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Imageproplus的主要用途是分析测量图象。
1.基本操作2.AOI技巧3.AOI技巧续4.编制宏操作5.计数6.校正标尺7.几何测量8.图象分析策略9.其他有趣的功能10。
讨厌的光密度11.免疫组化光密度图片的测量12.免疫组化光密度图片的自动测量13.荧光照片的测量14.双染料染色照片的合成方法打开ipp后的界面是这样的，该从何处下手呢?这张照片中的黄色部分是免疫组化染色的阳性表达成分。
处理目标是通过测量图片中黄色部分的"黄"度来反映相应蛋白表达的的"量"。
对该图片进行观察，可以看到图片中主要有三种主要颜色，一是染成蓝色的细胞核，二是呈现出黄色的胞浆，三是细胞间的空隙区域，呈现出浅蓝色，是为背景。
所以首先要把图片中呈现黄色的区域给挑选出来，然后才是测量这些挑出来的区域的各种测量参数，如面积、平均半径、周长、光密度等等。
这部分需要挑出来进行测量的区域是我们最感兴趣的地方，叫作AOI(area of interest)。
AOI是IPP中最有用最重要的概念。
然而在选择AOI之前必须转换图象intensity格式。
校正光密度单位的操作要在打开第一张图片后立即进行。
将光密度单位设定为system之后就不必再对后面的每一张照片都进行光密度校正了。
在默认的intensity格式中，是图片灰度，越黑数值越小，越白数值越大。
而实际上我们测量的染色强度是光密度，染色越深，光密度值越大。
如果不进行光密度单位的转换，测量的数值将完全是错误的。
转换光密度单位的方法如下:点击:measure--carliberation--intensity，调出intensity校正窗口。
然后在窗口中点new 按纽，再点一下下面的std optical density选项，这时可以看到窗口中的直线变成了反向的曲线。
然后还要点一下最上面的system按纽。
最后点close关闭窗口。
这样就把程序系统的灰度单位转换成了光密度单位。
自从写了imagepro plus教学系列帖子“手把手教你使用IPP”以来，得到了不少好评。
前两天这个帖子又被人翻了出来，发现它的点击已经升到了一万二。
可见这个帖子还是有许多人看的。
甚至把Media Cybnetics公司的工程师给招来了。
他们才是真正的IPP高手，给了我很多指导，也教了我许多妙招。
无论是经常使用IPP还是第一次使用，如果需要分析测量一大批图片的话，都免不了要花费大量时间。
为了省时省力，最好是制作一个宏操作来完成那些枯燥的一下下点鼠标动作。
可是自己制作宏也是挺麻烦的。
如果能找到一个现成的宏来处理图片就能省事了。
在IPP 公司的网站上就有大量这样的通用的宏程序，macro。
Media Cybnetics公司的软件工程师注意到了很多人都在使用IPP测量免疫组化图片的光密度，也注意到了论坛上大家讨论的分析免疫组化图片的方法，于是他们给大家编制了一个macro，专门用来方便地进行免疫组化图片的分析，这可是专业水平的macro，真管用呀。
我近水楼台得到了一个试用版本，使用这个macro分析上百张免疫组化图片，不到一个小时就能全部搞定。
好东西要大家分享，再写一篇“手把手教你使用IPP"。
先把这个试用版本传给大家，正式版本则需到Media Cybnetics网站上下载。
>(待续)Pathology.scr (27.26k)当然，如果你对IPP一点也不了解，是使用不了这个macro的。
希望你看过了以前的手把手教你使用IPP的系列帖子。
> 特别是看过了第十一个关于免疫组化图片光密度测量的帖子（包括后面的跟帖）。
这个macro基本上就是根据这个分析方法来分析测量免疫组化图片的。
下载了这个macro后，首先用记事本打开这个文件，在第三十几行上找到这句话：Shell("c:\program files\microsoft office\office10\excel.exe") 然后到你自己的电脑上按照这个路径看看。
分析测量图象软件Imagepro-Plus教程一、入门Imageproplus（IPP）的主要用途是分析测量图象。
本人使用该程序进行生物图象分析有一段时间，写此帖的主要目的还是与大家交流使用心得，并总结一下使用方法。
如果你是刚接触IPP，最好先从本帖看起，并同时打开你电脑上的IPP程序照着操作。
学会一个软件需要花一段时间的，两分钟不可能学会。
两小时也太短。
但我相信，照着我这几个帖子作下来，至少是可以用IPP干一点事情了。
打开IPP后的界面是这样的，该从何处下手呢？既然是处理图片，当然是先要打开一张要处理的图片嘛这张照片中的黄色部分是免疫组化染色的阳性表达成分。
处理目标是通过测量图片中黄色部分的"黄"度来反映相应蛋白表达的的“量”。
对该图片进行观察，可以看到图片中主要有三种主要颜色，一是染成蓝色的细胞核，二是呈现出黄色的胞浆，三是细胞间的空隙区域，所以首先要把图片中呈现黄色的区域给挑选出来，这部分区域是我们最感兴趣的地方，叫作AOI（area of interest）。
AOI是IPP中最有用最重要的概念。
