bioinformatics - nr. 4 - R基础 - v1.0生物信息学课件PPT

《生物工程与Bioinformatics基础》2020-2021期末试题及答案一、选择题 (每题2分，共20分)1. 以下哪项是生物信息学的核心内容？A. 分子生物学B. 计算机科学C. 统计学D. 生物统计学答案：B. 计算机科学2. 以下哪个数据库是存储基因组序列的数据库？A. PubMedB. GenBankC. PDBD. SwissDock答案：B. GenBank3. 生物信息学中的数据分析方法不包括以下哪项？A. 机器学习B. 聚类分析C. 数据挖掘D. 量子化学计算答案：D. 量子化学计算4. 在生物信息学中，以下哪个工具用于序列比对？A. BLASTB. Clustal OmegaC. FASTAD. R答案：A. BLAST5. 以下哪个是生物信息学中的常用编程语言？A. PythonB. RC. MATLABD. C++答案：A. PythonB. R二、填空题 (每题2分，共20分)1. 生物信息学是运用计算机科学与生物学的交叉领域，旨在开发和应用计算机技术来理解生物数据。

2. 基因组学是研究生物体的全部基因及其表达和调控的学科。

3. 蛋白质组学是研究生物体内所有蛋白质的组成、结构、功能和相互作用的科学。

4. BLAST是一种常用的生物信息学工具，用于核酸或蛋白质序列的相似性搜索。

5. bioinformatics是一个跨学科领域，它结合了计算机科学、信息工程、分子生物学和统计学，以理解生物数据。

三、简答题 (每题10分，共30分)1. 请简要解释生物信息学的应用领域。

生物信息学的应用领域包括基因组学、蛋白质组学、系统生物学、药物设计和疾病建模等。

它被广泛应用于医学、生物学、农业和环境科学等领域，以推动科学发现和技术创新。

2. 请简要介绍生物信息学中的序列比对工具。

生物信息学中的序列比对工具用于比较两个或多个生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）之间的相似性。

常用的序列比对工具包括BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）、FASTA （FAST Allignment Search Tool for Proteins and Nucleotides）和Clustal Omega等。

《生物信息学基础》课程教案生物信息学基础课程教案教案一：基本信息1. 课程名称：生物信息学基础2. 课程代码：BI50013. 学时：48学时4. 学分：3学分5. 适用专业：生物学、生物工程等相关专业教案二：课程目标本课程旨在培养学生对生物信息学的基本理论、方法和实践技能的掌握，包括生物数据库的应用、序列比对、基因预测、蛋白质结构预测等内容。

