CRISPR操作-在线设计gRNA教程
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基因编辑技术CRISPRCas9的详细操作步骤基因编辑技术CRISPR-Cas9是一种革命性的工具,能够精确切割和修改DNA 序列。
它已被广泛应用于实验室研究、农业、医学和生物技术领域。
CRISPR-Cas9的操作步骤分为设计目标序列、构建修饰体、细胞转染、筛选、验证等几个阶段。
以下是基因编辑技术CRISPR-Cas9的详细操作步骤:1. 设计目标序列首先,确定要编辑的基因序列。
识别目标区域,通常选择高度保守的DNA 区域,以最大程度减少非特异性修饰。
目标序列的设计需要遵循一些规则,例如避免重复、剪切酶的PAM序列靠近目标区域等。
2. 构建修饰体根据设计的目标序列,构建CRISPR修饰体。
修饰体通常由CRISPR核酸(包括crRNA或sgRNA)和Cas9核酸组成。
crRNA(或sgRNA)负责定位到目标序列,Cas9则负责剪切目标序列。
合成修饰体的DNA或RNA序列后,可以使用PCR扩增或化学合成的方法得到修饰体。
3. 细胞转染将构建好的修饰体转染至目标细胞中。
转染可以选择不同的方法,例如化学法、电穿孔法、超声波法或病毒载体等。
转染后,修饰体会逐渐进入目标细胞,并开始作用于基因组。
4. 筛选在转染后,大部分细胞仍然具有未被编辑的基因组。
为了筛选出完成编辑的细胞,可以使用筛选方法。
最常用的方法是通过引入荧光蛋白标记的修饰体,利用流式细胞术或显微镜检查标记的细胞。
5. 验证对于筛选出来的细胞,需要进行进一步的验证。
最常用的方法是通过测序确认基因组是否发生了预期的编辑。
此外,也可以使用T7E1酶切或限制性内切酶消化等方法,进一步验证编辑效果的准确性。
总结起来,基因编辑技术CRISPR-Cas9的详细操作步骤包括设计目标序列、构建修饰体、细胞转染、筛选和验证等几个阶段。
通过遵循这些步骤,研究人员可以实现对目标基因组的精确编辑,进而揭示基因功能、治疗遗传疾病,并在农业和生物技术领域开拓新的应用前景。
CRISPR基因编辑步骤详解基因编辑是一种通过修改DNA序列来改变有机体基因组的技术,CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)基因编辑技术则是近年来最受关注的一种基因编辑方法。
CRISPR技术不仅简单高效,还可以应用于多种生物体,包括人类,其广泛的应用前景使其成为生命科学领域的重要工具。
本文将详细介绍CRISPR基因编辑的步骤。
CRISPR基因编辑主要由以下几个步骤组成:选择目标基因,设计寡核苷酸,构建脱靶检测系统,编辑基因组,确认编辑效果。
首先,选择目标基因是进行基因编辑的关键步骤之一。
根据研究的需求和目标,科学家们需要仔细选择他们希望编辑的特定基因。
选择目标基因时,需要考虑基因功能和可能的突变对生物体的影响,以及基因的可编辑性等因素。
接下来,设计寡核苷酸是CRISPR基因编辑的重要步骤。
寡核苷酸通常有两种类型:RNA寡核苷酸(sgRNA)和单链DNA寡核苷酸(ssODN)。
sgRNA的作用是指导Cas9蛋白定位到目标基因上,而ssODN则是用于修复基因序列的片段。
因此,设计合适的寡核苷酸是确保编辑效果的关键。
构建脱靶检测系统是CRISPR基因编辑过程中一个重要的质控步骤。
由于CRISPR技术存在一定程度的脱靶效应,可能会对非目标基因进行修改,因此需要设计合适的方法来检测和排除这些脱靶效应。
常用的脱靶检测方法包括PCR扩增和DNA测序等。
编辑基因组是CRISPR技术的核心步骤。
一旦确定了目标基因和寡核苷酸的设计,科学家们就可以使用Cas9蛋白与sgRNA形成复合物,这个复合物会与目标基因的DNA序列配对,并引导Cas9蛋白在目标位点上产生双链切割。
这种双链切割会触发细胞内自然修复机制,从而导致基因组的编辑。
最后,确认编辑效果是CRISPR基因编辑中不可或缺的一步。
为了确定编辑效果,科学家们通常会使用一系列技术和方法来检测是否成功编辑了目标基因。
基因编辑技术CRISPRCas9的使用教程与最佳实践分享在现代生物学研究中,基因编辑技术的出现为研究人员提供了一种高效、精确、低成本的方式来研究基因功能和调控机制。
CRISPR-Cas9系统作为一种革命性的基因编辑工具被广泛应用于基因组编辑、疾病治疗和农业改良等领域。
本文将为您介绍CRISPR-Cas9基因编辑技术的使用教程,并分享一些最佳实践。
CRISPR-Cas9基因编辑技术概述CRISPR-Cas9是一种依靠细菌天然的免疫机制发展而来的基因编辑技术。
CRISPR是一种特殊的DNA序列,可与Cas9酶一起,通过识别和切割DNA序列来精确编辑基因组。
