NCBI_blast_使用教程.pptx

NCBI正在线BLAST使用要领与截止详解之阳早格格创做BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套正在蛋黑量数据库或者DNA数据库中举止相似性比较的分解工具.BLAST步调能赶快与公启数据库举止相似性序列比较.BLAST截止中的得分是对于一种对于相似性的统计证明.BLAST 采与一种局部的算法赢得二个序列中具备相似性的序列.Blast中时常使用的步调介绍：1、BLASTP是蛋黑序列到蛋黑库中的一种查询.库中存留的每条已知序列将逐一天共每条所查序列做一对于一的序列比对于.2、BLASTX是核酸序列到蛋黑库中的一种查询.先将核酸序列翻译成蛋黑序列（一条核酸序列会被翻译成大概的六条蛋黑），再对于每一条做一对于一的蛋黑序列比对于.3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询.库中存留的每条已知序列皆将共所查序列做一对于一天核酸序列比对于.4、TBLASTN是蛋黑序列到核酸库中的一种查询.与BLASTX差异，它是将库中的核酸序列翻译成蛋黑序列，再共所查序列做蛋黑与蛋黑的比对于.5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询.此种查询将库中的核酸序列战所查的核酸序列皆翻译成蛋黑（每条核酸序列会爆收6条大概的蛋黑序列），那样屡屡比对于会爆收36种比对于阵列.底下是简直支配要领1，加进正在线BLAST界里，不妨采用blast特定的物种（如人，小鼠，火稻等），也不妨采用blast所有的核酸或者蛋黑序列.分歧的blast步调上头已经有了介绍.那里以时常使用的核酸库动做例子.2，粘揭fasta要领的序列.采用一个要比对于的数据库.闭于数据库的证明请瞅NCBI正在线blast数据库的简要证明.普遍的话参数默认.3，blast参数的树立.注意隐现的最大的截止数跟E值，E值是比较要害的.筛选的尺度.末尾会证明一下.4，注意一下您输进的序列少度.注意一下比对于的数据库的证明.5，blast截止的图形隐现.出啥佳道的.6，blast截止的形貌天区.注意分值与E值.分值越大越靠前了，E值越小也是那样.7，blast截止的仔细比对于截止.注意比对于到的序列少度.评介一个blast截止的尺度主要有三项，E值（Expect)，普遍性(Identities)，缺得或者拔出（Gaps）.加上少度的话，便有四个尺度了.如图中隐现，比对于到的序列少度为1405，瞅Identities那一值，才匹配到1344bp,而输进的序列少度也是为1344bp（瞅上头的图），便证明比对于到的序列要少一面.由Qurey（起初1）战Sbjct(起初35)的起初位子可知，5'端是是多了一段的.偶尔也要注意3'端的.附：E值（Expect)：表示随机匹配的大概性，E值越大，随机匹配的大概性也越大.E值交近整或者为整时，具原上便是实足匹配了.普遍性(Identities)：或者相似性.匹配上的碱基数占总序列少的百分数.缺得或者拔出（Gaps）：拔出或者缺得.用"—"去表示.。

