ubuntu下并行安装lammps教程(需联网)超简单 亲测成功,适合小白

我的系统是在windows下的虚拟ubuntu9.10，lammps版本是LAMMPS (6 Mar 2010)，说明下7 July 2009的安装方法和这个是一样的。

A.安装lammps (我的文件夹名字是lmp)1.下载和解压，安装附件，这个比较简单，论坛里很多高人都讲了很多，我就不多说了。

2.cd lmp/src/STUBS3.make clean4.make(到STUBS下看看是否生产了lmpi.a)5.cd lmp/src6.make clean-all7.make serial （成功的话会生成lmp_serial,在src目录下输入./lmp_serial,你会看到当前lammps的版本）B.测试以及安装xmovie在安装其他package之前，你可以先测试下刚安装好的lammps，由于lammps默认只安装了3个packages，所以很多例子是不能跑的，我们可以先跑下crack。

步骤如下：1.cd lmp/examples/crack2.../../src/lmp_seral<in.crack（很多人会把lmp_serial拷贝到examples文件夹下，然后跑例子，我是没有拷贝，前面的../../是指与examples相同的路径，运行完后，你会得到一个dump.crack文件，当然了还有个log文件，可以到crack文件夹下check下）跑完后，当然想用可视化看看结果了，要是你没有安装vmd，可以先安装下lammps自带的xmovie，虽然功能有限，但是还是可以作参考。

安装和运行步骤如下：1.cd lmp/tools/xmovie2.make (可以到tools的xmovie文件夹下看看是否生产了xmovie可执行文件)3.cd lmp/examples/crack4.../../tools/xmovie/xmovie –scale dump.crack（调用方式和lmp_serial很像）5.可以通过修改原子颜色，通过color tap，改完后重新播放下，这个很想一般的播放器的操作C.附加package的安装(这里主要讲的是poems和meam的安装)首先介绍几个会用到的命令：make yes-packagename(这里packagename可以是lammps提供的也可以是你自己编的)make no-packagename 同时这2个命令可以编译或者卸除对应的package。

全原子分子动力学模型 lammps全原子分子动力学模型LAMMPS，是一款非常优秀的分子模拟软件。

它是一款免费的并依托开源社区共同开发的分子模拟软件，在学术界和工业界都具有广泛的应用。

LAMMPS包含许多强大的功能和工具，能够模拟分子、多体相互作用、材料能量和温度等方面，是材料科学、化学、生物学等领域研究的重要工具之一。

下面我们来具体了解一下如何使用LAMMPS进行分子模拟。

第一步：软件安装与配置首先，我们需要前往LAMMPS的官方网站进行下载和安装。

下载的版本可以根据自己的需要选择，一般来说最新的版本越稳定也越实用。

安装之后，我们需要配置环境变量，以便在终端或命令行中可以直接使用LAMMPS。

第二步：建立分子模型在使用LAMMPS进行分子模拟之前，我们需要首先建立分子模型。

这可以通过算法或者数据实验等方式实现。

具体来说，我们需要确定分子的数目、类型、位置等信息。

对于这些信息，可通过多种科学方法获取。

我们建立好分子模型之后，需要将其写入到LAMMPS的输入文件中。

输入文件包含了我们的模型、模拟参数、计算方式和输出等信息，是LAMMPS模拟的核心。

第三步：设置模拟参数LAMMPS除了支持模型参数输入外，还提供了一个非常强大的用户交互机制，以便更灵活地控制模型。

在这里，我们可以设置温度、压力、能量、力场、约束等不同的模拟参数。

不同的模型需要根据具体应用需求进行不同参数的调整，比如需要考虑不同的温度、压力等等。

第四步：运行模拟当我们设置好了LAMMPS的输入文件和模拟参数之后，就可以开始利用LAMMPS进行模拟了。

一般来说，我们可以采用命令行操作，以便更精确地控制模拟进程。

模拟完成之后，我们可以根据之前设置的输出选项进行相应的结果分析。

LAMMPS支持多种输出格式，方便进行分析和后续处理。

总结：通过以上步骤，我们可以看到使用LAMMPS进行分子模拟的过程非常清晰和简单。

LAMMPS强大的功能和灵活性，可以帮助我们快速、准确地获取分子的性质和行为，是当今分子模拟研究领域的重要工具之一。

lammps单机并行计算配置方法Lamps 单机多核并行计算方法1、修改环境变量编辑.bashrc 文件：cdvi .bashrc按Insert 键，移动光标至fi 下，在文件结尾处（fi 后）增加以下两行：export PATH=/opt/mpich/bin:$PATHexportLD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich/lib:/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_P ATH按Esc，Shift+zz重启机器2、安装fftw获得fftw：wget /doc/e412612373.html,/fftw-2.1.5.tar.gztar xvzf fftw-2.1.5.tar.gzcd fftw directory./configure --prefix=/opt/fftw --enable-floatmakesudo make install3、安装mpich2获得mpich；wget/doc/e412612373.html,/research/proj ects/mpich2/downloads/tarballs/1.4.1p1/mpi ch2-1.4.1p1.tar.gzcd ..(退上去)tar xvzf mpich2-1.4.1p1.tar.gzcd mpich2-1.4.1p1./configure --prefix=/opt/mpichmakesudo make install4、Lammps编译Cd ~tar -xvzf lammps-6Dec12.tar.gz (注：必须有f 才能解压)cd lammps-6Dec12/src/MAKEvi Makefile.linuxcc= 改为mpic++link= 改为mpic++MPI_INC = -I/opt/mpich/include （添加，不删除原有内容）MPI_PATH = -L/opt/mpich/libMPI_LIB = /opt/mpich/lib/libmpich.a (不改动)FFT_INC = -I/opt/fftw/include （添加，不删除原有内容）FFT_PATH = -L/opt/fftw/libFFT_LIB = /opt/fftw/lib/libfftw.a （不改动）cd lammps6Dec2/srcmake yes-mcmake linux在src 文件夹内生成可执行文件：lmp_linux如果要修改Makefile.g++,方法如下vi Makefile.g++cc= 改为g++link= 改为g++MPI_INC = -I/opt/mpich/include （添加，不删除原有内容）MPI_PATH = -L/opt/mpich/libMPI_LIB = /opt/mpich/lib/libmpich.a (不改动)FFT_INC = -I/opt/fftw/include （添加，不删除原有内容）FFT_PATH = -L/opt/fftw/libFFT_LIB = /opt/fftw/lib/libfftw.a （不改动）EscShift+ZZcd lammps6Dec2/srcmake g++运行测试（在src 路径下）：cp lmp_linux ../benchcd ../benchmpirun -np 4 ./lmp_linux < in.lj。

