1-生物信息学背景知识
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大学专业介绍之生物科学类1(生物科学、生物技术、生物信息学)
1.生物科学
本专业培养具有生物科学学科的基本理论、基本知识、基本技能,同时掌握生物科学的理论前沿、应用前景、最新发展动态和应用能力的技术人才,为我国生态建设及植物资源利用和中药资源产业化提供能从事教学、技术研究、生产管理、产品开发等方面的高级技术人才。
业务培养要求:本专业学生主要学习生物科学方面的基本理论、基本知识,受到基础研究和应用基础研究方面的科学思维和科学实验训练,具有较好的科学
1.
2.掌握动物生物学、植物生物学、微生物学、生物化学、细胞生物学、遗传学、发育生物学、神经生物学、分子生物学、生态学等方面的基本理论、基本知
3. 4.
5.
6.掌握资料查询、文献检索及运用现代信息技术获取相关信息的基本方法;具有一定的实验设计,创造实验条件,归纳、整理、分析实验结果,撰写论文,
主干课程:植物生物学、动物学、微生物学、生物化学、生物化学实验技术、细胞生物学、遗传学、分子生物学、植物生理学、生态学、天然产物化学、药用植物资源学、中药材生产质量控制、中药材加工学、生物制药等。
就业方向与深造:毕业后可在科研机构、学校从事药用植物和植物生态与资源利用科学研究和教学工作;在企、事业单位从事技术研究、产品开发和生产管理等工作。
2.生物技术
本专业是以生物化学和分子生物学为基础、应用于现代生物技术产业为特色的理科类专业。培养系统掌握现代生命科学知识、生物技术的基本理论和基因工程、细胞工程、发酵工程、生物信息及数据分析等技能,具备良好的科学素养和创新精神的高级专门人才。
主干课程:普通生物学、生物化学与分子生物学、微生物学、细胞生物学、遗传学、基因工程原理与技术、酶工程原理及技术、细胞工程原理与技术、微生物与发酵工程,生物信息学等。
业务培养要求:本专业学生主要学习生物技术方面的基本理论、基本知识,受到应用基础研究和技术开发方面的科学思维和科学实验训练,具有较好的科学
上海师范大学实验报告
实验二
一、实验原理
答:利用Blast全球联网数据库,对输入的序列进行生物信息学分析,给出与输入序列相关性最大的对应的基因信息,比较两者的同源性。
二、操作步骤
答:(1)先打开网址 /
(2)点击右边的Blast链接,打开Blast数据库,进入Blast界面
(3)在Basic Blast中选择nucleotide blast
(4)在对话框中输入核苷酸序列,在choose search set下的 Database选项中选择Others
(nr etc.)
(5)把网页拉到最下方,点击Blast按钮
(6)在Descriptions 栏下找到Max ident 百分率最高的序列名称
(7)再往下拉,找到Alignments项下第一个序列,可以找到输入序列相关信息
(8)点击 Accession,即能找到更多输入序列的相关信息。
1.
tttcactcca tagttactcc ccaggtga
1.1它属于哪类生物?
答:属于Hepatitis C virus (丙型肝炎病毒)
1.2它属于哪类基因?
答:属于non-structural protein 5B gene
1.3它在该基因的什么位置?
答:它在该基因的第749-776这个位置。
1.4它与你搜索到的序列的同源性(Identities)是多少?
答:同源性100%
2.(1)ccacccactg aaactgcaca gacaaatttg tacataagag
1.1它属于哪类生物?
答:属于Influenza A virus (A/chicken/Iran261/01(H9N2)) hemagglutinin (HA)
gene (A型流感病毒,A型伊朗型261鸡流感病毒,H9N2病毒,血细胞凝集素抗原基因为依据)
1.2它属于哪类基因?
