenation level dependent，BOLD )对比度增强原理进行成像。所谓血氧水平依赖性是指大脑皮层的微血管中的血氧浓度发生变化时，会引起局部磁场发生变化，从而引起核磁共振信号强度的变化。采用基于 BOLD的功能磁共振成像技术进行脑活动研究在近十年中得到了迅速的发展，BOLD f MRI以空间和时间分辨率均较高的优势,逐渐成为对活体脑功能生理、病理活动研究的重要手段之一。其无创性和可重复性使之在临床得以迅速而广泛的应用和认同功能磁共振检查方法对人体无福射损伤，并且其时间及空间分辨率较高，一次成像可同时获得解剖影像及功能影像。功能磁共振成像原理是通过磁共振信号检测顿脑内血氧饱和度及血流量，从而间接反映神经元的活动情况，达到功能成像的目的。BOLD 技术是功能磁共振成像的基础；神经元活动增强时，脑功能区皮层的血流量和氧交换増加，但与代谢耗氧量增加不成比例，超过细胞代谢所需的氧供应量，其结果可导致功能活动区血管活动氧合血红蛋白増高，脱氧血红蛋白相对减少。脱氧血红蛋白是顺磁性物质，其铁离子有４个不成对电子，磁矩较大，有明显的Ｔ２缩短效应。因此，脱氧血红蛋白减少，导致Ｔ２＊和Ｔ２弛豫时间延长，信号増高，使脑功能成像时功能活动去抑制的皮层表现为高信号。功能磁共振成像应用于人脑功能的研究，最常用的方法是利用各种刺激诱导局部脑组织血氧水平依赖信号发生变化，间接反映神经元的活动,这种方法被称为“事件相关功能性磁共振( event-related f MRI)”。
核磁共振数据处理软件NUTS的使用说明 核磁共振数据处理软件NUTS主要包括以下几个步骤： 1、调入图谱； 4、FT变换(将FID信号转换成频率域图谱) ； 5、相位调节； 6、基线校正； 7、化学位移定标； 8、积分； 9、画图。 下面就这些步骤中最基本的内容做简单介绍，详细的说明请查阅该软件的Online Help。 1、调入图谱 启动NUTS软件，点击File→Open, 找到核磁数据目录，从该目录或它的子目录中找到名*.fid的文件，调入文件，屏幕上出现FID信号。 4、FT变换 键入“FT”，或点击上方FT图标P，将FID信号转变为频率域谱图。可用右侧滚动条、“PAGE UP”、“PAGE DOWN”或“<”,“>”调节谱峰高度。 5、相位调节 相位调节的方法有三种： a自动相位校正：键入“QP”（有时不能正确调节相位）； c 分段相位校正：点击ZOOM图标，选择某个图谱区域，键入“1” ；选择其他区域，键入“2” 。回车(enter)，键入“PE”，按住左键(left button)，左右移动鼠标，调区域1的相位，右键(right button)调节区域2的相位，完成后回车(enter)退出。 6、化学位移定标 Base Level状态下，按住鼠标左键，出现一红色“十”字光标，将光标移至要定标参考峰（TMS或溶剂峰）处，使竖线与峰重叠，按住左键的同时键入“O”，在出现的对话框中输入参考峰（TMS或溶剂峰）的化学位移值，然后点击OK，即可。必要时可将参考峰放大（方法参见下画图部分）。 8、积分 积分的方法有二种： b 手动积分(manual integral)：Base Level下，键入“ID”，左边滚动条调节积分线高低。如积分线不平，键入“B”，按住鼠标左键(left button)调整积分线左边到水平，按住鼠标右键(right button)到水平，完成后回车(enter)。左
