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图解blast验证引物教程——以文献报道的人类的ABCG2的引物为例1、进入网页：/BLAST/2、点击Basic BLAST中的nucleotide blast选项3、完成2操作后就进入了Basic Local Alignment Search Tool界面（1）在Enter Query Sequence栏中输入引物序列：注：文献报道ABCG2的引物为5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’;5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’简便的做法是同时输入上下游引物。
输入上下游引物系列都从5’—3’。
输入上游引物后，加上≥20个字母n，再输入下游引物，如下图：（2）在Choose Search Set栏中：Database根据预操作基因的种属定了，本引物可选Human genomic + transcript或Others (nr etc.)。
本人倾向于选后者，觉得此库信息更多。
如下图：（3）在Program Selection中：选择Somewhat similar sequences (blastn)项，如下图：（4）在此界面最下面：如下图Show results in a new window项是显示界面的形式，可选可不选，在此我们选上了。
关键要点击Algorithm parameters参数设置，进入参数设置界面。
4. 参数设置：（1）在General Parameters中：Expect thresshold期望阈值须改为1000，大于1000也可以；在Word size的下拉框将数字改为7。
如下图：（2）Scoring Parameters无须修改（3）Filters and Masking中，一般来说也没有必要改5．点击最下面一栏的BLAST按钮，如图：6.点击BLAST按钮后，跳转出现如下界面：7. 等待若干秒之后，自动跳转出现显示BLAST结果的网页。
该网页用三种形式来显示blast的结果。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool ）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast 中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLAST）是核酸序列到蛋白库中的一种查询。
先将核酸序列翻译成蛋白序列（条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLAST是蛋白序列到核酸库中的一种查询。
与BLAST）相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。
此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36 种比对阵列。
NCBI的在线BLAST下面是具体操作方法1,进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast 所有的核酸或蛋白序列。
不同的blast 程序上面已经有了介绍。
这里以常用的核酸库作为例子。
BLAST Assembled GenomesChoose 3 species genome to search, or list all qenoiriic BLAST databases.HumanMouseRatAnafeftfoosfe 册a 帰fffl Otyza sativa口Bg tavTUS D Danic思Mo 应Drosoo打ifa tnElanog^趙F□Basic BLAST以核昔醱库的曰则为例Choose a BLTXST gram torun./ --------- > nucleoliJe blast ■5;Search 3nucleotide database using a nucleotide query AfQorithms. bhstn, megablast, discontiguous megablasttintEm bl可st Search p「otein database using a 卩rateinqueryAfgoriihms' bhstp,卩si-blast,卩hi-blastblastK Search protein database using 玄 translated nucleotide querytbiastn Search transialed nucleotide database using a protein querySearch transiated nucleotide database using a 1ranslat«tl nucleotide query2,粘贴fasta格式的序列。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。
先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。
与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。
此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。
下面是具体操作方法1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。
不同的blast程序上面已经有了介绍。
这里以常用的核酸库作为例子。
2，粘贴fasta格式的序列。
选择一个要比对的数据库。
关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。
一般的话参数默认。
3，blast参数的设置。
注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。
筛选的标准。
最后会说明一下。
4，注意一下你输入的序列长度。
注意一下比对的数据库的说明。
5，blast结果的图形显示。
没啥好说的。
6，blast结果的描述区域。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。
BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。
