北鲲云用户手册Table of contents:登录一. 如何登录二. 下载客户端基本概念一. 计算区二. SSH连接三. 工作站四. 模板提交作业五. 镜像中心收费标准一. 收费项目二. 查看硬件资源价格功能介绍一. 仪表盘二. 应用中心三. 作业管理四. SSH连接五. 图形界面六. 文件传输七. 数据集八. 镜像中心提交作业模板提交命令行提交图形界面提交作业监控和查看结果视频专区一、 文件传输二、提交作业三、作业监控和查看结果四、镜像中心版本介绍一. 版本差别二. 功能介绍一. 个人中心二. 费用中心三. 代金券四. 收费标准计费规则五. 网络策略安全管理一. 基础设置二. 密钥对管理三. 网络策略管理四. 操作审计团队管理一. 用户管理二. 子用户管理配额管理一. 配额管理二. 配额申请存储目录介绍二. 其它隐藏目录（文件）介绍文件传输一. Windows数据传输二. Linux数据传输三. 结果文件下载四. 文件同步查询平台预装软件一. 使用命令行查询软件二. Python/Conda环境的查询三. 工作站软件的查询四. 未查询到所需软件加载预装软件一. SSH命令行加载软件环境1. 使用module工具查询和加载软件2. 加载Python/Conda虚拟环境二. 工作站启动软件自定义安装软件一. 安装须知如何选择安装方式？二. SSH连接命令行安装软件Linux编译安装软件Python/Conda环境安装软件三. Windows工作站安装软件四. Linux工作站安装软件五. 镜像中心安装软件如何提交作业模板提交一. 提交流程二. 操作步骤三. 提交后的监控命令行提交一. 操作步骤二. 计算节点资源使用率监控图形界面提交一. Windows工作站提交二. Linux工作站提交AlphaFold2一. 模板提交二. 命令行提交三. 结果文件介绍四. 使用PyMOL对结果进行图形化展示 Amber一. 模板提交二. 命令行提交CPU版 Amber 作业示例GPU Amber 作业示例Ansys CFX一. 图形界面提交二. 模板提交三. 命令行提交Ansys Fluent一. 图形界面提交二. 模板提交三. 命令行提交Ansys LS-DYNA一. 图形界面提交AutoDock-Vina一. 模板提交二. AutoDockToolsCOMSOL Multiphysics一. 图形界面提交二. 命令行提交CONVERGE一. 命令行提交CP2K一. 命令行提交步骤ColabFold一. 模板提交二. 命令行提交GROMACS一. 模板提交二. 命令行提交GPU版GROMACS作业示例CPU版GROMACS作业示例 Gaussian一. 模板提交二. 命令行提交三. GaussView 6对结果进行图形化展示 Jupyter Notebook一. 图形界面提交LAMMPS一. 模板提交二. 命令行提交LS-DYNA一. 图形界面提交二. 模板提交三. 命令行提交NAMD一. 模板提交二. 命令行提交ORCA一. 命令行提交PyTorchRoseTTAFold一. 模板提交二. 使用PyMOL对结果进行图形化展示STAR-CCM+一. 图形界面提交二. 模板提交三. 命令行提交TensorFlow一. 命令行提交TeraChem一. 命令行提交VASP一. 模板提交二. 命令行提交VirtualFlow一. 模板提交二. 后置处理失败基本功能使用问题1. 我该如何提交作业？2. 我该如何上传文件到服务器？3. 你们平台 文件传输 上传下载速度是否有限制，大文件无法上传如何解决？4. 我在通用计算区配置的环境在其它计算区怎么使用不了？5. 我在账号下创建一个子用户，子用户的目录和主用户进入的目录一样吗？6. 你们平台的模板功能，主要用于哪些场景？7. 我在您们平台提交作业，多核机器速度和自己本地电脑算起来速度没有快多少，会是什么原因呢？8. 可以设置工作站计算完自动释放吗？9. 作业结束后会有通知吗？10. 能看到下载到本地的文件在哪个目录下么？11. 请问下现在我们的WebSSH终端大概闲置多久才会断开连接？12. 我在通知设置里设置了闲置工作站自动释放，为什么没有释放？13. 您们平台是否支持自定义安装Linux系统其它发行版本？16. 停机与释放有什么区别？17. 我的作业为什么会执行失败？18. 使用模板提交方式，作业执行失败，我该怎么处理？19. 平台总共有哪些类型的节点，它们各自代表什么含义？