细菌DNA特征序列鉴定法（新增） 细菌DNA特征序列鉴定法系以特征核酸序列作为目标检测物，用于药用原料、辅料、制药用水、中间产品、终产品、包装材料和环境等药品全生命周期质量控制中细菌的鉴定。 本法通过对细菌16S rRNA基因特征序列的测定，实现细菌的生物学鉴定。细菌16S核糖体RNA基因（16S ribosomal RNA gene, 16S rRNA基因）全长约1500 bp，包含9个可变区（Variable region, V区）和10个恒定区（Constant region, C区），在结构与功能上具有高度保守性，是细菌分类和鉴定中得到广泛应用的DNA特征序列之一。 实验环境和仪器的一般要求 开展细菌鉴定试验的环境应具备分子生物学实验室的基本条件，并符合相应级别的生物安全要求。 所用仪器有电子天平、离心机、冰箱、恒温仪、紫外分光光度仪，聚合酶链式反应分析仪（Polymerase chain reaction analyzer，PCR仪）、电泳仪、凝胶成像仪、核酸测序仪等。 试剂及其制备方法 三羟甲基氨基甲烷-乙二胺四乙酸钠缓冲液（TE缓冲液，pH 8.0）称取三羟甲基氨基甲烷12.1 g，加适量纯化水搅拌溶解，并稀释至100 ml，用盐酸试液调节pH值至8.0，得到1 mol/L储备液；称取乙二胺四乙酸二钠18.6 g，加适量纯化水搅拌溶解，并稀释至100 ml，用氢氧化钠试液调节pH值至8.0，得到0.5 mol/L储备液。取三羟甲基氨基甲烷储备液10 ml，乙二胺四乙酸二钠储备液2 ml，加纯化水稀释至1000 ml，121℃灭菌15分钟。 PCR反应缓冲液（pH 8.3）称取三羟甲基氨基甲烷12.1 g，氯化钾37.3 g，氯化镁2.4 g，加适量纯化水搅拌溶解，并稀释至1000 ml，用盐酸试液调节pH 值至8.3，121℃灭菌15分钟。 电泳缓冲液（TAE缓冲液，pH 8.0）称取三羟甲基氨基甲烷 4.84 g，冰乙酸1.14 ml，乙二胺四乙酸二钠0.75 g，加适量纯化水搅拌溶解，并稀释至1000 ml，用氢氧化钠试液调节pH值至8.0。
普通细菌培养鉴定操作规程 1 检验目的 做疾病的病原学诊断，查找于疾病有关的病原菌以及了解微生物与疾病的关系，指导临床治疗及预后和流行病学的调查。 2 原理 人体很多部位与外界相通，存在栖息菌群，但不致病，当菌群失调或分离到致病菌则具有临床意义；另外机体某些部位是无菌的，如检出细菌则视为致病菌。并排除采样及操作污染。 3 标本要求 （1）标本类型：血液，骨髓，脑脊液，胸水，腹水，尿液，等体液；痰液，前列腺液，脓液，组织分泌物或穿刺液等。 （2）标本采集：见标本采集手册 （3）标本储存和运输：室温放置，室温运输并立即送检。 （4）标本拒收状态：非无菌方式采集的标本或未按要求部位采取的标本。 4 容器和添加剂类型 均使用灭菌器皿盛放标本 5 试剂 （1）试剂名称：革兰氏染液、氧化酶试剂、3%触酶、血平板、中国蓝平板、SS平板、柯玛嘉平板、相关生化试剂等。 6仪器设备： （1）接种针、接种环、酒精灯 （2）梅里埃ATB药敏鉴定仪 （3）显微镜、SPX-150B型生化培养箱、超净工作台、台式离心机、天平 7 校准程序 (送市计量质量检测研究所校准) 8操作步骤
（1）所有标本按照培养目的增菌培养12-18小时后盲目接种，血培养发现阳性立即进行接种。 （2）接种：以上增菌标本及其他临床标本用接种环取标本接种环划线血平板及其他选择性培养基上,35℃培养过夜，观察结果。 （3）涂片：肉眼见细菌生长，取生长物涂片做革兰氏染色； （4）纯培养：根据需要接种血平板、巧克力、中国蓝/柯玛嘉或厌氧平板过夜培养以获得纯培养。 （5）鉴定：按照鉴定仪要求调配菌液浓度，细菌的鉴定见梅里埃ATB微生物鉴定系统 9质量控制： 参加我科质量管理小组组织的各项质量控制活动 10 生物参考区间 血液，尿液，脑脊液等无菌部位采取的标本未见细菌生长；其他标本如大便，痰液为正常菌群或未见致病菌。 11 患者检验结果的可报告区间 细菌鉴定到种或属；菌群调查报告比例。 12 临床意义： 为医生提供病原学诊断，并为进一步药敏实验提供依据。
菌落 定义：指单个细菌在平板培养基上生长繁殖，形成单一肉眼可见的细菌集团。 菌落特征：大小、形状、边缘、颜色、表面、透明度、湿润度、黏度、溶血性。 2、细菌在液体培养基中的生长现象 混浊 沉淀：多见于链状排列的细菌。 菌膜：多见于厌氧菌。 3、细菌在半固体培养基中的生长现象 有鞭毛细菌： 在培养基中沿穿刺线并向外扩散生长，穿刺线边缘模糊。 无鞭毛细菌： 只沿穿刺线生长，穿刺线边缘清晰。 生化试验鉴定：糖发酵试验、淀粉实验、油脂水解试验、吲哚实验、M.R.及V.P的原理及方法。 1.淀粉水解试验 1.将固体淀粉培养基熔化后冷却至50℃左右，无菌操作制成平板。 2.用记号笔在平板底部划成4部分。 3.将枯草芽孢杆菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌分别在不同的部分点种， 在平板的反面分别在4部分写上菌名。 4将平板倒置在37℃温箱中培养48h。 5观察各种细菌的生长情况，打开平板盖子，滴入少量卢氏碘液于平板中，轻轻旋转平板，使碘液均匀铺满整个平板。如菌苔周围出现无色透明圈，说明淀粉已被水解，为阳 性。透明圈的大小可初步判断该菌水解淀粉能力的强弱，即产生胞外淀粉酶活力的高低。 