分子标记技术在牡丹研究中的应用与前景展望

分子标记辅助选择技术及其在作物育种上的应用研究目录1. 引言1.1 背景和意义1.2 结构概述1.3 目的2. 分子标记辅助选择技术2.1 分子标记的定义和分类2.2 常用的分子标记技术2.3 分子标记辅助选择技术的原理和方法3. 作物育种中的应用研究3.1 传统育种与分子标记辅助选择育种的对比3.2 分子标记辅助选择在作物抗病性改良中的应用研究3.3 分子标记辅助选择在作物品质改良中的应用研究4. 分子标记技术在现代作物育种中面临的挑战和前景展望4.1 技术挑战及其解决方案4.2 应用潜力与发展前景5. 结论5.1 总结已有研究成果5.2 展望未来发展方向和价值所在1. 引言1.1 背景和意义随着人口的不断增长和资源的有限性，如何提高作物的产量、品质和抗病能力成为全球农业面临的重要问题。

传统育种方法虽然可以改良作物，但其进展缓慢且存在许多局限性。

近年来，分子标记辅助选择技术的出现为解决这一问题提供了新的途径。

这项技术利用分子标记对作物基因组进行精确分析和筛选，从而加速育种过程，并在遗传改良上取得了显著成果。

1.2 结构概述本文将首先介绍分子标记辅助选择技术的定义和分类，然后探讨常用的分子标记技术以及相应的原理和方法。

接下来，将重点关注该技术在作物育种中的应用研究，并与传统育种方法进行比较。

特别是，我们将探讨分子标记辅助选择在作物抗病性改良和品质改良方面的应用案例。

此外，我们还将对分子标记技术在现代作物育种中面临的挑战及其解决方案进行深入讨论。

最后，本文将总结已有的研究成果，并展望未来分子标记辅助选择技术在作物育种领域的发展方向和价值。

1.3 目的本文的主要目的是全面介绍分子标记辅助选择技术及其在作物育种上的应用研究。

通过对该技术原理、方法以及实际应用案例的深入探讨，旨在加深读者对该领域的理解，并为相关研究提供参考和启示。

此外，本文还将探讨分子标记技术在现代作物育种中面临的挑战，并提出一些解决方案，为该技术未来的发展提供思路和指导。

生化分子标记技术在植物物种鉴定中的应用研究植物是地球上最重要的生命体之一，与人类的生存息息相关。

在不断变化的环境中，许多植物物种的数量和分布也在发生着变化。

因此，植物物种的鉴定和分类对于生态保护和资源开发具有重要的意义。

随着生物技术的迅猛发展，生化分子标记技术在植物物种鉴定中的应用研究也日益成熟。

一、生化分子标记技术的原理和应用生化分子标记技术是一种基于生物分子，利用PCR技术扩增生物体DNA的方法。

其中常用的分子标记有限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性(RAPD)、序列特征扩增区域(SCAR)、微卫星(microsatellite)和单核苷酸多态性(SNP)等。

这些技术都具有高效、快速、简单、可靠等特点，能够对复杂的生物学样品进行高通量检测，且可通过PCR扩增对不同物种的DNA进行分离和鉴定。

生化分子标记技术在植物物种鉴定方面的应用越来越广泛。

首先，这些技术能够区分物种的遗传差异并进行物种鉴定，对于植物的起源和进化研究具有重要作用。

其次，在植物分类学中，生化分子标记技术已经成为了物种鉴定的主要手段。

此外，在育种工作中，这些技术可以用来评价新品种的遗传稳定性和亲缘关系，以便选择适合的亲本建立新品种。

还有，生化分子标记技术在植物种质资源保护、生物技术和植物遗传改良等方面也发挥了重要的作用。

二、生化分子标记技术在植物物种鉴定中的应用研究进展1.限制性片段长度多态性(RFLP)技术RFLP技术是一种最早的生化分子标记技术，利用限制酶切割DNA，形成多个不同长度的片段。

