TILLING技术及其应用的研究进展
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第3O卷第6期2011年6月 种子(Seed) Vo1.30 No.6 Jun. 20ll
TILLING技术及其应用的研究进展
任永哲,徐艳花, 马原松, 丁锦平, 张庆琛,裴冬丽, 梁峰
(商丘师范学院生命科学系, 河南商丘476000)
Advances in TILLING Technology and Its Applications
REN Yong-zhe,XU Yan-hua,MA Yuan-song,DING Jin-ping,
ZHANG Qing・chen,PEI Dong-li,LIANG Feng
摘要:定向诱导基因组局部突变(Targeting Induced Local Le- sions IN Genomes,TILLING)技术是一种全新的高通量、低成本
的反向遗传学研究方法,用于检测突变群体中目标区域的突变 位点。本文对TILLING技术的原理做了简要总结,重点综述了
TILLING技术在最近几年的发展和完善,并介绍了TILLING技 术的应用。总结了近年来一些成功应用TLLING技术的案例。 关键词:TILLING;突变体;反向遗传学;功能基因组学
中图分类号:Q 819 文献标志码:A 文章编号: 1001—4705(201 1)06-0056-05
突变体分析是生物学研究中最重要的研究工具之
一,人们对植物生长发育、细胞生物学以及生物代谢的
深入研究和理解都离不开突变体分析。人为地创造突
变体已经成为近80年来遗传学研究的主要驱动力…。
在各种诱导突变的物质中,化学诱变剂的应用尤其广
泛,比如其中之一的甲基磺酸乙酯(Ethyl methanesul—
fonate,EMS)就尤为有效,这是因为EMS能对碱基进 行修饰,最终在DNA复制的过程中因错配而引入突 变 ]。然而,尽管遗传学家非常依赖于高效的化学
诱变,但由于传统的对突变体的遗传学筛选主要是针
对表型来选择,不容易鉴定出那些没有明显可见表型
变化的突变体,这致使人们只能鉴定出很少一部分突
变。随着多种模式生物的基因组计划的完成和生物信
息学的高速发展,现在人们已经拥有了多种生物大量
的基因组序列,因而反向遗传学方法正变得越来越重
要。但是以PCR为基础的检测方法只能检测到插入
缺失突变体,对于那些点突变却无能为力。几年前发
展起来的定向诱导基因组局部突变技术(Targeting In—
duced Local Lesions IN Genomes),即TILLING技术能
够检测到单个碱基的突变和变异,这种技术首先由
Mclallum提出 J,后来由于CEL I核酸内切酶的应用
得到了进一步的发展和完善 。
收稿日期:2011—02—19 基金项目:河南省科技发展计划国际合作项目(084300510076);商丘师范学院博士科研启动基金。 作者简介:任永哲(1981一),男,河南延津人;博士,讲师,主要从事小麦遗传改良和分子育种研究;E—mail:yongzheren66@163.corn。
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综述 任永哲等:TILLING技术及其应用的研究进展
TILLING技术是一种全新的高通量、低成本的反
向遗传学研究方法。它将诱发产生高频率点突变的化
学诱变方法与PCR筛选技术和高通量检测方法有效
结合,用来发现分析目标区域的点突变。随着TILL—
ING技术应用于越来越多的物种,它在功能基因组学
中的重要价值也逐渐体现出来。也有一些相关综述文
章发表 ,但随着TILLING技术应用领域的不断拓
宽,TILLING技术本身更趋于成熟,最近几年出现了一
些成功利用TILLING技术的范例,本文对TILLING技
术及其应用的最新研究进展进行了综述。为避免与以
