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热带海洋学报 JOURNAL OF TROPICAL OCEANOGRAPHY 2023年第42卷第2期: 78–86黄鳍棘鲷SNP标记开发与验证郑国彬, 赵虹博, 黄良敏, 张静, 刘贤德集美大学水产学院, 农业农村部东海海水养殖重点实验室, 福建厦门 361021摘要: 文章以我国东南沿海重要的经济鱼类黄鳍棘鲷(Acanthopagrus latus)为研究对象, 通过对50尾野生黄鳍棘鲷基因组重测序开发单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)标记, 并利用MassARRAY®质谱分析系统对部分SNP标记进行验证。
研究结果如下: 1) 50尾野生黄鳍棘鲷重测序共产生约233.48Gb原始数据(raw data), 过滤接头和低质量数据后, 共获得233.43Gb数据, 每个样品平均数据量为4.67Gb, 平均鸟嘌呤胞嘧啶(guanine cytosine, GC)含量为42.85%, Q20在96.56%以上, Q30在91.1%以上, 过滤后数据与参考基因组的比对率为98.06% ~ 99.47%; 2) 通过基因分析工具(genome analysis toolkit, GATK)分析, 从50个个体中共挖掘出13843766个SNP, 经过滤后获得6501个高质量SNP; 3) 从高质量的SNP标记中, 随机挑选30个SNP使用MassARRAY技术进行分型, 其检出率(可以分型的位点)为98%, MassARRAY分型结果与基因组重测序分型结果一致率为64.83%, 这说明两种技术在SNP分型方面存在差异。
综上所述, 本研究初步建立了黄鳍棘鲷SNP标记挖掘、过滤与验证的方法, 开发的SNP位点可用于后续黄鳍棘鲷增殖放流效果评估及基因组选择育种研究。
关键词: 黄鳍棘鲷; 重测序; 单核苷酸多态性; 质谱分析中图分类号: P735.541 文献标识码: A 文章编号: 1009-5470(2023)02-0078-09Discovery and verification of SNP in Acanthopagrus latusZHENG Guobin, ZHAO Hongbo, HUANG Liangmin, ZHANG Jing, LIU XiandeFishery College of Jimei University, Key Laboratory of Mariculture for the East China Sea, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Xiamen 361021, ChinaAbstract: In this experiment, 'Acanthopagrus latus', an important economic fish in the southeast coast of China, was used as the experimental material. The SNPs were discovered by DNA re-sequencing in fifty A. latus, and partial SNPs were genotyped using MassARRAY® DNA mass spectrometry. The results are presented as followed: 1) the re-sequencing of 50 wild A. latus generated a total of about 233.48 GB raw data. After filtering adapters and low-quality data, 233.43 Gb clear data were