NCBI的BLast最好生物核酸的数据库NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。

NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。

NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。

BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。

BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。

NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。

所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。

NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。

NCBI的BLast种类介绍? Gapped BLAST （2.0）—一种BLAST版本，允许在它产生的对齐（alignments）中存在缺口。

统计有效性的评估是基於使用随机序列的优先模拟。

在不久的将来，所有对Gapped BLAST的访问都要通过QBLAST。

? QBLAST —一种新的系统，允许用户以他们方便的方式检索Gapped BLAST结果，并且可以用各种格式选项多次格式化他们的结果。

这个系统也使NCBI更有效的使用计算资源，更好的为大家服务。

到1999年秋季，QBLAST系统用於所有的BLAST搜索。

? PSI-BLAST —位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。

所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。

这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。

? PHI-BLAST —模式发现迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。

NCBI在线BLAST使用方法与成果详解之袁州冬雪创作BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中停止相似性比较的分析工具.BLAST程序能迅速与公开数据库停止相似性序列比较.BLAST成果中的得分是对一种对相似性的统计说明. BLAST 采取一种部分的算法获得两个序列中具有相似性的序列.Blast中常常使用的程序先容：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询.库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对.2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询.先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成能够的六条蛋白），再对每条作一对一的蛋白序列比对.3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询.库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对.4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询.与BLASTX 相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对.5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询.此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会发生6条能够的蛋白序列），这样每次比对会发生36种比对阵列.下面是详细操纵方法1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列.分歧的blast程序上面已经有了先容.这里以常常使用的核酸库作为例子.2，粘贴fasta格式的序列.选择一个要比对的数据库.关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明.一般的话参数默许.3，blast参数的设置.注意显示的最大的成果数跟E值，E 值是比较重要的.筛选的尺度.最后会说明一下.4，注意一下你输入的序列长度.注意一下比对的数据库的说明.5，blast成果的图形显示.没啥好说的.6，blast成果的描绘区域.注意分值与E值.分值越大越靠前了，E值越小也是这样.7，blast成果的详细比对成果.注意比对到的序列长度.评价一个blast成果的尺度主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或拔出（Gaps）.加上长度的话，就有四个尺度了.如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序列要长一点.由Qurey（起始1）和Sbjct(起始35)的起始位置可知，5'端是是多了一段的.有时也要注意3'端的.附：E值（Expect)：暗示随机匹配的能够性，E值越大，随机匹配的能够性也越大.E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了.一致性(Identities)：或相似性.匹配上的碱基数占总序列长的百分数.缺失或拔出（Gaps）：拔出或缺失.用"—"来暗示.。

图解NCBIBlast
生物信息的入门史诗级工具NCBI是我们日常接触最多的生物信息综合数据库，基础而不简单，关于它的使用可真是让笔者又爱又恨。

爱其功能强大，恨其复杂。

关于NCBI，笔者也写过其他的短文介绍其使用。

感兴趣的伙伴们自取了不起的NCBI Blast
从NCBI下载基因组数据的N种方式比较
今天又有小伙伴咨询NCBI Blast的使用方法。

借之前的一个ppt 内容，多图详细梳理NCBI blast在线工具的使用方法，希望对大家的工作用所帮助~
（注：以上部分截图内容来自于网络）
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N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解BLAST Basic Local Alignment Search Tool是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具;BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较;BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明;BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列;Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询;库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对;2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询;先将核酸序列翻译成蛋白序列一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白,再对每一条作一对一的蛋白序列比对;3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询;库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对;4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询;与BLASTX相反,它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对;5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询;此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列,这样每次比对会产生36种比对阵列;NCBI的在线BLAST：下面是具体操作方法1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定的物种如人,小鼠,水稻等,也可以选择blast 所有的核酸或蛋白序列;不同的blast程序上面已经有了介绍;这里以常用的核酸库作为例子;2,粘贴fasta格式的序列;选择一个要比对的数据库;关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明;一般的话参数默认;3,blast参数的设置;注意显示的最大的结果数跟E值,E值是比较重要的;筛选的标准;最后会说明一下;4,注意一下你输入的序列长度;注意一下比对的数据库的说明;5,blast结果的图形显示;没啥好说的;6,blast结果的描述区域;注意分值与E值;分值越大越靠前了,E值越小也是这样;7,blast结果的详细比对结果;注意比对到的序列长度;评价一个blast结果的标准主要有三项,E值Expect,一致性Identities,缺失或插入Gaps;加上长度的话,就有四个标准了;如图中显示,比对到的序列长度为1405,看Identities这一值,才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp看上面的图,就说明比对到的序列要长一点;由Qurey起始1和Sbjct起始35的起始位置可知,5'端是是多了一段的;有时也要注意3'端的;附：E值Expect：表示随机匹配的可能性,E值越大,随机匹配的可能性也越大;E值接近零或为零时,具本上就是完全匹配了;一致性Identities：或相似性;匹配上的碱基数占总序列长的百分数;缺失或插入Gaps：插入或缺失;用"—"来表示;。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI在线BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种广泛使用的生物信息学工具，用于比对和分析DNA、RNA或蛋白质序列。