方法一：【原创】Linux下安装单机多核并行lammps（附meam包）(2010-12-08 08:45:50)转载▼标签：lammps并行安装meam 分类：计算材料总结：Linux下安装单机并行lammps○．机器配置：1．处理器：Intel XEON ×22．主板：Intel S5500BC3．内存：金士顿4G ×64．操作系统：Redhat Enterprise 5.3 x86_64一．下载需要的源文件fftw-2.1.5.tar.gz下载地址：/download.htmlmpich2-1.0.2p1.tar.gz下载地址：/pub/mpi/old/lammps-1Dec10.tar.gz下载地址：/tars/并以root身份（以下均在root下）拷贝到/usr/local/src目录下二．安装FFTW# tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz# cd fftw-2.1.5# ./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw215-gnu --enable-float# make# make install三．安装MPICH2# tar xvzf mpich2-1.0.2p1.tar.gz# cd mpich2-1.0.2p1# ./configure --prefix= /opt/mpich2-gnu# make# make install如果不出错，应该就是安装成功了。

接下来的工作时进行配置。

MPI应用一个管理器来管理运行MPI程序，这个管理器就是mpd，但是在正式开始运行mpd 前还需要一个基于安全考虑的配置文件.mpd.conf，这个文件是要放在运行程序的用户的home目录下，本例子中就是/home/mpi/.mpd.conf，而且这个文件只能由这个用户读写，创建文件的命令是，# cd $HOME# touch .mpd.conf# chmod 600 .mpd.conf什么意思，我暂时也不太清楚，但是就这么做就可以了。

lammps安装]Ubuntu下安装lammps单机版（no MPI，no FFT）几点心得说明一下：我用的是ubuntu12，自动更新到13（去系统自带的“软件中心”安装谷歌拼音输入法，方便后面操作）。

下载的lammps为2014年5月份的。

1.更改系统默认的shell由于ubuntu系统默认的shell是dash，它更小巧、更快。

但是听说安装一些脚本时容易出错，因此还是改为bash。

查看系统默认的shell，ls -l /bin/sh重新配置dash,sudo dpkg-reconfigure dash然后选择[no]，终端会自己删除dash，并更改为bash。

2.预安装sudo apt-get install cshsudo apt-get install build-essentiallammps要求ubuntu系统的（用于将ubuntu当作debain系统？）：sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammpssudo apt-get update3.安装编译器由于电脑CPU是Intel的，所以选择intel的icc和ifort，听说会比其他编译器快很多（主要差别在浮点运算？）。

下载地址：https:///doc/ed544230.html,/en-us ... oftware-development，获得序列号。

我下载安装的是icc2013_sp1.2.144，ifort2013_sp1.2.144版的。

先装（命令集），sudo apt-get install g++去解压包的目录下，我的是cd /home/bill/iccsudo ./install.shifort的安装与此相同。

设置环境变量，使之生效。

gedit .bashrc打开.bashrc后，在末尾加上# l_ccompxe_2013_sp1.2.144# l_fcompxe_2013_sp1.2.144 这两行只是用来注释的source /opt/intel/bin/compilervars.sh ia32加这一条可同时使icc，ifort，icpc生效，而不用分别添加。

