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New Software for the Identification and Characterization of Peptides Generated during Fontina Ch

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Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｃｈｅｍ．Ｅｎｇ．６（２０１２）３２３－３２６　Ｎｅｗ　Ｓｏｆｔｗａｒｅ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ａｎｄ　Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｐｅｐｔｉｄｅｓ　Ｇｅｎｅｒａｔｅｄ　ｄｕｒｉｎｇ　Ｆｏｎｔｉｎａ　Ｃｈｅｅｓｅ　Ｒｉｐｅｎｉｎｇ　Ｕｓｉｎｇ　Ｍａｓｓ　Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ　Ｄａｔａ　

Ｓａｂｉｎａ　Ｖａｌｅｎｔｉｎｉ　，Ｍａｓｓｉｍｏ　Ｎａｔａｌｅ　一，Ｅｌｉｓａ　Ｆｉｃａｒｒａ　ａｎｄ　Ａｎｄｒｅａ　Ｂａｒｍａｚ　１．ＩｎｓｔｉｔｕｔＡｇｒｉｃｏｌｅ　ｍｇｉｏｎａｌ，Ｒ　ｇ．Ｌａ　Ｒｏｃｈ＆ｅ　１／．４．Ａｏｓｔａ　１１１００，Ｉｔａｌｙ　２．ＢｉｏＤｉｇｉｔａｌＶａｌｌｅｙＳ．ｒ１．，ｖｉａ　Ｃａｒｌｏ　Ｖｉｏｌａ　７８，ＰｏｎｔＳａｉｎｔＭａｒｔｉｎ　Ｄｊ　１１０２６，Ｉｔａｌｙ　３．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ　ｏｆＣｏｎｔｒｏｌ　ａｎｄ　Ｃｏｍｐｕｔｅｒ　Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｐｏｌｉｔｅｃｎｉｃｏ　ｄｉ　Ｔｏｒｉｎｏ，Ｔｏｒｉｎｏ　１１　０２９，Ｉｔａｌｙ　

