向GenBank提交序列
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GenBankDNA序列库编辑:刘慧萍陈梅红GenBank简介GenBank检索与查询方式向GenBank递交数据GenBank 概况(/Web/Genbank/index.html)•GenBank 是什么?GenBank 是NIH 的基因序列数据库,是所有公开的DNA序列的集合(NucleicAcids Research 1998 Jan 1;26(1):1-7). 截至1998年12月,GenBank大约收集了2,162,000,000 个碱基、3,044,000 个序列。
作为示例,你可以察看一下neurofibromatosis gene的纪录。
也可以阅读关于当前版本的Genbank的完整的release notes(发布说明)。
每两个月会发布一个新的版本(release)。
GenBank 也是国际核酸序列数据库协作(International Nucleotide Sequence DatabaseCollaboration)的一部分,国际核酸序列数据库协作由以下几个部分组成:日本DNA 数据库(DNA DataBank of Japan (DDBJ)),欧洲分子生物学实验室(the European Molecular Biology Laboratory (EMBL))和NCBI的GenBank ,这三个组织每天都交换数据。
•向GenBank提交数据许多杂志要求在文章发表之前提供相应序列的基因数据库的提交信息(submission of sequence information),因为这样的话,一个序列访问号码(accession number)就可以出现在文章中。
NCBI有一个WWW形式的表格叫做BankIt,它提供了一种快速而简便的序列提交方法。
另一种方法是使用Sequin,NCBI开发的新的可以独立运行于MAC, PC, and UNIX平台的序列递交软件,可以从FTP获得它,使用Sequin 时,用于直接提交的输出文件可以通过E-mail 发送到NCBI,也可以将数据文件拷贝到软盘上邮寄给NCBI。
GenBankDNA序列库编辑:刘慧萍陈梅红GenBank简介GenBank检索与查询方式向GenBank递交数据GenBank 简况<)•GenBank 是什么?GenBank 是 NIH 的基因序列数据库,是所有公开的DNA序列的集合 (Nucleic Acids Research 1998 Jan 1。
26(1>:1-7>. 截至1998年12月,GenBank大约收集了2,162,000,000 个碱基、3,044,000 个序列。
作为示例,你可以察看一下neurofibromatosis gene的纪录。
也可以阅读关于当前版本的Genbank的完整的release notes <发布说明)。
每两个月会发布一个新的版本< release)。
GenBank 也是国际核酸序列数据库协作<International Nucleotide Sequence DatabaseCollaboration)的一部分,国际核酸序列数据库协作由以下几个部分组成:日本DNA数据库<DNA DataBank of Japan (DDBJ>),欧洲分子生物学实验室< theEuropean Molecular Biology Laboratory (EMBL>)和 NCBI的GenBank ,这三个组织每天都交换数据。
•向GenBank提交数据许多杂志要求在文章发表之前提供相应序列的基因数据库的提交信息<submissionof sequence information),因为这样的话,一个序列访问号码 <accession number)就可以出现在文章中。
NCBI有一个WWW形式的表格叫做 BankIt,它提供了一种快速而简便的序列提交方法。
另一种方法是使用 Sequin,NCBI开发的新的可以独立运行于MAC, PC, and UNIX平台的序列递交软件,可以从FTP获得它,使用Sequin时,用于直接提交的输出文件可以通过 E-mail 发送到NCBI,也可以将数据文件拷贝到软盘上邮寄给NCBI。
打开NCBI主页: /
点击左侧GenBank (Sequence submission support and software)
选择左侧的submit to GenBank
一般来说,有多种提交方法,Bankit是在线提交的,比较方便,如果不是比较长而且比较复杂的序列的话都可以用这种方法提交。
我们只讲该方法。
我们点击页面中蓝色的Bankit,
然后下拉页面到最底层
把你序列的长度填入这个方框里,然后按“New”按钮。
得到了这个界面,里面内容(contents)包括4点,你可以根据自己序列的情况适当进行选择填写,内容不明就先不要写,提交完后还是可以更新的。
这里提供的序列必须单一填写,每个序列有一个Bankit*******号码,这个要注意。
然后就可以根据下面的内容填写了,完毕后在最低下大框里填入序列,最后你可以save 你的这个格式,然后validate and continue。
如果出错就会有红色的提醒,需要重填,因为我没有序列所以就出现下面情况
不过我想这也说明这些信息是必填的,别的看来都不是很重要,您不妨按着这个思路去填,呵呵,祝您好运。
最后会给您发个邮件,等过几个月后如果没有问题就能得到您的登录号了,如果有问题他会
邮件和您联系,再见。