当前位置:文档之家› 华南肿瘤大数据及生物样本库网络建设

华南肿瘤大数据及生物样本库网络建设

华南农业大学大数据库系统概念实验报告材料四

实用文档《数据库系统》实验报告四学姓名实验时间2014-12-3 号实验学时数据库模式管理4 实验名称1. SQL Plus命令手册准 2. Oracle数据字典备 3. Oracle中的数据类型材 料1. 扩掌握在企业管理器中进行表的创建和管理的方法。 2. 利用企业管理器观察数据库的物理模式。展(实此部分内容不要求在实验室完成,不用写入实验报告。) 验Oracle 9i(实及以上版本)服务器 SQL Plus/ SQL Plus work sheet客户端验 环境1.掌握使用实SQL语句进行表的创建和管理的方法 2.验加深对关系数据库结构和数据完整性等概念的理解 目的1.实创建书上university数据库中所有的表,并使用命令观察用户所有表的表名、观察每张表的结构及每张表上的约束信息。验 select * from user_tables; 内 容及步骤 实用文档desc SECTION;

select * from user_constraints where table_name = 'SECTION'; 2. 修改表结构表中增加列存储教师家庭地址,其地址包括省、市、区、街instructor在(1) 道、门牌号等列,列的数据类型自己给出,列允许为空。varchar(30),street varchar(30),city add table alter instructor (province varchar(30),house_number varchar(30)); 实用文档

设置是否成功?原因是什么表中的姓名字段长度都改1studen(2) 5,能否成功?说明原因将该字段长度改alter table student modify name varchar(10); 修改成功 alter table student modify name varchar(50); 修改成功 实用文档

华南农业大学C语言实验上机实验第四版参考答案

华南农业大学C语言实验上机实验第四版参考答案 标准化文件发布号:(9312-EUATWW-MWUB-WUNN-INNUL-DQQTY-

C语言程序设计上机实验指导与习题 参考答案(第四版) (学生改编) 实验 1 C语言程序初步 一、实验目的 (1)了解所用的计算机系统的基本操作方法,学会独立使用该系统。 (2)了解在该系统上如何编辑、编译、连接和运行一个C程序。 (3)通过运行简单的C程序,初步了解C程序的特点。 (4)在教师的指导下,学会使用在线评判系统。 二、实验内容 1. 运行第一个C程序 [题目:The first C Program] 将下列程序输入visual c++ ,编译、连接和运行该程序。 #include"" main() { printf("The first C Program\n"); } [具体操作步骤] (1)在编辑窗口中输入程序。 (2)保存程序,取名为。 (3)按照第一章中介绍的方法,编译、连接和运行程序。

(4)按照第三章介绍的方法,将代码提交到在线评判系统,系统返回“通过”,则该题完成。 2. 在在线评判系统中提交实现了计算a+b功能的程序 [题目1001:计算a+b] 由键盘输入两个整数,计算并输出两个整数的和。实现该功能的程序如下, #include "" main() { int a, b; scanf("%d%d", &a, &b); printf("%d", a + b); } (1)在程序编辑窗口中输入程序。 (2)保存程序,取名为。 (3)按照前二章中介绍的方法,编译、连接和运行程序。 (4)在程序运行过程中,输入 15 30↙ (↙表示输入回车符) (5)如果看到如下输出结果,则表明15+30 的结果正确,如果得不到如下结果,则需检查并更正程序。 45 (6)按照第三章中介绍的方法进入在线评判系统。 (7)显示题目列表,点击题号为1001,题名为“计算a+b”的题目。 (8)查看完题目要求后,点击页面下端的“sumbit”,参照第二章提交程序的方法提交程序。 (9)查看评判结果,如果得到“accepted”则该题通过,否则返回第一步检查程序是否正确。 3 实验 2 基本数据类型、运算和表达式 一、实验目的 (1)掌握C语言数据类型,熟悉如何定义一个整型和实型的变量,以及对它们赋值的方法。 (2)掌握不同的类型数据之间赋值的规律。 (3)学会使用C的有关算术运算符,以及包含这些运算符的表达式,特别是自加(++)和自减(--)运 算符的使用。 (4)进一步熟悉C程序的编辑、编译、连接和运行的过程。 二、实验内容 1. 变量的定义 [题目 1117:变量定义,按要求完成程序] 下面给出一个可以运行的程序,但是缺少部分语句,请按右边的提示补充完整缺少的语句。 #include ""

最新生物信息学名词解释(个人整理)