Ｒｅｃｅｉｖｅｄ：Ｊａｎｕａｒｙ　１２，２０１２／Ａｃｃｅｐｔｅｄ：Ｆｅｂｒｕａｒｙ　２１，２０１２／Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ：Ａｐｒｉｌ　２５，２０１２　Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｅ　ａｉｍ　ｏｆ　ｔｈｉｓ　ｗｏｒｋ　ｗａｓ　ｔｏ　ｄｅｓｉｇｎ　ａｎｄ　ｉｍｐｌｅｍｅｎｔ　ａ　ｎｅｗ　ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ　ｓｏｆｔｗａｒｅ　ｗｈｉｃｈ　ｉｓ　ａｂｌｅ　ｔｏ　ｉｄｅｎｔｉｆｙ　ｔｈｅ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｐｅｐｔｉｄｅｓ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　ｐｅａｋｓ　ｗｈｉｃｈ　ａｒｉｓｅ　ｆｒｏｍ　ｉｎ－ｓｏｕｒｃｅ　ｏｒ　ＭＳ／ＭＳ　ｆｒａｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ．Ｔｈｅ　ｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅ　ｆｒａｃｔｉｏｎ　ｗａｓ　ｅｘｔｒａｃｔｅｄ　ｆｒｏｍ　Ｆｏｎｔｉｎａ　ｃｈｅｅｓｅ　ａｔ　ｄｉｆｉｅｒｅｎｔ　ａｇｅｓ　ｏｆ　ｒｉｐｅｎｉｎｇ　ａｎｄ　ｓｕｂｓｅｑｕｅｎｔｌｙ　ａｎａｌｙｚｅｄ　ｂｙ　ＬＣ／ＭＳ／ＭＳ．Ｏｎ　ｔｈｅ　ｒｅｓｕｌｔｉｎｇ　ｔｏｔａＩｉｏｎ　ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｍｓ，ｔｈｅ　ｐｅｐｔｉｄｅｓ　ｗｅｒｅ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ　ｂｙ　ａ　ｍｅｔｈｏｄ　ｂａｓｅｄ　ｂｏｔｈ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｉｎ－ｓｏｕｒｃｅ　ｆｒａｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ　ｄｅｔｅｃｔａｂｌｅ　ｗｉｔｈ　ａ　ｓｉｎｇｌｅ－ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ　ｍａｓｓ　ａｎａｌｙｚｅｒ　ａｎｄ　ｂｙ　ａ　ｎｅｗ　ｓｏｆｔｗａｒｅ　ｗｈｉｃｈ　ｗａｓ　ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ．Ｔｈｉｓ　ｓｏｆｔｗａｒｅ　ｐｅｒｆｏｒｍｓ　ａｎ　ｉｎ－ｓｉｌｉｃｏ　ｄｉｇｅｓｔｉｏｎ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｍａｊｏｒ　ｍｉｌｋ　ｐｒｏｔｅｉｎｓ，ｉｔ　ｃａｌｃｕｌａｔｅｓ　ａｌｌ　ｔｈｅ　ｐｏｓｓｉｂｌｅ　ｐｅｐｔｉｄｅ　ｆｒａｇｍｅｎｔｓ　ｗｈｉｃｈ　ａｒｅ　ｇｅｎｅｒａｔｅｄ　ｂｙ　ｔｌ１ｅ　ｌｏｓｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｆｉｒｓｔ　Ｎ－ｏｒ　Ｃ－ｔｅｒｍｉｎａｌ　ａｍｉｎｏ　ａｃｉｄｓ，ａｎｄ　ｆｉｎａｌｌｙ，ｉｔ　ｍａｔｃｈｅｓ　ｔｈｅ　ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ　ｉｏｎ　ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｍ　ｗｉｔｈ　ｔｈｅ　ｉｎ－ｓｉｌｉｃｏ　ｗｈｉｃｈ　ｇｅｎｅｒａｔｅｄ　ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ　ｓｐｅｃｔｒｕｍ　ｔｏ　ｉｄｅｎｔｉｆｙ　ｔｈｅ　ｅｘａｃｔ　ａｍｉｎｏ・ａｃｉｄ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｕｎｋｎｏｗｎ　ｏｌｉｇｏｐｅｐｔｉｄｅ．Ｗｉｔｈ　ｔｈｉｓ　ｔｏｏ１．ｔｈｅ　ｕｓｅｆｕｌ　ｉｎｓｉｇｈｔｓ　ｉｎｔｏ　ｔｈｅ　ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ　ｐｒｏｃｅｓｓｅｓ　ｗｈｉｃｈ　ｏｃｃｕｒ　ｄｕｒｉｎｇ　Ｆｏｎｔｉｎａ　ｃｈｅｅｓｅ　ａｇｉｎｇ　ａｒｅ　ｏｂｔａｉｎｅｄ．ｗｈｉｃｈ　ｌｅａｄｓ　ｔｏ　ａ　ｂｅａｅｒ　ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ　ａｂｏｕｔ　ｔｈｅ　ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ　ｆｅａｔｕｒｅｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ　ｅｎｄ　ｐｒｏｄｕｃｔ．　

Ｋｅｙ　ｗｏｒｄｓ：Ｆｏｎｔｉｎａ　ＰＤＯ，ｃｈｅｅｓｅ　ｒｉｐｅｎｉｎｇ，ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ，ｎｅｗ　ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ　ｓｏｆｔｗａｒｅ　