CRISPR-Cas9系统的主要组成部分包括CRISPR RNA (crRNA)、转录单元结构化RNA(tracrRNA)和Cas9酶。
crRNA负责识别目标DNA序列,而tracrRNA将crRNA与Cas9酶结合起来形成活跃的CRISPR-Cas9复合物。
CRISPR-Cas9基因编辑技术的使用教程1. 设计并合成RNA引导序列在使用CRISPR-Cas9进行基因编辑之前,首先需要设计并合成RNA引导序列。
该序列用于指导Cas9酶精确识别和切割目标基因组DNA。
合成的RNA引导序列通常由crRNA和tracrRNA合成而成,也可以合成一个融合的single-guide RNA (sgRNA)。
2. 构建CRISPR-Cas9载体CRISPR-Cas9基因编辑需要将Cas9酶和RNA引导序列导入目标细胞内。
可使用载体如质粒或病毒进行基因编辑构建。
选择合适的载体需考虑目标细胞类型、转染效率和所需编辑范围等因素。
将Cas9基因和RNA引导序列克隆至载体后,可通过转染或病毒介导转染等方法将其导入目标细胞。
3. 确定编辑效果在导入CRISPR-Cas9系统后,使用分子生物学方法来验证编辑效果。
例如,PCR、测序、Western blot或免疫组化等技术可以用于检测目标基因的突变、修复或敲除效果。
CRISPR技术操作指南十年前,当研究人员开始解析细菌和古细菌中一个称为CRISPR 结构的时候,他们并没有预料到这会给基因编辑世界带来一场风暴。
在过去的这一年半时间里,CRISPR 方法已迅速席卷了整个动物王国,成为DNA 突变和编辑的一种“马上”技术——迄今为止在几乎每种实验细胞类型中都能起作用,包括人类细胞,小鼠,斑马鱼和果蝇细胞;这种技术也易于操作,已经有两个研究组利用CRISPR 分析了人类细胞中几乎每个基因单突变(详细报道Science:CRISPR/Cas9加速基因挖掘;Science:张峰建立CRISPR/Cas9人细胞敲除体系)。
就在最近,CRISPR 还帮助研究人员完成了携带特殊基因中断(gene disruptions)的工程猴,这项壮举此前曾在小鼠中实现过,但未在灵长类动物中完成过(详细报道Cell:中国科学家利用CRISPR/Cas9技术构建基因工程猴)。
CRISPR 本身是一种防御系统,用以保护细菌和古细菌细胞不受病毒的侵害。
在这些生物基因组中的CRISPR 位点能表达与入侵病毒基因组序列相匹配的小分子RNA。
当微生物感染了这些病毒中的一种,CRISPR RNA 就能通过互补序列结合病毒基因组,并表达CRISPR 相关酶,也就是Cas,这些酶都是核酸酶,能切割病毒DNA,阻止病毒完成其功能。
将CRISPR/Cas 系统用于其它非细菌细胞需要满足两个条件:一个Cas 酶,用于切断靶标DNA,比如目的基因中的DNA 片段,另外一个就是称为导向RNA (gRNA)的RNA 分子,这种分子能通过互补结合靶标。
gRNA 也就是细菌细胞中CRISPR RNA 的一个更短的版本,它能与Cas 形成复合物,指导Cas 到达正确的剪切位点。
不过研究人员也可以通过结合其它元件,或者改变Cas 活性,来调整这种工具在基因校正和基因调控方面的作用。
“目前,非传统基因编辑应用方面的生物学家利用一种新工具,分析细胞中,和整个生物机体中突变的作用”,来自加州大学伯克利分校的生物化学教授Jennifer Doudna 表示,她与她的同事解析了细菌细胞中CRISPR 的作用机制。
cas9 构建基因敲除细胞系步骤1. 设计gRNA序列需要设计合适的gRNA(guide RNA)序列。
gRNA是一种由RNA和DNA组成的分子,在CRISPR-Cas9系统中起到引导Cas9蛋白识别和切割目标DNA的作用。
gRNA序列应当与目标基因的特定区域互补,并且要避免与其他基因的序列相互匹配。
2. 合成gRNA和Cas9蛋白合成设计好的gRNA序列,并将其与Cas9蛋白结合。
Cas9蛋白是CRISPR-Cas9系统中的核酸酶,能够与gRNA一起识别目标DNA 序列,并在其靶向区域引发双链断裂。
3. 转染细胞将gRNA和Cas9蛋白复合物转染到目标细胞中。
转染可以使用多种方法,如化学法、电穿孔法或病毒载体介导的转染等。
转染后,gRNA和Cas9蛋白会进入细胞质,并寻找目标基因。
4. 筛选敲除细胞系根据需要敲除的基因,选择适当的筛选方法来鉴定敲除细胞系。
常用的筛选方法包括PCR、Western blot和细胞克隆等。
通过这些方法,可以检测到目标基因的敲除情况。
5. 确认敲除细胞系对筛选出的细胞系进行进一步的确认。
可以使用DNA测序技术对目标基因的敲除位点进行测序验证。
此外,还可以通过功能实验来验证目标基因的敲除效果。
6. 存储和维护敲除细胞系成功敲除目标基因后,需要对敲除细胞系进行存储和维护。
