下载文档原格式
因泰生命科技公司服务流程2018。
1.1前言成都因泰生命科学技术有限公司（以下简称：因泰生命）依托四川大学华西医院转化神经科学中心神经疾病研究室、四川大学华西医院遗传研究室暨生物治疗国家重点实验室疾病基因组学研究室,致力于“打造基于基因技术的个体差异化精准医疗和健康管理系统”，我们以基因检测技术、信息工程、移动互联网技术和传统医学的治未病为纽带，秉承“差异化治疗"的理念，形成涵盖“测、防、治”三个方面的完整体系，全面介入服务大众的大健康产业.总体来说，基因检测服务是从检测前咨询开始:首先要了解受检者的预期，明确患者的检测目的,如用药指导，耐药后寻找新的方案，是仅检测一个基因或多个基因突变状态等，帮助他们选择合适的产品.还有更重要的是及时发现是否有家族遗传史,保证家庭成员可以及早调整生活方式,作体检时就密切关注的相关问题。
这些都是需要在这部分搞清楚。
其次就是样本的获取与运输、DNA制备与文库构建、质控与上机测序。
应该取多少组织样本，应该采取哪些样本,这根据检测目的不同而不同。
血液样本应该在医疗机构采集，而唾液、口腔上皮细胞则可以用我们提供的采集盒,按要求要家中自行完成。
然后，快递到华西精准医学中心。
由专家进行处理，然后进行基因序列的检测.得出数据后，由相关的遗传学家，分子生物学家进行专业的数据分析，要没有分析这一步，再多的数据也是没有用的，我们为受检者做的，就是从大量的数据中，找出有用的信息.最后就是解读了，对受检者提出风险提示，为临床医生提供，对临床实践又何指导，这就是做基因检测的核心意义。
一、基因检测总体步骤我们目前的服务流程，主要由四个部分组成：检测前咨询;实验室处理；信息分析；临床解读。
有以下几个步骤:1、受检者通过医院专科门诊医生或直接向具有临床检测资质的机构提出检测需求.目前绝大多数受检者都是通过医院或医生的建议送检,也有少数自己送检,这主要是因为目前大众对基因检测的认识程度和检测后续的指导治疗和遗传咨询都离不开临床医生。
肿瘤组织基因检测不合格-概述说明以及解释1.引言1.1 概述概述肿瘤组织基因检测在近年来得到了广泛的应用和关注。
通过对肿瘤组织的基因检测，可以了解肿瘤的发生机制、遗传变异情况以及患者可能的治疗反应。
然而，随着肿瘤组织基因检测的普及，也出现了一些不合格的检测结果。
本文将对肿瘤组织基因检测不合格的问题进行探讨和分析。
首先，我们将介绍肿瘤组织基因检测的重要性，包括其在个体化治疗中的作用以及对临床决策的影响。
然后，我们将详细介绍肿瘤组织基因检测的流程和方法，以帮助读者更好地理解该技术的应用和潜在问题。
接下来，我们将探讨肿瘤组织基因检测不合格的可能原因。
这些原因包括样本采集和处理的问题、测试方法和设备的选择以及数据分析和解读的误差等。
我们将通过分析这些问题，帮助读者了解为何会出现不合格的检测结果，以及如何避免这些问题的发生。
最后，我们将探讨肿瘤组织基因检测不合格可能对临床治疗和患者带来的影响，并提出解决肿瘤组织基因检测不合格的方法。
这些方法包括对检测流程的优化、技术设备的升级以及专业人员的培训和规范化等。
通过采取这些措施，我们可以提高肿瘤组织基因检测的准确性和可靠性，为患者提供更加有效的个体化治疗策略。
本文的目的是希望引起人们对肿瘤组织基因检测不合格问题的重视，并提出相应的解决方案。
通过更好地了解和解决这些问题，我们可以更好地利用肿瘤组织基因检测的优势，为患者提供更好的治疗效果，并推动个体化医疗的发展。
1.2文章结构文章结构本文将从肿瘤组织基因检测的重要性、检测的流程和方法以及可能导致不合格结果的原因三个方面进行论述。
首先，我们将介绍肿瘤组织基因检测的重要性，说明其在肿瘤诊断、治疗选择以及预后评估中的作用。
其次，我们将详细介绍肿瘤组织基因检测的流程和方法，包括样本采集、DNA/RNA提取、基因检测技术的选择和数据分析等方面的内容。
最后，我们将探讨肿瘤组织基因检测不合格的可能原因，如技术问题、样本质量、数据解读等因素可能导致检测结果的不准确性。
乳腺癌BRCA基因检测（二）引言概述：乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤之一，而BRCA基因检测是一种能够检测乳腺癌风险的方法。