信息学竞赛复习材料(一)信息学与名人知识
现代计算机与人工智能之父图灵
图灵英国科学家,他是计算机人工智能技术的鼻祖。1937年他提出了能思考的计算机——图灵机的概念,推进了计算机理论的发展。图灵机模型是一种抽象计算模型,用来精确定义可计算函数,是实现机器人的最基本的一个理论模型。1950年,艾伦 图灵发表题为《计算技能思考吗》的论文,设计了著名的图灵测验,解决了如何判定机器人是否具有同人类相等的智力问题
电子计算机之父与冯·诺依曼
冯·诺依曼(John Von Neuman)凭他的天才和敏锐,在电脑初创期,提出了现代计算机的理论基础,从而规范和决定了电脑的发展方向。时至今日,我们所有的电脑都叫“冯·诺依曼计算机”,即计算机是由控制器、运算器、存储器、输入设备、输出设备组成的,是对这位数学天才最好的评价。
对于冯·诺依曼来说,人类第一台电脑造了一半时才参与开发,多少有些遗憾。但是,他刚好在那大机器程序存储问题无法解决的关键时刻出现,这使得冯·诺依曼的天才得到淋漓尽致的发挥。他明确指出:一定要彻底实现程序由外存储向内存储的转化,原有的设计必须作修改,经费不够再追加。在冯·诺依曼的影响下,整个研制工作取得了突破性的进展。冯·诺依曼提出了新的改进方案:一是用二进制代替十进制,进一步提高电子元件的运算速度;二是存储程序,即把程序放在计算机内部的存储器中,即把程序本身当作数据来对待。1945年6月,他写了一篇题为《关于离散变量自动电子计算机的草案》的论文,第一次提出了在数字计算机内部的存储器中存放程序的概念,这是所有现代电子计算机的范式,被称为“冯·诺依曼结构”。按这一结构建造的电脑称为存储程序计算机,又称为通用计算机。时至今日,所有的电脑都逃脱不了冯·诺依曼的掌心,我们所有的电脑,都有一个共同的名字,叫“冯·诺依曼机器”,它超越了品牌、国界、速度和岁月。
摩尔定律与高登·摩尔
当人们不断追逐新款PC时,殊不知这后面有一只无形的大手在推动,那就是摩尔定律,而这著名定律的发明人就是高登·摩尔(Gordon Moore)。
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生物背景学生的《生物信息学》课程教学思考与探索
作者:廖明帜
来源:《教育教学论坛》2014年第36期
摘要:生物信息学(Bioinformatics)是一门新兴的生命科学前沿热点学科,它主要借助数学思想、计算机实现对生物大数据进行储存、检索和分析,提取隐藏在生物大数据背后的有效信息。本文阐述了生物信息学的发展背景以及学科定位,分析了生物学背景的学生学习该课程时所遇到的主要问题以及解决办法。文章还深入探讨了本课程内容的合理安排与设计,为在生物技术专业及其他生物学背景的大学生中讲好本门课程奠定了基础。
关键词:生物信息学;生物技术;教学改革
中图分类号:G642.0 文献标志码:A 文章编号:1674-9324(2014)36-0197-03
一、生物信息学课程的教学背景
生物信息学(Bioinformafics)是一门集数学、计算机科学以及生物学等多学科交叉而形成的新兴热点学科,实质就是利用信息科学与技术解决生物学问题。它的内涵目前包含了分子生物大数据的获取、加工、存储、分配、分析、解释等在内的所有方面。依据分子生物大数据的类型不同,生物信息学的数据对象分布在基因组、转录组、蛋白质组等不同水平层次的数据以及跨层次的转录调控、转录后调控和表观遗传修饰等纵向连接。依据学科任务的不同,生物信息学一方面要组织好生物大数据的储存和获取,一方面要开发优良的算法和工具软件对生物大数据教学分析,同时还要利用这些生物大数据和工具来产生新的生物学认识,为下游的湿实验生物学家提供理论依据和指导。近年来,随着高通量生物大数据检测技术,如基因芯片技术、高通量测序技术等的发展,生物信息学已经在生物、医学、药物开发、环境保护以及农业应用等众多领域普及推广了起来。大量的生物数据急迫地需要处理,相应地产生了对生物信息专门人才的广泛需求。