SELEX技术

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SELEX技术

Systematic evolution of ligands by exponential enrichment

指数式富集的配体系统进化

一种新的组合化学技术

它是应用大容量的随机寡核苷酸,并结合PCR体外扩增技术,以指数级富集与靶分子特异结合的寡核苷酸,经几轮或数轮的筛选过程,获得高亲和力,高特异性的核酸配基。

寡核苷酸配基的特点

1.靶分子广

2.高特异性,高亲和力

适配子的筛选:一个文库技术;一套筛选技术。

SELEX技术的基本技术路线

1.体外合成一个单链寡核苷酸库。

2.把它与靶物质混合,形成靶物质-核酸的复合物,洗掉未与靶物质结合的核酸。分离与靶物质结合的核酸分子,以此核酸分子为模板进行PCR扩增,在进行下轮的筛选过程。

3.通过重复的筛选与扩增,一些与靶物质不结合或与靶物质有低亲和力,中亲和力的DNA或RNA分子被洗去。而称之为“适配子”的,与靶物质有高亲和力的DNA或RNA分子从非常大的随机库中分离出来,且纯度随SELEX过程的进行而增高,从pmol到nmol,有的甚至到umol,最后占据库的大多数(90%左右)。

4.在每轮筛选的同时,设立平行的结合力检测实验,随着筛选轮数的增加,Kd值逐渐降低,即亲和力逐渐增强。当亲和力提高两个数量级时,将该轮的PCR产物克隆至载体,随机挑选十个克隆,测序。

影响SELEX技术的因素

一.文库设计

(一)文库的种类

(二)两端的固定序列

(三)中间的随机序列

二.筛选条件

(一)靶蛋白浓度

(二)循环次数

(三)配基的分离方法

(四)SELEX技术的改进

文库的种类

1.随机RNA文库

2.随机ssDNA文库

3.化学修饰库

随机单链DNA文库

1.双链DNA模板变性

2.生物素末端标记

3.不对称PCR

4.反转录法 SELEX技术的改进

1.导向SELEX

2.基因组SELEX

3.复合靶分子SELEX

4.消减SELEX

导向SELEX

是将已知占据靶分子非目的靶位的小分子渗入SELEX筛选体系中,来获得只与目的靶位结合,高度专一的配体。

用这类配体制成药物,将具有靶向专一,用药剂量小,毒副作用小等优点。

基因组SELEX

为了可以广泛筛选DNA或RNA天然配基,在经典SELEX技术的基础上,将感兴趣的生物体的基因组制备成一个寡核苷酸文库,从中筛选蛋白质,抗生素,辅因子,多糖等生物活性分子的天然识别序列。为解析细胞内基因调控,代谢调控的问题提供大量的数据材料。

复合靶分子SELEX

特点:

1.筛选的靶不是单一的纯蛋白或小分子,而是多种靶分子的混合物。

2.筛选中将各靶分子的特异配体分离后再进行PCR扩增,循环富集。

消减SELEX

是一种特殊的复合靶分子SELEX,相当于一种适当反筛选实验。即用两种不同靶分子,通过同一寡核苷酸库筛选,可获得识别两种混合体之间的差异寡核苷酸配基。

RNAi的特点:

1.转录后水平的基因沉默

2.较高的特异性

3.高效性

4.可遗传性及远距离效应