艾科优美常见肿瘤遗传性风险基因检测
引起疾病的根本原因：
先天的遗传基因缺陷；
基因与环境之间的相互作用；
基因的后天突变。
绝大多数疾病，尤其是肿瘤，往往可以在基因中发现病因。
艾科优美肿瘤遗传性风险基因检测：
女性16种：
肺癌、皮肤癌、肝癌、食管癌、结直肠癌、多发性骨髓瘤、肾癌、膀胱癌、
胰腺癌、胃癌、鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、宫颈
癌；
男性14种：
肺癌、皮肤癌、肝癌、食管癌、结直肠癌、多发性骨髓瘤、肾癌、膀胱癌、
胰腺癌、胃癌、鼻咽癌、甲状腺癌、前列腺癌、睾丸癌。
常见肿瘤遗传性风险基因检测的意义：
1及早了解疾病的发病风险。通过肿瘤遗传风险分析，能够提示肿瘤遗传风险度较高的检测者及早采取相应的预防措施，规避诱发肿瘤的危险因素，延缓或阻止肿瘤的发生。
2指导个性化健康生活。不健康的生活方式也是疾病发生的危险因素，对于基因检测结果显示肿瘤风险较高的受检者更需要避免相关的不健康的生活方式，保持心态平和，维持内分泌相对平衡，均衡膳食，避免不良环境，积极预防肿瘤的发生。
3辅助疾病诊断。肿瘤遗传风险分析可以作为疾病的辅助诊断手段，对疾病的遗传风险分析可以为医生提供判断依据。对于疾病的诊断具有一定的提示及指导意义。
检测结果：
风险阈值：
健康建议：
肿瘤风险基因检测的适宜人群：
1. 有肿瘤家族史人群，通过检测可以确定罹患肿瘤的风险并提前进行干预；
2. 肿瘤患者，查找肿瘤患者患病原因，为家人提示风险；
3. 有慢性疾病史的人，如有长期慢性胃炎、结肠炎疾病史的人群；
4. 关注自身健康，想了解自身罹患肿瘤风险的健康人群。 检测的必要性：
遗传性高：携带遗传性肿瘤风险基因致病突变的人可能将肿瘤风险遗传给下一代； 癌症早期治愈率高：早期发现，手术切除后，治愈率高达80%。 专业的检测报告和贴心的健康提示：
肿瘤遗传性风险基因检测
第十二章肿瘤遗传学 恶性肿瘤是一种体细胞遗传病，为相关基因结构与功能发生改变的结果。这些基因参与控制细胞的正常生长和凋亡过程、抑制细胞增殖或修复基因损伤。遗传性恶性肿瘤中基因的种系突变(germ line mutation)起主要作用。肿瘤的遗传基础十分复杂，因为突变基因的不同组合可发生相同类型的肿瘤。在各种类型的癌症中，一些基因的突变具有普遍性，而另外一些基因突变只限于某种特定类型的肿瘤细胞。 本章首先从细胞遗传学的角度介绍了染色体异常与肿瘤的关系，然后讨论了癌基因和肿瘤抑制基因的功能和作用，并论述了肿瘤发生的遗传学理论，最后介绍了遗传性恶性肿瘤综合征。 一、基本纲要 1．掌握肿瘤细胞的克隆演进、Ph染色体的意义；癌基因、原癌基因、肿瘤抑制基因、p53基因、二次突变假说、细胞癌基因、杂合性缺失和标记染色体等概念； 2．掌握癌基因激活的机制； 3．掌握恶性肿瘤发生的遗传学理论； 4．熟悉恶性肿瘤的多步骤发生，基因杂合性丢失与恶性肿瘤发生等； 5．了解临床上常见的遗传型恶性肿瘤。 二、习题 （一）选择题（A型选择题） 1．以下哪个是对Ph染色体的正确描述： A．22q+ B．22q- C．9q+ D．9q- E．der（22）t(9;22)(q34;q11) 2．视网膜母细胞瘤（RB）的致病基因为： A．ras B．rb C．p21 D．MTS1 E．NM23
3．下列哪个基因为肿瘤转移抑制基因： A．ras B．rb C．p21 D．MTS1 E．NM23 4．下列哪种为慢性髓细胞白血病（CML）的标志染色体： A．13q14- B．5p- C．22q- D．t(8;14) E．17q+ 5．存在于正常细胞中，在适当环境下被激活可引起细胞恶性转化的基因是：A．癌基因 B．抑癌基因 C．原癌基因 D．抗癌基因 E．隐性癌基因 6．Knudson提出的“二次突变假说”中，非遗传性肿瘤的第一次突变发生在： A．精子 B．卵细胞 C．受精卵 D．体细胞 E．生殖母细胞 7．慢性髓细胞性白血病属于______的肿瘤。 A. 多基因遗传 B. 染色体畸变引起 C. 遗传综合征 D. 遗传易感性 E. 单基因遗传 8．Bloom综合征（BS）属于______。 A. 单基因遗传 B. 多基因遗传 C. 染色体畸变引起 D. 遗传易感性 E. 染色体不稳定综合征 9．视网膜母细胞瘤属于______的肿瘤。 A. 单基因遗传 B. 多基因遗传 C. 染色体畸变引起 D. 遗传易感性 E. 染色体不稳定综合征 10．共剂失调性毛细血管扩张症（AT）属于______。 A. 单基因遗传 B. 多基因遗传 C. 染色体不稳定综合征 D. 遗传易感性 E. 染色体畸变引起 11．肾母细胞瘤属于______的肿瘤。 A. 染色体畸变引起 B. 遗传易感性 C. 染色体不稳定综合征 D. 多基因遗传 E. 单基因遗传 12．着色性干皮病（XP）是一种罕见的、致死性AR遗传病，发病率为1/250000。XP 属于______。 A. 多基因遗传 B. 染色体不稳定综合征 C. 遗传易感性 D. 染色体畸变引起 E. 单基因遗传
