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癌症基因突变数据挖掘与生物信息学分析近年来，癌症的发病率持续上升，成为威胁人类健康的主要疾病之一。
癌症的发生往往与基因突变密切相关。
因此，对于癌症基因突变数据的挖掘与生物信息学分析变得尤为重要。
本文将详细探讨如何利用生物信息学的方法分析癌症基因突变数据，为癌症的早期预测和治疗提供理论依据。
首先，为了进行癌症基因突变数据的挖掘，我们需要获取相应的数据集。
目前，公开的癌症基因突变数据库包括COSMIC、TCGA等，这些数据库收集了大量患者样本的基因突变信息。
通过下载已公开的数据集，我们可以进行后续的生物信息学分析。
在数据集准备完毕后，我们可以开始对癌症基因突变数据进行挖掘和分析。
生物信息学分析的第一步是对数据进行预处理。
预处理的目的是去除噪声数据，保留有效的突变信息。
常见的预处理方法包括数据清洗和特征选择。
数据清洗主要涉及到对数据中的缺失值、异常值等进行处理。
对于缺失值，可以选择删除或者填充。
删除缺失值的方法包括删除含有缺失值的行或列，填充缺失值的方法包括平均值、中值或者最近邻值等。
异常值的处理可以采用平滑法或者替换法。
特征选择是生物信息学分析中的关键步骤，其目的是从大量的基因特征中筛选出与癌症发生相关的特征。
特征选择方法包括过滤式方法、包裹式方法和嵌入式方法。
常用的过滤式方法包括方差过滤和相关系数过滤，包裹式方法包括递归特征消除和遗传算法，嵌入式方法包括LASSO和岭回归等。
通过特征选择，我们可以减少数据集的维度，提高分析的效率。
在数据预处理完成后，我们可以进行癌症基因突变数据的挖掘和分析。
常见的分析方法包括聚类分析、关联规则挖掘、决策树和支持向量机等。
聚类分析可以将癌症样本划分为不同的簇，从而识别出不同亚型的癌症。
关联规则挖掘可以找出基因之间的关联性，从而发现潜在的癌症相关基因。
决策树和支持向量机可以建立预测模型，帮助诊断和预测癌症。
这些方法的选择根据数据的特点和问题的要求进行。
除了基本的挖掘和分析方法，还可以引入更复杂的模型和算法进行癌症基因突变数据的分析。
⽣信分析43.肝癌的免疫浸润，创新点挺多⽣信论⽂的套路1. ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；2. 临床标本从蛋⽩⽔平确认（或HPA数据库），很重要；3. Kaplan-Meier Plotter从临床意义的⾓度阐明其重要性；4. cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制⼀）；5. STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制⼆）；6. TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。
该论⽂所使⽤到的⽣信技能也就是oncomine，UALCAN，HCCDB，cBioPortal和km plotter，还⽤LinkedOmics做富集分析、Networkanalyst做互作分析，GEPIA做相关性分析。
题⽬显得单薄，但是有些创新点值得学习。
如何把富集分析、互作分析等于免疫浸润分析结合起来，还需要更多的探索。
根据最新影响因⼦的数据，Aging-US的影响因⼦已经跌破5分，⾃引率约为10.4%，稳升中有降低。
但实在话，国⼈占⽐似乎越来越⾼，说明期刊对国⼈还算友好。
在投稿的时候，可以作为选择。
摘要写作部分，⾔简意赅，清晰明了。
数据库的介绍，基本都是简单句（标黄）。
结果是简单句和复合句的结合，最起码阅读起来，轻松明确。
个⼈推荐认真学习和借鉴该论⽂摘要部分的写作。
⾸先是转录⽔平的差异分析，作者使⽤肝癌专⽤肿瘤数据库HCCDB做差异分析，然后结合oncomine数据库做验证。
HCCDB数据库是肝癌领域研究⼈员的福利哦，我们前⾯简单提到过。
UALCAN分析基因差异表达与性别，年龄和种族以及肿瘤分期的关系，属于临床意义的探究。
个⼈认为，数据呈现时，必须主线是明确的，⽐如乳腺癌是以⼥性为主，肺癌以男性为主，在探究某基因在肿瘤中的差异表达时，可以分析性别与其相关性。
但是肝癌的话，个⼈并不推荐做性别、年龄的相关性分析。
⾄于种族倒是可以作，因为中国属于肝癌中⾼区，具有“中国特⾊”，与国外酒精性“肝癌”不同，我们以病毒性“肝癌”为主，虽然有向酒精性“肝癌”转变的趋势。
DOI:10.16605/ki.1007-7847.2021.11.0219基于生物信息学方法筛选和验证肝癌预后标志物米宁宁1,白明圳1,高龙1,马海东1,付文康1,林延延1,2,孟文勃1,2*(1.兰州大学第一临床医学院,中国甘肃兰州730099;2.兰州大学第一医院普外科,中国甘肃兰州730099)摘要:运用生物信息学方法探究肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)发生发展的核心基因及预后标志物。
