ppt课件DesignandDataAnalysisinCancerResearch

2020/11/23
Jeff Lin, MD. PhD. *
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R: 安裝
• / • 從 CRAN 網站下載 • 選擇下載地點 • 安裝 base 套件 • 安裝必須的統計套件
2020/11/23
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R: 簡單實例
2020/11/23
2020/11/23
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Why R? 為何使用 R?
• R 是科學研究人員為科學研究人員本身所撰 寫的程式語言.
• R 可已在許多作業系統使用, Windows, Mac, Unix, Linux, ...
• R 容易安裝. • R 有上千件套件, 可供特殊研究領域使用. • 許多發表的研究論文使用 R 分析
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R: 計算機
2020/11/23
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R: 繪圖與模擬
> z<-rchisq(1000,3) > hist(z)
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R: 繪圖與模擬
2020/11/23
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– 向量, 因子, 陣列, 矩陣, 資料框架, 時間序列, 列 表. (vector, factor, array, matrix, data.frame, ts, list)
• 屬性 (attributes) – 模式 (mode): 邏輯, 整數, 倍精準度, 單精準度, 複 數, 文字. (numeric, character, complex, logical) – 長度 (Length):與物件的模式有關
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R: 繪圖與模擬
>y <- sin(x) >plot(x,y,
col="red", cex=2) >lines(x,y, lwd=2)
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R: 繪圖與模擬
x <- seq(from=1, to=2*pi, length=41)
y <- sin(x) # col <- c("red",
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R: 程式語言
> mean.fun<-function(x){ + sum(x)/length(x)}
# R Build-In Function > mean(x) [1] 1.597616
# Home Made Function > mean.fun(x) [1] 1.597616
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R: 統計軟體與套件
2020/11/23
x<-rnorm(20,1.5,2) y<-x+rnorm(20) cbind(y,x) Summary(lm(y~x))
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R 統計軟體與套件: 迴歸分析
2020/11/23
2020/11/23
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R: 物件導向程式語言 R as Objective-Oriented Language
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R Basics
• 物件命名與指派 (Naming and Assign) • 變數類型 (Type of Variables) • 缺失值 (Missing Values) • 資料輸入與指派 (Assignment and Input Data) • 讀入外部資料檔案 (Importing external file to R) • 使用內建資料集 (Use Default Data Set) • 輸出資料至外部檔案 (Exporting R data to
• R 除了資料處理與分析, R 擁有一完整陣列和矩陣 的操作運算, 完整圖形工具, 也是一種相當完善的 程式設計語言.
• S 語言在 1980 年代末期, 由 AT&T 實驗室, • Rick Becker, John Chambers, 與 Allan Wilks 發展用
來進行統計分析與統計繪圖, Insightful 公司將 S 商 品化, 並加入許多方便的操作介面, 稱為 S-Plus.
2009 Regression R: Short Introduction
林建甫
台北大學統計系助理教授
2020/11/23
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R 是完全免費 R is Free
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R 程式語言與統計軟體
• R 系統是由 Ross Ihaka 與 Robert Gentleman 從 S 語 言所發展出來, 主要是為了統計分析與統計繪圖.
"blue") plot(x,y, col=col,
cex=1:3, lwd=4)
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R: 統計軟體
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R 統計軟體: Two Samples t Test
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＜－ 指派 ＝ (避免使用)＜－ c(1, 2, 3)
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物件 Objects
• 物件名稱 (names) • 物件種類 (Type of Variables):
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Why R? 為何使用 R?
• R 有許多協助系統與文件可供使用者參考. • R 有線上 email協助系統支援. • R 社群有許多熱心與善心助人的研究人員 • R 可以同時使用 Fortran, C, Java, ... libraries
external file)
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物件命名 Naming Convention
• 必須以英文字母起始 (A-Z 或 a-z) • 中間可以任何文字與數字, 點 (periods) “.” • 大小寫有差別
– mydata 與 MyData 不同 • 不可使用下線 (do not use use underscore “_”)