一、背景介绍 医学发展到今天，人类已经征服了许多疾病，但是如何攻克癌症依然是人类面临的巨大挑战。近年来癌症的发病率一直呈上升趋势，据世界卫生组织报告预测，到2025年，全球将有3亿人患癌症，并有2亿人因此而死亡；在我国癌症已列居各类死亡之首，年均癌症新发病例约为200万人。在治疗上尽管不断有新的药物和治疗手段诞生，但取得的效果不尽人意，癌症的死亡率同50年前相比没有显著降低，与此同时，心脏病，脑血管病和传染病的死亡率却降低了2/3。 由于肿瘤是在体内各种因素的作用下由一系列基因连续突变导致细胞生长失去控制所致，因而每个肿瘤患者，即使同一种肿瘤，其致病因素和体内突变的基因都是不一样的，每一个患者的肿瘤都有自己独特的生物特征，这就是肿瘤的异质性。忽略了肿瘤的异质性，采用“一药一病”的疗法是肿瘤治疗没有达到理想效果的主要原因。肿瘤的异质性要求必须对每个患者“区别对待”，这就是肿瘤的个性化治疗。 而基因是人类遗产信息的化学载体，决定着我们与前辈的相似和不同。研究结果表明，人类绝大部分的疾病与基因相关。人与人之间的基因99.9%相同，但正是因为那剩余的0.1%的差异，造成了人与人之间健康的差别。基因检测正是利用遗传学、分子生物学等技术进行检测分析，来发现遗传物质异常的过程。通过基因检测，我们可以了解自己的基因型，通过比对自身基因型和大规模医学试验的结果，从而评估自身是否出现某种类型的健康问题（易感风险）；另外可以对肿瘤病人个性化治疗的用药提出指导。 随着人类基因组计划的完成，开展通过基因测序的个性化医学检测技术是临床个性化医学的大势所趋，成为解决一些疑难疾病如遗传性疾病以及肿瘤的重要工具。通过基因检测分析评估可能罹患的疾病和预测不同病人的药物效应，并指导临床医生为可能患者提出建议或在临床治疗药物选择时针对患者独特的遗传变异特征选择治疗方式、药物和剂量，即使治疗同一种疾病，或者同一患者的不同阶段，医生也可能根据病人的遗传背景来选择最合适、最具有针对性的治疗方式、药物和剂量，避免严重的毒副反应和医疗资源的浪费！ 二、方法 目前基因检测的方法不胜枚举，基本的步骤是样本的获取（包括血液、唾液、
艾科优美常见肿瘤遗传性风险基因检测 引起疾病的根本原因： 先天的遗传基因缺陷； 基因与环境之间的相互作用； 基因的后天突变。 绝大多数疾病，尤其是肿瘤，往往可以在基因中发现病因。 艾科优美肿瘤遗传性风险基因检测： 女性16种： 肺癌、皮肤癌、肝癌、食管癌、结直肠癌、多发性骨髓瘤、肾癌、膀胱癌、 胰腺癌、胃癌、鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、宫颈 癌； 男性14种： 肺癌、皮肤癌、肝癌、食管癌、结直肠癌、多发性骨髓瘤、肾癌、膀胱癌、 胰腺癌、胃癌、鼻咽癌、甲状腺癌、前列腺癌、睾丸癌。 常见肿瘤遗传性风险基因检测的意义： 1及早了解疾病的发病风险。通过肿瘤遗传风险分析，能够提示肿瘤遗传风险度较高的检测者及早采取相应的预防措施，规避诱发肿瘤的危险因素，延缓或阻止肿瘤的发生。 2指导个性化健康生活。不健康的生活方式也是疾病发生的危险因素，对于基因检测结果显示肿瘤风险较高的受检者更需要避免相关的不健康的生活方式，保持心态平和，维持内分泌相对平衡，均衡膳食，避免不良环境，积极预防肿瘤的发生。 3辅助疾病诊断。肿瘤遗传风险分析可以作为疾病的辅助诊断手段，对疾病的遗传风险分析可以为医生提供判断依据。对于疾病的诊断具有一定的提示及指导意义。
检测结果： 风险阈值： 健康建议： 肿瘤风险基因检测的适宜人群： 1. 有肿瘤家族史人群，通过检测可以确定罹患肿瘤的风险并提前进行干预； 2. 肿瘤患者，查找肿瘤患者患病原因，为家人提示风险； 3. 有慢性疾病史的人，如有长期慢性胃炎、结肠炎疾病史的人群； 4. 关注自身健康，想了解自身罹患肿瘤风险的健康人群。 检测的必要性： 遗传性高：携带遗传性肿瘤风险基因致病突变的人可能将肿瘤风险遗传给下一代； 癌症早期治愈率高：早期发现，手术切除后，治愈率高达80%。 专业的检测报告和贴心的健康提示： 肿瘤遗传性风险基因检测
转自：曾庆平的博客 【新闻背景】 9月19日出版的《自然》杂志“视点”栏目刊载了关于“肿瘤异质性” 的系列文章，从遗传与环境两个方面剖析了肿瘤异质性的起源，并站在临床角 度探讨了肿瘤个体化治疗的可行性及其前景。 早在1976年，Peter Nowell就提出了肿瘤异质性起源的“克隆演化”理论，他认为连续多轮克隆选择是导致肿瘤基因及其他分子变异的根本原因。 “克隆”是指无性繁殖，克隆演化只涉及体细胞，不涉及性细胞。 再往前回溯至1930年代，就有人注意到肿瘤功能及表型的异质性，因为发现小鼠肿瘤的某些细胞经过移植可以长出新的肿瘤，但移植另一些肿瘤细胞 却不会导致新肿瘤形成。然而，迄今为止对于肿瘤细胞的起源仍无定论，而肿瘤异质性的确认并未降低肿瘤治疗的难度。 【点评】 肿瘤干细胞还是肿瘤起始细胞？ 近年来，随着肿瘤干细胞或称癌干细胞（CSC假说的提出及其模型的建立，人们似乎倾向于认为肿瘤起源于干细胞，而肿瘤干细胞正是肿瘤发生的 “罪魁祸首”。如果不清除肿瘤干细胞，即使经过化疗消灭了大部分肿瘤细胞，最终还是会复发和转移，并对化疗产生耐药性。于是，“擒贼先擒王”和“斩草除根”成为最先进和最有创意的肿瘤治疗理念。 为了把抗肿瘤药物这支“箭”更准确地射向肿瘤干细胞这个“靶”，人们争相寻找其区别于普通干细胞及其他正常细胞的分子标记。然而，经过多年努力，某些肿瘤的特异标记倒是找到不少，但所有肿瘤的共同标记却很少发现。有些标记则是先肯定而后否定，如脑瘤的CD133黑素瘤的CD271乳腺癌的CD44等。 尽管如此，肿瘤异质性依然客观存在，肿瘤中的确既有致瘤细胞也有非致瘤细胞。至于致瘤细胞是否肿瘤干细胞以及它们如何起源，一种观点认为，致 瘤细胞既有可能起源于干细胞或祖细胞，也有可能起源于具有分裂能力的普通体细胞。为此，建议将肿瘤干细胞改称肿瘤起始细胞或肿瘤原始细胞。 肿瘤异质性的概念 所谓肿瘤异质性包括肿瘤间异质性（不同肿瘤细胞之间的基因与表型不同）和肿瘤内异质性（相同肿瘤细胞以内的基因与表型也不同），其中肿瘤内异质性又有空间异质性（相同肿瘤不同区域不同）与时间异质性（原初肿瘤与次生肿瘤不同）之分。实际上，肿瘤异质性的基因结构与形态表现取决于遗传与环境的相互作用，肿瘤异质性的本质在于“外因”（环境）对“内因”（基因）的定型与重塑。 简而言之，肿瘤异质性指肿瘤内既有致瘤细胞亚群，也有非致瘤细胞亚群。同时，它也指肿瘤既起因于遗传不稳定性，也起因于表观遗传不稳定性。此外，它还应该涵盖良性肿瘤与恶性肿瘤的概念。除极个别情况外，肿瘤发生通常只涉及体细胞而不涉及性细胞。因此，人体的绝大多数肿瘤都不会遗传给后代，但种系基因缺陷所致肿瘤遗传倾向例外。