细胞系应当保存在液氮中,以确保其长期保存和使用的稳定性。
同时,细胞系也需要定期培养和检测,以确保其生长状态和敲除效果。
以cas9构建基因敲除细胞系的步骤包括设计gRNA序列、合成gRNA和Cas9蛋白、转染细胞、筛选敲除细胞系、确认敲除细胞系以及存储和维护敲除细胞系。
这些步骤需要在实验室中进行,确保操作的准确性和稳定性。
基因敲除细胞系的建立为研究基因功能和疾病机制提供了有力的工具,对于深入理解生命活动和疾病发生发展具有重要意义。
基因编辑技术CRISPR的应用与操作方法总结引言:基因编辑技术是目前生命科学领域的热门研究方向,其中CRISPR是一种反应快速、经济高效的基因编辑技术,已经在各种生物学实验和疾病治疗研究中显示出巨大潜力。
本文将总结CRISPR技术的应用领域,并介绍其操作方法与关键步骤。
一、CRISPR技术的应用领域1. 基因功能研究:CRISPR技术可用于基因靶点的敲除、插入、替代以及突变等操作,帮助科学家们研究某基因或多个基因的功能。
通过CRISPR技术对基因进行编辑,可获得与其相关的生物学信息,了解基因对生物体内各种生理过程的调控机制。
2. 种群基因改良:CRISPR技术可以用于植物、动物以及微生物的种群基因改良,以改善其性状和适应性。
通过敲除或插入特定基因,科学家们能够培育出高产量、抗病性或耐逆性更强的作物品种,提高农作物产量和质量。
3. 疾病治疗:CRISPR技术为疾病治疗提供了新的可能性。
通过编辑患者的遗传物质,科学家们可以纠正某些与疾病相关的基因突变,以达到治疗的目的。
CRISPR技术已被应用于白血病、遗传性疾病等多个领域的研究和治疗实践中。
二、CRISPR技术的操作方法与关键步骤1. 设计sgRNA序列:首先,需要设计用于指导CRISPR-Cas9系统靶向特定基因序列的单导RNA(sgRNA),sgRNA是一段约20个碱基的RNA序列,用于配对目标序列。
sgRNA设计过程需要考虑目标基因序列的特异性和CRISPR系统的有效性。
2. 合成sgRNA和Cas9蛋白质:合成sgRNA后,还需要合成Cas9蛋白质,Cas9是CRISPR系统中的核酸内切酶,负责剪切目标基因的DNA序列。
3. 结合sgRNA和Cas9:将合成的sgRNA与Cas9蛋白结合,形成一个CRISPR-Cas9复合物,该复合物能够识别并结合到目标基因的DNA序列。
4. 导入CRISPR-Cas9复合物:将CRISPR-Cas9复合物导入到目标细胞中,使其能够在细胞内定位并与目标基因发生特异性的结合。
CRISPR流程
第二步是CRISPR系统的构建。
该步骤包括合成或克隆CRISPR组分,
包括Cas蛋白和RNA导向序列。
RNA导向序列是由用于选择性识别目标基
因的CRISPR RNA(crRNA)和传导RNA(tracrRNA)组成的复杂结构。
crRNA由科学家设计以与目标DNA序列互补,并激活Cas蛋白的切割功能。
第三步是导入CRISPR系统到靶细胞中。
这可以通过不同的方法实现,如细胞转染、病毒导入或基因递送系统。
将CRISPR组分导入到靶细胞后,它们将会在细胞内自组装形成功能性CRISPR复合物。
第四步是CRISPR组分的定位和识别目标基因。
当CRISPR复合物形成后,Cas9蛋白将与RNA导向序列结合并识别目标基因的DNA序列。
一旦
目标基因被定位,Cas9将通过其核酸内切酶活性剪切DNA,导致DNA双链
断裂。
第五步是DNA修复。
当DNA双链断裂时,细胞会尝试修复断裂,以恢
复DNA序列。
细胞有两种修复机制,即非同源末端连接(NHEJ)和同源重
组(HDR)。
NHEJ是一种错误修复机制,它导致插入或缺失DNA碱基,从
而导致目标基因的突变。
HDR是一种恢复准确DNA序列的修复方法,但它
需要提供一个同源的DNA模板。
crisprcas12流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成,希望大家下载以后,能够帮助大家解决实际的问题。
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⼿把⼿教你利⽤CRISPR-Cas9系统精准敲除靶标基因科研⼩助⼿轻松科研 | 趣读⽂献 | 前沿资讯 | 实⽤技巧特别鸣谢本⽂由群友Ryan提供!欢迎⼊群交流!⼀CRISPR-Cas系统简介图1 CRISPR-Cas9系统介绍CRISPR-Cas9 系统是⼀种被⼴泛运⽤的基因组编辑⼯具,它来源于细菌的适应性免疫系统。
CRISPR-Cas9系统包括:Cas9酶和⼀个向导RNA。
向导RNA作⽤是引导cas9 到基因组的特异性位点上切割。
如图1所⽰。
⽬前为⽌,CRISPR-Cas9 系统主要有两⽅⾯应⽤: 基因敲除和基因敲⼊。
