Pymol教程1

pymol使用指南
PyMOL是一款用于分子可视化的强大工具，它可以帮助科学家
和研究人员可视化蛋白质、分子和其他化合物的三维结构。

下面我
将从安装、基本操作和高级功能三个方面来介绍PyMOL的使用指南。

首先是安装。

PyMOL可以在官方网站上下载，它支持Windows、Mac和Linux系统。

安装完成后，你可以启动PyMOL并开始使用。

接下来是基本操作。

在PyMOL中，你可以通过命令行或者图形
用户界面来操作。

你可以加载分子结构文件，比如PDB文件，然后
可以旋转、平移和放大分子结构。

你还可以选择不同的渲染方式来
显示分子，比如线框模式、球棍模式和表面模式。

此外，你可以使
用命令来选择特定的原子或残基，并对它们进行操作，比如着色、
标记或者测量距离。

最后是高级功能。

PyMOL还提供了许多高级功能，比如分子对接、电荷分布计算、分子动力学模拟等。

你可以使用PyMOL来进行
分子对接研究，寻找分子间的相互作用。

你还可以计算分子的电荷
分布，以及模拟分子的运动和构象变化。

总的来说，PyMOL是一个功能强大的分子可视化工具，它可以帮助科研人员直观地理解分子结构和相互作用。

通过学习和使用PyMOL，你可以更好地进行分子建模、药物设计和生物研究。

希望这个简要的指南可以帮助你开始使用PyMOL，并在科研工作中发挥作用。

简介&安装Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。

Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。

据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。

Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。

由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。

今天先来说说安装吧。

自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。

目前，只有付费用户可以取得。

不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。

如果你和我一样，不想为此花钱的话：1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。

然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：▪C++ (gcc or g++ package name)▪Python▪OpenGL▪PNG然后在源代码目录里面依次运行：2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：▪Python▪Pmw▪OpenGL driver（我用的是NVdia）▪libpng▪Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码$ mkdirpymol-src$ svn co https:///svnroot/pymol/trunk/pymolpymol-src然后进入源代码目录# cdpymol-src开始依次编译# python setup.py install# python setup2.py install拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了# cp ./pymol /usr/bin如果运行时得到错误信息"ImportError: No module named Pmw"，那么你应该运行# python setup2.py install pmw如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误"ImportError: No module named _tkinter"# USE="tcltk" emerge python好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。

1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会把几个ligand当作一个2.Merge后export structure,存成pdb格式3.在pymol中打开.pdb4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/renameRename这个ligand,这里命名为lig5.选all,H(hide)everthing6.选lig，S(show)sticks7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon8.在后面的color调整颜色,这里ligand选by element2j50选white9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了10.然后再找氢键作用的残基，可以在上面直接点选，但最好找出氨基酸代码来选取（因为这里面点不准）Rename它们，以便以后好找，这里rename为res，show它们为line，color为by element11.再选display，将background改成white12.然后分别点选这几个res(因为颜色不同,所以很容易找出来),右键label/residuesbel出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了12.大体已经完成了,再进行一些修饰Setting/transparency/cartoon/50% 蛋白的透明度Setting/label/size 18调节字体的大小Setting/edit allcartoon的颜色改回白色(在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车) //或者输入命令Pymol>set cartoon_color white在改氢键的线型,在dash gap length width进行调整把虚线改好看点Stick也可以改细点13.电子密度1)首先,登陆http://eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白2)download maps3)选ccp4格式,generate map4)下载后解压,重命名为*p45)在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue6)选中lig,在PyMOL输入isomesh map,2j50.map,2.0,sele,carve=1.67)这样就从原来的map里iso出lig周围的蛋白的电子密度,把2j50.map_mesh关了就可以看见了然后再调整它的粗细电子密度周围的线好像有些奇怪,可能设置里哪个地方还没调好吧.另外,ray 1900,980就能生成1900*980分辨率的图片,然后file/save image as输出.png。