第十一章肿瘤遗传学 Cancer Genetics 1.肿瘤是一大类疾病，种类在100种以上，涉及到人体的所有脏器和组织器官。 2.2018年2月，《2018中国肿瘤登记年报》发布，2014年新发肿瘤病例约为380.4万例，平均每天确诊1万余人，每分钟就有7人被诊断为癌症。估计每年因癌症死亡病例达270万例。我国居民因癌症死亡的几率是13%，即每7-8人中会有1人因癌症死亡。 3.全国恶性肿瘤发病率前三位是肺癌、胃癌、结直肠癌，死亡率前三位是肺癌、肝癌、胃癌。 4.近20年来，我国癌症呈现年轻化及发病率和死亡率“三线”走高的趋势。 5.四个特点： （1）男性死亡率高于女性，为1.68:1 （2）肺癌居癌症死亡首位 （3）癌症呈地域分布明显 （4）癌症发病呈现年轻化趋势 6.肿瘤遗传学：研究遗传因素在恶性肿瘤的发生、发展、易感、防治及预后中作用的学科。交叉学科 第一节肿瘤与遗传的关系 1.肿瘤发病率的种族差异 2.肿瘤的家族聚集现象 3.环境因素致癌的个体差异 4.致癌因子代谢与肿瘤 5.免疫缺陷与肿瘤 核辐射可引起白血病、皮肤癌、甲状腺癌 电离辐射可引起白血病 紫外线照射可致皮肤癌 3,4-苯并芘可引起肺癌 亚硝酸盐可导致肝癌和食道癌 黄曲霉素可诱发肝癌 乙肝病毒可引起肝癌 乳头瘤病毒、疱疹病毒可引起子宫颈癌 EB病毒可引起鼻咽癌和某些淋巴瘤 肿瘤的易感性
6.个体的肿瘤遗传易感性是由特定的基因-染色体组合决定的。迄今为止，对这些易感基因如何发挥作用还不很清楚，但有一些事件表明，它们可能是通过生化代谢途径、免疫反应和细胞分裂等机制促进肿瘤发生。 7.酶活性异常 酶活性改变可影响致癌物质在体内的代谢反应； 另一方面，酶的缺乏也可导致对肿瘤的易感状态。 8.遗传性免疫缺陷 机体正常的免疫监视系统不仅能抵御外来抗原的侵入，同时也能识别成为“异已”的突变细胞并加以排斥，免疫缺陷能使突变细胞逃脱这种监视而发展成为肿瘤。许多免疫缺陷患者都有易患肿瘤的倾向。 一、肿瘤的家族聚集现象 (一)癌家族(cancer family,CF) 癌家族: 指一个家系中恶性肿瘤的发病率高。 癌家族综合征： ①腺癌发病率高 ②多发性原发性癌发病率高 ③发病年龄较早 ④传递规律符合AD 1866年，法国外科医生布罗卡报道了他妻子家系中24名女性,其中有10例乳腺癌患者,6例其他癌症患者。
项目名称：恶性肿瘤发生、发展的细胞表观遗传机 制 首席科学家：尚永丰北京大学 起止年限：2011.1至2015.8 依托部门：教育部
二、预期目标 总体目标： 本项目瞄准表观遗传学研究的前沿，整合国内优秀研究人员，系统深入地开展恶性肿瘤发生发展及侵袭转移的表观遗传学研究。本项目的总体目标如下：阐明表观遗传关键机制即DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA对基因表达调控的影响；明确表观遗传调控在乳腺癌、肺癌发生发展及侵袭转移中的作用；揭示EMT过程中的表观遗传学变化及细胞重编程机制；阐明细胞微环境在肿瘤转移中的作用及机制；整合各种信息数据，描绘乳腺癌、肺癌发生发展及侵袭转移的分子调控网络。通过本项目的实施，建立和完善表观遗传学研究的新的技术体系，实现我国在生命科学及医学研究领域的理论创新，为恶性肿瘤预警、诊断、治疗和药物筛选提供新思路、新途径和新靶标，发现几个潜在的可以用于乳腺癌、肺癌诊断的分子标志物及药物治疗的分子靶标，并在本项目的实施过程中建立一支具有国际竞争力的研究团队。 五年预期目标： 1、发现一批新的组蛋白修饰因子，探明组蛋白修饰与DNA甲基化之间相互作 用的分子机制，筛选一批肿瘤相关ncRNA，鉴定一批具有潜在临床应用价值的肿瘤诊断及治疗的新的ncRNA分子靶标；鉴定一批新的EMT关键调控因子；发现针对转移型乳腺癌、肺癌的新的有效治疗靶点。 2、建立一整套适应于恶性肿瘤表观遗传学研究的技术平台和技术体系。 3、培养一批中青年学术带头人和学术骨干；培养研究生（含硕、博）50名以上、 博士后12名以上。 4、在国际一流杂志（IF>10）发表论文8篇以上，在有影响力的杂志（IF>5）上 发表论文25篇以上。
