高级建模方法(第6-4节)-GaussView的使用
- 格式:ppt
- 大小:4.09 MB
- 文档页数:32
所需软件:GaussView
步骤:
1.从GaussView打开目标体系的。
chk文件,如下图
图1
2逐步点选Results; surface,出现如下图对话框
图2
3。
其中Cube Actions…一项,选择New Cub,跳出下图对话框,kind一栏选择Total Density,然后点击OK
图3
4。
此时返回图2,稍等待空白栏中出现计算结果.Surface Actions…一项选择New Mapped Surface,跳出下图对话框,点击OK
图4
5.稍等,便出现下图漂亮彩色静电势图
图5
怎么样,简简单单就作出了漂亮的静电势图^—^
可能你作出来的和我的不一样,这是因为透明度不同,显示的效果不一样。
编辑显示效果,依次请点击File, Preferences,如下图示:点击Surface选项卡,Transparent就是用来调节透明度的。
图6
编辑制作:赵继阳,参考GaussView《help》。
GaussView教程【1】——界面介绍Gview就是一个专门设计于高斯配套使用得软件,其主要用途有两个:构建高斯得输入文件;以图得形式显示高斯计算得结果。
除了可以自己构建输入文件外,Gview 还可读入Chem3D,HyperChem与晶体数据等诸多格式得文件。
从而使其可以于诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围。
开启GaussView会瞧到一大一小两个窗口,后面灰色背景得窗口为选择窗口,在里面选择要输入得分子或基团;前面紫色得窗口为绘图窗口,使用鼠标绘制想要绘制得图形。
菜单栏▪【File】主要功能就是建立,打开,保存与打印当前得文件▪【Edit】完成对分子得剪贴、拷贝、删除、抓图等▪【View】与显示分子相关得都在这个菜单下,如显示氢原子、键、元素符号、坐标等▪【Calculate】直接向Gaussian提交计算▪【Results】接收并显示Gaussian计算后得结果▪【Windows】控制窗体,如关闭、恢复等▪【Help】帮助快速工具栏【左面第一个】选择元素与价键,单击打开会瞧到一个元素周期表,通过它可以选择需要绘制得元素以及价态。
【左面第二个】环工具,作用与上一个差不多,只就是这里提供得都就是环状化合物残基;【左面第三个】提供常用得R基团模板,其中包括乙基、丙基、异丙基、异丁基等【左面第四个】氨基酸残基,使用它可以迅速绘制氨基酸【左面第五个】用户自定义基团,您可以将常用得基团存放到此处这条快速编辑栏中从左到右依次就是【键调整】|【键角调整】|【二面角调整】|【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原子】|【单个选择】|【框选】|【去除选择】|【全选】这里面得所有选项都可以通过在绘图窗口点击右键得到。
3、常用工具栏这两条条工具栏就是最常用得,几乎所有软件都有得新建打开等工具GaussView教程【2】——构建分子这里以构建一个间氟苯乙烷分子并从GaussView里递交计算为例来说明。
第三章:GaussView使用:(3.1)用高斯进行几何优化后,在GaussView中发现断了根键(或者成键方式变化了),这是什么原因啊?(3.2)想固定某部分原子(键长、键角、二面角、相对位置、相对方向。
)怎么做?(3.3)GaussView怎么打不开输出文件?后续问题:我明明放在桌面上了啊,怎么会有中文路径呢?后续问题:不好意思,楼上说的我还是不太明白。
请问什么是路径啊?把对话框中的Library 改成你的GV 的安装位置比如,我的安装位置D:\ProgramFiles\gview4,那我就把CostomFragment中的Library改成“D:\ProgramFiles\gview4”(3.4)原子可以改变编号吗?怎么改?Quote:原子当然可以改变编号了,这在寻找过渡态的时候有大用处。
在GV 工具栏上有个A的按钮,【图10】打开它可以改变原子编号,还可以插入虚原子,改变原子坐标等等。
注意改变原子编号的时候要按顺序,比如从小到大,不要乱改。
论坛附件上传下载教程阅尽铅华,不再吱声回复引用报告道具 TOPyjcmwgk版主帖子179 精华3 积分57 威望5楼发表于 2010-2-18 11:17 | 只看该作者踩窝窝送礼物问候Ta第四章:其它问题(4.1)要查某个杂志属于哪个数据库,怎么查呢?后续问题:不能下载啊,听说是权限问题,怎么解决呢?Quote:对于大部分的大学和科研单位,由于资本有限,不可能购买很多数据库。
只能利用别人帮忙下载一些期刊文献,但总18 点金币331 枚贡献0 点讨论指数21 点麻烦朋友总不太好。
熟话说,求人不如求己。
下面我把我怎么获得免费文献的经验告诉大家,希望有所帮助。
首先我们要知道我们要查的期刊文献属于哪个数据库。
至于哪些文献属于哪个数据库,例如化学期刊所属数据库列表:/blog/user _content.aspx?id=10282接下来我们就要知道各数据库的地址,我在这里列一些比较大的数据库:SD: WILEY:http://www3.interscience.wil /browse/?type=JOURNAL ACS:/about.html RSC:/Publishing/Journals/ SPRINGERLINK:http://www.springerli/journals/ THIEME:http://www.thieme.de/connec t/en/product-type/journals.html等等......知道这些数据库,我们就可以搜索到具体文献的下载地址,当然绝大部分文献下载要权限.你采用下面方式快速的获取你所需要的文献。
Gaussview软件使用手册GaussView就是一个被设计来帮助准备输入进入高斯软件的文档以及以图形的形式来检验高斯软件完成并输出的结果的图形化的用户界面。
GaussView就是不在高斯软件的计算模块中,而就是以前端/后端的模式来协助高斯软件的运行。
GaussView为高斯用户提供了三种主要的便利。
首先,通过它先进的可视化工具,GaussView使得用户可以很快的做出大分子的结构图甚至就是很大的分子,然后旋转,在这些分子的基础上经过简单的搜寻操作来编译与放大。
它同样可以载入例如PDB类型的标准的分子结构文档。
第二,GaussView使得建立多种形式的高斯计算变得容易。
它使得准备为普通工作模式以及如ONIOM,QST2/OST3转变结构优化方法,CASSCF计算方法,周期边缘状态计算方法(PBC)以及其她的许多前沿方法的复杂的载入更加简单。
如果高斯软件被安装在了同一台电脑上的话,用户同样可以使用GaussView来进行工作。
最后,GaussView使得用户可以通过多种的图形技巧来检验高斯计算的结果。
高斯的计算结果中可以用图形来表示的有下列几种:1.经过优化的分子结构;2.分子轨道3.任何估算密度的电子密度表面;4.静电潜在表面;5.原子价;6.与振动频率相符的一般模型;7.IR,Raman,NMR,VCD以及其她的频谱;8.结构优化,IRC反应途径的后续,能级表面的扫描以及ADMP与BOMD轨道的模拟;9.整体能量的小部分以及其她来自于相同工作类型的数据;这本书为所有的GaussView结构提供了一个参考。
该软件的每一个程序的结构都被详细记录。
将项目按照一般目的分类。
在每一个分类中,项目就是按照逻辑结构来排列的,开始于最简单的项目,然后就是引用最广泛的项目,最后就是更加复杂与不经常使用的项目。
为了找出用户感兴趣的特殊信息,可以通过索引来打开有关主题或者就是特殊的对话框。
颜色收集以及对话在索引中的主题菜单下(下面直接中英语)显示了出来。