本文将继续介绍关于乳腺癌BRCA 基因检测的相关内容，包括检测方法的选择、检测结果的解读、BRCA变异的分类以及检测的限制与风险。
正文内容：1. 检测方法的选择- 基因测序法：对BRCA基因进行全程测序，能够检测到所有可能的基因变异。
- 基因芯片法：利用基因芯片检测常见的BRCA变异，速度较快但可能会漏检部分罕见变异。
- 多重浮点突变检测法：通过识别常见变异的特定基因浮点，能够准确快速地检测BRCA变异。
2. 检测结果的解读- 异常结果：指BRCA1或BRCA2基因中存在致病变异，显示患者具有较高的乳腺癌风险。
- 正常结果：指BRCA基因中未发现致病变异，但并不代表患者不会得乳腺癌。
3. BRCA变异的分类- 类似汉密尔顿系统：将BRCA基因变异分为五类，从类别一到类别五，依次表示变异的致病性逐渐增加。
- 当前研究发现大约70%的BRCA变异是致病型的，而其余30%则是可能有功能影响但具体致病性尚不明确的变异。
4. 检测的限制与风险- 部分变异漏检：由于BRCA基因的复杂性和突变的多样性，某些变异可能会被检测方法漏检。
- 无法预测具体发病风险：即使检测结果为正常，也不能完全排除患乳腺癌的风险，因为还可能有其他未知的致病基因存在。
总结：乳腺癌BRCA基因检测是一种帮助女性评估乳腺癌风险的重要方法。
选择适合的检测方法、正确解读检测结果、了解BRCA变异的分类以及理解检测的限制与风险，对于乳腺癌的预防和早期筛查具有重要意义。
然而，我们仍需进一步研究与探索，以提高检测的准确性和可靠性，为女性提供更加精准的乳腺癌风险评估。
肿瘤基因检测内容
肿瘤基因检测是通过检测肿瘤细胞中的基因变异和突变来帮助诊断和治疗肿瘤的一种检测方法。
具体的检测内容包括以下几个方面：
1. 基因突变检测：检测肿瘤细胞中的突变基因，包括蛋白质编码基因和非编码基因等。
这些基因突变可能会导致肿瘤细胞的异常增殖和转移能力增强。
2. 基因拷贝数变异检测：检测肿瘤细胞中基因的拷贝数变异，即某些基因的拷贝数增加或减少。
这些变异可能会导致基因的表达水平异常，进而影响肿瘤细胞的生长和发展。
3. 基因表达谱检测：通过检测肿瘤细胞中基因的表达水平来评估细胞的功能状态。
通过分析基因的表达谱，可以了解肿瘤细胞是否存在异常的基因表达模式。
4. 基因融合检测：检测肿瘤细胞中基因的融合情况。
基因融合是指两个或多个基因的染色体断裂并重新连接形成新的复合基因。
这些基因融合可能会导致新的蛋白质产生，从而改变细胞的功能。
5. 突变负荷评估：通过检测肿瘤细胞中的突变频率和突变负荷来评估肿瘤的突变程度和易感性。
突变负荷是指肿瘤细胞中突变的总数或频率。
通过对这些基因检测结果的分析和解读，可以帮助医生了解患者的肿瘤特征，指导治疗方案的选择和个体化治疗的规划。
体细胞变异在不同癌种中对应的药物敏感性证据分为四个等级：A 级，美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration，FDA）批准或专业临床指南推荐；业届指南中定义的特定肿瘤的诊断/预后因子；B 级，经具有足够统计学效能的临床研究证实、获得该领域专家共识；经具有足够统计学效能的临床研究证实其诊断/预后价值；C 级，其他癌种中的A 级证据（跨适应证用药，即其他癌种用药）、或已作为临床试验的入组标准；多项小型研究支持其诊断/预后价值；5、肿瘤负荷突变肿瘤突变负荷 （tumor mutation burden，TMB）即肿瘤基因组编码区包含的非同义突变的数量或密度（突变数/Mb），是肿瘤新抗原负荷的替代指标，简单理解为 患者肿瘤组织中具有多少个基因变异，突变的基因越多，越有可能产生更多异常的蛋白，越有可能被免疫系统识破。
目前基于 NGS 大panel检测的TMB 已可达到与WES （全外显子组测序）的高度相关并在大量免疫治疗临床研究中证实其对疗效的预测价值。
目前，对组织 TMB检测有几点共识：①编码区覆盖大于 1 Mb（大概相当于 300 个以上基因的全外显子区域）；②基于经过验证的可靠生物信息分析算法。
对 TMB的准确评估（无论基于组织或血浆cfDNA样本）建立在样本满足一定肿瘤占比的基础上，肿瘤占比过低将导致 TMB的严重低估。