2油脂水解试验 1将熔化的固体油脂培养基冷却至50℃左右时，充分摇荡，使油脂均匀分布，无菌操作 倒入平板，待凝。 2用记号笔在平板底部划成4部分，分别在4部分标上菌名。 3用无菌操作将枯草芽孢杆菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌分别划接种 于平板的相对应部分的中心。 4将平板倒置，37℃温箱中培养48h。 5取出平板，观察菌苔颜色。如出现红色斑点，说明脂肪水解，为阳性反应。 3糖发酵试验 1用记号笔在各试管外壁上分别标明发酵培养基的名称和所接种的细菌菌名。 2取葡萄糖发酵培养基试管3支，分别接入大肠杆菌、普通变形杆菌，第三支不接种， 作为对照。另取乳糖发酵培养基试管3支，同样分别接入大肠杆菌、普通变形杆菌，第 三支不接种，作为对照。在接种后，轻缓摇动试管，使均匀，防止倒置的小管进入气泡。 3将接过种和作为对照的6支试管均置37℃中培养48h。 4观察各试管颜色变化及徳汉氏小管中有无气泡。 4吲哚试验 1用接种针将大肠杆菌、产气肠杆菌分别接入2支蛋白胨水培养基中，置37℃中培养 48h。 2于培养48h后的蛋白胨水培养基内加入3~4滴乙醚，摇动数次，静置1min，待乙醚
痢疾杆菌的分离与鉴定 濮阳市疾病预防控制中心 许银怀 第一节概述 志贺菌属（Shigellae）细菌又称痢疾杆菌，引起人类及灵长类动物细菌性痢疾。 1899年由日本人志贺首先发现。 全球每年感染人次约为1.65亿，死亡110万，发病率、死亡率居感染性腹泻之首位。 发展中国家发病率较高，如阿根廷990.6／10万、印度972.3／10万；发达国家相对较低，如美国6～12／10万、德国2.7／10万、法国0.3／10万；我国上世纪50～80年代发病率在46.37～1018.93／10万之间。 近20年痢疾发病率在法定传染病中由第一位降至第三位，但在卫生状况不良的地区，发病率仍居高不下。 人群对细菌性痢疾普遍易感，各年龄组均可受到感染，5岁以下儿童发病率最高。 据估计，在临床就诊的腹泻病人中的5%～15%是志贺菌引起的，而因腹泻死亡病例中有75%是志贺菌感染造成的。 发展中国家福氏志贺菌最常见，发达国家以宋内志贺菌为主。美国
宋内志贺菌>75%，但在男-男性行为人群仍以福氏志贺菌常见。 鲍氏志贺菌最先在印度发现，除印度次大陆地区较为常见外，其它地区较为少见。 细菌性痢疾发病有明显的季节性，发病高峰为夏秋季，通常在7～9月份。 细菌性痢疾防治仍需探索、研究内容： 细菌性痢疾在不同地区、不同人群的发病强度、分布特征、病原学特点缺乏全面、准确的数据； 缺乏快速、简便的病原学诊断方法，细菌性痢疾漏诊和误诊现象普遍； 志贺菌耐药性谱的不断扩大，细菌性痢疾抗菌治疗难度加大； 洗手、母乳喂养、安全饮水、粪便无害化处理等行之有效的干预措施的落实需要强化； 目前所用痢疾菌苗免疫保护效果仍需进一步评价。 第二节病原学 一、抗原分类 志贺菌属细菌有菌体（O）抗原，某些新分离菌株有表面（K）抗原。 (一) 菌体（O）抗原 1.型特异性抗原：多糖，光滑型菌株主要抗原；分A、B、C、D 4个群及35个抗原型。 2.群特异性抗原：光滑型菌株次要抗原，主要存在于B群，籍此将菌型分
16S rDNA鉴定细菌的方法 细菌16S rDNA鉴定主要分为7个部分： 1.提取细菌基因组DNA, 2.设计/选择引物进行PCR扩增，电泳检测纯度与大小。 3.琼脂糖凝胶电泳分离 4.胶回收目的片段 5.目的片段测序。 6.BLAST比对获取相似片段。 7.构建系统进化树 试剂： 1、培养基：通常选择组分简单且细菌生长良好的培养基（培养基组分过于复杂会影响DNA 的提取效果，也可以在裂解细菌前用TE缓冲液对菌体进行洗涤。）。 2、1M Tris-HCl (pH7.4, 7.6, 8.0)（1L）：121.1g Tris，加浓盐酸约（70ml, 60ml, 42ml），高温高盐灭菌后，室温保存。冷却到室温后调pH，每升高1℃，pH大约下降0.03个单位。 3、0.5M EDTA（pH8.0）（1L）：186.1g Na2EDTA?2H2O，用NaOH调pH至8.0（约20g）,高温高压灭菌，室温保存。 4、10×TE Buffer(pH7.4，7.6，8.0)（1L）：组分：100 mM Tris-HCl，10 mM EDTA。1M Tris-HCl （pH7.4，7.6，8.0）取100ml，0.5M EDTA（pH8.0）取20ml。高温高压灭菌，室温保存。1×TE Buffer用10×TE Buffer稀释10倍即可。 5、10%SDS（W/V）：称10g，68℃加热溶解，用浓盐酸调pH至7.2。室温保存。用之前在65℃溶解。配置时要戴口罩。 6、5M NaCl：称292.2gNaCl，高温高压灭菌，4℃保存。 7、CTAB/NaCl（10%CTAB，0.7M NaCl）：溶解4.1g NaCl，加10g CTAB（十六烷基三甲基溴化铵），加热搅拌。用之前在65℃溶解。 8、氯仿/异戊醇：按氯仿：异戊醇=24：1（V/V）的比例加入异戊醇。 9、酚/氯仿/异戊醇（25：24：1）：按苯酚与氯仿/异戊醇=1：1的比例混合Tris-HCl平衡苯酚与氯仿/异戊醇。 10、TAE缓冲液：使用液1×：0.04 mol/L Tris-乙酸，0.001 mol/L EDTA。浓储存液50×：242g Tris，57.1 ml 冰醋酸，100 ml 0.5 mol/L EDTA (pH8.0)。 11、6×上样缓冲液（100 ml）：0.25%溴酚蓝（BPB），40%蔗糖，10 mmol/L EDTA (pH8.0)（0.2 ml），4℃保存。 12、0.6%琼脂糖凝胶：称取0.3g琼脂糖用TAE溶液配置50 ml。
