曙光集群用户使用手册

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1.登录和文件传输

登录方式为ssh,与telnet功能类似,推荐的登录工具为putty或者Secure Shell (,绿色版无需安装)

在地址栏输入本集群的登录地址(node1对应的局域网IP),点击“打开”,就会出现登录窗口,输入用户名、密码即可。

文件传输为sftp,与传统ftp类似,但其协议更安全可靠,推荐工具为filezilla。

(,绿色版无需安装)

输入登录地址,输入用户名和密码,端口填22(本软件支持ftp,端口为21),点击快速连接,即可使用,操作办法与常用ftp工具类似。

2.图形窗口支持

Linux推荐使用vnc。vnc可以将用户的操作状态保持在服务器端,即使断开连接也不会影响到正在进行的操作、计算等。

登录到linux服务器中,在命令行运行vncserver。第一次运行时需要输入VNC登陆用的密码:

根据提示输入新的vnc密码。此密码与用户登录密码无关,将在登录vnc时需要。

此处提示的node1:2即为vnc成功打开的端口。

运行vncclient,输入登录服务器地址和端口号,点确定,输入前面设置的密码,即进入了图形窗口。

注意:

1、在第一次启动了vncserver之后,vnc的连接一直可用,全部图形窗口保持在Linux 服务器上。因此,只在每次服务器重新启动后运行一次vncserver即可,由于用户较多,请勿启动多个。

2、如果需要使用node2的图形界面,可执行ssh -X node2。

3.作业提交

3.1.Fluent

3.1.1.图形方式运行

首先通过VNC登陆到图形界面,如果没有Terminal的话在桌面点击左键选择Xterm,输入以下命令即可运行:

此处myhosts为用户指定的host文件,内容如下所示:

node1

node1

node1

node1

node2

node2

node2

node2

-t8即指定8个核心参与计算,分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。

在图形界面下导入cas和data文件,修改和设置边界条件等并计算 (和在windows下操作单机版Fluent相同,略):

注:通过VNC使用图形界面方式运行fluent时,无需保持PC机与服务器的连接,只要vncserver没有重新启动,即可随时连接到原有的窗口。

3.1.2.命令行方式运行

建立script1文件:

script1内容如下:

(注:其中为cas文件名,根据实际进行修改;solve/iterate 25 表示迭代25步,也可根据需要修改步数。)

用命令行进行fluent计算:

此处myhosts为用户指定的host文件,内容如下所示:

node1

node1

node1

node1

node2

node2

node2

node2

-t8即指定8个核心参与计算,分别为node1上的4个核心和node2上的4个核心。

3.1.3.作业调度方式运行

注:PBS只持Fluent命令行运行方式的作业提交

1.编译脚本script1,内容如下(与上面脚本运行方式相同):

file/rcd 25

/file/wcd

parallel/timer/usage

exit

yes

2.编辑pbs脚本,内容如下:

#!/bin/bash

#PBS -N job1-8cpu

#PBS -l nodes=1:ppn=8

#PBS -j oe

INPUTFILE=script1

OUTPUTFILE=

cd $PBS_O_WORKDIR

#

# indicate using ib protocal and the udapl way. t8 indicates using

# 8 processors

#

NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`

date

fluent 3d -t$NP -cnf=$PBS_NODEFILE -g -i $INPUT >& $OUTPUT

date

exit 0

提交作业:qsub

用qstat -a和pbsnodes -a以及top命令查看作业是否正常排队运行。

注:红色字体部分需要根据实际情况改动,黑色字体为固定格式的内容。

3.1.

4.获取计算结果

1.如果用图形界面的方式运行fluent,可以在菜单中选择选择保存dat文件到当前工作目录或其他某个目录下,然后用ftp软件将dat文件下载到终端pc机上,即可进行后处理。

2.如果用命令行的方式运行fluent, dat文件自动保存到当前目录,文件名由script1文件的内容决定(例如“file/wcd ”则表示dat文件为),用软件将dat文件下载到终端pc机上,即可进行后处理。

3.2.Ansys作业

3.2.1.图形方式运行

通过vnc登录以后,运行launcher121,即可进入ansys界面,选择相关的模块点击run 即可。

3.2.2.命令行方式运行

在命令行方式下,不能进行交互的图形操作,所有的命令需要通过命令流来实现。

假设写好的命令流文件为,运行方式如下:

单节点:

ansys121 -np 16 -i >& &

多节点运行:

ansys121 -dis -machines node1:16:node2:16 -i >& &

3.2.3.作业调度方式运行

编写一个pbs脚本如下所示: