下载文档原格式
小沙丁鱼属鱼类Cytb序列的比较分析杨天燕;高天翔;郭焱;孟玮【期刊名称】《水产科学》【年(卷),期】2009(028)011【摘要】对小沙丁鱼属中的青鳞小沙丁鱼、裘氏小沙丁鱼、金色小沙丁鱼、天立体小沙丁鱼线粒体细胞色素b基因部分序列(402 bp)进行测定,并比较分析了种间的序列差异.10尾样品中共检测到9种单倍型.同源基因序列分析显示T、C、A、G 碱基的平均含量分别为:28.9%、28.2%、23.9%、19.0%,其中A+T含量高于G+C 含量,与其他鱼类同源序列碱基特点相似.利用Kimura-2模型分析得到种间遗传距离为0.1616~0.2653,基于Cytb基因片段序列,构建的NJ树显示青鳞小沙丁鱼与裘氏小沙丁鱼亲缘关系较近,短体小沙丁鱼与金色小沙丁鱼亲缘关系较近.依据分子进化速率推测4种小沙丁鱼发生分歧的时间约为800万年到1300万年前的中新世中、晚期,略早于其他鱼类.【总页数】5页(P639-643)【作者】杨天燕;高天翔;郭焱;孟玮【作者单位】中国海洋大学,海水养殖教育部重点实验室,山东,青岛,266003;新疆水产科学研究所,新疆,乌鲁木齐,830000;中国海洋大学,海水养殖教育部重点实验室,山东,青岛,266003;新疆水产科学研究所,新疆,乌鲁木齐,830000;中国海洋大学,海水养殖教育部重点实验室,山东,青岛,266003;新疆水产科学研究所,新疆,乌鲁木齐,830000【正文语种】中文【中图分类】Q349.2【相关文献】1.长江下游4属6种鳞科鱼类线粒体16S rDNA部分序列的比较分析 [J], 秦钦;蔡永祥;许志强;葛家春;陈校辉;霍光明;边文冀2.基于多变量形态度量学和线粒体Cytb序列的鲈属鱼类分类探讨 [J], 海萨;李家乐;冯建彬;木拉提3.利用CO Ⅰ和Cytb序列探讨东海区3种鲳属鱼类的种群遗传结构 [J], 孙鹏;彭士明;尹飞;施兆鸿4.北部湾3种金线鱼属鱼类COI基因序列的比较分析 [J], 董丽娜;黄梓荣;艾红;卢伟华;李希国;李娜娜;李夏;李永振5.基于CO I和Cytb DNA条形码在鲌属\r鱼类物种鉴定中的应用 [J], 王利华;罗相忠;王丹;李伟;李忠;邹桂伟;梁宏伟因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于mtDNA COⅠ和Cytb基因序列对南中国海不同海域波纹唇鱼群体遗传多样性的研究胡静;侯新远;尹绍武;祝斐;贾一何;王小军【期刊名称】《水生生物学报》【年(卷),期】2014(000)006【摘要】研究以海南陵水、马来西亚、西沙、南沙4个海域共101尾波纹唇鱼作为研究对象,通过线粒体DNA的COⅠ和 Cytb基因序列分析方法对波纹唇鱼进行了遗传多样性研究。
经 PCR扩增、克隆与序列测定,分别获得1560 bp COⅠ基因和1141 bp Cytb基因序列。
两者多态性遗传参数统计显示,101尾个体分别存在23(COⅠ)和30(Cytb)个变异位点,分别检测出20(COⅠ)和27(Cytb)个单倍型,总群体单倍型多样性(Hd)分别为0.629(COⅠ)和0.755(Cytb),平均核苷酸差异数(K)分别为1.195(COⅠ)和1.424(Cytb),核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.00077(COⅠ)和0.00126(Cytb)。
分子方差分析(AMOVA)结果分别为26.26%(COⅠ)和4.22%(Cytb)的变异来自群体间,73.74%(COⅠ)和95.78%(Cytb)的变异来自群体内。
同时,两个基因的单倍型网络图呈星状放射结构,不同地理来源的单倍型无明显分支,呈交错分布,没有体现地理差异性。
研究初步认为,波纹唇鱼的遗传多样性处于较低水平,遗传分化存在但不显著,该结果可为今后波纹唇鱼的种质资源保护工作提供必要的科学依据。
【总页数】9页(P1008-1016)【作者】胡静;侯新远;尹绍武;祝斐;贾一何;王小军【作者单位】南京师范大学生命科学学院，南京 210023; 中国水产科学院南海水产研究所热带水产研究中心，三亚 572018;南京师范大学生命科学学院，南京210023;南京师范大学生命科学学院，南京 210023;南京师范大学生命科学学院，南京 210023;南京师范大学生命科学学院，南京 210023;南京师范大学生命科学学院，南京 210023【正文语种】中文【中图分类】Q346+.5【相关文献】1.基于mtDNA控制区的波纹唇鱼的4个不同地理群体的遗传多样性 [J], 李雨欣;王秀英;张国庆2.基于mtDNA ND1基因序列研究不同地理群体波纹唇鱼的遗传多样性和遗传分化 [J], 胡静;侯新远;尹绍武;祝斐;贾一何;胡亚丽3.基于Cytb基因序列的南海北部蓝圆鲹群体遗传多样性研究 [J], 牛素芳;吴仁协;张丽艳;张浩冉;梁锐;李忠炉4.基于mtDNA Cytb序列分析齐口裂腹鱼群体遗传多样性 [J], 张争世;胡冰洁;叶祥益;刘桂嘉;郑曙明;叶华5.基于mtDNA Cytb基因序列的我国北方地区甜菜夜蛾遗传多样性与种群历史分析 [J], 王兴亚;周俐宏因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
东海海鳗基于COI基因片段的遗传多样性分析东海海鳗（Gorgasia preclara）是一种分布于中国东海地区的深海鱼类。
为了探索东海海鳗的遗传多样性，可以利用分子生物学技术分析其基因组的COI基因片段。
COI基因片段是线粒体DNA编码的细胞色素c氧化酶亚基的一部分，被广泛用作物种鉴定和遗传多样性研究的分子标记。
