物理性质预测
Compute PI/MW
http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/pi-tool.html Peptidemass
http://expaxy.hcuge.ch/sprot/peptide-mass.html TGREASE
ftp:///pub/fasta/ SAPS
http://ulrec3.unil.ch/software/SAPS_form.html
基于组成的蛋白质识别预测
http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacompi.html AACompSim
http://expaxy.hcuge.ch/ch2d/aacsim.html PROPSEARCH
http://www.embl-heidelberg.de/prs.html
二级结构和折叠类预测
/~nomi/nnpredictPredictprotein
http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/SOPMA
http://www.ibcp.fr/predict.htmlSSPRED
http://www.embl-heidelberg.de/sspred/ssprd_info.html
特殊结构或结构预测
http://ulrec3.unil.ch/software/COILS_form.htmlMacStripe
/matsudaira/macstripe.html
检索
由NCBI检索蛋白质序列
:80/entrz/query.fcgi?db=protein进行检索。
利用SRS系统从EMBL检索蛋白质序列
/可利用EMBL的SRS系统进行蛋白质序列的检索。
通过EMAIL进行序列检索
当网络不是很畅通时或并不急于得到较多数量的蛋白质序列时，可采用EMAIL方式进行序列检索。
疏水性分析
位于ExPASy的ProtScale程序/cgi-bin/protscale.pl可被用来计算蛋白质的疏水性图谱。该网站充许用户计算蛋白质的50余种不同属性，并为每一种氨基酸输出
相应的分值。输入的数据可为蛋白质序列或SWISSPROT数据库的序列接受号。需要调整的只是计算窗口的大小（n）该参数用于估计每种氨基酸残基的平均显示尺度。
跨膜区分析
有多种预测跨膜螺旋的方法，最简单的是直接，观察以20个氨基酸为单位的疏水性氨基酸残基的分布区域，但同时还有多种更加复杂的、精确的算法能够预测跨膜螺旋的具体位置和它们的膜向性。这些技术主要是基于对已知跨膜螺旋的研究而得到的。自然存在的跨膜螺旋Tmbase 数据库，可通过匿名FTP获得http://www.isrec.isb-sib.ch/ftp-server/tmbase
前导肽与蛋白质定位
在生物内，蛋白质的合成场所与功能场所常被一层或多层细胞膜所隔开，这样就涉及到蛋白质的转运。合成的蛋白质只有准确地定向运行才能保证生命活动的正常进行。一般来说，蛋白质的定位的信息存在于该蛋白质自身结构中，并通过与膜上特殊的受体相互作用而得以表达。在起始密码子之后，有一段编码疏水性氨基酸序列的RN***段，这个氨基酸序列就这个氨基酸序列就是信号肽序列。含有信号肽的蛋白质一般都是分泌到细胞外，可能作为重要的细胞因子起作用，从而具有潜在的应用价值。
http://genome.cbs.dtu.dk/sevices/signalP-2.0
卷曲螺旋分析
另一个能够直接从序列中预测的功能motif是α-螺旋的卷曲排列方式。在这种结构中，两种螺旋通过其疏水性界面相互缠在一起形成一个十分稳定的结构。
/depts/biol/units/coils/coilcoil.htmlCOILS
/software/COILS_form.htmlEpitopeInfo
/Links.htm
蛋白质功能预测
基于序列同源性分析的蛋白质功能预测到至少有80个氨基酸.长度范围内具有25%以上序列一致性才提示可能的显著性意义。最快的工具如BlastP能很容易地发现显著性片段，而无需使用十分耗时的BLITZ软件。基于NCBI/BLAST软件的蛋白序列同源性分析
/blast选择程序BLASTP就可网上分析。
基于WU/BLAST2软件进行分析
华盛顿大学的BLAST软件（dove.embl-heidelberg.dl/blast2）也可进行蛋白质序列的同源性分析。
基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测
蛋白质的磷酸化与糖基化对蛋白质的功能影响很大，所以对其的分析也是生物信息学的一个部分。同时，分子进化方面的研究表明，蛋白质的不同区域具有不同的进化速率，一些氨基酸必须在进化过程中足够保守以实现蛋白质的功能。在序列模式的鉴定方面有两类技术，第一类是依赖于和一致性序列（consensus sequence）或基序各残基的匹配模式，该技术可用于十分容易并快速搜索motif数据库。
Motif数据库-PROSITE 最好的是PROSITE（/prosite）
蛋白质序列的(profile)分析www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.html
InterProScan综合分析网站
InterProScan是EBI 开发的一个集成了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中把SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等数据库提供的蛋白质序列中的各种局域模式，如结构域，motif等信息统一起来，提供了一个较为全面的分析工具。/interpro/scan.html
蛋白质结构预测
PDBFinder 数据库
是在PDB、DSSP、HSSP基础上建立的二级库，它包含PDB序列，作者，R因子，分辨率、二级结构等，这些些信息随着PDB库每次发布新版，PDBFinder在EBI自动生成，网址为www.sander.embl-heideberg.de/pdbfinder
NRL-3D数据库
是所有已知结构蛋白质的数据库，可用于查询蛋白序列时行相似性分析以确定其结构，/Dan/protein/nrl3d.html
ISSD数据库
蛋白质序列数据库，其每个条目包含一个基因的编码序列，同相应的氨基酸序列对比，并给出相应的多肽链结构数据。www.protein.bio.msu.su/issd
HSSP数据库
是根据同源性导出的蛋白质二级结构数据库，每一条PDB项目都有一个对应的HSSP文件，www.sander.embl-heidelberg.de/hssp
蛋白质二级结构预测
文献报道PHD程序是目前此方面的最好程序，提供了从二级结构到折叠方面分析的多种资源。其网址为www.embl-heidel-berg.de/predictprotein/predictprotein.html,
也可通过email:predictprotein@embl-heidelberg.de进行数据分析。