当我们看到 TMB 数值时，如果所选择的 panel太小，是无法准确测算TMB的，除此之外还需要通过TMB绝对值以及该数值在已检测的肿瘤样本中的相对排序等，综合评估 TMB水平及其可信度。
理论上TMB水平低，可能预示靶向效果相对较好，TMB水平高，可能预示免疫治疗获03案例分析案例一男性，肺腺癌，EGFR 21 L858R,一线凯美纳半年，肺部病灶稳定，少量胸水，cea从20涨到30，基于担心耐药，做了血液单一t790m的基因检测，为t790m阳性，是否需要立即更换三代EGFR靶向药物呢？分析：有理由直接更换，但基于主病灶稳定、少量胸水可控的情况下，众所周知治疗根据基因检测提示，EGFR t790m消失，EGFR 19DEL还在，MET扩增消失，提示克唑替尼/卡马替尼（inc280）等一型MET抑制剂已经耐药，需要更换二型MET抑制剂如卡博替尼/梅沙替尼。
因泰生命科技公司服务流程2018.1.1前言因泰生命科学技术（以下简称：因泰生命）依托大学华西医院转化神经科学中心神经疾病研究室、大学华西医院遗传研究室暨生物治疗国家重点实验室疾病基因组学研究室，致力于“打造基于基因技术的个体差异化精准医疗和健康管理系统”，我们以基因检测技术、信息工程、移动互联网技术和传统医学的治未病为纽带，秉承“差异化治疗”的理念，形成涵盖“测、防、治”三个方面的完整体系，全面介入服务大众的大健康产业。
总体来说，基因检测服务是从检测前咨询开始：首先要了解受检者的预期，明确患者的检测目的，如用药指导，耐药后寻找新的方案，是仅检测一个基因或多个基因突变状态等，帮助他们选择合适的产品。
还有更重要的是及时发现是否有家族遗传史，保证家庭成员可以及早调整生活方式，作体检时就密切关注的相关问题。
这些都是需要在这部分搞清楚。
其次就是样本的获取与运输、DNA制备与文库构建、质控与上机测序。
应该取多少组织样本，应该采取哪些样本，这根据检测目的不同而不同。
血液样本应该在医疗机构采集，而唾液、口腔上皮细胞则可以用我们提供的采集盒，按要求要家中自行完成。
然后，快递到华西精准医学中心。
由专家进行处理，然后进行基因序列的检测。
得出数据后，由相关的遗传学家，分子生物学家进行专业的数据分析，要没有分析这一步，再多的数据也是没有用的，我们为受检者做的，就是从大量的数据中，找出有用的信息。
最后就是解读了，对受检者提出风险提示，为临床医生提供，对临床实践又何指导，这就是做基因检测的核心意义。
一、基因检测总体步骤我们目前的服务流程，主要由四个部分组成：检测前咨询；实验室处理；信息分析；临床解读。
有以下几个步骤：1、受检者通过医院专科门诊医生或直接向具有临床检测资质的机构提出检测需求。
目前绝大多数受检者都是通过医院或医生的建议送检，也有少数自己送检，这主要是因为目前大众对基因检测的认识程度和检测后续的指导治疗和遗传咨询都离不开临床医生。
肿瘤基因检测结果报告解读
肿瘤基因检测是一种通过检测肿瘤细胞中的基因变异来了解肿
瘤的发生、发展和治疗的方法。
肿瘤基因检测结果报告是基于检测结果的详细分析和解释，为医生和患者提供有关肿瘤基因变异的信息，帮助医生制定更精准的治疗方案。
肿瘤基因检测结果报告中常见的内容包括：
1. 检测项目和方法：报告会详细列出所检测的基因和方法，以及负责检测的实验室和技术人员。
2. 检测结果：报告会列出基因的变异类型和频率，并根据变异的临床意义进行分类和解析。
一般来说，报告会将基因变异分为以下几类：
a. 病理突变：对肿瘤的发生和发展具有重要作用，是肿瘤治疗的重要靶点。
b. 变异：与病理突变不同，变异可能对肿瘤的发生和发展没有直接影响，但可能与肿瘤治疗的反应有关。
c. 多态性：常见于人群中，与肿瘤的发生和发展无关。
3. 临床解读：报告会根据检测结果为患者提供相应的临床解读，例如建议进一步的检测和治疗方案。
4. 报告解释：报告会对检测结果进行解释，包括基因变异的临床意义、该变异在肿瘤治疗中的作用、建议的治疗方案等。
总之，肿瘤基因检测结果报告是对患者肿瘤基因变异情况的详细分析和解释，为医生提供有关肿瘤治疗的更准确的信息，从而制定更
科学、更有效的治疗方案。
