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Gromacs模拟基本流程

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GROMACS教程

GROMACS教程

GROMACS程序DEMO例程####################### 概述 #######################----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------该例程来自Gromacs程序/share/tutor/目录下。

整个例程大概只需要十分钟就可以完成，非常适合初学者学习。

该例程是一个完整的分子动力学模拟过程，涵盖了Gromacs程序基本的使用方法。

模拟内容是一个水环境下的小肽链。

模拟唯一要求是该小肽链的PDB文件。

文档翻译如果有错，请你给我发信：sen@。

相关内容请参阅Gromacs文档，或者给Gromacs开发组询问。

Gromacs官方网站：Email: gromacs@----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------############################ 环境变量设置############################----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------在以下的例程中，所有命令都直接运行，没有添加绝对路径。

所以，必须将Gromacs安装路径的bin文件夹加入到系统PATH变量中。

如果不加入PATH变量，那么运行时要加入命令的绝对路径。

gromacs模拟混合膜模拟教程

gromacs模拟混合膜模拟教程

1.Bacterial Lipids：/?doc=archive&lib=lipid混合膜的文章：/biophysj/abstract/S0006-3495(09)00791-7混合膜的使用：/?doc=input/membrane_only&step=1这是一个教程：/?doc=tutorial&project=membrane&chapter=membrane_vdac_heter o&sub=intro发表的文章：http://www.ucalgary.ca/tieleman/publicationsChol（胆固醇）模拟视频：http://www.ucalgary.ca/tieleman/gallery/video-gallery3.金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus ) 是人类的一种重要病原菌，隶属于葡萄球菌属（Staphylococcus），有“嗜肉菌"的别称，是革兰氏阳性菌的代表，可引起许多严重感染。

万古霉素（Vancomycin）是抗生素的一种，其分子式为C66H74ClN9O24。

可抑制细菌细胞壁的合成，对金黄色葡萄球菌、化脓链球菌、肺炎链球菌等作用强，对难辨校状芽孢杆菌、炭疽杆菌、白喉杆菌等作用也良好。

/view/30494.htmGROMACS 安装：1. 首先安装Cmake（gromacs安装是需要用到Cmake）：1）下载地址：/download/2）Linux服务器本地安装命令（使用GNU编译器编译）：2. 安装fftw（gromacs用于计算傅里叶变换）：wget ftp:///pub/fftw/fftw-3.3.4.tar.gz tar zxvf fftw-3.3.4.tar.gzcd fftw-3.3.4/./configure --prefix=/home/amber/soft/fftw3/(选择你自己的安装目录) --enable-sse2 --enable-float --enable-sharedmake -jmake install3. 安装gromacs：1）下载地址：/Downloads2） linux服务器本地安装命令：export CMAKE_PREFIX_PATH=/home/amber/soft/fftw3/cd gromacs-5.0.4/mkdir buildcd build/cmake ..-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs5-DGMX_MPI=onmake -jmake install3)在~/.bashrc中更改设置：。

gromacs分子动力学模拟方法

gromacs分子动力学模拟方法

gromacs分子动力学模拟方法GROMACS分子动力学模拟方法介绍GROMACS（Groningen Machine for Chemical Simulations）是一种常用的分子动力学模拟软件，广泛用于生物物理、化学和材料科学领域。

它提供了一系列的模拟方法，使得研究者能够模拟和研究各种复杂的分子系统。

本文将详细介绍GROMACS中常用的几种分子动力学模拟方法。

1. 分子动力学模拟基础分子系统的建立•定义模拟系统的几何形状和尺寸•添加分子和溶剂等组分•定义边界条件和周期性边界条件动力学模拟参数设置•设定模拟时间步长•设定温度和压力控制方式•设定能量最小化算法•设置初始速度分布2. 分子动力学模拟方法经典力场模拟经典力场模拟是GROMACS最常用的模拟方法之一，它模拟分子系统的力学行为和物理化学性质。

