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PUF在DNA识别中的结构和功能研究PUF是一种蛋白质，它与DNA相互作用，参与转录调控、RNA加工等生物过程。
PUF具有结构特异性，在特定的核苷酸序列上结合DNA，可以精确的识别目标DNA分子。
PUF蛋白的结构和功能一直备受关注，许多学者在此领域进行了深入的研究。
1. PUF的结构特征PUF蛋白是以Class II PUF结构为基础的一类蛋白质，具有高度的结构和序列保守性。
PUF蛋白由多个Pumilio homology domain（PUF domain）组成，每个PUF domain包含大约40个氨基酸，形态呈现出展翅的蝴蝶状。
PUF domain中最关键的序列是Asn-Asn-Tyr（NNY），这个序列在PUF中被称为“重复单元”，它是PUF识别DNA的决定性结构。
NNY序列与DNA碱基之间的氢键形成紧密的结合，因此，PUF蛋白可以特异地识别目标DNA序列。
与Class I PUF不同，Class IIPUF结构的PUF domain可以独立进行DNA识别与结合。
2. PUF与DNA的作用方式PUF domain的特殊结构决定了PUF与DNA的高度亲和力。
PUF蛋白可以识别特定长度的DNA序列，通常是8-9个碱基，这使PUF在定向DNA识别上具有一定的优势。
PUF在DNA识别和结合的过程中，大约有五到八个重复单元结合相邻的核苷酸，形成了与DNA杆轴平行的β折叠片段。
PUF蛋白通过与目的DNA序列的结合，参与了许多与生物学息息相关的重要生物进程。
PUF的作用机理多元：PUF是外显子、转录后调控、RNA招募、翻译后调控、细胞周期、细胞迁移和细胞凋亡等生物学过程的重要参与者。
3. PUF的功能研究PUF的高亲和力和结构特异性，让其成为了研究单体蛋白与DNA作用的重要模型。
通过对PUF蛋白结构进行细致的分析，我们可以了解PUF如何识别和结合目标DNA序列，为进一步研究PUF参与的生物过程提供基础数据和理论支持。
chipseq实验原理和callpeak原理全文共四篇示例，供读者参考第一篇示例：Chip-seq实验原理是一种用于研究染色质上蛋白质与DNA相互作用的技术。
ChIP-seq（Chromatin Immunoprecipitation with Sequencing）技术结合了染色质免疫沉淀（ChIP）和高通量测序（seq），可以帮助科研人员探究基因的调控机制、染色质的结构与功能等重要生物学问题。
ChIP-seq实验的步骤分为：杀细胞、交联DNA和结合蛋白、细胞裂解、柱层纯化DNA-蛋白质复合物、解交联、DNA纯化、建立图书馆、测序等多个环节。
通过这个实验，可以获得与特定蛋白结合的DNA片段，并使用高通量测序技术对这些片段进行快速测序。
通过对测序数据的分析，可以识别出蛋白与DNA结合的位点、研究基因的表达调控等。
在ChIP-seq数据的分析中，一个重要的步骤是Callpeak。
Callpeak是一个用于识别ChIP-seq数据中蛋白与DNA结合位点的算法。
其主要目的是从测序数据中识别出富集的区域，即可能与特定蛋白结合的DNA序列。
Callpeak的原理是通过对ChIP-seq数据进行统计学分析，识别在基因组中具有高富集性的区域。
这种高富集性可能是由于特定蛋白在该区域与DNA结合，或者其他生物学过程所导致的。
Callpeak算法采用了一系列统计指标，如reads数量，reads的空间分布情况等，来确定哪些区域是与特定蛋白结合的位点。
Callpeak算法的核心是建立一个背景模型，用来描述在没有结合事件发生时的随机测序数据的分布。
通过比较实验组和对照组的测序数据，Callpeak可以识别出真正富集的区域，并给出统计学显著性的评估。
Chip-seq实验原理和Callpeak原理是ChIP-seq技术中非常重要的两个部分。
