R编程笔记2
简介
1. 突出特点：
【多领域的统计资源】目前在R网站上约有2400个程序包，涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、空 间分析、系统发冇分析、生物信息学等诸多方而。
【免费】
2. 缺点:
【占用内存】所有的数据处理在内存中进行，不适于处理超大规模的数据。
【运行速度稍慢】即时编译，约相当于C语言的1/20。
3. CRAN :
全称 The Comprehensive R Archive Networks
由世界几十个镜像网站组成网络.提供F载安装程序和相向软件包。0镜像更新频率一般为天。
推荐镜像： 中国的镜像:数学所：即时更新的CRAN源：界而下如下（版本）
4. R 程序包（R packages）
什么是R程序包
R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述 文件等window下是zip形式，安装时不要解压缩，R程序包是R功能扩展，特定的分析功能，需要用相 应的程序包实现。例如：系统发冇分析，常用到ape程序包，群落生态学vegan包等。
4.2常用R程序包
ade4 adephylo ape
利用欧几里得方法进行生态学数据分析 系统进化数据挖掘与比较方法
系统发育与进化分析
apTreeshape boot
cluster ecodist
FD 进化树分析
Bootstrap 检验
聚类分析
生态学数据相异性分析
功能多样性分析
geiger物种形成速率f j进化分析
Graphics lattice栅格图 绘图
maptools 空间对象的读取和处理 R Console 7PJ2S1
R version Z.L1.1 (2010-05-31)
Copyrlght IC) 2010 The R FouDd^t-aon £oc COBDUSDJ
TSE« 3-M0OSL-07-D
D是自由恢件，不带任何担佩・
在菓些条件下你可以梓我口由散布.
R语言学习笔记
最近正在欢天喜地的学习R语言，现在的阶段是开始R语言作图，为了和大家交流与共勉，特在此给自己Mark一下。
利用R自带的women数据集，做散点图，
先看一下women数据集
women数据表一共只有身高、体重两个变量，15条记录，做散点图可以一目了然的了解两个变量的关系。
plot women
现在我要对散点加上颜色
plot(women,col="red")
做一个完整的图，要有主标题、副标题、现在加上并用不同的颜色以示区分
plot(women,main="身高体重散点图",sub="数据来源于women数据集",
col="red",col.main="yellow",col.sub="purple")
进一步在坐标轴、标签进行不同颜色的显示
plot(women,main="身高体重散点图",sub="数据来源于women数据集",
col="red",col.main="yellow",col.sub="purple",col.axis="green",
b="blue")
《r语⾔实战》菜鸟学习笔记（⼀）
打算学习⼀下r语⾔（windows），不知道从什么地⽅开始学习，加上本⼈的数理统计基础⽐较薄弱，所以就漫⽆⽬的的从⽹上找教程。
其实我逛的最多的⽹站还是知乎，读了好多很好的答案后，我选择了两本书，《153分钟学会r》《》。前者⼤概扫了⼀眼，不太适合边看书
边敲代码（我个⼈⽐较喜欢这种），所以后者就⽐较适合我，这套书还是⽐较适合菜鸟看的，我还看过《集体智慧编程》，很不错。
下⾯开始了第⼀段程序。（博客园没有r语⾔选项，只好⽤plain txt了）
age <- c(1,3,5,2,11,9,3,9,12,3)
weight <- c(4.4,5.3,7.2,5.2,8.5,7.3,6.0,10.4,10.2,6.1)
mean(weight)
plot(age,weight)
q()
代码很简单，不多说了。
这段代码要注意的地⽅有：正斜杠，⼩数点后三位，均匀分布。
setwd("F:/R Code") #如果不存在需要使⽤dir.create()创建⽬录
options()
options(digits=3)
x<-runif(20)
#摘要统计量
summary(x)
#直⽅图
hist(x)
savehistory()
save.image()
q()
接下来就要讨论r语⾔的数据结构了
r语⾔包含了4中数据结构：向量，矩阵，数组和数据框。
1.向量是⼀维的
a <- c(1,2,5,3,6,-2,4)
2.矩阵是⼆维的
cells <- c(1,26,24,68)
rnames <- c("R1","R2")
cnames <- c("C1", "C2")
mymatrix <- matrix(cells,nrow=2, ncol=2, byrow=TRUE,
dimnames=lilst(rnames,cnames)) #按⾏填充
3.数组可以是多维的
dim1 <-c("A1","A2")
dim2 <- c("B1","B2","B3")
1 Learning R from Scratch
Blabla
##通过在命令、变量、逗号等附近添加空格来提高R的可读性.
##可使用control+tab键来在控制台console和图形设备graphic device间切换.
>help.start()：得到HTML 格式的帮助(等价于:帮助->html帮助)
>?xxx or >help(x)： 得到任何特定名字的函数的帮助
##对于关键字和运算符，与函数的帮助类似，但是需要加上引号，
如：> ?'+' 或>?”+” #等价于 help('+') help(“+”)
>??xx :在help.start()启动的浏览页上,”Search Engine &Keywords”
>objects() or >ls():用来显示当前保存在R 环境中的对象名字
>ls(pat=“x”):只显示在名称中带有某个指定字符的对象
>ls(pat=“^x”):只显示在名称中以某个指定字符开头的对象
>ls()不能列出名称以点号开头的向量 可使用ls(all = T)
>history():看到之前保存的数据和命令。
>rm(x,y): 删除对象
>rm(list=ls(all=TRUE)) : 删除内存中所有对象,all=TRUE可以省略
>dir.create("c:/Users/Mr.Young/Desktop/R") 创建新的工作目录
>getwd()和>setwd():获取/设置工作空间目录
##临时修改，只针对当前文件
>setwd(file="c:/users/Mr.Young/Documents")
file可以省略，且该操作等价于“文件”菜单“change dir”
>getwd()
[1] "c:/users/Mr.Young/Documents" （目录的分隔符用“/”(slash)或“\\”）