(1)小量提取细菌基因组总DNA a.挑LB平板上新鲜活化的单菌落于5mL LB培养基中，25℃震荡培养24 h； b.转移3mL菌液于5mL离心管中，4℃，12000r/min，离心5min，弃掉上清； c.将细菌沉淀物用0.5mol/L NaCl洗一次，尽量空干上清液； d.将沉淀重悬于1mL 50mmol/L Tris (pH 8.0)缓冲液中，然后加入0.2mL新鲜配置的溶菌酶溶液(10mg/mL in 0.25mol/L Tris，pH8.0)和0.8mL 0.25mol/L的EDTA溶液，混匀后于37℃处理1 h，再加入200μL 10%SDS溶液，混匀后放置于55℃处理5min； e.加入等体积的酚-氯仿(1:1)，盖好上下颠倒混匀3min，12000r/min，离心10min； f.转移上相至新的离心管中，重复上个步骤直到无白色变性蛋白层出现； g.取上清，加入3μL 10mg/mL的去DNase的RNase溶液，37℃水浴1h； h.重复步骤e； i.在上相中加入1/10体积的3mol/L NaAc(pH 5.2)和2倍体积的冷无水乙醇，-20℃放置30min；. j.4℃，12000r/min离心10min，弃上清液，沉淀用70%乙醇洗两次，干燥后溶于100μL的TE中，-20℃保存备用。 (2) PCR扩增16S rDNA序列 a. 以上述细菌基因组总DNA为模板，.扩增所用引物为， 上游引物：5’-GAG AGT TTG ATC CTG GCT CAG-3’；（27F） 下游引物：5’-AAG GAG GTG ATC CAG CCG CA-3’。（1492R） b. PCR反应体系参见PCR扩增试剂盒说明书 c. PCR反应条件也主要参考说明书 94℃预变性5min，94℃ 45s，56.2℃ 45s，72℃ 90s，30个循环； 72℃ 10min，4℃保温。 d. PCR产物用1.0%琼脂糖凝胶电泳检测 e. PCR产物测序。 (3)构建进化树 将菌株16S rRNA的序列与GenBank数据库中序列比对，构建系统发育树。
是的，要做PCR。 首先你要提出细菌的DNA。 方法如下： 1、液体培养及保种：从斜面上挑取菌苔于液体培养基中放摇床上震荡（转速160r/min）培养16小时。吸取菌液于1.5ml的经过灭菌的EP 管中，再加甘油（30-40%）进行保种。（-80摄氏度保藏2年） 2、提取DNA（CTAB法）： （1）取1.5ml菌液于1. 5ml离心管中，12000r/min离心2min，弃上清。（2）向沉淀物中加入350ul双蒸水，重新悬浮沉淀。 （3）加入20ul10%SDS和3ul的蛋白酶K（20mg/ml），溶菌酶3ul，混匀，于50℃温育1h。 （4）加入50ul 5mol/L NaCl溶液，充分混匀，再加入50ul CTAB/NaCl 溶液，混合后再65℃温育30min。 （6）冷却后加入等体积的酚(沉淀蛋白质)：氯仿：异戊醇（增强酚的作用）（25:24:1），小心上下颠倒混匀，12000r/min离心5min，将上清液转移到新的EP管，重复此步骤2-3次，直至分层界面无白色沉淀。 （7）加入等体积的氯仿：异戊醇（24:1），小心颠倒混匀，12000r/min 离心5min将上清液转移到新的EP管。（纯化作用） （8）加入0.6倍体积的异丙醇，轻轻混合直到DNA沉淀下来，12000r/min离心15min弃上清。
（9）向离心管中加入75%乙醇，12000r/min离心5min洗涤DNA沉淀，小心弃上清，重复洗涤1次，弃上清将离心管倒置于吸水纸上，晾干。（10）加入50ul（双蒸水）/ TE Buffer溶解DNA于4℃保存。 （11）电泳检测 6、PCR扩增：（细菌的通用引物为27F和1492R）将提取得到的DNA 进行PCR扩增，电泳检测扩增得到的16S rDNA（如果菌类分明，条带清晰，PCR原液可直接送去测序，双向测通，得到测序序列后到NCBI的BLAST页面比对，得出鉴定结果） 7、酶切带型分型确定操作单元：将扩增产物用HhaI和HaeIII两种限制性内切酶进行酶切，电泳检测酶切产物，酶切带型相同的分为一个操作单元。 8、连接转化：从每一个操作单元中选取一株菌的16S rDNA进行连接实验。将连接产物转入感受态细胞中，将感受态细胞涂布于含有Amp的平板上，倒置培养12-16h。 9、克隆子挑选及PCR鉴定：从上一步的平板上挑取单菌落于含有Amp的液体培养基中震荡培养12h，以培养液为模板直接进行PCR 扩增鉴定（1000-2000bp）。将含有目的片段的克隆子菌液低温保存。 10、测序：将含有目的片段的克隆子菌液送去测序。 11、序列拼接：运用DNAMAN软件对测序得到的序列进行拼接。 12、建树：对拼接得到的序列用Blast进行比对，最后将比对得到的所有序列运用MEGA6建立系统发育树。