应用软件使用问题2. 平台没有我要使用的软件怎么办？3. 你们平台是否提供商业软件？4. 普通用户没有权限安装软件，能否获取root权限？5. 每次登录都需要使用module add命令加载软件，可不可以实现自动加载？6. 使用slurm命令报错：“slurm_load_jobs error: Unable to contact slurm controller(connect failure)”如何解决？7. 执行module命令报错“Lmod has detected the following error:”，如何解决？8. 什么是队列？9. 为什么有些硬件资源无法选择？10. 使用Material Studio软件(Windows)时，CPU核数如何修改？11. Jupyter Notebook 如何远程使用虚拟环境？计费问题1. 平台是如何收费的？2. 如何充值？3. 如何查看消费记录？4. 工作站如何查看节点配置价格？5. 为什么我没有使用，还在一直扣费？6. 工作站停机还会收费吗？7. 已经赠送免费核时，但余额显示为零？8. 平台可以开发票吗？9. 节点选择经济型和标准型有什么区别？其他问题1. 我测试为什么工作站与本地笔记本同等CPU配置没有本地笔记本算的快？2. 提交作业需要排队吗？3. 节点启动需要多久？4. 超算资源有时候跑着跑着就被强制回收了，你们也会有这种情况吗？5. 为什么我的 CPU 使用率最高显示为 50%？6. 为什么我连接登录到Windows工作站没有看到H或者S盘，请问如何找回呢？7. 没有我想要的数据集怎么办？镜像中心使用问题1. 镜像中心有什么作用？2. 在哪里设置为默认镜像，如何启动默认镜像？3. 制作镜像需要多久，我已经制作了半个小时了还没结束？4. 我之前制作的镜像怎么不见了？5. 什么是容器镜像？6. 镜像中心磁盘大小设置方法Slurm作业管理系统1. 查看分区状态2. 查看作业队列3. 查看所有作业详细信息4. 取消作业号为20的作业二. 提交作业的方式1. 使用sbatch批处理模式提交作业2. 使用salloc分配模式提交作业 Module的使用一. 常用命令二. 使用例子Conda的使用一. 使用北鲲云的Conda环境二. Conda管理环境三. Conda管理包四. Conda/Pip软件安装进阶操作 Linux的常用命令linux快捷键以及帮助手册快捷键帮助手册软件安装yum用户和文件权限管理查看用户使用root查看文件权限变更文件所有者修改文件权限目录及文件操作基本目录操作基本文件操作搜索文件whichwhereislocatefind文件解压缩rartar管道与一些文本命令&& 和 ||管道文本处理sortcoltrpaste重定向重定向文件描述符永久重定向以及“丢弃”输出进程的基本操作前台/后台切换终止进程管理topps提交作业Body Attributes(Body属性)Request(请求)Response(响应) - 200Response Body Attributes(响应Body属性) 取消作业Body Attributes(Body属性)Request(请求)Response(响应) - 200Response Body Attributes(响应Body属性) 查询作业状态URL ParametersRequest(请求)Response(响应) - 200Response Body Attributes(响应Body属性) 获取文件服务器TokenRequest(请求)Response(响应) - 200查询集群配置Body Attributes(Body属性)Request(请求)Response(响应) - 200Response Body Attributes(响应Body属性) 修改集群配置Body Attributes(Body属性)Request(请求)Response(响应) - 200Response Body Attributes(响应Body属性)登录欢迎来到北鲲云一站式云超算平台！本文档提供了一些链接来帮助您登录。
分子对接软件介绍软件安装与对接结果分析考虑到原来的中文版本的指导说明已经有关于autodock软件的介绍，因此就在此不对软件进行介绍。
关于软件的了解，大家可参考，这个版本在Bioms论坛有大家可自己下载(/thread-457-1-3.html)。
建议大家和(Autodock分子对接-中文)这个版本一起看。
