第七章 基因的表达与调控(上)
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第七章基因的表达与调控(上)——原核基因表达调控模式(一)基本概念1.基因表达:细胞在生命过程中,把蕴藏在DNA中的遗传信息经过转录和翻译,转变成为蛋白质或功能RNA分子的过程称为基因表达。
2.基因表达调控:围绕基因表达过程中发生的各种各样的调节方式都统称为基因表达调控。
rRNA或tRNA的基因经转录和转录后加工产生成熟的rRNA或tRNA,也是rRNA或tRNA 的基因表达,因为rRNA或tRNA就具有在蛋白质翻译方面的功能。
3.组成型表达:指不大受环境变动而变化的一类基因表达。
如DNA聚合酶,RNA聚合酶等代谢过程中十分必需的酶或蛋白质的表达。
管家基因:某些基因在一个个体的几乎所有细胞中持续表达,通常被称为管家基因。
管家基因无论表达水平高低,较少受到环境因素的影响。
在基因表达研究中,常作为对照基因适应型表达:指环境的变化容易使其表达水平变动的一类基因表达。
应环境条件变化基因表达水平增高或从无到有的现象称为诱导,这类基因被称为可诱导的基因;相反,随环境条件变化而基因表达水平降低或变为不表达的现象称为阻遏,相应的基因被称为可阻遏的基因。
4.结构基因:编码蛋白质或功能性RNA的任何基因。
所编码的蛋白质主要是组成细胞和组织基本成分的结构蛋白、具有催化活性的酶和调节蛋白等。
原核生物的结构基因一般成簇排列,真核生物独立存在。
结构基因簇由单一启动子共同调控。
调节基因:参与其他基因表达调控的RNA或蛋白质的编码基因。
①调节基因编码的调节物质通过与DNA上的特定位点结合控制转录是调控的关键。
②调节物与DNA特定位点的相互作用能以正调控的方式(启动或增强基因表达活性调节靶基因,也能以负调控的方式(关闭或降低基因表达活性)调节靶基因。
操纵子:由操纵基因以及相邻的若干结构基因所组成的功能单位,其中结构基因的转录受操纵基因的控制。
(二)原核基因调控的分类和主要特点一、原核生物的基因调控特点:(1)基因调控主要发生在转录水平上,形式主要是操纵子调控.(2)有时也从DNA水平对基因表达进行调控,实质是基因重排。
——原核基因表达调控模式1.本章教学目的要求:介绍原核调控的特点及多种原核调控的系统。
2.教学内容及要求:要求掌握乳糖操纵子与负控诱导系统和色氨酸操纵子与负控阻遏系统;理解转录后调控;了解其他调控。
3.重点、难点:乳糖操纵子与负控诱导系统和色氨酸操纵子与负控阻遏系统。
4.教学方法教学手段说明:课件讲授。
5.授课学时:6学时1.基因表达的概念及意义基因表达 (gene expression) 是指生物基因组中结构基因所携带的遗传信息经转录、翻译等一系列过程,合成特定的物质如蛋白质,进而发挥其特定的生物学功能和生物学效应的全过程。
注意:由rRNA 和 tRNA 编码基因转录生成 RNA 的过程也属于基因表达,也就是说并非所有基因的表达过程都会产生蛋白质。
其生物学意义:适应环境、维持生长和增殖;维持个体发育与分化。
2. 基因表达的时间特异性和空间特异性(1) 基因表达的时间特异性 (temporal specificity) 是指特定基因的表达严格按照特定的时间顺序发生,以适应细胞或个体特定分化、发育阶段的需要。
(2) 基因表达的空间特异性 (spatial specificity) 是指多细胞生物个体在某一特定生长发育阶段,同一基因的表达在不同的细胞或组织器官不同,从而导致特异性的蛋白质分布于不同的细胞或组织器官。
3.基因表达的方式。
(1) 组成性基因表达 (constitutive gene expression) 是指在个体发育的任一阶段都能在大多数细胞中持续进行的基因表达。
其基因表达产物通常是对生命过程必需的或必不可少的,一般只受启动序列或启动子与RNA 聚合酶相互作用的影响,且较少受环境因素的影响及其他机制调节。
这类基因通常被称为管家基因 (housekeeping gene) 。
(2) 诱导和阻遏表达:区别于组成型基因表达,诱导和阻遏表达极易受环境变化影响。
诱导 (induction) 表达是指在特定环境因素剌激下,基因被激活,从而使基因的表达卢物增加。
这类基因称为可诱导基因。