如何能够准确地选取AOI就是使用IPP的关键操作。
一旦准确地选取了AOI，下面的测量分析就好办了。
对不同的图片，需灵活地使用各种适当的AOI工具，就这张图片来说，AOI是黄色区域，因此用颜色分类的AOI工具是最有效的。
点击measure---count/size,弹出分类测量窗口在窗口中选中manual，再点击select color，弹出颜色选择窗口segmentation，这个工具是IPP最有特色的颜色选取工具之一。
用好这个工具是使用IPP的要点。
对于目标颜色鲜明的图片，用吸管工具是最简单的。
点一下吸管图标，在目标区域点一下，就可以选中该点的颜色，当然一下是不可能完全选中所需要指定的全部区域，可以在未选中的地方接着再点，这样多次选取，直到把想选中的区域全部选中为止。
在这张示例图中，选中的蓝色细胞核部分被标上了红色。
i m a g e-p r o-p l u s教程-CAL-FENGHAI.-(YICAI)-Company One1Image pro plus 教程1. 打开图片：打开软件双击图标，弹出窗口点击OK就行了。
进入软件，会弹出：直接叉掉。
打开图片点击工具栏第一的图标“open document”选择图片：界面变成这样：↓2. 设置标尺设置标尺点击”Measure”→Calibration(标度)→Spatial，弹出设置标尺的对话框（如下图）Spatial Calibration。
给标尺命名点击对话框右下角“From resolution”，见上图，将标尺命名为所选图片的名称，也可以点击“Name”右边的下拉箭头（见上图），选择已有的标尺（加入你的SEM图是5W倍的，而你之前处理过5W倍的图片，建立过5W倍的标尺，那么你就可以在下拉菜单里直接找出那个标尺）设置标尺长度点击“Image”，出现一个白色的标尺，见下图，和“Scaling”对话框，在“Scaling”对话框内输入1（对应图片的标尺是1um，如果你的图片标尺是100nm的话，此处应输入100）鼠标右键点击，将标尺拖到图片标尺的位置，见下图。
并调整标尺大小，使之与图片标尺一样大小。
在“Scaling”对话框内点击“OK”。
回到“Spatial Calibration”对话框。
设置标尺单位下面要设置标尺的单位。
因为我们选择的图片标尺是1um，这里我们要选择um 为单位。
点击“Spatial Calibration”对话框里的“Unit”下拉箭头，出现很多单位，其中um和nm是我们常用的。
如果你的标尺单位是nm，这里就要选择nm。
如下图所示：将标尺应用到图片上以上，我们设置好了标尺的长度和标尺单位，下面我们将标尺应用到我们的图片上面：在“Spatial Calibration”对话框点击“Apply”，再点击“Mark”，出现“Spatial Calibration Marker”对话框。
Image pro plus 教程1. 打开图片：1.1 打开软件双击图标，弹出窗口点击OK就行了。
进入软件，会弹出：直接叉掉。
1.2 打开图片点击工具栏第一的图标“open document”选择图片：界面变成这样：↓2. 设置标尺2.1 设置标尺点击”Measure”→Calibration(标度)→Spatial，弹出设置标尺的对话框（如下图）Spatial Calibration。
2.2 给标尺命名点击对话框右下角“From resolution”，见上图，将标尺命名为所选图片的名称，也可以点击“Name”右边的下拉箭头（见上图），选择已有的标尺（加入你的SEM图是5W倍的，而你之前处理过5W倍的图片，建立过5W倍的标尺，那么你就可以在下拉菜单里直接找出那个标尺）2.3 设置标尺长度点击“Image”，出现一个白色的标尺，见下图，和“Scaling”对话框，在“Scaling”对话框内输入1（对应图片的标尺是1um，如果你的图片标尺是100nm的话，此处应输入100）鼠标右键点击，将标尺拖到图片标尺的位置，见下图。
并调整标尺大小，使之与图片标尺一样大小。
在“Scaling”对话框内点击“OK”。
回到“Spatial Calibration”对话框。
2.4 设置标尺单位下面要设置标尺的单位。
因为我们选择的图片标尺是1um，这里我们要选择um为单位。
点击“Spatial Calibration”对话框里的“Unit”下拉箭头，出现很多单位，其中um和nm是我们常用的。
如果你的标尺单位是nm，这里就要选择nm。
如下图所示：2.5 将标尺应用到图片上以上，我们设置好了标尺的长度和标尺单位，下面我们将标尺应用到我们的图片上面：在“Spatial Calibration”对话框点击“Apply”，再点击“Mark”，出现“Spatial Calibration Marker”对话框。
如下图：Style：表示标尺样式，我一般用第一个。