１．Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ　Ｃｈｅｅｓｅ　ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ　ｉｎｖｏｌｖｅｓ　ｃｏｍｐｌｅｘ　ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ　ｒｅａｃｔｉｏｎｓ，ｉｎ　ｗｈｉｃｈ　ｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ　ｉｓ　ｒｅｇａｒｄｅｄ　ａｓ　ｂｅｉｎｇ　ｔｈｅ　ｍｏｓｔ　ｉｍｐｏｒｔａｎｔ　ｆｏｒ　ｍａｎｙ　ｖａｒｉｅｔｉｅｓ．Ｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ　ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｅｓ　ｔｏ　ｔｅｘｔｕｒａｌ　ｃｈａｎｇｅｓ（ｂｒｅａｋｉｎｇ　ｄｏｗｎ　ｔｈｅ　ａｓ　ｌ，　ａｓ２，Ｄ　ａｎｄ　ｐａｒａ—Ｋ　ｃａｓｅｉｎ　ｎｅｔｗｏｒｋ），ｉｔ　ｄｅｃｒｅａｓｅｓ　ｔｈｅ　ｗａｔｅｒ　ａｃｔｉｖｉｔｙ　ｔｈｒｏｕｇｈ　ｗａｔｅｒ　ｂｉｎｄｉｎｇ　ｂｙ　ｓｅｔｔｉｎｇ　ｆｒｅｅ　ｃａｒｂｏｘｙｌ　ａｎｄ　ａｍｉｎｏ　ｇｒｏｕｐｓ，ａｎｄ　ｉｔ　ｉｎｃｒｅａｓｅｓ　ｔｈｅ　ｐＨ　ｂｙ　ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ　ＮＨ３　ｆｒｏｍ　ｄｅａｍｉｎａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｆｒｅｅ　ａｍｉｎｏ　ａｃｉｄｓ．　Ｍｏｒｅｏｖｅｒ，ｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ　ｄｉｒｅｃｔｌｙ　ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｅｓ　ｔｏ　ｆｌａｖｏｒ　（ｒｅｌｅａｓｅ　ｏｆ　ｐｅｐｔｉｄｅｓ　ａｎｄ　ａｍｉｎｏ　ａｃｉｄｓ）ａｎｄ　ｏｆｆ－ｆｌａｖｏｕｒｓ　（ｂｉｔｅｒ　ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃ　ｐｅｐｔｉｄｅｓ），　ａｌｓｏ　ｌｉｂｅｒａｔｉｎｇ　ｓｕｂｓｔｒａｔｅｓ　ｆｏｒ　ｏｔｈｅｒｓ　ｒｅａｃｔｉｏｎｓ．Ｔｈｕｓ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　

Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ　ａｕｔｈｏｒ：Ｓａｂｉｎａ　Ｖａｌｅｎｔｉｎｉ，Ｐｈ．Ｄ．，ｒｅｓｅａｒｃｈ　ｆｉｅｌｄｓ：ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ　ａｎｄ　ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ　ｉｎ　ｆｏｏｄ．Ｅ・ｍａｉｌ：　