obtained. The average data size of each sample was 4.67 GB, and the average GC content was 42.85%, Q20 is above 96.56%, Q30 is above 91.1%, and the comparison rate between the clear data and the reference genome is 98.06% ~99.47%; 2) a total of 13843766 SNPs were discovered from 50 individuals by GATK, and 6501 high-quality SNPs were obtained after filtering; 3) thirty SNPs from the high-quality SNP were selected randomly and genotyped using MassARRAY technology. The detection rate (loci that can be genotyped) was reached at 98%. The consistency between the genome re-sequencing and the MassARRAY results was 64.83%, which indicated that the two techniques were different in detecting SNPs. In summary, a method for mining, filtering and validating SNP markers of A. latus bream has been established in this study, and the developed SNP loci can be used in evaluation of proliferation and stocking effect and genome selection breeding of A. latus in the future.Key words: Acanthopagrus latus; Re-sequencing; SNP; MassARRAY收稿日期：2022-05-13; 修订日期：2022-07-09。
养殖大黄鱼液熏生产工艺的研究吴靖娜;刘智禹;许永安;苏捷;王茵【期刊名称】《食品研究与开发》【年(卷),期】2013(000)024【摘要】以养殖大黄鱼为原料，探讨了不同的调味配方、烟熏液品种和浓度对液熏制品感官指标的影响，以确定最佳的液熏大黄鱼加工工艺，并对制品的理化指标、安全指标及保藏性进行了研究。
结果表明，利用液熏法制备熏大黄鱼适宜的工艺为：食盐浓度7%，味精浓度0.5%，砂糖浓度5%，核苷酸二钠浓度0.05%，山楂核液熏香味料Ⅱ号浓度0.5%；经该工艺生产的液熏大黄鱼色、香、味俱佳，产品卫生安全；在-18℃条件下保藏12个月后其挥发性盐基氮、过氧化值、菌落总数、大肠菌群及致病菌均符合国家卫生标准。
对该工艺进一步研究及应用，有助于推动养殖大黄鱼加工技术的进步。
【总页数】5页(P161-165)【作者】吴靖娜;刘智禹;许永安;苏捷;王茵【作者单位】福建省水产研究所，福建厦门361013;福建省水产研究所，福建厦门361013;福建省水产研究所，福建厦门361013;福建省水产研究所，福建厦门361013;福建省水产研究所，福建厦门361013【正文语种】中文【相关文献】1.熏烤风味火腿的生产工艺研究 [J], 杜庆飞;刘明;张静;祝恒前;卢进峰;高振宏2.液熏鲟鱼片生产工艺优化与品质影响分析 [J], 桂萌;林佳;马长伟;李平兰3.GS-MS法分析液熏前后大黄鱼风味成分的变化 [J], 吴靖娜;刘智禹;苏捷;王茵;许永安;位绍红4.关于大黄鱼的养殖技术之一对大黄鱼细菌性疾病的研究 [J], 金雄华;黄志斌;石存斌5.情系大黄鱼——福建海洋研究所大黄鱼养殖技术攻关纪实 [J], 黄浩海因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