一、名词解释: 1.生物信息学:研究大量生物数据复杂关系的学科,其特征是多学科交叉,以互联网为媒介,数据库为载体。利用数学知识建立各种数学模型; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析,并以生物学知识对结果进行解释。 2.二级数据库:在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来,是对生物学知识和信息的进一步的整理。 3.FASTA序列格式:是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串,大于号(>)表示一个新文件的开始,其他无特殊要求。 4.genbank序列格式:是GenBank 数据库的基本信息单位,是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分:第一部分包含整个记录的信息(描述符);第二部分包含注释;第三部分是引文区,提供了这个记录的科学依据;第四部分是核苷酸序列本身,以“//”结尾。 5.Entrez检索系统:是NCBI开发的核心检索系统,集成了NCBI的各种数据库,具有链接的数据库多,使用方便,能够进行交叉索引等特点。 6.BLAST:基本局部比对搜索工具,用于相似性搜索的工具,对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。P94 7.查询序列(query sequence):也称被检索序列,用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。P98 8.打分矩阵(scoring matrix):在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论(如考虑核酸和氨基酸之间的类似性)和实际进化距离(如PAM)两类方法。P29 9.空位(gap):在序列比对时,由于序列长度不同,需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果,这样在其中一序列上产生中断现象,这些中断的位点称为空位。P29 10.空位罚分:空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响,序列中的空位的引入不代表真正的进化事件,所以要对其进行罚分,空位罚分的多少直接影响对比的结果。P37 11.E值:衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列(query)相匹配的随机或无关序列的概率,E值越接近零,越不可能找到其他匹配序列,E 值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小,也即相似性越能反映真实的生物学意义。P95 12.低复杂度区域:BLAST搜索的过滤选项。指序列中包含的重复度高的区域,如poly(A)。 13.点矩阵(dot matrix):构建一个二维矩阵,其X轴是一条序列,Y轴是另一个序列,然后在2个序列相同碱基的对应位置(x,y)加点,如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线,如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线;如果完全没有相似性则不能连成直线。 14.多序列比对:通过序列的相似性检索得到许多相似性序列,将这些序列做一个总体的比对,以观察它们在结构上的异同,来回答大量的生物学问题。 15.分子钟:认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说,从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。 16.系统发育分析:通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状,可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。 17.进化树的二歧分叉结构:指在进化树上任何一个分支节点,一个父分支都只能被分成两个子分支。 系统发育图:用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图,是引入时间概念的支序图。 18.直系同源:指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列,具有相似或不同的功能。(书:在缺乏任何基因复制证据的情况下,具有共同祖先和相同功能的同源基因。)

华南农业大学综合性、设计性实验报告

华南农业大学综合性、设计性实验报告 实验项目名称:数字电路与逻辑设计综合实验 实验项目性质:综合性、设计性实验 所属课程名称:数字电路与逻辑设计 开设时间: 2011学年第二学期 指导教师:万艳春 一、问题描述

实验题目要求它的投币口每次只能投入一枚五角或一元的硬币,投入一元五角硬币自动给出一杯饮料;投入两元(两枚一元的硬币)硬币后,再给出饮料的同时找回一枚五角硬币。故用x=0代表五角硬币,x=1代表一元硬币,y2,y1为1时分别表示给出一杯饮料和找回一枚五角硬币,至于投入的硬币数则用脉冲cp控制,投完硬币后用p=1表示确认。 二、逻辑设计 1.按照所需功能,画出状态图: 2.根据状态图画出真值表

3.画卡诺图 4.根据JK 特性方程Q n+1 =J Qn +k Qn 可得 122Q x k J == 211Q x K J == 三、 逻辑电路 1n 2n 1 n 2 n 1 1n Q Q x Q )x (Q Q ++=+ 112XQ Q Q Y2?= 2 Q X Y1= 2n 1n 2 n 1 n 2 1 +n Q Q x +Q x) +(Q =Q

四、效果与测试情况 清零后,x=0→CP→CP→CP→p=1,得到y2=1,y1=0; 清零后,x=0→CP→CP→x=1→CP→p=1,得到y2=1,y1=1; 清零后,x=0→CP→x=1→CP→p=1,得到y2=1,y1=0; 清零后,x=1→CP→x=0→CP→p=1,得到y2=1,y1=0; 清零后,x=1→CP→x=1→CP→p=1,得到y2=1,y1=1; 五、分析与讨论 本实验基本实现了所需功能,原理较简单,所用芯片也并不多; 不足的地方是每一次投币后都需确认,使过程稍显麻烦,若在 设计中能利用脉冲与输出相与,或许可以解决;而且当投币少 于1.5元时不会退回,功能较简单。 六、参考资料 [1]欧阳星明,于俊清. 数字逻辑(第四版),武汉:华中科技大学出版