LAMMPS简要使用说明目录lammps简要使用说明 (1)LAMMPS介绍 (4)文件 (4)1. 系统初始化 (4)units lj/real/metal/si/cgs (4)atom_style angle/atomic/bond/charge/dipole/dpd/ellipsoid/full/granular/molecular/hybrid (5)atom_modify map/first (5)dimension N ,N=2/3 (5)boundary x y z, default=boundary p p p (5)newton flag/flag1 flag2 (5)communicate single/multi group/cutoff (5)processors Px Py Pz (6)2. 创建模拟晶胞 (6)lattice none/sc/bcc/fcc/hcp/diamond/sq/sq2/hex/custom scale keyword values (6)region ID style block/cylinder/prism/sphere/union/intersect args keyword value (6)group ID region/type/id/molecule/subtract/union/intersect (6)create_box N region−ID (7)create_atoms type box/region/single args keyword values (7)delete_atoms group/region/overlap/porosity args (7)read_restart file/read_date file (7)set atom/group/region ID keyword values (8)displace_atoms g roup−ID move/ramp/random args keyword value (8)displace_box group−ID parameter args ... keyword value .. (8)change_box ortho/triclinic (9)replicate nx ny nz (9)3. 设置 (9)mass I value (9)velocity group−ID create/set/scale/ramp/zero args keyword value (9)timestep dt (9)reset_timestep N (10)neighbor skin bin/nsq/multi (10)neigh_modify keyword values (10)4. 输出 (10)dump ID group−ID bond/dcd/xtc/xyz/custom N file args (10)dump_modify dump−ID format/scale/image/flush/unwrap/every/precision/region/thresh values (11)undump dump−ID (11)thermo_style one/multi/custom(args) (11)thermo_modify lost/norm/flush/line/format/temp/press value (12)thermo N (12)print string (12)restart N root (12)write_restart file (13)echo none/screen/log/both (13)log filename (13)5. FIX (13)fix ID group−ID style args (13)系综相关 (14)力和速度的控制 (15)计算特定量 (16)模拟晶胞的控制 (17)模拟过程的控制 (18)unfix fix-id (18)6. COMPUTE (18)compute ID group−ID style args (18)compute ID group−ID ackland/atom (19)compute ID group−ID centro/atom (19)compute ID group−ID coord/atom cutoff (19)compute ID group−ID damage/atom (19)compute ID group−ID displace/atom fix−ID (19)compute ID group−ID group/group group2−ID (20)compute ID group−ID ke (20)compute ID group−ID ke/atom (20)compute ID group−ID pe (keyword=pair/bond/angle/dihedral/improp er/kspace) (20)compute ID group−ID pe/atom (keyword=pair/bond/angle/dihedral/improper) (20)compute ID group−ID pressure temp−ID ke yword=ke/pair/bond/angle/dihedral/improper/kspace/fix (20)compute ID group−ID reduce mode=sum/min/max input1 input2 (20)compute ID group−ID stress/atom (keyword= ke/pair/bond/angle/dihedral/improper/kspace/fix) (20)compute_modify compute−ID keyword value (20)compute ID group−ID temp (21)compute ID group−ID temp/com (21)compute ID group−ID temp/deform (21)compute ID group−ID temp/partial xflag yflag zflag (21)compute ID group−ID temp/ramp vdim vlo vhi dim clo chi keyword value (21)compute ID group−ID temp/region region−ID (21)uncompute compute-ID (21)7. 势函数 (21)pair_style (21)pair_style tersoff (22)kspace_style (23)kspace_modify (23)pair_write itype jtype N r/rsq/bitmap inner outer file keyword Qi Qj (23)8. 运行 (23)run N upto/start/stop/pre/post/every values (23)run_style verlet/respa(args) (23)minimize etol ftol maxiter maxeval (24)min_style cg/sd (24)min_modify dmax 0.2 (default=0.1) (24)temper (24)clear (24)9. 其他 (24)variable name delete/index/loop/world/universe/uloop/equal/atom (24)next variables (25)jump file label (25)label string (25)if value1 operator value2 then command1 else command2 (26)include filename (26)shell cd/mkdir/mv/rm/rmdir (26)10. 模拟方法论 (27)缺陷的生成 (27)晶格常数 (27)迁移 (27)表面 (27)立方晶系弹性常数 (22)LAMMPS介绍LAMMPS= Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator. − Sandia National Laboratories命令行选项：-in file输入文件；-log file 输出文件；-screen file屏幕输出文件；-echo style，输入文件内容是否输出到输出文件和屏幕，style=none/screen/log/both (default=log)。

温馨提示：(1)点击标题可直接到相关的“章节”。

(2)为避免混淆，上面的各“章”，在本文中用“步骤2”、“步骤5”这样的词代指；而文中其它地方出现的“章节”是指lammps 手册中的章节。

(3)文中跟某些名词相关的网页已加注超链接，直接点击可浏览该页面以获得更详尽的信息。

0. 写在最开始的话从2007 年5 月初开始接触和学习lammps，时至今日，依然对lammps 存有很多疑惑。

如同一个刚入门的工匠面对着一台功能强大的复杂机器，不知所措。

虽然还有好多好多的东西要学习，但是也已经了解了一些最最基本的东西了。

我可以去帮助那些刚刚入门的人，正如我刚刚开始学习lammps 时诸位热心网友对我的帮助。

现在，我写一写自己知道的东西，希望对lammps 的新手有所帮助，不当之处，真诚地希望各位读者多多指正。

我写的这点儿东西，使用者仅限于使用lammps 的新手，而且里面只讲到了ubuntu 下编译lammps 的单机版，没有涉及并行版的编译。

我希望这个“指南”会帮他们更快地了解和学习lammps。

如果你已经在使用lammps 了，我觉得这个“指南”是不会对你有什么帮助的。

不过，对于高手来说，如果你有时间，我还是希望你能看完这篇，因为我接触lammps 和MD 的时间都不长，我怕我的某些错误会误导新手。

所以，希望大家一起努力，完善这个指南。

对这个“指南”有任何的建议，请联系我，联系方式如下：QQ: 365449075Email: wfc@另外，我只把这篇文章放在这个由学校提供的个人网页空间。

之前QQ 空间的那篇文章，因为对其内容改动较大，故我已将其删除。

我并不反对转载，（先自我陶醉一下下，可是会有吗？呵呵）但是转载之前，请注意：(1)文章中的一些表述我尚不肯定正确与否。

所以转载之前，请你负责任地认真读完这篇文章并确认你是否认可我的表述。

如果发现错误，请及时联系我，谢谢先了。

(2)我知道有些论坛的用户可以设置回复或者付出金币or 积分等才能查看某些帖子，我坚决反对这篇文章被这么做。

0pensuse（64bit）lammps(含meam) 并行编译的一点体会经过两天的琢磨，终于编译好了了lammps，简单记录一下过程以及需要注意的地方。

1.基本步骤：（百度搜索opensuse lammps可查到我师兄的一篇文章很详细）（1）安装opensuse，要选择g++，gcc，gfortran相关编译器以及库文件lib**；（2）准备fftw，mpich，lammps文件；（3）fftw和mpich解压后分别进入目录下进行编译（目录下有readme可供参考）；mpich 编译后需要在环境变量中发布。