. 从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，临床这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、患者信其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、解读部分共四个环节。息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。包括解读的步在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，使解读过程解读的技术细节。这样才有可能真正的做到解读的规范化，骤流程，基因检测才能更好的服有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，有据可依，原始数基因检测数据解读可分为三个步骤：务患者和临床医生。从大的框架讲，临床病例结合的解读。据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/ 、读懂原始数据1软件比对至经BWA）将测序的原始序列数据（FASTQ 去除接头及低质量序列，版本）人类基因组参考序列UCSC版本）或NCBIhg19/hg38（GRCh37/38（ANNOVAR使用与SNVIndel变异，检测使用Picard上，去除重复序列，GATK 1.vcf进行变异注释。最后获得一份文件（图）。. . 图1 从测序的原始序列数据到vcf文件的流程 一份vcf文件包含如下基本信息。
Chr：变异所在的染色体 Start：变异在染色体上的起始位置 End：变异在染色体上的结束位置 Ref：参考基因组的序列 Alt：检测样本基因组的序列 . . Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区） Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离） ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区 AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样） 经注释后的vcf文件还会包含如下信息：
医学遗传学名词解释(肿瘤遗传学) 1、癌家族(cancer family)癌家族是指一个家族中多个成员患有同一种遗传性恶性肿瘤。 2、家族性癌(familial cancer)家族性癌通常表示一个家族的多个成员患有恶性肿瘤，而不一定是遗传性的，所患肿瘤种类各异。 3、原癌基因(cellu1ar oncogene，c-onc)存在于正常细胞中，在适当环境下被激活可引起细胞恶性转化的基因。 4、干系与旁系(stemline and sideline )在肿瘤多克隆细胞群中，占主导数目的克隆构成肿瘤干系，占非主导数目的克隆称为旁系。 5、众数(model number)指肿瘤细胞干系的染色体数目称为众数。 6、二次突变假说(two-hit hypothesis)二次突变假说假设视网膜细胞瘤是由两个独立与连续的基因突变产生的，即二次突变事件引起的。遗传性肿瘤病例中，第一次突变发生于生殖细胞，并且传递给胚胎发育的每一个体细胞，而第二次突变随机发生在体细胞中。在这种情况下，双侧视网膜的细胞都有可能发生第二次突变井形成肿瘤。相比之下，非遗传性视网膜母细胞瘤是同一个体细胞发生两次独立的突变，因而在双侧视网膜都发生二次突变的可能性较小。 7、特异性标记染色体(specificity marker chromosome)在肿瘤的发生发展过程中，由于细胞有丝分裂异常并产生部分染色体断裂与重接，形成了一些结构特殊的标志染色体，其中有一小部分能够在肿瘤细胞中稳定遗传，称为特异性标志染色体，与肿瘤的恶性程度及转移能力密切相关。 8、Ph染色体在慢性粒细胞性白血病（CML）中发现了一条比G组染色体还小的异常染色体，称为Ph染色体。约95%的慢性粒细胞性白血病细胞携有Ph染色体，‘它可以作为CML的诊断依据。 9、多步骤致癌(multistep carcinogenesis)假说多步骤致癌假说又称多步骤损伤学说(multistep theory) ，细胞癌变往往需要多个癌相关基因的协同作用，要经过多阶段的演变，其中不同阶段涉及不同的癌相关基因的激活与失活。不同癌相关基因的激活与失活在时间上有先后顺序，在空间位置上也有一定的配合，所以癌细胞表型的最终形成是这些被激活与失活癌相关基因的共同作用结果。 10、肿瘤抑制基因(tumor suppressor gene，TSG)指正常细胞中抑制肿瘤发生的基因，也称抑癌基因或隐性癌基因，例如p53 p16等 11、癌基因(oncogene)能够使细胞发生癌变的基因，例如src，N-RAS 等。 12、标志染色体(marker chromosome)较多地出现在某种肿瘤的细胞内、结构异常的染色体。
肿瘤相关基因的筛选策略 核心提示:nbsp;nbsp;肿瘤的发生发展是一个涉及多因素（遗传、理化及感染因素）、多步骤的贯穿一系列分子事件（多基因参与）的复杂生物过程。细胞染色体的异常和基因的缺陷在肿瘤发生发展过程中起重要作用。1986年，美国麻省总医院的Thaddeusnbsp;Dryia和哈佛大学的Robe 刘复兴《咸宁学院学报（医学版）》2006 年4 月第19 卷第2 期 肿瘤的发生发展是一个涉及多因素（遗传、理化及感染因素）、多步骤的贯穿一系列分子事件（多基因参与）的复杂生物过程。细胞染色体的异常和基因的缺陷在肿瘤发生发展过程中起重要作用。1986年，美国麻省总医院的Thaddeus Dryia和哈佛大学的Robert Weinbergd 等成功克隆出第一个抑癌基因Rb并由WH Lee等完成全序列测定。自此肿瘤相关基因（癌基因和抑癌基因）的研究开始进入高潮期并延续至今，一百多种癌基因和二十多种抑癌基因被相继发现。