ｓ．ｖａｌｅｎｔｉｎｉ＠ｉａｒａｏｓｔａ．ｉｔ．　

ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｏｆ　ａｎ　ａｃｃｅｐｔａｂｌｅ　ｃｈｅｅｓｅ　ｆａｖｏｒ，ａ　ｗｅｌｌ—ｂａｌａｎｃｅｄ　ｂｒｅａｋｄｏｗｎ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｐｒｏｔｅｉｎ（ｉ．ｅ．，ｃａｓｅｉｎ）　ｉｎｔｏ　ｓｍａｌｌ　ｐｅｐｔｉｄｅｓ　ａｎｄ　ａｍｉｎｏ　ａｃｉｄｓ　ｉｓ　ｎｅｃｅｓｓａｒｙ［１】．　Ｔｈｅ　ｐｒｏｇｒｅｓｓ　ｏｆ　ｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ　ｉｎ　ｍａｎｙ　ｒｉｐｅｎｅｄ　ｃｈｅｅｓｅ　ｉｓ　ｆｉｒｓｔ　ｃａｔａｌｙｚｅｄ　ｂｙ　ｒｅｓｉｄｕａｌ　ｃｏａｇｕｌａｎｔ（ｃｈｙｍｏｓｉｎ　ｗｈｉｃｈ　ｈａｓ　ａｎ　ｈｙｄｒｏｐｈｉｌｉｃ　ｃｈａｒａｃｔｅｒ　ｈａｓ　ｍｏｒｅ　ａｆｆｉｎｉｔｙ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｗｈｅｙ　ｆｒａｃｔｉｏｎ，ｂｕｔ　ｉｔ　ｃａｎ　ａｌｓｏ　ｂｅ　ｐａｒｔｉａｌｌｙ　ｔｒａｐｐｅｄ　ｉｎ　ｔｈｅ　ｃａｓｅｉｎｓ　ｎｅｔｗｏｒｋ）ａｎｄ，ｔｏ　ａ　ｌｅｓｓｅｒ　ｅｘｔｅｎｔ，　ｂｙ　ｐｌａｓｍｉｎ　ａｎｄ　ｍｉｌｋ　ｐｒｏｔｅｉｎａｓｅｓ，ｗｈｉｃｈ　ｒｅｓｕｌｔｓ　ｉｎ　ｔｈｅ　ｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｌａｒｇｅ　ａｎｄ　ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ—ｓｉｚｅｄ　ｐｅｐｔｉｄｅｓ　ｗｈｉｃｈ　ａｒｅ　ｓｕｂｓｅｑｕｅｎｔｌｙ　ｄｅｇｒａｄｅｄ　ｂｙ　ｔｈｅ　ｃｏａｇｕｌａｎｔ　ａｎｄ　ｅｎｚｙｍｅｓ　ｆｒｏｍ　ｓｔａｒｔｅｒ　ａｎｄ　ｎｏｎ　ｓｔａｒｔｅｒ　ｍｉｃｒｏｆｌｏｒａ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｃｈｅｅｓｅ．ｗｈｉｃｈ　ｒｅｓｕｌｔｓ　ｉｎ　ｔｈｅ　ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ　ｏｆ　ｓｍａｌｌ　ｐｅｐｔｉｄｅｓ　ａｎｄ　ｆｒｅｅ　ａｍｉｎｏ　ａｃｉｄｓ［２］．Ａｌｔｈｏｕｇｈ　ａ　ｎｕｍｂｅｒ　ｏｆ　ｍｉｃｒｏｂｉａｌ　ｅｎｚｙｍｅｓ　ａｒｅ　ｃｏｍｍｏｎ　ｔｏ　ｍａｎｙ　ｃｈｅｅｓｅ　ｖａｒｉｅｔｉｅｓ，ｔｈｅ　ｆｉｎａｌ　ｐｅｐｔｉｄｅ　ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ　ｏｆ　ａ　ｃｈｅｅｓｅ　ｒｅｆｌｅｃｔｓ　ｉｔｓ　ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ　ｒｉｐｅｎｉｎｇ　ｐｒｏｃｅｓｓ．Ｔｈｅ　ｐｅｐｔｉｄｅ　３２４　Ｎｅｗ　Ｓｏｆｔｗａｒｅ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ａｎｄ　Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｐｅｐｔｉｄｅｓ　Ｇｅｎｅｒａｔｅｄ　ｄｕｒｉｎｇ　Ｆｏｎｔｉｎａ　Ｃｈｅｅｓｅ　Ｒｉｐｅｎｉｎｇ　Ｕｓｉｎｇ　Ｍａｓｓ　Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ　Ｄａｔａ　