通过利用这些原理，科研人员可以更好地理解基因的调控机制，揭示染色质的结构与功能等生物学问题。
DNA 与蛋白质相互作用的结构特征Sectio n 7 Structural Characteristics of In teractio n betwee n DNA and Protein反式作用因子必须与顺式作用元件相结合，才能发挥其调节基因表达的作用。
反式作用因子至少含有三个功能域，即 DNA 结合功能域，转录活性功能域和其它转录因子结合功能域。
反式作用因子的 DNA 结合功能域具有一些带共性的结构特征，如同源结构域、碱性亮氨酸 拉链模体、锌指模体等。
1. 螺旋-转角-螺旋模体（Helix-Turn-Helix （ HTH ）Motif ） 1.1 原核生物 HTH 模体（Prokaryotic HTH Motif ） 色氨酸阻遏因子和分解产物基因激活蛋白（CAP ）均为同二聚体，分子结构中含HTH 模体,该模体由两段a -螺旋和一段 &转角构成（但需要另外伸出的第三个 a -螺旋才能稳定），第二 个a -螺旋负责识别 DNA 大沟序列，故称为识别螺旋（图 103）。
图103 HTH 模体的分子结构Fig 103 Molecular Structure of HTH Motif1.2 真核生物 HTH 模体（Eukaryotic HTH Motif ） 1.2.1同源异型结构域（Homeodomain ）同源异型结构域的氨基酸残基序列与原核细胞类似，由三段 a -螺旋，环绕一个疏水核心折叠而成。
所不同的是识别螺旋较长，在 DNA 大沟中的定向有所不同，其典型的结合位点是TATA 盒（图 104）。
图104同源异型结构域的分子结构Fig 104 Molecular Structure of Homeodoma in 1.2.2 MYB HTH 模体（MYB HTH Motif ）为HTH 模体的变体，其结构类似于同源结构域，但其3转角由5个残基构成，识别螺旋与 434 represssor/DNA (helix-turn-hellx)DNA有较长的接触面（图105）。
凝胶滞缓实验姓名：范杰林学号：0806604204 班级：08生物技术二班定义：凝胶滞缓实验（EMSA）是体外分析DNA与蛋白质相互作用的一种特殊的凝胶电泳技术。
历史：最初用于研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用，可用于定性分析，也可以用于定量分析，但定量分析较难。
这一技术目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。
原理：蛋白质与DNA结合后将大大增加相对分子质量，而凝胶电泳中裸露的DNA朝正电极移动的距离与其相对分子质量的对数成正比。
因此，没有结合蛋白质的DNA片段移动速度快，而与蛋白质形成复合物的DNA由于受到阻滞而移动的慢。
于是朝正极移动的距离也就相应的缩短，因而在凝胶中出现滞后的条带，这就是凝胶阻滞实验的基本原理。
实例：在EMSA试验中，用放射性同位素标记待检测的DNA片段（及探针DNA），然后与细胞提取物共温育，形成DNA-蛋白质复合物，将该复合物在聚丙烯酰胺凝胶电泳中电泳，结束后用放射自显影技术显现具放射性标记的DNA条带位置。
如果细胞蛋白提取物中没有能与DNA探针特异性结合的蛋白质，那么所有的放射性标记就会出现在凝胶带底部，反之则将形成DNA—蛋白质复合物而受到凝胶阻滞，放射性标记的DNA条带将出现在凝胶的不同位置而被分离（如下图所示），从而达到分离纯化特定的结合蛋白的目的。
如果在DNA-蛋白质复合物中放放入超量的非标记竞争DNA分子，如果它与标记的探针DNA结合同一种蛋白质，由于竞争DNA（非标记）远远多于探针DNA（标记），按动力学原理，绝大部分蛋白质会与竞争DNA结合，使绝大多数探针DNA处于自由状态，凝胶电泳放射自显影图上不会出现阻滞条带。