它可以对已知和未知序列进行，找到与查询序列相似的序列，并提供有关相似性和功能的信息。

使用NCBI在线BLAST可以分为四个主要步骤：选择BLAST程序，输入查询序列，选择目标数据库，解析和分析结果。

第一步：选择BLAST程序NCBI提供了多种BLAST程序可供选择，包括BLASTN（DNA对DNA的比对）、BLASTP（蛋白质对蛋白质的比对）、BLASTX（DNA对蛋白质的比对）等。

根据实际需求选择相应的BLAST程序。

第二步：输入查询序列在查询序列的文本框中输入待比对的序列。

可以输入单个序列，也可以上传包含多个序列的文件。

如果输入的序列是DNA或RNA序列，需要选择相应的序列类型。

此外，还可以选择是否使用掩码序列或低复杂性筛选来优化比对结果。

第三步：选择目标数据库用户可以选择目标数据库来与查询序列相似的序列。

NCBI提供了多个常用的数据库，如nr（非冗余蛋白质数据库）、nt（核酸数据库）等。

此外，还可以选择特定的物种数据库来限制比对范围。

第四步：解析和分析结果在BLAST运行完成后，会生成一个结果页面，其中包含了比对结果的详细信息。

结果页面包括比对统计信息、序列比对图、E值、分数等。

通过分析这些信息，可以了解查询序列与目标数据库中的序列之间的相似性和可能的功能。

此外，NCBI在线BLAST还提供了一些高级选项，例如使用特定的算法或参数来进行比对、设置比对阈值、选择比对输出格式等。

这些选项可以根据实际需求进行调整。

总结起来，使用NCBI在线BLAST可以通过选择BLAST程序、输入查询序列、选择目标数据库以及解析和分析结果来比对和分析序列。

通过权衡算法和参数选择，在特定数据库中找到与查询序列相似的序列，从而获得有关其相似性和功能的信息。

N C B I在线B L A S T使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍：1、3、4、5、NCBI1blast 2，粘贴blast 3，blast4，注意一下你输入的序列长度。

注意一下比对的数据库的说明。

5，blast结果的图形显示。

没啥好说的。

6，blast结果的描述区域。

注意分值与E值。

分值越大越靠前了，E值越小也是这样。

7，blast结果的详细比对结果。

注意比对到的序列长度。

评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。

加上长度的话，就有四个标准了。

如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序列要长一点。

由Qurey（起始1）和Sbjct(起始35)的起始位置可知，5'端是是多了一段的。

有时也要注意3'端的。

附：来源于网络E值（Expect)：表示随机匹配的可能性，E值越大，随机匹配的可能性也越大。

E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了。

一致性(Identities)：或相似性。

匹配上的碱基数占总序列长的百分数。

缺失或插入（Gaps）：插入或缺失。

用"—"来表示。

来源于网络。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个包含大量基因组学、生物信息学等相关数据和工具的数据库。

其中，BLAST （Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对工具，可用于在数据库中搜索相似序列。

一、BLAST简介BLAST是一种基于序列比对的方法，可用于确定一给定序列与数据库中序列的相似性。

其工作原理是将查询序列与数据库中的序列进行比对，并生成一个比对得分来衡量它们之间的相似程度。

通过BLAST的结果，可以获得序列的匹配位置、长度、相似性等信息，从而帮助研究人员进行更深入的生物学研究。

二、使用方法1. 打开NCBI网站首先，打开浏览器，输入NCBI的网址（https:///），进入NCBI的官方网站。

2. 进入BLAST页面在NCBI的主页上，找到“BLAST”或“BLAST and Alignments”选项，并点击进入BLAST页面。

3. 输入查询序列在BLAST页面上，找到“Enter Query Sequence”或“Enter accession number, gi, or FASTA sequence”等文本框，将需要查询的序列输入其中。

