TILLING技术及其应用的研究进展

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第3O卷第6期2011年6月 种子(Seed) Vo1.30 No.6 Jun. 20ll 

TILLING技术及其应用的研究进展 

任永哲,徐艳花, 马原松, 丁锦平, 张庆琛,裴冬丽, 梁峰 

(商丘师范学院生命科学系, 河南商丘476000) 

Advances in TILLING Technology and Its Applications 

REN Yong-zhe,XU Yan-hua,MA Yuan-song,DING Jin-ping, 

ZHANG Qing・chen,PEI Dong-li,LIANG Feng 

摘要:定向诱导基因组局部突变(Targeting Induced Local Le- sions IN Genomes,TILLING)技术是一种全新的高通量、低成本 

的反向遗传学研究方法,用于检测突变群体中目标区域的突变 位点。本文对TILLING技术的原理做了简要总结,重点综述了 

TILLING技术在最近几年的发展和完善,并介绍了TILLING技 术的应用。总结了近年来一些成功应用TLLING技术的案例。 关键词:TILLING;突变体;反向遗传学;功能基因组学 

中图分类号:Q 819 文献标志码:A 文章编号: 1001—4705(201 1)06-0056-05 

突变体分析是生物学研究中最重要的研究工具之 

一,人们对植物生长发育、细胞生物学以及生物代谢的 

深入研究和理解都离不开突变体分析。人为地创造突 

变体已经成为近80年来遗传学研究的主要驱动力…。 

在各种诱导突变的物质中,化学诱变剂的应用尤其广 

泛,比如其中之一的甲基磺酸乙酯(Ethyl methanesul— 

fonate,EMS)就尤为有效,这是因为EMS能对碱基进 行修饰,最终在DNA复制的过程中因错配而引入突 变 ]。然而,尽管遗传学家非常依赖于高效的化学 

诱变,但由于传统的对突变体的遗传学筛选主要是针 

对表型来选择,不容易鉴定出那些没有明显可见表型 

变化的突变体,这致使人们只能鉴定出很少一部分突 

变。随着多种模式生物的基因组计划的完成和生物信 

息学的高速发展,现在人们已经拥有了多种生物大量 

的基因组序列,因而反向遗传学方法正变得越来越重 

要。但是以PCR为基础的检测方法只能检测到插入 

缺失突变体,对于那些点突变却无能为力。几年前发 

展起来的定向诱导基因组局部突变技术(Targeting In— 

duced Local Lesions IN Genomes),即TILLING技术能 

够检测到单个碱基的突变和变异,这种技术首先由 

Mclallum提出 J,后来由于CEL I核酸内切酶的应用 

得到了进一步的发展和完善 。 

收稿日期:2011—02—19 基金项目:河南省科技发展计划国际合作项目(084300510076);商丘师范学院博士科研启动基金。 作者简介:任永哲(1981一),男,河南延津人;博士,讲师,主要从事小麦遗传改良和分子育种研究;E—mail:yongzheren66@163.corn。 

(接上页) [46]Li W,McDonald M B,Bennett M A,et al、Hydropriming of 

differing sized impatients’Expo Wine’seeds[J].Seed sci— 

ence and technology,2005,33(3):639—646. [47]Grzesik M,Nowak J.Effects of matriconditioning and hydror- 

iming on Helichrysum bracteatum L.seed germination,seedling emergence and stress tolerance f J].Seed science and techno1. 

ogy,1998,26(2):363—376. [48]李明,万丽,姚东伟.蔬菜种子引发研究进展[J].上海农业 

学报,2006,22(1):99—103. [49]Rowse H R,Mckee J M,Finch—savage W E.Membrane prim— ing—a method for small sample of high value seeds[J].Seed science and technology,2001,29(3):587—597. [50]Callan N W,Mathre D E,Miller J B.Biopriming seed treat— ment for biological control of hium uhimum preemergence damping of in sweet coin[J].Plant Disease,1990,74(5): 368—372. 

・56・ }51 1 Callan N W,Mathre D E,Miller J B.Field performance of sweet coin seed bio・-primed and coated with Psedomonas fluo・- rescens AB 254I J 1.Hort Sci,1991,26(9):1 163—1 165. [52]Warren J E,Bennett M A.Bio—osmopriming tomato(Lycoper— sicon esculentum Mil1)seeds for improved seedling establish— ment[R].Seed biology:advance and applications,2000: 477—487. [53]高荣岐,张春庆.种子生物学[M].北京:中国科学技术出 

版社,2002:12—18. 

[54]李圣福,高荣岐,孙爱清,等.玉米种子超干燥方法及超干 适应性研究[J].农业工程学报,2008,24(3):247—250. 

[55]孙爱清,高荣岐,尹燕枰,等.不同类型种子超干贮藏的最 佳含水量范围[J].种子,2009,28(8):3l一34. [56]张北壮,傅家瑞,徐是雄,等.25种农作物及蔬菜种子的超 低温贮存研究[J].中山大学学报,1990,29(3):115—121. [57]李贞霞,林紫玉,沈军.超低温处理对南瓜种子萌发的影 

响[J].西北农业学报,2009,18(4):363—366.

 综述 任永哲等:TILLING技术及其应用的研究进展 

TILLING技术是一种全新的高通量、低成本的反 

向遗传学研究方法。它将诱发产生高频率点突变的化 

学诱变方法与PCR筛选技术和高通量检测方法有效 

结合,用来发现分析目标区域的点突变。随着TILL— 

ING技术应用于越来越多的物种,它在功能基因组学 

中的重要价值也逐渐体现出来。也有一些相关综述文 

章发表 ,但随着TILLING技术应用领域的不断拓 

宽,TILLING技术本身更趋于成熟,最近几年出现了一 

些成功利用TILLING技术的范例,本文对TILLING技 

术及其应用的最新研究进展进行了综述。为避免与以 

前的综述文献重复,本文仅对TILING技术的原理做 

简单介绍,将重点综述TILLING技术的发展及其在功 

能基因组学和其它领域的最新应用。 

1 TILLING技术的基本原理 

TILLING技术的原理是:首先利用化学诱变剂对 

研究材料进行处理,诱发产生一系列的点突变而获得 

突变群体;提取其自交后代的基因组DNA,可以将3~ 

8个DNA样品等量混合;然后以混合后的DNA作为 

模板,利用引物对特定的DNA片段进行扩增;如果在 

几个混合的样品中存在突变样品,那么扩增后的产物 

会形成异源双链(即含有错配碱基),然后再利用特异 

性的核酸内切酶识别错配碱基,在错配处切开双链,最 

后通过各种电泳系统进行检测;通过电泳检测,发现存 

在能够被切开的片段则说明在混合样品中存在突变样 

品,之后在混合的样品中再逐一检测,直至找出相应的 

突变体。 

2 TILLING技术的发展与完善 

TILLING技术开始是利用变性高效液相色谱 

(DHPLC)来检测DNA池中的突变的-4'l ,但这种检 

测手段不能用于大规模的突变体筛选,TILLING技术 

的应用也仅限于少数物种突变体库的筛选和突变体检 

测。随着应用领域的不断拓宽,TILLING技术也逐步 

得到了发展和完善。 

2.1双色红外荧光扫描系统的引入提高了突变筛选 

效率 

双色红外荧光扫描系统的出现大大提高了突变筛 

选效率。该系统是利用一对不同荧光进行标记的引物 

来扩增几个样品混合后的DNA模板,PCR产物经变性 

后再逐渐复性,如果在混合的DNA样品中存在一个突 

变样品,那么扩增产物中就会形成异源双链分子,这些 

异源双链分子即可被核酸内切酶剪切,酶切产物利用 

变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离。因为被切开的片 

段两端采用的是不同的荧光染料标记,那么在图像上 下方都会出现一个条带,就可以通过估计载有3 和5 

端标记的这两个条带的大小推测突变发生的位置。如 

果在一个混合样品中检测到了突变,再逐一对该混合 

样品池中的每一个DNA样品按同样的方法重新进行 

筛选,直到筛选到突变个体。研究表明,当将一对分别 

用700 nm和800 nm荧光染料标记的引物和没有标记 

的引物混和后进行PCR扩增时,扩增产物会非常稳 

定 ,这样做既节约了检测突变体的成本,又提高了 

检测的效率。 

2.2 CEL I酶的引入解决了TILLING技术的核心 

问题 

从TILLING技术的操作流程来看,形成异源双链 

后怎样识别并有效地切割其中的错配碱基是TILLING 

技术的关键点。一些核酸内切酶(S 1核酸酶¨ 、T 4 

内切酶 和绿豆核酸酶¨刮)曾被用于尝试切割这些 

异源双链分子,但效果并不理想,绿豆核酸酶切割处局 

限于富含TA区域,并且只有在pH值酸性条件下才能 

进行有效切割H , J。s 1核酸酶对多个碱基的错配切 

割效率较高,但不能对SNP进行有效地切割¨ 。从芹 

菜中提取的核酸酶CEL I能高度特异的识别双链 

DNA中错配的碱基。该酶提取技术较为简单,在常规 

的实验室即可进行。并且CEL I最佳的切割条件为 

pH值中性,在zn“和Mg“存在条件下能对包括SNP 

在内的碱基错配进行有效切割 。该酶是通过识别 

错配碱基并在错配碱基的3 端进行切割的,酶切后的 

产物经变性的序列胶(PAGE)分离,能够将超过1 kb 

的PCR扩增产物内的点突变定位在几个碱基对 

内[2o,21]。 

林英等从芹菜中粗纯化了CEL I酶,以杂合双链 

DNA为底物,研究了CEL I酶在不同纯化程度、不同 

温度、不同处理时间以及有无Taq DNA聚合酶条件下 

的错配切割活性。研究发现,CEL I酶的最适活性温 

度范围为45~50℃,处理时间长达150 min时,CEL I 

酶仍能特异识别并切割错配碱基;在含有Taq DNA聚 

合酶的酶切体系中,CEL I酶错配切割效果更佳。对 

CEL I酶的提取及活性分析,为TILLING技术大规模 

和低成本地应用于功能基因组研究提供了保障 。