通过对DNA片段的分析，可以区分不同物种。

在植物物种鉴定中，RFLP技术可以用来确认植物种类、育种进展的情况以及野生和栽培植物的关系等。

2.随机扩增多态性(RAPD)技术RAPD技术是一种基于PCR扩增的技术，根据引物的随机性，在DNA分子上引发一系列长度不同的扩增产物。

通过比较扩增产物的特征，可以鉴定不同物种。

在植物物种鉴定中，RAPD技术可以用于植物资源调查和种质资源保护、植物起源和进化的研究、新品种的鉴定等。

第26卷第2期2002年3月　南京林业大学学报(自然科学版)Journal of Nanjing Forestry University (Natural Sciences Edition )　Vol.26,No.2　Mar.,2002　分子标记在花卉研究中的应用现状Ξ蔡友铭1,武　雯2,邹惠渝2,黄敏仁2(1.上海市花卉育种中心,上海　200072;2.南京林业大学,江苏　南京,210037)摘　要:生物技术的发展给植物遗传育种研究带来了巨大的变化,DNA 分子标记技术的应用是其中最显著的变化之一。

遗传育种是花卉业发展的重要基础,也是技术创新最活跃的分支。

笔者从分子遗传图谱的构建、亲缘关系分析、农艺性状定位、标记辅助选择等4个方面阐述了分子标记在花卉育种研究中的应用。

关键词:分子标记;花卉;应用中图分类号:S722 文献标识码:A 文章编号:1000-2006(2002)02-0084-03Application of Molecular Marker in the Study of Flow ers PlantsCAI Y ou 2ming 1,WU Wen 2,ZOU Hui 2yu 2,HUAN G Min 2ren 23(1.Seeds Station of Shanghai ,Shanghai 200072,China ;2.Nanjing Forestry University ,Nanjing 210037,China )Abstract :Great changes in the study of plant genetic breeding had been brought about by the development of biotechnology ,and the application of DNA molecular marker technique is one of the most significant changes.G enetic breeding is an important base for the development of flower plant industry and also is one of the most active branches in technical innovation.The application of molecular marker in the study of flower plants genetic breeding such as construction of molecular genetic map ,analysis of relationship ,location of ornamental characters and marker 2assisted selection is described in this paper.K ey w ords :Molecular marker ;Flower plants ;Application分子标记是在人类基因组计划(Human G enome Initiative 简称HGI )的推动下迅速发展起来,并在各个领域得到广泛应用。

分子标记在花卉研究中的应用进展摘要DNA分子标记是继形态标记、细胞学标记、生化标记之后发展起来的一种新的更为理想的遗传标记，它促进了植物遗传育种的研究，在花卉研究中也得到了广泛的应用。

叙述分子标记的主要类型、原理和特点，以及它在花卉的亲缘关系分析、品种鉴定和分类、遗传多样性、遗传图谱的构建和辅助育种等方面的研究应用概况。

关键词分子标记；花卉；应用分子标记是一种新型的遗传标记，它不受环境条件和发育时期等因素的影响，可代表物种本身遗传特性，已经成为研究植物遗传育种的有力工具。

近年来，国内外许多学者利用分子标记技术对花卉植物开展了不少研究。

1分子标记的分类分子标记（Molecular marker）是指与特定基因或标记连锁的一段经过扩增并可检测出的DNA序列。

DNA分子标记大多以电泳谱带的形式表现，大致可分为两大类。

第一类是以分子杂交为核心的DNA分子标记，主要包括限制性片段长度多态性标记（RFLP）；第二类是以聚合酶链式反应（PCR）为核心的DNA 分子标记，包括随机扩增多态性DNA标记（RAPD）、简单序列重复标记（SSR ）、重复序列之间长度多态性（ISSR）、扩展片段长度多态性标记（AFLP）等。

1.1RFLP标记RFLP是利用限制性内切酶切割生物体基因组DNA而产生的长短、种类、数目不同的限制性片段的技术，这些具有差异性的DNA片段通过已克隆和标记的DNA片段作为探针进行Southern杂交，然后再放射自显影或非同位素来检测DNA的多态性。

RFLP具有技术稳定、重复性好、无表性效应、等位基因之间共显性、非等位基因之间不存在上位效应、标记数量多等优点，是最有效的共显性DNA分子标记；但RFLP分析的探针制备、酶切、转膜、分子杂交、放射自显影等过程需花相当的经费和时间，并且不同物种需制备不同的探针。

1.2RAPD标记RAPD标记是用一系列的单链随机引物（通常为10碱基）对基因组DNA进行PCP扩增，检测特异DNA片段，得到多态性标记的技术。

基于分子标记的牡丹、芍药种质亲缘关系研究进展作者：王惠鹏李芳侯小改史国安范丙友来源：《湖北农业科学》2012年第13期摘要：综述了基于分子标记的牡丹（ＰａｅｏｎｉａＳｅｃｔ．Ｍｏｕｔａｎ）、芍药（ＰａｅｏｎｉａＳｅｃｔ．Ｐａｅｏｎｉａ）种质亲缘关系研究进展，提出了研究中存在的问题及相应的建议，以便为阐明牡丹、芍药种质的分类、起源及进化，牡丹、芍药新品种培育及产业化开发应用奠定基础。