常见的经典力场包括Amber、CHARMM、OPLS等。

约束模拟在约束模拟中，GROMACS可以通过限制某些化学键或原子的位置，来控制分子系统的结构。

常用的约束模拟方法有LINCS和SHAKE。

自由能计算GROMACS还提供了计算自由能的方法，包括计算溶剂化自由能、构象自由能等。

这些方法可以用于研究分子间相互作用和配体结合等过程。

并行计算GROMACS支持并行计算，可以通过将模拟任务分配给多个处理器或计算节点，加快模拟速度。

这对于模拟大型分子系统和长时间尺度的过程非常有用。

结论本文介绍了GROMACS分子动力学模拟软件中常用的几种模拟方法，包括经典力场模拟、约束模拟、自由能计算和并行计算。

这些方法使得研究者能够模拟和研究各种复杂的分子系统，并深入探究其物理化学性质和相互作用。

通过学习和应用这些方法，我们可以进一步推动科学研究的发展和进步。

希望本文对GROMACS分子动力学模拟方法的了解和应用有所帮助，为科研工作者提供一些指导和参考。

3. 高级模拟技术除了上述常用的分子动力学模拟方法外，GROMACS还提供了一些高级模拟技术，用于研究更复杂的分子系统和物理过程。

Gromacs模拟基本流程

Gromacs模拟基本流程

Gromacs 运行参数
1 Preprocessing include = … ; 指定拓扑结构目录 define = ; 预处理控制拓扑文件 -DPOSRES ; 位置限制 restraints -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水 2 Run control integrator = ; 指定积分算法（仅给出常用算法） md ; 蛙跳牛顿积分算法, 用于平衡动力学积分 steep ; 最陡下降法，用于能量最小化 cg ； 共轭梯度法; 用于能量最小化 （需双精度， 且先需做 steep） tinit = dt = ; 模拟开始时刻(仅用于 md、sd、bd） ; 积分步长(仅用于 md、sd、bd)

输入为：em.mdp topol.top 输出为：sol_ion.gro 命令为：grompp -f em.mdp -p topol.top -c sol.gro -o em.tpr genion -s em.tpr -p topol.top -o sol_ion.gro -pname NA+ -np 9 -nname CL-nn 9 -random 这里强调一点，em.mdp 文件是进行模拟的参数文件，在模拟前就必须存在。参 数文件也是分子模拟的一个重要文件， 到哪找些参考了。 呵呵， 你可能有经验了， SENSENBOBO 的博客。这个家伙真是太烦人了！ ！-np 表示正离子的个数（可能是 number of positive)-nn 就不说了。结果也会提示 back up.因为我们加入离子 改变了拓扑文件。不想写了，同上 好，现在准备工作已经就绪。我们开始最重要的三步模拟。第一步，能量 最优化模拟。首先，得用 grompp 命令将 .gro 文件 .mdp 文件 .top 文件 集合起来建立一个二进制文件.tpr。可以了，就用 mdrun 命令开始模拟！ 输入为：em.mdp topol.top sol_ion.gro 输出为：em.gro .........很多文件，都看看，以后分析有用 命令为：grompp -f em.mdp -p topol.top -c sol_ion.gro -o em.tpr mdrun -deffnm em -v 你可能发现这一步生成的 em.tpr 和上一步的不一样，是的，输入的.gro 文件就 不一样嘛！mdrun 命令不懂的话就硬着头皮做，放心以后会懂的！结果还会有很 多其他的文件，像 .trr .xtc .edr .log .mdp，唉，自己看吧！ 我们开始进行第二步模拟，水平衡模拟。建立文件的方式同第 6 步，不过 采用了不同的参数文件，可以理解吧！ 输入为：pr.mdp topol.top em.gro 输出为：pr.gro...........blablablabla 命令为：grompp -f pr.mdp -p topol.top -c em.gro -o pr.tpr mdrun -deffnm pr -v 最后，终于到 Production simulation 了，一般这一步就会花十个小时以 上，视具体分子大小和设定空间而定。跑吧!!哥们，终点不远了。 输入为：md.mdp topol.top pr .gro 输出为：md.gro...........blablablabla 命令为：grompp -f pr.mdp -p topol.top -c em.gro -o pr.tpr mdrun -deffnm md -v 最后从文件中找出 md.gro， 用 editconf 转换为.pdb 文件， 就可以用 VMD 或 PyMOL 看了。OVER