可以直接复制粘贴序列，或选择上传文件的方式输入。

4. 选择数据库在BLAST页面上，找到“Choose Search Set”或“Database”等选项，选择需要比对的数据库。

NCBI提供了多个数据库，如“nr”（非冗余蛋白数据库）、“nt”（非冗余核酸数据库）等，根据研究需要选择合适的数据库。

5. 设置参数根据需要，可以通过“Algorithm parameters”等选项来设置比对参数，如设置匹配的阈值、比对的方式等。

6. 运行BLAST设置完成后，点击“BLAST”或“Run BLAST”等按钮运行BLAST。

NCBI在线Blast的图文说明Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST 结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP 是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN 是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

NCBI的在线blast：/Blast.cgi1、进入在线blast界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。

不同的blast程序上面已经有了介绍。

这里以常用的核酸库作为例子。

NCBI在线blast页面2、粘贴fasta格式的序列。

选择一个要比对的数据库。

关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。

一般的话参数默认。

NCBI在线blast页面3、blast参数的设置。

注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。

筛选的标准。

最后会说明一下。

blast参数设置4、注意一下你输入的序列长度。

NCBI在线Blast的图文说明Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST 结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP 是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN 是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

NCBI的在线blast：/Blast.cgi1、进入在线blast界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。

不同的blast程序上面已经有了介绍。

这里以常用的核酸库作为例子。

NCBI在线blast页面2、粘贴fasta格式的序列。

选择一个要比对的数据库。

关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。

一般的话参数默认。

NCBI在线blast页面3、blast参数的设置。

注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。

筛选的标准。

最后会说明一下。

blast参数设置4、注意一下你输入的序列长度。

如何使用NCBI中的BlastNCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物信息学数据库和工具的综合性资源平台。

其中，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种经典的序列比对工具，用于比对和分析DNA、RNA和蛋白质序列的相似性。

使用NCBI中的BLAST可以有多种方式，包括在线使用和本地使用。

下面将对这两种使用方式进行详细介绍。

一、在线使用NCBIBLASTNCBI提供了一个在线的BLAST界面，用户可以直接在浏览器中使用。

具体步骤如下：1. 打开NCBI网站，点击"Blast"选项卡，然后选择需要比对的序列类型，例如，DNA、蛋白质或者其他。

2. 复制并粘贴待比对的序列到"Enter Query Sequence"文本框中。

或者，您也可以选择上传一个FASTA格式的文件。

3.选择适当的数据库。

NCBI提供了多个数据库供选择，根据您的研究目的选择合适的数据库。

4.配置其他参数。

您可以选择不同的比对算法、设置匹配参数、设定范围等。

5.点击"BLAST"按钮开始比对。

该过程可能需要一些时间，取决于比对数据的大小和服务器的负载情况。

6.一旦比对完成，系统将生成一个结果页面，显示比对结果。

您可以查看比对的统计信息、序列相似性分析、注释信息等。

7.针对一些结果，您可以选择进一步分析和操作，例如，设计引物、进行序列比对、构建进化树等。

二、本地使用NCBIBLAST3.准备待比对的序列，并保存到FASTA格式的文件中。

4.打开终端或命令提示符，并导航到BLAST软件的安装目录。

5. 运行BLAST命令。

根据您的比对需求，运行适当的BLAST命令，例如，“blastn”用于DNA比对，”blastp”用于蛋白质比对。

6.设置适当的输入参数，包括查询序列文件、目标数据库、比对算法等。

NCBI在线BLAST使用方法与结果详细讲解NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

NCBI的在线BLAST：/Blast.cgi 下面是具体操作方法1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。

不同的blast程序上面已经有了介绍。

这里以常用的核酸库作为例子。

2，粘贴fasta格式的序列。

选择一个要比对的数据库。

关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。

一般的话参数默认。

3，blast参数的设置。

注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。

筛选的标准。

最后会说明一下。

4，注意一下你输入的序列长度。