首先，可以通过采集东海海鳗的组织样品，如鳍、鳞片或者肌肉组织，提取总DNA。
提取的DNA经过PCR扩增COI基因片段，得到一系列DNA片段。
这些片段可以通过电泳技术进行分离和检测。
接下来可以利用基因测序技术对PCR扩增产物进行测序，得到每个个体的COI基因序列。
收集到的COI序列可以进行序列比对，通过比对分析，可以计算出东海海鳗个体间的遗传距离。
遗传距离可以用来计算不同个体之间的相对遗传关系和遗传结构。
在进一步分析中，可以利用遗传距离来进行遗传群体结构分析。
常见的方法是使用聚类分析方法，如UPGMA（非加权对组平均法）和NJ（邻接法）。
这些方法可以将东海海鳗个体根据遗传相似性划分为不同的群体，并计算每个个体到其他个体的遗传距离。
此外，还可以利用主成分分析（PCA）和相关性分析（Correspondence analysis）等方法对个体进行遗传结构分析。
在研究东海海鳗的遗传多样性时，还可以对COI序列进行遗传多样性指数分析。
遗传多样性指数可以反映种群内和种群间的遗传多样性水平。
常见的遗传多样性指数包括平均杂合度（H）和核苷酸多样性指数（π）。
这些指标可以用来评估东海海鳗种群的遗传多样性水平，并与其他种群进行比较。
通过以上的遗传分析方法，可以揭示东海海鳗的种群结构、遗传多样性和遗传关系等重要信息。
这些信息对于保护和管理东海海鳗的资源具有重要意义，也为与东海海鳗相关的生态系统研究提供了基础数据。
银鲳群体遗传多样性及鲳属鱼类分子系统进化关系的开题报告一、研究背景银鲳（Seriola quinqueradiata）是广泛分布于全世界热带和亚热带海域的一种商业价值很高的鱼类，具有很高的经济和生态价值。
银鲳不仅是重要的商业鱼类资源，而且还是海洋食物链的中坚力量和生态保护的重要对象。
然而，由于环境污染、捕捞和自然环境的影响等多种原因，银鲳群体的遗传多样性正在不断减少，这对其进一步的保护和繁殖产生了很大的影响。
同时，鲳属鱼类作为一个重要的海洋经济鱼类群体，已被广泛研究。
然而，鲳属鱼类分子系统进化关系的研究还不充分，需要进一步的深入探讨。
因此，本研究拟以银鲳为材料，通过分析银鲳群体遗传多样性和鲳属鱼类的分子系统进化关系，为银鲳的保护和繁殖提供科学依据，同时也为鲳属鱼类的系统进化研究提供参考。
二、研究内容和方法1. 银鲳群体遗传多样性的分析采集银鲳样品，利用PCR扩增技术，对其mtDNA（线粒体DNA）控制区序列进行测定和分析，获取银鲳不同群体的mtDNA遗传多样性数据。
运用基本遗传学分析方法，如群体遗传分化指数（Fst）和分子变异分析等，分析不同银鲳群体之间的遗传分化程度、遗传多样性水平等指标，初步探讨环境因素和人类干预等原因对银鲳群体遗传多样性的影响机制。
2. 鲳属鱼类分子系统进化关系的研究利用银鲳、黄尾鱼（Seriola lalandi）、日本鲳（Seriola quinqueradiata）等不同鲳属鱼类DNA序列为材料，对其遗传多样性进行分析。
选取线粒体CYT b、ND4基因序列进行序列测定，获取不同鲳属鱼类的遗传信息，构建鲳属鱼类遗传进化系统树，研究其种属关系，探讨其进化历程和种类起源等问题。
三、研究意义和预期结果本研究旨在探索银鲳群体遗传多样性的变化规律、不同银鲳群体之间的遗传分化程度和遗传多样性水平等指标，从而为科学保护和繁殖银鲳提供理论和实践依据。
同时，本研究通过对鲳属鱼类分子系统进化关系的研究，深入探讨鲳属鱼类的进化历程和种间关系，拓展了鲳属鱼类的系统学研究进展。
淡水渔业& 2018, 48(3): 13 -18 Freshwater Fisheries 2018年5月May.2018基于线粒体和基因序列的6种锦鲤Koi)遗传多样性分析李梦荣，田雪，庞小磊，王良炎，胡菊，董传举，李学军，王团记(河南师范大学水产学院，河南新乡453007)摘要：实验利用线粒体C O/基因和基因的片段序列分析比较了黑锦鲤（C y)+Karasugoi Koi)、三色锦魅（C.T a i s l i o Sansliobu Koi)、红白锦魅（C.K o h a b u Koi)、黄金锦鲤（C.K i g o i Koi)、全白锦鲤(C. Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤（C. Higoi Koi)6个锦鲤（C y)+Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。
结果显示：基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。
6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。
群体间遗传分化系数F t、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异，黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异，其余品系间差异显著。
根据C O/和C$&基因单倍型构建的品系间4系统进化树得到相同结果，黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近，聚为一支。
三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近，聚为一支。
全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远，单独形成一个分支。
