IncRNA

按照ncRNA大小分类，一般分为short ncRNA和long nc RNA。

lncRNA通常定义为大于200个核苷酸的RNA，不同于mRNA，tRNA，rRNA，它的一级序列并没有高度的保守型，研究表明大量的lncRNA从基因间区域，内含子，外显子及重叠区域转录而来。

尽管在真核生物的基因组中有大于70%的基因发生转录，但只有大约1-2%的转录产物是用来编码蛋白的，这说明转录并不仅仅局限于编码蛋白。

最近的研究显示，在人类基因组中，只有四分之一的转录产物是用来编码蛋白的，而非编码的RNA是编码RNA的四倍之多，目前，大约只有100种lncRNA有功能研究。

它们可以从正义和反义两个方向转录，参与细胞活动的各个方面。

LncRNA为人们研究基因的表达调控及染色质的相关研究提供了另外一个视角。

LncRNAs可以调控细胞分化，发育，细胞的新陈代谢，肿瘤的发生。

在基因表达水平上，lncRNA调控可RNA代谢的所有过程，包括染色质的修饰，转录，剪接，RNA的运输及翻译。

在机械水平上，lncRNA可以作为装配RNA-蛋白质复合体的“支架”；可作为招募RNA-蛋白质复合体到靶基因上的“向导”；可结合并隔绝调控蛋白，使其远离靶基因序列。

有研究发现lncRNA在抑癌基因p15和p21的沉默中发挥了重要作用。

p15和p21基因都被来自P15和p21启动子的转录产物所覆盖，其启动子被甲基化，从而p15和p21的表达被沉默。

在急性髓性白血病和急性淋巴性白血病的患者中，p15的反义ncRNA的转录增多，说明反义的转录过程或者说它的RNA产物可以沉默p15的启动子。

而p21启动子双向转录来的正义和反义转录产物在沉默p21的过程中发挥了重要作用。

近年来的研究证实了ncRNA在发育与分化中发挥了重要作用。

例如，Oct4，Nanog，C-Myc，Sox2对维持胚胎干细胞的全能性有重要作用。

这些转录因子参与了一些小ncRNA的调控，而这些小ncRNA的水平对于维持全能性非常重要。

lncrna定位方法lncRNA（长非编码RNA）是一类转录产物，其作用范围涉及基因组表达调控、细胞增殖和分化等方面。

为了了解lncRNA在细胞中的具体定位，研究人员开发了多种实验方法和计算工具。

1. 亚细胞定位实验技术：a. 原位杂交（in situ hybridization）：这是一种常用的实验方法，通过与lncRNA序列互补的DNA探针，可以在细胞中检测lncRNA的位置。

利用这种方法，可以确定lncRNA是定位在细胞核内还是细胞质中。

b. 细胞分离：通过细胞分离技术，将细胞核和细胞质分开，并进一步提取lncRNA，从而确定lncRNA的具体分布。

2. RNA-Seq基于计算的方法：a. 对比表达分析：通过对lncRNA和mRNA的测序数据进行比较，可以了解lncRNA相对于mRNA在细胞中的相对表达水平。

这可以帮助我们了解lncRNA的组织特异性和细胞特异性表达。

b. 共定位分析：通过将lncRNA与已知定位的蛋白质或DNA结合位点进行比对，可以预测lncRNA在基因组内的定位。

这可以帮助我们了解lncRNA是否与特定基因或基因组区域有相互作用。

3. 功能研究：a. RNA亲和层析：通过将lncRNA与特定蛋白质结合，可以确定lncRNA与该蛋白质的相互作用，并进一步了解lncRNA的功能和定位。

b. CRISPR系统：利用CRISPR系统对lncRNA基因进行编辑或靶向，通过观察细胞中的表现变化，可以了解lncRNA的生物学功能和定位。

综上所述，通过亚细胞定位实验技术、RNA-Seq基于计算的方法以及功能研究，我们可以准确地了解lncRNA在细胞中的定位，从而进一步研究其功能和作用机制。

这些研究方法和技术的不断发展，为我们揭示lncRNA的生物学意义提供了重要的工具和途径。

LncRNA长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于200个核苷酸tioneffect)、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用，成为遗传学研究热点。

