代谢组学研究技术及其应用概述
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动物的体液和组织为研究对象#4./3,-0,1 等&$' 将其定
义为生物体对病理生理或基因修饰等刺激产生代谢物
质动态应答的定量测定$ 目前#国内的代谢组学研究
小组达成共识#以
来表示 '()*+,1,'./0
)
代谢组学*
$
代谢组学是一门研究生物体内源性代谢物质的种
类%数量及其在内外因素作用下变化规律的学科#它是
产物$ 这些预先确定的代谢产物可能属于某一类化合
物或只是某一类代谢途径所独有$
$56!代谢指纹分析!代谢指纹分析不分离鉴定某一
具体的单一组分#只要求得到某一生物体的代谢物图 谱$ 在基因组学植物育种中#为了研究大量的品系#或 者工业和临床上诊断的需要#须确定生物的每一种代 谢物及其含量$ 这种方法的高通量的比较可以区分出 不同的样品#用于分类等的研究$ $5%!代谢组学!在基因工程操作中一个基因的改变 不止影响一条代谢途径#即由于某一基因变化引起的 多效反应#可以使看起来并不相关的途径的代谢物水 平发生变化$ 为了解这些效应#生物体中所有的代谢 产物都要进行定性和定量研究#以全面反应所研究的 生物系统的代谢组情况$
严格地讲#只有第 % 层次才是真正意义上的代谢 组学研究#但是目前还没有发展出一种可以涵盖所有 代谢物而不管分子大小和性质的代谢组学技术$ $"代谢组学研究技术的发展 65&!样品制备和预处理!样品制备和预处理是代谢 组学研究的初始步骤#也是最重要的步骤之一$ 在收 集样品时需考虑收集的时间%部位%种类%样品群体等 因素(在研究活体样本时#还需考虑饮食%性别%年龄和 地域等诸多因素的影响$ 样品预处理对于代谢组学的 分析具有至关重要的意义#不少研究工作聚焦在代谢 组学的样品预处理上$ 例如 等 比较了不同 #7-89(.:. &6' 有机试剂处理血液和尿液样品的效果#结果显示乙腈 和丙酮去除血样中蛋白效果要高于甲醇和乙醇$ ;.1< 等&%'在尿液预处理上#考虑到生物酶的降解作用#采用 尿素酶分解尿中含量很高的尿素#使一些被掩盖的信 息表现出来$ 65$!代谢组学数据处理方法!代谢组学研究中通常 运用统计分析方法#对采集的多维海量信息进行压缩 降解和分析#得到有用信息$ 常用的统计模式识别方 法有监督法和非监督法#其中主成分分析法和偏最小 二乘法是最简单也是比较有效的模式识别方法$ 数据 处理中一些新的方法开发和应用有力地推动了代谢组 学的发展$ 656!代谢组学仪器分析技术!代谢组学仪器分析技 术主要有核磁共振! 4=>" %质谱! =?" %色 谱+质 谱 联 用技术#以及多种分析平台的联合应用$ 6565&!4=>技术!4=>是当前代谢组学研究中的主
刺激或扰动后代谢产物的变化规律或其随时间的变化
规律$ 在英文文献中#早期的代谢组学研究著作使用
了两个不同的术语 即 和 # '()*+,-,'./0 '()*+,1,'./0$
前者主要以单个细胞作为研究对象#2.(31&&' 将其定义
为定性和定量分析单个细胞或单一类型细胞的代谢调
控和代谢流中所有低分子量的代谢产物(后者一般以
生物学教学 $"&@ 年!第 %6 卷"第 A 期