下载GEO (Gene Expression Omnibus)数据库中的GSE112790芯片数据及癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中的肝癌数据,分析得到151个差异表达基因(differentially expressed gene,DEG)并筛选出10个核心基因。
生存分析表明,BUB 1B 、CDC 20、ASPM 和DLGAP 5基因高表达显著影响患者预后。
Oncomine 数据库分析结果证实,BUB 1B 、CDC 20和DLGAP 5的表达水平与肿瘤分级和血管浸润明显相关。
HPA 数据库及肝癌组织芯片的免疫组织化学实验结果均显示,相对于正常肝组织,肝癌组织中CDC20和DLGAP5蛋白高表达。
Cox 分析结果提示,CDC 20和DLGAP 5可作为肝癌患者预后的独立危险因素。
此外,CDC 20甲基化水平是影响其表达水平的重要因素,并且和多种免疫细胞的表达相关。
上述研究结果表明,CDC 20可作为肝癌患者预后评估的潜在生物标志物或治疗靶点。
关键词:肝细胞癌(HCC);核心基因;预后;生物信息学;免疫细胞中图分类号:Q811.4,R735.7文献标识码:A文章编号:1007-7847(2022)06-0538-11收稿日期:2021-11-03;修回日期:2022-01-05;网络首发日期:2022-11-09基金项目:国家自然科学基金资助项目(82060551,32160255);甘肃省自然科学基金项目(20JR10RA676,0JR10RA674);兰州市城关区项目(2019JSCX0092,2019RCCX0038,2019SHFZ0033)作者简介:米宁宁(1995—),男,甘肃天水人,博士研究生;*通信作者:孟文勃(1978—),男,河北景州人,博士,主任医师,教授,硕/博士研究生导师,主要从事肝胆胰外科、消化道肿瘤、内镜外科研究,Tel:************,E-mail:**************.cn 。
肿瘤细胞致癌基因的筛选及其功能分析肿瘤是人类面临的重大健康问题之一。
而致癌基因的突变与肿瘤的发生密切相关。
为了更好地了解肿瘤的形成机制以及开发有效的治疗方法，对致癌基因的筛选和功能分析变得尤为关键。
首先，致癌基因是什么？致癌基因普遍存在于人类细胞中，它们是维持正常细胞生长和分裂所必需的。
这些基因在正常情况下发挥着重要作用，但当它们发生突变或失去调控时，就会导致细胞的异常增殖和致癌。
目前已经确定了许多致癌基因，如RAS和p53等。
其次，如何筛选致癌基因？为了筛选出致癌基因，通常采用基因组学、转基因模型和细胞系等方法。
其中最常用的方法是测序技术，通过对患有某种癌症的病人的癌细胞和正常细胞进行基因测序，可以发现致癌基因的突变位置和类型。
此外，利用转基因技术将已知致癌基因的异常表达载入小鼠等模型生物中，可以观察到小鼠出现癌症的情况，而分析这些肿瘤组织的基因序列就可以筛选出致癌基因。
最后，致癌基因的功能分析是什么？通过筛选出致癌基因，需要进一步了解它们的功能和对细胞生长和分裂的调控方式。
这项工作依赖于细胞系和转基因模型的构建，包括肿瘤组织、细胞和动物模型的建立。
这些分析方法包括：1. 基因敲除和过度表达：可以通过操纵致癌基因的表达水平来观察对细胞生长和分裂的影响。
2. 基因互作分析：通过物质互作数据库等方法，了解致癌基因与其他调节基因的相互关系，以及与信号通路的互作情况。
3. 进一步性质分析：如对生物化学特性、功能、结构等方面进行深入研究。
致癌基因的筛选和功能分析是了解癌症机制、开发治疗方法的关键一步。
近年来，随着技术手段和分析方法的不断更新和拓展，我们对致癌基因作用的了解也变得更加深入和全面。
可以预想，这些研究成果将推动癌症研究领域的不断发展和进步。
标题：DepMap Portal在癌症研究中的应用方法一、概述DepMap（DepMap Cancer Dependency Map）Portal是一个用于癌症依赖性地图研究的开放式上线评台，旨在帮助科研人员深入了解癌症细胞的遗传变异和依赖性。
DepMap Portal的使用方法是科研工作者在进行癌症相关研究时的重要工具之一。
二、注册与登入1. 访问DepMap Portal冠方全球信息站，点击“Register”按钮进行注册。
填写个人信息并验证电流信箱后，即可注册成功。
2. 在登入页面输入注册时的电流信箱和密码，点击“Login”按钮进行登入。
三、主要功能DepMap Portal包含丰富的数据资源和工具，主要功能有：1. 数据查询：用户可以通过基因名称、细胞系名称、药物名称等关键词进行快速检索，并查看相关信息。
2. 数据可视化：评台提供了多种数据图表及可交互式工具，用户可以直观地查看数据分析结果，并进行自定义设置。
3. 数据下载：用户可以下载所需的数据文件，用于后续的实验设计和数据分析。
4. 数据分析工具：评台还提供了一些数据分析工具，如基因敲除分析、突变分析等，帮助用户深入理解数据。
四、数据查询与分析1. 基因查询：用户可以通过输入基因名称，比如“TP53”来查找与该基因相关的信息，如基因变异、基因表达水平等。