前的综述文献重复,本文仅对TILING技术的原理做
简单介绍,将重点综述TILLING技术的发展及其在功
能基因组学和其它领域的最新应用。
1 TILLING技术的基本原理
TILLING技术的原理是:首先利用化学诱变剂对
研究材料进行处理,诱发产生一系列的点突变而获得
突变群体;提取其自交后代的基因组DNA,可以将3~
8个DNA样品等量混合;然后以混合后的DNA作为
模板,利用引物对特定的DNA片段进行扩增;如果在
几个混合的样品中存在突变样品,那么扩增后的产物
会形成异源双链(即含有错配碱基),然后再利用特异
性的核酸内切酶识别错配碱基,在错配处切开双链,最
后通过各种电泳系统进行检测;通过电泳检测,发现存
在能够被切开的片段则说明在混合样品中存在突变样
品,之后在混合的样品中再逐一检测,直至找出相应的
突变体。
2 TILLING技术的发展与完善
TILLING技术开始是利用变性高效液相色谱
(DHPLC)来检测DNA池中的突变的-4'l ,但这种检
测手段不能用于大规模的突变体筛选,TILLING技术
的应用也仅限于少数物种突变体库的筛选和突变体检
测。随着应用领域的不断拓宽,TILLING技术也逐步
得到了发展和完善。
2.1双色红外荧光扫描系统的引入提高了突变筛选
效率
双色红外荧光扫描系统的出现大大提高了突变筛
选效率。该系统是利用一对不同荧光进行标记的引物
来扩增几个样品混合后的DNA模板,PCR产物经变性
后再逐渐复性,如果在混合的DNA样品中存在一个突
变样品,那么扩增产物中就会形成异源双链分子,这些
异源双链分子即可被核酸内切酶剪切,酶切产物利用
变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离。因为被切开的片
段两端采用的是不同的荧光染料标记,那么在图像上 下方都会出现一个条带,就可以通过估计载有3 和5
端标记的这两个条带的大小推测突变发生的位置。如
果在一个混合样品中检测到了突变,再逐一对该混合
样品池中的每一个DNA样品按同样的方法重新进行
筛选,直到筛选到突变个体。研究表明,当将一对分别
用700 nm和800 nm荧光染料标记的引物和没有标记
的引物混和后进行PCR扩增时,扩增产物会非常稳
定 ,这样做既节约了检测突变体的成本,又提高了
检测的效率。
2.2 CEL I酶的引入解决了TILLING技术的核心
问题
从TILLING技术的操作流程来看,形成异源双链
后怎样识别并有效地切割其中的错配碱基是TILLING
技术的关键点。一些核酸内切酶(S 1核酸酶¨ 、T 4
内切酶 和绿豆核酸酶¨刮)曾被用于尝试切割这些
异源双链分子,但效果并不理想,绿豆核酸酶切割处局
限于富含TA区域,并且只有在pH值酸性条件下才能
进行有效切割H , J。s 1核酸酶对多个碱基的错配切
割效率较高,但不能对SNP进行有效地切割¨ 。从芹
菜中提取的核酸酶CEL I能高度特异的识别双链
DNA中错配的碱基。该酶提取技术较为简单,在常规
的实验室即可进行。并且CEL I最佳的切割条件为
pH值中性,在zn“和Mg“存在条件下能对包括SNP
在内的碱基错配进行有效切割 。该酶是通过识别
错配碱基并在错配碱基的3 端进行切割的,酶切后的
产物经变性的序列胶(PAGE)分离,能够将超过1 kb
的PCR扩增产物内的点突变定位在几个碱基对
内[2o,21]。
林英等从芹菜中粗纯化了CEL I酶,以杂合双链
DNA为底物,研究了CEL I酶在不同纯化程度、不同
温度、不同处理时间以及有无Taq DNA聚合酶条件下
的错配切割活性。研究发现,CEL I酶的最适活性温
度范围为45~50℃,处理时间长达150 min时,CEL I
酶仍能特异识别并切割错配碱基;在含有Taq DNA聚
合酶的酶切体系中,CEL I酶错配切割效果更佳。对
CEL I酶的提取及活性分析,为TILLING技术大规模
和低成本地应用于功能基因组研究提供了保障 。