关键词：牡丹（ＰａｅｏｎｉａＳｅｃｔ．Ｍｏｕｔａｎ）；芍药（ＰａｅｏｎｉａＳｅｃｔ．Ｐａｅｏｎｉａ）；种质；分子标记；亲缘关系中图分类号：Ｓ６８２．１＋２文献标识码：Ａ文章编号：0439－８114（２０12）13－2657-03牡丹是芍药科（Ｐａｅｏｎｉａｃｅａｅ）芍药属（ＰａｅｏｎｉａＬ．）牡丹组（Ｓｅｃｔ．Ｍｏｕｔａｎ）的落叶灌木植物，芍药为芍药科芍药属芍药组（Ｓｅｃｔ．Ｐａｅｏｎｉａ）的多年生草本植物，两者均为重要的观赏性植物和资源植物。

牡丹在我国被尊称为“花中之王”，其观赏栽培历史悠久，唐、明、清皆以牡丹为国花，其身价之高无与伦比［１-４］。

芍药花朵硕大，色彩艳丽，有芳香气味，是中国的传统名花，其富丽堂皇可与牡丹相媲美，被誉为“花相”［１，２，４］。

分子标记技术是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种较为理想的遗传标记形式，基于ＤＮＡ直接揭示物种的遗传差异性，具有不受环境影响、标记数量多、多态性高、有许多标记表现为共显性或中性等优点［５］。

本文综述了基于分子标记的牡丹、芍药种质亲缘关系研究进展，并提出了研究中存在的问题及建议，以便为牡丹、芍药新品种培育及产业化开发应用提供理论基础。

１牡丹分子标记研究１．１牡丹栽培品种间亲缘关系的研究侯小改等［６］基于扩增片段长度多态性（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄｆｒａｇｍｅｎｔｌｅｎｇｔｈｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，ＡＦＬＰ）标记对３０份牡丹栽培品种进行了遗传多样性研究，分析显示其多态性高达８６％，品种之间的相似系数分布在０．５２～０．８３之间，聚类分析表明多数来源地相同的牡丹栽培品种表现出较为密切的亲缘关系，来源自不同生态区的牡丹栽培品种间的遗传差异相对较大。

文稿标题：分子标记在观赏植物分类中的应用探究一、概述在观赏植物分类领域，分子标记技术的应用备受关注。

本文将就分子标记在观赏植物分类中的应用进行全面评估，探讨其在类裙鉴定、遗传多样性分析、亲缘关系重建以及新种发现等方面的作用。

将从简到繁地介绍分子标记技术的原理和方法，并总结其在观赏植物分类中的意义和前景。

通过本文的阐述，读者能够更深入地理解分子标记在观赏植物分类中的价值和意义。

二、分子标记技术概述分子标记是利用生物大分子的遗传变异进行分类、鉴别和研究的技术手段。

常见的分子标记包括DNA条码、ISSR标记、SSR标记等。

这些标记通过检测特定的DNA片段或序列，可以帮助科学家对观赏植物进行分类和鉴定，同时也可以用于分析遗传多样性和亲缘关系。

三、分子标记在类裙鉴定中的应用分子标记技术在观赏植物类裙鉴定中具有重要意义。

通过对植物样本进行DNA提取和PCR扩增，可以获得其特定的DNA片段序列，从而实现植物的快速鉴定和分类。

这项技术的应用，可以提高观赏植物分类的准确性和效率，对于大量的未知植物样本的鉴定工作有着重要的意义。

四、分子标记在遗传多样性分析中的应用遗传多样性是观赏植物保护和遗传改良的重要基础。

分子标记技术在遗传多样性分析中发挥着重要的作用。

通过对不同种质资源的DNA进行分子标记分析，可以更准确地评估观赏植物的遗传多样性水平，为植物资源的保护和开发利用提供科学依据。

五、分子标记在亲缘关系重建中的应用研究观赏植物的亲缘关系对于揭示其进化历史和遗传关系至关重要。

分子标记技术可以通过对不同物种或不同种质资源的DNA进行序列比对和系统发育分析，帮助科学家快速准确地重建不同观赏植物的亲缘关系，为观赏植物资源的有效保护和合理利用提供科学依据。