关键词：锦鲤（C y)+—r p) Koi); C0/基因；C$&基因；遗传多样性；体色中图分类号：6917.4 文献标识码：A 文章编号：1000Y907-!2018)03-0013-06Genetic diversity of six species of Koi basedon mitochondrial and gene sequencesLI Meng-rong，T I^V N Xue，PANG Xiao-lei，WANG Liang-yan，HU Ju，DONG Chuan-ju，LI Xue-jun，WANG Tuan-ji(College o f Fisheries，Henan Normal University，Xinxiang 453007，Henan，China)Abstract ：The genetic diversity and phylogenetic relationships of six varieties of C C. carpio Karasugoi Koi，C. carpio Taishio Sanshobu Koi，C. carpii Kohabu Koi，C. carpii Kigoi Koi，C. carpii PlatinumOgon Koi，and C. carpio Higoi Koi，were analyzed by mitochondrial CO/gene and C yt% gene sequences in this study. Theresults showed that the haplotype numbers were 7 and 6，respectively. The results of g that 6varieties had h igh haplotype diversity index and lownucleotide diversity index. The results of genetic differentiation coefficient (Fst)，genetic distance and AMOVA analysis showed that genetic distance bet^veen each 2 varieties was higherthan that withiin varieties. C. carpio Karasugoi Koi and C. carpii Kigoi Koi， C. carpii Kohabu Ko shobu Koi did not had significant genetic differences between the two species，and there were s the other cultivars. The NJ phylogenetic tree of CO/ and Cp& gene haplotypes demonstrated the same results，the relationship bet^veen C. carpio Karasugoi Koi and C. carpio Higoi Koi were close and divided into a group，C. carpii Taishio 6an-shobu Koi，C. carpio Kohabu Koi，C. carpio Kigoi Koi shared the same group，the C. carpii Platinum Ogon Koi was far away from other strains.Key words ：Cyprinus carpio Koi ；CO/gene ；Cytt gene ；genetic diversity ；bodycolor锦鲤（Cppnus car'o Koi)属于鲤形目（Cyprini-formes)鲤科（Cyprinidae)鲤属（Cyprinu)。
3种鲳属鱼类线粒体COI基因序列变异及系统进化张凤英;马凌波;施兆鸿;马春艳【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2008(15)3【摘要】对采自东海的银鲳(Pampus argenteus)、翎鲳(P.punctatissimus)和中国鲳(P.chinenMs)3种鲳属鱼类的线粒体COI基因序列片段进行扩增和序列测定,得到603 bp的基因片段,编码201个氨基酸,碱基T、C、A、G平均含量分别为34.2%、22.3%、25.9%和17.6%.所得序列共定义12个单倍型,中国鲳只有1个单倍型,银鲳3个单倍型,翎鲳8个单倍型,在这12个单倍型中共检测到109个变异位点.3种鲳密码子的使用均存在明显的偏向性,且同义密码子使用偏向性高度一致.银鲳和中国鲳的遗传距离最大(0.165～0.168),与翎鲳的遗传距离次之(0.151～0.162),翎鲳和中国鲳的遗传距离最小(0.058～0.065).由进化树可知,翎鲳和中国鲳的进化关系最近,它们与银鲳的进化关系较远,银鲳是最早形成的种.分子水平自然选择的检验结果表明,自然选择在银鲳和翎鲳线粒体COI基冈差异形成过程中起一定的作用.本研究从分子水平研究中国东海海域鲳属鱼类的分类、遗传关系和系统进化,以其了解鲳属鱼类以及与鲳科之间的亲缘关系,又为鲳属鱼类保护生物学和系统进化提供分子生物学依据.