肿瘤基因检测报告单解读1. 嘿，你知道肿瘤基因检测报告单上那些密密麻麻的数字和符号都代表啥吗？就好比你拿到一张神秘地图，每个标记都让人好奇又困惑！比如，看到某个基因突变，你难道不想知道这到底意味着什么吗？2. 哇塞，肿瘤基因检测报告单解读可真是个大学问呢！就像破解一道超级复杂的谜题。
你看，这里一个指标升高，那里一个突变出现，这不是让人心里七上八下的嘛！比如看到那个“+”号，你心里会不会“咯噔”一下呀？3. 哎呀呀，拿到肿瘤基因检测报告单，简直就像面对一个充满未知的宝藏盒子！这里面的信息可太关键啦。
就像走迷宫，一个指标可能就是指引方向的关键呢！比如说，看到某个基因的状态，你不想赶紧搞清楚它是好是坏吗？4. 嘿，肿瘤基因检测报告单解读可不简单哟！这就像是在翻译一种神秘的语言。
你想想，那些专业术语，不搞明白能行吗？比如那个长长的基因名字，你难道不好奇它背后的故事？5. 哇哦，面对肿瘤基因检测报告单，是不是感觉有点懵？这可真是个挑战呢！就好像进入了一个陌生的领域，一切都要从头学起。
比如看到那些奇怪的符号，你不会想找个人问问到底是啥意思吧？6. 哎呀，肿瘤基因检测报告单里藏着好多秘密呀！就跟隐藏在树林里的小路一样。
你得仔细找才能发现关键信息呢！像看到某个基因的表述，你难道不想知道它对健康的影响有多大？7. 嘿哟，解读肿瘤基因检测报告单，这可是个精细活呢！就如同在拼凑一幅复杂的拼图。
每一块都很重要呢！比如说，看到某个指标的异常，你不会紧张起来吗？8. 哇呀，肿瘤基因检测报告单可真是让人又爱又恨呀！爱它能提供信息，恨它那么难懂。
就像一个调皮的小精灵，让人捉摸不透。
比如看到一个不熟悉的基因位点，你难道不想搞清楚它的作用？9. 哎呀妈呀，肿瘤基因检测报告单的解读真的好关键啊！这简直就是决定命运的钥匙。
你想想，一个小小的指标变化，可能影响巨大呢！像看到那个危险信号一样的标注，你不会心里一紧吗？10. 嘿，朋友们，肿瘤基因检测报告单就像是一本神秘的魔法书！里面充满了神奇的代码和信息。
肿瘤化疗药物基因检测报告解读DPYD(IVS14+1G>A)基因多态性二氢嘧啶脱氢酶（DPD ）是5-Fu 代谢过程中的关键酶，DPD 酶活性在人群中存在个体差异，且受DPD 酶基因（DPYD ）多态性的影响。
DPYD 基因 IVS14+1G>A 突变几乎完全局限于DPD 酶活性低的患者[1]，该酶活性缺乏可导致5-Fu 体内清除受阻，半衰期显著延长，分解减弱而合成增加，细胞毒性也相应增强[2]。
FDA 建议在服用5-Fu 药物前进行DPYD 基因多态性的检测。
参考文献：[1]van Kuilenburg AB. Eur J Cancer. 2004, 40(7):939-950. [2] Raida M, et al. Clin Cancer Res. 2001, 7(9):2832-2839.MTHFR （C677T ）基因多态性MTHFR 还原5,10-亚甲基四氢叶酸为5-甲基四氢叶酸，前者是胸苷酸合成的重要原料之一，参与DNA 的合成与修复；后者是体内主要的甲基供体，参与DNA 甲基化[1]。
MTHFR 基因677C→T 的突变使223位氨基酸由丙氨酸变为缬氨酸→MTHFR 酶活性降低→5,10-MTHFR 浓度提高：5-FdUMP 与5,10-MTHFR 、TS 形成稳定的共价络合物，干扰DNA 的合成和修复，提高5-FU 抗肿瘤效果[2]。
参考文献[1] Thomas F, et al. Br J Cancer. 2011, 105(11):1654-1662. [2] Prasad VV , et al. Onkologie. 2011, 34(8-9):422-426.CDA（A79C，G208A）基因多态性CDA基因多态性会影响吉西他滨的药代动力学，通过损害CDA对吉西他滨的解毒功能，导致药物毒副作用的增加，CDA活性减弱的癌症患者在接受吉西他滨治疗时易导致更高的毒性发生[1]。
从临床进入基因检测流程是入口，检测结果结合临床信息进行合理解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。
其中的第四部分临床解读部分即是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断，临床和遗传咨询有效衔接、充分沟通，最终出具临床解读报告。