六、分子标记在新种发现中的应用观赏植物资源的丰富多样性为新种的发现提供了广阔的空间。

分子标记技术可以通过对未知植物的DNA序列特征进行分析，帮助科学家快速准确地对新种进行鉴定和分类，促进观赏植物新种的发现和命名工作。

DNA分子标记技术在药用植物研究方面的应用DNA分子标记技术是一种重要的分子生物学技术，广泛应用于药用植物研究领域。

它能够帮助科学家们研究药用植物的遗传多样性和基因功能，从而进一步了解药用植物的物种鉴定、种质保护、遗传育种等方面的问题。

下面将从药用植物遗传多样性研究、物种鉴定和种质保护、遗传育种等三个方面介绍DNA分子标记技术在药用植物研究中的应用。

首先，DNA分子标记技术在药用植物遗传多样性研究方面发挥了重要作用。

药用植物的遗传多样性与其品质、有效成分的含量以及药效密切相关，因此研究药用植物的遗传多样性对于合理开发和利用药用植物具有重要意义。

DNA分子标记技术可以通过分析药用植物的遗传多样性，揭示不同品种和不同地域药用植物的遗传差异和亲缘关系。

例如，通过构建遗传图谱和群体结构分析，可以评估药用植物种质资源的遗传多样性程度，为合理使用和保护药用植物资源提供科学依据。

其次，DNA分子标记技术在药用植物物种鉴定和种质保护方面也具有重要应用。

药用植物种类繁多，传统的形态学特征往往不能准确区分不同的种类，而且药用植物的幼苗和干燥的植物材料往往无法进行形态学鉴定。

DNA分子标记技术可以通过分析植物的DNA序列，进行物种鉴定和种属关系的推断。

特别是基于PCR的核酸序列分析技术，如PCR-RFLP、ISSR、RAPD和SSR等，可以直接利用植物的DNA提取物进行分子标记并鉴定植物物种，具有高度可靠性和准确性。

此外，DNA分子标记技术还可以结合生物信息学分析，构建DNA条形码数据库，实现药用植物的快速鉴定和种质资源保护。

最后，在药用植物的遗传育种方面，DNA分子标记技术为药用植物的遗传改良提供了有力的工具。

药用植物的遗传育种与传统植物的遗传育种类似，都需要通过遗传变异的引入和选择，使得药用植物的品质和有效成分得到改良。

DNA分子标记技术可以帮助鉴定和定位药用植物的相关基因和QTL（数量性状位点），从而辅助育种家选择优良杂交组合并进行精细选育。

分子标记在观赏植物分类中的应用分子标记在观赏植物分类中的应用近年来，随着生物技术的迅猛发展，分子标记技术在观赏植物分类领域的应用日益广泛。

分子标记是利用生物学技术手段，通过对生物体内特定基因或DNA序列的研究和分析，来进行生物分类和鉴定的一种手段。

作为一种快速、准确的分类方法，它对观赏植物的分类和鉴定起着至关重要的作用。

一、分子标记技术在观赏植物分类中的基本原理分子标记技术是通过对DNA序列或蛋白质序列进行测定和分析，利用生物信息学的方法进行分类和鉴定。

在观赏植物分类中，通过提取植物样品中的DNA，对其进行PCR扩增、测序和序列比对等一系列操作，来获取其遗传信息，从而进行分类和鉴定。

尤其是在形态学特征相近或难以鉴定的植物种类中，分子标记技术的应用更是显得尤为重要和必要。

二、分子标记技术在观赏植物分类中的应用1. 物种鉴定通过对观赏植物样品中的DNA进行序列比对和分析，可以准确快速地鉴定出其所属的物种，解决了因形态特征相似而难以鉴定的难题。

2. 种属间亲缘关系分析利用分子标记技术，可以对观赏植物的遗传亲缘关系进行深入研究，揭示植物种属间的进化关系、亲缘关系和起源地等重要信息。

这有助于更好地理解植物的分类演化历史，为保护濒危物种和开展植物遗传资源的保护和利用提供科学依据。

3. 品种鉴定和杂交育种在观赏植物的育种中，分子标记技术可以用于品种的鉴定和杂交育种的指导，帮助培育出更具经济、观赏和科研价值的新品种，丰富了观赏植物的品种资源。

