第五节 常用生物软件
一,Primer Premier5.0
Primer Premier5.0是由加拿大的 Premier公司开发的专业用于PCR或测序 引物以及杂交探针的设计,评估的软件 可以进行引物设计窗口,酶切分析,基 元分析(Motif)
二,DNAStar
可以进行ORF的寻找,酶切位点分析, 同源序列比对等分析
生物信息学就是在上述背景下发展起来 的综合应用生物学,数学,物理学,信 息学,计算机科学等诸多学科的理论方 法的崭新交叉学科,它研究的材料是生 物学数据库,而采用的方法则是从计算 机技术衍生而来的 基因组学和生物信息学的研究也改变了 新药开发的思路和模式
对基因组计划产生的核酸序列分析一方 面可以从本质上认识疾病尤其是遗传疾 病的发生原因,为这些疾病的诊断,预 防和治疗奠定基础 这些核酸序列本身就是丰富的药物资源, 其中蕴藏着大量目前尚不明了的基因, 这些基因及其产物可以作为潜在的药物 或者药物靶点而开发 药物生物信息学正是在在这种背景和思 路下应运而生的
Heller用基因芯片来检测类风湿关节炎病 理组织和正常组织基因表达的差异 发现了已知的100多个与类风湿关节炎致 病有关的基因表达差异 发现编码IL-6和另外几个金属蛋白酶(包 括金属弹性蛋白酶)的基因表达得到增 强 弹性蛋白酶可以破坏胶原纤维和组织基 底膜层,就为治疗该病提供了新的药物 靶标
第二节 核酸序列数据库
6. 生物芯片
生物芯片的实质就是在一个不大的基质 载体上,有序地排列了固定在某一位置 的可寻址的识别分子,与待检测的物质 结合或反应是在同一条见下进行的 常见的芯片有基因芯片和蛋白质芯片 基因芯片应用在新药研究中,据计算, 传统的药物筛选方法每个样本需要花4美 元,而用芯片技术只需要花40美分