gromacs 一般步骤

gromacs 一般步骤

gromacs 一般步骤
GROMACS（Groningen Machine for Chemical Simulations）是一种用于分子动力学模拟的流行软件包，它被广泛应用于生物物理学、化学和材料科学领域。

一般来说，使用GROMACS进行分子动力学模拟的一般步骤包括以下几个方面：
1. 准备工作，在使用GROMACS进行分子动力学模拟之前，需要准备好分子结构文件、拓扑文件和参数文件。

分子结构文件通常是PDB文件或者GROMACS自己的.gro格式文件，拓扑文件包括分子的拓扑结构和力场参数，常见的格式包括GROMACS的.top文件或者CHARMM、AMBER等力场的参数文件。

2. 构建模拟系统，在准备好分子结构文件和拓扑文件之后，需要构建模拟系统。

这包括溶剂化分子、添加离子平衡溶液、设定盒子大小等操作。

3. 能量最小化，在构建好模拟系统之后，需要进行能量最小化来放松体系，使其达到一个能量较低的稳定构型。

4. 热平衡，经过能量最小化后，需要进行热平衡过程，逐渐将
系统温度升高至所需的温度，使体系达到热平衡状态。

5. 生产动力学模拟，在完成热平衡后，进行生产动力学模拟，
记录体系在一定时间范围内的运动轨迹和性质变化。

6. 数据分析，最后，对模拟得到的数据进行分析，包括结构分析、动力学性质分析等。

总的来说，使用GROMACS进行分子动力学模拟需要经历准备工作、构建模拟系统、能量最小化、热平衡、生产动力学模拟和数据
分析等多个步骤。

每个步骤都需要仔细调节参数和进行严谨的计算，以确保模拟结果的准确性和可靠性。

gromacs使用手册

gromacs使用手册

gromacs使用手册摘要：1.引言2.gromacs 简介3.gromacs 的基本使用3.1 安装gromacs3.2 创建模拟系统3.3 运行模拟3.4 分析结果4.gromacs 的高级使用4.1 模拟参数设置4.2 力场参数设置4.3 脚本编写与批处理5.gromacs 的常见问题及解决方法6.总结正文：gromacs 使用手册gromacs 是一款开源的分子动力学模拟软件，广泛应用于生物大分子、药物分子、液晶等体系的模拟研究。

本手册将详细介绍gromacs 的使用方法及高级技巧。

1.引言分子动力学模拟是一种通过计算原子之间的相互作用力，来研究分子运动规律的方法。

gromacs 作为一款功能强大的分子动力学模拟软件，得到了广大科研工作者的青睐。

2.gromacs 简介gromacs 是一款基于GROMOS 力场的分子动力学模拟软件，支持多种体系、多种力场的模拟计算。

gromacs 采用高效的算法和技术，可以实现高效的大规模模拟计算。

3.gromacs 的基本使用3.1 安装gromacs用户可以根据gromacs 的官方文档，选择合适的安装方式，如使用编译器进行编译安装，或使用包管理器进行安装。