要分析技术#能完成代谢产物中大多数化合物的检测# 可以满足代谢组学对尽可能多的化合物检测的目标# 它所产生的波谱可检测血浆%尿液%胆汁等生物基质中 具有特殊意义的微量物质的异常变化$ 活体磁共振波 谱和磁成像等技术#能够无创%整体%快速地获得机体 某一指定活体部位的 4=>谱#直接鉴别和解析其中的 化学成分$ 其中#液相色谱+++核磁共振!BCD4=>" 技术已经在代谢组学的研究中得到应用#E*FG.1 等&#' 利用该联用技术分析了血中脂蛋白的代谢产物#为心 血管疾病的研究提供了依据$ 6565$!=? 技术!相对于 4=>灵敏度低%检测动态范 围窄等弱点#=? 具有较高的灵敏度和专属性#可以实 现对多个化合物的同时快速分析与鉴定$ 色谱 质 65656! 谱联用技术!色谱+质谱联用技术 兼备色谱的高分离度%高通量及质谱的普适性%高灵敏 度和特异性#越来越多的研究工作将色谱+质谱联用 技术用于代谢组学研究$ 6565%!多种分析平台的联合应用!每种分析平台都 存在自身的局限性#如定性过程复杂%难以实现全部代 谢物的定量分析及准确性不足等许多关键问题仍然有 待解决$ 将多种分析技术的代谢组学数据进行整合# 既可提供更全面的代谢物轮廓信息#使结果更完善#也 使不同分析技术的结果得到互相验证#达到分析平台 优势互补 $ &H' 等 4*8 &I'采用多平台分析技术对大鼠血 清样本进行了代谢组学的研究#找到了相关标志物$ 应用多个分析技术互补的代谢组学研究思路#还成功 地应用于大鼠肺癌样本的分析#取得了显著的成效$ %"代谢组学的应用研究 %5&!生物学领域!目前研究得比较多的是微生物代 谢组和植物代谢组$ %5&5&!微生物代谢组学!微生物代谢组学研究可应 用于微生物表型分类%突变体筛选和微生物代谢途径 研究等$ 在工业生产中#可以通过对微生物细胞内代 谢物质的分析来实现对发酵过程的动态监测#以优化 发酵条件$ 还可以通过微生物代谢工程的方法#得到 更适合于规模化生产的菌株$ %5&5$!植物代谢组学!植物代谢组学研究可以通过 对不同基因型%生态型植物代谢组的比较#研究基因的 改变和环境的改变对植物代谢的影响(另外#通过代谢 物指纹图谱的比较#可以进行代谢表型的分类$ 植物 代谢组学研究中有代表性的是 等 J*F-,: 利用 KCL=? 技术对不同基因型的拟南芥中 %66 种代谢产物进行的 分析#他们结合化学计量学的方法进行分类#确定了 % 种在分类中起较重要作用的物质- 苹果酸%柠檬酸%葡 萄糖及果糖&@' $
层次分为 % 个$
$5&!代谢物靶标分析!代谢物靶标分析针对某一或
某几种代谢物$ 例如#为了研究某基因改造后产生的
主要影响#可以将研究限制在该基因编码的蛋白所作
用的特定底物或者作用产生的直接产物上$
$5$!代谢轮廓分析!为了解释整个代谢途径或感兴
趣的代谢途径的作用#不用看基因的改变对植物代谢
所有途径的影响#只关注一定数量的预先确定的代谢
,$,
生物学教学 $"&@ 年!第 %6 卷"第 A 期
代谢组学研究技术及其应用概述
刘 伟 寇国栋 ! !
!! 河北师范大学生命科学学院!石家庄!"#""$%"
摘!要!代谢组学是一门对生物体或细胞中全部低分子代谢产物进行定性和定量分析的学科#它揭示内外因素作用下代谢物质的 动态变化与病理生理的相关性$ 本文对代谢组学的研究内容%分析技术及应用研究进行概述$ 关键词!代谢组学!研究技术!生物标记物!核磁共振
系统生物学的重要组成部分$ 相对于其他组学更能反
映生物体的整体信息#因为代谢物处于生物系统生化
活动调控的末端#反映的是已经发生的生物学事件#基
因表达和蛋白质的变化对系统产生的影响都可在代谢
物水平上得到体现$
#"代谢组学的研究内容
在代谢组学的研究过程中#代谢组学的一些相关
概念也不断被提出来#目前已经获得广泛认同的研究
!"代谢组学的概念
代谢组学是继基因组学%学科#它以生物系统中
的代谢产物!由于实际分析手段的局限性#目前主要针
对相对分子质量 &""" 以下的小分子"分子为对象#以
高通量%高灵敏度%高分辨率的现代仪器分析方法为手
段#结合模式识别等化学计量学方法#分析生物体系受