4. 优良性状分析分子标记技术还可以帮助研究人员分析观赏植物的优良性状的遗传基础，指导其良种选育和种质资源的合理利用，为观赏植物的改良和推广提供重要依据。

三、分子标记技术在观赏植物分类中的发展趋势随着生物技术、基因工程和生物信息学的飞速发展，分子标记技术在观赏植物分类中的应用也将不断拓展和深化。

从最初的PCR-RFLP、SSR、AFLP等分子标记技术，到如今的基因芯片技术、全基因组测序技术等，不断涌现出更加高效、快速和精准的分子标记技术，为观赏植物分类研究提供了更加丰富的手段和方法。

分子遗传学在植物育种中的应用及其前景展望随着科技的不断发展，分子遗传学已经成为现代植物育种的重要工具之一。

通过掌握植物基因组信息，可以精准地选育种质、判断性状、分析种群遗传结构、进行基因编辑等。

本文将从分子遗传学在植物育种中的应用、分子标记技术在育种中的地位、育种模式的变革以及分子遗传学未来的展望等方面入手，旨在为读者提供一些关于植物育种和分子遗传学的新思路。

一、分子遗传学在植物育种中的应用分子遗传学在植物育种中有许多应用，其中最常见的是利用基因工程技术改造植物基因组，以实现优异基因的快速筛选和定向转移。

例如，可以通过转基因技术使植物获得新的生物学特性，如更高的抗病性、更高的产量、更好的营养价值等。

同时，分子标记技术也可以用来将有害基因从某个植物品种中剔除，这可能会使这个品种的产量、品质和抗病性得到显著提高，从而改善其种质资源。

二、分子标记技术在育种中的地位分子标记技术是一种泛指快速鉴定DNA序列的技术，它通过检测可以依据遗传测定的全部基因型，来判断一个个体的性状和品质等性状。

对于育种学家而言，分子标记技术可从繁琐的性状测量和人工选择中解放出来，快速获取基因型，在短时间内高效地鉴定出植物的抗病性、产量和品质等相关性状。

三、育种模式的变革随着分子遗传学以及分子标记技术等技术的应用，传统育种模式已经面临巨大的挑战。

以前，为了发现植物有利的基因型，必须耗费大量的实验室和田间试验时间，而现在随着高通量技术的出现，这些难以解决的问题开始得到很好的解决。

因此，传统育种模式难以跟上当下植物育种中的快速发展步伐，而新的育种模式，包括分子育种等，将逐渐成为主流。

四、分子遗传学未来的展望未来，分子遗传学将更加重要。

随着大数据和人工智能等技术持续发展以及基因编辑技术的不断完善，我们可以更加精确地设定目标，并捕获种间遗传多样性。

在未来，利用发掘种源进行分子遗传育种技术，将成为解决粮食匮乏和环境污染问题的重要途径。

因此，分子遗传学将继续成为植物育种的重要工具，为人类提供更好的食品、环境和资源安全。

分子标记技术在丹参种质资源研究中的应用进展作者：战戈来源：《农家致富顾问·下半月》2016年第08期摘要丹参是我国重要的中草药，近年来，分子标记技术是一种应用广泛的技术，本文综合分析了分子标记技术在丹参种质资源的的应用。

本文重点分析了RAPD、AFLP、SSR、ISSR、SRAP等分子标记技术在丹参种质资源中研究中的应用进展。

希望本文的写作对同行有所帮助关键词丹参；分子标记；种质资源；应用现代药理研究表明丹参对心血管系统、血液系统的作用十分显著，临床上被广泛用于冠心病、心绞痛、心肌梗塞和脑血管疾病的治疗。

现阶段，对丹参的研究，尤其是遗传多样性及品种鉴定等方面，应用分子生物学方法日趋增多。

1 RAPD分子标记20 世纪 90 年代 Williams 首次用任意顺序的 10 个碱基的寡核苷酸连为引物，以未知序列的基因组DNA为模板，PCR扩增后，经过聚丙烯酰胺或琼脂糖电泳分离，经EB染色或放射性自显影可获得一组不连续的 DNA 片段，这种表现多态性的 DNA 片段被称为RAPD 分子标记。