2. 细胞系查询：用户可以查询与特定疾病相关的肿瘤细胞系，了解其对不同药物的敏感性，从而为临床治疗提供参考。
3. 药物查询：用户可以查找特定药物在不同癌症细胞中的疗效，辅助药物筛选和临床应用。
五、数据的解读与应用DepMap Portal提供了丰富的数据资源，但如何解读数据并合理应用是至关重要的。
1. 数据解读：用户在查看数据时，应结合已有的文献和实验数据进行综合分析，排除干扰因素，准确理解数据所反映的现象。
2. 数据应用：用户在进行数据解读的基础上，可以根据数据结果设计实验方案、筛选治疗药物或制定个性化治疗方案等。
生物信息学方法分析癌症基因标记生物信息学已经成为生物医学研究领域中不可或缺的一部分。
通过生物信息学方法可以对大量的生物数据进行挖掘和分析，为人类健康和疾病研究带来了很大的帮助。
癌症作为一种重要的疾病，也不例外地受到了生物信息学方法的研究。
本文将介绍一些利用生物信息学方法分析癌症基因标记的研究进展。
定位基因突变癌症是一种遗传疾病，其中许多突变导致了癌症的发生和进展。
通过生物信息学方法，可以找到癌症相关的基因，并识别这些基因中的突变。
其中一种广泛应用的方法是全外显子测序。
全外显子测序可以检测所有编码区域的突变，因此可以识别许多与癌症相关的基因。
神经母细胞瘤是一种儿童神经肿瘤，全外显子测序分析证实了ALK基因在神经母细胞瘤中是一个重要的靶标。
有些人存在ALK基因的遗传突变，这种突变会导致ALK基因表达异常，并促进神经母细胞瘤的发生。
上述的例子显示了全外显子测序和其他生物信息学方法可以识别癌症基因标记。
寻找基因调控因子癌症发生的原因不仅仅是基因突变。
许多其他因素也影响了基因的表达，从而促进了癌症的进展。
因此，生物信息学方法也用于寻找基因调控因子。
RNA测序是一种广泛应用的方法，可以检测细胞中所有基因的表达量。
通过将癌细胞RNA 测序数据与正常细胞数据进行比较，可以找到在癌细胞中表达偏高或偏低的基因。
然后，使用转录因子结合位点预测方法可以预测这些基因的调控因子。
转录因子结合位点预测方法可以预测基因的上游区域中的转录因子结合位点。
然后可以检查这些位点是否出现在已知的转录因子调控区域中，并预测这些转录因子是否调控了特定的基因。
这种方法可以预测许多转录因子与癌症相关的基因调控。
例如，前列腺癌的RNA测序数据显示FN1基因在前列腺癌中高表达。
通过分析FN1基因上游的转录因子结合位点，预测了一个与前列腺癌相关的转录因子，并进一步验证了这个预测。
基因表达分析癌症的发生和进展通常涉及多种基因的变化，并可能导致基因网络中不同模块的表达异常。
ucsc cancer genomics browser名词解释
UCSC Cancer Genomics Browser是加州大学圣塔克鲁兹分校（University of California Santa Cruz）开发的一个在线工具，
用于研究人类癌症基因组学数据。
它是一个基于网页的浏览器，帮助研究人员可视化、分析和解释肿瘤基因组数据。
该浏览器整合了各种公开可用的癌症基因组数据集，包括基因表达、突变、拷贝数变异和表观遗传学数据等。
用户可以使用浏览器进行数据的查询和比对，观察肿瘤基因组的组织特征以及某些基因或区域的异常情况。
UCSC Cancer Genomics Browser提供了丰富的功能，例如基因
筛选、可视化、比较分析、可视化表达式图、染色质互动、DNA修饰、功能变异注释、导航栏等。
通过这些工具和功能，研究人员可以更深入地研究癌症基因组学，并找到与特定癌症相关的关键基因或基因组区域，从而促进癌症的研究和治疗。
肺部肿瘤的诊疗实践与答案2024年华医网继续教育目录一、肺癌的筛查与管理 (1)二、 2022EO肺癌靶向治疗研究新进展 (3)三、 PD-L1制剂在小细胞肺癌治疗中的应用 (5)四、免疫治疗中irAE的管理 (7)五、 2021小细胞肺癌诊疗指南解读 (9)六、非小细胞肺癌的术后治疗 (10)七、 I-IIIB期非小细胞肺癌完全切除术后辅助治疗指南解读 (12)八、免疫检查点抑制剂治疗相关副反应及处理策略 (17)九、关于亚肺叶切除的思考 (18)十、肺癌脑转移诊治专家共识解读 (20)十一、 EGFR突变阳性晚期NSCLC的一线治疗 (22)十二、 EGFR突变阳性晚期NSCLC全程管理 (24)十三、肿瘤患者营养治疗的知信行 (25)十四、以临床价值为导向的抗肿瘤药物临床合理使用管理实践 (27)十五、肺小结节的精准定位 (29)十六、肺段（亚段）切除的经验分享 (31)十七、肺癌的精准诊疗与分子诊断策略 (33)十八、 GGO诊疗的现状与挑战 (35)一、肺癌的筛查与管理1.肺癌的禁忌食物不包括（）A.脂肪食物B.辛辣食物C.腌制食物D.高蛋白食物E.饮酒和咖啡参考答案：D2.（）是目前肺癌诊断、分期、疗效评价及治疗后随诊中最重要和最常用的影像检查方法A.胸部X线片B.PET-CTC.MRID.胸部CTE.超声检查参考答案：D3.下述哪项不是肺癌放疗的副作用（）A.放射性肺纤维化B.脱发C.支气管胸膜瘘D.骨髓抑制E.局部皮肤反应参考答案：C4.2015年中国恶性肿瘤流行病学研究显示，（）位居全国恶性肿瘤发病首位A.肺癌B.胃癌C.肝癌D.食道癌E.结直肠癌参考答案：A5.肺癌的临床表现不包括（）A.咳嗽B.胸痛C.咳血D.呼吸困难E.发热参考答案：B二、2022EO肺癌靶向治疗研究新进展1.奥希替尼用于EGFR突变、未接受过RT、初治CNS转移患者BMRR达（）A.59.8%B.77%C.74%D.27%E.76.9%参考答案：E2.下列不属于靶向治疗的是（）A.早期+局晚B.晚期一线治疗C.早期三线治疗D.晚期二线E.后线治疗参考答案：C3.特泊替尼联合奥希替尼的ORR为（）A.54.5%B.27%C.59.8%D.77%E.74%参考答案：A4.下列描述错误的是（）A.FLOURISH 是目前在中国EGFR敏感突变NSCLC患者中开展的规模的前瞻性真实世界研究B.奥希替尼即使是在脑转移以及合并症等疾病负担较重的患者人群中C.奥希替尼未表现出与FLAURA 临床试验类似的临床疗效与安全性D.目前研究仍在随访中，后续更？中国患者？群的数据分析值得持续关注E.奥希替尼表现出与FLAURA 临床试验类似的临床疗效与安全性参考答案：C5.希替尼暴露总持续时间的中位数为（）A.35.5个月B.25.8个月C.15.8个月D.35.8个月E.45.8个月参考答案：D三、PD-L1制剂在小细胞肺癌治疗中的应用1.与小细胞肺癌相关的是（）A.PSAB.CA19-9C.NSED.CYFRA21-1E.CA15-3参考答案：C2.PD-L1抑制剂联合化疗是ES-SCLC目前有且的一线免疫治疗方案（）A.正确B.错误参考答案：A3.对放疗最敏感的肺癌是（）A.鳞癌B.小细胞癌C.腺癌D.大细胞癌E.细支气管肺泡癌参考答案：B4.关于小细胞肺癌，叙述错误的是（）A.易复发和转移B.单一治疗效果好C.肿瘤倍增时间短D.对放射治疗和化学治疗敏感E.早期易出现转移参考答案：B5.截止目前小细胞肺癌相关的临床试验数据来看，PD-L1抑制剂用于SCLC具有更大的治疗获益，相较PD-1抑制剂更具优势（）A.正确B.错误参考答案：A四、免疫治疗中irAE的管理1.斑疹/丘疹区域>（）全身BSA，应暂停ICIs治疗，使用的糖皮质激素外用A.10%B.15%C.20%D.25%E.30%参考答案：E2.在ICIs治疗期间，每（）周复查ECG、心肌酶谱等A.1-2B.2-4C.4-6D.6-8E.8-10参考答案：B3.除（）外，ICIs相关肝脏毒性与自身免疫性肝炎均不同A.女性显著性B.抗平滑肌抗体C.肝小叶炎症D.浆细胞增多E.CD20+ 和CD 4+参考答案：C4.PD-1/PD-L1抑制剂单药治疗时，irAEs不可逆的是（）A.皮肤皮疹或瘙痒B.结肠炎C.肝脏毒性D.内分泌病变E.肺炎参考答案：D5.irAEs的常见毒性不包括（）A.皮肤B.胃肠C.心血管D.内分泌器官E.肝脏参考答案：C五、2021小细胞肺癌诊疗指南解读1.对于不具有神经内分泌形态学特征的肿瘤，不推荐进行神经内分泌标记物染色（）A.正确B.错误参考答案：A2.属于Ⅱ级推荐的免疫治疗前基线检查是（）A.静息或活动时血氧饱和度常规胸部影像学检查B.24小时动态ECG检查C.特定肿瘤类型的基因突变状态D.心肌酶E.尿常规参考答案：C3.肿瘤细胞被免疫细胞识别的关键是（）A.肿瘤表达黏附分子B.C.D.B.肿瘤分泌细胞因子C.肿瘤表达MHCI分子D.肿瘤表达MHCII分子参考答案：C4.（）CSCO小细胞肺癌诊疗指南首次编写并出版A.2010年B.2012年C.2014年D.2016年E.2018年参考答案：D5.根据免疫相关毒性分级管理总体原则，G1的处理措施是（）A.无需住院，局部使用糖皮质激素B.住院治疗，停止ICIs治疗C.无需住院，不推荐糖皮质激素治疗，可继续ICIs治疗D.无需住院，不推荐糖皮质激素治疗，但停止ICIs治疗E.住院治疗，静脉使用甲基泼尼松龙参考答案：C六、非小细胞肺癌的术后治疗1.完全切除后的NSCLC患者5年生存率差异大，ⅠB-ⅢA期患者的生存率在（），有待进一步提高A.90%B.36%-53%之间C.36%-68%之间D.77%-92%之间E.33%参考答案：C2.推荐对高危人群进行肺癌筛查的检查是（）A.低剂量螺旋CTB.胸片C.超声D.磁共振E.生化指标检查参考答案：A3.下述器官中最容易发生小细胞肺癌转移的是（）A.脑B.骨骼C.肝脏D.胰腺E.肾上腺参考答案：C以下关于肺癌患者肿瘤的随访内容，不正确的是（）A.NSCLC患者肿瘤完全切除术后有必要进行密切随访B.建议对于NSCLC患者肿瘤完全切除术后，推荐的随访频次为术后前5年每6个月随访1次，术后5年以上每年随访1次，并根据术后恢复情况，酌情决定首次随访时间C.对于出现新发症状或症状加重的患者推荐立即随访D.PET-CT有明显优势，推荐随访以PET-CT为主E.随访期间应鼓励患者戒烟参考答案：D4.下列哪种肿瘤的发病率（）A.肝癌B.胃癌C.乳腺癌D.肺癌参考答案：D七、I-IIIB期非小细胞肺癌完全切除术后辅助治疗指南解读1.