我自己也是一个初学者，和前辈的比较着好学点。
●软件的下载与安装（win系统)Autodock软件大家可以直接在其官网下载（/downloads）直接安装Mgltools即可。
autodock软件的运行环境是英文环境，因此不论安装在哪个盘，名字都要是英文的，即：其中C盘必须改名，要是安装在D盘，D盘也要修改名字，还有就是所有的安装路径文件及将来做对接的文件命名也必须是英文的。
配体与受体的准备受体（receptor）即酶分子或者其他蛋白分子，可直接从PDB 数据库下载其PDB文件（/pdb/home/home.do）依南极假丝酵母脂肪酶B（Candida antarctica Lipase B）为例打开后可直接在此处下载当我们下载完pdb文件后，就要对文件进行处理，包括去除水，加氢，计算点电荷，最后保存为pdbqt文件。
运行autodock软件，file-read molecule打开下载的pdb文件，即1TCA.pdb。
其中红点表示水分子。
删除水分子select-select from string在residue中输入HOH*，在ATOM中输入*并单击Add如下：其中水分子变为黄色，然后edit-delete-delete selected atom点击continue加氢edit-hydrogens-add如下：点击ok就行，有图为加氢后的结果。
计算点电荷edit-charges-compute gasteiger点击确定。
若是做刚性对接，添加原子类型，直接file-save选择保存为1TCA.pdbqt文件，备用。
世界中西医结合杂志２０２１年第１６卷第１２期 ＷｏｒｌｄＪｏｕｒｎａｌｏｆＩｎｔｅｇｒａｔｅｄＴｒａｄｉｔｉｏｎａｌａｎｄＷｅｓｔｅｒｎＭｅｄｉｃｉｎｅ ２０２１，Ｖｏｌ１６，Ｎｏ１２·药物研究·
ＤＯＩ：１０．１３９３５／ｊ．ｃｎｋｉ．ｓｊｚｘ．２１１２１８基金项目：国家自然科学基金面上项目（８１９７３６７５）作者单位：１．中国中医科学院广安门医院，北京１０００５３；２．中国中医科学院中药研究所，北京１００７００通信作者：李深，Ｅｍａｉｌ：ｌｉｓｈｅｎ５８１７３＠１６３．ｃｏｍ
基于网络药理学、分子对接和体外实验探讨穿山龙治疗ＩｇＡ肾病的分子机制
沈佳晨１ 任翼１ 饶向荣１ 游云２ 李深１【摘要】 目的 通过网络药理学、分子对接和体外实验的方法，对穿山龙治疗ＩｇＡ肾病的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 运用中药系统药理学数据库与分析平台（ＴＣＭＳＰ）和ＢＡＴＭＡＮ－ＴＣＭ获取穿山龙的主要活性成分，利用ＰｈａｒｍＭａｐｐｅｒ预测活性成分的作用靶点，并通过ＧｅｎｅＣａｒｄｓ、ＯＭＩＭ数据库检索获得疾病作用靶点。将疾病及药物预测靶点进行交集，筛选出共同的潜在治疗靶点。运用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．２软件构建“药物－成分－疾病－靶点”相互作用网络图；运用ＳＴＲＩＮＧ数据库构建蛋白相互作用的ＰＰＩ网络。运用Ｒ软件将药物－疾病共同靶点进行关键靶基因ＧＯ与ＫＥＧＧ功能富集分析，采用Ａｕｔｏｄｏｃｋｖｉｎａ１．１．２进行分子对接。最后，通过薯蓣皂苷干预人Ｂ淋巴细胞（ＤＡＫＩＫＩ）增殖的体外实验进行核心靶点的初步验证，采用ＣＣＫ－８法检测细胞的增殖情况，运用Ｗｅｓｔｅｒｎｂｌｏｔ检测Ｃａｓｐａｓｅ３的蛋白表达。结果该研究筛选出穿山龙１２个活性成分（其中１１个活性成分涉及ＩｇＡ肾病相关靶点及信号通路），涉及４５个ＩｇＡ肾病靶点及６５条相关信号通路。网络分析结果表明穿山龙可能通过作用于ＡＬＢ、ＣＡＳＰ３、ＥＧＦＲ、ＥＳＲ１、ＨＳＰ９０ＡＡ１等关键靶点及ＲＡＳ等关键通路发挥治疗ＩｇＡ肾病作用。分子对接提示穿山龙活性成分薯蓣皂苷元、脱氧替告皂甙元、紫杉醇、薯蓣皂苷与ＡＬＢ、ＣＡＳＰ３、ＥＧＦＲ、ＥＳＲ１等关键靶点结合性较好，薯蓣皂苷元与ＨＳＰ９０ＡＡ１、ＣＡＳＰ３、ＥＧＦＲ的Ｖｉｎａ得分最低且相近。体外实验结果显示，薯蓣皂苷对ＬＰＳ刺激的ＤＡＫＩＫＩ细胞增殖有一定的抑制作用，并能上调Ｃａｓｐａｓｅ３的蛋白水平。结论 本研究通过网络药理学、分子对接技术和体外细胞实验表明，穿山龙治疗ＩｇＡ肾病具有一定的效果。【关键词】 穿山龙；ＩｇＡ肾病；网络药理学；体外细胞实验；薯蓣皂苷【中图分类号】Ｒ２８５．６ 【文献标识码】Ａ