ｐｒｏｆｉｌｅ　ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ　ｄｉｆｆｅｒｓ　ａｃｃｏｒｄｉｎｇ　ｔｏ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｓｔａｇｅｓ　ｏｆ　ａｇｅｉｎｇ，ｔｙｐｅ　ｏｆ　ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ　ａｎｄ　ｔｅｒｒｉｔｏｒｙ，　ｗｈｉｃｈ　ｒｅｓｕｌｔｓ　ｉｎ　ｔｈｅ　ｆｌａｖｏｕｒ　ａｎｄ　ｔｅｘｔｕｒｅ　ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ　ｏｆｔｈｅ　ｐａｒｔｉｃｕｌａｒ　ｖａｒｉｅｔｙ【３］．　Ａｎ　ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ　ｗａｙ　ｗｈｉｃｈ　ａｃｑｕｉｒｅｓ　ｍｏｒｅ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ　ｐｒｏｃｅｓｓ　ｉｎ　ｃｈｅｅｓｅ　ｉｓ　ｔｏ　ｉｄｅｎｔｉｆｙ　ｔｈｅ　ｐｅｐｔｉｄｅｓ　ｗｈｉｃｈ　ｐｒｏｄｕｃｅｄ　ｔｈｒｏｕｇｈｏｕｔ　ｒｉｐｅｎｉｎｇ［４】．　Ｓｏｍｅ　ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ　ｐｅｐｔｉｄｅｓ　ｈａｖｅ　ｂｅｅｎ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ　ｉｎ　ｅｘｐｌｏｒａｔｏｒｙ　ｓｔｕｄｉｅｓ　ｗｈｉｃｈ　ｍａｉｎｌｙ　ｕｓｅ　ａｍｉｎｏ　ａｃｉｄ　ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　ａｎｄ　ｍａｓｓ　ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ，　ｂｕｔ　ｌｉｔｔｌｅ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｉｓ　ａｖａｉｌａｂｌｅ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｐｅｐｔｉｄｅ　ｐｒｏｆｉｌｅ　ｏｆ　Ｆｏｎｔｉｎａ　ｃｈｅｅｓｅ，ｗｈｉｃｈ　ｉｓ　ａｎ　Ｉｔａｌｉａｎ　ｓｅｍｉ—ｈａｒｄ　ａｎｄ　ｓｅｍｉ—ｃｏｏｋｅｄ　ｃｈｅｅｓｅ，ｗｈｉｃｈ　ｉｓ　ｍａｒｋｅｄ　ｗｉｔｈ　ｔｈｅ　ｑｕａｌｉｔｙ　Ｐ．Ｄ．０．１ａｂｅｌ，ｔｙｐｉｃａｌｌｙ　ｐｒｏｄｕｃｅｄ　ｉｎ　Ａｏｓｔａ　Ｖａｌｌｅｙ，ｍａｄｅ　ｆｒｏｍ　ｒａｗ　ｃｏｗ　ｍｉｌｋ　ａｎｄ　ｒｉｐｅｎｅｄ　ｆｏｒ　ａｔ　ｌｅａｓｔ　３　ｍｏｎｔｈｓ　ｉｎ　ｎａｔｕｒａｌ　ｃａｖｅｓ．　Ｎｏｗａｄａｙｓ　ｖａｒｉｏｕｓ　ｓｏｆｔｗａｒｅ　ａｖａｉｌａｂｌｅ　ｏｎｌｉｎｅ　ａｌｌｏｗｓ　ｕｓｅｒｓ　ｔｏ　ｉｄｅｎｔｉｆｙ　ｐｒｏｔｅｉｎｓ　ｂｕｔ　ａｌｌ　ｏｆ　ｔｈｅｍ　ａｒｅ　ｆｏｃｕｓｅｄ　ｏｎ　ｈｕｍａｎ　ｏｒ　ｈｕｍａｎ　ｍｏｄｅｌ　ｐｒｏｔｅｉｎｓ　ｄａｔａ　ｓｅｔｓ．　Ｆｕｒｔｈｅｒｍｏｒｅ，ｔｈｅ　ｐｅｐｔｉｄｅｓ　ｄａｔａ－ｂａｓｅ　ｗｈｉｃｈ　ｉｓ　ｕｓｅｄ　ｆｏｒ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｗｅｉｇｈｔ　ｍａｔｃｈｉｎｇ　ｉｓ　ｇｅｎｅｒａｔｅｄ　ｂｙ　ｉｎ－ｓｉｌｉｃｏ　ｄｉｇｅｓｔｉｏｎ　ｗｉｔｈ　ｏｎｌｙ　ｆｅｗ　ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ　ｅｎｚｙｍｅｓ．　Ｔｈｅ　ａｉｍ　ｏｆ　ｔｈｉｓ　ｗｏｒｋ　ｗａｓ　ｔｏ　ｄｅｓｉｇｎ　ａｎｄ　ｉｍｐｌｅｍｅｎｔ　ｔｈｅ　ｎｅｗ　ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ　ｓｏｆｔｗａｒｅ　ｗｈｉｃｈ　ｉｓ　ａｂｌｅ　ｔｏ　ｉｄｅｎｔｉｆｙ　ｔｈｅ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｐｅｐｔｉｄｅｓ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　ｐｅａｋｓ　ａｒｉｓｉｎｇ　ｆｒｏｍ　ｉｎ—ｓｏｕｒｃｅ　ｏｒ　ＭＳ／ＭＳ　ｆｒａｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ．　