华南农业大学C语言实验上机实验第四版参考答案

C语言程序设计上机实验指导与习题 参考答案(第四版) (学生改编) 实验 1 C语言程序初步 一、实验目的 (1)了解所用的计算机系统的基本操作方法,学会独立使用该系统。 (2)了解在该系统上如何编辑、编译、连接和运行一个C程序。 (3)通过运行简单的C程序,初步了解C程序的特点。 (4)在教师的指导下,学会使用在线评判系统。 二、实验内容 1. 运行第一个C程序 [题目:The first C Program] 将下列程序输入visual c++ ,编译、连接和运行该程序。 #include"stdio.h" main() { printf("The first C Program\n"); } [具体操作步骤] (1)在编辑窗口中输入程序。 (2)保存程序,取名为 a1.c。 (3)按照第一章中介绍的方法,编译、连接和运行程序。 (4)按照第三章介绍的方法,将代码提交到在线评判系统,系统返回“通过”,则该题完成。

2. 在在线评判系统中提交实现了计算a+b功能的程序 [题目1001:计算a+b] 由键盘输入两个整数,计算并输出两个整数的和。实现该功能的程序如下, #include "stdio.h" main() { int a, b; scanf("%d%d", &a, &b); printf("%d", a + b); } (1)在程序编辑窗口中输入程序。 (2)保存程序,取名为 a2.c。 (3)按照前二章中介绍的方法,编译、连接和运行程序。 (4)在程序运行过程中,输入 15 30↙ (↙表示输入回车符) (5)如果看到如下输出结果,则表明15+30 的结果正确,如果得不到如下结果,则需检查并更正程序。 45 (6)按照第三章中介绍的方法进入在线评判系统。 (7)显示题目列表,点击题号为1001,题名为“计算a+b”的题目。 (8)查看完题目要求后,点击页面下端的“sumbit”,参照第二章提交程序的方法提交程序a2.c。 (9)查看评判结果,如果得到“accepted”则该题通过,否则返回第一步检查程序是否正确。 3 实验 2 基本数据类型、运算和表达式 一、实验目的 (1)掌握C语言数据类型,熟悉如何定义一个整型和实型的变量,以及对它们赋值的方法。(2)掌握不同的类型数据之间赋值的规律。 (3)学会使用C的有关算术运算符,以及包含这些运算符的表达式,特别是自加(++)和自减(--)运 算符的使用。 (4)进一步熟悉C程序的编辑、编译、连接和运行的过程。 二、实验内容 1. 变量的定义 [题目 1117:变量定义,按要求完成程序] 下面给出一个可以运行的程序,但是缺少部分语句,请按右边的提示补充完整缺少的语句。#include "stdio.h" main() { int a, b; /*定义整型变量a和b*/

生物信息学名词解释

1.计算生物信息学(Computational Bioinformatics)是生命科学与计算机科学、数理科学、化学等领域相互交叉而形成的一门新兴学科,以生物数据作为研究对象,研究理论模型和计算方法,开发分析工具,进而达到揭示这些数据蕴含的生物学意义的目的。 2.油包水PCR (Emulsion PCR) : 1) DNA片段和捕获磁珠混合; 2) 矿物油和水相的剧烈震荡产生油包水环境; 3) DNA片段在油包水环境中扩增;4) 破油并富集有效扩增磁珠。 3.双碱基编码技术:在测序过程中对每个碱基判读两遍,从而减少原始数据错误,提供内在的校对功能。代表测序方法:solid 测序。 4.焦磷酸测序法:焦磷酸测序技术是由4种酶催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应,适于对已知的短序列的测序分析,其可重复性和精确性能与SangerDNA测序法相媲美,而速度却大大的提高。焦磷酸测序技术不需要凝胶电泳,也不需要对DNA样品进行任何特殊形式的标记和染色,具备同时对大量样品进行测序分析的能力。在单核苷酸多态性、病原微生物快速鉴定、病因学和法医鉴定研究等方面有着越来越广泛的应用。例如:454测序仪 :用蛋白质序列查找核苷酸序列。 :STS是序列标记位点(sequence-tagged site)的缩写,是指染色体上位置已定的、核苷酸序列已知的、且在基因组中只有一份拷贝的DNA短片断,一般长200bp -500bp。它可用PCR方法加以验证。将不同的STS依照它们在染色体上的位置依次排列构建的图为STS图。在基因组作图和测序研究时,当各个实验室发表其DNA测序数据或构建成的物理图时,可用STS来加以鉴定和验证,并确定这些测序的DNA片段在染色体上的位置;还有利于汇集分析各实验室发表的数据和资料,保证作图和测序的准确性。 :表达序列标签技术(EST,Expressed Sequence Tags)EST技术直接起源于人类基因组计划。 :生物信息学数据库。UniGene试图通过计算机程序对GeneBank中的序列数据进行适当处理,剔除冗余部分,将同一基因的序列,包括EST序列片段搜集到一起,以便研究基因的转录图谱。UniGene除了包括人的基因外,也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因。 :开放阅读框(ORF,open reading frame )是基因序列的一部分,包含一段可以编码蛋白的碱基序列,不能被终止子打断。编码一个蛋白质的外显子连接成为一个连续的ORF。 10.分子钟检验:只有分子钟的,没听过分子钟检验。一种关于分子进化的假说,认为两个物种的同源基因之间的差异程度与它们的共同祖先的存在时间(即两者的分歧时间)有一定的数量关系