MRI数据处理基本流程 由于MRI是断层扫描，耗费时间较长，患者在进行MRI扫描的时候不可避免的会头部挪动，导致照射出来的图像不能一一映射；不同人的头颅，脑部大小，形状都会有所差异，获得的MRI图像也千差万别，无法对其进行对比。所以我们就必须用一种算法将所有的MRI图像进行空间转换到一个比较标准的空间（目前使用较多的是被神经学家广泛认可的Talairach坐标系）将各个解剖结构一一对应后，再与标准化图谱或者不同个体之间相互比较（目前使用的是Talairach-Tournoux图谱） 本文使用的是SPM软件和MRIcro软件处理图像数据，将MRI图像进 行数据分析。 数据分析的基本流程： （1）数据预处理：○1图像格式转换○2slice timing获取时间校正○3realign头动校正○4Coregister不同成像方法间的图像融合○5nomalize 不同被试之间的图像标准化(归一化）○6smooth空间平滑《2 3 4统称图像的空间变换》 （2）模型构建与参数估计：○:1建立统计模型○2将数据应用于统计模型○3进行参数统计得到单个被试的结果，多个被试的组分析 数据预处理 SPM是一款以MATLAB为平台的软件，所以使用SPM前一定要安装MATLAB。打开MATLAB软件，界面如下：
1.图像格式转换。 在进行数据预处理第一步要先将图像格式转换成SPM可以识别的ANALYZE格式。转换之前先将原始数据放在MATLAB下面的mri image文件夹下，将路径设置成D：\MATLAB\work\mri image\ 设置过程如下： 点击红色方块所指的按钮，在弹出的窗口中选择工作路径，按确定按钮即可。 设置完工作路径后，利用如下方法，将SPM2及其所有子文件夹添加到MATLAB的搜索途径中（1.点击file按钮，在下拉菜单选择set path2.在弹出的路径设置窗口点击"Add Folder"浏览并选择目标文件夹，eg:D:\spm2\3.点击save按钮4.点击close按钮,完成添加） 在打开SPM之前，应先确定默认变量的设置是否准确，具体做法如下：1.在matlab命令窗口输入“edit spm_defaults"打开spm_defaults.m文件2.查看defaults.analyze.flip条目，确认defaults.analyze.fip值是否为1，若不是，改成1 打开SPM：在matlab命令窗口输入“spm"回车后出现下面窗口，按黄色长方形覆盖的按钮，方可打开SPM软件（或者直接输入spm fmri即可打开）
目前，脑成像数据主要有DTI、fmri、3D三种模态。这些数据在分析前都要进行格式转换，不同公司的扫描仪存储格式也不尽相同。脑成像处理软件也很多，不同软件使用的格式也不一样，所以数据转换是脑成像数据处理的第一步，必须非常清楚。这里主要以siemens的机器为准，介绍在windowx下的MRIcron的dcm2nii转换和MRIConvert转换. 从扫描中心下载的原始数据是以dicom数据格式存在的压缩文件，解压后，得到原始文件。来自siemens的扫描仪的原始文件以“IMA”下为后缀。对于功能像（fMRI）的数据，有多少个TR就有多少个IMA图像文件，即每个IMA文件就是一个完整的volume；对于DTI数据，有n个方向，有m个b0像，就有n+m张IMA图片，即n+m个完整的volume。当然有的DTI数据有的只有一个b0像，有的有6个b0像之多。对于3D结构像数据，如果扫描了128层，就会有128张IMA图像，每张图像就是一张slice，不是volume。 数据转换后，主要有spm2之前使用的Analyze格式，以及fsl和spm5和spm8使用的NifTI_1格式。Analyze格式是成对的hdr
和img文件表示一个3D的volume，而NifTI_1格式可以是3D也可以是4D的，同时可以是hdr和img成对文件，也可以是NifTI_1的nii一个文件。如下：Spm2使用3D Analyze hdr/img；spm5和spm8使用3D NifTI hdr/img.fsl使用NifTI_1的4D的nii格式。 目前数据转换主要有MRIcron的dcm2nii转换和MRIConvert转换。现在一一介绍一下： 在MRIcron的安装目录下，有一个dcm2nii.exe和dcm2niigui.exe，并且分别有：dcm2nii.nii和dcm2niigui.nii两个配置文件。