先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。
与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。
此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。
下面是具体操作方法1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。
不同的blast程序上面已经有了介绍。
这里以常用的核酸库作为例子。
2，粘贴fasta格式的序列。
选择一个要比对的数据库。
关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。
一般的话参数默认。
3，blast参数的设置。
注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。
筛选的标准。
最后会说明一下。
4，注意一下你输入的序列长度。
注意一下比对的数据库的说明。
5，blast结果的图形显示。
没啥好说的。
6，blast结果的描述区域。
科研实验中的生物信息学工具使用教程生物信息学是将数学、统计学和计算机科学应用于生物学研究的交叉学科。
在现代科研中，生物信息学工具已经成为了生物学实验和研究的重要组成部分。
本文将介绍几种常用的生物信息学工具，并提供详细的使用教程。
1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是生物信息学领域中最常见的工具之一，用于在数据库中快速比较DNA或蛋白质序列的相似性。
以下是使用BLAST进行基本比对的步骤：（1）打开NCBI网站，并进入BLAST页面。
（2）选择“nucleotide”或“protein”，取决于你要比对的序列类型。
（3）复制粘贴或上传你要比对的序列。
（4）选择合适的数据库进行搜索，如“nr”（非冗余数据库）。
（5）点击“BLAST”按钮，等待搜索结果。
BLAST会为你提供一个比对报告，其中包含了与你的查询序列相似的序列列表。
2. EMBOSS（European Molecular Biology Open Software Suite）EMBOSS是一个开源的生物信息学软件包，提供了一系列用于序列分析和比对的工具。
以下是使用EMBOSS进行序列分析的步骤：（1）打开EMBOSS软件（可以下载并安装在你的计算机上）。
（2）选择合适的工具，如“water”（Smith-Waterman比对算法）。
（3）输入查询序列和数据库序列。
（4）设置相关参数，如匹配分数和距离惩罚。
（5）点击“Run”按钮，等待分析结果。
EMBOSS将为你提供一个比对报告，并给出一些统计数据，如匹配分数和最佳比对。
3. R/BioconductorR是一种统计软件和编程语言，Bioconductor是R语言的一个生物信息学扩展包，提供了丰富的生物信息学工具和分析方法。
以下是使用R/Bioconductor进行基因表达分析的步骤：（1）打开R软件并加载Bioconductor包。
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI在线BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种广泛使用的生物信息学工具，用于比对和分析DNA、RNA或蛋白质序列。
它可以对已知和未知序列进行，找到与查询序列相似的序列，并提供有关相似性和功能的信息。
使用NCBI在线BLAST可以分为四个主要步骤：选择BLAST程序，输入查询序列，选择目标数据库，解析和分析结果。
第一步：选择BLAST程序NCBI提供了多种BLAST程序可供选择，包括BLASTN（DNA对DNA的比对）、BLASTP（蛋白质对蛋白质的比对）、BLASTX（DNA对蛋白质的比对）等。
根据实际需求选择相应的BLAST程序。
第二步：输入查询序列在查询序列的文本框中输入待比对的序列。
可以输入单个序列，也可以上传包含多个序列的文件。
如果输入的序列是DNA或RNA序列，需要选择相应的序列类型。
此外，还可以选择是否使用掩码序列或低复杂性筛选来优化比对结果。
第三步：选择目标数据库用户可以选择目标数据库来与查询序列相似的序列。
NCBI提供了多个常用的数据库，如nr（非冗余蛋白质数据库）、nt（核酸数据库）等。
此外，还可以选择特定的物种数据库来限制比对范围。
第四步：解析和分析结果在BLAST运行完成后，会生成一个结果页面，其中包含了比对结果的详细信息。
结果页面包括比对统计信息、序列比对图、E值、分数等。
通过分析这些信息，可以了解查询序列与目标数据库中的序列之间的相似性和可能的功能。
此外，NCBI在线BLAST还提供了一些高级选项，例如使用特定的算法或参数来进行比对、设置比对阈值、选择比对输出格式等。
这些选项可以根据实际需求进行调整。
总结起来，使用NCBI在线BLAST可以通过选择BLAST程序、输入查询序列、选择目标数据库以及解析和分析结果来比对和分析序列。
通过权衡算法和参数选择，在特定数据库中找到与查询序列相似的序列，从而获得有关其相似性和功能的信息。
蛋白blast的操作方法
蛋白质BLAST是一种用于比对和识别已知蛋白质序列的工具。
下面是进行蛋白质BLAST的基本操作方法：
1. 打开NCBI（国家医学图书馆）的BLAST页面，网址为
2. 选择适合的蛋白质数据库。
在页面的“blastp”部分，可以选择不同的蛋白质数据库，如“nr”（NCBI非冗余蛋白质数据库），“pdb”（蛋白质数据银行）等。
3. 复制或输入要比对的蛋白质序列。
在页面的“Enter Query Sequence”部分，可以粘贴或输入要比对的蛋白质序列。
4. 设置其他参数。
可以根据需要设置其他参数，如过滤序列中的低复杂性区域，调整比对结果的显示方式等。
5. 点击“BLAST”按钮开始比对。
点击页面底部的“BLAST”按钮，系统将开始进行蛋白质比对。
6. 等待比对结果。
根据输入的蛋白质序列的长度和数据库的大小，比对过程可能需要一段时间。
可以在页面上监视比对进度。
7. 查看比对结果。
比对完成后，系统将显示比对结果。
可以查看比对的蛋白质序列，比对的统计信息和潜在的同源蛋白质。
8. 解释和分析比对结果。
根据比对结果，可以解释蛋白质的结构和功能，进一步分析和研究。
以上是蛋白质BLAST的基本操作方法，根据具体需求和研究目标，还可以进行更多的参数设置和高级分析。