2016华南农业大学数据库考试+答案

华南农业大学期末考试试卷(A 卷) 2015-2016学年第一学期 考试科目: 数据库系统 考试类型:闭卷 考试时间: 120 分钟 学号 姓名 年级专业 Question 1: true-false question (30 points) For each of the following statements, indicate whether it is TRUE or FALSE (Using T for TRUE and F for FALSE). You will get 1 point for each correct answer, and 0 point for each wrong or blank answer. BE SURE TO WRITE YOUR ANSWER IN THE ANSWER SHEET! 1. Database systems are designed for both defining storage structures and providing mechanisms for manipulation of information. 2. Comparing with database system, file-processing system has many disadvantages such like data redundancy and consistency, concurrent-access anomalies. 3. Physical data independence in database means that the user working on the logical level need know nothing about complexity of the physical level of database. 4. The overall design of database is the database schema, while collection of data stored in the database at a particular moment is an instance of the database. 5. The Entity-Relationship data model is often used in logical

生物信息学数据库或软件

一、搜索生物信息学数据库或者软件 数据库是生物信息学的主要内容,各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。 核酸序列数据库有GenBank,EMBL,DDB等,核酸序列是了解生物体结构、功能、发育和进化的出发点。国际上权威的核酸序列数据库有三个,分别是美国生物技术信息中心(NCBI)的GenBank ,欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank(简称EMBL),日本遗传研究所的DDBJ 蛋白质序列数据库有SWISS-PROT,PIR,OWL,NRL3D,TrEMBL等, 蛋白质片段数据库有PROSITE,BLOCKS,PRINTS等, 三维结构数据库有PDB,NDB,BioMagResBank,CCSD等, 与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP,CATH,FSSP,3D-ALI,DSSP等, 与基因组有关的数据库还有ESTdb,OMIM,GDB,GSDB等, 文献数据库有Medline,Uncover等。 另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。

生物信息学数据库覆盖面广,分布分散且格式不统一, 因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务,如EBI的SRS(Sequence Retrieval System)包含了核酸序列库、蛋白质序列库,三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具,用户可以进行多个数据库的多种查询。 二、搜索生物信息学软件 生物信息学软件的主要功能有: 分析和处理实验数据和公共数据,加快研究进度,缩短科研时间; 提示、指导、替代实验操作,利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验;寻找、预测新基因及预测其结构、功能; 蛋白高级结构预测。 如:核酸序列分析软件BioEdit、DNAClub等;序列相似性搜索BLAST;多重系列比对软件Clustalx;系统进化树的构建软件Phylip、MEGA等;PCR 引物设计软件Primer premier6.0、oligo6.0等;蛋白质二级、三级结构预测及三维分子浏览工具等等。 NCBI的网址是:https://www.doczj.com/doc/0f16966525.html,。 Entrez的网址是:https://www.doczj.com/doc/0f16966525.html,/entrez/。 BankIt的网址是:https://www.doczj.com/doc/0f16966525.html,/BankIt。 Sequin的相关网址是:https://www.doczj.com/doc/0f16966525.html,/Sequin/。 数据库网址是:https://www.doczj.com/doc/0f16966525.html,/embl/。