基因敲除时, ⼀旦DNA的双链断裂反应(DSB)被Cas9切割诱导发⽣, 细胞会启动 NHEJ DNA修复⽅式,这会造成DNA的删除和插⼊。
对于基因敲⼊,加⼊⼀个可同源重组的DNA⽚段, 细胞会将这个⼀段DNA⽚段插⼊进基因组。
⼆两次切割介导的基因敲除与先前的敲除策略并不⼀样,我们改进的这个操作系统可以将基因的删除做到可控的特定长度。
我们正在基因组的⼀个特定的区域两边各引⼊⼀个向导性RNA。
这两个向导性RNA指引Cas9酶在这两个位点进⾏切割。
然后切割后末端通过 NHEJ连接上。
通过这个策略,我们可以将⼀个基因的独⽴外显⼦或者整个基因敲除掉。
如图2所⽰。
图2 Cas9-2hitKO系统三Cas9-2hitKO系统中涉及到的载体为了达到⾼效的敲除效率,我们在同⼀个载体重引⼊cas9 酶和两个向导性RNA。
整个系统包括3个载体: PX458M ,PX459M和EZ-GuideXH。
PX458M ,PX459M 除了含有Cas9和⼀个向导性RNA插⼊位点,还引⼊第⼆个向导性RNA插⼊位点。
EZ-GuideXH是为插⼊第⼆个向导性RNA的辅助性载体。
PX458M 带有 EGFP 荧光标记; PX459M带有 puromycin 抗性筛选标记。
图3 PX458M图谱图4 PX459M图谱图5 EZ-GuideXH图谱PX458M和PX459M 载体是从张峰实验室 PX458 and PX459 载体改造过来的。
基因编辑工具CRISPRCas9的使用方法详解自从科学家于2012年首次使用CRISPR-Cas9技术进行基因编辑后,这项基因编辑工具引起了广泛的兴趣和研究。
CRISPR-Cas9是一种革命性的基因编辑技术,能够精确地修改细胞或有机体的基因组,为科学家们提供了探索基因功能、治疗遗传性疾病和改良农作物等无限可能。
CRISPR-Cas9的使用方法很简单,主要包括以下几个步骤:1. 设计引导RNA序列(sgRNA):sgRNA是CRISPR-Cas9系统中的关键组成部分,它能够指引Cas9酶精确地将DNA剪切。
在设计sgRNA时,科学家需要选择一个目标基因的特定区域作为靶点,这个区域应该是单链DNA,并且具有20个连续核苷酸的序列。
2. 合成和验证sgRNA:一旦sgRNA序列设计完成,科学家们可以将其合成,并通过一系列实验来验证其有效性。
验证包括确认sgRNA与目标DNA序列的亲和力以及评估其能否成功引导Cas9酶到达目标基因。
3. 转染sgRNA和Cas9:一旦sgRNA和Cas9酶验证通过,科学家们将两者一起转染到要编辑的细胞或有机体中。
这可以通过各种转染方法实现,例如永生细胞中的电穿孔或胚胎中的胚胎注射。
4. 检测基因编辑:经过转染后,细胞或有机体中的Cas9酶和sgRNA会结合并识别并剪切目标基因的DNA序列。
科学家们可以通过PCR、Western blot、DNA测序等多种方法来检测基因编辑的效果。
一种常用的方法是T7终止测序,通过将目标基因进行PCR扩增,然后使用T7终止测序反应来确定基因编辑的结果。
总的来说,CRISPR-Cas9是一种快速、高效且精确的基因编辑工具。
然而,也需要注意一些潜在的问题和挑战。
例如,CRISPR-Cas9可能会造成非特异性的编辑效应,即不仅编辑目标基因,还会编辑其他非目标基因。
此外,CRISPR-Cas9的编辑效果可能会因细胞类型、转染效率以及sgRNA的选择等因素而有所不同。
crispr实验流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成,希望大家下载以后,能够帮助大家解决实际的问题。
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CRISPRCas9基因合成操作步骤及详细说明本文档将详细介绍CRISPRCas9基因合成的步骤与操作说明。
步骤一:设计引物在进行CRISPRCas9基因合成之前,首先需要设计合适的引物。
引物应包括靶标基因的DNA序列和与Cas9蛋白相结合的序列。
引物的设计可以借助各种基因编辑工具,如基因编辑软件和在线工具。
步骤二:引物合成和靶向序列放大根据设计的引物序列,可以选择商业实验室或合成生物学公司进行引物合成。
合成的引物可以通过PCR方法进行靶向序列的放大。
此步骤可通过以下步骤进行:1. 准备PCR反应体系,包括引物、PCR缓冲液、DNA模板和dNTPs。
2. 将PCR反应体系置于PCR仪中,进行适当的温度循环来放大靶向序列。
步骤三:提取和纯化靶向序列放大的靶向序列需要进行提取和纯化,以去除其他非目标DNA片段和杂质。
可以使用商业化的基因提取和纯化试剂盒来完成此步骤。
按照试剂盒的操作说明,将靶向序列提取和纯化至高浓度。