Image pro plus 教程 1.打开图片:i.i 打开软件 双击图标，弹出窗口进入软件，会弹出:Macro PlayerMacros ：S ar o chr on e &出CiuiitSmillJZslls MeasureSt&in 三CountAndClassifyM«&siur»Ir cnPh 陌全 EThraughfocusS e queue eM ®管Au t or a. di * graphSpr a cJc» tC ountD em oD^zciri pti (D«monstrati.Qn (naciras'L QPP旨Jv* Stop for ii£电厂 rsspo0 Shew g St ur tuj^Shftw Ovsrvi 旦吨 "■*■ ■■■■! ■■■■ ■■■■ ■■ ■■ ■*■ ■ ■■■«■■■■ IKI■■■■：■■Er^wss... F 如直接叉掉。
1.2打开图片点击工具栏第一的图标" ope n docume nt点击0K 就行了。
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Calibration（标度）f Spatial ,弹出设置标尺的对话框（如下图）Spatial Calibrati on 。
2.2给标尺命名点击对话框右下角"From resolution ”，见上图，将标尺命名为所选图片的名称，也可以点击“Name”右边的下拉箭头（见上图），选择已有的标尺（加入你的SEM图是5W倍的，而你之前处理过5W倍的图片，建立过5W倍的标尺，那么你就可以在下拉菜单里直接找出那个标尺）Sp刖id O卜疝阳,■汀if2.3设置标尺长度点击"Image”，出现一个白色的标尺，见下图，和" Scali ng”对话框，在"Scali ng"对话框内输入1 （对应图片的标尺是1um，如果你的图片标尺是100nm的话，此处应输入100）sJEr■■LG . DkV IiE*10/11/201511311:20LO.orv LBD鼠标右键点击，将标尺拖到图片标尺的位置， 见下图。
Image pro plus 教程1. 打开图片：打开软件双击图标，弹出窗口点击OK就行了。
进入软件，会弹出：直接叉掉。
打开图片点击工具栏第一的图标“open document”选择图片：界面变成这样：↓2. 设置标尺设置标尺点击”Measure”→Calibration(标度)→Spatial，弹出设置标尺的对话框（如下图）Spatial Calibration。
给标尺命名点击对话框右下角“From resolution”，见上图，将标尺命名为所选图片的名称，也可以点击“Name”右边的下拉箭头（见上图），选择已有的标尺（加入你的SEM图是5W倍的，而你之前处理过5W倍的图片，建立过5W倍的标尺，那么你就可以在下拉菜单里直接找出那个标尺）设置标尺长度点击“Image”，出现一个白色的标尺，见下图，和“Scaling”对话框，在“Scaling”对话框内输入1（对应图片的标尺是1um，如果你的图片标尺是100nm的话，此处应输入100）鼠标右键点击，将标尺拖到图片标尺的位置，见下图。
并调整标尺大小，使之与图片标尺一样大小。
在“Scaling”对话框内点击“OK”。
回到“Spatial Calibration”对话框。
设置标尺单位下面要设置标尺的单位。
因为我们选择的图片标尺是1um，这里我们要选择um为单位。
点击“Spatial Calibration”对话框里的“Unit”下拉箭头，出现很多单位，其中um和nm是我们常用的。
如果你的标尺单位是nm，这里就要选择nm。
如下图所示：将标尺应用到图片上以上，我们设置好了标尺的长度和标尺单位，下面我们将标尺应用到我们的图片上面：在“Spatial Calibration”对话框点击“Apply”，再点击“Mark”，出现“Spatial Calibration Marker”对话框。
如下图：Style：表示标尺样式，我一般用第一个。
Marker length：标尺长度，因为图片标尺是1um，刚才我们设置的标尺长度也是1um，所以这里标尺长度为1。
教你使用Imagepro-Plus作 者 hbchendl编辑 doctor_li目 录1. 入门....................................................................................................- 1 -2. AOI技巧............................................................................................- 8 -3. AOI技巧续......................................................................................- 13 -4. 编制宏..............................................................................................- 19 -5. 计数..................................................................................................