华南农业大学C语言上机实验答案

格式:一题号一答案,相对应 1001 #include "stdio.h" int main() { int a,b; scanf("%d%d",&a,&b); printf("%d",a+b); } 1007 #include "stdio.h" int main() { int a,b; scanf("%d%d",&a,&b); printf("%d",a+b); } 1014 #include"stdio.h" void main() { float area,r; scanf("%f",&r); area=3.14159*r*r; printf("%0.2f",area); } 1015 #include void main() {float f,c; scanf("%f",&f); c=5.0/9*(f-32); printf("%.2f",c); } 1016 #include main() {char a,b,c,d,e; scanf("%c%c%c%c%c",&a,&b,&c,&d,&e); if(a<='Z'&&a>='A')a=a+32;

if(b<='Z'&&b>='A')b=b+32; if(c<='Z'&&c>='A')c=c+32; if(d<='Z'&&d>='A')d=d+32; if(e<='Z'&&e>='A')e=e+32; printf("%c%c%c%c%c",a,b,c,d,e); } 1017 #include "stdio.h" void main() {int n,place; scanf("%ld",&n); if(n>99999999)place=9; else if(n>9999999)place=8; else if(n>999999)place=7; else if(n>99999)place=6; else if(n>9999)place=5; else if(n>999)place=4; else if(n>99)place=3; else if(n>9)place=2; else place=1; printf("%ld\n",place); } 1018 #include main() {int a,b,c,t; scanf("%d,%d,%d",&a,&b,&c); if(a>b){t=a;a=b;b=t;} if(a>c){t=a;a=c;c=t;} if(b>c){t=b;b=c;c=t;} printf("%d,%d,%d",a,b,c); } 1019 #include"stdio.h" main() {int a,b,c,d,e; scanf("%d%d%d%d%d",&a,&b,&c,&d,&e); if(a%27==0)printf("YES\n");else printf("NO\n"); if(b%27==0)printf("YES\n");else printf("NO\n"); if(c%27==0)printf("YES\n");else printf("NO\n"); if(d%27==0)printf("YES\n");else printf("NO\n");

华农C语言题目及答案完整版

[题目6567:The first C Program] 将下列程序输入 visual c++ ,编译、连接和运行该程序。 #includestdio.h main(){printf(The first C Program\n);}答案 #include #include int main(){printf(The first C Program\n); return 0;}[题目1001:计算a+b] 由键盘输入两个整数,计算并输出两个整数的和。 答案 #include #include int main() {int a,b; scanf (%d%d,&a,&b); printf(%d,a+b); return 0;}[题目11126:输出a与b中的较大值] 下面程序实现由键盘输入两个整数a和b,判断并输出a与b中较大值。请在计算机上执行并验证该程序的正确性,之后提交到在线评判

系统。 1 / 26 答案 #include #include int max(int x,int y) {if(x>y)return x; else return y;}int main() {int a,b; scanf(%d%d,&a,&b); printf(%d\n,max(a,b));}[题目1117:变量定义,按要求完成程序] 下面给出一个可以运行的程序,但是缺少部分语句,请按右边的提示补充完整缺少的语句。 #include stdio.h main() { int a, b; /*定义整型变量a和b*/ int i, j; /*定义实型变量i和j*/ a=5; b=6; i= 3.

华南农业大学大数据库系统概念实验报告材料五

实用文档 《数据库系统》实验报告五

实用文档 salary表中表具有查询权限,A.course对A.instructor对设置同学同学2. AB 使用命令检查授权是否成功。B字段具有更新权限;同学grant select on course to cs113; 实用文档

表具有插入数据、删除数据的权限,同对B. instructorB3. 同学授权同学A 用命令试验能否完成相应操作。学Aselect * from cs113.instructor; insert into cs113.instructor values(21313,'JDY','Comp. Sci.',745363); select * from cs113.instructor; cs113.instructor where salary = 92000; delete from select * from cs113.instructor; 实用文档

表具有增、删、改、查的权限,并允许他对B. studentB5. 同学授权同学A并试验能否将权限授予A将权限授权给其它同学。同学验证授权是否成功,。C其它同学(例如同学) 实用文档select * from cs113.student; insert into cs113.student values(13221,'KJDFH','Comp. Sci.',123); update cs113.student set tot_cred = 456 where ID = 13221; select * from cs113.student; delete from cs113.student where ID = 13221; select * from cs113.student;

华南农业大学数据库系统概念实验报告七

《数据库系统》实验报告七

CREATE SEQUENCE logs_id_squ INCREMENT BY 1 START WITH 1 MAXV ALUE 9999999 NOCYCLE NOCACHE; CREATE OR REPLACE TRIGGER DML_LOG BEFORE --触发时间为操作前 DELETE OR INSERT OR UPDATE -- 由三种事件触发 ON emp FOR EACH ROW -- 行级触发器 BEGIN