简介&安装Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。

Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。

据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。

Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。

由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。

今天先来说说安装吧。

自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。

目前，只有付费用户可以取得。

不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。

如果你和我一样，不想为此花钱的话：1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。

然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：▪C++ (gcc or g++ package name)▪Python▪OpenGL▪PNG然后在源代码目录里面依次运行：2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：▪Python▪Pmw▪OpenGL driver（我用的是NVdia）▪libpng▪Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码$ mkdir pymol-src$ svn co https:///svnroot/pymol/trunk/pymolpymol-src然后进入源代码目录# cd pymol-src开始依次编译# python setup.py install# python setup2.py install拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了# cp ./pymol /usr/bin如果运行时得到错误信息"ImportError: No module named Pmw"，那么你应该运行# python setup2.py install pmw如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误"ImportError: No module named _tkinter"# USE="tcl tk" emerge python好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。

pymol使用教程中文PyMOL是一款用于分子建模的强大工具，许多化学生物学和生物化学研究人员使用它来可视化蛋白质、核酸和其他生物分子的三维结构。

本文将介绍PyMOL的基本用法，包括如何加载分子结构、调整视图和颜色、创建图片和动画等功能。

### 1. 安装与启动首先，您需要下载PyMOL软件并安装到您的计算机上。

安装完成后，双击图标启动PyMOL。

您可以在终端中输入`pymol`命令启动PyMOL。

### 2. 加载分子结构在PyMOL中加载分子结构非常简单。

点击菜单栏中的“File”，然后选择“Open”或者直接拖拽您的分子结构文件到PyMOL窗口中即可加载。

常见的分子结构文件格式包括PDB、XYZ、MOL等。

### 3. 调整视图与颜色PyMOL提供了丰富的功能来调整分子的视图和颜色。

您可以使用鼠标滚轮缩放、移动视图，也可以通过菜单栏中的“Edit”来选择不同的视图模式。

同时，您还可以通过选择不同的颜色方案为分子上色，以突出不同的氨基酸或核苷酸。

### 4. 选择和操作分子在PyMOL中，您可以使用鼠标来选择分子中的原子、氨基酸或核苷酸等部分。

通过单击可以选择一个原子，通过按住Shift键加单击可以选择多个原子。

您还可以使用命令行来选择特定的部分，例如`select resi 10`选择氨基酸编号为10的氨基酸。

### 5. 创建图片与动画PyMOL还支持创建高质量的图片和动画。

您可以调整分子的角度和视角，然后点击菜单栏中的“File”-“Save Image”来保存图片。

如果您想要创建动画，可以使用PyMOL的命令行来逐帧绘制动画，并将其导出为视频文件。

### 总结在本教程中，我们介绍了PyMOL的基本用法，包括加载分子结构、调整视图和颜色、选择和操作分子、创建图片和动画等功能。

希望这些内容能够帮助您更好地使用PyMOL进行分子建模和可视化工作。

