徐海冬-鸡miRNA的研究进展

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《表观遗传学》课程作业 鸡表观遗传领域中miRNA的研究进展

学 院: 农学院 专 业:动物遗传育种与繁殖 学 号: 2111602010 研 究 生: 徐海冬 任课教师: 苏瑛 教授 分 数: 鸡表观遗传领域中miRNA的研究进展 徐海冬 ( 广东海洋大学农学院动物遗传育种与繁殖实验室 广东·湛江 425088 )

摘要:microRNA(miRNA)是参与基因转录后调控的之类重要的非编码小RNA分子。通过其调节,可以形成细胞水平和个体水平的基因表达的多样化。本文对鸡miRNA在染色体中的数量和分布进行了简要总结,鸡miRNA在免疫机能、胚胎发育和病毒感染方面的调控作用进行了归纳,并对鸡miRNA进一步研究作出了展望,以期为miRNA在禽类中的研究和生产实践中提供参考。 关键词:鸡;microRNA;免疫;胚胎发育;病毒

microRNA(miRNA)是具有功能性的非编码单链小RNA(长约为19-24 nt),具有高度保守性。存在于真核细胞中,主要通过其5’端与靶基因mRNA的3’端的非翻译区完全或不完全的特异性结合,对基因转录后的翻译进行调控,形成机体的细胞水平和个体水平基因表达的多样化和种内差异。因为具有便于饲养,生长周期短,其卵便于体外观察和试验的优势,鸡已经逐渐成为研究脊椎动物的优秀模型。对于以鸡为模式生物研究miRNA的功能和调控机制对miRNA在禽类的开发和利用提供了重要的理论价值和经济效益。 1 鸡miRNA 的数量与染色体分布

目前,鸡miRBase数据库 (http://www.mirbase.org/) 中已公布684 条miRNA前体和791条miRNA 成熟体。其分布于不同的染色体中,其中6对大染色体(染色体1,2,3,4,5和Z)中miRNA的前体数目都在30以上,染色体1中最多(80条),这可能与染色体长度大、基因含量多、功能性复杂相关联。在染色体16、32和W中未发现miRNA。 与人的miRNA 前体 (1 600 条) 和miRNA成熟体 (2 042 条) 数目相比较而言,鸡miRNA的发现和挖掘可能还存在一定空间。Glazov等[1]利用深度测序法(Deep sequencing approach)对鸡胚的不同发育阶段 (5 d、7 d 和9 d) 测得了3个miRNA 库,得出950万条短序列,他们对这些小RNA进行分类后发现,几乎检测到了所有先前已知的鸡miRNA 和它们各自的miRNA*序列(表达水平低的表示为miRNA*)。也发现了449条鸡miRNA(其中包含88条候miRNA),其中有430条为鸟类所特有的,6条miRNA是鸟类以外至少一个脊椎动物种属存在进化序列的保守性,13条miRNA是已知脊椎动物中miRNA在鸡中的保守序列。还发现存在39条额外的剪接来源的miRNA。我们相信随着研究的不断深入,鸡miRNA家族的新成员还会被逐渐发现并公布。 2 鸡miRNA 对免疫功能的调控

miRNA是基因表达的一类重要的转录后调控因子,但是关于每个miRNA的靶向调节的独立性功能还有待挖掘。有研究发现miRNA在免疫调控方面具有重要的作用。miRNA可与非特异性免疫体系构成“第一道防线”来抵御病原微生物的入侵。其病原微生物与宿主通过在miRNA水平的相互作用,合成和富集特定的miRNA,进而激活特定基因的表达。例如,AP-1和NF-κB等转录因子的激活会引起miR-155的增加[2],而miR-155能够调节辅助性T细胞的分化和生发中心反应,进而产生最适T细胞依赖性抗体反应。miR-155也可以通过调节细胞因子量来调节T细胞的功能,miR-155也参与了B细胞的同型转化和特异性抗体产生及记忆细胞反应[3]。 动物体内的免疫系统需要处于免疫应答和免疫调节的平衡范围内,机体才能表现出良好的生长状态。与蛋白质亚基间的相互调节相比较,miRNA水平更能精细和定量的调节免疫系统。miRNA在T细胞发育和功能产生及B细胞发育和分泌抗体的免疫活动中存在时空表达的差异,这表明miRNA可以调控机体的特异性免疫反应。miRNA对免疫反应的相关基因存在较高的靶向特征,这说明miRNA在免疫反应中起重要的调控作用[4]。 目前,与免疫相关的miRNA报导已初步证明了其在鸡免疫系统中的重要作用。例如,Ahanda等[5]在鸡的免疫活性组织cDNA的研究中,不但发现了已知非编码的RNA(miRNA, snRNA, snoRNA),也发现了一些假定miRNA样的非编码RNA。表达谱分析鉴定后,发现在病毒感染前后,其发生了变化,并与组织内编码蛋白mRNA表达特征相一致。这表明此非编码RNA在免疫反应中具有重要作用。Trakooljul等[6]对鸡miR-143下游靶基因进行DNA微阵列和双荧光素酶报告检测,鸡胚淋巴细胞体外转染anti-miR-143后,124个基因表达量发生了变化,这些基因与细胞增殖、凋亡和肿瘤形成有关,miR-143很可能参与调控淋巴细胞的增殖和凋亡。该课题组又进一步对miR-10a的表达分布进行了分析,发现miR-10a在鸡胚的脾脏发育中高表达,孵化后,在脾、肺、肾和脂肪组织等脏器中高表达,分析表明miR-10a可参与Ras信号通路、细胞内物质转运、免疫功能发育等相关基因的表达调控[7]。还有,分泌性磷蛋白1 (Secreted phosphoprotein 1,SPP1) 在炎症反应、钙化、器官发育、免疫细胞功能和致癌作用等生理过程中具有重要的作用,而在鸡中miR-140 能够通过转录后调控来影响SPP1 的表达活性[8],进而间接实现对免疫细胞功能的影响。Akirin2蛋白作为重要的核内转录因子在免疫反应中具有重要的调控作用,作者在研究鸡akirin2基因的生物学功能时,预测分析发现akirin2基因的3’UTR区域存在潜在一个miRNA靶位点,而且2个鸡miRNA (gga-miR-1570和gga-miR-216b) 靶向这一相同的靶序列,说明akirin2基因的表达活性可能受这些miRNA 的调控[9],而在哺乳动物中Akirin2是一个影响转录因子NF-κB 转录活性的关键核内因子,参与NF-κB依赖的免疫相关miRNA (如miR-155、miR-181a、miR-17~92、miRNA-146和miR-223等) 的表达调控[10-12],但是关于鸡的akirin2基因与miRNA的调控相关性仍有待于深入研究。总之,越来越多的证据表明鸡miRNA也能够以直接或间接的方式影响着免疫相关基因或细胞的活性,发挥着对免疫功能的调节作用。 3 鸡miRNA 对胚胎发育的调控