IF INSERTING THEN INSERT INTO logs V ALUES(logs_id_squ.NEXTV AL,'EMP','INSERT',:new.empno,SYSDATE, USER); ELSIF DELETING THEN INSERT INTO logs V ALUES(logs_id_squ.NEXTV AL,'EMP','DELETE',:old.empno,SYSDATE, USER); ELSE INSERT INTO logs V ALUES(logs_id_squ.NEXTV AL,'EMP','UPDATE',:new.empno,SYSDATE, USER); END IF; END; INSERT INTO emp(empno,ename,job,sal) V ALUES(8001,'MARY','CLERK',1000); COMMIT;

SELECT * FROM LOGS; 【练习1】修改、删除刚刚插入的雇员记录,提交后检查LOGS表的结果。update emp set sal = sal*5 where ename = 'MARY'; COMMIT;

生物信息学在医学领域的应用研究现状

生物信息学在医学领域的应用研究现状 摘要生物信息学是研究生物信息处理(采集、管理和分析应用),并从中提取生物学新知识的一门科学,它连接生物数据和医学科学研究。生物信息数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域,截止至2010年,总数已达1230个。生物信息学已不断渗透到医学领域的研究中。生物信息学在医学领域中主要应用于医学基础研究、临床医学、药物研发和建立与医学有关的生物信息学数据库。 关键词生物信息学,医学,应用 前言据统计,生物学信息正以每14个月翻一倍的速度增长。随着基因组及蛋白质序列数据库的快速增长,以及从这些序列中获取最大信息的需求,生物信息学(bioinformatics)作为一门独立学科应运而生。简言之,生物信息学就是利用计算和分析工具去收集、解释生物学数据的学科。生物信息学是一门综合学科,是计算机科学、数学、物理、生物学的结合。它对于管理现代生物学和医学数据具有重大意义,其研究成果将对人类社会和经济产生巨大推动作用。生物信息学的基础是各种数据库的建立和分析工具的发展。 数据库 迄今为止,生物学数据库总数已达500个以上。归纳起来可分为4大类:即基因组数据库、核酸和蛋白质一级结构数据库、生物大分子三维空间结构数据库,以及以上述3类数据库和文献资料为基础构建的二级数据库。 生物信息学在临床医学上的应用 1.疾病相关基因的发现:很多疾病的发生与基因突变或基因多态性有关。发 现新基因是当前国际上基因组研究的热点,使用生物信息学的方法是发现新基因的重要手段。目前发现新基因的主要方法有多种:(1)基因的电脑克隆:所谓基因的“电脑克隆”, 就是以计算机和互联网为手段,发展新算法,对公用、商用或自有数据库中存储的表达序列标签(express sequence tags,EST)进行修正、聚类、拼接和组装, 获得完整的基因序列, 以期发现新基因。(2)通过多序列比对从基因组DNA 序列中预测新基因[1]:从基因组序列预测新基因,本质上是把基因组中编码蛋白质的区域和非编码蛋白质的区域区分开来。(3)发现单核苷酸多态性[2]:现在普遍认为SNPs研究是人类基因组计划走向应用的重要步骤。这主要是因为SNPs将提供一个强有力的工具,用于高危群体的发

华农C语言程序设计实验

[题目1118:赋值表达式与赋值语句,写出程序运行结果] 阅读下面程序,写出运行结果: void main() { float a; int b, c; char d, e; a=3.5; b=a; c=330; d=c; 4 e='\\'; printf("%f,%d,%d,%c,%c", a,b,c,d,e); } 运行结果为: 3.500000,3,330,J,\ [提示]赋值语句具有类型转换的功能,但可能会改变数据。 3. 基本运算 [题目1119:基本运算,写出程序运行结果] 阅读下面程序,写出运行结果: void main() { int a, b, c; float d=15, e, f; a=35%7; b=15/10; c=b++; e=15/10; f=d/10; printf("%d,%d,%d,%f,%f,%f", a,b,c,d,e,f); } 运行结果为: 0,2,1,15.000000,1.000000,1.500000 [提示]除法分整除与普通除法之分。 5 [题目1126:字符的输入与输出] 编程实现由键盘输入一个字符后,在屏幕上输出该字符。参考程序: #include "stdio.h" main() { char ch; ch = getchar(); putchar(ch); } [题目1127:计算加法]

编程实现由键盘输入一个加法式,输出正确的结果。(两个加数均为整数)[第一组自测数据] 参考程序: #include "stdio.h" main() { int a, b; scanf("%d%*c%d", &a,&b); printf("%d", a+b); } [题目1014:求圆面积] 参考程序: #include "stdio.h" main() { float area,r; scanf("%f",&r); area=3.14159*r*r; printf("%0.2f",area); } 3 [题目1015:计算摄氏温度值] 参考程序: #include void main() { float f,c; scanf("%f",&f); c=5.0/9*(f-32); printf("%.2f",c); } 4 参考程序: #include "stdio.h" #include "math.h" void main() { float a,b; scanf("%f,%f",&a,&b); if(fabs(a*a+b*b-1)<1e-3) printf("Y\n"); else printf("N\n");} } [题目1017:求数的位数] 参考程序: main() { int n,place; scanf("%ld",&n);