如果您想进一步了解PyMOL的高级功能，可以查阅PyMOL的官方文档或参考其他教程。

pymol教程
Pymol是一种用于分子可视化的软件工具，它可以让科学家和
研究人员更好地理解和展示分子结构和相互作用。

本教程将引导您使用Pymol进行一些基本的分子可视化操作。

1. 安装Pymol
在开始之前，您需要在计算机上安装Pymol软件。

您可以从
官方网站上下载适用于您的操作系统的最新版本。

安装完成后，启动Pymol。

2. 加载分子数据
在Pymol中，您可以加载各种不同格式的分子数据文件，包
括PDB、MOL2、XYZ等。

您可以从菜单栏中选择“File”-
>“Open”来加载一个分子文件。

3. 调整分子的显示样式
一旦分子文件加载完成，您可以使用Pymol的各种工具来调
整分子的显示样式。

例如，您可以选择隐藏或显示原子、调整原子的颜色和大小等。

4. 旋转和平移分子
Pymol允许您通过鼠标来旋转和平移分子。

按住鼠标左键并
拖动可以旋转分子的视角，按住鼠标右键并拖动可以平移分子的位置。

5. 添加和调整分子的标签
Pymol还支持添加和调整分子上的标签。

您可以选择一个原
子或残基，并在菜单栏中选择“Label”->“Atom”或“Residue”，然后在弹出的对话框中输入您想要显示的标签。

6. 创建和编辑分子图形
Pymol还提供了一些工具来创建和编辑分子图形。

您可以使用线条、球棒、面片等工具来可视化分子的结构和相互作用。

以上是使用Pymol进行基本分子可视化的简要教程。

希望这对您有所帮助！。

pymol使用教程PyMOL是一种图形化的分子可视化工具，它可以用于展示和分析蛋白质、DNA、RNA等分子结构。

下面是一份PyMOL使用教程，帮助你了解如何使用PyMOL进行分子可视化。

1.安装PyMOL2.打开和导入结构在PyMOL中，你可以通过点击菜单中的“File”->“Open”来打开一个已有的结构文件。

PyMOL支持多种结构文件格式，包括PDB、MOL2、SDF 等。

你也可以通过在命令行中输入“load 文件路径”来导入结构文件。

3.调整视图PyMOL提供了多种视图设置选项，可以通过鼠标右键点击图像来进行操作。

你可以旋转、平移和缩放结构，以便更好地观察分子。

此外，你还可以通过鼠标滚轮或点击菜单中的“View”->“Zoom”来放大或缩小结构。

4.显示分子PyMOL允许你显示分子的不同组成部分，例如原子、氢键、键、半径等。

你可以通过点击菜单中的“Display”进行选择。

你还可以通过命令行输入“show 选项”来显示特定的分子部分，例如“show sticks”用于显示分子键。

5.颜色设置PyMOL允许你为分子的不同组成部分设置不同的颜色。

你可以通过点击菜单中的“Color”进行设置。

例如，你可以将蛋白质的α-螺旋设置为红色。

“color 红色, 选择项”命令可以实现相同的效果。

6.制作表面PyMOL还支持制作分子表面，以更好地展示分子的形状和结构。

你可以点击菜单中的“Action”->“Surface”来创建分子表面。

你还可以通过命令行输入“show surface”来实现相同的效果。

7.保存和导出在PyMOL中，你可以点击菜单中的“File”->“Save Image”将当前视图保存为图片文件。

此外，你还可以使用命令行输入“pn g 文件路径”将图片保存为指定的路径。

PyMOL还支持导出结构文件，你可以点击菜单中的“File”->“Export”来导出结构文件。

非常好的pymol教程Pymol是一款强大的分子可视化工具，它能够帮助生物学家、化学家和结构生物学家分析和可视化蛋白质、小分子和复杂化合物的结构。

本教程将向你展示Pymol的基本功能和操作步骤，以便你能够更好地理解和使用这个工具。

1. 安装Pymol：2.打开和导入分子结构：打开Pymol软件后，你将看到一个主界面。

你可以通过点击菜单栏上的“File”选项或使用快捷键Ctrl+O来打开分子结构文件。

Pymol支持多种主流的分子结构文件格式，如PDB、CIF和XYZ等。

选择你想要导入的分子结构文件，然后点击“Open”按钮。

3.调整视图和颜色：一旦成功导入分子结构，你可以通过使用鼠标右键和滚动调整视图。

拖动鼠标右键可以旋转分子，滚动滚轮可以缩放分子。

此外，你还可以在菜单栏的“Display”选项下调整分子的颜色、图形和材质。

4.选择和操作分子的部分结构：要选择和操作分子的部分结构，你可以使用菜单栏上的“Select”选项或使用快捷键Ctrl+Shift+A。

在打开的“Selection”对话框中，你可以输入选择命令来选择具体的分子结构，比如选择指定的氨基酸残基或原子。

选择完成后，你可以对所选结构进行操作，如旋转、平移、放大等。