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pda技术报告目录

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PDA的技术报告目录PDA——Parenteral Drug Association，注射用药物协会（/）PDA技术报告目录／PDA PublicationsTechnical Methods Bulletin No.1 - Extractables from Elastomeric Closures: Analytical Procedures for Functional Group Characterization/IdentificationTechnical Methods Bulletin No.2 - Elastomeric Closures: Evaluation of Significant Performance and Identity CharacteristicsTechnical Methods Bulletin No.3 - Glass Containers for Small Volume Parenteral Products: Factors for Selection and Test Methods for IdentificationTechnical Information Bulletin No.2 - Generic Test Procedures for Elastomeric Closures Technical Information Bulletin No.4 - Aspects of Container/Closure IntegrityTechnical Report No.1 - Validation of Steam Sterilisation CyclesTechnical Report No.3 - Validation of Dry Heat Processes used for Sterilisation and DepyrogenationTechnical Report No.4 - Design Concepts for the Validation of a Water for Injection System Technical Report No.5 - Sterile Pharmaceutical Packaging: Compatibility and Stability Technical Report No.7 - DepyrogenationTechnical Report No.8 - Parametric Release of Parenteral Solutions Sterilized by Moist Heat Sterilization, 1987 (Please note: Technical Report No. 8 has been superseded by Technical Report No. 30 and is no longer available.)Technical Report No.9 - Review of Commercially Available Particulate Measurement Systems Technical Report No.10 - Parenteral Formulations of Proteins & Peptides: Stability and Stabilizers Technical Report No.11 - Sterilization of Parenterals by Gamma RadiationTechnical Report No.12 - Siliconization of Parenteral Drug Packaging ComponentsTechnical Report No.13 - Fundamentals of a Microbiological Environmental Monitoring Program Technical Report No.14 - Industry Perspective on the Validation of Column-Based Separation Processes for the Purification of ProteinsTechnical Report No.15 - Industry Perspective on Validation of T angential Flow Filtration in Bio-pharmaceutical ApplicationTechnical Report No.16 - Effect of Gamma Irradiation on Elastomeric ClosuresTechnical Report No.17 - Current Practices in the Validation of Aseptic Processing ? 1992 Technical Report No.18 - PDA Report on the Validation of Computer Related Systems Technical Report No.19 - Rapid/Automated ID Methods SurveyTechnical Report No.20 - Report on Survey of Current Industry Gowning PracticesTechnical Report No.21 - Bioburden Recovery ValidationTechnical Report No.22 - Process Simulation Testing for Aseptically Filled ProductsTechnical Report No.23 - Industry Survey on Current Sterile Filtration PracticesTechnical Report No.24 - Current Practices in the Validation of Aseptic Processing 1996 Technical Report No.25 - Blend Uniformity Analysis: Validation and In-Process Testing Technical Report No.26 - Sterilizing Filtration of LiquidsTechnical Report No.27 - Pharmaceutical Package IntegrityTechnical Report No.28 - Process Simulation Testing for Sterile Bulk Pharmaceutical Chemicals Technical Report No.29 - Points to consider for Cleaning ValidationTechnical Report No.30 - Parametric Release of Pharmaceuticals Terminally Sterilized by Moist HeatTechnical Report No.31 - Validation & Qualification of Computerized Laboratory Data Acquisition SystemsTechnical Report No.32 - Auditing of Suppliers Providing Computer Products and Services for Regulated Pharmaceutical OperationsTechnical Report No.33 - Evaluation, Validation & Implementation of New Microbiological Testing MethodsTechnical Report No.34 - Design and Validation of Isolator Systems for the Manufacturing and Testing of Health Care ProductsTechnical Report No.35 - A Proposed Training Model for the Microbiological Function in the Pharmaceutical IndustryTechnical Report No.36 - Current Practices in the Validation of Aseptic Processing - 2001 Technical Report No.39 - Cold Chain Guidance for Medicinal Products: Maintaining the Quality of Temperature-Sensitive Medicinal Products Through the Transportation EnvironmentTechnical Report No.40 - Sterilizing Filtration of GasesTechnical Report No.41 - Virus FiltrationTechnical Report No.42 - Process Validation of Protein ManufacturingTechnical Report No.43 - Identification and Classification of Nonconformities in Molded and Tubular Glass Containers for Pharmaceutical ManufacturingTechnical Report No.44 - Quality Risk Management for Aseptic ProcessesTechnical Report No.45 - Filtration of Liquids Using Cellulose-Based Depth Filters, 2008。