生物信息学复习题及答案

生物信息学复习题 一、名词解释 生物信息学, 二级数据库, FASTA序列格式, genbank序列格式, Entrez,BLAST,查询序列(query),打分矩阵(scoring matrix),空位(gap),空位罚分,E 值, 低复杂度区域,点矩阵(dot matrix),多序列比对,分子钟,系统发育(phylogeny),进化树的二歧分叉结构,直系同源,旁系同源,外类群,有根树,除权配对算法(UPGMA),邻接法构树,最大简约法构树,最大似然法构树,一致 树(consensus tree),bootstrap,开放阅读框(ORF),密码子偏性(codon bias),基因预测的从头分析法,结构域(domain),超家族,模体(motif),序列表谱(profile),PAM矩阵,BLOSUM,PSI-BLAST,RefSeq,PDB数据库,GenPept, 折叠子,TrEMBL,MMDB,SCOP,PROSITE,Gene Ontology Consortium,表谱(profile)。 二、问答题 1)生物信息学与计算生物学有什么区别与联系 2)试述生物信息学研究的基本方法。 3)试述生物学与生物信息学的相互关系。 4)美国国家生物技术信息中心(NCBI)的主要工作是什么请列举3个以上NCBI 维护的数据库。 5)序列的相似性与同源性有什么区别与联系 6)BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途 什么 7)简述BLAST搜索的算法。 8)什么是物种的标记序列 9)什么是多序列比对过程的三个步骤 10)简述构建进化树的步骤。 11)简述除权配对法(UPGMA)的算法思想。 12)简述邻接法(NJ)的算法思想。 13)简述最大简约法(MP)的算法思想。 14)简述最大似然法(ML)的算法思想。 15)UPGMA构树法不精确的原因是什么 16)在MEGA2软件中,提供了多种碱基替换距离模型,试列举其中2种,解释其 含义。 17)试述DNA序列分析的流程及代表性分析工具。 18)如何用BLAST发现新基因 19)试述SCOP蛋白质分类方案。 20)试述SWISS-PROT中的数据来源。 21)TrEMBL哪两个部分 22)试述PSI-BLAST 搜索的5个步骤。 三、操作与计算题 1)如何获取访问号为U49845的genbank文件解释如下genbank文件的LOCUS行提供的信息: LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999 2)利用Entrez检索系统,对核酸数据搜索,输入如下信息,将获得什

华南农业大学2015上学期C语言A卷试卷及答案

问卷共6页,第7页 华南农业大学期末考试试卷(A 卷) 2015学年第1学期 考试科目: C 语言程序设计 考试类型:(闭卷)考试 考试时间: 120 分钟 学号 姓名 年级专业 1、答案必须分别写在“机读卡”和“答卷”上,写在本试卷上不得分。 2、必须在机读卡和答卷上正确填写班级、学号、姓名等内容,否则没有考试成绩。 3、机读卡的学生代号区只需填写学号后10位。 4、考试结束时,“机读卡”、“答卷”和本试卷都要上交。 一、选择题(在机读卡上答题,本题共20小题,每小题2分,共40分) 1. 请选出其中不合法的常量。( ) A. '8' B. 903u C. 65 D. D 2. C 语言程序中对函数描述正确的是( )。 A. 除了main 函数,函数相互之间可以嵌套定义,嵌套调用 B. 函数不能嵌套定义,除了main 函数,其他函数可以相互调用 C. 函数相互之间可以嵌套定义,嵌套调用,递归调用 D. 函数相互之间可以嵌套调用,但是不能调用自身 3. 以下程序段中表达式的运行结果是( )。 int i=3,j=5; char a='a'; a=a+i,a+j; A. 105 B. 102 C. 73 D. 78 4. 字符串 "\\\tabcd\r\12\n" 在内存中所占的字节数为( )。 A. 14 B. 9 C. 10 D. 11 5. 设有如下变量定义:int i=3,j=5; float x=3.5,y=5.0;请问表达式 i-=j*=x+y 的值是多 少。( ) A. 72 B. -17 C. -39 D. -19 6. 能够实现对字符串 "Dog" 进行正确赋值的操作是( )。 A. char a[3]={ 'D', 'o', 'g'}; B. char a[]="Dog"; C. char a[3]={ "Dog"}; D. char a[3]; s="Dog"; 7. 在以下给出的表达式中,与 while(exp)中的(exp)不等价的表达式是( )。 A .(!exp==0) B .(exp>0||exp<0) C .(exp= =0) D .(exp!=0)