步骤四:CRISPRCas9系统装配在进行CRISPRCas9系统装配之前,准备如下材料:Cas9蛋白、sgRNA、纯化的靶向序列和核酸缓冲液。
1. 将Cas9蛋白与sgRNA按照一定的比例混合,使其形成复合物。
2. 加入纯化的靶向序列至Cas9-sgRNA复合物中,使其与靶向序列结合。
3. 将装配好的CRISPRCas9系统进行短暂的孵育,以便复合物形成稳定的结构。
步骤五:CRISPRCas9基因合成实验进行CRISPRCas9基因合成实验时,需准备以下实验材料:装配好的CRISPRCas9系统、细胞培养基、目标细胞。
1. 将目标细胞培养至合适的密度。
2. 通过转染或电穿孔等方法,将装配好的CRISPRCas9系统转导至目标细胞。
3. 维持目标细胞在适当的培养条件下,观察基因合成效果。
步骤六:结果分析与验证验证CRISPRCas9基因合成的有效性和准确性,可采取以下方法之一:1. DNA测序:通过对目标基因进行测序,确认其是否发生了改变。
crispr-cas9流程英文回答:CRISPR-Cas9 is a revolutionary gene-editing tool that has gained significant attention in the scientific community. It allows researchers to make precise changes to an organism's DNA, offering immense potential for various applications, including disease treatment, agricultural improvements, and even synthetic biology.The CRISPR-Cas9 system consists of two main components: the Cas9 enzyme and a guide RNA (gRNA). Cas9 is an endonuclease enzyme derived from bacteria, specifically Streptococcus pyogenes. It acts as a pair of molecular scissors, capable of cutting DNA at specific locations. The gRNA, on the other hand, is a small RNA molecule that guides Cas9 to the target DNA sequence.The process of using CRISPR-Cas9 begins with the design and synthesis of a specific gRNA. This gRNA is designed tobe complementary to the target DNA sequence that the researcher wants to modify. Once the gRNA is synthesized,it is combined with the Cas9 enzyme to form a complex.Next, the CRISPR-Cas9 complex is introduced into the cells or organisms that need to be edited. This can be achieved through various methods, such as direct injection into embryos, electroporation, or viral vectors. Once inside the cells, the Cas9 enzyme and gRNA complex search for the target DNA sequence.When the CRISPR-Cas9 complex encounters the target DNA sequence, the gRNA binds to the complementary region, guiding the Cas9 enzyme to the desired location. Once the Cas9 enzyme is bound to the target DNA, it cuts both strands of the DNA molecule, creating a double-stranded break.At this