相反，如果竞争DNA不与探针DNA所结合的蛋白质发生相互作用，则在自显影图上仍会出现阻滞条带。
通过设计一系列引入一个或数个突变碱基的放射性标记探针，可用EMSA来评估这些突变对探针DNA与结合蛋白相互作用的影响，进而确定该探针DNA分子中于蛋白质直接发生相互作用的关键性碱基（如下图所示），用于研究与蛋白质结合的DNA序列特异性。
甲醛交联蛋白质与dna的原理
甲醛可以通过交联反应，将蛋白质和DNA分子交联在一起。
这种反应会使蛋白质和DNA分子之间的距离缩短，从而稳定化它们之间的相互作用。
甲醛的交联反应基于它和蛋白质和DNA中的胺基和羟基反应的能力。
在交联蛋白质和DNA分子前，通常需要对样品进行甲醛固定。
这个过程会使细胞内的蛋白质和DNA之间的距离变短，从而加强它们之间的相互作用。
交联后的样品还需要进行处理，以便提取交联的蛋白质和DNA分子。
交联的蛋白质和DNA分子可以用于研究它们之间的相互作用方式，以及DNA的转录和修饰等过程。
蛋白质dna染色体的关系蛋白质与DNA染色体的关系DNA染色体是生物体内的遗传物质，而蛋白质是生物体内的重要组成部分，二者之间存在着密切的关系。
本文将从蛋白质与DNA染色体的相互作用、蛋白质在染色体结构中的作用以及染色体对蛋白质的调控等方面，探讨蛋白质与DNA染色体之间的关系。
一、蛋白质与DNA染色体的相互作用DNA染色体是由DNA和蛋白质组成的复杂结构，蛋白质通过与DNA发生相互作用，起到维持染色体结构和功能的重要作用。
1.1 染色体蛋白质的类型染色体蛋白质主要分为两类：组蛋白和非组蛋白。
组蛋白是染色质中含量最高的蛋白质，包括核心组蛋白和组蛋白H1。
核心组蛋白包括H2A、H2B、H3和H4，它们具有高度保守的序列和结构，可以帮助DNA紧密缠绕成染色体。
而组蛋白H1则负责将DNA缠绕的染色体进一步组织成更紧密的结构。
1.2 蛋白质与DNA的相互作用蛋白质与DNA之间的相互作用主要有两种形式：包络作用和染色质调控。
包络作用是指蛋白质通过与DNA结合，形成复合物来维持染色体的结构稳定。
组蛋白通过与DNA中的碱基相互作用，使DNA紧密缠绕成染色体的线状结构。
而非组蛋白则通过与DNA的非序列特异性结合，形成胞质纤维和染色质的骨架结构。
染色质调控是指蛋白质通过与DNA特定序列的结合，调控染色体的结构和功能。
染色体上存在着特定的DNA序列，称为启动子和增强子，它们能够与特定的转录因子结合，进而调控基因表达。
这些转录因子是一类特殊的蛋白质，它们通过与DNA结合，调控基因的转录过程。
二、蛋白质在染色体结构中的作用蛋白质在染色体结构中起到了关键的作用，它们可以帮助DNA紧密缠绕成染色体的线状结构，并通过与DNA的相互作用，维持染色体的结构和功能。
2.1 组蛋白的作用组蛋白是染色体中最主要的蛋白质，它们通过与DNA的碱基相互作用，使DNA紧密缠绕成染色体的线状结构。
组蛋白H1则进一步将DNA缠绕的染色体组织成更紧密的结构。
pulldown实验原理Pulldown实验是一种常用的分子生物学实验技术，用于研究蛋白质与DNA或RNA之间的相互作用。
该实验原理基于核酸的亲和性纯化技术。
在Pulldown实验中，我们需要准备两种重要的试剂：目的蛋白和亲和填料。
目的蛋白是我们想要研究的蛋白质，而亲和填料则是用于显示目的蛋白与核酸相互作用的亲和性表位。
通常，亲和填料有两种类型：固定填料和亲和标记填料。
固定填料是通过共价键结合到固定材料上，如琼脂糖珠。
而亲和标记填料则是具有荧光或放射性同位素等标记，以便于后续的蛋白质分析。
Pulldown实验的步骤如下：1.准备目的蛋白：我们首先需要克隆目的蛋白的基因，并将其表达在适当的表达系统中，如大肠杆菌。
通过分析蛋白质序列，我们可以知道目的蛋白背后的结构和功能。
2.准备亲和填料：根据目的蛋白的特性，选择适当的亲和填料。