阻遏 (repression) 表达是指在特定环境因素剌激下,基因被抑制,从而使基因的表达产物减少。
这类基因称为可阻遏基因。
4. 基因表达调控的概念及基本原理基因表达调控 (gemregulation 或 gene control): 指相同的结构基因并非在各种细胞中同时表达,而是根据机体生长、发育、繁殖的需要,随着环境的变化,有规律的选择性、程序性、适度地表达,以适应环境,发挥其生理功能,这个调节的过程称之为基图表达调控。
(1)基因表达是多级水平上进行的复杂事件,可分为转录水平(基因激活及转录起始), 转录后水平(加工及转运), 翻译水平及翻译后水平,但以转录水平的基因表达调控最重要。
(2) 基因转录激活调节基本要素:①顺式作用无件 (cis-acting element): 又称分子内作用无件,指存在于 DNA 分子上的一些与基因转录调控有关的特殊顺序。
②反式作用因子 (trans-acting factor): 又称为分子间作用因子,指一些与基因表达调控有关的蛋白质因子。
反式作用因子与顺式作用无件之间的共同作用,才能够达到对特定基因进行调控的目的。
③顺式作用无件与反式作用因子之间的相互作用:大多数调节蛋白在与 DNA 结合之前,需先通过蛋白质-蛋白质相互作用,形成二聚体或多聚体,然后再通过识别特定的顺式作用无件,而与 DNA 分子结合。
这种结合通常是非共价键结合。
5. 原核基因调控机制的类型和特点原核生物的基因调特主要发生在转录水平上,其调控机制可以分为负调控和正调控。
在负转录调控系统中,调节基因的物质是阻遏蛋白(moressor) 阻止结构基因转录,其作用部位是操纵区,它与操纵区结合,转录受阻。
在正转录调控系统中,调节基因的产物是激活蛋白(activator), 激活蛋白结合与 DNA 的启动子及 RNA 聚合酶后,转录才会进行。
原核基因转录调节的特点主要为:①σ因子决定 RNA 聚合酶识别特异性;②操纵子模型的普遍性;③阻遏蛋白与阻遏机制的普遍性。
6.弱化子基因活性的影晌弱化子是指当操纵子被阻遏 ,RNA合成被终止时;起终止转录信号作用的那一段核苷酸。
弱化子对基因活性的影响是通过影响前导序列 mRNA 的结构而起在用的,起调节作用的是某种氨基酸 -tRNA 的浓度。
如在色氨酸操纵子中就是色氨酸 -tRNA 的浓度。
7. 降解物对基因活性的调节使基因由原来的低水平表达变成高水平表达,就是降解物抑制作用的调节,这是一种通过提高转录强度来调节基因表达的积极方式,如葡萄糖效应。
8. 细菌的应急反应细菌有时会碰到紧急状况,比如氨基酸的全面匮乏,为了紧缩开支,渡过难关,细菌会产生一个应急反应,停止包括生产各种 RNA 、糖、脂肪和蛋白质的几乎全部生物化学反应过程。
实施这一应急反应的信号是鸟苷四磷酸 (ppGpp) 和鸟苷五磷酸 (pppGpp) 。
产生这两种物质的诱导物是空载 tRNAO9. 乳糖操纵子原核生物乳糖操纵子 (Lac operon) 的控制区包括调节基因,启动基因(其 CRP 结合位点位于 RNA 聚合酶结合位点上游)和操纵基因;其信息区由ρ一半乳糖苷酶基因 (lacZ), 通透酶基因 (lacY) 和乙酸化酶基因 (lacA) 串联在一起构成。
当培养基中乳糖浓度升高而葡萄糖浓度降低时,乳糖作为诱导剂与阻遏蛋白结合,促使阻遏蛋白与操纵基因分离;另一方面,细胞中 CAMP 浓度升高 ,CAMP 与 CRP 结合并使之激活 ,CRP 与启动基因结合并促使 RNA 聚合酶与启动基因结合,基因转录激活。
10. 色氨酸操纵子色氨酸操纵子 (trp operon) 属于阻遏型操纵子,主要调控主一系列用于色氨酸合成代谢的酶蛋白的转录合成。
色氨酸操纵子通常处于开放状态,其辅阻遏蛋白不能与操纵基因结合而阻遏转录。
而当色氨酸合成过多时,色氨酸作为辅阻遏物与辅阻遏蛋白结合而形成阻遏蛋白,后者与操纵基因结合而使基因转录关闭。
色氨酸操纵子的调控还涉及转录弱化(attenuation) 机制。
即在色氨酸操纵子第一个结构基因与启动基因之间存在有一弱化区域,当细胞内色氨酸浓度很高时,通过与转录相祸联的翻译过程,形成一个弱化子结构,使 RNA 聚合酶从 DNA 上脱落,导致转录终止。
弱化作用要具备三个重要的条件:①是前导顺序中要有相应氨基酸的密码子;②要具有四组配对区;③转录和翻译必须藕联。