point, the cell's natural DNA repair mechanisms come into play. There are two main repair pathways: non-homologous end joining (NHEJ) and homology-directed repair (HDR). NHEJ is the default repair pathway and oftenintroduces small insertions or deletions at the site of the DNA break, resulting in gene knockout or disruption. HDR, on the other hand, can be used to introduce specific changes or insertions by providing a DNA template that contains the desired modification.After the repair process is complete, the modified DNA is replicated and passed on to subsequent generations of cells. This allows the changes introduced by CRISPR-Cas9 to be heritable.In summary, the CRISPR-Cas9 system offers a powerful and precise method for editing DNA. Its simple design and versatility have made it a widely adopted tool in many areas of biological research. With further advancements and refinements, CRISPR-Cas9 holds great promise for revolutionizing various fields, from medicine to agriculture.中文回答:CRISPR-Cas9是一种革命性的基因编辑工具,引起了科学界的广泛关注。
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基因编辑技术CRISPRCas9的操作指南引言:基因编辑技术CRISPR-Cas9(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats–CRISPR associated protein 9)是目前最常用且最强大的基因编辑工具之一。
CRISPR-Cas9可以精确地修改细胞或生物体的基因组,并且具有广泛的应用前景,涵盖了从基础生物学研究到基因治疗的众多领域。
本文将为您提供一份操作指南,帮助您了解和掌握CRISPR-Cas9的基本操作步骤。
一、准备工作在使用CRISPR-Cas9之前,您需要做一些准备工作。
1.设计sgRNA(single guide RNA)序列:sgRNA可以指导Cas9蛋白靶向到目标基因的特定位点。
设计合适的sgRNA序列是成功编辑基因的关键。
您可以使用在线的sgRNA设计工具或参考已有的文献来选择合适的sgRNA序列。
2.制备合适浓度的Cas9蛋白:Cas9蛋白是CRISPR系统中负责切割DNA的关键因子。
您可以购买商业化的Cas9蛋白,也可以通过表达和纯化Cas9蛋白的方法进行制备。
确保蛋白质的浓度和纯度是进行CRISPR-Cas9实验的必要条件。
二、转染CRISPR-Cas9系统1.选择合适的细胞类型和培养条件:不同的细胞类型在转染CRISPR-Cas9系统时可能有不同的效率。
因此,选择合适的细胞类型和培养条件对于实现高效的基因编辑是至关重要的。
2.转染CRISPR-Cas9组分:将设计好的sgRNA序列和Cas9蛋白转染到目标细胞中。
您可以使用合适的转染试剂或方法进行转染。
确保转染试剂或方法的选择是适合您的细胞类型的,并根据试剂或方法的说明书进行操作。
三、基因编辑1.筛选和扩增转染细胞:在转染完CRISPR-Cas9系统后,您需要筛选和扩增成功转染CRISPR-Cas9系统的细胞。
您可以使用选择性培养基或标记基因来识别成功转染的细胞群体。
CRISPR/Cas9基因编辑技术具体步骤及方法CRISPR/Cas9 是一种能够对基因组的特定位点进行精确编辑的技术。