dcm2nii.exe是Dos的命令行操作，而dcm2niigui.exe 是图形界面。我们首先看一下配置文件，用Notepad软件打开，找到一下参数设置： ManualNIfTIConv=1 EveryFile=1 #“1”目录下所有文件都要进行转换 [INT] MinReorientMatrix=255 #这个参数设置为255，不要改动MaxReorientMatrix=1023 其他的参数可以不用管，后面打开界面的时候还可以进行设置。点击dcm2niigui.exe，就打开了界面。首先在output format中选择输出格式：spm5（3D NifTI hdr/img）或者conpressed fsl（4D NifTI nii）格式。然后在下拉菜单help中点击reference，设置输出文件的名字，确保把不同被试的数据区分开。另外一定勾上进行图像的reorient。这个参数比较重要，确定MinReorientMatrix=255后，这
磁共振实验数据SPM8处理说明 一、数据准备 为方便后续的数据处理，如果数据分散处理后整合，建议所有处理数据路径保持一致，要统一路径。处理前首先要采用数据转换软件将dicom数据转换成SPM 解析格式，转换时格式请选择NIfTI，可用SPM输入面板中的DiCOM Import模块转换，也可以采用专门的转换软件，如MRIcovert。然后进行数据预处理，预处理结束后到matlab安装目录中备份spm*.ps文件，其中包含了空间校正和标准化的信息，然后进行建模分析。 二、数据处理流程 1：Slice Timing Spm8和以往版本一样，先安装matlab7.1以上版本，然后将spm8文件夹放在matlab安装目录中，我们一般放在toolbox文件夹中，然后启动matlab用菜单中设置路径命令增加spm8的路径并保存。之后我们运行命令：spm fmri，这样将打开spm8的操作界面， 我们称左上侧的窗口为按钮窗口(button window)，左下侧的窗口为输入窗口(input window)，右侧大窗口为树形结构窗口或图形窗口(Tree Building Window or the graphics window)。
Slice Timimg用来校正1个volume中层与层之间获取(采集)时间的差异，对事件相关设计的实验尤为重要。我们在按钮窗口中的预处理面板中点击“Slice Timimg”，将出现如下对话框： 在spm8和spm5中，每一步处理都采用了直观的“树形结构”的面板，如果一个分支项左面有“+”号，你可以双击显示子分支项，如果一个分支项右面有“<—X”号，你必须为之指定选项(否则不能运行该tree)，分支项的选项在其右侧面板指定，而帮助信息则在下面的面板中显示。如果我们处理数据没有特殊需求，我们只关心带有“<—X”项目并完成输入即可，其余均可采用默认设置。另外注意在Tree Building Window的顶部菜单，新增了一个菜单项“TASKS”，在使用批处理分析时非常重要。对上图右侧选项我们做如下设置：Data，点击data并在下面的面板中点击“new session”,这样在data下会出现“session”的分支项，选中该项并点击面板下方的“select files”，然后用spm文件选择器选择你要处理的数据，最后点击“down”。选择数据时可以把静息态、数值任务和物理大小任务分为三个session来选（data——new session——session），也可以作为一个session来选，结果是一样的。 Number of Slices，我们输入每祯图像的层数，如“32” TR，我们输入重复时间，一般为2秒，我们输入“2” TA，是每祯图像获取第一层开始到获取最后一层图像的时间间隔，我们输入TR-TR/nslice，可直接输入公式，如我们输入“2-2/32”