在做成临床解读报告之前，首先需要将解读的各个环节进行明确，包括解读的步骤流程，解读的技术细节。
这样才有可能真正的做到解读的规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好的临床解读报告，基因检测才能更好的服务患者和临床医生。
从大的框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。
1、读懂原始数据将测序的原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard 去除重复序列，使用GATK检测SNV与Indel变异，使用ANNOVAR进行变异注释。
最后获得一份.vcf文件（图1）。
Func.refGene：变异所处参考基因的功能区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处的exonic特指外显子编码氨基酸区，不包括外显子的UTR区）Gene.refGene：变异所处参考基因名称（如果是基因间，则是两侧的基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中的具体位置（如果是基因间，则是距离两侧的基因的距离）ExonicFunc.refGene：外显子区的变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），如果这一栏是一个“.”的话，就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸水平的改变（同一个基因可能具有多个转录本，氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样）经注释后的vcf文件还会包含如下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中的临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引起的疾病名称CLINACC：该变异的登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax：该变异人群中的最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。
CG46是由CompleteGenomics （BGI）公司对46个样本的全基因组测序而建立的数据库，截止2017年，他们已经对超过20000个样本进行了全基因组测序和分析。
ICGC_Id：国际癌症基因协作组中各研究的IDICGC_Occurrence：该变异在ICGC数据库中的发生情况。
该栏数据结构如COCA-CN|1|187|0.00535，指中国结直肠癌的研究（https:///），在187例患者中有1例发生突变，突变比例为0.00535Nci60：该变异在nci60数据库中的等位基因频率。
Nci60是被广泛用于药物筛选的人类60种肿瘤细胞系组合，已经进行了全外测序。
随着研究的进步，美国癌症研究所NCI在2016年宣布NCI-60细胞系“退休”，PDX新模型“上任”。
Interpro_domain：InterPro算法预测的突变所处的保守结构域（/interpro/）dbscSNV_ADA_SCORE：基于adaptive boosting预测变异对剪接位点改变的可能性dbscSNV_RF_SCORE：基于Random Forest预测变异对剪接位点改变的可能性。
得分代表剪接影响的可能性大小，如果dbscSNV_ADA_SCORE和dbscSNV_RF_SCORE 得分均小于0.6，则对剪接位点没有影响（PMID: 28132688）。
Omim_phenotype：在OMIM数据库中该基因（不是该变异）对应的表型QUAL：测序质量分数，计算方法为Q = -10log10(e)，可衡量碱基未正确检出的概率。
FILTER：对变异位点做进一步的过滤。