《大刺鳅苗种批量人工培育技术研究》顺利通过阶段性验收作者：暂无来源：《渔业致富指南》 2017年第17期2017年7月26日，福建省淡水水产研究所组织集美大学水产学院、福建省水产技术推广总站、福建农林大学动物科学学院的水产专家，前往项目实施地顺昌县兆兴鱼种养殖有限公司，对福建省淡水水产研究所水产动物病害防治研究室承担的福建省省属公益类科研院所基本科研专项《大刺鳅苗种批量人工培育技术研究》进行阶段性现场验收。
验收后，专家组形成以下意见：项目组提供的材料齐全、记录完整，符合阶段验收要求；项目开展了仔、稚、幼鱼生长发育和食性的观察，苗种培育适宜饵料系列的筛选，对常用渔药的耐受性和主要病害防控进行了探索研究，开展了苗种不同培育方式的比较，初步掌握了苗种批量培育的关键技术；现场随机抽样测定二批苗种数量、规格、成活率等各项指标均达到该项目初步验收要求。
经专家组质疑和讨论，一致同意通过阶段性验收。
据悉，福建省淡水水产研究所顺昌协作基地——福建省顺昌县兆兴鱼种养殖有限公司，近年来，建立了以福建省淡水水产研究所樊海平研究员为代表的创新研发团队，协助基地，努力将其打造成集“产”“学”“研”为一体的高新型企业。
在双方的共同努力下，目前该基地已成为省内规模最大的大宗淡水鱼新品种苗种生产基地和本地土著鱼类研发中心。
近年基地重点开发的名优鱼类之——大刺鳅，今年取得突破，科研成果丰硕，经过4年的摸索，大刺鳅苗种繁育技术工艺日趋完善，在国内率先实现了批量育苗。
此外，大刺鳅自繁子一代亲本培育技术今年获得突破，在全国率先获得批量的人工繁育子二代苗种1万多尾。
基地力争2-3年实现大刺鳅规模化养成，填补国内技术空白，早日实现大刺鳅产业化发展；力争将大刺鳅品种打造成下一阶段的主打品种，待技术工艺成熟后，逐步推向市场，进一步推进我省土著经济鱼类开发和保护工作。
（通联：353200，福建顺昌县农业局）。
NYT 5061—2002 无公害食品大黄鱼养殖技术规范1 范畴本标准规定了大黄鱼（Pseudosciaena crocea）亲鱼培养、人工育苗、鱼种培养、食用鱼饲养和鱼病防治。
本标准适用于无公害大黄鱼的网箱和池塘养殖。
2 规范性引用文件下列文件中的条款通过本标准的引用而成为本标准的条款。
凡是注日期的引用文件，其随后所有的修改单（不包括勘误的内容）或修订版均不适用于本标准，然而，鼓舞按照本标准达成协议的各方研究是否可使用这些文件的最新版本。
凡是不注日期的引用文件，其最新版本适用于本标准。
NY 5052 无公害食品海水养殖用水水质NY 5071 无公害食品渔用药物使用准则NY 5072 无公害食品渔用配合饲料安全限量3 亲鱼培养3.1 亲鱼选择3.1.1 来源来源于持有国家发放的大黄鱼生产许可证的原种场或良种场；严禁近亲繁育的后代留作亲鱼。
亲鱼体质健壮，无病、无伤、无畸形。
跨区调动须经检疫。
3.1.2 比例形状体长/体高为3.7～4.1，体长/头长为3.9～4.3，尾柄长/尾柄高为3.1～3. 9，头长/吻长为4.4～4.9，头长/眼径为3.7～4.1。
3.1.3 规格、配比与数量2龄鱼雌鱼800 g/尾以上，雄鱼400 g/尾以上；2龄鱼雌鱼1 200 g/尾以上，雄鱼600 g/尾以上。
雌、雄亲鱼配比以2∶1为宜。
亲鱼数量50尾以上。
3.1.4 使用年限亲鱼承诺使用到6龄。
3.2 亲鱼运输常用活水船并在风浪不大时运输，密度40 kg/m3左右。
亦可使用水桶、帆布箱或塑料薄膜袋充氧运输，密度为20 kg/m3以上，且不宜10 h以上长途运输。
3.3 海区网箱培养3.3.1 网箱要求规格一样为（3.0～6.0）m×（3.0～6.0）m×（3.0～6.0）m，网目长1 5 mm～30 mm。