五、数据记录与数据处理 水平场：0.201A 垂直场：0.015A 共振频率峰谷 水平方向 波峰 波谷 水平方向（正） 527.0kHz 359.2kHz 778.0 kHz 546.0 kHz 水平方向（反） 331.1 kHz 487.4 kHz 505.0 kHz 733.0 kHz 亥姆霍兹线圈参数： 水平场 扫场 垂直场 线圈匝数N/匝 250 250 100 有效半径r/m 0.2676 0.242 0.153 其中85Rb 的共振频率为：527.0kHz, 359.2kHz, 331.1kHz, 487.4kHz 87 Rb 的共振频率为；778.0kHz, 546.0kHz, 505.0kHz, 733.0kHz 85 Rb 共振信号对准波谷时，朗德因子g 及其相对误差： V=（359.2kHz+487.4kHz ）/2=423.3kHz g f =-343-24-4 6.62610423.3109.27100.8610 ??????≈0.35 理论值g f 理论= 3 1 ，相对误差为3 131 -35.0×100%≈5% 共振信号对准波峰时，朗德因子g 及其相对误差： V=（527.0kHz+331.1kHz ）/2=429.05kHz g f =-343-24-4 6.62610429.05109.27100.8610 ??????≈0.36
理论值 g f 理论= 3 1 ，相对误差为1 0.36-313 ×100%≈8% 87 Rb 共振信号对准波峰时，朗德因子g 及其相对误差： V=(778.0kHz+505.0kHz)/2=641.5KHz g f =-343-24-4 6.62610641.5109.27100.8610 ??????≈0.53 理论值g f 理论= 2 1 ，相对误差为2 121 -53.0×100%≈6% 共振信号对准波谷时，朗德因子g 及其相对误差： V=（733.0kHz+546.0kHz ）/2=639.5KHz g f =-343-24-4 6.62610639.5109.27100.8610 ??????≈0.532 理论值g f 理论= 2 1 ，相对误差为1 0.532-212 ×100%≈6.4% 85 Rb 的朗德因子g 及其相对误差： V=（527kHz+359.2kHz+331.1kHz+487.4kHz ）/4=426.18kHz g f =-343-24-4 6.62610426.18109.27100.8610 ??????≈0.35 87 Rb 的朗德因子g 及其相对误差： V=(778.0kHz+546.0kHz+505.0kHz+733.0kHz)/4=640.5kHz g f =-343 -24-4 6.62610640.5109.27100.8610 ??????≈0.53
版本Mestrec 351 与Mestrec 317 操作相同, 如下: 打开fid 法1:
第九届功能磁共振数据处理基础班 思影科技将于2018年9月26日--2018年9月30日(周三-周日)举办第九届功能磁共振数据处理基础班（详见课表安排）。 1、培训简介 功能神经影像技术已成为研究认知和脑疾病的重要手段。利用神经影像技术（如静息态和任务态fMRI、弥散张量成像DTI、脑网络、脑结构等），研究人员可以更深入地理解脑疾病及寻找治疗靶点，近10年来，国际上基于该技术在脑疾病、心理与认知科学、人工智能等领域发表的论文数量呈指数级上升趋势，国内医学界也开始在脑科学研究领域发力。然而许多临床医生及研究者对数据处理并不十分了解，限制了科研进度。 扎实掌握相关数据处理技术是脑影像研究的关键，为此，思影科技拟举办磁共振脑成像数据处理分析基础班，通过手把手教学，帮助临床医生与初入门的科研人员快速掌握磁共振脑影像数据处理分析操作技能，从而提高专业人员开展神经影像相关研究工作的水平。 2、培训对象与内容 此次培训的对象是希望利用脑影像技术进行脑科学研究的医生、高校教师与在校学生等，思影科技一直坚持小班教学的方式，并配备教辅人员，后续提供在线支持，及时解决学员数据处理中存在的问题。 培训内容主要包括：fMRI技术的基础知识、实验设计、静息态数据预处理与统计检验(初步、高级统计及多重比较校正），软件作图，任务态数据处理，脑结构数据处理,SPM、VBM操作，独立成分分析（ICA）等。 注：如方便，请于会议开始前一天到达会场（10:00-20:00）熟悉场地及安装软件、拷贝资料等事宜。