（4）解压lammps，到**/lib/meam目录下make –f Makefile.gfortran，用vi打开mmps，保证第二行“=”右侧只有-lgfortran，其余（其他行）全部删除。

退出至/src下，make yes-meam。

（5）编写makefile文件：以Makefile.g++为基础模板，需要改动的地方有：a.如果不需要jpeg，将出现jpeg字样的部分全部#掉。

b.mpi相关的3行：第一行加入-I/(mpich安装路径)/include；第二行加入-L/(mpich安装路径)/lib 或lib64（64位）；c.fftw相关的3行：第一行加入-I/(fftw安装路径)/include；第二行加入-L/(fftw安装路径)/lib 或lib64（64位）；如果用的是fftw3.***，则要改第一行与第三行FFTW和-lfftw为FFTW3和-lfftw3。

d.编译lammps，并且在环境变量中发布。

2.可能会忽视的地方a.某些mpich版本与64位操作系统不兼容；我用的是mpich-3.0**；b.最新的lammps中makefile格式有了很大简化，就是不需要再写关于非标准文件包的参数，需要哪个文件包，只需要到/lib/相应的文件包下预先编译，并到/src下make yes-name 即可，编译lammps时可以自动寻找到库文件路径。

一lamps非并行安装1 在终端输入：cd /mnt（源码包放在/mnt下(cp /home/lab/Desktop/ /mnt)）gunzip xvfmv lammps-5Dec10 lmp (重命名为lmp)cd lmp/src/STUBSmake cleanmakecd /mnt/lmp/src/MAKEvi 后出现# g++ = RedHat Linux box, g++4, gfortran, no MPI,no FFTSHELL = /bin/sh# ---------------------------------------------------------------------# compiler/linker settings# specify flags and libraries needed for your compilerCC = g++4 g++4该为g++CCFLAGS = -g -ODEPFLAGS = -MLINK = g++4 g++4改为g++LINKFLAGS = -g -OLIB =ARCHIVE = arARFLAGS = -rcSIZE = size# ---------------------------------------------------------------------然后存档，退出，终端输入cd /mnt/lmp/srcmake clean-allmake serial之后linux开始编译，最后会在/mnt/lmp/src下生成lmp_serial的可执行文件。

mv lmp_serial lmp2 计算一example终端输入：cd /mnt/lmp/e*/shearcp /mnt/lmp/src/lmp /mnt/lmp/e*/shear./lmp< 即开始计算二lammps的并行安装1 安装fftw终端输入:cd /mntgunzip 2.1.5 (源码包在/mnt下)tar xvf 2.1.5cd fftw-2.1.5./configure –prefix=/opt/fftw --enable -floatmakemake install (fftw-2.1.5即安装在/opt/fftw下)2 安装mpich终端输入:cd /mntgunzip 1.3.1 xvf 1.3.1cd /mpich2-1.3.1./configure –prefix==/opt/mpichmakemake install (mpich即安装在/opt/mpich下)然后配置环境变量终端输入:cdvi .bashrc开始编译为If [ -f /etc/bashrc ]; then. /etc/bashrcfiexpot PATH=/opt/mpich/bin:$PATHexportLD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich/lib:/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH 3 安装lammpscd /mntgunzip xvfmv lammps-5Dec10 lmpcd /lmp/srcmake yes-allmake no-gpumake no-user-atc(几个特殊的package:meam,poems,reax,gpu,user-atc需要特别安装，如下)cd /mnt/lmp/lib/meamlsmake –f (安装meam)cd /mnt/lmp/lib/poemslsmake –f ++cd /mnt/lmp/lib/reaxlsmake –f(然后对文件进行编译)cd /mnt/lmp/src/MAKEvi (按下i可修改)# g++ = RedHat Linux box, g++4, gfortran, MPICH2, FFTWSHELL = /bin/sh# ---------------------------------------------------------------------# compiler/linker settings# specify flags and libraries needed for your compilerCC = g++4g++4改为mpic++CCFLAGS = -g -ODEPFLAGS = -MLINK = g++4 g++4改为mpic++LINKFLAGS = -g -OLIB =ARCHIVE = arARFLAGS = -rcSIZE = size# ---------------------------------------------------------------------# LAMMPS-specific settings# specify settings for LAMMPS features you will use# LAMMPS ifdef options, see doc/LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP# MPI library, can be src/STUBS dummy lib# INC = path for , MPI compiler settings# PATH = path for MPI library# LIB = name of MPI libraryMPI_INC =-I/opt/mpich/include -DMPICH_SKIP_MPICXXMPI_PATH = -I/opt/mpich/libMPI_LIB = /opt/mpich/lib/ #-lmpich -lpthread# FFT library, can be -DFFT_NONE if not using PPPM from KSPACE package # INC = -DFFT_FFTW, -DFFT_INTEL, -DFFT_NONE, etc, FFT compiler settings # PATH = path for FFT library# LIB = name of FFT libraryFFT_INC = -I/opt/fftw/include -DFFT_FFTWFFT_PATH = -I/opt/ffte/libFFT_LIB = /opt/fftw/ #-lfftw# additional system libraries needed by LAMMPS package libraries# these settings are IGNORED if the corresponding LAMMPS package# . gpu, meam) is NOT included in the LAMMPS build# SYSLIB = names of libraries# SYSPATH = paths of librariesgpu_SYSLIB = -lcudartmeam_SYSLIB = -lmeam –lgfortranpoems_SYSLIB= -lpoems -lgfortranreax_SYSLIB = -lreax -lgfortranuser-atc_SYSLIB = -lblas -llapackgpu_SYSPATH = -L/usr/local/cuda/lib64meam_SYSPATH = -L/mnt/lmp/lib/meampoems_SYSPATH= -L/mnt/lmp/lib/poemsreax_SYSPATH = -L/mnt/lmp/lib/reaxuser-atc_SYSPATH =# ---------------------------------------------------------------------# build rules and dependencies# no need to edit this sectionincludeEXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC)EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(PKG_SYSPATH) EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(PKG_SYSLIB)# Link target$(EXE): $(OBJ)$(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE) $(SIZE) $(EXE)# Library targetlib: $(OBJ)$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)# Compilation rules%.o:%.cpp$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $<%.d:%.cpp$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $< > $@# Individual dependenciesDEPENDS = $(OBJ:.o=.d)include $(DEPENDS)存档退出(esc :wq exit)，终端输入:cd /mnt/lmp/srcmake clean-allmake serial (lammps开始安装，最后可生成lmp_serial的可执行文件)mv lmp_serial lmp4 并行计算一examplea：终端输入cd /mnt/lmp/examples/shearcp /opt/mpich/bin/mpirun /mnt/lmp/e*/shearcp /mnt/lmp/src/lmp /mnt/lmp/e*/shearmpirun –np 4 ./lmp< (lammps开始计算)b：终端输入cd /mnt/lmp/e*/shear/opt/mpich/bin/mpirun –np 4 /mnt/lmp/src/lmp<。