菌种鉴定的分子生物学方法 ——16S rDNA测序鉴定菌种 一．原理 细菌中包括有三种核糖体RNA，分别为5S rRNA、16S rRNA、23S rRNA。5S rRNA虽易分析，但核苷酸太少，没有足够的遗传信息用于分类研究；23S rRNA含有的核苷酸数几乎是16S rRNA的两倍，分析较困难。而16S rRNA相对分子量适中，又具有保守性和存在的普遍性等特点，序列变化与进化距离相适应，序列分析的重现性极高，因此，现在一般普遍采用16S rRNA作为序列分析对象对微生物进行测序分析。16S rRNA对应于基因组DNA上的一段基因序列称为16S rDNA，rRNA基因由保守区和可变区组成。在细菌的16SrDNA中有多个区段保守性，根据这些保守区可以设计出细菌通用物，可以扩增出所有细菌的16SrDNA片段，并且这些引物仅对细菌是特异性的，也就是说这些引物不会与非细菌的DNA互补，而细菌的16S rDNA可变区的差异可以用来区分不同的菌。因此，16SrDNA可以作为细菌群落结构分析最常用的系统进化标记分子。随着核酸测序技术的发展，越来越多的微生物的16S rDNA序列被测定并收入国际基因数据库中，只要将基因序列放入基因数据库进行对比，便可快速的鉴定所测定的细菌种属，这样用16Sr DNA作目的序列进行微生物群落结构分析更为快捷方便。二．技术路线 该方法包括细菌基因组DNA提取、16S rDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA 测序、序列比对等步骤。具体技术路线如下： 三．方法步骤 （一）细菌基因组DNA提取（酶解法） 1. 挑取单菌落接种到10 mL LB培养基中37℃振荡过夜培养。
万方数据
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菌种保藏中的细菌鉴定方法 作者：杜昕波， 赵耘， 李伟杰， DU Xin-bo， ZHAO Yun， LI Wei-jie 作者单位：中国兽医药品监察所,北京,100081 刊名： 中国兽药杂志 英文刊名：CHINESE JOURNAL OF VETERINARY DRUG 年，卷(期)：2009，43(3) 引用次数：0次 参考文献(6条) 1.兽医微生物学 2005 2.医学微生物学实验技术 2006 3.程池.杨梅.李金霞.姚粟.胡海蓉Biolog微生物自动分析系统--细菌鉴定操作规程的研究[期刊论文]-食品与发酵工业 2006(5) 4.杜昕波.赵耘.李伟杰.康凯.陈敏.张媛利用BIOLOG系统对不同种类细菌鉴定的研究[期刊论文]-中国兽药杂志2008(9) 5.原核生物系统学 2007 6.常见细菌系统鉴定手册 2001 相似文献(8条) 1.学位论文杜蓉分枝杆菌分枝菌酸的反相高效液相色谱分型鉴定技术方法研究与应用2008 结核病具有高流行性和高传染性，至今仍是一个严重的公共卫生问题。WHO已将结核病作为重点控制的传染病之一，据估计全球约有1/3的人感染结核菌，每秒有1个新增病例（WHO，2006年）。分枝杆菌在微生物分类中属于放线菌目、分枝杆菌科，临床主要致病的是结核分枝杆菌（MTB），此外还有非结核分枝杆菌（NTM），NTM所引起的结核样病变与结核临床表现相似，但治疗方案和抗药性根据不同种属有所不同。因此对分枝杆菌做出及时准确的分型鉴定、检测对控制结核病疫情具有十分重要的现实意义。 分枝菌酸（MA）是一类高分子量的含有α-支链、β-羟基脂肪酸的化合物，是所有分枝杆菌细胞壁脂质的主要组分，其脂肪酸上碳链的长度、不饱和状态、官能团及其含量与生物种型有关，且各生物种型之间MA呈现指纹特征。 本论文的目的是通过采用反相高效液相色谱法（RP-HPLC）分析比较样品中MA之间的差异，建立快速灵敏准确的分枝杆菌种间分型鉴定的HPLC标准方法，并构建分枝杆菌标准菌株的MA指纹谱库，为分枝杆菌的分型鉴定提供了重要的技术方法和谱库数据补充。全文分为四章： 第一章前言，简要介绍了分枝杆菌分型鉴别及检测方法的研究现状和存在问题，尤其介绍了HPLC方法的应用。并在此基础上提出了本论文的研究目的和研究内容。 第二章建立了以甲醇和二氯甲烷为流动相的梯度洗脱RP-HPLC法。分枝杆菌经过接种、培养、皂化、酸化及衍生化后，采用RP-HPLC进行分析，建立了快速灵敏准确的分枝杆菌种间分型鉴定的RP-HPLC标准方法。 第三章采用第二章所建立的方法，构建了49种《伯杰细菌鉴定手册》中所载入的分枝杆菌标准菌株（来源于ATCC（美国标准菌种收藏中心））的MA指纹谱库。通过对各个谱图进行详细分析，依据峰的分布特点可将其分为单簇（14种）、双簇（23种）、三簇及多簇（12种）三类，而后根据相对保留时间和相对峰高比的比例进行种间水平鉴别。此法成功鉴别了41种分枝杆菌（其余8种难以采用此法准确鉴别），对于难以鉴别的部分菌种尝试采用GC法对其进行进一步分型鉴别。 第四章在完成第二、三章工作的基础上，使用所建立的方法亦测定了大量来源于DSMZ（德国菌种保藏中心）的分枝杆菌（包含未收录入《伯杰细菌鉴定手册》的菌种）的MA 指纹图谱，为分枝杆菌的分型鉴定提供了重要的技术方法和谱库数据补充。 2.期刊论文程池.杨梅.李金霞.姚粟.胡海蓉.Cheng Chi.Yang Mei.Li Jinxia.Yao Su.Hu Hairong Biolog微生物自动分析系统--细菌鉴定操作规程的研究-食品与发酵工业2006,32(5) Biolog微生物自动分析系统是美国Biolog公司研制开发的新型自动化快速微生物鉴定系统,以细菌对微平板上95种碳源的利用情况为基础从而进行微生物鉴定.