4、培训人数 此次培训限定人数20人左右，报名敬请从速。 5、培训地点 重庆市渝中区青年路38号重庆国贸中心2004#，具体见会议指南。 6、培训费用 所有参会人员3000/人（含资料费、培训费，交通及食宿费自理）。 7、报名方式 请将报名回执发送至：syfmri@https://www.doczj.com/doc/a44265610.html,，我们会第一时间联系您。 8、缴费方式 银行转账（转账信息见回执表）或者支付宝（185*******，户名：杨晓飞），谢绝录像，主办方提供发票。 9、联系方式 联系人：杨晓飞。 电话：023-********/185**********。 10、备注 请各位培训学员自带笔记本电脑（Windows64位系统、i5、4G内存、50G 剩余存储空间等基本配置；苹果Mac电脑用户如方便请提前使用Bootcamp加装Windows64位系统）；学员自己有数据的可以带3-5例进行现场处理；并在9月10日前进行缴费及将回执表发给彭小姐，便于培训安排。 报名回执表
ACD/Labs二维核磁数据处理实用手册 高级化学发展有限公司Advanced Chemistry Development（以下简称ACD/Labs）成立于1994年，总部位于加拿大多伦多市。ACD/Labs是一家将化学结构与分析化学信息进行有效结合、进而产生全面分析化学管理系统（英文简称ChemAnalytics）的化学软件公司。其主要功能包括未知化学物质结构解析、谱图预测和解释、分析数据处理与管理、理化性质和药物代谢毒性预测、色谱分离、医药化学、新药试剂合成、化学系统命名、以及化学专利和论文的发表。ACD/NMR Processor为ACD/Labs众多模块中的一个。 ACD/NMR Processor功能简介: 1.包含1D和2DNMR数据处理以及ACD/ChemSketch画图软件 2.兼容性好，可以处理Bruker、Varian、Thermo Scientific、JEOL、Tecmag、ASCII、 GE、Acorn NMR、Lybrics、JCAMP、MSI Felix等核磁数据。 3.自动获取多重谱峰信息且数据导出专业化（可以按照国外著名期刊要求导出，数 据可直接用于文章的发表或论文的写作）。 4.宏命令自动处理谱图 5.类PPT操作界面。 6.一键处理傅里叶转换、相位校正、基线校正等。 7.支持手动、自动取峰和积分。 8.数据能按照强度或者等值线图表显示。 9.应用Magnitude spectrum, Power spectrum以及Symmetrization命令。 10.谱图叠加处理功能。 11.可将1D谱图添加到2D谱图中 12.通过化学位移和耦合常数建立2D核磁谱图 13.另外还具有差谱处理、化学结构导入、谱图注释标记、自动识别氘代试剂等功能 搭配NMR Predictor还可实现： 1.自动验证化学结构与谱图的匹配度。 2.自动归属1D和2D核磁数据。
T1加权，TIWI T2加权T2WI T1是纵向弛豫时间，T2 是横向弛豫时间 不同的物质，在T1WI、T2WI、PdWI上的成像信号是不同的（质子密度（proton density，PD）图像则主要反映组织的质子含量差别。）比如骨髓，在T1、T2都是白色的，PdWI上是灰白的，水在T1WI 上黑T2WI 黑灰在PdWI上表现为白
短T1组织是脂肪，蛋白质。中T1组织是脑，长T1组织是肌肉。椎管内由于充满脑脊液，所以在T1加权像上呈现低信号， T1和T2是 组织在一定时间间隔内接受一系列脉冲后的物理变化特性，不同组织