华南农业大学大学(软件工程)详细介绍

华南农业大学大学(软件工程)详细介绍

华南农业大学大学(软件工程)详细介绍 第四学期:这应该是大家最痛苦的学期。三门专业课的难度都非常高,而且同时进行,并且很多同学要考四级。 8121085线性代数 2 2.0-0.0 考试必修公共基础课 4 8241007大学英语Ⅳ 3.5 4.0-2.0 考试必修通识教育类 4 8251033计算机组成原理 4 3.0-2.0 考试必修基础教育类 4 8251047面向对象程序设计 4 3.0-2.0 考试必修专业教育类 4 8251903形势与政策

2 0.5 0.5考试实践实践教学环节 4 8251907职业素质提升与就业指导 1.5 2.0-0.0 考试必修就业创业类 4 8253162汇编语言程序设计 4 3.0-2.0 考试必选专业教育类 4 8256033数据结构课程设计22考试必修实践教学环节 4 8301001马克思主义基本原理 3 2.0-2.0 考试必修通识教育类 4 8311004体育Ⅳ 1 2.0-0.0 考试必修通识教育

类 4 看见,挂科率最高的汇编语言竟然和组成原理放在一起。 汇编语言程序设计:信息软件学院的魔鬼课程。挂科率非常高。原因是它考试没有选择填空,只有编程题,看程序题,不会编程就不可能过。这门课,必须认认真真学,没有捷径。可参考历年试卷,可以得到帮助。堆栈题目一定有。课后编程题应该全部认真看一次。这部分资料可参考已经发送的复习资料。 上课要认真听,认真做作业的话,还是可以考到不错的成绩的。总之,这门课没有捷径,要认真学。 计算机组成原理:又是一们比较痛苦的课程。一些物理电路图以及一些非常理论的东西对绝大部分人来说都很痛苦。不过这门课相对汇编有一点捷径。首先是考试卷。历年的考试卷有重合率,而且不低。其次是关注“万军州”老师。他在考前最后一节课之前都去看卷子,都会给大家做“最后提示”。这些提示都会考,全部都会。一定要认认真真抓住。 面向对象程序设计:又是编程课程。这是一门对以后要编程的同学的一门非常重要的课程。实习也要用。建议认真学,多编程。考试有重点,但是当年老师画的重点全部不中。

生物信息数据库大全

生物信息(bioinformation)数据库大全 摘要: [生物信息(bioinformation)数据库大全] http: smartli77 cctrblog net cmd html?do=blogs&id=548&uid=1511 生物信息(bioinformation)数据 库一.数据库目录2000年,出版《核酸研究》的牛津大学出版社设立了一个 数据库目录网页,这个网页把数据库分成18类在郝柏林、张淑誉编著的《生物 信息(bioin……[关键词:数据库序列基因基因组蛋白质蛋白质序列基因 图谱]…… 关键词:数据库序列基因基因组蛋白质蛋白质序列基因图谱 https://www.doczj.com/doc/0f16966525.html,/cmd.html?do=blogs&id=548&uid=1511 生物信息(bioinformation)数据库 一.数据库目录 2000年,出版《核酸研究》的牛津大学出版社设立了一个数据库目录网页,这个网页把数据库分成18类在郝柏林、张淑誉编著的《生物信息(bioinformation)学手册》中,他们进行了合并,又把数据库目录、农林牧有关数据库、医学数据库和文献单独列出,分成以下16类: 1.数据库目录 2.综合数据库包括DNA序列阵:EMBL、GenBank、DDBJ、GSDB、TDB和UniGene 3.DNA序列数据库主要是与基因结构和认定有关的数据库,如密码子使用频度表、

真核生物启动子库、内含子和外显子库等 4.RNA序列和核糖体数据库 5.基因图谱数据库 6.人类基因组数据库 7.其他物种基因组数据库 8.基因表达数据库 9.基因突变、病理和免疫数据库 10.蛋白质序列数据库 11.蛋白质结构数据库 12.比较基因组学(comparative genomics)和蛋白质组学(Proteomics)数据库 13.代谢途径和细胞调控数据库 14.与农林牧有关数据库 15.医学数据库 16.其他数据库 二.综合数据库 INSD,国际核酸序列数据库(International Nucleotide Sequence Databank)

相关主题
文本预览
相关文档 最新文档