第三章生物体中究竟有多少基因？与原核基因组(Genome)相比，真核基因组有一些不同的特点。
一个基因的完整性可以被打断，会有多个相同的重复序列，并且有大量的DNA并不编码蛋白。
由于核与胞质的分离，真核中基因的表达也必然和原核生物不同。
但是“真核基因组”并没有明确的界限，其必要条件是基因组大部分位于核内。
核DNA的数量变化很大，它所形成的染色体数量各不相同，序列类型也有很大区别，而细胞器含有相对较少的基因组，其大小也表现出广泛差异。
在分析真核基因组，特别是高等真核生物基因组的主要困难是编码区只代表总DNA 的很小一部分。
由于基因可能是割裂的，其大部分可能并非与编码的蛋白质相关。
基因之间也可能存在很长的DNA。
因此我们不可能从基因组总大小上推测出基因的大小。
可以通过鉴定拥有开放读框的区域直接推知基因组的编码潜力。
但是割裂基因可能含有很多分离的开放读框，从而混淆大规模基因组作图。
由于我们不知道蛋白产物的功能，或者没有确实证据说明它们表达，这种方法仅局限于确定基因组的潜力(但也有假设认为保守的开放读框会被表达，见第二章)。
另一种确认基因数量的途径是通过它们表达的蛋白或者mRNA。
这对处理已知条件下表达的基因非常可靠。
可了解在特定组织或者细胞中有多少基因表达，在相关表达水平上存在哪些差别，并且在一个细胞中表达的基因有多少与其它细胞不同，或者有多少也在其他细胞表达。
关于细胞类型，我们可能会问一个特定基因是否是必要的，当该基因突变时会发生什么情况呢？如果这种突变是致死的，或者生物表现出可见的缺陷，我们可能推测这个基因是必须的，或者至少表现出选择优势。
但有些基因的缺失对表型没有明显的影响，这些基因真是不需要的吗？在其他情况下或者经过长期的进化，它们的缺失意味着选择的劣势吗？3.1 基因组为何如此之大?基因组中DNA的总量是物种所特有的，称为C值(C-value)。
C值的范围变化很大，从微生物中的<106到一些植物和两栖类的>1011。
