分子生物学讲稿

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第二章 核酸的结构和功能
一 DNA的一级结构
DNA-脱氧核糖核酸,由dNTPs(脱氧核苷酸,N=A/C/G/T)通过3’,5’-磷酸
二酯键连接组成的线性大分子:
5’-actgtgggaattggccttaattggcccatatcatactagacgga-3’
DNA-主要的遗传物质:结构稳定,自我复制,携带遗传信息,突变;DNA结构
多样性:物种多样性;

二DNA的二级结构
DNA双螺旋:Watson & Click(1953);
主链-两条脱氧核糖与磷酸基由3’,5’-磷酸二酯键连接而成的反平行螺旋链,
直径2nm;碱基对-在双螺旋主链内侧以氢键配对,GC及AT对;
大沟与小沟-两条主链偏离螺旋中心形成宽度不同的沟;螺距-10对碱基绕轴
一周,3.4nm;稳定DNA双螺旋作用力氢键-碱基对GC间形成3个氢键,AT对
形成2个氢键;疏水作用(碱基堆积)-同一条链碱基之间碱基平面π电子形成强
烈疏水作用;
van der Vaals力-碱基平面之间距离0.34nm符合范德化作用力半径范围
(0.17nm) 静电斥力(磷酸基)-双链磷酸基斥力使得两条链分开,Na+离子中和
磷酸基(屏蔽作用),增加疏水作用;
碱基内能-碱基分子内能增加(温度等)影响碱基定向排列;
DNA双螺旋
DNA双螺旋的多样性
反向重复顺序
双链DNA分子中方向相反的相同顺序(包括回文结构),也有正向重复顺序。反向
重复顺序可形成十字形或发夹结构,限制酶切点回文结构可能与其识别有关;碱
基排列顺序相邻碱基排列顺序影响其稳定性,与其堆积力不同有关,TATA box
是RNA聚合酶结合位点;
二级结构多态性
DNA在相对湿度下表现不同构象,细胞内是B型(92%);
左手螺旋DNA
Rich(1979)发现人工合成CGCGCG寡核苷酸晶体为左手双螺旋结构;GC甲基化使
得poly(GC)转变为Z构象,阳离子中和磷酸基,结合蛋白可将B型DNA转变为Z
型;
三DNA变性与复性动力学
DNA变性-双螺旋解开为单链,氢键处于断裂和再生状态称呼吸作用。释放的自
由碱基上的-H和-NH2可以参与介质中的反应。
增色效应(hyperchromic shift)-DNA变性后碱基的紫外吸收增加,因此A260:
游离核苷酸>单链DNA>双链DNA. Tm-融点温度,即增色效应达到一半值的温度,
DNA 50%碱基对发生变性。变性过程表现为S形曲线。
DNA中的GC含量物种间是不同的(从22~73%)因而其Tm值亦有明显差异, 其密度
亦不同。
DNA变性(denaturation)
加热、极端pH(pH<3、pH>10)破坏弱非共价键作用,易使DNA变性。
GC含量-GC含量升高,Tm增加:
Tm=69.3 + 0.41(G + C)%
离子强度-离子强度(盐浓度)增加,中和了磷酸基的斥力作用,双螺旋较稳定,
因而Tm升高;
化学因素-尿素、甲酰胺、二甲亚砜可以与碱基形成氢键,破坏双螺旋的氢键配
对,因而降低Tm值。(尿素和甲酰胺常用来保持DNA的变性状态)
DNA组成-没有其他DNA分子掺杂的均一组成DNA分子其变性范围较小;
DNA复性(annealing or renauration)
DNA复性-在合适条件下变性的DNA双链重新配对(退火);
温度-一般为T-25ºC,不会使DNA变性,足以使DNA迅速扩散并减弱错配及链
内部配对。因而快速冷却可以防止复性,如变性后直接至于冰上(淬火
-quenching);
DNA浓度-浓度高易使DNA分子互补链接触复性;
复性时间-复性程度随着时间延长而增加;
离子强度-消除磷酸基的斥力利于双螺旋稳定;
DNA组成-简单分子如poly(C/G)易复性,含重复顺序较多则复性较慢;
DNA大小-大分子单链扩散受影响,小分子复性较快;
四DNA超螺旋结构
环状DNA超螺旋(supercoil)
B-DNA每一螺旋内碱基数和长度是很少改变的,但当施加正向或反向的扭转力时
DNA会卷成超螺旋以补偿产生的张力。每一完全螺旋可形成一个超螺旋。B-DNA
受到相反方向扭力时产生负超螺旋。
共价闭合环状DNA(cccDNA)
碱性pH下的沉降-原核生物DNA常常形成cccDNA, 易形成超螺旋结构。cccDNA
沉降系数S较大,而开链环状和线性单链DNA较小;
电泳行为-泳动速率最快,线性和环状DNA次之;
溴化乙锭-CsCl平衡离心-cccDNA比松弛环状和线性DNA密度大,结合的溴化乙
锭(插入碱基对之间)少(破坏超螺旋);
拓扑异构酶
拓扑异构酶I
切开双链DNA的一条链并将切口连接,不需要ATP水解供能,一般是使超螺旋变
为松弛型。E.Coli拓扑异构酶I(ω蛋白)对单链DNA亲和性较高易识别负超螺旋。
拓扑异构酶I序列特异性很差;
拓扑异构酶II
可同时切断DNA的两条链,需要ATP水解供能。分为两个亚类,作用分别是引入
负超螺旋和解开超螺旋。E.Coli的旋转酶(gyrase)可从松弛型DNA和正超螺旋
中引入负超螺旋,需要ATP,当缺乏ATP时可松弛正、负超螺旋。
原核生物DNA超螺旋由拓扑异构酶诱导形成,其首先断开其中一条(酶I)或两
条(酶II)链然后将DNA链旋转或扭转再连合缺口,由ATP水解提供能量(一
个ATP可用于形成一个超螺旋)。拓扑异构酶亦解除超螺旋但不需能。
真核生中拓扑异构酶参与DNA复制及重组过程DNA解链而不是维持负超螺旋。负
超螺旋是由DNA与组蛋白结合形成核小体达到的,DNA以左手螺旋方向缠绕在核
小体上。
负超螺旋有利于DNA螺旋解旋暴露不配对的核苷酸以进行转录,复制及遗传重
组。同时负超螺旋利于B型转化为Z-DNA,提高或抑制蛋白-DNA的结合,或参与
原核生物基因的调控。
DNA超螺旋原核生物DNA超螺旋由拓扑异构酶诱导形成,其首先断开其中一条(酶
I)或两条(酶II)链然后将DNA链旋转或扭转再连合缺口,由ATP水解提供能
量(一个ATP可用于形成一个超螺旋)。拓扑异构酶亦解除超螺旋但不需能。
真核生中拓扑异构酶参与DNA复制及重组过程DNA解链而不是维持负超螺旋。负
超螺旋是由DNA与组蛋白结合形成核小体达到的,DNA以左手螺旋方向缠绕在核
小体上。
负超螺旋有利于DNA螺旋解旋暴露不配对的核苷酸以进行转录,复制及遗传重
组。同时负超螺旋利于B型转化为Z-DNA,提高或抑制蛋白-DNA的结合,或参与
原核生物基因的调控。