无论你用什么方法对变异位点进行过滤，过滤完了之后，在FILTER一栏都会留下过滤记录，如果是通过了过滤标准，那么这些通过标准的好的变异位点的FILTER一栏就会注释一个PASS，如果没有通过过滤，就会在FILTER这一栏提示除了PASS的其他信息（other FILTER flag）。
如果这一栏是一个“.”的话，就说明没有进行过任何过滤INFO&FORMAT：该栏数据结构GT:AD:AF:ALT_F1R2:ALT_F2R1:FOXOG:QSS:REF_F1R2:REF_F2R1。
GT：基因型，对于一个二倍体生物，0表示跟REF一样，1表示表示跟Alt一样；2表示第二个Alt；AD：对应两个以逗号隔开的值，这两个值分别表示覆盖到REF和Alt碱基的reads数，相当于支持REF和支持Alt的测序深度；AF：支持Alt的测序深度占总测序深度的比例，即等位基因丰度NORMAL：与肿瘤组织对应的正常组织中的信息，一般通过外周血测序获得TUMOR：肿瘤组织中的信息此外还可能包含各种算法对非同义突变保守性预测值，这些算法包括SIFT prediction(T: tolerated; D: deleterious)，PolyPhen HumanDiv prediction (D:Probably damaging, P: possibly damaging; B: benign)、LTR、MutTaster、MutationAssessor、FATHMM、CADD、GERP++等等。
2、分析挖掘数据对全外显子检测（或者属于较大pannel范畴的情况也可以），可以进行肿瘤突变负荷（Tumor mutationburden）计算。
临床研究表明，使用PD1/PD-L1抑制剂等免疫治疗药物时，具有较高突变负荷的患者具有较好的客观缓解率(ORR)、较长的无进展生存期(PFS)，同时持续临床疗效(DCB)也更佳。
然而，由于目前没有统一的肿瘤突变负荷计算方法，在做纵向比较时需谨慎。
该分析使用的计算方法为，肿瘤组织中突变丰度大于等于5%，正常组织中突变丰度小于等于1%，ExonicFunc.refGene一栏去除“.”、synonymous SNV、unknown标签的数据，PopFreqMax一栏去除人群等位基因频率大于0.1%的数据（注意保留“.”）。
此外，免疫治疗相关的一些基因突变（如EGFR、干扰素信号通路的JAK、B2M等）值得关注。
对全外显子检测，能够发现大量的体细胞突变。
有的突变是致病性的称为为驱动突变或司机突变（与之对应的称为乘客突变或继发性突变），这些突变或导致DNA修复缺陷，或导致细胞不受调控的增殖生长，或导致细胞不能正常凋亡，或导致细胞侵袭性增强，或导致免疫逃逸。
因而从大量的体细胞突变中鉴定肿瘤的驱动基因突变既是基因检测的重要目的之一，同时也是一项艰难的工作。
一般来说一个肿瘤的发生其驱动基因突变的数目为0-8个，且他们不会分布于同一个关键的肿瘤相关信号通路中（比如BRAF和KRAS，比如APC和CTNNB1）或并行的两个重要信号通路中（比如PIK3CA和KRAS）。
一般来说原癌具有较为明显突变热点聚集倾向（比如KRAS和PIK3CA），而抑癌基因的突变位点较为分散（比如RB1和VHL）。
对全外显子检测目前已经在肿瘤中得到较为广泛的应用，如何高效寻找驱动基因突变急需指导和规范化的文件，但由于肿瘤细胞突变多为体细胞突变，遗传性突变领域的规范化文件（后面会具体讲）难以照搬使用。
因为体细胞突变的意义和遗传性突变的意义比如致病性突变这样的描述有所不同，比如我们可以采用响应药物的突变（responsive）、耐药突变（resistant）、驱动性突变（driver）、继发性突变（passenger）来描述突变的意义。
值得庆幸的是，2017年伊始，分子病理协会（Association for Molecular Pathology, AMP）、美国临床肿瘤协会（American Societyof Clinical Oncology）和美国病理学家联盟（College ofAmerican Pathologists）对高通量测序在肿瘤诊疗领域的应用从突变记载（HGVS）、注释解读、报告进行了指导和规范（PMID: 27993330）。