其原理是核酸内切酶Cas9蛋白通过导向性RNA(guide RNA, gRNA)识别特定基因组位点并对双链DNA进行切割,细胞随之利用非同源末端连接(Non homologous End Joining,NHEJ)或者同源重组(Homologous Recombination, HR)方式对切割位点进行修复,实现DNA水平基因敲除或精确编辑。
CRISPR基因敲除利用CRISPR / Cas9 进行单基因敲除目前研究最透彻、应用最广泛的II 型-CRISPR/Cas9 系统由两部分组成:1. 单链的guide RNA(single-guide RNA,sgRNA)2. 有核酸内切酶活性的Cas9 蛋白CRISPR/Cas9 系统利用sgRNA 来识别靶基因DNA,并引导Cas9 核酸内切酶剪切DNA(图1)。
当基因组发生双链DNA 断裂后,细胞通过非同源性末端接合(Non-homologous end joining, NHEJ) 将断裂接合,在此过程中,将随机引入N 个碱基的缺失或增加,若N 非3 的倍数,则目的基因发生移码突变,实表1 CRISPR/Cas9 基因敲除与RNAi 比较CRISPR过表达利用CRISPR / Cas9 进行单基因过表达通过修饰CRISPR/Cas9 系统中的一些元件,形成一种蛋白复合物-协同激活介质(SAM),可实现对多数细胞内源基因的特异性激活。
该系统灵活方便,为研究基因功能提供了极为便利的工具。
CRISPR-SAM 系统由三部分组成:1. 失去核酸酶活性的dCas9(deactivated Cas9)-VP64 融合蛋白2. 含2 个MS2 RNA adapter 的sgRNA3. MS2-P65-HSF1 激活辅助蛋白CRISPR-SAM 系统中的MS2-P65-HSF1 激活辅助蛋白就是SAM,全称为SynergisticActivation Mediator( 协同激活调节器),这也就是CRISPR-SAM 的命名由来。
用于CRISPR基因组编辑的一体式载体系统使用GeneArt® CRISPR核酸载体试剂盒进行转染、富集、筛选并发表研究成果。
GeneArt®规律成簇的间隔短回文重复(CRISPR)核酸系统是简单、即用的多功能表达载体系统,同时包含用于快速、高效克隆靶向特异性crRNA的Cas9核酸表达框架和gRNA框架。
此系统允许您以序列特异性方式,从单个质粒编辑和设计您所选的遗传位点。
通过GeneArt® CRISPR鉴定相关靶标后,可采用GeneArt® Precision TAL验证生物相关突变,以降低潜在的脱靶几率。
现以两种形式供应:1.内置即用型试剂盒2.定制三组分的CRISPR编辑基因组编辑采用人工核酸结合源性修复机制来改变细胞内的DNA。
CRISPR/Cas系统充分利用了短gRNA的优势来靶向细菌Cas9核酸内切酶、定位遗传位点。
由于gRNA能够提供特异性,更改靶标时,仅需要更改gRNA序列编码的设计。
基因编辑中所用的CRISPR/Cas系统包含三种组分:Cas核酸Cas9(双链DNA核酸内切酶)、一种靶向补充物crRNA以及一种辅助反式激活因子crRNA(图1)。
GeneArt® CRISPR核酸载体的crRNA和tracrRNA都以gRNA的方式一同表达,其中gRNA则在细菌系统中模仿天然的crRNA-tracrRNA嵌合体。
所有需要做的工作就是引入一个编辑所需的序列的双链寡核苷酸,以表达契合体的crRNA部分。
图 1. CRISPR/Cas9 靶向的双链断裂。
双链上均出现断裂,发生在靶向序列3端NGG前间区序列邻近基序(PAM)序列的3碱基对上游。
GeneArt® CRISPR核酸载体试剂盒GeneArt® CRISPR核酸载体试剂盒是用于表达哺乳动物细胞内CRISPR/Cas基因组编辑所需功能组分的报告基因载体系统。
这一系列试剂盒现提供有不同的报告基因:带有OFP(橙色荧光蛋白)的GeneArt® CRISPR核酸载体,支持Cas9和CRISPR RNA表达细胞群的流式细胞术分选(FACS) (图2A);带有CD4的GeneArt® CRISPR核酸载体,支持微珠法Cas9和CRISPR RNA表达细胞群富集(图2B)。
CRISPR操作-gRNA设计教程
我们都知道一个基因(一个基因ID)往往可以编码多个转录本(多个NM 号),相应的也对应多个蛋白质(多个NP号)。
一条mRNA上编码蛋白质的区域称为CDS(coding sequence)。
一个基因产生的多个mRNA往往有部分区域是重叠的(图4a红框内的区域),这部分重叠的区域叫做保守的CDS (consensus CDS),简称CCDS。
我们通过基因组编辑破坏一个基因,往往需要破坏所有的mRNA编码的蛋白,因此,我们选择编辑的位点通常位于CCDS区域的上游位置(靠近起始密码子ATG的位置)。
