结核分枝杆菌与牛分枝杆菌全基因组比较分析

结核分枝杆菌全基因组测序质量控制通用要求1范围本文件规定了结核分枝杆菌全基因组测序质量控制通用要求，包括样本基因组DNA纯度和完整性、基因文库构建起始DNA量、测序读长、碱基识别质量值、平均覆盖深度和比对率的最低要求。

本文件适用于应用高通量基因组测序对结核分枝杆菌菌株样本进行全基因组测序质量控制的规范。

本文件不适用于其他类型标本及单分子测序。

2规范性引用文件下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。

其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。

GB/T6682分析试验室用水规格和试验方法GB19489实验室生物安全通用要求GB/T35537—2017高通量基因测序结果评价要求GB/T40226—2021环境微生物宏基因组检测高通量测序法3术语和定义下列术语和定义适用于本文件。

3.1基因组genome一种生物体具有的所有遗传信息的总和。

[来源：GB/T30989—2014，3.2]3.2核苷酸nucleotide构成核酸的基本单位，由三部分组成：五碳糖、磷酸和环状的含氮碱基。

[来源：GB/T30989—2014，3.3]3.3基因文库gene library整套由基因组DNA片段插入克隆载体获得的分子克隆的总和。

[来源：GB/T30989—2014，3.7]3.4碱基对base pair形成“DNA梯子的横档”的一对碱基。

注：在碱基对中，腺嘌呤总是与胸腺嘧啶配对，鸟嘌呤与胞嘧啶配对。

[来源：GB/T30989—2014，3.17]3.5测序读长read length of gene sequencing测序能测得的最长基因片段的长度，通常以碱基数表示[来源：GB/T30989—2014，3.24]3.6碱基识别质量quality of base calling评价碱基准确识别的概率。

注：简称为Q，通常以数值表示，碱基识别质量值与碱基识别错误率负相关，二者遵循对数函数关系。

第15章分枝杆菌表15-1 分枝杆菌的分类分类生长速度菌落和色素产生代表菌种致病性结核分枝杆菌复合群生长缓慢结核分枝杆菌、牛分枝杆菌结核病非结核分枝杆菌RunyonⅠ组生长缓慢菌落不见光时为淡黄色,光照后则变为黄色或橙色堪萨斯分枝杆菌(M.kansasii)、海分枝杆菌(M. marinum ) 肺结核样病变；皮肤丘疹、结节与溃疡RunyonⅡ组在37℃生长缓慢在暗处培养时菌落呈橘红色瘰疠分枝杆菌(M. scrofulaceum)儿童淋巴结炎RunyonⅢ组40～42℃下生长慢通常不产生色素鸟-胞内分枝杆菌(M.avium)结核样病变，多见于肺与肾RunyonⅣ组在25～45℃快速生长。

培养5～7天即可见到菌落个别种产生色素偶发分枝杆菌(M.fortuitum)极少致病麻风分枝杆菌人工培养基上不生长麻风第一节结核分枝杆菌俗称结核杆菌，是结核病的病原菌。

该菌可侵1/3感染了结核分枝杆菌。

特别是近年来世界范围内艾滋病的流行，结核病作为最多见的一种机会性感染，成为HIV阳性者死亡的主要原因，因此，结核病已成为全球重大公共卫生问题。

一、生物学性状（一）形态与染色在感染的组织中，结核分枝杆菌细长且直，大小约0.4×3 m（图15-1）；在人工培养基上，不同种呈现丝状、球状、串珠状等多形性。

由于结核分枝杆菌细胞壁中含有大量的脂质，不易着色，一旦被碱性染料着色后能够抵抗盐酸乙醇（含95%的乙醇和3%的盐酸）的脱色作用，被定性为抗酸菌（acid-fast bacteria），一般不用革兰染色法分类为革兰阳性或革兰阴性。

常用齐尼抗酸染色法（Ziehl-Neelsen acid-fast stain），以5%石碳酸复红加温染色后再经3%盐酸乙醇脱色，结核分枝杆菌被染成红色，而其他非抗酸菌及背景则被美蓝复染呈蓝色。

此外，结核分枝杆菌在药物如异烟肼的影响下，亦可变为抗酸染色阴性。

图15-1 痰标本中的结核分枝杆菌（箭头所指）（Brooks et al, 2004）（二）培养和生长特性结核分枝杆菌的初代分离培养应使用选择和非选择培养基。

结核分枝杆菌耐药基因检测在耐药肺结核治疗中的价值分析

摘要:目的：分析结核分枝杆菌耐药基因检测在耐药肺结核治疗中的价值。方法：以40例耐药肺结核患者为对象，研究时间是2019年1月-2022年3月，分为参照组20例、研究组20例，参照组应用标准化治疗，研究组应用结核分枝杆菌耐药基因检测联合个体化治疗，对比治疗效果。结果：研究组患者治疗后咳嗽评分、胸痛评分、咯血评分、发热评分更低，与参照组比较（P<0.05）。对于治疗有效率，研究组更高（P<0.05）。结论：耐药肺结核患者采用结核分枝杆菌耐药基因检测联合个体化替代治疗，具有显著治疗效果。

关键词：结核分枝杆菌耐药基因检测；个体化治疗；耐药肺结核；标准化治疗；

结核病是临床常见慢性疾病，是因感染结核杆菌引起，包括肠结核、胃部结合、肝结核、肺部结核等，其中肺结核较为常见，且在所有结核病中约占80.00%。肺结核潜伏期为4-8周，主要症状为咳嗽、咳痰、发热、乏力、消瘦、咯血等，严重威胁患者的身体健康，需及时给予有效治疗[1]。对于耐药肺结核患者，首先需实施结核分枝杆菌耐药基因检测，结合实际情况确定治疗方案。本文将以近年来（2019年1月-2022年3月）40例患者为对象进行研究。详细如下。