非编码RNA的提出表观遗传学是研究基因表达发生了可遗传的改变,而DNA序列不发生改变的一门生物学分支,对细胞的生长分化及肿瘤的发生发展至关重要。

表观遗传学的主要机制包括DNA甲基化、组蛋白修饰及新近发现的非编码RNA。

非编码RNA是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子,其中常见的具调控作用的非编码RNA包括小干涉RNA、miRNA、piRNA以及长链非编码RNA。

研究者的大量研究表明非编码RNA在表观遗传学的调控中扮演了越来越重要的角色。

长链非编码RNA◆长度在200-100000 nt（nucleotide,核苷酸）之间的RNA分子◆不编码蛋白◆ lncRNA参与细胞内多种过程调控◆种类、数量、功能都不明确分类◆Antisense lncRNA (反义长非编码RNA)◆Intronic transcript (内含子非编码RNA)◆Large intergenic noncoding RNA (lincRNA)◆Promoter-associated lncRNA(启动子相关lncRNA)◆UTR(untranslated region) associated lncRNA (非翻译区lncRNA)研究背景在近十余年的生命科学研究中非编码调控RNA可谓是研究最火的领域之一，从06年诺奖的siRNA，到这几年异常火爆的microRNA，到即将登场并定能风靡的lncRNA，可谓如火如荼。

RNA不仅仅只承担遗传信息中间载体的辅助性角色，而是更多地承担了各种调控功能。

lncRNA在发育和基因表达中发挥的复杂精确的调控功能极大地解释了基因组复杂性之难题，同时也为人们从基因表达调控网络的维度来认识生命体的复杂性开启新的天地，研究者大部分研究集中于短RNA如 microRNA，piRNA 等一些 ncRNA（非编码RNA）生物生成机制和调控通路，甚至在一些人类复杂疾病中的功能，但是这都只是冰山一角。

lncrna分类
lncrna，全称为长非编码RNA，是一类在基因组中产生但并不具有编码蛋白质功能的RNA分子。

随着生物学研究的深入，人们发现lncrna在许多生命活动中扮演着重要的角色。

它们可以调控基因的表达，影响细胞分化、发育和疾病发生等过程。

根据不同的分类标准，lncrna可以分为多种类型。

其中，一种常见的分类方式是根据其来源和功能，将其分为以下几类：
1、内含子lncrna：这种类型的lncrna源自基因内含子，并且常常受到特定剪接方式的加工。

2、内含子lncrna可以通过与蛋白质或RNA的相互作用，影响基因的表达调控。

3、外显子lncrna：外显子lncrna是从基因的外显子中转录而来。

这类lncrna 在某些情况下能够通过反式作用调控基因的表达。

4、基因间lncrna：这种类型的lncrna位于基因之间的区域，并不直接参与蛋白质编码，而是通过多种方式调控邻近基因的表达。

5、启动子lncrna：这种类型的lncrna是由基因启动子区域转录而来，可以影响相关基因的表达水平。

6、非编码蛋白lncrna：这类lncrna不编码任何蛋白质，但它们可以与蛋白质结合形成复合物，从而调控蛋白质的活性或定位。

7、环状lncrna：不同于线性RNA，环状lncrna是一种特殊的结构，呈环状，不具有5’-3’的方向性。

它们在细胞内发挥多种功能，包括调节基因表达、影响细胞信号转导等。

8、表观遗传lncrna：这类lncrna可以通过影响DNA甲基化、组蛋白修饰等方式，调控基因的表达。

这些不同类型的lncrna在生物体内发挥着重要的作用，对细胞分裂、分化、发育和疾病发生等方面有深远的影响。

lncRNA定义和分类从注释到功能解释导言长非编码 RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一类长度超过200个核苷酸的RNA 分子，其不编码蛋白质。

近年来，随着高通量测序技术的发展，越来越多的 lncRNA 发现并被注释到基因组中。

本文将介绍 lncRNA 的定义和分类，从注释到功能解释对其进行深入探讨。

一、lncRNA 的定义随着转录组学的发展，研究者们逐渐发现，不编码蛋白质的 RNA 分子在细胞内起到了重要的调控作用。

lncRNA 作为其中一种不编码蛋白质的 RNA，其主要特征是其长度超过200个核苷酸。

与编码蛋白质的 mRNA 相比，lncRNA 缺乏起始密码子和截止密码子，并且在多个物种中高度保守。

此外，lncRNA 的表达水平较低，且在细胞中稳定存在。

二、lncRNA 的分类根据 lncRNA 的转录来源和位置，可以将 lncRNA 分为以下几类：1. 顺反转录（sense-antisense）lncRNA：这类 lncRNA 与编码基因在同一染色体上，分别从同一链或相反链转录而来。

