门冬酰胺酶的制备与分析

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重组天冬酰胺酶的制备、纯化与鉴定

赵雅嫱 黄妤璠 龙益如 王敏敏 白华山

1 原理

本实验主要是利用基因工程手段构建L-天冬酰胺酶基因工程菌。L-天冬酰胺酶的生理作用主要体现于其抗癌抗肿瘤活性,特别是对非霍奇金淋巴瘤和ALL的有很强的抑制作用,目前适用于治疗黑色素瘤、非何杰金病淋巴瘤等,也可以用于治疗急性单核细胞性白血病、慢性淋巴细胞性白血病等。

目前,我国虽已投入生产L-天冬酰胺酶,但是较国外生产成本高、菌种产酶活性低,提取纯化工艺落后。针对这些问题,本实验对大肠杆菌重组L-天冬酰胺酶的制备、纯化与鉴定进行了系统性的探究,意图改进重组L-天冬酰胺酶的表达,优化其纯化工艺,分析其鉴定方法与性质。

本实验主要进行了重组克隆载体和表达载体构建、表达与鉴定的摸索;酶蛋白的诱导表达条件分析;酶蛋白分离纯化手段的比较和选择,如蔗糖溶液提取、硫酸铵分级沉淀、CM-Sephadex和DEAE-Sepharose 离子交换层析以及亲和层析;重组蛋白酶活力监控与本底蛋白活力测定等等。

2 实验材料

实验仪器见表1.1。型号和生产厂家根据实验室现有条件核定。

表1.1 实验仪器或装置

仪器名称 型号 生产厂家

超净工作台

PCR扩增仪

恒温培养箱

超低温冰箱

台式离心机

恒温摇床

涡轮振荡器

高压灭菌锅

蛋白电泳仪

核酸电泳仪

凝胶成像仪

紫外分光光度计

高效液相色谱仪

扫描型紫外分光光度计

制冰机

超声清洗机

实验试剂和材料见表1.2。材质或规格以及来源根据实验需求以及实验室现有条件核定。

表1.2 试剂和材料

试剂或材料 材质或规格 来源

E.coli 野生型菌株 CPU21009 实验室储存

pMD18-T 50ng/μl 宝生物工程有限公司

pET-22b 50ng/μl 宝生物工程有限公司

Nde Ⅰ 10U/μl 宝生物工程有限公司

Xho Ⅰ 10U/μl 宝生物工程有限公司

T4 DNA Ligase 350U/μl 宝生物工程有限公司

DNA纯化试剂盒 离心柱型 天根生化科技(北京)有限公司

Ni-NTA树脂纯化试剂盒 离心柱型 天根生化科技(北京)有限公司

质粒提取试剂盒 离心柱型 天根生化科技(北京)有限公司

胶回收试剂盒 离心柱型 天根生化科技(北京)有限公司

CaCl2 60mmol/L 实验室储存

PBS 50x 实验室储存

NaCl 分析纯

Taq 酶 Mix 分析纯

(NH4)2S2O8 分析纯

C2H6OS 分析纯

CH4O 分析纯

冰乙酸 分析纯

C2H6O 分析纯

氨基丁三醇 分析纯

考马斯亮蓝 分析纯

SDS 分析纯

Nessler's 试剂 Reagent,ACS 美国Spectrum公司

酵母粉 分析纯

L-天冬酰胺 分析纯 英国OXOID公司

蛋白胨 分析纯

甘氨酸 分析纯

琼脂糖 分析纯

葡萄糖 食品级

TEMED 优级纯

溴酚蓝 分析纯

IPTG 优级纯

丙三醇 分析纯

3 实验思路与步骤

本实验设计从大肠杆菌野生型菌株CPU210009中提取总DNA,通过PCR扩增目的基因ansB,随后对PCR产物进行纯化。后分别构建重组克隆载体和表达载体,将克隆载体导入宿主中,筛选阳性克隆,再经双酶切和测序鉴定。后将

构建的工程菌在合适的培养条件下发酵培养,利用IPTG诱导表达重组蛋白,对重组蛋白进行提取纯化。再由考马斯亮蓝法测定蛋白浓度,SDS-PAGE电泳测定分子量以及进行肽图分析和紫外扫描并与天然产品比较。同时,实验过程中以纳氏试剂法监控L-天冬酰胺酶酶活力,并计算回收率。

3.1 大肠杆菌L-天冬酰胺酶II基因ansB的获取

3.1.1 大肠杆菌ansB基因的选择与引物

从NCBI中查找获取大肠杆菌ansB的基因序列,其Gene ID 为947454,基因长度为1047bp,序列如下:

1 atggagtttt tcaaaaagac ggcacttgcc gcactggtta tgggttttag tggtgcagca

61 ttggcattac ccaatatcac cattttagca accggcggga ccattgccgg tggtggtgac

121 tccgcaacca aatctaacta cacagtgggt aaagttggcg tagaaaatct ggttaatgcg

181 gtgccgcaac taaaagacat tgcgaacgtt aaaggcgagc aggtagtgaa tatcggctcc

241 caggacatga acgataatgt ctggctgaca ctggcgaaaa aaattaacac cgactgcgat

301 aagaccgacg gcttcgtcat tacccacggt accgacacga tggaagaaac tgcttacttc

361 ctcgacctga cggtgaaatg cgacaaaccg gtggtgatgg tcggcgcaat gcgtccgtcc

421 acgtctatga gcgcagacgg tccattcaac ctgtataacg cggtagtgac cgcagctgat

481 aaagcctccg ccaaccgtgg cgtgctggta gtgatgaatg acaccgtgct tgatggccgt

541 gacgtcacca aaaccaacac caccgacgta gcgaccttca agtctgttaa ctacggtcct

601 ctgggttaca ttcacaacgg taagattgac taccagcgta ccccggcacg taagcatacc

661 agcgacacgc cattcgatgt ctctaagctg aatgaactgc cgaaagtcgg cattgtttat

721 aactacgcta acgcatccga tcttccggct aaagcactgg tagatgcggg ctatgatggc

781 atcgttagcg ctggtgtggg taacggcaac ctgtataaat ctgtgttcga cacgctggcg

841 accgccgcga aaaccggtac tgcagtcgtg cgttcttccc gcgtaccgac gggcgctacc

901 actcaggatg ccgaagtgga tgatgcgaaa tacggcttcg tcgcctctgg cacgctgaac

961 ccgcaaaaag cgcgcgttct gctgcaactg gctctgacgc aaaccaaaga tccgcagcag

1021 atccagcaga tcttcaatca gtactaa

根据该基因序列,使用Primer 5.0 设计引物,并考虑到后续构建克隆载体和表达载体的需求,在引物序列中添加限制性酶切位点和保护序列,获得引物如下:

上游引物 P1 :GTGCAGCACATATGTTACCCAATATCACCA

下游引物 P2 :GCGCTCGAGTTAGTACTGATTGAAAGATCTG

上游引物P1 中包含一个Nde Ⅰ酶切位点,下游引物中包含一个Xho Ⅰ酶切位点。所设计引物交由南京华大基因科技有限公司负责合成。

3.1.2 大肠杆菌全基因组DNA的提取

使用大肠杆菌基因组DNA全提取试剂盒提取E.coli全基因组DNA,具体步骤如下:

(1)从实验室斜面保存的E.coli 野生型菌株CPU21009上,取接种环,挑单菌落,转移到50 mL的液体LB培养基,在温度37Ⅰ、 180 r/min发酵过夜。

(2)取菌液1 mL至1.5 mL的离心管管中,离心机参数调至12000离心2 min,离心3 min,弃去上清液。

(3)加入0.2 mL GA缓冲液,用漩涡振荡器混合沉淀完全悬浮。加入4 μL

RNaseA(100mg/mL)溶液,用涡旋振荡器振荡振荡15 s,室温放置5 min。

(4)加入0.02 mL蛋白酶K,混合均匀。

(5)加入0.02 mL GB缓冲液,混合均匀,将水浴锅调到70Ⅰ,把离心管放入10

min,短暂离心除去离心管管盖和管壁的水珠。

(6)加入0.22 mL分析纯乙醇,在15 s内充分混匀,此时会出现絮状物,短暂离心除去EP管盖和管壁的水珠。

(7)将(6)中所得絮状物和液体均加入安装进收集管的吸附柱中,离心机参数调至12000离心1 min,弃去柱底液体,安装好吸附柱。

(8)加0.5 mL GD缓冲液至吸附柱中,离心机参数调至12000离心1 min,倒掉柱底液体,并安装好吸附柱。

(9)加0.6 mL PW漂洗液至吸附柱中,离心机参数调至12000离心1 min,倒掉柱底液体,并安装好吸附柱。

(10)再加0.5 mL GD缓冲液,离心机参数调至12000离心1 min倒掉柱底液体。

(11)将吸附柱放入收集管中,离心机参数调至12000离心2 min,倒掉柱底液体。在室温下静置20 min吸附柱,完全晾干漂洗液,使吸附材料干燥。

(12)将无乙醇气味的吸附柱放入干净的离心管中,悬滴0.04 mL双蒸水到吸附膜的中间部分,在室温静置5 min,离心机参数调至12000离心2 min,收集溶液。

(13)将(12)中收集的溶液吸净后加回吸附柱,放置5 min,离心机参数调至12000离心2 min。

(14)将提取后的DNA进行琼脂糖凝胶电泳鉴定,以便用于后续操作。

3.1.3 PCR扩增ansB基因

(1)在PCR扩增仪上设计如下反应程序:

①模板DNA预变性94Ⅰ 5 min;

②变性:94 Ⅰ条件下45 s;

③退火:58 Ⅰ条件下30 s;

④延伸:72 Ⅰ条件下1 min;

⑤循环步骤②~④30次;

⑥最后在72 Ⅰ延伸10 min。

(2)在PCR管建立整体为0.05 mL的PCR扩增反应体系:

大肠杆菌总DNA模板 0.003 mL

上游引物P1 0.001 mL

下游引物P2 0.001 mL

Taq酶Mix 0.025 mL

ddH2O 0.02 mL

(3)将样品混合后稍作离心,将反应管放入PCR扩增仪中进行PCR反应。

(4)结束PCR扩增,取0.005 mL溶液,进行1%Agarose gel electrophoresis鉴定,判断是否有基因片段存在于PCR中,以及其大小。

3.1.4 PCR扩增产物的纯化

(1)将0.04 mL PCR扩增后体系用双蒸水调整至0.1 mL,加入0.5 mL结合液DB,充分混匀。