目前我国已经累计引进100余台,但使用率较低.文中在总结实践经验的基础上,参阅最新Biolog系统操作手册4.2版和国家微生物资源平台技术规程的统一格式,研究制定了细菌鉴定的操作规程,以规范系统使用,获得准确鉴定结果,尽快提高我国Biolog系统的应用水平. 3.学位论文刘晗黄原胶寡糖酶法制备及水解酶分泌菌株的定性2006 寡糖及糖缀合物广泛的存在于生命体内，是重要的信息物质，参与多种生命活动。寡糖由于结合位置和结合类型的不同，种类繁多，有着多种重要的生物活性。黄原胶是人类研究最为透彻、商业化应用程度最高的由微生物分泌的胞外多糖，而关于其降解产物——黄原胶寡糖是否拥有某种生物学活性，至今少见报道。 首先，本文对一株从野外筛选到的分泌黄原胶酶的菌株进行了鉴定，根据该菌株形态特征、生理生化特征，对照《伯杰细菌鉴定手册》，初步确定它属于鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas)。16SrRNA序列测定结果也支持这一结论。该菌已保藏在中国普通微生物菌种保藏中心(CGMCCNO.1421)。 其次，通过对Sphingomonassp.XT-11发酵条件的研究，筛选出有利于产酶的各实验因子的适宜水平。结果表明，酶形成的适宜温度为30℃，培养基适宜起始pH值为7.0，培养基适宜底物浓度为1﹪，摇瓶发酵用250mL三角瓶装液30mL酶活力较高。适宜种龄为16～24h，接种量对发酵影响不大。 再次，对黄原胶寡糖在抗氧化、抑制皮肤浅部真菌、植物诱抗、抑制ACE方面的生物学活性进行了探索，发现粗酶液降解得到的粗黄原胶寡糖拥有较强的抗氧化能力，而对ACE则没有抑制作用；黄原胶寡糖还拥有了较强的抗皮肤浅部真菌活性以及一定的植物诱抗活性。 最后，对鞘氨醇单胞菌XT-11红细胞凝集活性进行了研究。发现该菌悬液能凝集2种血红细胞。菌悬液对兔红细胞的凝集可以被肝素所抑制。其凝集活性不依赖于Ca2+；在pH为6.0～10.0范围内较稳定；它的凝集活性在60℃时完全丧失。 4.期刊论文张海燕.贺江舟.龚明福.刘占文.张利莉.Zhang Haiyan.He Jiangzhou.Gong Mingfu.Liu Zhanwen. Zhang Lili利用菌落PCR-DGGE快速鉴定盐渍土壤菌种多样性-塔里木大学学报2007,19(4) 利用菌落PCR方法,结合DGGE的检测方法,对所保存的87份盐生菌的培养物进行了多样性检测,初步研究显示至少有31株不同的菌种,表明新疆盐生环境存在较为丰富的菌种资源,同时表明菌落PCR结合DGGE技术为细菌鉴定和菌种保藏过程中重复菌株的去除提供了一种快速可靠的手段. 5.学位论文陈接锋产聚β-羟基丁酸球衣菌分离筛选及发酵和提取的研究2003 球衣菌是活性污泥中的主要丝状菌,对污水中的有机物和有毒物质有很强的降解能力,而且胞内也能积累相当量的PHB,已逐渐受到重视,因此,该文详
临床标本细菌培养鉴定常见的个疑问
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问题1:如何正确应用药物敏感结果? 正确运用药敏试验结果应考虑以下3个方面: 首先要确定病原菌，如未找到真正的致病菌，药敏实验不但不能指导用药甚至可能误导临床； 重视耐药监测，这是经验用药的一个重要的参考； 考虑到药敏试验的局限性:体外报告敏感的药物体内治疗不一定有效，而体外报告耐药的药物体内治疗不一定无效。 问题２:是否MIC越低的药物越好？ 不一定。因为不同药物对同种细菌，同一药物对不同细菌的折点均可不同，并且若细菌产生某些特殊耐药机制时，即使体外敏感也应报耐药，另外尚需考虑药动学和耐受性。因此，不能单纯比较MIC值而认为ＭＩＣ越低的药物就一定越好。ＭＩC只表示一种药物对某一株细菌抗菌作用的强弱，MIC越低（离中介值越远)说明该药物对相应的病原菌的作用越强。只能比较同一种药对同一株菌，若MIC值升高，可认为其耐药性提高。 问题３：是否所有报告的细菌均为病原菌? 不一定。原因如下: 所报告细菌为污染菌或定植菌，细菌培养结果的临床意义大小与所取标本有关。如为血液等无菌标本则临床意义较大，但即使血培养阳性也可能为污染菌。某些标本易受污染如痰标本易于受咽喉部携带菌的污染,尿培养易受下尿道、尿道口寄居菌污染。 可能为应用抗菌药后的菌群交替或菌群失调。特别是原为复数菌感染时,针对优势菌治疗一段时间后可能非优势上升为优势菌，或广谱抗菌药治疗后可能
出现真菌感染。 有2种以上病原菌时因生长速度不同、营养要求不同，培养结果不能真实反映病原菌的种类、数量。 问题4:为什么有时痰涂片结果与痰培养结果不一致？ 由于痰标本进行培养和涂片时选取的部位不一致; 某些快生长菌所占比例并不多，但由于生长速度快、营养要求低,能在培养过程中迅速变为优势菌而掩盖其他菌的生长； 标本从采集到接种的时间过长,造成部分苛养菌死亡，在涂片中看到的只是菌的残骸而非活菌。 问题５:我们想用的药物在药敏试验中没有做? 1.天然耐药 ２.可能是药物的敏感性被其他药物所预报 问题6：为什么有的菌报告很多种药物,有的仅报告几种药物? 报告的药物种类根据细菌种类的不同而有所不同，如铜绿假单胞菌报告的药物较多,而嗜麦芽窄食单胞菌报告的药敏较少。 问题７:是否能将所用的药都做药敏试验? 1．没有必要:通过耐药机制和标志性药物可以预测其他抗菌药物的敏感性 2.没有可能:不是所用药物都可以做药敏试验(需要药物在体外稳定,需要有操作标准和解释标准） 问题8:选择药敏报告敏感的药物,为什么临床治疗无效？ ①体外药敏试验只能预测体内治疗效果,并不等同；一般来说，耐药＝治疗无效;敏感≠治疗有效；
