Eclipse使用入门
目前Java开发领域的各种集成开发环境（IDE）呈现出百花齐放的局面，从Borland的JBuilder，到IBM的Visual Age for Java、WebSphere Studio，Oracle的JDeveloper，Sun的 Forte
for Java，WebGain的Visual Cafe，TogetherSoft的Together，还有开放源代码的Eclipse、NetBeans 等，种类10种有余。这么多种类的IDE繁荣了Java开发工具家族，但是也为开发人员的选择提出了难题。这些IDE的开发环境有着较大的差别，在一种开发环境下开发的项目不能很方便地移植到另一种开发环境，这就要求更为谨慎地选择适合项目目标的开发工具。
在目前所有的IDE中，Eclipse可以说是最有发展前途的产品之一。Eclipse最初由OTI和IBM两家公司的IDE产品开发组创建，起始于1999年4月。IBM提供了最初的Eclipse代码基础，包括Platform、JDT和PDE。目前由IBM牵头，围绕着Eclipse项目已经发展成为了一个庞大的Eclipse联盟，有150多家软件公司参与到Eclipse项目中，其中包括Borland、Rational
Software、Red Hat及Sybase，最近Oracle也计划加入到Eclipse联盟中。
基本概念
在学习使用Eclipse之前，有必要对关于这个项目的名词做一些解释。
Eclipse是一个开放源代码的软件开发项目，专注于为高度集成的工具开发提供一个全功能的、具有商业品质的工业平台。它由Eclipse项目、Eclipse工具项目和Eclipse技术项目三个项目组成，每一个项目由一个项目管理委员会监督，并由它的项目章程管理。每一个项目由其自身的子项目组成，并且使用 Common Public License（CPL）版本1.0许可协议。
Blast使⽤⽅法攻略结果12列Query id,Subject id,% identity,alignment length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit score
Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部⽐对算法的搜索⼯具"，由Altschul等⼈于1990年发布。Blast能够实现⽐较两段核酸或者蛋⽩序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对⽐对区域进⾏打分以确定同源性的⾼低。Blast的运⾏⽅式是先⽤⽬标序列建数据库（这种数据库称为database，⾥⾯的每⼀条序列称为subject），然后⽤待查的序列（称为 query）在database中搜索，每⼀条query与database中的每⼀条subject都要进⾏双序列⽐对，从⽽得出全部⽐对结果。
Blast是⼀个集成的程序包，通过调⽤不同的⽐对模块，blast实现了五种可能的序列⽐对⽅式：
blastp：蛋⽩序列与蛋⽩库做⽐对，直接⽐对蛋⽩序列的同源性。
blastx：核酸序列对蛋⽩库的⽐对，先将核酸序列翻译成蛋⽩序列（根据相位可以翻译为6种可能的蛋⽩序列），然后再与蛋⽩库做⽐对。
blastn：核酸序列对核酸库的⽐对，直接⽐较核酸序列的同源性。
tblastn：蛋⽩序列对核酸库的⽐对，将库中的核酸翻译成蛋⽩序列，然后进⾏⽐对。
tblastx：核酸序列对核酸库在蛋⽩级别的⽐对，将库和待查序列都翻译成蛋⽩序列，然后对蛋⽩序列进⾏⽐对。
Blast提供了核酸和蛋⽩序列之间所有可能的⽐对⽅式，同时具有较快的⽐对速度和较⾼的⽐对精度，因此在常规双序列⽐对分析中应⽤最为⼴泛。可以毫不夸张的说，blast是做⽐较基因组学乃⾄整个⽣物信息学研究所必须掌握的⼀种⽐对⼯具。
使⽤
Blast的运⾏分为两个步骤：第⼀，建⽴⽬标序列的数据库；第⼆，做blast⽐对。
Subclipse的使用 QQ：175016513
•Subclipse使用说明
这只是入门教程，高手就不用看了。
在开源软件世界，长久以来，并行版本系统（CVS）一直是版本控制工具的唯一选择。事实证明，这个选择不错。CVS的自由软件身份，无约束的处事态度，和对网络化操作的支持（网络使众多身处不同地方的程序员可以共享他们的工作成果），正符合了开源世界协作的精神，CVS和它半混乱状态的开发模式已成为开源文化的基石。
但是，CVS也并不是没有缺陷，而修正这些缺陷必定要耗费很大的精力。而Subversion则是以CVS继任者的面目出现的新型版本控制系统。Subversion的设计者们力图通过两方面的努力赢得CVS用户的青睐：保持开源系统的设计（以及“界面风格”）与CVS尽可能类似，同时尽力弥补CVS许多显著的缺陷。这些努力的结果使得从CVS迁移到Subversion不需要作出重大的变革，Subversion确实是非常强大、非常有用和非常灵活的工具。并且很重要的一点，几乎新开的开源项目都选择了Subversion替代CVS。
Subclipse和Subversive-incubation都是基于eclipse的svn插件，前者是基于(EPL) 1.0许可的开源软件。后者是eclipse官方的svn插件。这两个插件都可以很好的支持subverion。但后者我暂时没有发现中文版，所以对于我们E文不熟的用户还是有点困难，另外对于其它svn客户的的兼容性也不是很好（可能是我不太会用吧，一般用TortoiseSVN和Subversive-incubation混合使用容易使Subversive-incubation不能识别，尤其是文件改名的时候，如果有哪位达人知道是什么原因，请劳驾告诉我一声）。相比而言，subclipse则比较好用（带有点个人色采）。首先有中文版，再者可以同其它svn客户端混合使用。而且最主要的是同步视图的图标标示比较明白，用过cvs的一看就知道。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast中常用的程序介绍：
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。
NCBI的在线BLAST：/Blast.cgi
下面是具体操作方法
1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。
3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。 4，注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。