[中国水产科学,2008,15(3):392-399]【总页数】8页(P392-399)【作者】张凤英;马凌波;施兆鸿;马春艳【作者单位】中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业重点开放实验室,上海,200090;华东师范大学生命科学学院,上海,200063;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业重点开放实验室,上海,200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业重点开放实验室,上海,200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业重点开放实验室,上海,200090【正文语种】中文【中图分类】Q959.483【相关文献】1.5种虾虎鱼类线粒体COI基因序列变异及系统进化 [J], 廖健;张顺;龙水生;黄承勤;郭昱嵩;王中铎;刘楚吾2.尖塘鳢属鱼类线粒体16S rRNA基因序列变异及分子系统进化 [J], 王茜;齐兴柱;骆剑;范小勇;王小刚;尹绍武;陈国华;吴光明3.基于线粒体16S rDNA和COI基因探讨中国近海黄姑鱼类的分子系统进化关系[J], 辛俭;张玉荣;徐冬冬;楼宝;詹炜;毛国民4.基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化 [J], 马春艳;赵峰;孟彦羽;施兆鸿;庄平;赵云龙5.鲳亚目鱼类线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化关系 [J], 吴仁协;李超;刘静因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于CO I基因序列的东、黄海区野生与养殖大黄鱼遗传多样性分析谌微;张凤英;王景;魏鸿擎;姜亚洲;张辉;凌建忠;程家骅;马凌波【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2016(023)006【摘要】The large yellow croaker (Larimichthys crocea), mainly distributed in coastal waters of China and East Asia, is one of the most important economic marine fish in China, and represents the largest yield for a single spe-cies in Chinese marine net-cage farming. Nevertheless, because of exhaustive fishing, habitat degradation and high-density aquaculture, the genetic diversity of the species is at a low level, and mariculture of the species is facing serious challenges from germplasm degeneration and susceptibility to infectious disease agents. Studies of the large yellow croaker have focused on the comparison of genetic differences among culture populations, and few of them have reported on comparative analysis among a wide range of wild and cultured stocks. To study the genetic diversity of wild and cultivated populations, we amplified and sequenced the mitochondrial cytochrome oxidase I (CO I) gene of 336 samples from eight wild populations and six cultivated populations. The amplified fragment was 621 bp, containing a total of 38 mutation sites which included 23 parsimony-informative sites and 15 singleton mutation sites. The results showed that the wild populations contained 38 mutationsites, accounting for 100% of the total variations, while the cultivated populations contained 8 mutation sites accounting for 21.05%. We also detected 34 haplotypes in all 14 groups, and these were characterized by high haplotype diversity (0.587) and low nucleotide diversity (0.00194). The haplotype