5.显示分子间的非共价相互作用：Pymol能够计算并显示分子间的非共价相互作用，比如氢键、离子键和范德华力等。

你可以在菜单栏的“Display”选项下选择“Nonbonded”来显示非共价相互作用。

这将帮助你更好地理解和分析分子的结构和性质。

7.绘制分子的电子密度图：Pymol允许你绘制分子的电子密度图，以更好地理解其结构和性质。

你可以在菜单栏的“Display”选项下选择“Map”来打开“Maps”功能。

然后选择你想要的地图类型和参数，点击“Apply”按钮来生成电子密度图。

你可以使用鼠标右键和滚动调整绘制的电子密度图。

通过以上步骤，你已经了解了Pymol的基本功能和操作。

PyMOL用户指南目录一、鼠标操作入门4(这个数字是超链接，ctrl+左键)1.启动41)通过鼠标42)通过命令行42.PyMOL窗口41)Virewer窗口42)外部GUI窗口53.下载PDB文件54.操控视图61)基本鼠标控制62)虚拟滚动球旋转73)移动截面74)改变旋转中心点85)简单回顾9二、命令行操作入门91.记录结果92.载入数据93.操控对象（Object）101)原子选择112)对象和选择的着色123)对象和选择的on/off134.改变视点135.保存工作141)脚本和日志文件142)图像文件153)会话文件166.命令行快捷键161)用TAB键完成命令162)用TAB键完成文件名177.其他命令和帮助17注：页面背景和页脚的图像分别是1GCL、111D的cartoon显示三、命令句法和原子选择181.语法181)选择表达182)原子选择命名193)单字选择符4)属性选择符205)选择代数226)宏指令232.从PyMOL中读取Python 24四、卡通表示251.背景251)可达性252)美化和精确262.定制化281)卡通类型282)精美螺旋313.二级结构归属32五、光线追踪331.重要设置332.保存图片34六、立体效果341.支持的立体模式342.制作立体图片343.相关命令34七、动画351.概念352.重要命令351)Load2)Mset3)Mdo4)Mmatrix3.简单举例364.复杂举例365.预览ray-traced动画图片37 1)Cache_frames2)mclear6.保存动画37八、高级鼠标控制371.选择原子和键 372.“pk”原子选择的应用举例383.“lb”和“rb”选择 384.构象编辑 38九、晶体应用381.晶体对称性381)Load2)Symexp2.电子密度图391)Load2)Isomesh和isodot十、汇编图形对象（CGO）和Molscript ribbons 401.简介 402.Molscript ribbons 401)Load2)Using Molscript3.创建CGOs 414.CGO参考 41NOTES:✓本教程以PyMOL user’s guide为蓝本翻译而来，并引用了其他资料。

生物大分子三维结构显示技术讲义PyMOL使用入门耿存亮**********************2012年10月09日1.PyMOL简介PyMOL是一款生物大分子三维结构显示软件，其中“Py”是指此软件使用Python语言编写，“MOL”是指Molecule。

PyMOL官网是/，发展历史和软件更新动态可在此查询。

PyMOL的学习网站是/index.php/Main_Page，若想用好PyMOL，此网站是必上网站，其实这一个也就够了。

2.PyMOL入门2.1模式显示及颜色显示PyMOL既可以鼠标操作也可以命令操作，但是命令操作可以完成许多鼠标难以完成的任务。

下面就以实例来认识一下PyMOL。

打开PyMOL软件后，首先要特别注意的是当前工作路径。

在命令框输入命令并回车pwd即可显示当前工作路径，默认路径是PyMOL的安装路径。

一般不把文件保存在安装路径下，所以需修改当前工作路径，而且路径不能有汉字，比如改为D盘，输入命令并回车cd d:再用pwd命令查看一下当前工作路径。

如下图所示：pwd: print working direction cd: change direction命令很方便很简单很神奇吧O(∩_∩)O~其次要注意的是保证鼠标是三键式的，滚轮可用作中键。

如果像苹果机一样只有一个按键或没有中键的话，还是赶紧换个鼠标吧。

好了，现在下载一个PDB文件，如何下载呢？当然可以去PDB网站/pdb/home/home.do下载，但是打开网页多麻烦啊，如果能用PyMOL直接下载该多好啊，那就试一试fetch命令吧！下载纤维素外切酶CBHI和纤维素糖链的复合物晶体结构，PDB号是7cel，输入命令fetch 7cel稍等片刻，就会下载完毕并显示如下：刚才说到三键式鼠标，那么三个键都有什么用呢？按住左键滑动会旋转结构（rotate），按住中键滑动会移动结构（move），按住右键滑动会缩放结构（move zoom）。