顺反转录 lncRNA 可以通过干扰编码基因的转录或调控其表达水平来发挥调控作用。

例如，某些顺反转录 lncRNA 通过甲基化调控编码基因的表达。

2. 中间体（intron）lncRNA：这类 lncRNA 由基因的内含子（intron）转录得来。

中间体 lncRNA 可以通过与转录的外显子和内含子相互作用，影响基因表达水平。

近年来研究发现，一些中间体 lncRNA 可以调节基因剪切。

3. 自反式（bidirectional）lncRNA：这类 lncRNA 与编码基因在同一染色体上，沿着相反方向转录而来。

自反式 lncRNA可以通过与编码基因的启动子相互作用来调控其表达。

4. 重叠（overlapping）lncRNA：这类 lncRNA 与编码基因相互重叠，可能在一部分或全部区域上发生重叠。

长链非编码RNA的概述聊聊跟科研有关的感想心得，如基金，文章和实验。

长链非编码RNA（lncRNA）是一类长度大于200nt的非编码RNA，其在转录沉默、转录激活、染色体修饰、核内运输等均具有重要的功能。

一、lncRNA的简介不同的lncRNA参与多种生物学进程RNA是以一条DNA链为模板，以碱基互补配对原则转录形成的单链。

RNA分为mRNA、miRNA、tRNA、rRNA、ncRNA等。

非编码RNA包含短链非编码RNA和长链非编码RNA。

起初，lncRNA是被认为是基因组转录的“噪音”，无生物学功能。

随着研究的深入，已经发现lncRNA是一类参与多种生物学进程的非编码RNA。

lncRNA 包含多种类型的转录本，在结构上类似mRNA，有时也转录成编码基因的反义转录本。

lncRNA被认为执行了重要的调控功能，也与疾病发展息息相关。

有些lncRNA在物种之间相当保守，可以调控一些共有的信号通路。

二、lncRNA的产生lncRNA和mRNA一样是由对应的基因转录而成，具有5'帽子和poly尾巴，通过剪接形成成熟体的lncRNA；同一基因可以形成不同的转录本的lncRNA。

lncRNA的产生有几种方式：1、编码基因发生框插入，转成一个与先前编码序列合并的lncRNA；2、染色质重排后，两个不转录并且原来可能间隔的很远的序列区合并到了一起，产生了一个含多个外显子的lncRNA；3、非编码基因通过反转录转座作用复制，产生一个有功能的非编码逆转基因，或产生一个无功能的反转录基因；4、两次连续的重复时间在ncRNA内部产生相邻的重复序列产生lncRNA；5、转位因子插入产生一个有功能的lncRNA。

三、lncRNA的分类lncRNA分为以下几种：1、Antisense lncRNA (反义长链非编码RNA)2、Intronic transcript (内含子非编码RNA)3、Large intergenic noncoding RNA (lincRNA，基因区间的lncRNA)4、Promoter-associated lncRNA(启动子相关lncRNA)5、UTR associated lncRNA (非翻译区lncRNA)四、lncRNA的特点1、lncRNA的长度在200-100000nt之间，具有mRNA相似的结构，经剪接，具有ployA尾巴以及启动子结构，分化过程中有动态的表达以及不同的剪接方式，形成不同的lncRNA；2、lncRNA一般无蛋白编码能力，但是有很多lncRNA能编码一些短肽；3、lncRNA的保守性较低；4、lncRNA的表达具有组织特异性以及时空特性。