diversity index of the wild and cultivated populations ranged from 0.714 to 0.952 and from 0.000 to 0.581, respectively. The coefficientof gene differentiation (Fst) be-tween wild and cultured groups was0.04982, accounting for 4.98% of the total variance. There was an extremely significant difference (P<0.01), the variation accounting for 1.46% among populations (P>0.05), and accounting for 93.56% within populations (P<0.01). Analysis of AMOVA and phylogenetic trees revealed that the genetic diversity of the large yellow croaker was in lower level, and that the genetic diversity in cultivated populations was significantly lower than that in wild populations. In addition, the variation within populations contributed its major genetic variation, and there was extremely high genetic differentiation between wild and cultivated groups but not significant within populations. The large yellow croaker from the East China Sea and Yellow Sea should belong to the same geographic population, but there is still a low level of genetic differentiation amongthe two groups, the genetic diversity of Yellow Sea groups being higher than that of the East China Sea. This study can provide a theoretical basisfor resource conservation and germplasm recovery.%为研究野生与养殖大黄鱼(Larimichthys crocea)群体的遗传多样性,对大黄鱼8个野生群体及6个养殖群体共336个样本的线粒体CO I基因部分序列进行了扩增和测序分析。
中国水产科学 2018年7月, 25(4): 847-857 Journal of Fishery Sciences of China研究论文收稿日期: 2017-10-01; 修订日期: 2018-03-13.基金项目: 科技部科技基础性工作专项(2013FY110700); 国家水产种质资源共享服务平台(2017DKA30470). 作者简介: 赵庆(1992–), 男, 研究生, 研究方向为贝类遗传与免疫. E-mail: sjxapy@ 通信作者: 刘志鸿, 研究员, 研究方向为贝类遗传与免疫. E-mail: liuzh@ DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.17363利用DNA 条形码COI 基因分析我国重要贝类系统进化关系赵庆1, 3, 吴彪1, 2, 刘志鸿1, 2, 刘寒苗1, 3, 孙秀俊1, 2, 周丽青1, 2, 张高伟1, 3, 杨爱国1, 21. 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室, 中国水产科学研究院黄海水产研究所, 山东 青岛 266071;2. 海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室, 青岛海洋科学与技术国家实验室, 山东 青岛 266273;3. 水产科学国家级实验教学示范中心, 上海海洋大学, 上海 201306摘要: DNA 条形码旨在通过PCR 技术获得一段DNA 序列, 在物种水平上对现存生物类群和未知生物材料进行识别和鉴定。
线粒体细胞色素C 氧化酶I (COI)基因是常用DNA 条形码基因之一, 为研究COI 基因作为DNA 条形码在贝类系统进化中的评估效果, 本文利用PCR 技术扩增获得了60个贝类物种的353条COI 基因序列, 通过聚类法构建了neighbor-joining (NJ)进化树, 同时还对7个物种不同地理群体的遗传进化情况进行了分析。
结果表明, 选用的COI 基因引物在大多数贝类中通用性较强, 除在珍珠贝目中的扩增效率只有10%以外, 在整个研究中扩增效率达到82.7%；60个物种中除太平洋潜泥蛤(Panopea abrupta )、沼蛤(Limnoperna fortunei )和魁蚶(Scapharca broughtoni )等8个物种在进化树中的进化地位与传统系统分类具有一定差别外, 其他物种的聚类关系与传统分类基本一致；对7个物种、共26个地理群体的聚类分析发现, COI 基因基本能对同一物种的不同地理群体进行聚类, 只有极个别群体或群体中的某个个体存在聚类混乱现象。