- 26 -6. 校正标尺..........................................................................................- 31 -7. 几何测量..........................................................................................- 39 -8. 图象分析策略..................................................................................- 41 -9. 雕虫小技..........................................................................................- 44 -10. 讨厌的光密度..................................................................................- 49 -11. 免疫组化光密度测量.......................................................................- 56 -12. 免疫组化图片光密度测量续..........................................................- 64 -13. 荧光强度测量..................................................................................- 70 -部区域，可以在未选中的地方接着再点，这样多次选取，直到把想选中的区域全部选中为止。
Imageproplus⽓孔率使⽤教程ImageProPlus（IPP）软件教学
1.教学解决⽅向关键词：
⾦相组织、⽓孔率分析
2.具体教学：
2.1软件打开：
软件图标：
双击后，选择compelete，点击OK。
然后出现下图这个界⾯，点击Done，（这个没什么⽤，不⽤在意）
点击file选择⾃⼰的⾦相图⽚，如下图所⽰：
选择⾃⼰想统计的范围：
要了解⼀个这个软件的术语就是AOI（Area of interesting），即你感兴趣的地⽅。
如下图所⽰，我通常使⽤圆形，或者正⽅形。
规划好⾃⼰想统计的范围以后，点击下图所⽰按钮，count，即计算。
出现count/size 表格。
点击select colors
点击钢笔，选择⽓孔位置。
（由于是粗糙选择，可以放⼤以后精细的选⼀下）
随后点击close，关闭当前页⾯，回到count页⾯，点击count 按钮进⾏计算。
进⾏组织图⽚被识别：
点击Measure、select measerements
选择per Area，点击Measure
点击count界⾯中的View、Statistics
观察数据即可。
Image pro plus 教程1. 打开图片：1.1 打开软件双击图标，弹出窗口点击OK就行了。
进入软件，会弹出：直接叉掉。
1.2 打开图片点击工具栏第一的图标“open document”选择图片：界面变成这样：↓2. 设置标尺2.1 设置标尺点击”Measure”→Calibration(标度)→Spatial，弹出设置标尺的对话框（如下图）SpatialCalibration。
2.2 给标尺命名点击对话框右下角“From resolution”，见上图，将标尺命名为所选图片的名称，也可以点击“Name”右边的下拉箭头（见上图），选择已有的标尺（加入你的SEM图是5W倍的，而你之前处理过5W倍的图片，建立过5W倍的标尺，那么你就可以在下拉菜单里直接找出那个标尺）2.3 设置标尺长度点击“Image”，出现一个白色的标尺，见下图，和“Scaling”对话框，在“Scaling”对话框内输入1（对应图片的标尺是1um，如果你的图片标尺是100nm的话，此处应输入100）鼠标右键点击，将标尺拖到图片标尺的位置，见下图。
并调整标尺大小，使之与图片标尺一样大小。
在“Scaling”对话框内点击“OK”。
回到“Spatial Calibration”对话框。
2.4 设置标尺单位下面要设置标尺的单位。
因为我们选择的图片标尺是1um，这里我们要选择um为单位。
点击“Spatial Calibration”对话框里的“Unit”下拉箭头，出现很多单位，其中um和nm 是我们常用的。
如果你的标尺单位是nm，这里就要选择nm。
如下图所示：2.5 将标尺应用到图片上以上，我们设置好了标尺的长度和标尺单位，下面我们将标尺应用到我们的图片上面：在“Spatial Calibration”对话框点击“Apply”，再点击“Mark”，出现“Spatial Calibration Marker”对话框。
如下图：Style：表示标尺样式，我一般用第一个。