目前有关肿瘤发病机制的研究方向有：①以研究基因环境交互作用为主攻方向，主效应基因与环境易感基因研究并重；②遗传机制与表遗传结合研究；③功能基因型（genotype）和表型（phenotype）的相互关系的研究等。肿瘤相关基因的筛选一直为研究者所重视，新方法不断出现。 1 用微卫星DNA多态性标记策略寻找肿瘤相关的候选抑癌基因 抑癌基因的丢失或者功能失活能够引起细胞的恶性转化而致肿瘤发生。可以采用微卫星DNA多态性标记策略去寻找肿瘤相关的抑癌基因。即首先运用微卫星分析的方法寻找具有高杂合性丢失频率的染色体区域，根据连锁分析可知该染色体区域或其临近区域可能存在肿瘤相关的抑癌基因；然后运用基因的分子内微卫星标志分析、甲基化状态分析、突变检测或候选片段的定位克隆等方法从高杂合性丢失的染色体区域筛选候选的抑癌基因。最后将目的基因转入动物观察其功能表型。 在肺癌、乳癌、子宫和卵巢癌、女性生殖道癌、睾丸癌、肾癌、口腔癌、头颈鳞癌以及食道癌等人类肿瘤中经常发生一些染色体区域的高杂合性丢失［1～9］，提示这些区域可能存在候选的抑癌基因。通过微卫星分析已筛选到一些候选抑癌基因。在人类肿瘤中，3p14.2、3p21.3、9p1322和16q23.324.1等区域杂合性丢失频率较高。FHIT基因位于3p14.2。FHIT 蛋白是一种AP3A水解酶，可能参与DNA复制和细胞周期的调控。在诸如消化道肿瘤、肺癌、乳腺癌和头颈鳞癌中可以检测到FHIT基因的异常转录［10～12］。在肺癌、胃癌和乳癌中还检测到FHIT基因的点突变［13,14］。在肺癌和宫颈癌中观察到Fhit蛋白表达缺失［15,16］。H37和RPL14等基因位于3p21.3。免疫组化分析显示在非小细胞肺癌中H37基因表达水平降低［17］。细胞周期调控相关基因p16位于9p1322。在食管癌中p16可能通过甲基化、杂合性丢失或者突变等机制失活［18］。WWOX基因位于16q23.324.1。在食管癌中WWOX通过杂合性丢失机制失活［19,20］。上述研究提示FHIT、H37、RPL16、p16和WWOX是候选的抑癌基因，它们有可能在肿瘤的发生、发展过程中发挥重要作用。
从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。 在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。1、读懂原始数据 将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。最后获得一份.vcf文件（图1）。
Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区） Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离） ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区 AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样） 经注释后的vcf文件还会包含如下信息： CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称 CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）
第十二章肿瘤遗传学 （一）选择题（A型选择题） 1．以下哪个是对Ph染色体的正确描述： A．22q+ B．22q- C．9q+ D．9q- E．der（22）t(9;22)(q34;q11) 2．视网膜母细胞瘤（RB）的致病基因为： A．ras B．rb C．p21 D．MTS1 E．NM23 3．下列哪个基因为肿瘤转移抑制基因： A．ras B．rb C．p21 D．MTS1 E．NM23 4．下列哪种为慢性髓细胞白血病（CML）的标志染色体： A．13q14- B．5p- C．22q- D．t(8;14) E．17q+ 5．存在于正常细胞中，在适当环境下被激活可引起细胞恶性转化的基因是：
D．抗癌基因 E．隐性癌基因 6．Knudson提出的“二次突变假说”中，非遗传性肿瘤的第一次突变发生在： A．精子 B．卵细胞 C．受精卵 D．体细胞 E．生殖母细胞 7．慢性髓细胞性白血病属于______的肿瘤。 A. 多基因遗传 B. 染色体畸变引起 C. 遗传综合征 D. 遗传易感性 E. 单基因遗传 8．Bloom综合征（BS）属于______。 A. 单基因遗传 B. 多基因遗传 C. 染色体畸变引起 D. 遗传易感性 E. 染色体不稳定综合征 9．视网膜母细胞瘤属于______的肿瘤。 A. 单基因遗传 B. 多基因遗传 C. 染色体畸变引起 D. 遗传易感性 E. 染色体不稳定综合征 10．共剂失调性毛细血管扩张症（AT）属于______。 A. 单基因遗传 B. 多基因遗传 C. 染色体不稳定综合征 D. 遗传易感性 E. 染色体畸变引起 11．肾母细胞瘤属于______的肿瘤。 A. 染色体畸变引起 B. 遗传易感性 C. 染色体不稳定综合征 D. 多基因遗传 E. 单基因遗传 12．着色性干皮病（XP）是一种罕见的、致死性AR遗传病，发病率为1/250000。XP 属于______。 A. 多基因遗传 B. 染色体不稳定综合征 C. 遗传易感性 D. 染色体畸变引起 E. 单基因遗传 13．家族性结肠息肉病属于______的肿瘤。 A. 多基因遗传 B. 染色体不稳定综合征 C. 遗传易感性 D. 单基因遗传 E. 染色体畸变引起 14．Fanconi贫血症（FA）属于______。