基于 COI 部分序列探讨南海鲳属鱼类系统进化与种群遗传结构孙鹏;尹飞;施兆鸿;彭士明【期刊名称】《海洋科学》【年(卷),期】2012(36)6【摘要】利用线粒体细胞色素 c 氧化酶Ⅰ亚基(COI)部分序列研究了南海区鲳属鱼类(Pampus)银鲳(P. ar-genteus)、珍鲳(P. minor)和中国鲳(P. chinensis)的系统进化与种群遗传结构.通过 PCR 扩增与序列测定获得了长度为643 bp 的 COI 基因片段,其 A、T、G、C 碱基的平均含量分别为25.4%、33.6%、18.9%和22.1%, A+T 含量高于 G+C 含量.64条序列共定义了20种单倍型,包含152个变异位点,简约信息位点148个,单变异位点4个,产生169个点突变.结果表明,银鲳与中国鲳的遗传差异最小,银鲳与珍鲳的其次,而珍鲳与中国鲳的遗传差异最大,3种鲳属鱼类的遗传多样性均呈现较低的水平,应采取有效的保护措施,以避免其遗传多样性水平的进一步丧失.本研究结果为鲳属鱼类资源保护和合理开发利用提供必要的参考【总页数】7页(P15-21)【作者】孙鹏;尹飞;施兆鸿;彭士明【作者单位】中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,上海200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,上海200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,上海200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业资源及生态重点开放实验室,上海200090【正文语种】中文【中图分类】Q347【相关文献】1.基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化 [J], 马春艳;赵峰;孟彦羽;施兆鸿;庄平;赵云龙2.利用CO Ⅰ和Cytb序列探讨东海区3种鲳属鱼类的种群遗传结构 [J], 孙鹏;彭士明;尹飞;施兆鸿3.基于mtDNA-COⅡ基因序列对中国南海裸胸鳝属鱼类分子系统进化关系的研究[J], 齐兴柱;尹绍武;张本;霍蕊;杜民4.3种鲳属鱼类线粒体COI基因序列变异及系统进化 [J], 张凤英;马凌波;施兆鸿;马春艳5.基于线粒体12S rRNA基因部分序列的6种浙南海域舌鳎属鱼类系统进化研究[J], 於俊琦;伍锦姑;周志明;曾国权;单乐州;刘伟成因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于COⅠ和Cytb基因的浙江不同抗性水平二化螟种群的遗传结构分析鲁艳辉;郭嘉雯;田俊策;薛钊鸿;郑许松;吕仲贤【期刊名称】《浙江农业学报》【年(卷),期】2022(34)11【摘要】本研究利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因的遗传学方法分析了浙江省8个不同抗性水平二化螟地理种群的遗传多样性及种群遗传结构。
种群遗传多样性分析表明:PCR扩增测序分别获得长度为627 bp 的COⅠ基因片段和长度为455 bp的Cytb基因片段。
355条同源COⅠ序列监测出了68个多态性位点,其中单突变位点22个,简约突变位点46个,共定义了85个单倍型,每个群体的平均单倍型为18.25个,其中瑞安(RA)种群中单倍型最多,为27个单倍型。
326条Cytb同源序列监测出了45个多态性位点,其中单突变位点19个,简约突变位点26个,共定义了64个单倍型,每个群体的平均单倍型为14.375个,其中乐清(YQ)种群中单倍型最多,为25个单倍型。
此外,各群体中最高的单倍型多样度h分别为0.8963和0.9344,反映出二化螟群体较低的遗传多样性水平。
种群遗传结构分析表明:二化螟不同地理种群间遗传变异大多数来自于群体内个体间,占80.30%(COⅠ基因)和78.16%(Cytb基因)。
较少部分的遗传差异来自于组间,仅占19.43%(COⅠ基因)和21.22%(Cytb基因)。
单倍型网络关系图未表现出显著的地理谱系结构,Mantel相关性检测显示,遗传距离与地理距离之间无显著相关性。
单倍型邻接树也没有明显分支,未呈现出地域性差异。
该研究结果为浙江省不同抗性水平二化螟种群间交流和二化螟的防控提供了基础资料。
【总页数】9页(P2462-2470)【作者】鲁艳辉;郭嘉雯;田俊策;薛钊鸿;郑许松;吕仲贤【作者单位】浙江省农业科学院农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室植物保护与微生物研究所【正文语种】中文【中图分类】S435.112.1【相关文献】1.基于线粒体COI和Cytb基因序列的北太平洋柔鱼种群遗传结构研究2.基于线粒体Cytb基因的口虾蛄种群遗传结构研究3.基于线粒体COⅠ、Cytb和COⅡ基因的中国草地螟不同地理种群遗传分化分析4.基于线粒体Cytb基因的口虾蛄种群遗传结构研究5.基于线粒体Cytb基因序列的华南沿海黄鳍棘鲷种群遗传结构分析因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于线粒体COI及Cytb基因的4种鱚科鱼类系统发育研究薛泰强;杜宁;高天翔【期刊名称】《中国海洋大学学报：自然科学版》【年(卷),期】2010()S1【摘要】采集中国近海分布的多鳞鱚(Sillago sihamaForskǎl)、少鳞鱚(S.japonicaTemminck and Schlegel)、斑鱚(S.aeolusJordan and Evrmann)及澳大利亚南部海域的银鱚(S.bassensisCuvier)等4种鱚科(Sillaginidae)鱼类样品,对其线粒体COI及Cytb基因片段进行了扩增和序列测定,分析比较了不同鱚属鱼类种间的序列差异。