以下关于根治性切除术的描述，不正确的是（）A.需符合肿瘤完全切除的标准B.尽管NSCLC患者接受了肿瘤完全切除术，所有术后患者仍都存在肿瘤复发转移的危险C.危险度随分期的增加而减少D.支气管、动脉、静脉、支气管周围组织和肿瘤附近的组织切缘均阴性E.系统性淋巴结清扫及采样后结外组织无侵犯参考答案：C2.亚裔人群肺腺癌EGFR基因突变阳性率约为50%，一半推荐仲检查范围涵盖不包括（）A.17B.18C.19D.20E.21参考答案：A3.以下关于肺癌患者肿瘤的随访内容，不正确的是（）A.NSCLC患者肿瘤完全切除术后有必要进行密切随访B.建议对于NSCLC患者肿瘤完全切除术后，推荐的随访频次为术后前5年每6个月随访1次，术后5年以上每年随访1次，并根据术后恢复情况，酌情决定首次随访时间C.对于出现新发症状或症状加重的患者推荐立即随访D.PET-CT有明显优势，推荐随访以PET-CT为主E.随访期间应鼓励患者戒烟参考答案：D4.以下描述不正确的是（）A.NSCLC需进一步明确亚型B.术后标本应出现非小细胞肺癌-非特指型（NSCLC-NOS）的诊断C.对于原位腺癌、微浸润性腺癌、贴壁为主型腺癌、腺鳞癌、肉瘤样癌、大细胞癌，以及神经内分泌癌中的典型类癌、不典型类癌等类型，需要充分观察术后病理形态改变方可诊断D.肿瘤中含有多种病理类型（包括腺鳞癌、复合型小细胞癌、复合型大细胞神经内分泌癌等）还应评估病理类型所占比例E.对于腺癌术后病理标本应给出腺癌亚型及比例（以5%含量递增比例），微乳头型腺癌及实体型腺癌未达5%也应列出参考答案：B5.以下关于辅助化疗的治疗时机及推荐疗程的描述，不正确的是（）A.待患者术后体能状况基本恢复正常，可开始辅助化疗B.辅助化疗一般在术后4-6周开始C.辅助化疗建议最晚不超过手术后2个月D.术后辅助化疗常规推荐4周期E.更多化疗周期不会增加患者获益，反而可能增加不良反应1.EGFRm+ NSCLC辅助/新辅助治疗进展2.奥希替尼用于新辅助治疗研究的描述中错误的是（）A.NEOS中期分析表明，新辅助奥希替尼可以作为可切除的 II-IIIB 期 EGFR突变肺腺癌有效且可行的治疗策略B.真实世界多中心回顾性研究表明，在可切除的 IA-IIIB期 EGFR突变NSCLC患者中使用奥希替尼进行新辅助治疗具有良好的耐受性，并且可以带来良好的病理响应C.真实世界多中心回顾性研究表明，奥希替尼新辅助治疗具有良好的耐受性，不会导致手术意外延迟D.真实世界多中心回顾性研究表明，奥希替尼新辅助治疗具有良好的耐受性，但会增加手术并发症E.新辅助奥希替尼对比/二代EGFR-TKI为EGFRm NSCLC带来更高的ORR及R0切除率数值，可能带来更好的疗效参考答案：D3.ADAURA研究中，奥希替尼降低（）疾病复发风险A.80%B.70%C.60%D.50%E.40%4.（）研究改写中国肺癌指南，将晚期靶向治疗引入手术患者治疗中A.BR19B.RADIANTC.MSKCCD.SELECTE.ADJUVANT/EVAN参考答案：E5.下面对基于液体活检的无细胞DNA（cfDNA）分析描述错误的是（）A.为疾病诊断的临床实践提供了一种非侵入性方法B.cfDNA片段组学特征已用于肺癌的检测C.目前对肺癌的检测灵敏度已非常高D.Ⅰ期肺癌的检测灵敏度可能低于40%E.用于肺癌的早期诊断可以提高生存率并使患者受益参考答案：C6.FDA及参与Orbis计划的多国监管机构（HC、C和HAS）一致认为奥希替尼辅助治疗可以为（）EGFRmNSCLC带来显著的临床获益A.IA-IIB期B.IB-IIIA期C.IIA-IVA期D.IIB-IIIB期E.IIB-IIIC期参考答案：B八、免疫检查点抑制剂治疗相关副反应及处理策略1.当皮疹覆盖<10%体表面积（BSA）时，应采取的措施是（）A.局部激素类软膏（弱效），隔日一次；如有瘙痒，口服抗组胺类药物B.皮肤科会诊或皮肤活检C.局部激素类软膏（中效）或激素类软膏（），每日两次D.暂停免疫治疗E.静滴甲基强的松龙1-2 mg/kg参考答案：A2.是否完成学习（）A.是B.否参考答案：A3.免疫相关不良反应发生的器官中，比较罕见的是（）A.皮肤B.胃肠道C.肺D.心血管E.肝脏参考答案：D4.治疗中发生不良事件，需要考虑的可能性是（）A.疾病进展B.偶然事件C.irAEsD.以上都是参考答案：D5.一项关于Pembrolizumab的研究显示，最早出现的毒性反应是（）A.皮肤反应B.甲状腺功能减退C.肝脏毒性D.肺炎E.肠炎参考答案：C九、关于亚肺叶切除的思考1.楔形切除时，肿瘤细胞可能会有残留，因此楔形切除只适用于非侵袭性肺癌（）A.对B.错参考答案：A以下说法有误的是（）A.对于仅行楔形切除者，R0切除且评估淋巴结数＞5个者OS优势明显B.STAS-患者局部复发率更高，总体生存更差C.肿瘤细胞可以沿着血管、淋巴管、支气管或相邻肺泡腔扩散D.切缘不足、淋巴结评估不充分均会显著影响预后参考答案：B2.个对比肺叶和亚肺叶切除的RCT研究的时间为（）A.1997年B.1995年C.1996年D.1994年E.1993年参考答案：B3.