3.2 创建模拟系统首先需要构建分子模型，包括原子类型、坐标文件、相互作用参数等。

接着，通过gromacs 的脚本或命令行，设定模拟参数，如温度、压力、模拟时间等。

3.3 运行模拟根据设定的参数，运行gromacs 命令，开始模拟计算。

gromacs 会生成一系列模拟结果文件，包括轨迹文件、能量文件、坐标文件等。

3.4 分析结果使用gromacs 提供的分析工具或其他第三方软件，对模拟结果进行后处理，如计算均方根偏差（RMSD）、计算相互作用能等。

4.gromacs 的高级使用4.1 模拟参数设置根据实际需求，调整模拟参数，如采用更高级的力场、改变模拟方法等，以优化模拟效果。

4.2 力场参数设置通过修改力场参数文件，可以自定义力场参数，以适应不同体系的研究需求。

gromacs使用手册

gromacs使用手册摘要：1.Gromacs 简介2.Gromacs 的功能3.Gromacs 的使用方法4.Gromacs 的常见问题与解决5.总结正文：1.Gromacs 简介Gromacs 是一个开源的生物大分子模拟软件，主要用于分子动力学模拟和静态结构计算。

Gromacs 这个名字来自于“Groningen 分子模拟器”的缩写，起初是由荷兰格罗宁根大学的Willem van Gunsteren 和他的团队开发的。

如今，Gromacs 已经被广泛应用于生物物理学、药物设计等领域，成为分子模拟领域的重要工具之一。

2.Gromacs 的功能Gromacs 具有以下主要功能：(1) 分子动力学模拟：Gromacs 可以模拟分子体系在不同温度和压力下的动力学行为，包括分子之间的相互作用、运动轨迹等。

(2) 静态结构计算：Gromacs 可以通过分子动力学模拟和最小化势能的方法来计算分子的静态结构，如蛋白质的三维结构。

(3) 模拟过程中能量计算：Gromacs 可以计算分子体系在模拟过程中的各种能量，如动能、势能、内能等。

(4) 模拟结果的分析与可视化：Gromacs 提供了一系列工具用于分析模拟结果，如轨迹分析、距离计算、能量分解等。

同时，Gromacs 还支持将模拟结果可视化为三维图像，便于用户观察分析。

3.Gromacs 的使用方法使用Gromacs 进行分子动力学模拟的基本步骤如下：(1) 准备模型：首先需要准备待模拟的分子模型，通常是以.pdb 文件格式存储的蛋白质三维结构。

(2) 设置模拟参数：根据需求设置模拟的初始条件、时间步长、温度、压力等参数。

(3) 运行模拟：使用Gromacs 提供的命令行工具执行模拟任务。

(4) 分析结果：模拟完成后，使用Gromacs 的工具对结果进行分析，如计算各种能量、绘制轨迹图等。

(5) 可视化结果：将分析结果可视化为三维图像，便于观察和分析。

4.Gromacs 的常见问题与解决在使用Gromacs 过程中，可能会遇到以下常见问题：(1) 模拟过程中出现异常：如程序崩溃、模拟结果异常等。

gromacs 用法

gromacs 用法
GROMACS（Groningen Machine for Chemical Simulations）是
一个用于分子动力学模拟的软件程序包。

以下是GROMACS
的基本用法：
1. 创建输入文件：使用GROMACS自带的工具，如pdb2gmx，将分子结构文件转换为GROMACS所需的格式（.gro或.pdb
文件）并生成拓扑文件（.top文件）。