例如，如果目的蛋白是DNA结合蛋白，我们可以使用DNA纯化填料，如聚腺酸。
如果目的蛋白是RNA结合蛋白，我们可以使用RNA纯化填料。
3.将目的蛋白和亲和填料结合：将目的蛋白与亲和填料一起孵育，以使它们发生特异性的相互作用。
这可以通过混合目的蛋白和亲和填料，在适当的缓冲液中进行几个小时的孵育来完成。
4.固定亲和复合物：使用试剂将亲和复合物固定在固定剂上，如琼脂糖珠。
这可以通过将珠子加入到反应中，然后对混合物进行旋转和洗涤来完成。
5.洗涤亲和复合物：通过多次洗涤琼脂糖珠，去除非特异性结合的蛋白质和其他杂质。
这可以通过多次旋转珠子和加入适当的洗涤缓冲液来完成。
6. 蛋白质分析：现在我们已经得到了特异性的目的蛋白-亲和填料复合物。
我们可以通过热变性、SDS-、Western blotting等方法对复合物进行分析和检测。
这些分析方法可以帮助我们确定目的蛋白质与DNA或RNA的相互作用。
通过Pulldown实验，我们可以研究蛋白质与DNA或RNA之间的相互作用，从而深入了解生物分子的功能和结构。
一、凝胶阻滞试验1.试验原理又叫作DNA迁移率变动试验（DNA mobility shift assay），在凝胶电泳中，由于电场的作用，裸露的DNA朝正电极移动的距离与其分子量的对数成反比。如果此时DNA分子与某种蛋白质结合，那么，由于分子量增大，它在凝胶中的迁移作用便会受到阻滞，在特定电压和时间内朝正电极移动的距离也就相应缩短了。2.主要步骤及内容首先是用放射性同位素标记待检测的DNA片段(亦称探针DNA)，然后同细胞蛋白质提取物一道温育，于是便有可能形成DNA-蛋白质复合物。将它加样到非变性的聚丙烯酰胺凝胶中，在控制使蛋白质仍与DNA保持结合状态的条件下进行电泳分离。应用放射自显影技术显现具放射性标记的DNA条带位置。如果细胞蛋白质提取物中不存在可同放射性标记的探针DNA结合的蛋白质，那么所有放射性标记都将集中出现在凝胶的底部，反之，将会形成DNA-蛋白质复合物，由于凝胶阻滞的缘故，其特有的放射性标记的探针DNA条带就将滞后出现在较靠近凝胶顶部的位置。凝胶阻滞试验不仅可以用来鉴定在特殊类型细胞的提取物中，是否存在着能够同某一特定DNA片段结合的蛋白质分子(比如特异的转录因子等)，而且还可以用来研究发生此种结合作用之精确的DNA序列的特异性。其办法是在DNA-蛋白质结合反应体系中，加入超量的非标记的竞争DNA(competitor DNA)。 如果它与同位素标记的探针DNA结合的是同一种蛋白质，那么由于竞争DNA与探针DNA相比是极大超量的，这样绝大部分蛋白质都会被其竞争结合掉而使探针DNA仍处于自由的状态，所以在电泳凝胶的放射自显影图片上就不会出现阻滞的条带。相反地，如果反应中加入的竞争DNA并不能够同探针DNA竞争结合同一种蛋白质，于是探针DNA便仍然与特定蛋白质结合形成复合物，结果在电泳凝胶的放射自显影图片上就会呈现阻滞的条带。在凝胶阻滞试验中使用竞争DNA，可以间接地阐明在体内发生的DNA与蛋白质之间的相互作用。例如，使用一种具有已知转录因子结合位点的竞争DNA，我们就可以判断通过特定的凝胶阻滞试验所检测到的蛋白质，是否就是属于此类转录因子，抑或是与之相关的其它因子。同样地，假如我们在竞争DNA上已知的转录因子结合位点处，事先引入一个或少数几个碱基突变，通过凝胶阻滞试验亦可有效地评估出这些突变对竞争DNA的性能及其与转录因子结合作用的影响。二、DNaseI足迹试验(DNaseI footFIrinting assay) DNaseI足迹试验是一种测定DNA结合蛋白在DNA上的准确结合位点的技术。首先是对包含一定顺式作用元件的双链DNA进行单链标记，然后用DNaseI水解单链标记的双链DNA，产生不同长度的片断，DNA结合蛋白与其特异序列结合处由于空间位阻，DNaseI对这部分DNA不能切割，即被DNaseI保护。