根据NCCN指南，不属于Sublobectomy指征的一项是（）A.肺功能储备差或合并疾病多而不能耐受肺叶切除者B.直径≤2cm周围型结节C.GGO≥50%D.倍增时间≥200天E.病理为AIS参考答案：D4.肿瘤较小时，很少扩散到段间静脉之外，因此肺段切除甚至可以应用于部分侵袭性肺癌（）A.对B.错参考答案：A十、肺癌脑转移诊治专家共识解读1.肺癌脑转移辅助检查中的检查是（）A.影像学检查方法B.分子病理检测C.血清肿瘤标志物D.腰椎穿刺E.脑脊液检查参考答案：A2.分子靶向治疗中，属于ALK抑制剂的是（）A.吉非替尼B.厄洛替尼C.克唑替尼D.埃克替尼E.奥希替尼参考答案：C3.肺癌是我国最常见的恶性肿瘤，在整个疾病病程中约（）%的患者会发生脑转移，并且驱动基因阳性的肺癌患者脑转移发生率更高A.35B.40C.45D.50E.55参考答案：D4.脑转移的分级预后指标中的纳入4个预后因素，不包括（）A.KPSB.年龄C.性别D.脑转移数目E.有无颅外转移参考答案：C5.SCLC不手术的情况是（）A.位于脑干、丘脑、基底节的脑转移瘤B.转移瘤和/或水肿体积大C.颅内压失代偿D.肿瘤卒中E.危及生命者参考答案：A十一、EGFR突变阳性晚期NSCLC的一线治疗1.EGFR非经典突变哪类药物（）A.免疫治疗B.化疗C.一代EGFR抑制剂D.二代EGFR抑制剂E.抗血管生成治疗参考答案：D2.EGFR-TKI+VEGFR治疗模式，被证实有PFS获益的研究是（）A.JO 25567B.NEJ 026C.RELAYD.CTONG 1509（中国）E.以上都是参考答案：E3.非小细胞肺癌中靶向药物最多的靶点是（）A.KRASB.EGFRC.ALKD.ROS1E.RET参考答案：B4.相比单药治疗，联合治疗的EGFR突变血浆清除率更高更快（）A.正确B.错误参考答案：A5.EGFR突变率在哪种病理类型中（）A.大细胞癌B.腺癌C.鳞癌D.小细胞癌参考答案：B十二、EGFR突变阳性晚期NSCLC全程管理1.肿瘤的一线治疗是指（）A.手术前进行的化疗B.手术后进行的化疗C.病人已经接受过治疗无效以后再进行的治疗D.晚期无法手术或术后复发、转移的肿瘤患者使用的个全身治疗方案参考答案：D以下哪个指标被认为是评估肿瘤临床获益的金标准（）A.PFSB.ORRC.DCRD.OS参考答案：D2.EGFR突变率在哪种病理类型中（）A.大细胞癌B.腺癌C.鳞癌D.小细胞癌参考答案：B3.Responserate是指（）A.反应时间B.生存率C.缓解率D.有效率参考答案：C4.特殊情况下抗肿瘤药物使用采纳的循证医学证据，依次是其他国家或地区药品说明书中已注明的用法，国际权威学协会或组织发布的诊疗规范、临床诊疗指南，学协会发布的诊疗规范、临床诊疗指南和临床路径等（）A.正确B.错误参考答案：A十三、肿瘤患者营养治疗的知信行1.2017年发表的法国研究结果：（）%的患者不规范使用肠外营养（不符合指南标准）A.65B.70C.75D.80参考答案：A2.2020年发表的意大利肿瘤学会（AIOM）的全国调研：（）肿瘤科医护人员依从指南进行营养筛查和评估A.1/3B.1/4C.1/5D.1/6参考答案：A3.化疗开始至结束，全程给予ONS，按计划化疗完成率（）A.70%B.80%C.90%D.100%E.50%参考答案：D4.2021年最新发表的ESPEN《肿瘤患者临床营养实用指南》推荐：肿瘤患者的营养治疗，（）A.肠内营养B.ONSC.肠外营养D.营养咨询参考答案：B5.2021年最新发表的ESPEN《肿瘤患者临床营养实用指南》推荐：放疗患者的营养治疗，（）A.ONS/ENB.肠内营养C.肠外营养D.营养咨询参考答案：A十四、以临床价值为导向的抗肿瘤药物临床合理使用管理实践1.下列哪项不属于我院抗肿瘤药物管理工作组的权责（）A.制定本机构抗肿瘤药物管理制度并组织实施B.审议本机构抗肿瘤药物分级管理目录C.负责抗肿瘤药物的采购、供应、集中调配及合理用药指导D.组织对患者合理使用抗肿瘤药物的宣传教育参考答案：C2.具有抗肿瘤药物处方权的临床医师职称要求为（）A.住院医师B.职业医师C.助理医师D.初级及中级以上职称医师参考答案：D3.抗肿瘤药物临床应用实行分级管理，根据安全性、可行性、经济学等因素，将抗肿瘤药物分为限制使用级和（）A.普通使用级B.一般使用级C.特殊使用级D.临床试验级参考答案：A4.处方前置审核对于医生的作用是什么（）A.限制医生自由开药B.提醒医生注意药品的剂量和使用方法C.让医生了解、掌握用药的规范和标准D.增加医生的工作量参考答案：C一位46岁女性患者患有胃低分化腺癌IV期，曾经接受过替雷利珠单抗和恩沃利单抗等多轮治疗，近期评价为PD。