2. 设置模拟系统：编辑拓扑文件，定义系统中的分子类型、电荷、碳原子的种类等。

还可以添加溶剂和离子来模拟溶液。

3. 设定模拟参数：创建.mdp文件（模拟参数文件），指定模
拟所需的参数，如模拟时间、时间步长、压力和温度控制等。

4. 运行模拟：使用grompp命令将.mdp文件与拓扑文件进行预
处理，生成可以用于模拟的输入文件。

然后使用mdrun命令
运行模拟。

5. 分析模拟结果：使用GROMACS提供的分析工具（如gmx analyze、gmx rms）来分析并可视化模拟结果，如生成系统的
能量曲线、粒子位置轨迹等。

6. 可选的后处理：如果需要进一步处理模拟数据，可以将模拟输出文件转换为其他格式，如.xtc文件转换为.dcd格式，以便
在其他分析软件中使用。

请注意，上述仅是GROMACS的基本用法概述，实际使用中还有许多高级功能和选项可以进行更详细的模拟和分析。

建议参考GROMACS的官方文档和教程以获取更多详细信息。

Gromacs分子动力学模拟流程概述

Gromacs分⼦动⼒学模拟流程概述Gromacs分⼦动⼒学模拟主要可以分为以下⼏个步骤，不同的体系步骤可能略有不同。

在开始之前，先简单了解⼀下预平衡：分⼦动⼒学模拟的最终⽬的是对体系进⾏抽样，然后计算体系的能量，各种化学键，成分分析等等。

打个⽐⽅说，我们有⼀个蛋⽩质，我们想将它放⼊⼀种溶液中（可能是⽔，也可能不是），然后看看这个体系的能量如何变化，蛋⽩质的化学键，与⽔分⼦形成的氢键等等信息，那么我们需要将蛋⽩质放⼊溶液中，映射到现实中就是讲溶剂放⼊溶剂中，然后等体系稳定后，观察其性质。

在MD中，这⼀过程不向现实中⼀样是⾃然发⽣的，我们需要通过模拟是体系演化到平衡状态，这就是预平衡。

⼀般来说预平衡会有以下办法：蛋⽩质结构能量最⼩化：PDB⽂件都是从晶体中获得的，所以蛋⽩质放⼊溶液中后必然会发⽣变化，这就需要对其进⾏能量最⼩化，确保蛋⽩质的结构是稳定结构。

蛋⽩质位置限定性模拟：有时加⼊溶剂后，分⼦间相互作⽤⼒会过⼤，导致蛋⽩质体系崩溃。

这时我们需要限制蛋⽩质中重原⼦的位置，维持其结构，等溶剂分⼦弛豫之后再放开限制进⾏模拟。

NVT预平衡，NPT预平衡：⼀般先做NVT模拟，减⼩盒⼦内压⼒，然后再做NPT模拟。

以上步骤当然不⽤全做，视情况⽽定，不过⼀般蛋⽩质能量最⼩化和位置限定性NPT还是要做的。

以下是分⼦动⼒学模拟的步骤，有些步骤可以省略。

1. 获取并处理PDB⽂件⼀般PDB⽂件是从⽹站上下载，如/pdb/home/home.do。

获取PDB⽂件后有可能还要做⼀些处理，如末端氢原⼦，结晶⽔，等等。

视情况⽽定。

2. 使⽤pdb2gmx获得拓扑⽂件命令pdb2gmx的详细信息可以参加/programs/gmx-pdb2gmx.html。

具体的命令参数我会在另⼀篇⽂章中详述。

⼀般⽽⾔，我们使⽤时会是向下⾯这样：gmx pdb2gmx -ff amber99sb-ildn -f *.pdb -o *.gro -p *.top -water tip3p-ff 选项，制定要使⽤的⼒场；-f选项，制定输⼊的PDB⽂件；-o选项，制定⽣成的gro⽂件名-p选项，制定要⽣成的拓扑⽂件名-water选项，制定要使⽤的⽔分⼦模型注意，除了⽣成*.gro⽂件和*.top⽂件之外，还会⽣成⼀个posre.itp，位置限定性⽂件（我把它理解成position-restraints的缩写）。

gromacs使用手册

gromacs使用手册摘要：一、Gromacs简介二、Gromacs的安装与配置三、Gromacs的基本操作1.创建模拟配置文件2.运行模拟3.分析结果四、Gromacs的高级功能1.分子动力学模拟2.热力学计算3.对接与筛选五、Gromacs的优缺点六、Gromacs的未来发展正文：一、Gromacs简介Gromacs是一款用于分子动力学模拟的开源软件，广泛应用于生物化学、材料科学等领域。

它具有高效的计算性能、丰富的功能和友好的用户界面，为科学家提供了强大的分子模拟工具。

二、Gromacs的安装与配置要在计算机上安装Gromacs，首先需要确保满足系统的硬件和软件要求。

接下来，按照官方文档的指引进行安装和配置。

在配置过程中，用户可以根据自己的需求选择相应的模块和参数。

三、Gromacs的基本操作1.创建模拟配置文件要运行Gromacs，首先需要创建一个模拟配置文件（gro文件），其中包含了模拟系统的信息，如原子、盒子、温度、压力等。