一种位点注释的蛋白质数据库用于磷酸化肽段的鉴定_程凯

一种位点注释的蛋白质数据库用于磷酸化肽段的鉴定_程凯


·12·
色
谱
第 33 卷
为了解决这一问题，我们尝试从已鉴定到的磷 酸化位点数据库中提取特征序列来构建磷酸化位点 注释的数据库。这个数据库中只有作为潜在磷酸化 位点的丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸可以被修饰。我们 使用不同的数据集作为分析对象，对位点注释的数 据库检索策略进行了考察，证明了使用位点注释的 数据库可以提高磷酸化肽段鉴定的灵敏度。
2015 年 1 月 Ｊａｎｕａｒｙ 2015
研究论文
Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ
Ｖｏｌ． 33 Ｎｏ． 1 10 ～ 16
ＤＯＩ：10． 3724 ／ ＳＰ． Ｊ． 1123． 2014． 10019
一种位点注释的蛋白质数据库用于磷酸化肽段的鉴定
程 凯1，2 ， 王方军1 ， 边阳阳1，2 ， 叶明亮1* ， 邹汉法1*
图 1 蛋白质数据库中的氨基酸分布 Ｆｉｇ． 1 Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｒｅｓｉｄｕｅｓ ｉｎ ｐｒｏｔｅｉｎ ｄａｔａｂａｓｅ ＨＵＭＡＮ． ｆａｓｔａ ｉｓ ｄｏｗｎｌｏａｄｅｄ ｆｒｏｍ ｆｔｐ：／ ／ ｆｔｐ． ｕｎｉｐｒｏｔ． ｏｒｇ ／ ｐｕｂ ／ ｄａｔａｂａｓｅｓ ／ ｕｎｉｐｒｏｔ ／ ｃｕｒｒｅｎｔ＿ｒｅｌｅａｓｅ ／ ｋｎｏｗｌｅｄｇｅｂａｓｅ ／ ｐｒｏｔｅｏｍｅｓ ／ ． Ｔｈｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａ－ ｔｉｏｎ ｓｉｔｅ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｉｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｔｈｒｅｅ ｄａｔａｂａｓｅｓ ｂｅｌｏｗ：Ｐｈｏｓｐｈｏ． ＥＬＭ （ｈｔｔｐ：／ ／ ｐｈｏｓｐｈｏ． ｅｌｍ． ｅｕ． ｏｒｇ ／ ）；ＰＨＯＳＩＤＡ （ｈｔｔｐ：／ ／ ｗｗｗ． ｐｈｏｓｉｄａ． ｄｅ ／ ）； ＰｈｏｓｐｈｏＳｉｔｅＰｌｕｓ （ｈｔｔｐ：／ ／ ｗｗｗ． ｐｈｏｓｐｈｏｓｉｔｅ． ｏｒｇ ／ ｈｏｍｅＡｃｔｉｏｎ． ｄｏ）．
大丽轮枝菌分泌蛋白提取方法比较_肖红利

大丽轮枝菌分泌蛋白提取方法比较_肖红利

中国农业科学 2014,47(12):2348-2356Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.12.007大丽轮枝菌分泌蛋白提取方法比较肖红利，桂月晶，祁伟彦，陈捷胤，李 蕾，徐 明，戴小枫（中国农业科学院农产品加工研究所，北京 100193）摘要：【目的】采用超滤法（UF）、三氯乙酸沉淀法（TCA）、离子交换富集法（IEX）分别从大丽轮枝菌（Verticillium dahliae）高致病性菌株VdG1培养上清液中提取分泌蛋白，对提取样品进行质谱鉴定。