Lammps/LIGGGHTS安装即使用步骤：1.按照<Info. 1 >安装 Ubuntu LINUX 系统、OpenFOAM程序、CFDEM程序（默认安装了LAMMPS及LIGGGHTS包）。

2.Make (编译可执行程序)，见<Info.2>. 在～LIGGGHTS-PUBLIC/src目录下，键入“make package fedora_fpic-j32“，会编译生成一个 lmp_fedora_fpic可执行程序。

将编译好的可执行程序复制到系统默认程序安装目录，便于使用“sudo cp lmp_fedora_fpic/usr/local/bin/liggghts”；或者每次将可执行文件拷贝到存放in.filename的目录下。

3.运行lammps。

参考<Info.2>后半部讨论记录，在in.filename所在的目录下，键入命令“./lmp_fedora_fpic<in.filename”(“mpirun –np 4 ./lmp_fedora_fpic <in.filename“进行多核并行运算)或“liggghts <in.filename”也可以。

运行结束，会在同一个目录下的post文件夹中生成多个dump**.filename文件。

4.安装和运行lpp （python程序下的一个将dump***.filename文件转换成VTK格式的文件，该类型文件可供Paraview后处理程序使用）。

参照 <Info.3>，按照下面提示安装和使用lpp。

在post目录下运行“lpp dump***.filename”, 会在同一目录下生成dump***.vtk格式的文件，转换成功。

Install LPP for postprocessingsudo apt-get install python-numpysudo git clone https:///CFDEMproject/LPP.git $HOME/LPPgedit ~/.bashrcadd at the bottom alias lpp="python $HOME/LPP/src/lpp.py"##Checking the lpp installationOpen new terminalcd /home/"user"/LIGGGHTS-PUBLIC/examples/LIGGGHTS/Tutorials_public/chute_wear/postlpp dump*.chute.vtk files will be created in the post folder which can be used later for visualization of simulation in paraview.-------------------5.使用paraview程序进行后处理。

lammps运行流程-回复LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) 是一款用于模拟原子分子系统的分子动力学软件。

它是由美国能源部劳伦斯伯克利国家实验室开发的，已经成为原子模拟领域的标准工具之一。

本文将介绍LAMMPS的运行流程，并详细解释每个步骤的具体内容。

LAMMPS的运行流程可以分为以下几个步骤：1. 准备输入文件运行LAMMPS之前，需要准备一个输入文件。

输入文件是一个文本文件，其中包含了模拟所需的参数、控制命令、分子结构信息等。

LAMMPS的输入文件采用一种灵活的格式，可以根据用户的需求进行配置。

2. 运行LAMMPS一旦准备好输入文件，就可以通过命令行运行LAMMPS。

在运行LAMMPS之前，需要确保计算机上已经安装了LAMMPS软件。

用户可以使用以下命令来启动LAMMPS：lammps -in input_file其中，input_file是用户准备的输入文件的路径和文件名。

3. 初始化计算当LAMMPS开始运行时，首先会读取输入文件并初始化计算。

在初始化阶段，LAMMPS会解析输入文件中的参数和命令，并根据这些信息来设置相应的计算条件。

4. 加载分子结构在初始化完成后，LAMMPS会加载分子结构。

用户可以通过在输入文件中指定分子结构的方式来定义模拟系统的初始状态。

LAMMPS支持多种方式来描述分子结构，比如通过坐标文件、拓扑文件等。

5. 定义力场在加载分子结构之后，LAMMPS需要根据用户的选择来定义力场。

一个力场是一个数学模型，用于描述原子之间的相互作用。

用户可以在输入文件中选择不同的力场来模拟不同类型的分子系统。

6. 定义计算参数在定义力场之后，用户需要设置一些计算参数。

例如，用户可以通过输入文件来定义温度、压力、时间步长等参数。

这些参数将影响到模拟的结果。

7. 进行模拟计算一旦定义了力场和计算参数，LAMMPS就可以开始进行模拟计算了。

虚拟机ubuntu安装教程虚拟机Ubuntu安装教程Ubuntu是一个非常流行的Linux操作系统发行版，它基于Debian，具有用户友好的界面和免费开源的特点。