通过编辑gro文件，用户可以设置模拟的具体参数。

2.运行模拟在完成gro文件设置后，使用Gromacs提供的脚本（如mdrun）运行模拟。

根据需要，用户可以选择不同的模拟模式，如NVT、NPT等。

3.分析结果Gromacs可以自动生成模拟过程中的数据文件（如gro、xtc、trr等），用户可以通过Gromacs提供的分析工具（如g_analysis）对这些文件进行处理和可视化。

四、Gromacs的高级功能1.分子动力学模拟Gromacs支持多种分子动力学算法，如Verlet积分器、Langevin动力学等。

用户可以根据研究需求选择合适的算法进行模拟。

2.热力学计算Gromacs可以用于计算系统的热力学性质，如比热、熵等。

这些计算有助于深入了解系统的热力学行为。

3.对接与筛选Gromacs提供了对接和筛选工具，用于寻找分子间的最佳结合位点。

这对于药物设计和蛋白质筛选等领域具有重要的应用价值。

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Gromacs 文件类型
1 .edr 包含能量信息的便携文件。 portable file that contains the energies 2 .gro 分子结构文件，当 pdb2gmx 程序被执行以生成分子拓扑文件的时候，它同时将结 构文件 (.pdb) 转换为 gromacs 结构文件 (.gro)。gro 文件和 pdb 文件最大 的不同在于 gro 还能保存速度信息。当然，如果你不需要速度的话，在程序中 你可以一直使用 pdb 文件。genbox 程序用来生成一个盒子，盒子里面拥有溶剂 分子环绕的肽。首先 editconf 程序应该用来定义一个围绕分子并具有合适尺寸 的盒子。genbox 将一个溶质分子(肽)溶解到溶剂（在此处是水）中去。genbox 输出的是一个肽溶解于水的 gromacs 结构文件 (.gro)。genbox 程序同时更改 分子拓扑文件 (.top，由 pdb2gmx 生成) 来添加溶剂至拓扑。此文件的从左到右 各列信息分别是：剩余的数量，剩余的名字，原子名字，原子数量，X、Y、Z 坐 标(单位 nm)，X、Y、Z 速度(单位 nm/ps) 3 .itp 包含拓扑文件，这些文件要被包含在系统拓扑文件内。 include topology (ascii),The itp file extension stands for include toplogy. These files are included in topology files ( with the top extension ) 4 .mdp 分子动力学参数文件包含关于分子动力学模拟的全部信息。例如，时间步长，步 数， 温度， 压力等等。 操作这样一个文件最容易的方法是修改一个简单的 .mdp 例 子文件。这里可以在线获得例子文件。 预处理 模拟控制 输出控制 邻居搜索控制•温度耦合 压力耦合 速度生成 5 .ndx 有时你可能需要一个索引文件，文件中记录对一组原子执行的特殊动作（例如， 温度连接，加速，冷冻） 。通常默认的索引组已经足够了。 6 .pdb Protein Data Bank(.pdb) ， Files with the .pdb extension are molecular structure files in the protein databank file format. The protein databank file format describes the positions of atoms in a molecular structure. Coordinates are read from the ATOM and HETATM records, until the file ends or an ENDMDL record is encountered. GROMACS programs can read and write a simlation box in the CRYST1 entry. The pdb format can also be used as a trajectory format: several structures, seperated by ENDMDL, can be read from or written to one file.
Gromacs 运行参数