使用cBio Cancer Genomics Portal综合分析癌症基因和临床资料文章目录•cBio Cancer Genomics Portal简介•cBio Cancer Genomics Portal所需设备•cBio Cancer Genomics Portal使用方法•cBio Cancer Genomics Portal结果的查看和解释•OncoPrint•Mutual Exclusivity•Correlation Plots•Mutations•Protein Changes•Survival•Network•IGV, Download, Bookmark•多个癌症交叉查询•查看癌症研究数据•查看单一癌症的基因组改变：患者视图•通过编程语言访问查询cBioPortalcBio Cancer Genomics Portal提供了研究分析癌症基因数据的可视化工具，cBioPor tal可以帮助癌症组织和细胞学研究得到的分子学数据认识和理解遗传、表观遗传、基因表达和蛋白质组学。
通过自定义数据的交互界面要以主研究人员探求研究基因改变和临床之间的联系。
cBioPortal提供了图形化的结果，使复杂的癌症基因组学资料更易理解和接受，而不需要特殊的生物信息学知识。
cBio Cancer Genomics Portal简介大样本癌症基因组计划，如如癌症基因图谱(Cancer Genome Atlas, TCGA, http://c /)和国际癌症基因组联盟(The International Cancer Genome Con sortium, ICGC)，得到了大量的有关癌症基因组的资料，但是这些资料对于研究人员来说，如何整合、探索和分析，是一个比较困难的事情，尤其是对于那些电脑水平欠佳的人来说，更是一件头疼的事情。
cBio Cancer Genomics Portal(http://cbioporta /)的出现就是为了减少这种难度的。
cBioPortal方便了研究人员探求多维癌症基因组数据，它要以可视化分析基因、样本和数据类型。
我们可以对癌症研究中的样本的基因改变进行可视化，比较基因改变频率，或者综合分析单一样本中基因组改变。
cBioPortal还可以研究生物学途径，生存率等等。
cBioPortal整合的基因数据类型包括体细胞突变，DNA拷贝数改变，mRNA和micr oRNA表达，DNA甲基化，蛋白丰度以及磷蛋白丰度。
迄今为止，cBioPortal包含了10已发表的肿瘤研究结果和20多个TCGA的结果。
每个肿瘤样本和数据可以从网站上下载。
cBioPortal把这些复杂的数据从基因水平上进行了整合和简化，每个样本可以查询特定的生物学特性，如基因突变，纯合子缺失，基因扩增，mRNA和m iRNA的增加或减少，蛋白质的增加或减少等。
这让研究人员可以查询每个基因和样本的基因改变，验证一些假设。
cBioPortal的数据来源和分析选项来源于多个网站，如TCGA data portal (https://tc/tcga/), the ICGC data portal(/), the Broad Instit ute's Genome Data Analysis Center (GDAC) Firehose (), the IGV, the University of California, Santa Cruz (UCSC) Cancer Genomics Browser (30), IntOGen (31), Regulome Explorer (), 以及Oncomine (Reserach Edition) 等。
cBioPortal提供的分析选项有癌症基因组数据，基因水平改变的引起的相关生物功能变化，综合分析基因组数据和临床资料，患者数据等。
cBioPortal并不直接存储这些原始数据，原始数据来源于其它网站，如TCGA, ICG C, and Gene Expression Omnibus (GEO) (/geo/)等。
cBio Cancer Genomics Portal所需设备•如果想使用cBioPortal，一台可以上网的电脑必不要少，当然现在最好还能翻墙，因为cBioPortal部分地区打不开。
另外浏览器必须支持Javascript，这个到是不会有太大问题。
但是注意：官方建议使用Google Chrome, Firefox 3.0以上, Safari, Internet Explor er 9.0以上版本。
还在用XP？！换了吧，XP最高是Internet Explorer 8.0，•Adobe Flash player注意：这个浏览器插件主要是为了可视化分析结果用的，一般浏览器都应该有，如果没有可以在此下载安装/flashplayer/。
但是这个要求好像在201 3年中就取消了，也就是说没有这人插件同样可以使用cBioPortal。
•Java Runtime Environment注意：这个主要是为了加载Integrative Genomics Viewer (IGV)用的，可以在此下载安装/getjava/.•Adobe PDF Reader这人就不必说了，都有。
可以使用一般的Adober Reader /reader /，但是我更建议使用PDFXCview，原因要以参阅升级为Windows 8.1,顺便说说我常用的那些软件。