DNaseI水解产物经尿素变性，PAGE分离及放射性显影后，形成以相差一个核苷酸为梯度的一系列DNA条带，在此显影图中相应于DNA结合蛋白的位置上由于DNA结合蛋白的保护作用而形成了空白区域。如果在电泳时结合DNA化学测序，则可准确判断出结合区的精确序列。三、甲基化干扰试验根据DMS能使G残基甲基化，而六氢吡啶又能够特异切割甲基化的G残基这一原理而设计。具体操作是，先用DMS处理DNA，并控制反应条件，使之达到平均每条DNA分子只有一个残基被甲基化；而后将这些局部甲基化的DNA群体同含有DNA结合蛋白的适当细胞提取物一道温育，并做凝胶阻滞试验。经电泳分离后，从凝胶中切除具有结合蛋白的DNA条带和没有结合蛋白的DNA条带，并用六氢吡啶处理之。于是，甲基化的残基被切割，不具甲基化的残基不被切割。显而易见，如果因一个G残基的甲基化作用阻止了蛋白质同DNA的结合，那么六氢吡啶对这个甲基化G残基的切割作用，就只能在没有同蛋白质结合的DNA分子中观察到。相反地，如果一个特殊的G残基在DNA与蛋白质的结合中不起作用，那么六氢吡啶对这个G残基的切割作用，则在同蛋白质结合的DNA分子中及不同蛋白质结合的DNA分子中均可观察到。四、 酵母单杂交技术 酵母单杂技术是1993 年由Li et al 从酵母双杂交技术发展而来的其基本原理为: 真核生物基因的转录起始需转录因子参与。转录因子通常由一个DNA 特异性结合功能域和一个或多个其他调控蛋白相互作用的激活功能域组成即DNA 结合结构域(DNA-binding domain BD)和转录激活结构域(activationdomain AD). 用于酵母单杂交系统的酵母GAL4蛋白是一种典型的录因子。GAL4的DNA结合结构域靠近羧基端含有几个锌指结构，可激活酵母半乳糖苷酶的上游激活位点(UAS)， 而转录激活结构域可与RNA聚合酶或转录因子TFIID 相互作用提高RNA 聚合酶的活性。在这一过程中DNA 结合结构域和转录激活结构域可完全独立地发挥作用。据此我们可将GAL4 的DNA结合结构域置换为文库蛋白编码基因，只要其表达的蛋白能与目的基因相互作用同样可通过转录激活结构域激活RNA聚合酶启动下游报告基因的转录。 其基本操作过程为:(1)设计含目的基因(称为诱饵)和下游报告基因的质粒并将其转入酵母中；(2)将文库蛋白的编码基因片段与GAL4转录激活域融合表达的cDNA文库质粒转化入同一酵母中；(3)若文库蛋白与目的基因相互作用可通过报告基因的表达将文库蛋白的编码基因筛选出来. 在这里作为诱饵的目的基因就是启动子DNA 片段，文库基因所编码的蛋白就是启动子基因结合蛋白. 酵母单杂交技术广泛用DNA与蛋白相互作用的研究。五、噬菌体展示技术 噬菌体展示技术是一种基因表达产物和亲选择相结合的技术。基本原理及操作过程为：以改构的噬菌体为载体把待选基因片段定向插入噬菌体外壳蛋白基因区，如在噬菌pIII 和p VIII 衣壳蛋白基因区的N 端插入外源基因，形成的融合蛋白，表达在噬菌的表面不影响噬菌体的生活周期及天然构型，且易被相应的抗体或受体分子识别。外源蛋白或多肽表达于噬菌体的表面与固定或固相支持物结合通过适当的淘洗，洗去非特异性结合的噬菌体(即亲和富集法)选出目的噬菌体而编码基因作为病毒基因组的一部分可通过分泌型噬菌体的单链DNA 测序得知. 在这一过程中外源基因是编码启动子DNA 结合蛋白的文库基因而固定或固相支持物分子则为启动子DNA片段. 噬菌体展示技术是一种经济高效的研究生物大分子相互作用的技术如构建噬菌体随机多肽文库可用来筛选包括抗体小分子细胞表面受体等多种分子。Cicchini et al 用噬菌体展示技术筛选出肝富有的转录因子HNF1a 启动子结合蛋白.与蛋白相互作用的研究。 六、核酸适体技术核酸适体(aptamer)指的是经过一种新的体外筛选技术——指数富集配体系统进化(systematic evo lution of ligands by exponential enrichment，SELEX)，从随机单链寡聚核苷酸文库中得到的能特异结合蛋白质或其他小分子物质的单链寡聚核苷酸，可以是RNA 也可以是DNA，长度一般为25~60 个核苷酸。