在虚拟机中安装Ubuntu可以帮助我们在Windows或其他操作系统上同时运行多个操作系统，提供了便捷的学习、开发和测试环境。

下面是一个简单的虚拟机Ubuntu安装教程，供您参考。

首先，我们需要下载并安装一个虚拟机软件，比如VMware Workstation或Oracle VirtualBox。

这些软件都在官方网站上提供免费下载，并且都提供了Windows、Mac和Linux的版本。

选择一个适合自己操作系统的版本，下载并按照安装向导进行安装。

安装完虚拟机软件后，我们需要下载Ubuntu的镜像文件。

在Ubuntu官方网站上，我们可以找到最新版本的Ubuntu发行版，如Ubuntu 20.04 LTS。

选择一个适合自己需求的版本，一般来说，我们选择Desktop版本即可，它适用于桌面使用。

下载完成镜像文件后，打开虚拟机软件，创建一个新的虚拟机。

在创建新虚拟机的过程中，我们需要选择虚拟机的类型和版本，一般来说，选择Linux作为类型，并选择Ubuntu的版本。

然后，为虚拟机分配适当的计算资源，包括处理器数量、内存大小和硬盘空间。

创建虚拟机后，我们需要为虚拟机配置安装镜像。

在虚拟机设置中，选择从ISO镜像文件启动，并选择之前下载的Ubuntu镜像文件。

然后，启动虚拟机。

虚拟机启动后，会进入Ubuntu的Live CD界面。

在这个界面上，我们可以选择安装Ubuntu或试用Ubuntu。

选择安装Ubuntu后，根据安装向导逐步进行安装设置，包括语言选择、键盘布局、磁盘分区等等。

一般来说，我们可以选择默认配置，然后点击下一步，直到安装完成。

安装完成后，重启虚拟机，进入Ubuntu的登录界面。

输入之前设置的用户名和密码，即可登录到Ubuntu系统。

至此，我们已经成功在虚拟机中安装了Ubuntu操作系统。

lammps安装lammps安装本文主要利用openmpi来安装并行版lammps，openmpi之前已经安装成功过，不在赘述。

本文主要主要安装最基础的lammps，没有添加任何其它的package。

1、下载fftw数据库（拿fftw-2.1.5.tar.gz来说）解压tar-zxvf fftw-2.1.5.tar.gz解压后得到fftw-2.1.5文件夹cd fftw-2.1.5在当前目录下./configure –prefix={安装目录}/fftw/#提前在安装目录下将fftw文件夹建好makemake install至此，fftw已经安装好2、下载lammps安装包（就拿lammps_stable.tar来说）解压tar –xvf lammps_stable.tarcd lammps-1Feb12/src/MAKE因为选择openmpi进行并行编译，因此选用相应的Makefile.mac_mpi，修改后的Makefile 文件如下（修改的地方用红色标记）：# mac_mpi = Apple laptop, gcc 4.6, gfortran, Open MPI 1.4.3, FFTW 2.1.5, QUIPSHELL = /bin/sh# ---------------------------------------------------------------------# compiler/linker settings# generally no need to edit this section# unless additional compiler/linker flags or libraries needed for your machineCC = ${MPI_GCC46_PATH}/mpic++ 将这行改为{openmpi安装目录}/bin/mpic++ CCFLAGS = -O3SHFLAGS = -fPICDEPFLAGS = -MLINK = ${MPI_GCC46_PATH}/mpic++ 和上面一样LINKFLAGS = -O3LIB =SIZE = sizeARCHIVE = arARFLAGS = -rcSHLIBFLAGS = -shared# ---------------------------------------------------------------------# LAMMPS-specific settings# specify settings for LAMMPS features you will use# if you change any -D setting, do full re-compile after "make clean"# LAMMPS ifdef settings, OPTIONAL# see possible settings in doc/Section_start.html#2_2 (step 4) LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP -DQUIP_GFORTRAN -DLAMMPS_JPEG记住，一定要删除# MPI library, REQUIRED # see discussion in doc/Section_start.html#2_2 (step 5)# can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial# INC = path for mpi.h, MPI compiler settings# PA TH = path for MPI library# LIB = name of MPI libraryMPI_INC = -DOMPI_SKIP_MPICXX 添加-I/{openmpi安装目录}/include (例如-I/home/BSS03/software/openmpi-1.4.5/include)MPI_PATH =MPI_LIB = 添加–L/{openmpi安装目录}/lib –lmpi(例如-L/home/BSS03/software/openmpi-1.4.5/lib -lmpi)# FFT library, OPTIONAL# see discussion in doc/Section_start.html#2_2 (step 6)# can be left blank to use provided KISS FFT library# INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings# PA TH = path for FFT library# LIB = name of FFT libraryFFTW = /usr/local 改为fftw安装目录例如：/home/BSS03/fftw FFT_INC = -DFFT_FFTW -I${FFTW}/includeFFT_PATH = -L${FFTW}/libFFT_LIB = -lfftw# JPEG and/or PNG library, OPTIONAL# see discussion in doc/Section_start.html#2_2 (step 7)# only needed if -DLAMMPS_JPEG or -DLAMMPS_PNG listed with LMP_INC# INC = path(s) for jpeglib.h and/or png.h# PA TH = path(s) for JPEG library and/or PNG library# LIB = name(s) of JPEG library and/or PNG libraryJPG_INC = -I/opt/local/include 删除这三行JPG_PA TH = -L/opt/local/libJPG_LIB = -ljpeg# ---------------------------------------------------------------------# build rules and dependencies# no need to edit this sectioninclude Makefile.package.settingsinclude Makefile.packageEXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC)$(JPG_INC) $(PKG_SYSINC)EXTRA_PATH = $(PKG_PA TH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(JPG_PATH) $(PKG_SYSPATH)EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(JPG_LIB) $(PKG_SYSLIB)# Path to src filesvpath %.cpp ..vpath %.h ..# Link target$(EXE): $(OBJ)$(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE) $(SIZE) $(EXE)# Library targetslib: $(OBJ)$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)shlib: $(OBJ)$(CC) $(CCFLAGS) $(SHFLAGS) $(SHLIBFLAGS) $(EXTRA_PATH) -o $(EXE) \ $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) # Compilation rules%.o:%.cpp$(CC) $(CCFLAGS) $(SHFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $<%.d:%.cpp$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $< > $@# Individual dependenciesDEPENDS = $(OBJ:.o=.d)sinclude $(DEPENDS)至此Makefile文件修改完毕返回上层目录（即在/src目录下）make mac_mpi没有出现Error字眼说明编译成功了，在当前目录下生成lmp_mac_mpi可执行文件3、修改2.pbs文件下面是一个2.pbs文件内容#!/bin/bash -x#PBS -N TESTAAA#PBS -l nodes=1:ppn=8#PBS -j oe##define variables#NSLOTS=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l`echo "This jobs is "$PBS_JOBID@$PBS_QUEUE##running jobs#cd $PBS_O_WORKDIR/storage/BSS03/software/mpich2/bin/mpirun -np $NSLOTS /storage/BSS03/lammps_Mg/lmp_g++ < in.Mg上面红色的是我的，你可以根据自己的需求更改Note：1、用自己的openmpi/bin/mpirun（我之前应该是用mpich2编译），路径自己修改2、/storage/BSS03/lammps_Mg/lmp_g++ < in.Mg 命令说明，这条命令是把生成的lmp_g++(你的是lmp_mac_mpi)放在特定的目录下，避免每次运行都要把lmp_g++拷贝到当前目录下，in.Mg是in 文件名，根据自己的in文件自己命名这样的话应该就可以计算了。