RAPD分子标记技术概括为通常使用一个随机单链为引物，通过PCR反应，依据扩增位点之间DNA碱基的缺失、插入等导致扩增片段数目和长度的差异来表现其多态性。

2 AFLP分子标记AFLP 分子标记技术是基于 PCR 技术选择性扩增基因组DNA限制性片段的技术，通过一个双联核苷酸接头与通过限制性内切酶消化的DNA片段相连，再经PCR 反应特异性扩增，根据特异性片段的碱基数目、顺序等位点的变化，经过聚丙烯酰胺凝胶电泳分离检测获得扩增长度不同的DNA片段，从而形成多态性指纹图谱。

3 SSR和ISSR分子标记SSR 为简单序列重复多态性，通常由几个碱基形成的核心序列串联重复几十次而形成，在生物基因组中随机分布，根据SSR分布的序列不同或者重复次数的差异等表现其多态性。

ISSR是在 SSR 的基础上发展起来的分子标记技术，根据生物基因组中本身存在多个SSR 的特点，直接利用SSR本身设计引物，通过PCR反应得到特异性的SSR序列，从而分析其多态性。

华92-96收稿日期：2011－05－20基金项目：国家自然科学基金（31070620）；河南省重大科技攻关项目（0911********）；河南省重点科技攻关项目（092102110024）；洛阳市科技攻关项目（0802017A ）作者简介：侯小改（1966－），女，河南焦作人，教授，博士，主要从事园艺植物栽培生理、生物技术等方面的研究。

牡丹SCoT 分子标记正交优化及引物筛选侯小改1，王娟1，贾甜1，张钰乾2，侯娟2，李嘉珏3（1．河南科技大学农学院，河南洛阳471003；2．河南科技大学林学院，河南洛阳471003；3．中国洛阳国家牡丹基因库，河南洛阳471011）摘要：以牡丹基因组DNA 为模板，采用L 16（45）正交试验设计对影响目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应（SCoT-PCR ）的五因素（Taq 酶用量、Mg 2+浓度、模板DNA 用量、dNTPs 浓度和引物浓度）进行优化试验，建立了优化的牡丹SCoT-PCR 反应体系：Mg 2+2．50mmol /L 、dNTPs 0．25mmol /L 、引物0．60μmol /L 、Taq DNA 聚合酶0．50U 、模板DNA 1．00ng /μL ，1ˑPCR-Buffer ，总体积20．00μL 。

比较各因素对扩增反应的结果，其中以Mg 2+浓度的影响最大，DNA 模板用量的影响最小。

运用牡丹17个品种验证了该体系稳定可靠，并从36个SCoT 引物中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的24个引物。

这一体系的建立及多态性引物的筛选为今后利用SCoT 标记技术对牡丹进行相关研究提供了科学依据。

关键词：牡丹；SCoT-PCR ；反应体系；正交设计；引物筛选中图分类号：S567．03文献标识码：A文章编号：1000－7091（2011）05－0092－05Orthogonal Optimization of SCoT-PCR System andPrimer Screening of Tree PeonyHOU Xiao-gai 1，WANG Juan 1，JIA Tian 1，ZHANG Yu-qian 2，HOU Juan 2，LI Jia-jue 3（1．College of Agriculture ，Henan University of Science and Technology ，Luoyang 471003，China ；2．College of Forestry ，Henan University of Science and Technology ，Luoyang 471003，China ；3．Luoyang National Peony GeneBank ，Luoyang 471011，China ）Abstract ：The orthogonal design table of L 16（45）was used to optimize the five factors （Taq DNA polymerase ，Mg 2+，DNA template ，dNTPs and primer concentrations ）of SCoT-PCR （start codon targeted polymorphism ）system in tree peony．The results showed that the optimized system was as follows ：a total volume of 20μL including 1．0ng /μL DNA template ，0．50U Taq polymerase ，0．60μmol /L primer ，2．50mmol /L Mg 2+，0．25mmol /L dNTPs and 1PCR Buffer．Each factor had different effect on the results．The concentration of Mg 2+was the key factor af-fecting the SCoT-PCR system．The optimized SCoT-PCR system was tested on seventeen peony genus ，and the result was stable and reliable．From the 36primer combinations tested ，Twenty-four were selected with clear band patterns and abundant polymorphism．The optimized SCoT-PCR system and polymorphism primmer combinations provided the basis for further research on Paeonia suffruticosa．Key words ：SCoT-PCR ；Reaction system ；Orthognal design ；Primers screening 牡丹（Paeonia suffruticosa Andr．）是多年生落叶灌木，为芍药科（Paeoniaceae ）芍药属（Paeonia L．）牡丹组（Sect ．Mouton DC．）植物，具有很高的观赏价值和药用价值。