研究结果表明,4种鱚属鱼类COI基因片段序列长度均为610 bp,A+T平均含量略大于G+C含量,分别为52.9%和47.1%;Cytb基因片段序列长度均为402 bp,A+T平均含量大于G+C含量,分别为53.7%和46.3%。
4种鱚科鱼类种内没有序列差异或变异极小,而种间差异远远大于种内差异;Cytb基因系统树支持了形态学研究的结果;其种间遗传距离在0.225~0.286之间。
根据Cytb基因每百万年2%的分歧速率计算,多鳞鱚与少鳞鱚的分歧时间约为1 140万年,少鳞鱚与斑鱚的分歧时间约在1 115万年,其分化事件均发生在中新世(Miocene)。
根据遗传距离构建的系统树表明,多鳞鱚与少鳞鱚亲缘关系较近,而与银鱚较远。
【总页数】8页(P91-98)【关键词】鱚科;COI;Cytb;系统发育;分化年代【作者】薛泰强;杜宁;高天翔【作者单位】中国海洋大学水产学院【正文语种】中文【中图分类】Q951;Q953【相关文献】1.基于线粒体COI和Cytb基因的中国灰蝶三亚科主要类群间的系统发育关系分析[J], 夏雪琴;陈晓;夏琛琛;石庆会;郝家胜2.基于线粒体基因Cytb和COI的蝗科中五亚科分子系统发育关系分析(直翅目:蝗总科) [J], 王乃馨;封霞;蒋国芳;方宁;轩文娟3.基于线粒体基因COX1、Cytb和ND4的鲑科鱼类的系统发育 [J], 孙毅4.基于线粒体COI基因的部分鲇形目鱼类系统发育研究 [J], 陈海港;朱新平;李伟;刘毅辉;赵建;叶朝阳;公月月5.四种(鱚)属鱼类线粒体Cyt b基因的序列变异及系统发育研究 [J], 袁冬皓; 杨天燕; 孟玮; 郑瑶; 郑德育因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化马春艳;赵峰;孟彦羽;施兆鸿;庄平;赵云龙【期刊名称】《渔业科学进展》【年(卷),期】2009(030)005【摘要】对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,经比对校正得到1 123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和(或)缺失,序列中转换(Transition)明显多于颠换(Transversion).鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G 平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4% 和13.0%.(A+T)%为56.5%,大于(G+C)43.5%.结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树.结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚.系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致.【总页数】7页(P20-26)【作者】马春艳;赵峰;孟彦羽;施兆鸿;庄平;赵云龙【作者单位】华东师范大学生命科学学院,上海,200062;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业重点开放实验室,上海,200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业重点开放实验室,上海,200090;上海海洋大学水产与生命学院,201306;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业重点开放实验室,上海,200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业重点开放实验室,上海,200090;中国水产科学研究院东海水产研究所,农业部海洋与河口渔业重点开放实验室,上海,200090;华东师范大学生命科学学院,上海,200062【正文语种】中文【中图分类】Q959.483;Q78【相关文献】1.红鲐属三种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析 [J], 冯晓宇;谢楠;李行先;许宝青2.尖塘鳢属鱼类线粒体16S rRNA基因序列变异及分子系统进化 [J], 王茜;齐兴柱;骆剑;范小勇;王小刚;尹绍武;陈国华;吴光明3.鲳亚目鱼类线粒体16S rRNA基因序列变异及其分子系统进化关系 [J], 吴仁协;李超;刘静4.3种鲳属鱼类线粒体COI基因序列变异及系统进化 [J], 张凤英;马凌波;施兆鸿;马春艳5.红鲌属3种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析 [J], 冯晓宇;谢楠;李行先;许宝青因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