•Vector graphic editor注意：这个东东是为了可视化和编辑从cBioPortal下载的SVG文件的，可以使用A dobe Illustrator (/products/illustrator.html)或者Inkscape (http:// /).cBio Cancer Genomics Portal使用方法cBioPortal的癌症基因数据可以通过浏览器浏览和查询，网址为。
我们可以查询一个癌症的研究或者多个症状研究结果，如果是单个癌症样本，还可看到相关的基因组改变。
如果想查询一个癌症研究结果，我们可以探索和可视化所选定基因的基因组改变，包括这些基因之间改变之间的相关性，同一基因不同数据之间的关系。
我们可以选择25余种癌症的研究结果。
当选择基因组资料时，一般默认选择突变和CNAs。
如果有相应mRNA和miRNA表达或者相应的蛋白和磷酸化蛋白数据，也可以选择，如果没有这两项就不可选。
蛋白和磷酸化蛋白基于反向蛋白芯片浅析浅析(reverse phase protein array, RPPA)实验结果。
mRNA和miRNA数据和蛋白和磷酸化蛋白数据，标准分数(Z scores)通过实验值预先计算，我们可以设定或者默认设置(平均数的2倍标准差)。
mRNA表达的Z scores由每个样本通过比较mRNA的基因表达和在代表典型基因表达的参考样本中的分布而决定。
如果邻近组织的表达数据可用的话，邻近组织的表达数据就是参考样本的数据，反之，可以使用所癌症研究中的有疑问的基因的两倍的所有肿瘤的表达值。
当研究所分析的样本，默认情况下是匹配所选择的基因组资料。
例如，仅查询突变交时会选择测序的数据。
但是，我们可以改变这些选项。
我们还通过可以「User-De fined Case List」或者基于「Build Case Set」自己自定义一个输入特定的样本。
当输入基因进行分析时，我们可以手动输入HUGO基因符号，Entrez Gene ID，以及基因别我或者预设置的基因组。
如果变异基因列表可用的话，例如MutSig的基因变异或者GISTIC的CNAs，我们可以从这些基因列表中选择基因，也可以通过这些列表建立基因，或者手动输入基因。
一般可以通过4步法来进行查询和研究。
1. Select Cancer Study，选择想要研究癌症，可以通过下拉箭头进行选择，如「Gli obastoma (TCGA, Nature 2008)」。
2. Select Genomic Profiles，选择基因组配置。
默认设置选择「Mutations」，「Cop y Number data. Select one of the profiles below」并选择「Putative copy-number a lterations (RAE, 203 cases)」。
注意：「Mutations」和「Copy Number data. Select one of the profiles below」一般是默认选中的。
「mRNA Expression data. Select one of the profiles below」是默认不选中的，默认的Z Score倍数可以根据用户自己设定。
当微阵列和RNA-Seq数据可用时，优先选中RNA-Seq。
3. Select Patient/Case Set，选择患者数可以使用下拉箭头进行选择，也可以使用「B uild Case Set」进行选择。
如选择「“Tumors with sequence and C NA data (91)」注意：如果用户自定义列表，该步须通过下拉列表进行选择，然后才可以输入样本ID，并用空格键进行分隔。
4. Enter Gene Set，输入基因集合。
可以手动输入或者通过限定的列表进行选择。
注意：在「Advanced: Onco Query Language (OQL)」中可以可以使用Onco查询语法(Onco Query Language，OQL)限定查询。
OQL可以用于单个癌症和多个癌症的查询。
一当文工团OQL查询，相应的结果也就限定了我们可以指定4个数据类型，C NAs，突变，mRNA或miRNA表达改变，以及蛋白或磷酸化蛋白丰度改变。
CNA 和突变一般是不连续设置，而mRNA，miRNA和蛋白丰度是连续性设置。
表达值转换成Z Scores，以利于比较和限定变异倍数。
5. Download Data，下载数据。
通过「Submit」可以查询并导出数据。
可以另存为t xt文档，这个文档可以用Excel文件打开。
cBio Cancer Genomics Portal结果的查看和解释基于查询标准，cBioPortal把每个基因分成有变异和无变异，这种分法可用于分析和可视化结果。
以下举例说明。
OncoPrintOncoPrint是一个一组肿瘤样本中多个基因的简基因组改变明扼要的图形化结果。
行代表基因，列代表样本。
不同的符合和颜色编码用于区别基因组的变异，如突变，CNAs(扩增和纯合子缺失)，以及基因表达或蛋白丰度的改变。
如果把鼠标放置在图形上还要以看到额外的信息，如ID号(每个样本代表一个患者样本或者细胞系)，可以与患者的查看页面连接，同样还可以显示氨基酸的改变。