寻找适合大丽轮枝菌分泌蛋白的提取方法，为大丽轮枝菌分泌蛋白组深入研究奠定基础。

挖掘大丽轮枝菌分泌蛋白中潜在的致病相关蛋白，为其深入功能验证及致病机理研究提供平台。

【方法】3种方法提取大丽轮枝菌VdG1分泌蛋白，shot-gun方法进行质谱鉴定。

利用生物信息学软件WoLFPSORT、SignalP、TMHMM、PHOBIUS对其中经典分泌蛋白进行预测。

通过CAZy和PHI数据库进行经典分泌蛋白中碳水化合物水解酶（CAZy）和病原菌寄主互作因子（PHI）注释，BLASTp软件进行RxLx、LysM、Cys Pattern等模体蛋白比对分析。

提取的蛋白样品接种感病棉种（军棉1号）进行样品生物学活性及致病性检测。

【结果】TCA法、IEX法和UF法制备大丽轮枝菌分泌蛋白，其提取效率分别为1.18、0.96和0.56 mg·L-1。

SDS-PAGE电泳检测显示UF法提取的蛋白样品条带少而模糊。

而TCA法和IEX法提取的蛋白样品条带较多，样品的纯度也较高；经生物信息学软件预测分析，提取的蛋白样品中含有经典分泌蛋白分别为124、112和75个；质谱鉴定的分泌蛋白中含有潜在致病因子分别为98、85和57个；另外，IEX法制备大丽轮枝菌分泌蛋白效果较好，具有小分子偏好性，且能够保持样品的生物学活性，该蛋白样品接种棉花叶片能够引起萎蔫、坏死的症状。

CFDA SE (细胞增殖示踪荧光探针) 说明书

CFDA SE (细胞增殖示踪荧光探针) 说明书

CFDA SE (细胞增殖示踪荧光探针) 产品编号产品名称包装C1031 CFDA SE (细胞增殖示踪荧光探针) 5mg产品简介：CFDA SE 的全称为Carboxyfluorescein diacetate, succinimidyl ester ，是一种近年来被广泛应用的细胞增殖检测用荧光探针，也可以用于细胞的荧光示踪。

基于CFDA SE 荧光标记的细胞增殖检测和[3H]-thymidine 掺入、BrdU 标记获得的检测结果完全一致，但同时可以提供更多的细胞增殖信息。

使用CFDA SE 检测可以提供整个细胞群中有多少比例的细胞分裂了1次、2次或更多次数，同时如果和其它荧光探针联用，可以获取不同分裂次数细胞的其它相关信息。

CFDA-SE 的分子式为C 29H 19NO 11，分子量为557.47，CAS number 为150347-59-4。

CFDA SE 可以通透细胞膜，进入细胞后可以被细胞内的酯酶(esterase)催化分解成CFSE ，CFSE 可以偶发性地(spontaneously)并不可逆地和细胞内蛋白的Lysine 残基或其它氨基发生结合反应，并标记这些蛋白。

在加入荧光探针CFDA SE 后大约24小时，即可充分标记细胞。

被CFDA SE 标记的非分裂细胞的荧光非常稳定，稳定标记的时间可达数个月。

CFDA SE 标记细胞的荧光非常均一，比以前使用的其它细胞示踪荧光探针例如PKH26的荧光更加均一，并且分裂后的子代细胞的荧光分配也更均匀。

由于CFDA SE 标记细胞的荧光非常均匀和稳定，每分裂一次子代细胞的荧光会减弱一半，这样通过流式细胞仪检测就可以检测出没有分裂的细胞，分裂一次的细胞(1/2的荧光强度)，分离两次的细胞(1/4的荧光强度)，分裂三次的细胞(1/8的荧光强度)以及类似的其它分裂次数的细胞。

采用CFDA SE 通过流式细胞仪检测获得的检测结果参考右图。

每一个峰代表一种分裂次数的细胞，从右至左的峰通常依次为分裂0次、1次、2次、3次等次数的细胞。