1资料与方法 1.1一般资料 选取耐药肺结核者进行研究，共计40例，20例患者是参照组，20例患者是研究组，本研究在2019年1月开始，在2022年3月结束。参照组，11例是男性，9例是女性；年龄平均值为（48.75±4.38）岁。研究组患者中，男性12例，女性8例；年龄平均值为（48.98±4.46）岁。对比分析患者的一般资料，差异P>0.05。 1.2方法 参照组患者实施标准化治疗：应用2HREZS/6HRE化疗方案治疗，即异烟肼（H）治疗，每次1次，每次0.3g；利福平（R）治疗，每天1次，每次0.45g；吡嗪酰胺（Z）治疗，每天1次，每次0.75g。持续治疗1年。

母牛分枝杆菌辅助治疗复治涂阳肺结核病人疗效分析【摘要】目的：观察母牛分枝杆菌辅助治疗复治涂阳肺结核病人疗效。

方法：随机将我所2008-2011年120例复治涂阳肺结核病人分为治疗组和对照组，每组60例，两组使用相同的治疗方案，2hrez/6hre，治疗组加用母牛分析枝杆菌，对照组仅有化疗药物。

结果：治疗组满2月痰菌阴转率90%，治愈率86.7%。

对照组2月痰菌阴转率83.3%，治愈率78.3%。

经统计学处理（p<0.05）差异显著。

结论：母牛分枝杆菌辅助治疗复治涂阳肺结核病人，是较好的结核病免疫调节剂。

【关键词】母牛分枝杆菌；复治肺结核；免疫调节剂【中图分类号】r56 【文献标识码】a 【文章编号】1004—7484（2013）09—0629—01结核病的免疫治疗有数十年的历史，但并互独特的特异免疫治疗，对于其它疾病如肝炎、肿瘤等有效的免疫治疗剂，大多数可用于结核病的免疫治疗[1]。

近20年来国外stanfonl等学者对该菌进行长期系列研究以及近年来国内学者的研究，均表明母牛分枝杆菌具有良好的免疫治疗和免疫预防作用，是迄今转好的结核病免疫调节剂[2].世界卫生组织20世纪90年代结核病研究与发展规划中，提出结核病化疗法与免疫法相结合，母牛分枝杆菌是唯一被推荐的免疫治疗制剂，因些近年来，我国制的母牛分枝杆菌制剂即微卡，用于结核病的辅助治疗，取得了较好的效果。

1 资料与方法1.1 一般资料随机选取我所2008—2011年120例复治涂阳肺结核病人，随机分为治疗组和对照组，每组60例，年龄18—60岁之间，治疗组男35例，女25例，对照组男37例，女23例。

1.2 选取条件1.2.1 复治涂阳肺结核病人，包括复发患者（即治愈后再次转为涂阳患者），返回患者（即抗结核治疗1个月，间断停药2个月以上涂阳患者，及初治失败患者（即初治涂阳患者经规律抗结核治疗5个月痰涂片仍阳性患者）。

1.2.2 男女比例不限1.2.3 体重50kg以上1.2.4 患者无糖尿病、精神病、肝肾功能不全、癫痫病史。

结核分枝杆菌的生物学特性结核分枝杆菌，简称结核杆菌，1882年RObeu Koch所发现，列人分枝杆菌属，是家畜、野生动物、禽类及人类结核病的病原菌。

1、形态与染色特性在动物病灶内的结核杆菌菌体正直或微弯曲，长1.5~4.0um，宽0.2~0.5um。

有时菌体末端具有不同的分枝，有的两端钝圆，无鞭毛，无荚膜和无芽孢，没有运动性。

单在，成双,间或成丛排列。

在人工培养基上，由于菌型、菌株和环境条件不同，可出现多种形态，如近似球形、棒状或丝状。

在电镜下观察本菌具有复杂结构：由微荚膜、细胞外壳的三层结构、胞浆膜、胞浆、间体、核糖体及中间核质构成。

本菌为革兰氏阳性菌。

由于结核分枝杆菌细胞壁中含有大量脂质而不易着色,一般苯胺染料难以着色。

若用加热或媒染剂处理使之染色后，可以抵抗盐酸．酒精的脱色作用。

齐-尼二氏对结核杆菌的抗酸染色法就是根据这个道理进行的，因为结核杆菌中含有脂类，染料一旦进入细胞内部很难脱出。

用上述方法染色，结核杆菌被染成红色，而其他非杭酸性菌和细胞杂质均呈蓝色。

2、培养特性本菌为严格需氧菌；最适生PH6．5~6．8，最适生长温度为37~37.5℃。

营养要求较高，培养常用罗氏培养基，内含蛋黄、甘油、天门冬素、马铃薯、无机盐及抵制杂菌生长的孔雀绿等物质。

本菌生长速度很慢，尢其是初代分离。

繁殖一代需18～24小时，分离培养需经2～4周才可见米黄色菜花状菌落生长。

在改良罗氏培养基上培养需4~6周结核杆菌对营养要求极高，必须在含有血清、鸡蛋、甘油、马铃薯及某些无机盐的特殊培养基上才能良好地生长。

初代分离培养，更是如此。

在固体培养基上菌落呈灰黄白色，干燥颗粒状，显著隆起，表面粗糙皱缩、菜花状的菌落。

在液体培养基内，于液面形成粗纹皱膜，培养基保持透明。

若加入吐温80于培养基中．可使结核杆菌呈分散均匀生长。

3、生化特性结核杆菌不发酵糖类，能产生过氧化氢酶。

对人致病的结核分枝杆菌现一般认为有人型、牛型、非洲型。