“母子公司制”和“事业部制”是实行集团管控的基本组织结构形式，这两种结构都比较适用于品种多样化、各有独立的市场且市场环境变化较快的企业集团，较好地解决了集团内部分权和集权的矛盾问题，有利于调动二级公司经理人的积极性。
但二者又有明显的不同，其表现在于：
从法律地位上看，子公司是独立的法人，拥有自己独立的名称、章程和组织机构，对外以自己的名义进行活动，在经营过程中发生的债权债务由自己独立承担。事业部是一个公司按地区或按产品类别分成的若干个经营单位，虽然实行单独核算，但它不具备企业法人资格，其名称应冠以隶属公司的名称，由隶属公司依法设立，公司总部保留对它的人事决策，预算控制和监督大权，并通过利润等指标对事业部进行控制，事业部只是公司的一个分支机构。
从控制手段上看，母公司对子公司的控制一般不是采取直接控制，更多地是采用间接控制方式，即通过任免子公司董事会成员和投资决策来影响子公司的生产经营决策。而事业部的人事、业务、财产受隶属公司直接控制，在隶属公司的经营范围内从事经营活动。
从承担债务的责任方式看，母公司作为子公司的最大股东，仅以其对子公司的出资额为限对子公司在经营活动中的债务承担责任；子公司作为独立的法人，以子公司自身的全部财产为限对其经营负债承担责任。事业部由于没有自己独立的财产，与隶属公司在经济上统一核算，因此其经营活动中的负债由隶属公司负责清偿，即由隶属公司以其全部资产为限对分公司在经营中的债务承担责任。
从税收角度看，子公司可享受东道国给其居民公司提供的包括免税期在内的税收优惠待遇，而事业部由于是作为企业的组成部分之一派住国外，东道国大多不愿为其提供更多的优惠；同样，子公司必须要承担全面的纳税义务，而事业部只承担有限的纳税义务；事业部与总公司之间的资本转移，因不涉及所有权变动，不必负担税收等。