遗传因素与肿瘤发生密切相关 从遗传学角度说，人体内一切生命过程都与遗传有关，肿瘤也是如此，但肿瘤的遗传表现与一般遗传病不同。肿瘤是由于肿瘤的细胞不仅形态和结构异常，并进行自主性增殖；肿瘤的发生也是在基因结构或表达异常的基础上，经过复杂的演变而成的，因此肿瘤也是细胞或分子遗传病。 肿瘤发生的遗传因素 一、肿瘤的病因 1.化学因素 2.物理因素 包括电离辐射、紫外线、损伤等。例如慢性炎性刺激如慢性皮肤溃疡、结石引起的慢性胆囊炎、慢性子宫颈炎和子宫内膜增生等病变有时可发生癌变。创伤如骨肉瘤、睾丸肿瘤、脑瘤等患者常有外伤史。
3.生物因素 包括病毒、寄生虫等。人类乳头状瘤病毒致上皮性肿瘤，主要是子宫颈和肛门生殖器区域的鳞状细胞癌；Epstein-Barr病毒与伯基特淋巴瘤和鼻咽癌、乙型肝炎病毒与肝细胞性肝癌的发生有密切的关系。 4.免疫因素 肿瘤可产生肿瘤特异性抗原，引起宿主一系列免疫反应，主要是细胞免疫。T淋巴细胞、K细胞、NK细胞及巨噬细胞在肿瘤免疫中起攻击杀伤肿瘤细胞的作用。 临床观察表明： 儿童期免疫系统不成熟，老年人免疫功能减退，这两个年龄组肿瘤的发病率均高于其他年龄组。 胸腺摘除动物和胸腺先天发育不良患者，由于细胞免疫缺陷,恶性肿瘤发病率升高。 5.激素因素 乳腺癌、子宫内膜腺癌的发生发展与雌激素水平过高有关。切除卵巢或用雄激素治疗，可使乳腺癌体积缩小。 6.性别年龄因素
生殖系统、乳腺、甲状腺、胆囊的癌瘤多见于女性；食管癌、肺癌、胃癌、肝癌、鼻咽癌则多见于男性。癌多见于40岁以上的人，肉瘤多见于青年。而视网膜母细胞瘤、肾母细胞瘤、神经母细胞瘤则多见于幼儿。 二、肿瘤发生的遗传因素 1．肿瘤的家族聚集现象 (1)癌家族：指一个家系在几代中有多个成员发生同一器官或不同器官的恶性肿瘤。 这是一个癌家族综合征前三代的系谱图，经过跟踪调查发现,在842名后裔中有95名癌患者，其中患结肠癌(48人)和子宫内膜癌(18人)者占多数。这95人中有13人癌为多发性，有19人癌发生于40岁之前，有72人的双亲之一患癌，男女患者比为47：48。 (2)家族性癌 在一个家族内多个成员患同一类型的肿瘤称家族性癌。 12％~25％的结肠癌患者都有结肠癌家族史。许多常见肿瘤（如乳腺癌、肠癌、胃癌等）通常是散发的，但一部分患者有明显的家族史。此外，患者的一级亲属发病率通常高于一般人群3 ~ 4倍。这表明一些肿瘤有家族聚集现象，或家族成员对这些肿瘤的易感性很高。 3.遗传性肿瘤 结肠癌患者系谱
好多刚接触肿瘤研究的小伙伴们傻傻的分不清楚cfDNA和ctDNA，搞不明白什么是SNP 和SNV，不知道什么是融合基因和易感基因。不怕不怕，今天小编汇总了一些肿瘤研究领域的常见词汇。有了这篇肿瘤词汇大全，看文献搞科研妥妥的~ 1. cfDNA (cell free DNA) cfDNA即血液中游离的自身DNA，这类DNA多是从身体的细胞或者白血球破裂释放出来的，这基本都是无害的，会被自身清理掉。 2. ctDNA (circulating tumor DNA) ctDNA即循环肿瘤DNA，是一种来自肿瘤细胞的游离DNA，存在于血液、滑膜液和脑脊液等体液中。 因为ctDNA和由正常细胞产生的游离DNA碎片是混合在一起的，只占所有游离DNA （cell-free DNA，cfDNA）含量的0.1%-1%之间，因此准确检测出ctDNA的难度相当的大。 3. CTCs (circulating tumor cells) CTCs即循环肿瘤细胞，是从原发肿瘤或转移形成的新肿瘤上掉落，并且进入到患者的外周血循环系统中的恶性肿瘤细胞。 因自发或诊疗操作会从实体肿瘤病灶（原发灶、转移灶）脱落，大部分CTC在进入外周血后发生凋亡或被吞噬，只有少数能够逃逸并锚着发展成为转移灶。而近年来的大量文献证明，CTC与早期癌症的不良预后相关，涵盖乳腺癌、膀胱癌、头颈癌、睾丸生殖细胞癌与结直肠癌等多种癌症。 4. 体细胞突变(somatic mutation) 体细胞突变是指除生殖细胞外的体细胞所发生的变异，如发生在器官和组织的变异。这些变异是肿瘤样品所特有的，其并不来源于父母，也不会传递给后代，往往跟肿瘤的发生和发展有着密切关系，是肿瘤研究中的重点，对于揭示肿瘤发生发展机制有着重要作用。 5. 生殖细胞突变 生殖细胞突变，是指来源于精子或卵子的细胞的突变，会传递给后代。 6. SNP (single nucleotide polymorphism) SNP即单核苷酸多态性，是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。 包括单碱基转换、颠换，以及单碱基的插入/缺失等。它是基因组中最为广泛存在的一类多态性标记，占大约90%。这些基因组序列变异可以导致个体间表型的差异以及不同个体对疾病，特别是复杂疾病的易感性和对环境因素、药物反应的差异。 7. SNV (single nucleotide variation) SNV是基因组上单个碱基发生改变的位点，在基因组上广泛分布。 SNP是指在一个物种中如果该单碱基变异的频率达到一定水平，而SNV是频率未知（比如仅仅在一个个体中发现）。 8. InDel (insertion or a deletion) InDel是基因组上小片段（＜50bp）的插入或缺失突变。