16S rDNA方法鉴定细菌种属 一．目的 1. 掌握16S rDNA对细菌进行分类的原理及方法； 2. 掌握DNA提取、PCR原理及方法、DNA片段回收等实验操作。 二、原理 随着分子生物学的迅速发展，细菌的分类鉴定从传统的表型、生理生化分类进入到各种基因型分类水平，如(G+C)mol%、DNA杂交、rDNA指纹图、质粒图谱和16S rDNA序列分析等。 细菌中包括有三种核糖体RNA，分别为5S rRNA、16S rRNA、23S rRNA，rRNA基因由保守区和可变区组成。16S rRNA对应于基因组DNA上的一段基因序列称为16S rDNA。5S rRNA 虽易分析，但核苷酸太少，没有足够的遗传信息用于分类研究；23S rRNA含有的核苷酸数几乎是16S rRNA的两倍，分析较困难。而16S rRNA相对分子量适中，又具有保守性和存在的普遍性等特点，序列变化与进化距离相适应，序列分析的重现性极高，因此，现在一般普遍采用16S rRNA作为序列分析对象对微生物进行测序分析。 在细菌的16SrDNA中有多个区段保守性，根据这些保守区可以设计出细菌通用物，可以扩增出所有细菌的16SrDNA片段，并且这些引物仅对细菌是特异性的，也就是说这些引物不会与非细菌的DNA互补，而细菌的16SrDNA可变区的差异可以用来区分不同的菌。因此，16SrDNA可以作为细菌群落结构分析最常用的系统进化标记分子。随着核酸测序技术的发展，越来越多的微生物的16SrDNA序列被测定并收入国际基因数据库中，这样用16SrDNA 作目的序列进行微生物群落结构分析更为快捷方便。 1、16S rRNA普遍存在于原核生物中。rRNA参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物进化的漫长历程中保持不变，可看作为生物演变的时间钟。 2、在16S rRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究。 3、16S rRNA的相对分子量大小适中，约1 540 个核苷酸，便于序列分析。 4、可变区序列因细菌不同而异，恒定区序列基本保守，所以可利用恒定区序列设计引物，将16S rDNA片段扩增出来，利用可变区序列的差异来对不同菌属、菌种的细菌进行分类鉴定。 16SrDNA鉴定是指用利用细菌16SrDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA测序、序列比对等步骤。是一种快速获得细菌种属信息的方法。 利用16S rDNA鉴定细菌的技术路线：
现有一株细菌宽度明显大于大肠杆菌的粗壮杆菌,请你鉴定其革兰氏染色反应.你 怎样运 传统的细菌革兰氏染色法操作繁琐，初学者不易掌握，寻找一种简便方法。方法：玻璃片上将细菌与碱液混合，用接种环或接种针往上挑，观察有无丝状物出现，我们把它叫作“细菌拉丝实验”。结果：用本法鉴别细菌革兰氏染色性质，G＾－菌有丝状物出现，即拉丝实验阳性，G＾＋菌无丝状物，拉丝实验阴性经过对照使用，本法具有快速，准确，简便，结果易判断，成本低廉等优点，值得推广应用。 由于细菌细胞壁的结构不同，革兰氏染色法可使有的细菌染上初染的的紫色，为革兰氏阳性细菌，有的细菌染上复染的的红色，为革兰氏阴性细菌。大肠杆菌是革兰氏阴性菌，染色后为红色，细菌形态为短小的杆状，单个存在。枯草杆菌是革兰氏阳性菌，染色后为紫色，细菌形态为杆状，比大肠杆菌大，可排成链状的，有的菌体里有椭圆芽孢（无色）或在视野中有散在的芽孢。 实验十肠杆菌科 肠杆菌科(Enterobacteriaceae)是一大群寄居于人和动物肠道中、生物学性状相似的革兰阴性杆菌。多数为肠道的正常菌群，但在机体免疫力低下或寄居部位发生改变时可引起感染。根据其生化反应、血清学试验、DNA同源性等可将肠杆菌科分为120多个菌种，其中与医学密切相关的有埃希菌属、志贺菌属、沙门菌属等。 一、大肠埃希菌 大肠埃希菌(E. coli)俗称大肠杆菌，是寄居于人和动物肠道的正常菌群。当机体抵抗力下降、该菌侵入肠外组织或器官，可引起急性炎症或继发感染；有些血清型可引起腹泻。从水和食品中检出较多大肠杆菌时，可判断它们已被粪便污染。因此，大肠杆菌常被作为饮水、牛乳及食品的卫生学检测指标。 （一）形态与培养特性 【材料与方法】 1．大肠杆菌革兰染色标本片。 2．大肠杆菌普通琼脂平板、SS平板、中国蓝平板、伊红美蓝(EMB)平板培养物。 【结果】 1．大肠杆菌为革兰阴性、中等大小杆菌，两端钝圆或稍弯曲，呈分散排列。 2．菌落特征(表10-1)。 表10-1 大肠杆菌在普通琼脂平板及选择鉴别培养基上的菌落特征 培养基菌落特征 普通琼脂平板圆形，中等大小，灰白，整齐，光滑菌落 SS平板呈红色 中国蓝平板呈蓝色 伊红美蓝平板呈紫黑色，有金属光泽 （二）生化反应 【材料与方法】 1．取大肠杆菌、产气杆菌分别接种于葡萄糖、乳糖、麦芽糖、甘露醇、蔗糖发酵管，37℃培养24h，观察结果。 2．取大肠杆菌、产气杆菌分别接种于双糖铁培养基，37℃培养24h，观察结果。 3．靛基质产生、甲基红、VP、枸橼酸盐利用试验(IMViC试验)，见实验四。 【结果】