1 Preprocessing include = … ; 指定拓扑结构目录 define = ; 预处理控制拓扑文件 -DPOSRES ; 位置限制 restraints -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水 2 Run control integrator = ; 指定积分算法（仅给出常用算法） md ; 蛙跳牛顿积分算法, 用于平衡动力学积分 steep ; 最陡下降法，用于能量最小化 cg ； 共轭梯度法; 用于能量最小化 （需双精度， 且先需做 steep） tinit = dt = ; 模拟开始时刻(仅用于 md、sd、bd） ; 积分步长(仅用于 md、sd、bd)
7 .top Molecular Topology file (.top)，分子拓扑文件，包含所有的力场参数。由程 序 pdb2gmx 生成。pdb2gmx 程序将肽或者蛋白质的结构文件(.pdb) 转换为分子 拓扑文件(.top)。 这个拓扑文件包含了在肽或者蛋白质中所有交互作用的完整信 息。 包含的力场 键相互作用参数 非键相互作用参数 限制性参数 定义一些名称 8 .tpr Run input file (.tpr)，二进制，运行时需要输入的参数文件，包含模拟的初 始结构，分子拓扑，和所有的模拟参数。连接分子结构文件(.gro)、拓扑文件 (.top)、分子动力学参数文件(.mdp)和索引文件(.ndx)(可选)，会生成一个可以 运行时输入的文件(如果你没有 XDR，将使用.tpr 或者.tpb)。这个文件包含了开 始使用 Gromacs 进行模拟的所有信息。而 grompp 程序会预处理所有的输入文 件并生成一个可以运行时输入的参数文件(.tpr)。 9 .trr Trajectory file (.trr)，二进制，轨道文件(.trr)，一旦运行时输入参数文件 (.tpr)可以使用了，我们就可以模拟了。开始运行模拟的程序是 mdrun。当开始 运行 mdrun 时，你经常需要的唯一输入文件就是运行输入参数文件 (.tpr) 。 mdrun 的输出文件是轨道文件(.trr， 如果你没有 XDR， 将会是一个 .trj 文件） 和一个日志文件(.log)。 它包含所有的坐标、 速度、 力和能量信息， 就如在(.mdp) 文件中指出的一样。 10 .xtc 一种精密的方式来保存原子轨道信息的便携文件(这个文件仅仅包含笛卡儿的坐 标)。 11 .xvg 可以被 Grace(以前叫做 Xmgr)读取，grace 是一个 X 图形系统的绘制工具。
ห้องสมุดไป่ตู้
输入为：em.mdp topol.top 输出为：sol_ion.gro 命令为：grompp -f em.mdp -p topol.top -c sol.gro -o em.tpr genion -s em.tpr -p topol.top -o sol_ion.gro -pname NA+ -np 9 -nname CL-nn 9 -random 这里强调一点，em.mdp 文件是进行模拟的参数文件，在模拟前就必须存在。参 数文件也是分子模拟的一个重要文件， 到哪找些参考了。 呵呵， 你可能有经验了， SENSENBOBO 的博客。这个家伙真是太烦人了！ ！-np 表示正离子的个数（可能是 number of positive)-nn 就不说了。结果也会提示 back up.因为我们加入离子 改变了拓扑文件。不想写了，同上 好，现在准备工作已经就绪。我们开始最重要的三步模拟。第一步，能量 最优化模拟。首先，得用 grompp 命令将 .gro 文件 .mdp 文件 .top 文件 集合起来建立一个二进制文件.tpr。可以了，就用 mdrun 命令开始模拟！ 输入为：em.mdp topol.top sol_ion.gro 输出为：em.gro .........很多文件，都看看，以后分析有用 命令为：grompp -f em.mdp -p topol.top -c sol_ion.gro -o em.tpr mdrun -deffnm em -v 你可能发现这一步生成的 em.tpr 和上一步的不一样，是的，输入的.gro 文件就 不一样嘛！mdrun 命令不懂的话就硬着头皮做，放心以后会懂的！结果还会有很 多其他的文件，像 .trr .xtc .edr .log .mdp，唉，自己看吧！ 我们开始进行第二步模拟，水平衡模拟。建立文件的方式同第 6 步，不过 采用了不同的参数文件，可以理解吧！ 