肿瘤基因突变检测 癌症是一类难以预防的疾病，中晚期癌症治愈的可能性又很小，而早期癌症的治愈率可达65%以上，有些肿瘤可达90%以上，因此，战胜癌症的关键是早期发现癌症。由于癌症早期常无特殊症状，甚至毫无症状，故癌症的早期发现、早期诊断主要是通过定期健康体检和人群筛查完成。目前筛查癌症的方法主要是通过化验血肿瘤指标及B超、CT、MRI、PET-CT 等检查，但这些方法的敏感性和特异性均不高，发现有异常时往往已是中晚期。 17种常见高发肿瘤，包括乳腺癌（breast cancer）、结肠癌（colorectalcancer）、子宫癌（endometrial cancer）、脑胶质瘤（glioma）、白血病（leukemia）、肺癌（lungcancer）、淋巴癌（lymphoma）、成神经管细胞瘤（medulloblastoma）、黑色素癌(melanoma)、间皮瘤(mesothelioma) 、多性骨髓瘤(multiple myeloma) 、卵巢癌(ovarian cancer)、胰腺癌(pancreatic cancer) 、真性红细胞增多(polycythemia vera) 、前列腺癌(prostatecancer) 、肾细胞癌(renal cell cancer)和恶性内瘤(sarcoma)，其发病机制涉及与多种肿瘤发生共同相关的肿瘤易感基因群介导的分子改变，参与了肿瘤发生的早期分子事件。系统寻找和探讨它们在肿瘤发生发展过程中的遗传学变异，对阐明肿瘤早期发生机制及寻找肿瘤早期预警、早期诊断和早期治疗的分子靶标都具有重要的现实意义。利用高通量分子测序技术平台，可同时开展多个肿瘤基因突变检测项目，如EGFR、K-RAS 、N-RAS、B-RAF、PI3K 、p53、p16、BRCA1、
[13]Yang HJ，Liu VW，Wang Y，et al.Detection of hypermethylated genes in tumor and plasma of cervical cancer patients[J].Gyne? col Oncol，2004，93(2)：435-440. [14]Widschwendter A，Müller HM，Fiegl H，et al.DNA methylation in serum and tumors of cervical cancer patients[J].Clin Cancer Res，2004，10(2)：565-571. [15]Tanaka H，Tsuda H，Nishimura S，et al.Role of circulating free alu DNA in endometrial cancer[J].Int J Gynecol Cancer，2012， 22(1)：82-86. [16]Wittenberger T，Sleigh S，Reisel D，et al.DNA methylation markers for early detection of women's cancer：promise and challenges[J].Epigenomics，2014，6(3)：311-327. [17]The Lancet Oncology.Liquid cancer biopsy：the future of cancer detection?[J].Lancet Oncol，2016，17(2)：123-129. （2016-02-23收稿）文章编号：1005-2216(2016)05-0409-05 妇科恶性肿瘤筛查中基因检测 技术的应用 王泽华，郭婧 摘要：近年来的研究认为癌症是一种基因疾病， 遗传性或获得性基因缺陷可导致癌症的发生和 发展。因而，基因检测技术在妇科肿瘤的筛查中 显得尤为重要。目前，人乳头瘤病毒（HPV）检测 已在宫颈癌筛查中广泛应用，对于遗传性卵巢癌 和子宫内膜癌高危群体，也可通过检测BRCA1/2 和MLH1/MSH2突变进行高危人群风险分层。 关键词：基因检测技术；妇科恶性肿瘤；筛查 中图分类号：R737.3文献标志码：C Use of genetic testing in the screening of gyneco? logic malignancies.WANG Ze-hua，GUO Jing.De? partment of Obstetrics and Gynecology，Union Hospi? tal，Tongji Medical College，Huazhong University of Science and Technology，Wuhan430022，China E-mail：zehuawang@https://www.doczj.com/doc/1215401738.html, Abstract:Cancer is considered a genetic disease.In?herited or acquired genetic disorders are involved in the malignant transformation and progression of tumors. In gynecologic oncology，genetic testing has captured global attention，especially in tumor screening.Cur? rently，HPV testing plays an essential role in cervical cancer screening；the detection of BRCA1/2and MLH1/ MSH2mutations has been strongly recommended to stratify patients who have a high risk of developing ovarian cancer and endometrial cancer，respectively. Keywords：genetic testing；gynecologic malignan? cies；screening 妇科恶性肿瘤因其较高的发病率及病死率，成为导致妇女死亡的主要原因之一。