SELEX的筛选流程首先是利用现有的分子生物学技术人工合成一个含有1014~1015 个单链寡核苷酸序列的随机文库，序列长度往往在25~35 个核苷酸之间，单链的随机寡核苷酸序列容易形成可与蛋白质等配体特异性共价结合的二级结构，在这一高亲和力特异性结合的基础之上配体蛋白质同随机文库相互作用，选择性分离出核酸适体后，然后通过PCR或RT-PCR 等技术进行扩增。次一级文库再与配体蛋白质相互作用，反复多次循环，即可获得与配体蛋白质特异性高亲和力结合的核酸适体。核酸适体与配体间的亲合力(解离常数在皮摩和纳摩之间)常要强于抗原抗体之间的亲合力。核酸适体所结合的靶分子范围非常广泛，除蛋白质之外，还能作用于酶、生长因子、抗体、基因调节因子、细胞黏附分子、植物凝集素、完整的病毒颗粒、病原菌等。适体从20 世纪90 年代初出现以后，就得到了科研工作者的广泛关注，适体的研究工作得到了快速的发展。SELEX筛选技术和核酸适体的高亲和性在蛋白质/ 核酸相互作用的研究中发挥了重要的作用。七、体内足迹实验：体内足迹试验原理与甲基化试验基本相同，其实质是体外甲基化试验的变种。在体内足迹试验中，是用有限数量的DNS处理完整的游离细胞，并使其渗透到细胞内的浓度恰好导致天然染色体DNA中G残基发生甲基化。而后从这些细胞中提取DNA，并加入六氢吡啶作体外消化。结果情况就如同体外足迹试验一样，能与某中特殊蛋白质因子结合的DNA区段，其上的G残疾就不会被DNS甲基化，因而就不会被六氢吡啶所切割。因此，同对照的体外裸露DNA所形成的序列梯度比较，就会发现由完整的活细胞染色质DNA形成的序列梯度中，缺少了G残基没有被切割的相应条带。经体内足迹实验从染色体总DNA中获得的任何一种特异DNA的数量都是很少的。因此，有必要通过PCR技术从染色质总DNA中扩增特异的靶DNA，以获得足够数量的DNA样品，供体内足迹试验使用。八 免疫沉淀技术八、染色体免疫沉淀技术它们都有一定的局限性，不足以充分反映生理条件下DNA与蛋白质相互作用的真实情况。因为高等生物的基因组DNA和DNA上的结合蛋白共同组成染色质结构，用以上所提到的方法分析得到的某段DNA与蛋白质的相互作用的结果，在体内则很可能由于染色质高级结构的存在，而使DNA与蛋白质难以接近。因此，在生理状态下，这段DNA很可能并不与其相对应的因子相结合，是没有功能的，反之亦然。另外，染色质结构本身是动态的，DNA与非组蛋白在生理状态下的相互作用通常是瞬时的，以上方法难以捕捉到发生在染色质上的基因表达调控的瞬时事件。而染色质免疫沉淀技术则可以找出在生理条件下某个DNA结合蛋白与DNA序列的结合位点，从而反映体内基因表达调控的真实情况。1、技术介绍在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起，超声波将染色质打碎后，用所要研究的目的蛋白特异性的抗体沉淀这种交联复合体。只有与目的蛋白结合的DNA片段才能够被沉淀下来。2、主要步骤及内容2.1 细胞的甲醛固定甲醛是一种高分辨率的可逆的交联剂，能有效的使蛋白质-蛋白质，蛋白质--DNA、蛋白质-RNA交联。在甲醛的作用下DNA碱基上的氨基或亚氨基和蛋白质上的氨基及赖氨酸、精氨酸、组氨酸、色氨酸的侧链氨基与另外的DNA和蛋白质上的氨基或亚氨基交联在一起，在几分钟内形成生物复合体，防止细胞内组分的重新分布。交联所用的甲醛终浓度约为1%，而交联时间需要预实验来确定。可以加入甘氨酸来终止交联反应。2.2 超声波断裂染色质甲醛交联后的染色质对限制酶和DnaseI高度抵抗，因此通常使用机械剪切力使得染色质断裂。打断后的染色质片段的平均长度应该在500-1000bp左右（可以用琼脂糖凝胶电泳来鉴定）。2.3 氯化铯等密度离心纯化交联的染色质