输入为：pr.mdp topol.top em.gro 输出为：pr.gro...........blablablabla 命令为：grompp -f pr.mdp -p topol.top -c em.gro -o pr.tpr mdrun -deffnm pr -v 最后，终于到 Production simulation 了，一般这一步就会花十个小时以 上，视具体分子大小和设定空间而定。跑吧!!哥们，终点不远了。 输入为：md.mdp topol.top pr .gro 输出为：md.gro...........blablablabla 命令为：grompp -f pr.mdp -p topol.top -c em.gro -o pr.tpr mdrun -deffnm md -v 最后从文件中找出 md.gro， 用 editconf 转换为.pdb 文件， 就可以用 VMD 或 PyMOL 看了。OVER
可以使用以下步骤进行 Gromacs 的初步模拟：
产生模拟必须的 .gro 文件 .itp 文件 和 .top 文件(比如从蛋白数据库 下了一个 pro.pdb 蛋白质结构文件） 输入为：pro.pdb 输出为：pro.gro topol.top posre.itp 命令为：pdb2gmx -f pro.pdb -water tip4p (-o pro.gro) -ter -ignh 括号中的可以不要，那么程序自动默认问 conf.gro。-ter 是设定肽链末端的情 况 -ignh 忽略氢原子，以免命名的问题引起的混乱。 为模拟的分子建立一个盒子，说盒子的话不够形象，我感觉说空间更可以 突出意义，就是为分子周围的建立一个有限制的空间，因为我们下一步就 要在分子周围添加水分子和金属离子以模拟实际的细胞环境， 没有空间限 制是无法想象的。 输入为：pro.gro 输出为：box.gro & some info about the box 命令为：editconf -f pro.gro -bt cubic -d 0.5 -c -o box.gro -bt 指定了空间（box)的形状 cubic 是正方体 -d 指定空间大小，蛋白到空间界 限的距离（distance) 为分子定位和调节分子在建立的空间里的取向。 目的是使得分子和与之配 合的空间更协调，这样需要的空间就可以小一些，可以降低运算量（这是 很自然的道理，你问什么收拾房间？）但是在调整分子分子前，必须先建 立一个索引文件。这个可是 GROMACS 的一打特色。 输入为：box.gro 输出为：index.ndx box.gro (和输入的那个 box.gro 就不一样了 ） 命令为： make_ndx -f box.gro -o index.ndx editconf -f box.gro -d 0.5 -c -o box.gro -rotate @ @ @ 注意，GROMACS 有人性化设计，每次同名文件产生后，将覆盖原来文件，不过不 用担心，原来的文件以 harh mark(# #),还在原文件中。-rotate 命令后面添了 三个角度，分别表示绕 X Y Z 旋转的度数。这需要将上一步生成的 gro 文件转换 为 pdb 文件，在 VMD/PyMOL 中观察。有难度，需要有一点经验的。我做的时候 SENBO 直接告诉旋多少，呵呵所以省了观察。其实这一步不是必须的，只是来优 化模拟，觉得有难度可以暂时不管。但是不会用索引文件的话，可是一大损失。 好， 有了装分子的空间， 就可以灌水了！ 呵呵， 不是说回复可以灌水的！ ！ 在处理的结尾， 终端会显示加进了多少水分子， 记下这个值， 后面有用！ ！ ！ 输入为：box.gro topol.top 输出为：sol.gro 命令为： genbox -cp box.gro -cs tip4p -p topol.top -o sol.gro 这一步后，linux 系统提示 back up，因为这一步加了水，第一步建立的拓扑文 件.top 将要改变。不过不用管，GROMACS 有人性设计！呵呵 再接着，加离子。但是必须先得用 grompp 命令将 .gro 文件 .mdp 文 件 .top 文件集合起来建立一个二进制文件 .tpr。因为加离子的命令需 要.tpr 的输入。下面是加入离子的个数，一般我们要求 NaCl 是 0.1m/l， 就是说 600 个水分子加 Na+ Cl-各一个。好，上面记录的水分子个数有用 了，计算一下需要多少，如果有困难，可以问小学生。