3.3.2 饲养治理使用的饲料一样有鲜活鱼、贝肉、沙蚕和配合饲料，饲料应符合NY 5072的规定。
中国水产科学Journal of Fishery Sciences of China第16卷第3期2009年5月Vol.16 No.3M a y 2009收稿日期：2008-10-15； 修订日期：2009-01-15.基金项目：国家自然科学基金资助项目（30771675）；科技部农业科技成果转化基金资助项目（2007GB23260281）；中央级公益性科研院所基本科研业务费专项基金（中国水产科学研究院东海水产研究所）资助项目（2007M05）.作者简介：李学英（1983- ），女，硕士研究生，从事食品微生物安全的研究.通讯作者：杨宪时. Tel： 021- 65678984；E -mail： xianshiyang@大黄鱼冷藏过程中的鲜度变化李学英1，2，许钟1，郭全友1，杨宪时1（1.中国水产科学研究院 东海水产研究所，上海 200090； 2.上海海洋大学 食品学院，上海 200090）摘要：研究了大黄鱼（Pseudosciaena crocea ）贮藏于0 ℃（冰藏）、3 ℃、7 ℃和10 ℃过程中，在感官、化学和微生物品质方面的变化特性，并对其货架期进行分析，探讨了菌落总数、嗜冷菌、假单胞菌、产H 2S菌、TVBN和TMA与感官评价的一致程度。
结果表明，大黄鱼是海水鱼中鲜度下降较慢的种类，在0 ℃、3 ℃、7 ℃、10 ℃的贮藏过程中，大黄鱼的高品质期分别为330 h、208 h、114 h和87 h，货架期分别为523 h、368 h、197 h和150 h。
各温度高品质期终点和货架期终点时菌落总数（CFU ）/g的对数平均值分别为6.10±0.30和6.67±0.35，产H 2S菌数（CFU/g ）的对数平均值分别为5.82±0.33和6.37±0.22，TVBN均值分别为（14.77±0.5）mg/（100 g ） 和（28.02±1.19）mg/（100 g ）；TMA均值分别为 （2.55±0.62）mg/（100 g ）和（9.84±1.28）mg/（100 g ），各温度下高品质期终点和货架期终点时各指标均值均无显著差异（P ＞0.05），表明菌落总数、产H 2S菌数和TVBN值作为大黄鱼低温贮藏的鲜度指标与感官鲜度评价有较好的一致性。
开题报告食品科学与工程复合壳聚糖对大黄鱼冷藏保鲜效果的研究一、综述本课题国内外研究动态，说明选题的依据和意义近年来,随着人工繁殖技术的成功应用，大黄鱼(Pseudosciaena crocea )的网箱养殖面积迅速扩大，2006年4月报道,目前大黄鱼主要人工养殖地区之一的福建省宁德市，年育苗量超过10亿尾、养殖40万口网箱、产量超过50 000 t,经济效益较好。
但是目前市场上常采用传统的冷冻方式来保藏大黄鱼，不仅造成组织干耗，而且解冻后随汁液的流失鲜味降低，口感和品质都会受到不同程度地破坏。
加之冷冻保藏需要在-18℃下进行，能耗很高。
故研究一种低耗能，低成本，保鲜效果优异的保藏方法十分必要。
水产品保鲜是以水产品为研究对象，利用可控的人工措施，采用机械物理、生物化学等方面改善水产品加工、储运条件、以控制水产品质量安全，是水产品加工与质量安全控制的组成部分之一。
水产品保鲜是当前倍受重视的社会生活问题，是保证水产品贮藏期品质稳定，实施远距离或反季节贸易的关键。
联合国粮农组织FAO（2008年度）统计表明：鲜活水产品商品的需求量以每年超过10%的速度在递增。
其中日本人食用的活鲜占水产食品总量的90%在日本市场，活鱼、活虾价格高出一般冻品的8~10 倍。
这不仅反映了现代国际海产品消费动向，也反映了增加销售鲜活海产品是全球经济的一个新增长点。
众所周知，水产品是极易腐败变质的物品，而且一旦鲜度变差其价值下降很多，甚至可能完全丧失其食用价值并造成重大的经济损失。
因此，对渔获后的水产品应当及时采取相应的保鲜处理，并结合不同水产品采用不同的贮藏保鲜方法，以满足水产品加工企业和消费者的生活需要。