ubuntu下并行安装lammps教程（需联网）超简单亲测成功，适合小白写在前面的话：手册很重要，一定要看手册！！！本人小白一个，没用过任何linux系统，前天才安装了ubuntu，linux系统和win系统有很大的区别，很多操作需要在终端中进行，因此想要安装lammps，最好先熟悉一下linux的基本操作，然后根据手册进行编译安装。

安装过程中我走了很多弯路，下载lammps以后就先看了看手册，关于安装那一部分写的很详细，但由于对linux基本操作都不熟悉，以至于根本看不懂，没办法，只能按照网上的教程安装，但装了一天也没成功，最后舍弃所有教程，还是自己根据手册安装成功的。

熟悉了linux的基本操作以后就能发现，如何安装lammps手册上其实说的很清楚了，很多教程都走了弯路，进行了很多不必要的步骤，特别是对ubuntu系统的用户来说。

这个教程意在帮助ubuntu和lammps小白少走弯路，我尽可能详细地列出了安装过程中的每一个步骤，并对步骤进行了说明，希望能帮助小白们在了解linux基本操作的同时完成lammps的安装。

但最好还是根据手册自行安装，因为手册上说的真的很详细。

由于我也是小白，加上写作水平有限，难免有纰漏，有不足之处，还请见谅。

lqjunzi2016.6.2首先安装ubuntu系统，不会的自行查看相关教程1.进入安装好的ubuntu系统，先打开software updater（桌面左下角有个类似Windows开始菜单的图表，点击，搜索updater）更新系统，不是必要的，但不更新可能会出现问题，更新比较慢，要联网下载很多东西2.打开终端（以下在终端中所需输入指令均高亮标出），系统默认是没有root密码的，但安装lammps时需要在root账户下进行，创建初始root密码的命令如下：lqjunzi@lqjunzi:~$ sudo passwd root #输入sudo passwd root按回车，可以鼠标复制粘贴，但ctrl+c不管用[sudo] lqjunzi 的密码： #输入密码，回车（输完指令按回车执行，后面省略），输入过程不显示输入新的 UNIX 密码： #再次输入密码，输入过程不显示重新输入新的 UNIX 密码： #再次输入密码，输入过程不显示passwd：已成功更新密码 #提示root密码更新成功lqjunzi@lqjunzi:~$ su #输入su，回车Password: #输入密码，回车root@lqjunzi:/home/lqjunzi# #可以看到最前面的用户名已经由lqjunzi变成啦root，而后面的~$也变成了#，#是在root下操作的标志3.下载lammps安装包，下载后的安装包默认在/home/lqjunzi/Downloads目录下，这里的lqjunzi是安装系统时的用户名，习惯的将下载后的lammps-stable.tar.gz复制至/home/lqjunzi/sw 目录下（完全可以不复制，就在Downloads下操作，只是个人习惯，如不移动则后面操作目录相应改变）root@lqjunzi:/home/lqjunzi# mkdir sw #在/home/lqjunzi目录下建立sw文件夹root@lqjunzi:/home/lqjunzi# cd Downloads #进入 Downloads文件夹root@lqjunzi:/home/lqjunzi/Downloads# cp lammps-stable.tar.gz ../sw #复制到vm目录下，文件名在输入的时候可以输入lamm后按table键，会自动补全剩余文件名，简化输入root@lqjunzi:/home/lqjunzi/Downloads# cd ../sw #进入sw目录root@lqjunzi:/home/lqjunzi/sw# gunzip lammps-stable.tar.gz #解压root@lqjunzi:/home/lqjunzi/sw# tar xvf lammps-stable.tar #解压root@lqjunzi:/home/lqjunzi/sw# ls #显示该文件夹下的文件/文件夹。