第二节细菌培养检测技术 节概述 细菌的培养技术是微生物实验中基本技术之一。大多数细菌均可用人工方法培养，只有将细菌培养出来才能对它进行研究和鉴定 知识点导航 一.培养基的种类 培养基（culture medium）是细菌生长繁殖所需要的各种营养物质的人工制品。适宜的培养基 能使细菌在体外迅速生长繁殖，便于对细菌进行分离和鉴别。可分为基础培养基、营养培养基、选 择培养基、鉴别培养基、厌氧菌用培养基和特殊培养基。 （一）基础培养基 只含有细菌生长所需的最基本营养成分，应用最广泛，为制备多种培养基的基础，常见的有肉 汤培养基、琼脂培养基。 （二）营养培养基 在基础培养基中加入葡萄糖、血液、血清、腹水或酵母浸膏等有机物，可供营养要求较高的细 菌生长需要或增菌用。如结核分枝杆菌培养基中添加鸡蛋、马铃薯、甘油等。 （三）选择培养基 利用不同种类细菌对化学物质的敏感性不同而制成，使分离菌大量繁殖而抑制其它细菌生长的 培养基。培养基中含有的抑制剂能抑制非目的菌生长或使其生长不佳，有利于目的菌的检出和识别 。选择培养基多为固体平板，用于从标本中分离某些特定的细菌。 （四）鉴别培养基 培养基中加有某些特定成分，如糖、醇类和指示剂等，用于检查细菌的各种生化反应，以资鉴 别和鉴定细菌。 （五）厌氧菌用培养基 专性厌氧菌须在无氧条件下才能生长，故需在培养基中加入半胱氨酸、硫乙醇酸钠等还原剂，降低培养基中氧化还原电势，并应与外界空气隔绝，使培养基本身为无氧的环境。 （六）特殊培养基 为某些需要在特殊条件下才能生长的细菌培养之用。如高渗盐增菌培养基、高渗糖增菌培养基、改良Kagan氏培养基等。 二.培养基的制备 制备一般培养基的主要过程基本相似，包括调配、溶化、调整pH、过滤、分装、灭菌及检定和 保存。 三.细菌检验室的注意事项及无菌技术
菌种鉴定范文 中国工业微生物菌种保藏管理中心 CICC是我国唯一的国家级工业微生物菌种保藏管理中心，有近三十年菌种分类鉴定的历史，拥有先进的生物科学仪器和从事分类鉴定的专业化人员队伍。CICC承担全国工业微生物菌种的委托鉴定工作，所提供的菌种鉴定与评价技术服务获得“国家工商总局（SCIC）经营许可”，为国内科研机构、大专院校和生产企业等提供微生物菌种鉴定服务，涉及细菌、酵母、放线菌和丝状真菌等多类微生物。菌种鉴定手段包括形态学观察、生理生化特性鉴定、 BIOLOG碳源自动分析鉴定、分子生物学鉴定、API细菌数值鉴定、功能性分析及功能基因、RAPD、SSCP、TLC薄层层析、全细胞脂肪酸分析鉴定、（G＋C）mol％测定、DNA/DNA同源性测定等。 鉴定项目 序号服务项目菌种类别 1 纯菌种鉴定（包含形态、理化、分子）细菌、酵母、放线菌、丝状真菌 2 功能基因鉴定（pheS、gryA、atpD等）乳杆菌、芽胞杆菌、双歧杆菌 3 产品微生物解析―― 4 产品污染菌种鉴定―― 5 菌群分析及纯种分离―― 6 细胞壁化学组分分析（氨基酸）细菌、放线菌 7 细胞壁化学组分分析（糖）细菌、放线菌 8 DNA（G+C ）mol％含量细菌、放线菌
9 DNA/DNA杂交细菌、酵母、放线菌、丝状真菌 10 脂肪酸分析细菌、放线菌 11 其它―― 鉴定手段 （1）常规鉴定 常规鉴定内容有形态特征和理化特性。形态特征包括显微形态和培养特征；理化特性包括营养类型、碳氮源利用能力、各种代谢反应、酶反应和血清学反应等。 （2）BIOLOG碳源自动分析鉴定 BIOLOG鉴定系统以微生物对不同碳源的利用情况为基础，检测微生物的特征指纹图谱，建立与微生物种类相对应的数据库。通过软件将待测微生物与数据库参比，得出鉴定结果。 该系统已获美国FDA认可，已逐步应用于食品和饮品企业、环保、海洋生物/水产品、制药、农业微生物、生物治理、化妆品、临床等领域的微生物鉴定试验中。 CICC拥有国内最全的BIOLOG数据库，涉及革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌、厌氧菌、酵母、丝状真菌在内近2000种微生物。 （3）分子生物学鉴定 应用分子生物学方法从遗传进化角度阐明微生物种群之间的分类学关系，是目前微生物分类学研究普遍采用的鉴定方法。CICC拥有微生物菌种分类鉴定的分子生物学实验室，配有PCR仪、高速冷冻离
细菌培养基的制作及细菌的培养和鉴定 (杭州师范大学临床医学09级) [摘要]：目的：掌握细菌的细菌的培养基制作、高压蒸汽灭菌法的使用、细菌的接种法（无菌操作技术）、细菌的形态学检查法、细菌的培养物观察、肠道杆菌的生化反应、分离与鉴定模拟粪便7种生化反应结果观察、细菌的药敏试验、紫外线杀菌试验等一些基本的实验操作。 [关键词]：培养基;SS培养基; EMB平板;药敏试验; 细菌培养基的制作及细菌的培养和鉴定是我们做微生物实验的基础，细菌培养基的制作，高压蒸汽灭菌法的使用、细菌的接种法（无菌操作技术）、细菌的形态学检查法、细菌的培养物观察、肠道杆菌的生化反应、分离与鉴定模拟粪便7种生化反应结果观察、细菌的药敏试验、紫外线杀菌试验等一系列实验都是基本的微生物实验操作，掌握这些基本技巧对微生物的实验研究有着至关重要的地位，培养基是细胞生长的基础，高压蒸汽灭菌保证了培养基的绝对灭菌，细菌的形态学检查可以区别有无鞭毛，7种生化反应结果观察可以区别不同的细菌。 1.细菌的培养基制作 培养基是按微生物生长发育的需要，用不同组分的营养物质人工配制而成的营养基质。 我组主要制作平板（大小平板）培养基的制作。 1.1平普通板培养基: 用途：细菌的分离培养、药敏试验等 配方：按试剂瓶（营养琼脂培养基）说明配制。 操作： 1. 配制600ml 1000ml的三角烧瓶→高压灭菌→倒30块大平板，约20ml/块。