水产品贮藏保鲜是养殖、捕捞的延续，是加工企业创收的必要保证，是整个渔业生产不可缺少的重要组成部分。
目前水产品保鲜新技术主要包括物理保鲜、化学保鲜和生物保鲜三个方面。
壳聚糖大分子中含有大量的羟基(-OH)和游离氨基(-NH 2)，由于游离氨基的存在，壳聚糖易溶于弱的有机酸如乙酸中，形成具有一定粘度的透明的溶液，将此溶液涂布在食品(水果、蔬菜、肉、蛋等)表面形成一层透明的壳聚糖薄膜。
岱衢洋大黄鱼(Pseudosciaena crocea)胚胎与仔稚幼鱼发育程顺;杜晨;竺俊全;吴雄飞【摘要】对养殖岱衢洋大黄鱼进行人工催产、自然产卵获得受精卵,在人工培育条件下观察了其胚胎及仔稚幼鱼发育过程.结果表明:1)岱衢洋大黄鱼受精卵呈圆球形,浮性;2)在水温23.0～24.0℃、盐度22.1条件下胚胎发育历时25.5h,主要经历了卵裂期、囊胚期、原肠胚期、神经胚期、器官形成期及孵化期等阶段;3)在水温22.0～24.0℃、盐度22.1～23.4条件下,仔鱼发育经历了前期仔鱼(0～7日龄)和后期仔鱼(8～18日龄);4)1 9日龄进入稚鱼前期,各鳍齐全;5)29日龄进入稚鱼后期,鳞片出现;6)36日龄以后全身被鳞,进入幼鱼期.仔稚幼鱼生长方程为TL=0.5703D+0.750 1(R2 =0.965 8),全长和日龄呈极显著线性相关.【期刊名称】《海洋科学进展》【年(卷),期】2014(032)004【总页数】9页(P551-559)【关键词】岱衢洋大黄鱼;胚胎;仔鱼;稚鱼;幼鱼;发育【作者】程顺;杜晨;竺俊全;吴雄飞【作者单位】宁波大学教育部应用海洋生物技术重点实验室,浙江宁波315211;宁波大学教育部应用海洋生物技术重点实验室,浙江宁波315211;宁波大学教育部应用海洋生物技术重点实验室,浙江宁波315211;宁波市海洋与渔业研究院,浙江宁波315012【正文语种】中文【中图分类】Q959.483;Q492现有关石首鱼科鱼类的胚胎及仔、稚、幼鱼发育的研究较多，在黄姑鱼[1]、日本黄姑鱼[2]、鮸状黄姑鱼[3]、双棘黄姑鱼[4]、浅色黄姑鱼[5]、眼斑拟石首鱼[6]、棘头梅童鱼[7]以及鮸鱼[8-10]等种类已见报道。
同为石首鱼科鱼类，胚胎及仔、稚、幼鱼发育特征上也存在种间或种群间差别。
大黄鱼系鲈形目、石首鱼科、黄鱼属，是我国重要的海产经济鱼类及增养殖种。
有关其早期发育，刘家富等[11]观察了福建官井洋大黄鱼在人工育苗条件下的胚胎及其仔、稚鱼形态特征与生态习性；方家仲等[12]观察了福建沙埕港养殖大黄鱼(系官井洋大黄鱼后代)在浙江苍南人工育苗条件下早期发育的形态特征，对仔、稚、幼鱼发育阶段进行了划分。
大黄鱼DNA分子标记技术及其在遗传育种中应用研
究的开题报告
针对大黄鱼这一重要经济鱼类的遗传育种瓶颈问题，本研究将探索
利用DNA分子标记技术在大黄鱼遗传育种中的应用，以期为大黄鱼遗传
育种提供理论基础和技术支撑。
本研究将从以下几个方面进行探索：
一、大黄鱼的遗传特征分析
针对大黄鱼的遗传特性，本研究将采用PCR技术，按照已经确定的
大黄鱼基因序列，设计特异性引物，通过PCR扩增出大黄鱼DNA样本中的目标基因段，再通过限制性酶切，测定大黄鱼样本基因型，并进行基
因型比较和分析，为后续的育种工作提供遗传特性分析的依据。
二、大黄鱼的SNP分子标记技术的建立
根据大黄鱼的基因序列，本研究将开发大黄鱼的SNP分子标记技术。
具体操作为在大黄鱼基因序列中筛选出SNP位点，并设计特异性引物，
进行PCR扩增，再通过基因测序，获得目标SNP位点的基因序列数据，最后通过SNP切点的测定，建立大黄鱼SNP分子标记库。
三、大黄鱼遗传育种的应用研究
针对大黄鱼的SNP分子标记技术，本研究将结合大黄鱼遗传特征，
进行遗传育种的应用研究。
首先将对大黄鱼不同品系的DNA样本进行SNP分子标记检测，获得其基因型数据，并对其进行遗传特性分析。
然后，将对大黄鱼的性状进行测定，采集大量不同表现型的大黄鱼个体
DNA样本，进行SNP分子标记检测，筛选出具有良好性状的个体，并进