lncrna名词解释
lncrna是长链非编码RNA的缩写，是指不参与蛋白质翻译而具有特定功能的RNA分子。

这些RNA种类繁多，主要有反转录转录本，转录后小RNA（如miRNA和siRNA），自发结合体和非编码RNA（ncRNA）。

由于缺乏编码蛋白质的能力，LncRNAs的功能尚未准确定义，但是目前证明，它们可以参与基因调控和细胞快速反应。

LncRNAs的典型特征是通过富集组装调控因子来调控基因组和染色体廓构。

这些调控因子包括转录因子、转录调节因子、miRNA、组蛋白结合位点和蠕虫小体蛋白结合位点。

几乎所有的LncRNA都通过调控基因表达模式影响各种细胞行为，包括分化、细胞周期、死亡、细胞迁移和抗逆转录病毒。

此外，LncRNAs还可以影响自身的表达，以启动自身调控循环，或参与miRNA信号转导，以影响基因表达以及病毒和细菌的感染。

lncrna结构LncRNA是一类长度大于200nt的非编码RNA，其结构复杂多样，包括线性、环形、Y形、U形等多种形态。

其中，线性结构是最常见的一种，其结构包括5'端帽子、3'端poly(A)尾巴和中间的RNA序列。

环形结构是一种特殊的线性结构，其5'端和3'端相连形成一个环状结构。

Y形结构是一种由两个线性RNA分别从5'端和3'端相互连接而成的结构，而U形结构则是一种由两个线性RNA从3'端相互连接而成的结构。

除了以上几种结构外，LncRNA还有一些特殊的结构，如snoRNA-lncRNA结构、miRNA-lncRNA结构、piRNA-lncRNA结构等。

其中，snoRNA-lncRNA结构是指LncRNA与小核仁RNA（snoRNA）相互作用形成的结构，miRNA-lncRNA结构是指LncRNA与microRNA （miRNA）相互作用形成的结构，piRNA-lncRNA结构是指LncRNA 与piwi-interacting RNA（piRNA）相互作用形成的结构。

这些特殊的结构不仅可以影响LncRNA的功能，还可以影响它们的稳定性和互作性。

LncRNA的结构多样性使得它们具有多种功能。

一些LncRNA可以作为RNA结构的组成部分，参与到RNA的加工、修饰和转运等过程中。

另外，一些LncRNA可以作为转录因子的调节因子，调节基因的表达。

还有一些LncRNA可以作为miRNA的“海绵”，吸附miRNA从而影响miRNA的功能。

此外，一些LncRNA还可以作为蛋白质的“桥梁”，与蛋白质相互作用，调节蛋白质的功能。

总之，LncRNA的结构多样性是其功能多样性的基础。

对LncRNA的结构和功能的深入研究，有助于我们更好地理解LncRNA的生物学功能，为疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法。

lncrna测序原理lncrna啊，就是长链非编码RNA啦。

你可以把它想象成细胞里一群神秘的小信使，虽然它们不编码蛋白质，但是在基因表达调控等好多重要的事儿里都起着超级关键的作用呢。

那我们怎么知道这些小信使的秘密呢？这就轮到lncrna测序登场啦。

测序嘛，简单说就是要知道这些lncrna的序列信息。

这就像是要解开一个神秘密码一样。

首先得把细胞里的RNA都提取出来呀。

这就好比从一个大仓库里把各种货物（RNA）都找出来。

细胞里的RNA可是个大杂烩，有mRNA、tRNA，当然也有我们心心念念的lncrna。

不过提取的时候可不能太粗暴哦，得小心翼翼的，就像从一堆宝贝里挑选出我们想要的那部分，要是不小心弄伤了，那可就得不到准确的结果啦。

提取出来之后呢，就要对这些RNA进行处理啦。

这个时候就像是给RNA们梳妆打扮一下，好让它们能顺利地被测序仪识别。

有一种常见的方法就是构建文库。

这就像是给RNA们做个小标签，让它们在测序的过程中有自己独特的标识。

这个文库构建的过程可讲究啦，就像做一件精美的手工艺品。

各种试剂就像是工具，要按照精确的比例和顺序来使用，不然这个小标签可能就做不好啦。

然后就到了测序环节喽。

测序仪就像是一个超级精密的扫描仪。

它会一个一个地读取RNA的碱基信息。

你可以想象成测序仪在跟RNA对话，RNA说一个碱基，测序仪就记录下来一个。

这个过程中，测序仪会产生大量的数据，就像下了一场数据的大雨一样。

这些数据可都是宝贝呢，虽然看起来乱糟糟的，但是里面藏着lncrna的序列秘密。

不过呢，得到这些数据只是第一步。

接下来还得进行数据处理。

这就像是从那堆数据的乱麻里把有用的线抽出来。

要把那些代表lncrna的数据挑出来，然后进行拼接、组装。

这有点像拼拼图，要把一块一块的数据碎片拼成完整的lncrna序列。

有时候这个拼图可不好拼呢，会有很多干扰因素，就像拼图里混进了一些假的碎片一样。

但是科学家们可不会轻易放弃，会用各种巧妙的算法和工具来把这个拼图拼好。