2. 配制500ml×2=1000ml，分2瓶配制 1000ml的三角烧瓶→高压灭菌→倒60块小平板，约15ml/块。 图1：普通平板培养基 1.2 SS培养基： 用途：用于沙门菌属、志贺氏菌的选择性分离培养。 配方：肉膏汤琼脂100ml 乳糖1克胆盐0.85克枸橼酸钠0.85克硫代硫酸钠0.85克10%枸橼酸铁水溶液1ml 1%中性红水溶液0.25ml 1%煌绿水溶液0.033ml 操作： 除了煌绿、中性红以外，将其他各成分混合均匀，加热熔化，调ph至7.0，再加入煌绿和中性红，分装于三角烧瓶中，以68.95kpa高压灭菌10分钟，待冷至50℃左右，倾注于无菌平板中，冷后备用。 :图2：SS培养基
菌种保藏中心如何进行细菌鉴定 细菌鉴定是指将分离培养获得的病原菌,通过纯化培养使其达到不含有其他微生物的纯培养程度,继而进行系统鉴定。而菌种保藏机构在收集一些已经冻干的菌种时,应在开启后经过两代的适应性培养方可进行复核性的系统鉴定。系统鉴定是通过细菌的形态结构、生长特性、抗原性、病原性以及目前流行的核酸测定方法等检测,并用已知标准免疫血清确定分离细菌的属、种和型(群).目前菌种保藏机构通常使用的细菌鉴定方法大致有以下几种： 传统方法 常规宏观菌落形态学观察,主要观察菌落在其适合的培养基上的生长状况:细菌在固体培养基上的生长形态、大小、颜色是否均匀一致,菌落个体表面及边缘的生长状况;在液体培养基上的浑浊状况、沉淀状况、液面菌膜状况;半固体上穿刺接种后,观察细菌是否沿着接种线生长以及其生长状态是呈毛刷样生长还是均匀生长,上下生长是否一致.在鉴别培养基上培养,观察结果是否跟预期结果相同。 细菌的个体形态学观察,即通过显微镜观察.观察前细菌需要着色,要根据预先确定的观察项目选择与之相对应的染色方法,目前常用的染色方法包括革兰氏染色法、美蓝染色法、Ziehl—Neelsen染色法、姬姆萨染色法、鞭毛染色法、芽胞染色法等.尽量挑选对数生长期的细菌进行染色观察,此时的细菌生长处于幼期,利于观察,因为一些陈旧细菌的染色结果会有变化,如本为革兰氏阳性菌经过长期搁置后染色结果可能为革兰氏阴性.同时细菌培养时要注意培养基的挑选,一些细菌的特殊结构如荚膜、鞭毛、菌毛、芽胞等,其表达是需要在特定的培养基上才能正常发育,有的细菌如炭疽在一般的培养基上不形成荚膜,只在动物体内形成明显的荚膜,所以需先接种实验动物后用病料进行涂片镜检.在镜检时观察细菌基本形态结构和大小及其排列状态、菌端形状、有无两极染色、有无形成芽胞和荚胞等。 形态学鉴定辅以生化试验在细菌鉴定中具有重要的意义,生化试验是根据细菌培养过程中不同菌种所产生的新陈代谢产物各异,表现出不同的生长特性.通过生物化学的方法来检测这些物质的存在与否,从而能够得到细菌的鉴定结果.如糖(醇)类代谢试验、氨基酸和蛋白质代谢试验、有机酸盐和胺盐利用试验、呼吸酶类试验、毒性酶类试验等。 血清型鉴定是根据细菌具有相对特异性的抗原结构这个特点进行微生物鉴定的特异方法.抗原的特异性程度又存在于属间细菌所共有的共同抗原,这种抗原的存在,能表明其属性。另一类特异性抗原只存在于特定的种、型,是确定细菌种、型的重要依据，通过专门的分型血清即可对这些细菌的血清型进行鉴定。 细菌毒力的测定,病原菌侵入机体能否引起疾病与其本身的毒力、侵入机体的数量和侵入部位有关.不同的病原菌或同种细菌不同的型或株,毒力常不一致.
病原细菌的分离与鉴定.txt24生活如海，宽容作舟，泛舟于海，方知海之宽阔；生活如山，宽容为径，循径登山，方知山之高大；生活如歌，宽容是曲，和曲而歌，方知歌之动听。病原细菌的分离与鉴定 发布日期：2009-05-09 浏览次数：827 字号：[ 大中小 ] 一、实验目的 系统学习兽医临床病原细菌的分离与鉴定技术，促进学生系统掌握各类病原细菌的基本特性与实验诊断技术，增强学生应用所学知识解决生产实践过程中的传染病的诊断和防控问题的能力，为预防、控制和消灭畜禽病原微生物，保障畜牧业生产的健康发展服务。 二、知识背景 细菌分离是细菌学检验中的极其重要的环节。正确的分离有助于很快得到可疑的致病菌，对疫病的诊断与防控至关重要。在细菌分离时应注意的事项： 1．病料采集 （1）病料的种类主要决定于疫病的性质，一般方法为： ①全身感染→血液及内脏； ②局部感染→病患部位； ③特殊病例→特殊处理。特殊情况的正确处理与操作者的专业知识有很大关系。无论全身或局部感染，均应采含菌最多或病变明显的组织 （2）病料的采集时间也应特别注意： ①活体病料→应考虑病原在疾病发展过程中部位的变化； ②患畜死后→应立即采集病料，越早越好。 2．无菌操作 无菌操作是指在微生物研究过程中，既要避免各种外界的微生物进入操作对象又要杜绝操作对象污染周围环境的操作技术。 无菌操作是对微生物学工作者最基本的要求，必须经过严格训练才能形成无菌操作素养。不论何种情况下，头脑中都应该有这个概念。 无菌操作贯穿于整个分离过程，例如：病料的采集、器材的准备、具体的操作。所用器械及物品均应事先灭菌备用，金属器具包装后高压灭菌或煮沸30min，玻璃器皿可高压灭菌也可