LAMMPS最新稳定版单机并行安装成功教程制作者：zhjs注：本安装教程采用lammps-10Aug15这个版本，目前这是官方放出的最新的稳定版本，fftw采用fftw-3.3.4这个版本，最新版的，mpich采用最新版mpich-3.2，在CentOS 7.0系统下安装，貌似上面三个最新包有的需要c++11标准的编译器编译，所以请确保你的机器上已经安装了所需的编译器，一般用的gnu编译器版本在4.8.1及以后的版本都支持c++11标准，想要查看自己的版本，在终端输入：g++ --version回车，即可看到版本号。

由于安装过程需要root权限，所以为了方便，请在root用户下安装。

上述三个安装包可以从CSDN里下载，搜索：“最新稳定版lammps+最新fftw+最新mpich”或者自行百度下载。

1.首先，在/home 文件夹下建立两个文件夹，一个放安装文件（如software），另一个作为安装文件夹（如vm），将安装包lammps，mpich，fftw 放到software 文件夹下，全部解压。

注意：确保文件夹的名称中没有中文字符，不然很可能会出错1.1安装fftw：进入解压好的fftw目录下，在终端执行：./configure --prefix=/home/vm/fftw3 --enable-float回车（=号后面是安装路径，这个软件将会安装到/home/vm/fftw3这个文件夹下）执行完成后，再在终端输入：makemake install没有出错的话，就安装完成了。

1.2安装mpich：进入mpich文件夹下，在终端执行：./configure --prefix=/home/vm/mpich3 --enable-floatmakemake install1.3设置环境变量：进入终端，执行：cdvi .bashrc在打开的文档的最下面添加fftw和mpich的lib路径和bin路径：export PATH=/home/vm/mpich3/bin:/home/vm/fftw3/bin:$PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/home/vm/mpich3/lib:/home/vm/fftw3/lib:$LD_LIBRARY_PATH 保存后（vi不会使用的自行百度哇），在终端执行：source .bashrcecho $PATH查看刚才的路径有没有添加上。

/s/blog_51f495610100wafb.html［转载］linux单机并行安装Lammps方法(2011-06-01 10:57:08)转载▼标签：分类：学习lammps编译杂谈切换到根目录（root）一、配置rsh并行通信1.安装rsh,rsh-server,查看软件包rsh-0.17-38.el5.i386.rpm和rsh-server-0.17-38.el5.i386.rpm是否安装？(rpm -qa|grep rsh rsh-server)2.查看主机名(hostname,可以查看主机名),编辑/etc/hosts.equiv 文件,在其中加入本机主机名，单独一行，如果文件不存在则建立这个文件。

3. 拷贝rsh,rexec,rlogin到/etc/xinetd.d/下,开启rsh,rexec,rlogin服务:/sbin/chkconfig rsh on 或者/etc/xinetd.d/rsh等文件,把disable = Yes改成No,然后重启xinetd服务(/etc/init.d/xinetd restart)4.删除或修改/etc/profile.d文件夹下的krsh5.sh相关的文件(kde.sh.123,krb5-devel.sh.123,krb5-workstation.sh.123)的名称,使rsh4服务失效。

5.重新登陆,以普通用户测试rsh的配置: rsh 主机名/bin/hostname,显示主机名则表示rsh并行通信通过。

二、配置mpi6.安装mpich-1.2.5,执行命令(1)tar zxvf mpich-1.2.5.tar.gz(2)./configure -prefix=/usr/local/mpi(3)make(4)make install7.分别把/usr/local/mpi/bin -man加入环境变量,只需在目录/etc/profile.d 中创建两个文件mpich.sh 和mpich.csh, 它们分别对Bourne shell和C shell 起作用, 这两个文件的内容如下: ? /etc/profile.d/mpich.sh :#!/bin/bashexport MANPATH=${MANPATH}:/usr/local/mpi/manexport PA TH=${PATH}:/usr/local/mpi/bin? /etc/profile.d/mpich.csh :#!/bin/cshif ( $?MANPATH == 0 ) thensetenv MANPATH /usr/local/mpi/manelsesetenv MANPATH ${MANPATH}:/usr/local/mpi/manendifsetenv PA TH ${PATH}:/usr/local/mpi/bin8.修改/usr/local/mpi/share/machines.LINUX hostname:number of cpu三、编译安装fftw9.安装编译器icc(l_cc_p_10.1.025.tar.gz)和ifort(l_fc_pc_8.1.024.tar.gz)10. 安装fftw-2.1.5.tar.gz,执行命令(1)tar zxvf fftw-2.1.5.tar.gz(2)./configure --prefix=/usr/local/fftw --enable-float CC=icc CFLAGS=-O2(3)make(4)make install11.查看是否有lammps源代码中需要的头文件fftw.h生成。