Image pro plus 教程1. 打开图片：
1.1 打开软件
双击图标，弹出窗口
点击OK就行了。
进入软件，会弹出：
直接叉掉。
1.2 打开图片
点击工具栏第一的图标“open document”
选择图片：
界面变成这样：↓
2. 设置标尺
2.1 设置标尺
点击”Measure”→Calibration(标度)→Spatial，弹出设置标尺的对话框（如下图）Spatial Calibration。
2.2 给标尺命名
点击对话框右下角“From resolution”，见上图，将标尺命名为所选图片的名称，也可以点击“Name”右边的下拉箭头（见上图），选择已有的标尺（加入你的SEM图是5W倍的，而
你之前处理过5W倍的图片，建立过5W倍的标尺，那么你就可以在下拉菜单里直接找出那个标尺）
2.3 设置标尺长度
点击“Image”，出现一个白色的标尺，见下图，和“Scaling”对话框，在“Scaling”对话框输入1（对应图片的标尺是1um，如果你的图片标尺是100nm的话，此处应输入100）
鼠标右键点击，将标尺拖到图片标尺的位置，见下图。
并调整标尺大小，使之与图片标尺一样大小。
在“Scaling”对话框点击“OK”。
回到“Spatial Calibration”对话框。
2.4 设置标尺单位
下面要设置标尺的单位。
因为我们选择的图片标尺是1um，这里我们要选择um为单位。
点击“Spatial Calibration”对话框里的“Unit”下拉箭头，出现很多单位，其中um和nm 是我们常用的。
如果你的标尺单位是nm，这里就要选择nm。
如下图所示：
2.5 将标尺应用到图片上
以上，我们设置好了标尺的长度和标尺单位，下面我们将标尺应用到我们的图片上面：
在“Spatial Calibration”对话框点击“Apply”，再点击“Mark”，出现“Spatial Calibration Marker”对话框。
如下图：Style：表示标尺样式，我一般用第一个。
Marker length：标尺长度，因为图片标尺是1um，刚才我们设置的标尺长度也是1um，所以这里标尺长度为1。
（假如图片标尺为2um，按照之前的步骤我们设的标尺为1um，这里标尺长度应填2）其他保持默认设置，点击OK就行了。
点击OK后出现Image Pro plus对话框，及生成的标尺（仔细看，标尺可能隐藏在图片黑色的区域，鼠标拖动标尺就可以看到生成的标尺了），按照下图，鼠标右键拖动形成的标尺及数字至合适的位置
点击Continue，界面又回到“Spatial Calibration”对话框，见下图，这时，图片上生成了新的标尺（红色框表示），标尺的位置是你之前移动的位置。
到此标尺设置好了。
我们保持“Spatial Calibration”对话框，不关闭。
3. NPS粒径，密度，面积测量
3.1 测量NPS粒径
接着上面的步骤，找到下图圈出的工具：“Count and measure objects”
点击“Count and measure objects”工具，出现新的对话框：“Count/Size”对话框
选中“Automatic Bright Object”，意思是“自动计算亮的物体”（因为我们照的SEM，NPS一般是亮的）。
3.2 选择测量参数
下面要选择我们要测量的参数（平均粒径、密度、面积）
在“Count/Size”对话框点击“Measure”→Select Measurements，如下图：
出现“select measurements”对话框，在此我们可以选择我们要测量的参数：
点击OK，回到原来的界面。
“Count/Size”对话框中在点击Count按钮，开始计算。
计算结果见下图：
我们可以看到：
首先，对于该图片，不适合用该软件处理，因为NPS较密，几乎大片NPS被看成是一个NPS，计算结果出现严重。
因此该软件只适用于NPS不是很多，很密的图片。
另外图片下方黑色部分是图片的一些信息，在这里软件把该部分看作是NPS，对其进行了处理。
这使得得到的结果与实际出现偏差。
因此在计算NPS的时候，我们可以先设定好标尺的长度及单位。
然后关闭图片（记住不是关闭软件，只是叉掉图片）然后将该图片裁剪后，再用该软件打开，接着按照2.5 节的步骤，将已经设置好的标尺应用的修改的图片上。
（详细步骤见最后）
3.3 导出数据
点击“View”查看及输出结果：
下拉菜单中，Measurement Data是所有测量的数据，包括面积，密度，所有NPS直径。
Statistics 是对全部数据的汇总，包括最大值，最小值，平均值，NPS个数等。
Histogram可以获得你需要的粒径分布直方图。
点击Measurement Data出现如下对话框，显示所有测量的数据，单击File→export data可以导出所有数据，这个数据是excel格式的，你需要将这个表格另存在你希望的位置。
但是，要注意，导出数据时要保证，你的电脑当前没有打开任何excel表格。
不然的话，之前打开的表格的数据会被导出的数据覆盖。
导出Statistics汇总数据也是按照上述步骤。
1
2
3。