miRNA的组织特异性表达研究揭示了miRNA在胚胎发育中的多种功能,其中miRNA的一个主要作用就是调控发育过程中的靶基因表达。例如,Hicks等[13]

利用11 d 鸡胚构建了一个小RNA文库,获得了10 466个序列,其中包括已知的鸡miRNA、与其他物种同源的miRNA和新发现的miRNA。他们发现许多已知的miRNA在鸡胚的脾、肝和法氏囊中差异表达,表明孵化11 d鸡胚中的miRNA表达是极其多样和动态变化的,而且这种变化可能是与胚胎特征发育相对应的。 3.1 鸡miRNA 对骨骼发育的调控 高等脊椎动物利用相似的遗传工具却传递着极其不同的面部特征,这种多样性被认为是通过颅神经嵴细胞 (Cranial neural crest cells) 内基因的表达时间、空间和种属特异性变化而实现的,这不仅会促进面部骨骼的形成,而且还包含着种属特异性信息,从而导致形态的不同。在这一过程中,一些信号分子和转录因子起着重要作用,而关于miRNA 在这一过程中的作用却知之甚少。Powder 等[14]通过对比鉴定和分析3 种禽类动物 (鸡、鸭和鹌鹑) 特异性面部特征发生变化前后的颅神经嵴细胞中全部miRNA 的表达变化,结果发现了170 个差异表达的miRNA,并且在这个过程中这些miRNA的表达呈现显著动态变化,这表明miRNA在胚胎头面发育过程中起着重要作用。 在脊椎动物胚胎发育中,中轴骨 (Axial bone) 的形成需要精确时空调控Hox基因的表达。Hornstein等[15]研究表明:在鸡体内肢体发育环境下,miR-196作用于Hoxb8和SHH (Sonic hedgehog) 上游,并且miR-196能够确保被调控的表达域 (Expression domains) 在转录水平上的精准性,这表明miRNA功能上是作为一个二级水平的基因调控。随后,McGlinn等[16]在鸡胚胎发育中利用反义寡核苷酸技术, 通过应用miR-196家族确定了鸡胚轴形成前后Hox基因表达的时空界限,他们发现当miR-196表达被封闭后,鸡胚的末尾颈椎 (Last cervical vertebrae)存在向着胸椎特征方向同源异形转化现象,而这种表型的改变部分原因是与转化之前Hoxb8基因表达被上调有关,同时这也进一步佐证了Hox基因能够被miRNA转录后调控的相关性。此外,miRNA 在软骨形成中还发挥着重要作用,例如,细胞凝聚 (Cellular condensation) 对成软骨细胞的分化是一个必要的起始过程,Song 等[17]通过研究miR-488 在细胞凝聚中的作用,发现在鸡胚肢间充质细胞 (Limb mesenchymal cells) 软骨形成的过程中,miR-488 是细胞与细胞外基质相互作用中的调控因子之一。 3.2 鸡miRNA 对神经发育的调控 神经发育是高度协调的生理过程,神经元基因的表达是被严格调控的。在鸡中枢神经系统组织发育中,SCP1 (Small C-terminal domain phosphatase 1)基因表达适时的下调对诱导神经组织的发生至关重要,而在这一过程中miR-124参与了SCP1基因的表达下调过程[18]。进一步研究发现,miR-124的两个内源性的靶标分别是层粘连蛋白γ1 (Laminin gamma 1)和整合素β1(Integrin beta1)两个基因,这两个基因在神经祖细胞(Neural progenitor cells)中高表达,但在神经细胞分化中被抑制,miR-124是通过对神经祖细胞中祖基因(Progenitor genes)的转录后抑制进而实现神经细胞的分化[19]。另外,在鸡胚胎发育中,运动神经元亚型的特化 (Specification of motor neuron (MN) subtypes)和脊髓柱状体形成(Columnar formation)也受多种转录因子的调控。例如,FoxP1 (Forkhead box protein P1)能够