真核生物的转录和翻译是分别在核和随质中进行,不能藕联,所以也不存在这种形式的调节。
11. 其他操纵子(1) 半乳糖操纵子结构特点是:①它有两个启动子 P1和 P2, 其 mRNA 可从两个不同的起始点开始转录;②它有两个操纵基因OE 和 OI, OE在上游,位于 CAP 位点之内 ,OI在基因 gal 内部;无论是 OE 还是OI离启动子都有一段距离,不直接毗邻。
调节机制如表 6.1 所示:表 6.1 条件表达有Glu 有Gal无Gal P2启动S2开始转录galE,组成型表达OE和OI相互作用,成环,转录只进行20碱基便停止无Glu 有Gal无Gal P1启动,3个基因转录P1不启动(2) 阿拉伯糖操纵子是指令合成糖分解代谢所需酶系的操纵子,它具有正、负调节的功能。
阿拉伯糖的代谢是由 araB、araA 和 araD 基因所编码的三种酶的催化的。
其特点是:① AraC 蛋白是双功能的,单纯的 C 蛋白结于 ara01(-100~-144), 起到阻遏的作用;当 C 蛋白和诱导物 Ara 结合形成的复合体是 GIld, 即诱导型的 C 蛋白,它结合于 araI 区 (-40~-78) 使 RNA Poi 结合于PBAD 位点(十 140), 转录 B、A、D 三个基因;② C 蛋白结合 ara01 时也反馈性地阻遏了其本身的表达;③ C 蛋白的两种状态 (GIld 和 Crep) 功能不同,结合的位点也不同 Cind 结合于 araI;Crep可结合于 ara01 和 ara02;④ ara 操纵子的 C 蛋白还可以调节分散的基因 araE 和 F, 因此此转录单位也称调节子(regulon);⑤本操纵子有两个启动子 Pc 和 PBAD, 可以双向转录;⑥ Pc 启动子和 araO1 重叠。
调节机制如表 6.2 所示:表 6.2条件表达有 Ara有Glu, 无CAPl无G1u, 有CAP araC 本底转录→少量C rep结合O1→阻止转录Ara + C → Cind → araI → araPBAD 的转录无Ara C repC rep过量→结合 01 阻遏 araPc 或结合01 和 02 成环,阻遏PC或 PBAD12. 原核生物转录的整体调控模式由成群的操纵子组成的基因转录调控网络称为调节子。
通过组成调节子调控网络,对若干操纵子及若于蛋白质的合成进行协同调控,从而达到整体调控的目的。
典型的整体调控模式嘉SOS 反应,这是由一组与 DNA 损伤修复有关的酶和蛋白质基因组成。
在正常情况下,这些基因均被 LexA 阻遏蛋白封闭。
当有紫外线照射时,细菌体内的 RecA 蛋白水解酶被激活,催化 LexA 阻遏蛋白裂解失活,从而导致与 DNA 损伤修复有关的基因表达。
13. 原核生物的转录后调控基因表达的转录调控是生物最经济的调控方式一一既然是用不着某种蛋白质,其 mRNA 由于用不着就不必转录。
但转录生成 mRNA 以后,再在翻译或翻译后水平进行“微调”, 是对转录调控的补充,它使基因表达的调控更加适应生物本身的需求和外界条件的变化。
(1) 翻译起始的调控:主要受到 SD 序列的顺序和位置的影响。
SD 序列位于起始密码子 AUG 上游 8~13 个密码子,是核糖体与mRNA 直接识别和结合位点,并从其后的 AUG 开始翻译。
SD 序列与 AUG 之间的距离,是影响 mRNA 翻译效率的重要因素之一 ,SD 与 AUG 之间相距一般以 4~10 个核苷酸为佳 ,9 个核苷酸最佳。
有些 mRNA 分子的SD 序列有时会隐蔽在 mRNA 的二级结构中,不能与核糖体结合,只有将茎环结构打开,蛋白质翻译才能起始,这也构成翻译水平上的调控途径之一。
(2) 稀有密码子对翻译的影响:细胞内对应于稀有密码子的 tRNA 较少,高频率使用这些密码子的基因翻译过程容易受阻,影响了蛋白质合成的总量。
(3) 重叠基因 (overlapping gene) 对翻译的影响:重叠基因是指同一段 DNA 的编码顺序由于阅读框架的不同或终止早晚的不同,同时编码两个或两个以上多肽链的基因。
由于基因间存在着部分密码子或密码子的部分重叠,保证了同一核糖体对两个连续基因进行翻译的机制,而这种藕联翻译又是保证两个基因产物在数量上相等的重要手段。