有不同的T1和T2，它取决于组织内氢质子对磁场施加的射频脉冲的 反应。 T1加权像、T2加权像为磁共振检查中报告中常提到的术语，很多非专业人士不明白是什么意思，要想认识何为T1加权像、T2加权像， 请先了解几个基本概念： 1、磁共振(mageticresonanceMR)；在恒定磁场中的核子，在相应的 射频脉冲激发后，其电磁能量的吸收和释放，称为磁共振。 2、TR(repetitiontime)：又称重复时间。MRI的信号很弱，为提高M R的信噪比，要求重复使用同一种脉冲序列，这个重复激发的间隔时 间即称TR。 3、TE(echedelaytime)：又称回波时间，即射频脉冲放射后到采集回 波信号之间的时间。 4、序列(sequence)：指检查中使用的脉冲程序-组合。常用的有自旋回波(SE)，快速自旋回波(FSE)，梯度回波(GE)，翻转恢复序列IR)， 平面回波序列(EP)。 5、加权像(weightimage．WI)：为了评判被检测组织的各种参数，通过调节重复时间TR。回波时间TE，可以得到突出某种组织特征参数 的图像，此图像称为加权像。 6、流空效应(flowingvoid effect)：心血管内的血液由于流动迅速， 使发射MR信号的氢质子离开接受范围，而测不到MR信号。 7、MR血管成像：有两种血管成像的模式，一是时间飞越法time Of flight即TOF法；二是相位对比法phase contrast即PC法。前者
NMR数据处理软件NUTS的使用说明 一．NUTS软件的使用说明 核磁共振数据的处理主要包括以下几步： 1．FT变换（将FID数据转换成通常的频率域图谱） 2．谱峰调相位 3．谱图基线校正 4．化学位移定标 5．谱图积分 6．作图 下面就这些步骤中最基本的内容作简单介绍，详细的说明请查阅该程序的ONLINE HELP. 1，谱图转换 启动NUTS软件，打开文件夹，在你的PC机上找到核磁数据目录，从该目录或它的子目录中找到名为fid的文件，打开该文件时会出现一对话框：Want to try an Auto Detect Import? 选择“是”，屏幕上出现FID信号，键入FT，将FID信号转变为谱图。 2．调相位 键入ZO或双击左键选择左侧一段（一般是谱图的最左侧）后键入1，再选择右侧一段（一般是谱图的最右侧）后键入2，回车，键入PE，揿住鼠标左键将左侧基线调平，再单击右键，然后揿住右键将右侧基线调平，回车。 也可以通过键入PH，或用光标点击PH图标，按住mouse左键，左右移动mouse,可调谱的零级相位，同样方式，右键可调谱的一级相位，相位调好后回车，退出调相位功能。 3．基线校正 键入BC，BF，自动基线校正；对于高版本可以直接键入FBLP自动基线校正。 4．定标 按住mouse左键，出一红色“十”光标，将光标移至要定标的TMS或溶剂峰处，使竖线与峰重叠，同时打“O”,出一对话框，输入TMS或溶剂峰的化学位移数值，然后点击OK即可，比如在CDCl3作溶剂时键入O在对话框中键入7.26然后点击OK即可。 5．积分 键入AI或用光标点击“AI”图标，对谱图做自动分段积分，如要调积分线相位，则键入“ID”，再键入“B”，类似于调谱图相位，按住mouse左键或右键，左右移动mouse，可分别调积分线的零级或一级相位，完成后回车，退出ID功能。如对某一处分段积分不满意，要重新分段，可按一下mouse左键，屏幕上出现一红色竖线，将此线移至不满意的积分线处，打“D”，原来的积分线消失，再按一下左键，将红线移至要积分的峰的左侧，按一 下左键，再移至峰的右侧，再按一下左键，就完成了对这组峰的积分，全部完成后回车，退出积分功能。 6．化学位移 键入PP或用光标点击“PP”图标，然后拖住鼠标至合适的高度揿左键，键入M即可给选定高度以上的峰标出化学位移。对于高版本Nuts可以通过如下操作删除或添加化学位移值。