行遗传育种。
通过本研究的开展，不仅可以为大黄鱼遗传育种提供技术支撑，还
能够为其他重要经济鱼类的遗传育种提供借鉴和启示。
福建省海洋与渔业局关于省十三届人大五次会议第1777号建议的答复文章属性•【制定机关】福建省海洋与渔业局•【公布日期】2021.04.30•【字号】闽海渔函〔2021〕36号•【施行日期】2021.04.30•【效力等级】地方规范性文件•【时效性】现行有效•【主题分类】机关工作正文福建省海洋与渔业局关于省十三届人大五次会议第1777号建议的答复闽海渔函〔2021〕36号雷见华代表：《关于进一步明确宁德官井洋大黄鱼繁殖保护区规划影响范围及产业制约的建议》（第1777号）由我单位会同省生态环境厅、省自然资源厅办理。
现将有关情况汇总答复如下：一、官井洋大黄鱼保护区基本情况1985年10月16日，省人大常委会批准了《官井洋大黄鱼繁殖保护区管理规定》，正式设立官井洋大黄鱼繁殖保护区，面积329.5平方公里。
由于保护区位于三都澳海上交通要道，为配合海峡西岸经济区东北翼增长及港口中心城市的定位，兼容港口与临海工业的发展需求，该保护区自成立以来已历经2轮调整，目前保护区面积调减至190平方公里。
2007年，原农业部在三都澳设立了“福建省官井洋大黄鱼国家级种质资源保护区”。
根据原农业部东海水产研究所《官井洋繁殖水域资源和环境特征研究报告》，官井洋海域是我国唯一的内湾性大黄鱼产卵场，大黄鱼繁殖水域核心区在官井洋海域，三都澳内近岸海域是大黄鱼幼鱼的索饵、育肥场所，生态环境非常敏感，对该海域生态功能的保护十分必要。
二、保护区功能分区及影响范围（一）保护区分区2020年11月，我局报请农业农村部渔业渔政管理局对官井洋大黄鱼国家级水产种质资源保护区的功能分区边界座标进行了核定，经现场勘查，官井洋大黄鱼国家级水产种质资源保护区（以下简称保护区）总面积19000公顷，其中核心区面积3500公顷，实验区面积15500公顷。
核心区特别保护期为3-12月。
保护区中心位于东经119°47′10″－119°57′18″，北纬26°25′43″－26°39′52″之间，即斗帽岛--鸡公山岛--东冲水道南端--东冲半岛西部（原民间俗称官井洋一带）--青山岛东部、东冲半岛南部及三都湾内外水域。
黄花鱼能人工养殖吗？
黄花鱼大部分分布暖海或热带沿海，少数生活于温带或淡水水域，营养丰富，含有丰富的蛋白质、微量元素和维生素，具有通利五脏、健身美容的功效，下面我们了解一下黄花鱼能不能人工养殖。
一、黄花鱼能人工养殖吗？
黄花鱼能人工养殖。
黄花鱼经过多年研究，1990年开始批量育苗，商品鱼养殖从1992年开始不断扩大规模，产量逐年增加，养殖
省份从福建开始，并向浙江、广东，海南等省辐射，养殖方式从网箱养殖向池塘养殖拓展。
二、黄花鱼怎么人工养殖
黄花鱼放养的鱼种规格要求整齐一致，计划当年达到400克以上商品规格的，放养的鱼种规格要在100克左右，养成阶段的饵料一般以冰冻上层鱼为主，并辅以粉状配合饵料。
养成期间一般每天早、晚各投饵一次。
同真鲷、妒鱼等相比，大黄花鱼具有摄食缓慢且量少等待点，因此投饵要慢，高温期间生长最快，为保持商品鱼金黄色的天然体色，
养殖后期需在网箱上加盖遮阴物控制光线，最佳生长水温22～26℃，盐度1.8％～2.5％，溶氧5毫升/升以上，ph8.0。
三、不能人工养殖的海鱼
1、带鱼：带鱼又叫刀鱼、牙带鱼等，属于洄游性鱼类，极难在小的池塘或者较小海域生存，带鱼不洄游就不能顺利地生产，故现在还没有人工养殖带鱼，主要是近海捕捞。
2、鲅鱼：鲅鱼也叫马鲛，硬骨钢鱼，种类很多，我国黄海、渤海均有生长，属暖性上层鱼，以中上层小鱼为食，夏秋季结群洄游，也属于洄游性鱼类，不能人工养殖。
3、偏口鱼：偏口鱼即比目鱼，成鱼潜伏在海底生活，多以海星和其它小动物为食，不宜人工养殖。
4、鲳鱼：鲳鱼又叫平鱼，是一种洄游性鱼类，很难人工养殖。
5、沙丁鱼：沙丁鱼又称萨丁鱼，为近海暖水性鱼类，属于集群洄游鱼类的一种，极难人工养殖。