教案三：教学内容与进度安排本课程分为六个模块，每个模块包括理论讲解、案例分析和实践操作。

模块一：生物数据库的应用1. 理论讲解：介绍生物数据库的种类、分类和常用数据库的特点与应用。

2. 案例分析：分析生物数据库在基因组学、转录组学、蛋白质组学等领域的具体应用。

3. 实践操作：利用NCBI等数据库进行基本生物序列检索和分析。

模块二：序列比对1. 理论讲解：介绍序列比对的基本原理、常用算法和评估指标。

2. 案例分析：分析序列比对在物种关系分析、基因家族预测等方面的应用。

3. 实践操作：使用BLAST等工具进行序列比对和结果分析。

模块三：基因预测1. 理论讲解：讲解基因预测的原理和常用算法。

2. 案例分析：分析基因预测在基因组注释、新基因发现等方面的应用。

3. 实践操作：利用软件工具进行基因预测和基因结构分析。

模块四：蛋白质结构预测1. 理论讲解：介绍蛋白质结构预测的方法和限制。

2. 案例分析：分析蛋白质结构预测在药物研发、蛋白质功能预测等方面的应用。

3. 实践操作：利用蛋白质结构预测软件进行结构模拟和分析。

模块五：基因表达数据分析1. 理论讲解：介绍基因表达数据分析的基本方法和流程。

2. 案例分析：分析基因表达数据分析在差异基因筛选、通路富集分析等方面的应用。

3. 实践操作：利用R语言等工具进行基因表达数据分析和结果可视化。

模块六：生物信息学实践与展望1. 生物信息学实践：学生根据自己的兴趣和专业方向选择一个具体的生物信息学项目进行实践。

2. 展望与讨论：展望生物信息学在生命科学、健康医学等领域的前景和挑战，并进行深入讨论。

中山大学医学院2002年肿瘤学（博士）1、试述放射生物学的“4R”及临床意义。

2、肿瘤外科手术治疗的临床意义。

3、化学治疗根治肿瘤的理论基础及临床应用原则。

4、癌变的二阶段学说。

5、 p53的生理功能及功能异常与肿瘤的关系。

6、细胞凋亡的特征及生理意义。

以上6题任选4题，每题15分。

以下共有18题，任选2题，每题20分。

内容涉及几乎各部位的肿瘤的临床表现（或）和治疗原则，推测是每一博导出2-3题的总和。

仅记数题如下：1、放射治疗的远期并发症是什么？如何预防？2、肿瘤基因治疗的方法。

3、大剂量MTX治疗及用CF解救的方法及原理。

4、上颌窦癌的临床表现及治疗原则。

5、鼻窥镜在鼻咽癌诊治中的应用6、简述作用于抗癌新靶点的药物并举例说明7、试述90年代后使用于临床的对恶性肿瘤有效的新药物，并举例说明8、试述ⅢB期非小细胞肺癌获取细胞学或病理学诊断的方法。

9、中上段食管癌的临床表现中山大学医学院2003年肿瘤学（博士）20题选61、癌发生的二阶段学说2、基因突变的方式与原癌基因活化3、p53基因生物学特性与意义4、信号传导通路的组成5、调亡的特点及生物学意义6、肿瘤多步骤转移基本过程7、基因突变形式几检测方法8、化疗药物多药耐药性发生机制9、基因治疗策略10、腹部肿块的类型并举例11、说明胸部肺癌转移的各站淋巴结12、食道癌的X线表现13、四度白细胞减少患者合并严重感染的处理14、简述抗肿瘤药物的副作用及代表药物15、拓扑异构酶I和II的作用及区别，抑制剂的代表药物16、简述肿瘤外科在肿瘤治疗中的作用中山大学医学院2004年肿瘤学（博士）以下选答4条。

每条10分1、简述肿瘤外科在肿瘤综合治疗中的作用。

2、术前放疗的原则3、根治性化疗的理论基础和原则4、肿瘤免疫治疗有哪些方法？5、蒽环类最常见的副作用有哪些？如何防治？6、肿瘤细胞信号传导有哪些基本组成要素？7、信号转导的组成以下选3，各20分。

8、肺癌淋巴引流分组9、肿瘤外科发展趋势10、试述肿瘤的异型性11、Herceptin的原理、适应症及禁忌症12、什么是预防性手术，有哪些13、低恶性非霍奇金淋巴瘤治疗原则14、凋亡特征及发展机制15、中晚期胸上段食管癌的临床症状有哪些，为什么？16、AFP在肝癌诊治中的意义17、肝动脉栓塞化疗的原理18、基因突变有哪些及有哪些检查方法19、常见致癌因素及其致癌特点20、烃化剂作用机理，举出3种药物21、抗癌药物的不良反应有哪些，各举1例22、根治性颈淋巴洁清扫并发症有哪些，如何预防23、提高结肠癌疗效有哪些方法24、肿瘤局部，远处扩散机制25、鼻咽癌放疗后主要远期后遗症有哪些，哪些方法预防或减少发生肿瘤防治中心的临床型和科研型都是考此套试题。

一．什么是生物信息学？Genome informatics is a scientific discipline that encompasses all aspects of genome information acquisition, processing, storage, distribution, analysis, and interpretation. （它是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配、分析和解释的所有方面。

）(The U.S. Human Genome Project: The First Five Y ears FY 1991-1995, by NIH and DOE)生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言，特别是非编码区的实质；同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测。

生物信息学的研究目标是揭示“基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律”。

它是本世纪自然科学和技术科学领域中“基因组、“信息结构”和“复杂性”这三个重大科学问题的有机结合。

How to find the coding regions in rude DNA sequence?By signals or By contentsAmong the types of functional sites in genomic DNA that researchers have sought to recognize are splice sites, start and stop codons, branch points, promoters and terminators of transcription, polyadenylation sites, ribosomal binding sites, topoisomerase II binding sites, topoisomerase I cleavage sites, and various transcription factor binding sites. Local sites such as these are called signals and methods for detecting them may be called signal sensors.二．新基因和新SNPs的发现与鉴定大部分新基因是靠理论方法预测出来的。