术语“有机化学”最早是由Bethelius于1806年提出的。当时，它被称为“无机化学”的反义词。在19世纪初，许多化学家认为有机物的产生是由于有机物中存在所谓的“生命力”，而无机物却无法在实验室中合成。
1824年，德国化学家惠勒（Wheeler）将氰化物水解成草酸。1828年，他不小心通过加热将氰酸铵变成尿素。氰化物和氰酸铵是无机化合物，草酸和尿素是有机化合物。Weiler的实验结果对“生命力”理论产生了最初的影响。从那时起，从碳和氢等元素合成了乙酸等有机化合物，人们逐渐放弃了“活力”理论。
由于合成方法的改进和发展，实验室中合成了越来越多的有机化合物，其中大多数是在与生物体不同的条件下合成的。“生命力”的理论已逐渐被放弃，但“有机化学”一词至今仍在使用。
在现代化学中，有机化学可以理解为包含碳（C）和氢（H）的化合物的化学。有机化合物和无机化合物之间没有绝对界限。有机化学之所以成为化学的独立学科，是因为有机化合物确实具有其固有的联系和特性。
元素周期表中的碳元素通常通过与其他元素的原子共享外电子来实现稳定的电子构型（即形成共价键）。该共价键决定了有机化合物的
特性。大多数有机化合物由碳，氢，氮和氧组成，少数还包含卤素和硫，磷，氮等元素。因此，大多数有机化合物具有低熔点，易燃性和易溶于有机溶剂的特性，这与无机化合物完全不同。
在包含多个碳原子的有机化合物分子中，碳原子彼此结合以形成分子的骨架，并且其他元素的原子连接至骨架。在元素周期表中，没有其他元素可以像碳那样在许多方面牢固地相互结合。由碳原子形成的分子骨架具有多种形式，例如直链，支链，环等。
在有机化学的早期发展中，有机化学工业的主要原料是动植物，而有机化学主要研究动植物中有机化合物的分离。
从19世纪中叶到20世纪初，有机化学工业逐渐转变为以煤焦油为主要原料。合成染料的发现使染料和制药工业蓬勃发展，并促进了对芳香族化合物和杂环化合物的研究。1930年代后，以乙烯为原料的有机合成开始兴起。在1940年代前后，有机化学工业的原料逐渐转变为石油和天然气，并发展了合成橡胶，合成塑料和合成纤维工业。随着石油资源的日益枯竭，以煤为原料的有机化工将得到重新发展。当然，天然动物，植物和微生物仍然是重要的研究对象。