据文献报道，近年来我国三大妇科恶性肿瘤的发病率总体呈上升趋势，且发病年龄有年轻化趋势[1]。因而，能够早期发现、诊断及预防肿瘤的筛查手段显得尤为重要。 目前，各妇科肿瘤的主要筛查方法如下：（1）卵巢癌：经阴道超声及血清CA125、人附睾蛋白4（HE4）水平检测。（2）宫颈癌：宫颈液基细胞学（TCT或LCT），阴道镜+活检，人乳头瘤病毒（HPV）检测。（3）子宫内膜癌：内膜细胞学，经阴道超声及子宫内膜活检。而基因检测作为近几十年来迅速发展起来的新兴科技手段，其在妇科肿瘤的筛查与诊断中也起着越来越重要的作用。 目前，常用的基因检测技术主要分为以下4种：（1）核酸印迹杂交：从核酸分子混合液中检测特定大小核酸分子的方法，基于核酸变性和复性原理，根据被检样品不同又可分为DNA杂交（southern blot）、RNA杂交（northern blot）、点杂交和原位杂交。（2）聚合酶链反应（PCR）：扩增被检靶基因以提高敏感度。（3）DNA测序：识别DNA中的4种碱基，逐一读出全部基因序列，其双向测序是基因检测结果金标准，可用于检测未知基因。（4）基因芯片技术：是近年来发展十分迅速的大规模、高通量分子检测技术，生物样本中基因靶序列与固定有大量基因探针的基因芯片进行特异性杂交，检测其标记信号，对被检DNA序列信息进行高效解读和分析。 1基因检测与宫颈癌 宫颈细胞学检查作为宫颈癌的主要筛查手段已持续60余年，直到1995年在国际癌症研究机构（IARC）专题讨论会上，明确HPV感染是宫颈癌的关键和必要致病因素；其中，高危型HPV持续性感染与宫颈癌的发病密切相关，提出将HPV的检测作为筛查的手段之一。从HPV感染到宫颈癌发生 DOI：10.7504/fk2016040108 作者单位：华中科技大学同济医学院附属协和医院妇产科，湖北武汉430022 电子信箱：zehuawang@https://www.doczj.com/doc/1215401738.html,
恶性肿瘤的遗传学分析 摘要：现在的我们对于肿瘤依然存在着恐慌畏惧，即使是良性肿瘤，心中也难于镇定，更何况恶性肿瘤。恶性肿瘤严重危害人类健康，对其病因的许多研究都表明，既有环境因素的作用，也有遗传因素的作用。导致肿瘤发生的环境因素很多，如化学致癌剂、放射性物质、病毒以及慢性炎症刺激等等。从近代医学、分子遗传学的研究进一步认识到这些环境因素都是直接或间接地作用于细胞内遗传物质，使其结构、功能异常，从而诱发细胞癌变。 关键词：恶性肿瘤遗传分析机理 恶性肿瘤就是人们所说的癌症。恶性肿瘤的细胞能侵犯、破坏邻近的组织和器官。有一些遗传病常可并发癌症，因而被看作是遗传性癌前病变。癌症是细胞的增多和不受限制的生长，而细胞的增殖是受遗传控制的，可见，所有癌症都可能涉及遗传因素。 染色体异常患者容易并发恶性肿瘤已屡见报道。如21三体综合症患者的急性白血病发病率较正常群体高18～20倍，发病年龄提早2～3年，甚至在新生儿期就出现白血病血相，易于发生白血病反应，患者伴发其他恶性肿瘤也较一般儿童高2～6倍；在先天性卵巢发育不全综合症中，条索状卵巢可恶变为卵巢癌；其他一些染色体异常如体质型13q14.2中央缺失患者易患视网膜母细胞瘤，11p13中央缺失患者极易患肾胚胎瘤等等。这些都提示染色体病并发某些器官或组织癌变的倾向。 一、按基因遗传的不同方式可分为单基因遗传的肿瘤和多基因遗传的
肿瘤。 1、单基因遗传的肿瘤 人类恶性肿瘤中只有少数种类是按单基因方式遗传的，这些单基因遗传的肿瘤的特点是发病年龄轻而且是双侧发生或多发性的，例如遗传性的视网膜母细胞瘤、神经母细胞瘤、Wilm瘤和嗜铬细胞瘤等肿瘤是以常染色体显性方式遗传的。动物实验中发现在同一外界致瘤因素刺激下，不同基因型的动物发病率不同。人类某些肿瘤有明显家族遗传倾向。如结肠多发性息肉、视网膜母细胞瘤、神经纤维瘤、肾母细胞瘤等。也有一些患者有肿瘤家族史，父母兄妹中易患肿瘤，但肿瘤类型可各不相同。肿瘤家族史或遗传因素在肿瘤发病中仅是一种“易感性”，作为环境致癌因素作用的基础。 某些单基因遗传的综合征常和肿瘤的发生联系在一起。人类3000多种单基因的遗传性疾病中，有240多种综合征都有不同程度的患肿瘤倾向，肿瘤是组成该综合征的一部分。这类单基因遗传病属遗传性癌前疾病，常被称为遗传性肿瘤综合征，大部分按常染色体显性方式遗传，部分属常染色体隐性或X性连锁遗传，如家族性结肠息肉病、基底细胞痣综合征、多发性内分泌腺肿瘤综合征等。 2、多基因遗传的肿瘤 多基因遗传的肿瘤大多是一些常见的恶性肿瘤，这些肿瘤的发生是遗传因素和环境因素共同作用的结果。例如多基因遗传的乳腺癌、胃癌、肺癌、前列腺癌、子宫颈癌等，患者的一级亲属的发病率显著高于群体的发病率。