编辑的目的是在CDS区域随机引入碱基的缺失或插入(indels),如此可以破坏三联密码子的阅读框,产生移码突变(图4b)。
图4CCDS和移码突变示意图。
a,方框代表外显子组织情况,黑色方框代表CDS区,红色框内是该基因对应的CCDS;b,移码突变。
一个T碱基的插入改变了阅读框,最终导致终止密码子的提前出现,蛋白质翻译提前终止。
移码突变往往导致蛋白质功能丧失。
SgRNA设计的站点介绍如下:
着重推荐Lei Stanley Qi Lab的
/index.jsp
(打不开请复制到浏览器地址栏)
这个在线站点功能比第一个丰富,可以选择基因编辑工具的其他用途
(激活,抑制基因表达等)(图5)。
下一步就是选择物种(图6)。
但只有常见的9种。
再下一步就是直接输入基因的名称(或序列)即可(图7)。
图5选择编辑类型
图6选择物种
图7选择基因名称。
我们以人的LDLR基因作为例子说明,输入“LDLR“,然后点击“CRISPR-ERA search”,会出来很多设计好的sgRNA(图8),ID编号#1-N(紫色框),后面一系列参数代表sgRNA对应的mRNA、基因组位置等。
绿色框里代表打分,简而言之是E+S分越高越好。
但这个不是很直观,我们可以切换到图示模式,请点击红色框的链接查看排名前50位的sgRNA在基因组上对应的位置(图9)。
图示模式是兼容在UCSC基因组浏览器中的,这一工具包含的信息特别丰富,大家可以自己探索探索其他好玩的功能。
图8LDLR设计的sgRNA页面图。
如图9所示,出来的sgDNA集中分布在距离ATG下游的第3和4个外显子中,我们可以选择打分优先靠前的#1,2,3号sgRNA。
对于做基因的敲除(KO)而言,强烈建议选择ATG下游通常100aa以内范围内的sgDNA 来用(比如图9中的#2,4,9等);而且,一定要位于CCDS区域内(CCDS 是consensus CDS,即公共的CDS区域,是针对很多个转录本[isoforms]定义,图9中绿色条框即是。
这个很重要!!!如果默认不显示,需要在图示的下面设置一下,如图10)。
图9sgRNA在基因组上的相对各个外显子的位置。
注意对应基因的方
向和CCDS的位置。
图10注意高亮信息的设置。
●Feng Zhang lab:/。
这是最早的一个设计
站点。
包括常见的16个物种。
选中物种,把你要设计的区段序列扔到下面的框里运行就行。
但前提是你自己已经选好了位置(图11)。
图11
●还有其他,如omictools下面的Cas-Designer
/cas-designer/。
这个站点内容更加丰富,比如物种覆盖式最多的,包括植物,昆虫等等(图12左)。
这个站点也是输入目的基因的序列定制的,不同的是可以有较大的自由度选择位置预测。
图12
●还有一些商业公司的,比如Thermo下面的(图13):
https:///crispr/index.html#/searc h
物种较少,商业性目的特别强,了解下即可。
图13
●手动版设计方法—好用不贵(可能保证不了特异性)
手动版本虽然费事,但有时候却会事半功倍,节约后续鉴定单克隆的成本。
经验表明脱靶也没有那么不堪,完全可以利用。
我们举例来说:
图14
序列中PAM和sgDNA的序列放大如下(前提是sgDNA位于CCDS区域,而且特异性要保证):
也即,让Cas9切割位置(确定的)跨过一个酶切位点(比如sfcI)。
这样,在Cas9成功编辑靶序列产生indels的时候,酶切位点一定会遭到破坏。
这为后续的单克隆鉴定提供了便利。
请看示意图(图15):
图15
注意一点:PCR引物设计的时候确保PCR片段内部不要出现第二个SfcI的酶切位点。
这样后面酶切的时候结果是唯一的。
实验流程和鉴定结果应该是这样的(图16):
图16
对于WT,酶切是充分的,不会残留。
而对于成功编辑的两个mixture:*1和*2,由于产生了indels,部分sfcI的位点造到破坏,sfcI切不动的。
对于成功编辑的单克隆而言,应该是一点都切不动。
后续鉴定只要这样的克隆去测序即可(图17,红色编号为阳性克隆)。
图17
TA克隆测序结果(图18):
图18
其他Cas9,比如Cpf1和saCas9的设计
因为以上介绍的站点没用涉及Cpf1和saCas9,特别是saCas9(非常适合AAV介导的载体基因编辑)。
http://crispr.cos.uni-heidelberg.de/index.html这个网站兼容几乎所有类型的Cas9设计。
打开页面,输入要编辑区域的基因组碱基序列,然后在PAM类型里选择
你需要的Cas9类型,比如spCas9,saCas9以及cpf1等。
其他条件默认设置即可,然后点击sunmit即可。
非常傻瓜式的操作(图19,20)
图19
图20。